基于代谢相关基因的胃癌预后模型的构建和验证

目的整合胃癌（GC）分子亚型和代谢相关基因,并依此构建GC预后模型。方法从基因综合表达（GEO）数据库中采集GC患者基因表达谱和临床数据,通过整合网络分析筛选出主调控上皮间质转化（EMT）亚型的代谢标志基因,再通过Cox比例风险回归整合标志基因与生存信息,构建基于代谢相关基因的GC预后模型;依据该模型对GC患者进行风险分层,采用Kaplan-Meier生存曲线评估模型的预后预测作用,通过基因集富集分析（GSEA）筛选富集的通路。结果整合网络分析筛选出3个主调控EMT亚型的代谢标志基因,分别为人脂质磷酸磷酸酶相关蛋白4型基因、谷氨酸胺-果糖-6-磷酸转氨酶2基因和硫酸酯酶1基因;基于这3个代谢标志基因构建的预后模型可将GC患者划分为高危组和低危组。生存曲线分析表明,高危组患者的预后更差,在多组验证数据集中均呈现一致结果,该模型表现出较强的预后预测效能。GSEA分析表明,高危组中转化生长因子-β信号传导、EMT等与癌恶性特征相关的通路显著富集;M2巨噬细胞、M0巨噬细胞及中性粒细胞浸润与高风险显著相关。结论基于代谢相关基因的GC预后模型可实现GC患者风险分层,有助于指导GC患者的精准治疗。     

基于TCGA数据库的肝细胞癌自噬相关基因预后风险模型的建立

目的 基于自噬相关基因(ATGs)构建肝细胞癌病人预后风险模型.方法 TCGA数据库下载374例肝细胞癌及50例正常肝组织的转录组数据和临床信息,首先筛选出差异表达基因(DEGs),然后从中筛选出差异表达的ATGs(DEATGs),最终利用单因素Cox回归分析、LASSO回归分析以及多因素Cox回归分析构建预后风险模型...     

基于COVID-19相关基因的肝细胞癌分子分型及预后模型构建与验证

目的：基于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）相关基因对肝细胞癌进行分子分型,并建立预后模型。方法：收集GeneCard数据库中COVID-19相关基因,分析其在肝细胞癌患者癌与癌旁组织的基因表达量差异,通过一致聚类分析进行分子分型。使用limma包计算不同分子亚型之间差异表达基因并进行功能富集分析。使用R软件包“ESTIMATE”评估不同分子亚型的免疫评分。使用Cox比例风险回归模型和lasso回归构建多基因预后模型,并在其他数据库进行外部验证。结果：基于28个COVID-19相关基因将TCGA的365个肝细胞癌（LIHC）样本分成3个亚型,预后较差的C2亚型具有更高的免疫评分。多因素Cox回归分析结果说明5基因模型是肝细胞癌患者的独立预后危险因素。细胞周期、同源重组等肿瘤相关通路随着风险评分的升高而增加,提示高风险组具有更强的侵袭性。结论：构建了基于COVID-19相关基因的肝细胞癌分子亚型,并开发了预后相关的5基因模型（VEGFA、CD14、CD209、REN、PSMD1）。     

m7G相关基因是影响肝细胞性肝癌预后的潜在生物标志物

目的 探讨m⁷G相关基因能否作为肝细胞性肝癌预后的生物标志物。方法 采用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库筛选肝细胞性肝癌组织和癌旁组织中有表达差异的m⁷G相关基因组,m⁷G相关基因和临床数据中的生存时间及生存状态按照样本ID号匹配合并后筛选预后基因组,将两组的交集基因纳入lasso回归,对筛选出来的基因进行风险评分,基于风险评分的中位数值将所有肝细胞性肝癌患者分为高、低两个风险组,并对高分险组和低风险组进行单因素和多因素的Cox回归分析,评价风险评分在预后中的差异。结果 经lasso回归筛选出4个模型基因(AGO2、NCBP1、NCBP2、WDR4),高风险组的生存率显著低于低风险组(P=0.027),ROC曲线显示风险模型对患者1,2,3年生存预测的曲线下面积(AUC)分别为0.683,0.604,0.602。肿瘤分期、T分期、M分期和风险评分是肝细胞性肝癌预后的相关因素(P<0.05),其中风险评分是影响肝细胞性肝癌患者生存率的独立预后因素(P=0.044,HR...     

