浙江省2002年2例柯萨奇B5病毒VP1区基因特性分析

目的：研究2002年浙江省病毒性脑膜脑炎病原CoxB5病毒VP1区的基因特征。方法：用Hep-2和RD两种细胞对患者脑脊液和粪便标本进行病毒分离，提取病毒RNA，再用RT—PCR扩增病毒VP1区基因片断，对纯化产物进行核苷酸序列测定，采用DNAMAN和Bioedit软件进行分析处理。结果：两株CoxB5病毒的VP1区核苷酸长度均为849bp，二者核苷酸同源性为98.7％，氨基酸同源性达100％。结论：浙江省两株CoxB5病毒为同一性状毒株，它们的亲缘关系与侵犯中枢神经系统的CoxB5的原型株AF—114383CoxB5(Swend—16—1998)最为接近。但这两株CoxB5毒株与欧美国家相比，核苷酸同源性仅为79.3％～81．5％，氨基酸同源性为96.82～97．53％，核苷酸序列有了18.5％～20.7％的变异，与国外报道的CoxB5株之间存在一定的差异。这两株病毒与安徽明光市2001年从无菌性脑膜脑炎病人粪便中分离到的两株CoxB5病毒MG—18—2001和MG—39—2001在同一小分枝上，核苷酸同源性达98．5％～98．9％，氨基酸同源性达99．29％～99.65％。     

一起引发手足口病流行的肠道病毒71型的分子特征

上海市某幼儿园 2 0 0 0年 10～ 11月发生手足口病 (HFMD)流行 ,从患儿粪便标本中分离到 13株肠道病毒 71型 (EV71) ,血清学实验证明 ,所分离的病毒为此次HFMD流行的病因。对其中的 4株病毒 (SHANGHAI EV71 H2 5、SHANGHAI EV71 H2 6、SHANGHAI EV71 F1和SHANGHAI EV71 F2 )进行了VP1区全基因核苷酸序列测定 ,并做了比较分析。 4株EV71VP1区全基因均为 891个核苷酸 ,编码 2 97个氨基酸 ,与检索到的广东省深圳市和台湾省HFMD病人EV71分离株同源性较高 (>94 % ) ,与脑炎EV71分离株 (BrCr株 )同源性低 (<83% )。种系发生树分析亦表明 ,上海市的 4株EV71与深圳株 (AF30 2 996 EV71 SHZH98)和台湾株 (AF2 86 5 31 FV71 TW 98)亲缘关系较近 ,与BrCr株亲缘关系较远。因此上海市HFMD 4株EV71分离株为本地流行株。     

浙江省2008年病毒性脑膜脑炎病原柯萨奇B组5型病毒VP_1区基因变异分析

目的研究浙江省2008年病毒性脑膜脑炎中分离到的柯萨奇B组5型病毒(Coxsackie Virus B5,CVB5)VP1区的基因特征,并与其他国家的分离株和CVB5原型株进行比较,探讨病毒VP1区的变异与病毒性脑膜脑炎流行的关系。方法用人喉癌上皮细胞和人横纹肌肉瘤细胞对脑脊液(Cerebrospinal Fluid,CSF)和粪便标本进行病毒分离,对分离到的病毒株提取核糖核酸,再用逆转录-聚合酶链反应扩增CVB5VP1区基因片段并进行序列测定,用DNA MAN和Bioedit等软件进行分析处理。结果从浙江省2008年病毒性脑膜脑炎患者CSF和粪便标本中,分离到的5株CVB5,其VP1区的核苷酸长度均为735bp,未发现核苷酸插入与丢失。与浙江(Zhejiang,ZJ)/12/02株氨基酸同源性最高为99.6%～100%,与法国等国外毒株的同源性为97.3%～99.6%,而与CVB5原型株的同源性只有96.3%。不同年份、不同地点分离的CVB5在进化树上显示在同一个分支上。结论2008年引起浙江省病毒性脑膜脑炎的CVB5的VP1区变异较小,引起的病毒性脑膜脑炎在局部地区散发,未发生明显的流行。     

