基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学和分子对接的方法 ,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制.方法 ? 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点.通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点.利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与C...     

基于网络药理学方法探讨败毒散治疗COVID-19的潜在性

目的 基于网络药理学方法筛选出败毒散的潜在成分、作用靶点及其信号通路,探讨败毒散治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在性。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对败毒散的药材进行逐一的检索,筛选出潜在活性成分及其对应靶点,应用Cytoscape3.7.2软件对成分和靶点进行网络构建与分析。在GeneCards、TTD等数据库中筛选COVID-19的相关靶点。将通过药物筛选得到的靶点与通过疾病筛选得到的靶点进行交集,在DAVID数据库中进行基因注释的GO分析和信号通路的KEGG富集分析。结果 利用数据库的检索和分析,筛选得到败毒散潜在成分107个,对应靶点189个。GeneCards、TTD数据库中筛选到与COVID-19有关靶点736个,二者取交集得到靶点42个。GO分析条目161条,KEGG信号通路54条。结论 败毒散可能通过多成分、多靶点、多通路,对发挥抗COVID-19具有一定的潜在作用,潜在活性成分对ACE2具有一定的作用。     

基于网络药理学分析宣肺化浊方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法 分析宣肺化浊方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制,为宣肺化浊方更广泛地应用于COVID-19的治疗提供理论依据.方法 检索TCMSP、UniProt、GeneCards数据库,筛选宣肺化浊方化学成分-作用靶点及COVID-19相关靶点;采用Venn在线平台映射宣肺化浊方治疗...     

基于网络药理学探讨荆防败毒散防治儿童新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的运用网络药理学方法分析荆防败毒散治疗儿童新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学在线分析工具(BATMAN-TCM),筛选荆防败毒散各中药的主要化学成分及靶点;采用GeneCards、NCBI、CTD及OMIM数据库检索COVID-19相关靶点;通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;采用Omicshare平台对共有靶点进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;检索多脏器损伤、免疫损伤的疾病靶点,将荆防败毒散与之做映射,计算交集靶点占荆防败毒散靶点的百分比。结果荆防败毒散由12味中药组成,包含599个化合物,相对应的靶点有2290个。荆防败毒散的靶点与COVID-19有12个相同的炎症因子,每个炎症因子对应多个化合物。荆防败毒散与COVID-19有166个交集靶点,40个关键靶点。KEGG信号通路富集分析得到152条信号通路(P0.05); GO分析得到生物过程结果有1906个,细胞组成有32个,分子功能有73个(P0.05)。荆防败毒散与各脏器损伤靶点和免疫损伤靶点的共有靶点较多,且共有靶点占疾病靶点的百分比均高于20%。结论荆防败毒散可能通过抗炎、保护脏器损伤、免疫调节等作用治疗COVID-19。     

基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学的方法查找穿心莲重要的活性成分和作用靶点,探讨穿心莲治疗新型冠状病毒性肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 应用TCMSP数据库筛选穿心莲的药物活性成分和作用靶点、GeneCards数据库搜索新型冠状病毒性肺炎的靶点,利用Uniprot数据库将靶点蛋白基因标准化.将药物靶点与疾病靶点取交集靶点得...     

基于网络药理学探讨岐黄避瘟方预防新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学探讨岐黄避瘟方预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索岐黄避瘟方中各味中药的有效成分及相关靶点;采用美国国立生物技术信息中心（NCBI）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、GeneCards数据库检索COVID-19疾病相关靶点;构建岐黄避瘟方相关靶点与疾病相关靶点韦恩图,筛选岐黄避瘟方预防COVID-19的潜在靶点;将潜在靶点导入STRING数据库筛选出关键靶点,并构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图;采用Cytoscape 3.8.0软件构建药物-化学成分-关键靶点网络图;对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。结果 得到岐黄避瘟方预防COVID-19的潜在靶点122个;根据Betweenness Centrality值与Degree值大于中位数筛选出关键靶点45个,包括白细胞介素（IL）-6、IL-4、IL-2、IL-1β、Toll样受体4(TLR4)、Toll样受体2(TLR2)、趋化因子CC配体2(CCL2)等;按Degre...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

