何首乌实时荧光定量PCR内参基因筛选

为筛选适宜何首乌Polygonum multiflorum不同组织基因表达分析的内参基因,从何首乌转录组数据中选取Actin,GAP-DH,SAND,PP2A,TIP41常用的5个候选内参基因,设计特异性引物.通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,BestKesper,Delta CT以及Re...     

黄草乌实时荧光定量PCR内参基因的筛选

筛选合适的内参基因是应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析基因表达的前提.为黄草乌Aconitum vilmori-nianum中基因表达分析研究提供可靠的内参基因,基于黄草乌转录组数据,筛选出19个候选内参基因(ACT1、ACTT2、ACT3、aTUB1、aTUB2、bTUB、18S rRNA、UBQ、eI...     

沙氏鹿茸草实时荧光定量PCR内参基因筛选

沙氏鹿茸草是玄参科鹿茸草属半寄生植物,主要分布在我国江西,福建,广东等地,是中药"炎宁颗粒"的重要原料之一。目前关于沙氏鹿茸草的研究报道主要集中在种质资源,化学成分,药理药效等方面,在分子生物学及功能基因组方面的研究基础还很薄弱,目前尚无沙氏鹿茸草相关内参基因的研究报道。为了筛选沙氏鹿茸草中稳定表达的内参基因,保证基因表达结果的可靠性,该研究以沙氏鹿茸草为材料,采用实时荧光定量PCR技术对来自沙氏鹿茸草转录组数据的6个内参基因(UBQ,GAPDH,AP-2,ACT,TUB,CYP)在不同土壤含水量及接种丛枝菌根Rhizophagus irregularis条件下的表达水平进行检测,并结合GeNorm, NormFinder和Bestkeeper软件综合评价6个内参基因的稳定性。结果表明,6个内参基因在不同处理下的表达稳定性具有明显差异,其中TUB,GAPDH的分析结果接近且表达最稳定,而ACT的表达最不稳定。研究结果为今后沙氏鹿茸草寄生和品质形成过程中的基因表达分析提供参考。     

艾Artemisia argyi实时荧光定量PCR内参基因筛选

艾叶是中国传统中药,在药用和灸用产品的市场需求日益增加,具有重要的药用价值和经济价值.筛选稳定可靠的qRT-PCR内参基因是开展艾的基因表达差异分析研究的必要前提.该研究从艾的转录组数据中选取Aain、18s、EF-1α、GAPDH、SAND、PAL、TUA、TUB8个常用的内参基因作为候选基因,利用实时荧光定量技术(...     

青天葵实时荧光定量PCR内参基因的选择

目的 筛选合适的内参基因用于青天葵实时荧光定量PCR分析的校正.方法 以毛唇芋兰3个组织(叶片、叶柄和球茎)为材料,利用实时荧光定量PCR技术探讨18S rRNA、actin、ubiquitin、EF-lα和β-tubulin 5个常用内参基因在毛唇芋兰不同组织中表达差异.利用GeNorm和NormFinder软件比较各内参基因的Ct值,以分析他们在青天葵3个组织的表达稳定性.结果 5个内参基因的表达稳定性各异,GeNorm软件分析结果表明,稳定性β-tubulin=EF-lα＞ubiquitin＞actin＞ 18S rRNA;NormFinder软件结果显示β-tubulin稳定性最好,EF-1α次之,18S rRNA则最差.两个不同软件分析结果一致.结论 β-tubulin可作为毛唇芋兰不同组织中基因表达差异分析的校正内参基因.     

罗汉果实时荧光定量PCR内参基因的选择

罗汉果为药食两用的传统中药,研究从罗汉果转录组中选取了Actin,18SrRNA,ubiquilin,ef1-α,ef1-β,Tubulin作为候选基因,通过实时荧光定量PCR,利用geNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT,RefFinder软件和方法对6个候选参考基因在不同罗汉果样品中的表达稳定性进行分析,首次筛选出了不同时期的有籽和无籽罗汉果果实中较理想的内参基因,结果发现18SrRNA在所有罗汉果样品中表达最稳定,是样品基因分析适合的内参基因,对采用qRT-PCR方法分析罗汉果基因表达中内参基因的选择具有指导作用,也为罗汉果生物合成途径基因及其他不同条件下基因差异表达研究提供参考,确保罗汉果基因表达分析结果的可靠性.     