浙江省局部地区2002～2003年流行的无菌性脑膜脑炎的病原学检测与分析

浙江省局部地区 2 0 0 2～ 2 0 0 3年多次出现无菌性脑膜脑炎的流行。为对疫情进行病原学检测与分析 ,采集了临床标本 ,采用HEp 2、RD、Vero等细胞分离病毒 ,并用肠道病毒通用引物进行特异性逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增。结果显示 :5 1份脑脊液标本中分离出埃可病毒 30型 (ECHO3 0 ) 5株 ,柯萨奇病毒B组 5型 (Coxsack ievirusB5,Cox B5) 1株 ;6 8份粪便标本中分离出ECHO3 0 34株 ,Cox B51株。RT PCR的结果与上述病毒分离结果相一致。此外 ,对采集的 1 5例患者的急性期、恢复期双份血清测定了特异性中和抗体 ,其中 1 3例患者抗体呈≥ 4倍增长。证实引起浙江省局部地区 2 0 0 2～ 2 0 0 3年无菌性脑膜脑炎的主要病原为ECHO3 0 。     

浙江省2006年柯萨奇B3病毒VP1基因分析

目的：研究2006年浙江省无菌性脑膜炎的病原柯萨奇B3（CoxB3）分离株（Zhejiang／52／06）的VP1基因特征。方法：采用RD、Hep-2细胞对患者脑脊液和粪便标本进行病毒分离，逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）扩增病毒VP1基因并进行序列测定，用BioEdit等软件分析处理。结果：浙江省柯萨奇B3分离株的VP1基因852个核苷酸，编码281个氨基酸，与北京、哈尔滨的CoxB3分离株核苷酸同源性在79．1％～79．2％，与欧美国家分离株的核苷酸同源性在78．5％～81，7％，与乌兹别克斯坦分离株核苷酸同源性为82．7％。进化树分析显示，浙江省柯萨奇B3分离株（Zhejiang／52／06）与B3／Uzbekistart／99、B3／Germany／PD00分离株亲缘关系最近。结论：柯萨奇B3分离株的变异特征及亲缘进化，分析对无菌性脑膜炎的流行病学研究具有重要意义。     

一起爆发型柯萨奇病毒性脑炎的病原分离与鉴定

20 0 1年 6 - 7月间 ,安徽省某市发生了一起爆发型脑膜脑炎 ,在排除了乙脑之后 ,对病人早期粪便及脑脊液分离病毒 ,2 2份粪便及 15份脑脊液中分别有 12份及 5份分离阳性 ,阳性率分别为 5 4.5 %及 33.3% ,经血清中和试验鉴定为Cox(柯萨奇 )B5型病毒 ,证实此次流行为肠道病毒CoxB5所致的无菌性脑炎。     

肠道病毒核苷酸序列和血清型的相关性

目的了解肠道病毒VP1区、VP4-VP2区核苷酸序列与血清型的相关性。方法逆转录-多聚酶链反应（RT-PCR）和核苷酸测序后,病毒分离物与肠道病毒原型株部分VP1区、VP4-VP2区的核苷酸和氨基酸一致性比较、亲缘关系树分析及血清中和实验。结果与同源原型株比较,16株病毒分离物VP1区核苷酸一致性为78%-85%,氨基酸一致性为90%-99%;VP4-VP2区核苷酸一致性为77%-86%,氨基酸一致性为96%-99%。VP1区核苷酸亲缘关系树分析显示同源血清型聚集在同一进化分支上（bootstrap值90%-99%）。15株分离物的VP4-VP2区血清型与VP1区血清型一致。14株分离物的血清型用经典中和实验得到证实。结论VP1区核苷酸序列同病毒血清型相关联。     

上海市2002年病毒性脑炎病因病毒的分离和鉴定

采集上海市 2 0 0 2年 6 9例病毒性脑炎散发病人的脑脊液 (CSF)标本 ,用Hep 2、RD、Vero细胞分离出肠道病毒(EV) 2 1株 ,经用标准血清鉴定为柯萨奇病毒B5(Coxsackie ,Cox B5) 11株 ,Cox B2 1株 ,Cox A161株 ,埃可病毒 (E CHO) 3株 ,非脊髓灰质炎肠道病毒 (NPEV) 5株 ,Cox B5病毒分离率为 16 %。本次调查结果表明 ,Cox B5病毒是上海市 2 0 0 2年病毒性脑炎的主要病原。     