结合生物信息学分析建立前列腺癌预后风险预测模型

目的 基于公共数据库构建前列腺癌的预后风险预测模型。方法 下载TCGA数据库中前列腺癌相关数据及GEO数据库的GSE104131数据集，对GSE104131测序数据进行加权基因共表达网络分析，得到关联前列腺癌(PCa)组织最高的关键模块，并与TCGA测序数据取交集，获得交集基因表达矩阵，进而对其表达量进行差异比较，最后对差异基因进行单因素和多因素cox回归分析，构建前列腺癌的预后风险预测模型，并对模型进行验证。结果 加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析获得棕色模块为关键模块，差异表达基因共有200个，单因素cox回归分析获得16个与总生存率高度相关的潜在基因，多因素cox回归分析获得4个与PCa患者预后相关的基因，且构建了一个四基因风险预测模型。结论 本研究构建的模型对前列腺癌高低风险人群有较好的生存预测能力，为PCa预后风险的研究提供了基础，可为PCa的治疗提供新的方向。     

微小染色体蛋白家族和染色体结构维持蛋白4基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达及其生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子.方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选出2个数据库中在正常组织和肿瘤组织共有的差异表达基因(DEGs),并对DE...     

基于TCGA数据库的胰腺癌临床预后风险模型的构建与药物筛选

目的：基于基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库构建胰腺癌预后风险模型和筛选候选药物。方法：通过TCGA数据库下载胰腺癌转录组和临床数据，通过R软件进行加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)、预后风险模型的构建、差异分析、Kaplan-Meier法生存分析、风险分析和临床相关性分析。通过受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve，ROC曲线)的曲线下面积(area under curve，AUC)和多因素cox回归分析判断模型准确性和独立性，最后运用CMAP平台进行胰腺癌药物的筛选。结果：下载得到胰腺癌转录组数据182例和临床数据185例，数据合并交集后纳入病例样本177例。WGCNA分析筛选模块基因为“MEgreen（P=0.04<0.05）”；通过单因素cox回归分析得到28个预后相关免疫基因和70个预后相关的lncRNA，进一步用Lasso回归和多因素cox回归分析进行预后风险模型构建。模型评价显示该模型可区分高低风险组的患者，高风险的患者较低风险预后较差（P<0.05）。训练组和验证组ROC曲线下面积（AUC）显示该模型具有一定的准确性。多因素cox回归分析显示风险得分可作为胰腺癌独立预后因子（P<0.05）。临床相关性分析显示年龄、性别、Grade、Stage、M和N期等临床性状在高低风险组之间无明显差异（P>0.05），T期在高低风险组之间具有明显差异（P=0.0215<0.05）。利用CMAP平台筛选出前5抑制胰腺癌高风险基因表达的药物中，HDAC抑制剂2种，FLT3抑制剂、种VEGFR抑制剂与细菌细胞壁合成抑制剂各1种。结论：根据TCGA患者生存数据和表达谱，结合基因库获得胰腺癌预后相关免疫基因和lncRNA构建的预后风险模型能作为胰腺癌预后判断的新指标。     

基于自噬相关基因的肝细胞癌患者预后预测模型

目的:通过自噬相关基因表达水平来构建一个肝细胞癌患者预后预测模型并进行验证.方法:从TCGA及ICGC数据库下载肝细胞癌患者基因表达数据及相应临床数据.在TCGA组中通过单因素Cox分析找到肿瘤组织与正常组织间差异表达的自噬相关基因,再筛选出与患者总体生存期显著相关的差异表达基因作为候选建模基因,通过Lasso回归分析...     

基于生物信息学方法筛选乙型肝炎病毒相关肝癌的关键基因和临床预后

目的基于基因芯片和生物信息学相关的分析方法,筛选与慢性乙型肝炎(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发病的差异表达基因,为有HBV感染史的肝癌患者提供新的分子治疗靶点。方法本研究对来自基因表达数据库(GEO)的GSE55092和GSE121248的mRNA微阵列数据进行分析,获得HBV相关性肝癌和正常组织的差异表达基因(DEGs),利用DAVID数据库对DEGs进行了GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用String数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,hub基因使用Cytoscape软件进行筛选,cBioportal分析hub基因的相关性,使用GEPIA和Kaplan-Meier数据库并结合TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。结果共获得了129个DEGs,鉴定了三个hub基因,细胞周期素依赖性激酶1 (CDK1)、细胞周期蛋白B1 (CCNB1)和DNA拓扑异构酶(TOP2A)与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,并且三个基因高度相关,GEPIA数据库证实这些基因在肝癌组织中高度表达,并获得了相关的预后信息,Kaplan-Me...     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的：应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因。方法：利用CapitalBio公司基因芯片,对肝细胞癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果：按差异显著性标准,从16000条基因中筛选出在肝细胞癌组织中共同差异表达基因326个,其中已知基因194个,新基因132个。在筛选出的已知基因中,表达上调113个,表达下调81个,包括原癌基因和抑癌基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架相关基因、细胞凋亡相关基因、DNA合成和修复相关基因等。结论：基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群,并高效对基因功能进行研究。基因表达谱的分析有助于研究肝细胞癌发病机制。     