清热解毒经典药对金银花-连翘干预新型冠状病毒肺炎分子机制及相须配伍实质

目的 运用网络药理学方法探讨清热解毒经典药对金银花-连翘干预新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制,并藉此阐释该药对相须配伍的实质。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选金银花-连翘药对中的活性成分并收集成分相关靶点,将获得的成分靶点与GeneCards数据库中检索到的新型冠状病毒肺炎疾病靶点进行映射,获得金银花-连翘干预COVID-19的作用靶点,利用Cytoscape软件构建“药对-活性成分-干预COVID-19的靶点”网络。得到的靶点利用STRING数据库构建蛋白互作网络并通过CytoHubba筛选关键靶点,在OmicShare在线云平台对靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,预测其干预COVID-19的作用机制。结果 共筛选到32个活性成分,成分相关靶点235个,COVID-19疾病靶点259个,药对-疾病的共同靶点49个。网络拓扑学分析表明,药对干预COVID-19的潜在关键活性成分有槲皮素、木犀草素、山柰酚、β-谷甾醇、汉黄芩素、5-羟基-7-甲氧基-2-(3,4,5)-三甲氧苯基色原酮,其中前4个是药对的共有成...     

柴葛畅源汤预防新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:柴葛畅源汤(CGCYT)是贵州省中医药管理局发布预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的预防方之一,本研究采用网络药理学的技术和方法,筛选其预防COVID-19的作用靶点及探讨其相关的作用机制。方法:在ETCM、TCMSP数据库检索柴葛畅源汤处方药味的化学成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape软件构建化合物-靶点(基因)网络,用DAVID和STRING对靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果:筛选后共获得柴葛畅源汤活性成分561个,与COVID-19共同作用靶点62个;获得105条GO生物学过程和84条KEGG信号通路。结论:CGCYT预防COVID-19可能与其参与抗病毒,调节细胞增殖、存活、生长、迁移和氧稳态调解等有关。     

基于网络药理学和分子对接分析桑菊饮治疗COVID-19的潜在机制

[目的]基于网络药理学分析桑菊饮的活性成分、靶点和信号通路,并探索桑菊饮治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的潜在分子机制.[方法]通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacolog...     

基于网络药理学探讨厚朴-广藿香治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学预测厚朴-广藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Dis-ease 2019,COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制.方法:通过TCMSP,BATMAN-TCM数据库查询和相关文献检索筛选出厚朴-广藿香的活性成分及对应作用靶点,经过Uniprot数据库查询靶点对应的...     

基于网络药理学研究麻杏石甘汤治疗冠状病毒感染疾病的作用机制

目的 采用网络药理学分析并探讨麻杏石甘汤对重症急性呼吸综合征（SARS）、中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）可能的共性作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和TCMID数据库筛选麻杏石甘汤组方中麻黄、苦杏仁、甘草等3味中药的化学成分及相关靶点,通过GeneCrads、DisGeNET和DrugBank数据库筛选SARS、MERS、COVID-19疾病相关靶点,采用Omicshare平台对药物相关靶点和疾病相关靶点进行匹配映射,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,采用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-关键靶点”交互网络图,通过DAVID和KOBAS数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。结果 筛选得到麻杏石甘汤防治SARS、MERS和COVID-19的共有靶点48个,信号通路212条。肿瘤蛋白p53(TP53)、血管内皮生长因子（VEGFA）、白细胞介素（IL）-6、胱天蛋白酶3(CASP3)、肿瘤坏死因子（TNF）、有丝分裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)、...     

菊蓝抗流感片治疗新型冠状病毒感染的药效物质及作用机制整合研究

目的 通过网络药理学和现代药理基础分析菊蓝抗流感片（JLKLGT）治疗新型冠状病毒感染（COVID-19）的药效物质及作用机制。方法 采用网络药理学和分子对接技术,从TCMSP、BATMAN-TCM数据库检索菊蓝抗流感片各药物的活性成分及其靶点信息,使用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库检索COVID-19疾病靶点。采用Cytoscape 3.7.2软件构建“菊蓝抗流感片药物-活性成分-靶点”网络图,通过STRING在线平台构建蛋白互作网络。通过Metascape数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,推测其药效物质及作用机制。结果 共筛选菊蓝抗流感片中52种活性成分,对应靶点468个,COVID-19疾病靶点1410个和交集靶点107个。推测槲皮素、阿司匹林、木犀草素、金合欢素、胆固醇、豆甾醇和胆酸为治疗COVID-19主要药效物质,TP53、RELA、AKT1、TNF、MAPK1、NFKB1和MAPK14为关键核心靶点。分子对接结果表明,主要药效物质与关键核心靶点、血管紧张素转化酶2(ACE2)结合构象稳定。结论 菊蓝抗流感片...     