金山区柯萨奇病毒A组6型基因特征分析

目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6) VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据。方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株Cox A6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分析核苷酸和氨基酸同源性以及氨基酸位点突变。结果金山区16株Cox A6分离株均属于E2亚型同一个进化分支,16株间VP1基因核苷酸同源性为92.3%～97.7%,氨基酸同源性为98.4%～100.0%。与金山区16株分离株同源性最高的是2018年山东分离株MK357081/CHN/SD/JN/2018,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7%～99.3%和98.7%～99.7%。13株Cox A6分离株VP1氨基酸序列存在氨基酸位点变异,涉及8个氨基酸变异位点,但在抗原表位重要位点201D、243H、245R、247Y、248M和249R均未检测到抗原漂移。结论 16株Cox A6分离株核苷酸和氨基酸序列高度同源且位于E2亚型同一进化分支;Cox A6 E2亚型可能是金山区2017—2018年流行的主导基因型,金山区Cox A6 VP1存在氨基酸突变位点但未涉及关键的抗原表位。     

一起暴发性病毒性脑炎的病原学调查

目的 分离鉴定引发2010年河南省一起病毒性脑炎暴发的病原,并进一步分析该病原体分离株外壳蛋白1(VP1)区基因特征。方法 于2010年4月河南省平顶山市鲁山县病毒性脑炎暴发期间,采集8例住院患儿的粪便标本（共8份）,其中3例患儿同时采集脑脊液标本（共3份）,未采集到脑脊液标本的5例患儿中4例采集了血清标本（共4份）。对标本进行病毒分离和肠道病毒(EV)组合血清鉴定,对阳性分离物采用逆转录PCR方法扩增VP1区基因、测定核苷酸序列并进行亲缘进化分析。结果 采集的脑脊液、血清、粪便标本共15份,荧光定量PCR检测结果显示,11份标本EV通用检测阳性,其中2份粪便标本分离到2株病毒毒株,EV组合血清鉴定血清型别均为柯萨奇病毒(Cox)阳性,VP1区全长基因序列均为849 bp,与Cox B5的核苷酸相似性为77.1％～96.9％,氨基酸相似性为95.8％ ～ 100％,遗传发育树分析与D基因型属同一分支。结论 CoxB5是引起本次河南省平顶山市鲁山县病毒性脑炎暴发的病原体,其基因型为D基因型。     

西藏自治区1999～2002年儿童埃柯病毒7型分子流行病学分析

目的研究西藏自治区1999~2002年≤5岁儿童埃柯病毒7型(ECHO7)VP1区编码基因特征及其分子流行病学特点。方法选取1999~2002年从西藏自治区<15岁急性弛缓性麻庳(AFP)病例和≤5岁到儿童医院就诊儿童及部分健康儿童的659份粪便标本中分离的16株ECHO7病毒,进行核糖核酸(RNA)提取,VP1编码区逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),PCR产物的核苷酸序列测定和分析。结果1999年的标本分离到9株,2000年分离到7株,VP1区核苷酸序列测定结果证实,此16株经血清中和试验定型的病毒全部为ECHO7病毒。其它年份未分离到ECHO7病毒。16株ECHO7病毒VP1区基因全长都是876bp,翻译的氨基酸全长292aa。所测16株ECHO7病毒序列之间同源性为86.73~100.00%。所测序列和ECHO7原型株——Wallace株相比,同源性为77.85%~78.99%;和引起致死性脑脊髓炎的ECHO7变异株——UMMC株相比,同源性为81.67%~83.79%。所构建的ECHO7病毒遗传进化树将已知的ECHO7病毒划分为4个基因型,西藏自治区分离的ECHO7病毒独自形成1个基因型(D基因型)。结论首次报告的西藏自治区1999、2000年儿童中流行的ECHO7病毒为一个新的基因型(D基因型)。16株D基因型病毒划分为2个基因亚型D1、D2。1999年流行的为D1;2000年流行的为D2。西藏自治区1999、2000年ECHO7流行为不同的病毒亚型引起。2001~2002年未发现ECHO7的持续流行。     

江苏省一起乙型流感暴发疫情的流行病学分析

目的 了解2006年春季江苏省一起流感疫情的流行病学和毒株的变异情况。方法对一起流感暴发疫情进行流行病学调查，使用荧光定量RT-PCR快速检测病原体，采用MDCK细胞分离流感病毒，用血凝抑制实验对病毒株分型鉴定，对该起疫情的流感毒株进行种系发生分析，并与同一时间的其他地区乙型流感毒株的HAl基因序列进行比较。结果 此起疫情发病人数为357人，发病率为13．2％，23份咽拭子标本中分离出16份毒株，病原为B型Victoria株型流感病毒。基因种系发生树分析证明了它们的HAl基因不同于B／HongKong／330／2001和B／zhejiang／2／2001病毒。结论 2006年春季江苏省人群中流行的乙型流感病毒维多利亚毒株系已发生变异，因此加强流感病毒病原学监测，对于防止流感疫情暴发具有重要意义。     

四川省2006年B型流感病毒抗原性及基因特性研究

[目的]阐明2006年四川省流行的B型流感病毒血凝素抗原性及其基因变异情况。[方法]对2006年分离的B型毒株进行单向血凝抑制实验,再将病毒株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析。[结果]2006年四川省人群中同时流行着B型Victoria系和Yamagata系毒株。Victoria系毒株与B/Hongkong/330/2001比较,病毒单向血凝抑制效价均有4倍以上差异,并且在HA1区发生8个氨基酸替换,在197位增加一个糖基化位点。Yamagata系毒株与B/Shanghai/361/2002比较,病毒单向血凝抑制效价均有4倍以上差异,并且在血凝素基因HA1区有7个氨基酸位点发生改变,在196位增加一个糖基化位点。[结论]四川省2006年B型流感病毒的抗原性与B/Hongkong/330/2001、B/Shanghai/361/2002相比已经发生了变化。     

2006 - 2015年江西省风疹病毒野毒株基因特性研究

目的 研究江西省近10年风疹病毒野毒株的基因特性,为江西省的风疹防控提供技术支撑。方法 采集江西省2006 - 2015年风疹疑似病例咽拭子标本,用Vero/SLAM细胞对标本进行病毒分离培养,再对细胞分离物进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）对细胞分离物进行风疹病毒核酸鉴定,采用RT-PCR对风疹病毒核酸检测阳性标本扩增病毒糖蛋白E1基因,对其核苷酸序列进行测定,运用生物学软件对测定序列进行处理分析。结果 江西省2006 - 2015年风疹病毒野毒株分属于2个基因型:1E基因型（14株）和2B基因型（20株）,1E基因型为江西省2005 - 2013年风疹病毒流行唯一基因型,并在2015年被2B基因型替代。1E和2B基因型各毒株之间E1基因核苷酸同源性分别为97.6%～99.9%和99.2%～99.9%,与疫苗株BRDII株核苷酸同源性分别为89.4%～89.9%和92.6%-93.0%,氨基酸同源性为98.8%～99.6%;氨基酸序列相对保守,未发现重要抗原位点的改变。结论 1E基因型和2B基因型为江西省2006 - 2015年风疹病毒流行的基因型,2B基因型为2015年首次在江西省发现,并为当年的绝对优势基因型。     

台州市乙型流感病毒分离、鉴定及HA1基因特性研究

目的:了解台州市Yamagata系乙型流感病毒的基因特性、变异情况和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况。方法:用狗肾传代细胞(MDCK)分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定。选2011年分离株进行HA1基因序列测定,用DNAman和DNAstar生物学软件进行序列分析。结果:2011年分离株HA1基因与参考毒株核苷酸同源性为88.6%～96.9%,氨基酸同源性为89.2%～98.0%,存在8个潜在的糖基化位点,比同谱系疫苗株在197位增加了一个糖基化位点NKT。与Yamagata系代表株在进化树的同一支上,与Victoria系代表株比,氨基酸162位缺失K。结论:本地2011年分离株与近年来WHO推荐的流感疫苗株在HA1片段有明显的氨基酸变异。2010年-2011年台州市主要分离到Yamagata系乙型流感病毒,而WHO推荐使用的2010年-2011年乙型流感疫苗株B/Brisbane/60/2008属于Victoria系,因此本年度流感疫苗对我市乙型流感不能提供最佳的保护性。     