巴戟天实时荧光定量PCR内参基因的选择

目的选择合适的内参基因,用于巴戟天不同组织和不同处理的叶中目标基因表达量的分析检测。方法以巴戟天不同组织和不同处理的叶为材料,根据巴戟天转录组数据,选择甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、细胞色素P450(cytochrome P450,CYP)、微管蛋白α(tubulinalpha,TUA)和肌动蛋白(Actin)基因等10个内参基因作为候选基因。利用实时荧光定量技术,并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper等软件分析内参基因的表达稳定性,从而筛选出巴戟天不同组织和不同处理叶中表达稳定的内参基因。选择合适的内参基因对巴戟天的1-脱氧木酮糖-5磷酸合成酶(DXS)和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)基因在不同组织和不同处理的叶中相对表达量进行分析。结果内参基因GAPDH和泛素(UBQ)在巴戟天不同组织中表达最稳定,GAPDH+UBQ的双内参组合能够更加准确地分析目的基因在巴戟天不同组织的相对表达量,而在不同处理的叶中GAPDH和Actin表达稳定性最好,选择GAPDH+Actin的双内参组合可以确保目的基因相对分析表达结果的可靠性。在巴戟天不同组织中,DXS目的基因的相对表达量为根<茎<叶,DXR的相对表达量为茎<根<叶。在巴戟天不同处理的叶中,DXS和DXR基因的相对表达量相对于未处理的叶(CK)都有所提高。结论筛选得到的稳定内参基因为后续巴戟天相关基因表达研究奠定基础,使用2个稳定内参的组合对目的基因进行均一化处理有利于提高目的基因表达分析的准确性。     

绞股蓝实时荧光定量PCR内参基因筛选和验证北大核心

目的:筛选适宜绞股蓝不同组织表达分析的内参基因,掌握绞股蓝皂苷生物合成关键酶基因GpFPS在绞股蓝不同组织中的表达特性。方法:基于绞股蓝转录组数据,以10个内参基因作为候选基因,采用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder分析绞股蓝不同组织中10个候选内参基因的稳定性。利用实时荧光定量PCR技术,筛选出符合要求的内参基因,并实测基因GpFPS在绞股蓝不同组织中的表达情况。结果:候选内参基因在绞股蓝不同组织中的表达稳定性由高到低排序为PP2A、CYP、eIF4α、Actin、EF1α、TIP、18S、GAPDH、UBQ10、TUB6。GpFPS基因表达量在不同组织中由高到低分别是:嫩叶、老叶、花、卷须、成熟果、茎或根、幼果。结论:适合于绞股蓝不同组织基因表达分析的内参基因是PP2A和CYP,通过验证分析,该内参基因的可靠性强,为进一步研究绞股蓝皂苷生物合成相关基因的功能积累了必备的实验基础。     

川赤芍实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证

川赤芍与芍药共同作为《中国药典》著名药材赤芍的基原植物,具有重要的药用价值,且在花卉市场的潜力巨大。筛选稳定可靠的内参基因是开展川赤芍分子研究的必要前提。该研究从川赤芍的转录组数据中选取Actin和GAPDH 2个内参基因作为候选基因,利用实时荧光定量技术(qRT-PCR)检测2个候选基因在川赤芍的不同组织(韧皮部、木质部、茎、叶、叶柄、子房)和不同生长时期(萌动期、开花期、休眠期)的表达水平,然后利用geNorm、NormFinder、BestKeeper、ΔCT和RefFinder综合分析2个内参基因表达的稳定性,结果表明Actin和GAPDH在川赤芍不同组织和不同生长时期中的表达模式均稳定。该研究进一步检测川赤芍转录组数据中8个基因(Pv-TPS01、Pv-TPS02、Pv-CYP01、Pv-CYP02、Pv-CYP03、Pv-BAHD01、Pv-UGT01、Pv-UGT02)在不同组织中的表达水平,结果表明,以Actin和GAPDH分别作为内参基因,8个基因在川赤芍不同组织部位的表达趋势均一致,验证了Actin和GAPDH作为川赤芍内参基因的可靠性。综上,该研究发现Actin和...     

老鸦瓣实时定量PCR内参基因的筛选和验证

药用植物老鸦瓣供需矛盾日益凸显,但分子生物学方面研究基础还较薄弱。为开展老鸦瓣相关功能基因表达量的分析检测,需要选择适宜的内参基因以提高实验结果准确性。从老鸦瓣转录组数据中筛选出8个候选内参基因(ACT,TUA,CYP,GAPDH,UBQ,UBI,EF1α,UBC),利用实时荧光定量技术检测候选内参基因在老鸦瓣鳞茎、叶、花以及芽茎不同发育阶段中的表达水平。应用GeNorm,NormFinder和BestKeeper软件以及RefFinder网站综合评估内参基因稳定性。结果表明8个候选内参基因中UBC的Ct变化范围最小,表达水平最稳定,适合作为内参基因;GeNorm和NormFinder软件分析结果显示UBC和UBI的稳定性相对较好;BestKeeper评估CYP和UBC表达较稳定;RefFinder网站综合排序稳定性最好的基因为UBC和UBI,而ACT在所有软件评估中稳定性最差。分别以稳定性最好的UBC,UBI和最差的ACT为内参基因检测老鸦瓣GBSS基因的表达,GBSS基因在UBC和UBI校正下表达模式相同,以ACT为内参时表达趋势有较大差异,进一步验证了筛选结果的可靠性,表明UBC和UBI均适合作为老鸦瓣不同器官和芽茎不同发育时期基因表达研究的内参基因。该研究筛选得到的稳定内参基因UBC和UBI为后续开展老鸦瓣中关键基因表达分析研究奠定了基础。     

当归肌动蛋白基因片段的克隆及序列分析

目的 对当归肌动蛋白(Actin)基因进行克隆及序列分析.方法 根据已经克隆的植物Actin基因的保守序列设计一对简并性引物,以当归根部总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增Actin基因片段并连接到pMD19-T载体上,阳性克隆经PCR检测后进行测序.结果 得到一段598 bp的序列,序列分析表明,该片段编码198个氨基酸,与高等植物Actin基因核苷酸序列同源性在83％以上,与其他肌动蛋白氨基酸序列同源性达94％以上.结论 首次从当归中克隆出了Actin基因,为有效利用该基因奠定了基础.     

当归抽薹开花过程中赤霉素代谢水平及其关键酶基因克隆与表达分析

目的 对当归Angelica sinensis 16个赤霉素（gibberellins,GAs）进行含量测定、GAs代谢酶基因筛选并进行生物信息学分析、关键基因克隆及表达验证,以期为调控当归抽薹开花提供理论依据。方法 利用HPLC-MS/MS对不同材料中GAs含量进行测定与分析,基于当归全长转录组筛选直接参与GAs代谢酶基因,利用在线工具进行生物信息学分析,并对关键酶基因GA2ox6和GA20ox1表达水平进行q RT-PCR检测。结果 在所测定的16个GAs中,8个GAs含量在早薹植株中高于非早薹植株,13个GAs含量随植株发育时期延长逐渐增加。当归全长转录组中含有9个直接参与GAs代谢的酶基因,可分为6个亚家族,共含有6个保守基序,亚细胞定位于细胞质。GA2ox6和GA20ox1基因克隆片段由于插入序列与全长转录组测序片段存在长度差异。GA2ox6基因在抽薹植株、随种苗春化作用和植株发育时期延长呈现低表达,而在冷冻规避春化作用种苗中呈现高表达,GA20ox1基因则相反;GA2ox6和GA20ox1基因在叶和茎中相对于根均呈现高表达。结论 当归含有9个直接参与GAs代谢的酶基因,各成...     

当归MADS-box生物信息学及SOC1克隆与表达分析

目的 对当归Angelica sinensis MADS-box基因家族进行筛选与生物信息学分析,并对SOC1-4基因进行克隆与表达验证。方法 基于当归全长转录组筛选MADS-box基因家族,利用在线工具进行生物信息学分析,并利用q RT-PCR检测SOC1-4基因在不同材料中的表达水平。结果 当归全长转录组中含有29个MADS-box基因家族成员,可分为10个亚家族,共含有6个保守基序,蛋白质序列长度为49～422 aa,相对分子质量为5 697.56～49 624.90,等电点为5.06～11.00,亚细胞结果显示当归MADS-box基因家族成员分别定位于叶绿体、细胞核、细胞质和线粒体,二级结构预测及3D建模显示同一亚家族结构相似;SOC1-4基因克隆片段与全长转录组测序结果一致;SOC1-4基因随种苗春化作用和植株发育时期延长呈现高表达,在抽薹植株、茎和叶中高表达,而在冷冻规避春化作用种苗中呈现低表达。结论 当归含有29个MADS-box成员,各成员理化性质和结构存在一定的差异,SOC1-4基因表达水平与当归抽薹开花生理调控一致,为当归MADS-box基因家族调控抽薹开花相关研究...     

当归AP2/ERF转录因子家族鉴定及干旱胁迫下的表达分析

目的 对当归Angelica sinensis中的AP2/ERF转录因子基因进行鉴定以及生物信息学分析,并分析其在干旱胁迫下的表达差异,以期筛选出与响应干旱胁迫相关的AsAP2/ERF基因,为后续深入研究2品种当归抗逆性差异及抗性育种提供参考依据。方法 基于全长转录组测序数据,利用生物信息学方法对AsAP2/ERF转录因子家族成员进行鉴定,并分析该家族特征。基于干旱胁迫转录组数据分析AsAP2/ERF基因的表达模式,并利用qRT-PCR技术进行验证。结果 从当归中共鉴定到53个AP2/ERF转录因子,包括28个ERF、18个DREB、5个RAV、2个AP2亚家族成员。AsAP2/ERF转录因子的氨基酸数量是142～440 aa,均为亲水性蛋白,亚细胞定位预测结果显示多数成员定位于细胞核。基因表达模式的分析结果表明,在响应干旱胁迫条件下,“岷归2号”（M2）中表达上调的基因数量多于“岷归1号”（M1）,其中8个基因在2品种当归D2组表达差异显著,这可能与2品种当归的抗旱性相关。qRT-PCR分析结果表明,6个基因与干旱胁迫转录组数据基本一致。结论 鉴定了当归中的AP2/ERF转录因子家族,探究了不同基因在干旱胁迫下的表达模式,最终获得了6个响应干旱胁迫的AsAP2/ERF候选基因,为后期开展当归抗旱功能基因的研究奠定基础。     

当归咖啡酸-O-甲基转移酶基因克隆和序列分析

目的克隆当归Angelica sinensis咖啡酸-O-甲基转移酶(caffeic acid O-methyltransferases,COMT)编码基因全长c DNA,并对序列进行生物信息学分析。方法提取当归叶片总RNA为c DNA合成模板,利用同源克隆结合c DNA末端快速扩增(RACE)技术克隆当归COMT全长c DNA,并利用NCBI、Ex PASy网站上的Blast N、Blast P、ORF Finder、Compute PI/Mw、Prot Scale、PROSITE、SWISS-MODEL等序列在线分析工具和MEGA、DNAMAN生物信息学软件对序列进行分析。结果获得COMT全长c DNA序列,并在Gen Bank注册(登录号KP188587)。序列分析表明,克隆的c DNA全长为1 436 bp,其中包括5’-UTR(76 bp)和3’-UTR(362 bp),含有1个1 098 bp的完整开放阅读框(opening reading frame,ORF),编码365个氨基酸的多肽链;预测蛋白质相对分子质量为40 230,理论等电点(p I)为5.43;无信号肽,具有典型的II型氧甲基转移酶结构域SAM_OMT_II。结论首次克隆当归COMT基因全长c DNA,为当归COMT基因功能研究和当归阿魏酸生物合成与调控的机制研究奠定基础。     

野生与栽培当归遗传多样性比较

目的比较野生当归Angelica sinensis与栽培当归的遗传多样性。方法应用ISSR分子标记对48个栽培当归居群和7个野生当归居群1 038个样本进行扩增,利用Popgen 1.32软件对其Shannon’s多样性信息指数(I)等遗传信息参数进行分析,并利用SPSS 19.0中的独立样本t检验进行差异显著性检验;运用Gen Al Ex 6.5软件对野生和栽培当归2个组群遗传变异进行AMOVA分析;应用NTSYS软件构建当归野生和栽培各居群的Nei’s遗传距离UPGMA聚类树状图,并使用Gen Al Ex6.5软件中的Mental test分析遗传距离与地理距离的相关性。结果野生当归居群和栽培当归居群的多态位点百分率(PPB)为83.77%和96.10%,I平均值为0.221 7和0.282 8,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.344 4和0.434 3,且存在极显著差异(P0.001);野生和栽培当归居群的种群间遗传分化指数(Gst)、基因流(Nm)值分别为0.299 1、1.171 8和0.733 4、0.181 7,组间变异百分比为15.85%,居群间变异百分比为54.3%,居群内变异百分比为29.85%;遗传距离变化范围0.014 4~0.730 7。结论当归野生居群的遗传多样性低于栽培居群,野生居群间的遗传分化程度明显低于栽培居群,当归总的遗传变异来自于居群间,野生居群与栽培居群亲缘关系较远,且遗传距离与地理距离存在相关性。     

基于ITS2序列鉴别道地药材岷县当归及其混伪品

目的利用核糖体r RNA基因内转录间隔区(ITS2)序列,对甘肃道地药材岷县当归(岷归)及其混伪品和近缘属药材进行鉴定分析。方法对供试材料ITS2序列进行PCR并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner校对拼接后,利用MEGA 6.0对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,并应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构。结果经PCR扩增测序,15份甘肃栽培当归与标准样品岷归1号序列比对无差异,序列长度230 bp,GC含量为55.46%,37份当归混伪品与近缘属药材ITS2序列长度为228～233 bp,GC含量为51.53%～65.65%。岷归与混伪品、近缘属药材共53条序列中共检测到变异位点220个,保守位点10个,信息位点213个。根据K2P遗传距离计算,岷县当归种内遗传距离明显小于种间遗传距离,基于ITS2序列构建的NJ树和网站预测的ITS2二级结构,均能将岷归与其混伪品和近缘属药材区分。结论 ITS2序列可作为当归鉴定的DNA条形码,为当归市场的健康可持续发展提供有效的技术手段。     

甘肃产当归生态适宜性研究

目的研究甘肃省当归Angelica sinensis的生态适宜性,指导甘肃产当归的合理栽培。方法通过走访和实地调查,从甘肃当归栽培县区采集不同分布地点的样品共计1 545份,使用GPS获取每个采样点的经度、纬度、海拔等相关地理信息,结合全国生态环境因子数据,利用Maxent模型和ArcGIS软件的空间分析功能进行分析。结果当归分布适宜度较高的区域在甘肃省东南部。影响当归适宜性分布的主要生态因子为海拔高度、3月份降雨量、5月份降雨量、最湿月降雨量、12月份降雨量、土壤酸碱度。结论研究结果与当归多生长于海拔2 000～3 000 m的高寒山区及高原平坦牧场地带,喜气候凉爽,土壤水分适中,微酸性至中性肥沃疏松棕褐沙壤土基本一致,可为甘肃省当归栽培区域的合理分布提供科学依据。     

当归的形态变化特征与物质积累进程

目的 通过研究当归成药期的形态变化特征及物质积累进程,为当归的规范化种植提供参考。方法 以当归为材料进行田间试验,定期取样并测定茎叶性状,根部性状,根部浸出物、挥发油、有机酸、多糖、阿魏酸和Z-藁本内酯质量分数等。结果 株高、叶数和叶鲜/干质量在成药期呈先升高后降低的趋势,根长、根粗和根鲜/干质量在成药期呈升高的趋势,浸出物、挥发油、有机酸、多糖、阿魏酸和Z-藁本内酯的质量分数和总量在成药期均呈升高的趋势。结论 茎叶生物量的积累进程快于根部生物量,且浸出物、挥发油、有机酸、多糖、阿魏酸和Z-藁本内酯的积累进程从属于根部生物量。