基于生物信息学分析儿童低度恶性胶质瘤的关键预后基因

目的:通过基因表达谱(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选儿童低级别胶质瘤(LGG)的预后显著差异基因,为寻找儿童LGG预后生物标志物提供参考.方法:从GEO、TCGA数据库下载儿童LGG全基因组表达谱数据,筛选出儿童LGG差异表达基因.应用R语言进行基因GO、KEGG富集分析,绘制蛋白质间互作网络图,...     

基于细胞焦亡与炎症反应相关基因构建肝细胞癌预后风险评估模型及验证

目的基于细胞焦亡与炎症反应相关基因构建肝细胞癌预后风险评估模型,并进一步探索该模型对肿瘤免疫微环境状态的预测效能,为制定个性化的治疗方案提供方向。方法从癌症基因组图谱（TCGA）数据库（365例）和国际癌症基因组联盟（ICGC）数据库（231例）下载有关肝细胞癌样本的细胞焦亡和炎症反应基因的mRNA数据,通过LassoCox回归分析构建肝细胞癌预后风险评估模型,计算细胞焦亡与炎症反应评分（PIRS）。采用R语言进行生存预后分析及临床病理特征分析;单样本基因集富集分析（GSEA）以及肿瘤免疫功能障碍与逃逸预测肿瘤免疫微环境状态;GSEA分析PIRS相关的信号通路及生物学功能。结果TCGA数据库中64个基因与肝细胞癌患者的总生存期有关（P＜0.05）,筛选出15个基因构建肝细胞癌预后风险评估模型。Kaplan-Meier生存分析显示,高风险组的总生存期较低风险组短（P＜0.01）。TCGA数据库中PIRS的AUC在1、2和3年时分别为0.871、0.846和0.831,ICGC数据库中AUC分别为0.844、0.733和0.751。PIRS是肝细胞癌患者预后的独立预测指标（HR=2.802,95%CI：2.286~3.433,P＜0.01）。高风险组中免疫杀伤细胞含量、细胞毒反应和干扰素活性均低于低风险组（均P＜0.01）,但巨噬细胞含量、免疫功能障碍评分和T细胞驱逐评分均高于低风险组（均P＜0.01）。高风险组中富集了细胞周期、血管内皮生长因子和转化生长因子β等相关信号通路。结论PIRS与肝细胞癌患者预后有关,高风险组处于免疫抑制状态,肝细胞癌预后风险评估模型能准确预测患者预后。     

基于铁死亡基因的乳腺癌预后模型构建

目的 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库挖掘与乳腺癌预后相关的铁死亡基因,构建乳腺癌预后模型.方法 下载TCGA数据库中转录组与临床数据,获取与预后相关的在乳腺癌组织与癌旁正常组织中存在差异表达的铁死亡基因,利用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归法构建风险评分模型.将TCGA数据库中获取的患者信息作为模型测试集...     

基于糖酵解风险基因老年结直肠癌患者预后风险模型构建

目的 根据糖酵解相关风险基因建立老年人结直肠癌预后模型,为高危老年结直肠癌患者进行提早干预提供依据。方法 从TCGA数据库、MsigDB数据库获得老年结直肠癌患者转录组数据、临床资料和糖酵解相关基因集。通过GSEA分析,获得差异富集糖酵解相关基因集,使用edgeR包进一步对基因集内糖酵解基因进行结直肠癌肿瘤组织和正常组织的基因差异分析,获得糖酵解相关差异表达基因。使用单因素COX回归生存分析,LASSO回归模型分析,筛选出风险基因,构建风险分数模型,通过受试者工作特征(ROC)曲线分析,计算曲线下面积(AUC)评价风险模型效能,通过GEO数据(GSE17536)外验证检验风险分数模型效能。最后结合患者风险得分和淋巴管浸润、脉管浸润、 T分期、 N分期、 M分期等临床指标构建列阵图, ROC曲线进行预测效能验证效能。结果 从TCGA老年结直肠癌患者数据库中获得340例肿瘤样品和32例正常组织样品,MsigDB数据库获得糖酵解相关基因集9个,通过GSEA富集分析结果发现,HALLMARK＿GLYCOLYSIS和REACTOME＿GLYCOLYSIS两个糖酵解相关基因集差异富集显著,从中提取...     