中国2000～2001年流行性感冒流行概况

目的：了解中国2000－2001年流行性感冒（流感）流行及抗原性变异情况。方法：鸡胚传代病毒用于抗原分析；病毒液提取RNA进行逆转录－聚合酶链反应（RT－CR），扩增产物纯化后测序。然后用MegAlign(Version1.03）和Editseq（Version3．69）软件进行基因种系发生树分析。结果：2001年流行的H1N1亚型病毒血凝素蛋白重链（H1N1）相比，在抗原决定簇D区的190位发生了氨基酸替换；基因种系发生树表明2001年的H1N1亚型流感病毒存在基因特性不同的两系病病毒株，国内人群中仍然同时流行着两种抗原性明显不同的B型流感病毒（Yamagata系和Victoria系），Yamagata系病毒占大多数，Version系的HA1区基因与B／山东／7／97毒株相比，其197和199位氨基酸发生了替换。B型的基因种系发生树也证实Version系病毒株的抗原性改变。2000年分离的H3N2亚型流感病毒的HA1区氨基酸序列与A／悉尼／5／97（H3N2）间有7－8个氨基酸的差异；2001年分离的H3N2病毒株与2000年的病毒株相比，又有83、186、202、222位发生了氨基酸替换，表明H3N2亚型病毒株间的抗原性发生了较明显的变异。结论：2000－2001年中国流感的流行情况较为平静；H3N2亚型的抗原性发生了变异，H1N1亚型和B型病毒的抗原性虽没有发生明显的变异，但它们均同时流行着两系抗原性不同的毒株。     

云南省2004年流感流行情况分析

目的了解2004年云南省流感流行情况及病毒的变异情况。方法定期采集流感样病人标本以及从暴发疫情中采集标本,利用MDCK细胞从标本中分离病毒,对分离病毒利用血清学方法进行抗原性分析;对病毒的HA1基因进行序列测定,用DNAstat软件进行基因种系发生树分析病毒的遗传变异情况。结果2004年云南省共分离到甲3亚型流感病毒50株,乙型流感病毒56株,没有分离到甲1亚型流感病毒。62%的甲3亚型流感病毒与A/福建/411/2002(H3N2)的血凝效价有4倍或以上差别;2004年4月份以后分离的甲3亚型流感病毒HA1区氨基酸序列上与A/福建/411/2002(H3N2)相比第145位K>N,159位Y>F,189位S>N,226位V>I发生氨基酸替换。5.8%的Yamagata系毒株与B/上海/361/2002血凝效价有4倍或以上的差别,HA1区氨基酸序列与B/上海/361/2002比较,第36、40、129、131、179、232、255位发生了氨基酸替换。10.8%的Victoria系毒株与B/浙江/2/2002有4倍或以上的差别。与B/浙江/2/2001比较第121,126,197位发生了替换。结论2004年云南省流行甲3亚型流感毒株和乙型流感毒株,并且它们的抗原性和基因特性发生了变异。     

河北省2004～2008年乙型流行性感冒病毒监测与血凝素蛋白基因序列分析

目的了解河北省2004～2008年乙型流行性感冒（流感）病毒抗原性的变异及种系分布。方法采用狗肾传代细胞分离流感病毒,经血清学鉴定后提取病毒核糖核酸,经逆转录一聚合酶链反应扩增目的基因后,进行乙型流感病毒的血凝素重链（Heamagglutiningl HA1）基因片段的核苷酸序列测定。结果2004年10月～2008年3月,共分离到乙型流感病毒131株,其中48株为维多利亚（Victoria）系,83株为山形（Yamagata）系。2004～2005年流行期为Yamagata系毒株,2005～2006年流行期为Victoria系毒株,2006～2008年2个流行期都有Yamagata和Victoria系的毒株出现。HA2基因片段核苷酸序列测定结果显示,两个系列的毒株都有小的变异,但Yamagata系毒株变异更明显。2008年分离到的Yamagata系乙型流感病毒与2005年毒株相比已经有8个氨基酸被替代,同源性只有97．4％～98．0％。结论2004～2008年Victoria系乙型流感病毒的抗原性未发生明显的变异,但Yamagata系乙型流感病毒的基因发生变异,使抗原性发生漂移,是2007～2008年流行期引起乙型流感爆发的主要因素。