基于网络药理学探究连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎的作用机制

[目的]利用网络药理学方法探究连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)分别获取连花清瘟胶囊有效成分作用靶点和COVID-19靶点。利用String平台构建共同靶点的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过Cytoscape软件筛选核心靶点。在Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。运用Cytoscape构建“有效成分-核心靶点”网络,筛选主要有效成分。[结果]共获得连花清瘟胶囊有效成分184种,有效成分的作用靶点255个,COVID-19靶点587个,其中共同靶点65个。通过String平台及Cytoscape软件对共同靶点PPI网络进行拓扑学分析,得到血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、肿瘤抗原p53(tumor antigen p53,TP53)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)等23个核心靶点。Metascape数据库的富集分析表明,核心靶点主要涉及多种病毒感染通路。通过对“有效成分-核心靶点”进行交互网络分析,从连花清瘟胶囊中筛选得到槲皮素、木犀草素等22种主要活性成分,参与COVID-19的治疗。[结论]连花清瘟胶囊可以作用于VEGFA、MAPK3、TP53、IL-6等核心靶点,通过抑制炎症因子、调控心血管疾病相关通路、抗病毒等过程,发挥治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学与分子对接方法的苓甘五味姜辛汤抗新冠肺炎(COVID-19)的作用机制与活性成分研究

目的:采用网络药理学与分子对接法研究苓甘五味姜辛汤抗新冠肺炎(COVID-19)的作用机制与活性成分.方法:借助TCMSP数据库检索苓甘五味姜辛汤的化学成分及成分作用靶点,通过Swiss Target Prediction数据库剔除可能性为0的靶点.以"coronavirus""pneumonia""cough""fe...     

基于网络药理学探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的〓本研究通过网络药理学的方法，探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制。方法 运用网络药理学对清瘟解热合剂治疗COVID-19的可能作用靶点和通路进行分析，利用中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）检索相关化学成分和作用靶点。在OMIM和Genecards数据库中查询与COVID-19相关的靶点。将药物靶点和疾病靶点做韦恩图，得到交集靶点。运用DAVID数据库和KOBAS3.0数据库对靶点进行进行基因功能（GO）富集分析和基因通路（KEGG）富集分析。运用Cytoscape 3.7.2构建成分-靶点-通路网络图。结果 网络药理学分析结果表示，本研究共收集到清瘟解热合剂活性成分264个，可作用于510个靶点，关键靶点涉及：白细胞介素（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、趋化因子配体2（CCL2）等。GO功能富集分析得到283个条目，其中生物条目（BP）226条，分子功能（MF）31条，细胞组成（CC）26条。KEGG通路富集分析共得到232条通路，包含IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 通过网路药理学研究，清瘟解热合剂中的有效成分可能通过影响IL-6、TNF、CCL2等靶点的表达，并调控了IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等，发挥治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学探讨补中益气汤对新型冠状病毒肺炎恢复期的作用机制

目的:基于网络药理学探讨补中益气汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索补中益气汤的成分及靶点,基于ADME参数筛选主要成分,使用Cytoscape3.6.0软件构建中药-成分-靶点网络,在OMIM、GeneCards数据库中检索COVID-19靶点,绘制韦恩图得到交集靶点,导入STRING数据库,构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,生成分值最佳的MCODE组件。使用Cytoscape3.6.0软件的BisoGenet插件绘制疾病及药物PPI网络,并用Merge功能取交集,根据拓扑参数筛选出核心节点。通过Metascape平台进行基因本体与京都基因和基因组百科全书富集分析,绘制气泡图和通路-靶点网络图对结果可视化处理。结果:检索出8味中药的135个主要成分、258个药物靶点、446个疾病靶点,中药-成分-靶点网络得到槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等10个关键化合物,PPI网络筛选出351个核心靶点,发现10个关键靶点:STAU1、FUS、TARDBP、CUL4B、EEF1A1、EIF4A3、TUBG1、RPS3、RPL6、RPS2,核心靶点主要富集在爱泼斯坦-巴尔病毒感染、甲型流感、麻疹、军团杆菌病、系统性红斑狼疮病等疾病通路,及核糖体、病毒致癌、蛋白酶体等信号通路中。结论:补中益气汤可通过多靶点、多通路消除炎症,减轻肺部损伤以及调节免疫等方面对COVID-19恢复期发挥潜在的治疗作用,本研究为新药的研发和COVID-19恢复期的治疗提供了新思路和理论基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨千金藤素治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接技术分析千金藤素（cepharanthine,CEP）治疗新型冠状病毒感染的作用机制。方法 通过PubChem及SwissTargetPrediction网站检索CEP的作用靶点;在GeneCards数据库获取COVID-19的疾病靶点;将Venny 2.1.0中得到的“药物-疾病”交集靶点导入STRING 11.5网站和Cytoscape 3.9.0软件中构建蛋白互作网络（protein-protein interaction network,PPI）分析其网络拓扑结构;通过DIVAD数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,预测其作用机制;利用AutoDock软件将CEP与核心靶点以及COVID-19的明星靶点血管紧张素转化酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)和SARS-CoV-2产生的主要蛋白酶（3-chymotrypsin-likeprotease,3...     

柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎作用机制的网络药理学研究

目的:研究柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法:从人类基因数据库(GeneCards)获取COVID-19的疾病靶点,应用中药系统药理学数据库(TCMSP)查找柴胡-黄芩药对的活性成分和靶点,查询条件设定为口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18,使用Cytoscape3.7.2软件建立活性化合物-靶点网络图,STRING在线数据库构建靶点蛋白与蛋白之间互作网络,借助DAVID平台对靶蛋白进行基因功能(GO)和信号通路(KEGG)分析,构建靶基因-信号通路关系网络。结果:从柴胡-黄芩药对中筛选出槲皮素、山柰酚、汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、异鼠李素等53种有效活性成分,作用于PTGS2、PTGS1、DPP4、CALM1、NOS2、PPARG等42个COVID-19相关的靶蛋白,参与脂多糖反应、调控凋亡信号通路、应答氧化应激反应、生物刺激回应、细菌源性分子细胞反应、调控细胞因子产生等生物学过程,调控AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等信号通路。结论:揭示了柴胡-黄芩药对通过多成分,发挥多靶点、多信号通路治疗COVID-19的科学内涵。     

基于网络药理学和分子对接技术探索银翘散治疗小儿新型冠状病毒肺炎活性化合物的研究

目的:探寻银翘散治疗新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)的活性化合物。方法:应用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine System Pharmacological,TCMSP)、PubChem数据库、SwissTargetPrediction数据库挖掘获取银翘散中金银花、连翘、桔梗、薄荷、牛蒡子、竹叶、荆芥穗、淡豆豉、甘草、芦根的活性成分和作用靶点;应用Cytoscape 3.7.2软件构建银翘散成分-靶点网络;利用String数据库构建银翘散作用靶标的PPI网络;通过WebGestalt数据库和KOBAS 3.0数据库对银翘散作用靶点进行GO分析和KEGG富集分析,筛选出潜在通路并分析其作用机制。结果:共筛选出153个银翘散生物活性成分和580个靶点,核心靶点为PTGS2、HSP90AA1、AR、PCP4、F7,主要涉及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡途径、细胞衰老通路、非小细胞肺癌通路等信号通路。分子对接结果显示类黄酮、山柰酚等核心化合物与COVID-19推荐用药的亲和力相似。结论:初步揭示了银翘散可能通过血管紧张素Ⅱ(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)和丝氨酸蛋白酶(recombinant transmembrane protease serine 2,TMPRSS2)等结合,作用于PTGS2、HSP90AA1、AR、PCP4、F7等靶点调节多条信号通路,从而发挥其整体调节效应而治疗COVID-19。