基于生物信息学的肝细胞癌铁死亡预后模型的构建

目的:为寻找肝细胞癌相关预后的铁死亡基因,寻找独立预后的因素,构建肝细胞癌患者铁死亡的预后模型.方法:通过TCGA数据库下载TCGA-LIHC的转录组数据和临床信息,使用Perl语言对TCGA-LIHC的铁死亡相关基因的表达谱数据进行提取.使用R语言的limma包对铁死亡相关基因的表达谱数据进行差异分析.使用R语言的o...     

基于TCGA数据库的肾透明细胞癌miRNA预后模型的构建及蛋白互作网络分析

目的：通过微小RNA(microRNA,miRNA)预后模型筛选肾癌高危人群并进行早期干预治疗,以提高患者的生存率。方法：基于癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库,通过风险生存曲线、受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线及生存状态图对模型进行评价并对风险评分进行独立预后分析,筛选肾透明细胞癌预后相关的miRNA,建立预后风险模型。结果：(1)从TCGA数据库初步筛选3 613个差异性表达的m RNA和49个差异表达的miRNA。(2)通过单、多因素Cox回归分析筛选出3个与预后相关的miRNA构建风险预后模型,并且Train组、Test组和所有样品的高低风险组存在明显生存差异;3组样本1、3、5年生存分析的ROC曲线下面积均接近或大于0.70,风险评分可以作为独立预后因子。(3)在GO富集分析中,主要富集在肾单位的发育、突触后密度及离子跨膜转运蛋白活性等;而在KEGG富集分析中,主要参与其他类型的O-聚糖生物合成、N-聚糖生物合成等通路。结论：基于TCGA数据库构建的3个miRNA风险预...     

肝细胞癌铜死亡相关lncRNA预后模型的构建及评估

目的 探究铜死亡相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者中的预后价值及其在治疗中的潜在价值。方法 从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中收集肝细胞癌的转录组数据及对应患者的临床资料。筛选癌组织与正常肝组织差异表达的铜死亡相关基因,并进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。筛选与肝细胞癌预后相关的铜死亡lncRNA,对肝细胞癌患者进行分组并比较总体生存率。采用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox回归分析建立预后风险模型。建立用于预测肝细胞癌患者总体生存率的列线图。结果 获得由5个铜死亡相关lncRNA组成的预后模型,包括:RPS6K6、SNRPEP2、PRELID2、GOT2和RTL8A。风险评...     

EHHADH是肝细胞癌脂肪酸代谢通路的关键基因:基于转录组分分析

目的 基于多数据库数据探索肝细胞癌（HCC）发生发展的驱动基因并挖掘HCC治疗的新生物靶点。方法 采用从TCGA、GEO和ICGC数据库中获取的858例HCC组织数据与493例癌旁组织数据（共1351例转录组和基因组数据）,运用GSEA筛选HCC与癌旁的差异通路,进而筛选差异通路中显著富集的基因,获得Hub基因3-hydroxyacyl CoA脱氢酶（EHHADH）。基于TCGA的HCC数据集分析与EHHADH转录组水平下调相关的基因突变,发现TP53突变最显著相关。利用相关性分析探究TP53突变导致EHHADH表达下调的机制。基于Metascape数据库预测EHHADH参与HCC发展的信号通路,发现与铁死亡信号通路显著相关。对30例HCC癌组织及配对的癌旁正常组织进行免疫组化染色,验证EHHADH的表达情况。结果 三个HCC数据集均显示EHHADH在癌组织中相对于癌旁组织显著低表达（P<0.05）,且和肝细胞去分化程度显著相关（P<0.01）。TCGA的HCC数据集体细胞突变景观分析显示HCC患者基因组中TP53突变率比例最高。EHHADH上游基因PPARGC1A转录组水...     

基于TCGA 数据库的肺腺癌自噬基因预后模型的建立与应用

摘要 ：目的 利用 TCGA 数据库建立预测肺腺癌预后的自噬相关基因预后模型。 方法 通过 R 语言软件筛选出 TCGA 数据库中肺腺癌样本及癌旁样本中差异表达的自噬基因,探讨其潜在功能。R（v 3.6.1）筛选预后相关的自噬基因（ATG）,计算各样本的风险值（RS）并构建预后模型,进一步探讨RS与生存关系。同时验证ATG与对临床信息的相关性。结果 共筛选出 9个表达差异ATG（RAC1、SQSTM1、CD46、NRG3、IKBKB、VMP1、WIPI1、FKBP1B、IKBKB）。Kaplan-Meier 生存分析证实,高RS的LUAD患者总体生存率明显缩短 （p<0.05）。Cox 回归分析显示RS是肺腺癌患者独立预后因素（p<0.05）。结论 RS可用于预测肺腺癌细胞癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗。