基于生物信息学分析探索神经母细胞瘤相关的新生物标志物

目的 利用综合生物信息学分析方法探索神经母细胞瘤（Neuroblastoma,NB）相关的新生物标志物。方法 采用GEO2R分别筛选GEO(Gene expression omnibus)数据库GSE39262和GSE66586数据集中NB细胞与对照细胞之间的差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs）,利用韦恩图将两组DEGs取交集,利用仙桃学术在线生信分析工具对其进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时利用String数据库绘制蛋白互作网络（Protein-protein interaction,PPI）图,并通过Cytoscape软件中的CytoHubba插件筛选Hub基因。最后使用R2基因组分析和可视化平台（R2 Genomics Analysis and Visualization Platform）整理的NB组织转录组数据对Hub基因进行筛选验证。结果 本研究从GSE39262数据集中共筛出845个DEGs,从GSE66586数据集中共筛出2 980个DEGs,韦恩图分析出392个共有DEGs。GO/KEGG分析提示,上述共...     

基于生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关关键基因

目的 利用生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法 在基因表达组学数据库(GEO)下载GSE206848数据集，运用GEO₂R在线工具进行分析，并筛选DEGs;利用R语言绘制火山图和热图。然后对DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析；将获得的DEGs数据导入STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),并通过CytoHubba插件以5种算法取交集筛选关键基因(Hub gene)。结果 经GEO₂R筛选，从GSE206848数据集中获得DEGs 1 592个(545个上调基因、1 047个下调基因)。GO功能富集分析发现，DEGs的生物学过程主要富集在DNA代谢过程的调节、超分子纤维组织的调控、细胞器组织的负调控；细胞定位主要富集细胞边缘、肌动蛋白细胞骨架、核散斑；分子功能主要富集微管蛋白结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集分析结果主要涉及PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控等。应用CytoHubba插件筛选得到3个关键基因(PIK3CA、EGFR...     

利用生物信息分析挖掘与肝细胞癌预后相关枢纽基因

目的 通过生物信息分析发现与肝细胞癌（HCC）预后密切相关的枢纽（Hub）基因,并探讨其临床意义。方法 从基因表达数据库GEO中筛选出443个差异表达基因（DEGs）;通过GO和KEGG进行功能和通路富集分析;通过STRING数据库对DEGs进行蛋白质相互作用分析（PPI）、再用Cytoscape软件筛选出枢纽基因;KM分析法鉴定4个枢纽基因高表达与HCC预后关系。结果 生物信息分析证实差异表达基因具有显著生物学功能,并与PPI联合交集分析得出4个枢纽基因CCNB1、CDK1、MAD2L1、NDC80,KM法证实这些枢纽基因与HCC预后不良相关。结论 枢纽基因CCNB1、CDK1、MAD2L1、NDC80与HCC预后显著相关,可作为潜在治疗生物靶点。     

心力衰竭相关新基因的筛选和分析

目的 分析心力衰竭潜在的相关基因以及相关机制。方法 从基因表达综合数据库中下载数据集GSE18703,使用R软件中“limma”包分析差异表达基因（DEGs）。对DEGs进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,以探索心力衰竭相关的生物学功能和信号通路。使用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络,识别心力衰竭发病机制相关的关键基因,用荧光定量聚合酶链反应（qPCR）法对血管紧张素Ⅱ（AngⅡ）诱导的大鼠H9C2心肌细胞模型进行转录水平的验证。通过h TFtarget数据库分析关键基因的转录因子网络,以探究心力衰竭的发生机制。结果 共筛选出292个DEGs,其中上调基因140个,下调基因152个。GO分析显示,DEGs主要富集于细胞外区、细胞外空间、血液微粒等细胞成分以及嗅觉转导、血管平滑肌收缩、代谢途径等通路。KEGG通路分析发现,DEGs主要富集于环磷酸鸟苷（cGMP）-蛋白激酶G(PKG)信号通路、肥厚型心肌病和扩张型心肌病等信号通路。通过PPI网络,筛选出6个关键基因,分别是Gprc6a、C3、Anxa1、Oxt、Gpr4和Avpr...     

不停跳冠脉搭桥术后差异基因的生信分析

目的 通过生信分析探讨不停跳冠脉搭桥(OPCAB)术后基因变化,并筛选关键(Hub)基因。方法 通过纳入数据集GSE12485(心肌)和GSE4386(心房),使用R包对OPCAB术前术后心脏组织进行差异分析,筛选差异基因(DEGs)。两组DEGs交集得到共同DEGs进一步分析,然后进行GO和KEGG功能富集分析。最后使用STRING进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,通过Cytoscape软件中cytoHubba的Degree算法筛选Hub基因。结果 共获得36个共同上调DEGs。GO和KEGG分析结果显示,OPCAB术后主要与炎症反应相关。PPI网络分析,并得到4个Hub基因。结论 炎症反应在OPCAB术后起重要作用,而4个Hub基因均具有重要的价值,将为后续研究提供依据。     

脊髓损伤中差异表达基因的生物信息学分析及其在神经炎症细胞内的变化水平研究

目的 使用生物信息学方法筛选参与脊髓损伤发展过程中的差异表达基因(DEGs),并于体外实验探索脂多糖(LPS)激活的BV2细胞DEGs的变化情况，以期为脊髓损伤的治疗提供新靶点。方法 从GEO数据库下载基因芯片数据，并将数据集中的样本分为脊髓损伤Day2组和Day5组，应用R软件处理来自不同数据集样本间的批次效应，对基因芯片的表达数据进行标准化处理，应用R软件分析标准化后的基因表达矩阵，以得到差异基因。将差异基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)分析，并通过KEGG数据库进行通路分析。应用STRING蛋白数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，并通过Cytoscape软件分析得到10个Hub基因。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)分析LPS激活后BV2小胶质细胞Hub基因中分值高的前2个基因。结果 与Day2组比较，Day5组有340个DEGs,对其生物信息分析发现，DEGs富集于细胞炎症反应和物质代谢中。通过STRING软件进行模块分析得出10个中心节点，10个基因经KEGG再次分析后发现CXCL10、CCR3、CCR10和CCL2基因显著富集于趋化因子信号通路和...     

基于生物信息学和CMap数据库分析肺癌相关基因及潜在治疗药物

目的 基于生物信息学和关联性图谱(CMap)数据库筛选肺癌相关基因及其潜在的治疗药物,为肺癌的治疗提供新思路。方法 从基因表达数据库(GEO)中选择GSE89039、GSE118370和GSE136043,采用R软件筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs进行GO和KEGG富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用基因表达谱交互分析(GEPIA)验证枢纽基因的表达以及预后价值;采用CMap数据库筛选具有肺癌治疗作用的潜在候选药物。结果 我们共确定了530个DEGs,包括150个上调基因和380个下调基因。这些DEGs主要富集在细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞黏附等方面。PPI网络由527个节点,1 298条连接线组成,前十个枢纽基因分别为SDC1、CDH5、FGF2、PECAM1、IL6、CAV1、MMP9、SPP1、VWF、PPARG。通过GEPIA分析这些枢纽基因相关的总生存期(OS),结果显示SPP1对OS具有显著影响。使用CMap数据库筛选出的对肺癌具有潜在治疗作用的FDA批准上市的候选药物,包括腺苷脱氨酶抑制剂(克拉屈滨)、核糖苷还原酶抑制剂(氯法拉滨...     

阿尔茨海默病相关差异表达基因及其生物信息学分析

目的:为阿尔茨海默病(AD)发病机制的阐释、早期预防与诊断以及治疗靶点的筛选提供参考。方法:从美国国立生物技术信息中心公共数据平台基因表达数据库中下载基因芯片数据集GSE28146,使用GEO2R在线分析工具筛选出AD相关差异表达基因(DEGs);使用DAVID 6.8生物信息学资源数据库进行基因本体(GO)分析和KEGG通路富集分析;使用STRING数据库和Cytoscape 3.2.1软件进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析。结果与结论:筛选出AD相关DEGs共1 478个,其中上调913个、下调565个。GO分析结果显示,DEGs主要分布于细胞质、膜、细胞外隙中,主要通过转录的正/负调节、核因子κB活性的正调节、Rho蛋白信号转导的调节、蛋白质磷酸化的调节等生物学过程以及蛋白质结合、DNA结合、转录因子活性(序列特异性DNA结合)等分子功能来诱导AD的发生。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs显著富集于癌症途径、肺结核、破骨细胞分化、Janus激酶/信号传导及转录激活因子信号通路、叉头转录因子信号通路、EB病毒感染等信号通路上。DEGs编码蛋白的PPI网络含节点蛋白共1 205个、边3 931条;其中的关键核心基因为SOCS3、NEDD4、CBLB,可能是AD发生发展的潜在靶点。     

基于生物信息学分析关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及意义

目的 应用生物信息学方法探究关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及临床意义。方法 利用GEO2R在线工具分析GSE17681数据集中肺癌样本和对照样本的差异表达miRNA。利用miRTarBase数据库预测排在前3位的上调和下调miRNA的靶基因。利用DAVID数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析。通过STRING数据库构建靶基因间的蛋白互作网络及miRNA-基因互作网络，然后利用Cytoscape软件的cytoHubba插件分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因。利用UALCAN数据库分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因在肺鳞癌中的表达。最后利用Kaplan-Meier Plotter工具分析关键miRNA对肺鳞癌生存状况的影响。结果 共筛选出116个差异表达的miRNA,包括93个上调miRNA,23个下调miRNA。预测了前3位上调和下调miRNA的1282个靶基因，参与了肺鳞癌的相关通路，如癌症途径、MAPK信号通路等。通过miRNA-基因互作网络筛选到上调和下调的关键miRNA为hsa-miR-19a和hsa-miR-126,其调控的Hub靶基因分别为TNF、P...     

神经母细胞瘤血浆外泌体差异表达miRNA靶基因预测及生物信息学分析

目的通过生物信息学分析筛选出神经母细胞瘤外周血血浆外泌体中差异表达miRNA,并对其靶基因功能进行分析预测。方法从高通量基因表达数据库下载数据集GSE128004,分析神经母细胞瘤血浆外泌体中miRNA的差异表达;通过miRTarBase数据库筛选差异表达miRNA的靶基因;进一步通过运用clusterProfiler进行靶基因的基因本体(GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集。结果经筛选发现,数据集GSE128004包含41个表达差异在2倍以上的血浆外泌体miRNA。靶基因预测显示,hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-196b-5p, hsa-miR-127-3p, hsa-miR-410-3p和hsa-miR-487b-3p为靶基因最多的前5个差异表达miRNA。GO功能分析发现,这些靶基因大都在细胞运动正调节、细胞迁移正调节、血管生成等生物过程富集;在膜侧、细胞-基底连接、细胞-基底黏附连接、焦点黏连等细胞组成富集;在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白异二聚体化活性、转录因子活性和RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等分子功能富集。KEGG分析显示:这些差异表达miRNA的靶基因主要参与磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、癌症相关miRNA、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等通路富集。结论 hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-127-3p和hsa-miR-410-3p可能作为神经母细胞瘤的潜在生物标志物或治疗靶标,进一步为该病的发病机制提供研究思路。     

乳腺癌脑转移差异基因的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌脑转移瘤差异表达的核心基因。方法 从GEO数据库下载GSE125989数据集，运用GEO在线分析工具GEO2R分析数据集的差异基因。利用在线工具DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析，将获得的差异表达基因数据输入STRING数据库并通过Rstudio进行可视化。利用Rstudio的CytoHubba插件筛选核心基因。利用Kaplan-Meier Plotter在线工具验证核心基因与总生存期的关系。结果 经GEO2R工具筛选出22 277个基因，进一步筛选集中获得差异表达基因74个，GO功能注释发现，差异表达基因主要在细胞外基质组织等方面显著富集；KEGG通路主要在蛋白质消化吸收等通路富集。通过CytoHubba插件以度筛选出PPI网络中排名前10位的差异表达基因为核心基因。生存分析显示DCN、ELN与患者总生存期具有显著的相关性。结论 本研究共筛选出2个与乳腺癌脑转移预后相关的核心基因，分别为DCN、ELN。     

通过生物信息学分析寻找与肺腺癌预后相关核心基因

目的 运用生物信息学分析,筛选肺腺癌发生过程中相关基因及通路,以便研究后续治疗靶点。方法 本研究从GEO数据框中获得了GSE32863、GSE75037、GSE43458的表达谱。使用R和Venn Diagram对表达谱肺癌与非癌样本之间的差异表达基因（DEGs）取交集。利用DAVID进行GO富集和KEGG富集初步分析。利用STRING构建差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用网络,并在Cytoscape上可视化。利用分子复合物检测算法MCODE对蛋白-蛋白相互作用网络进行模块分析,获得核心基因。此外,利用Kaplan-Meier-Plotter确定核心基因对总生存期的影响。采用GEPIA和KEGG对所有核心基因进行分析。结果 建立的表达谱中共检查出114个差异表达基因,其中上调基因17个,下调基因97个;在PPI处理聚集到的核心基因中SPP1、COL6A6、ANGPT1、CAV1、CDH5、IL-6和TEK在肺癌组织中表达量有显著变化,且其上调或下调与患者的总生存率相关。结论 本研究筛选了7个核心基因和通路,确定了肺腺癌治疗的潜在预后标志物,然而还需要具体的体内外实验来验证核心基因在肺腺癌...     

系统性红斑狼疮B细胞差异表达基因生物信息学分析

目的 研究系统性红斑狼疮(SLE)患者B细胞差异表达基因及其功能。方法 从NCBI-GEO数据库下载SLE患者B细胞转录组数据集—GSE4588、GSE10325及GSE30153。利用GEO₂R筛选SLE患者与健康者B细胞之间的差异表达基因(DEGs),取交集筛选三个数据集共有DEGs。利用DAVID对共有DEGs进行基因本体(GO)和KEGG通路富集分析。利用STRING对DEGs编码蛋白进行蛋白互作网络(PPI)分析。结果共筛选出9个DEGs,其中USP18、RRM2、OAS3、MAN1A1、IFITM1、IFI44L、IFI44及CD38在SLE患者B细胞中表达显著上调,CD1C表达显著下调。GO分析显示：上述DEGs参与病毒的响应、病毒防御、病毒基因组复制负调控、Ⅰ型干扰素信号通路生物学过程。KEGG通路分析显示：DEGs与造血细胞谱系相关。PPI分析结果显示：USP18、OAS3、IFITM1、IFI44L及IFI44彼此间存在蛋白互作,CD38与CDC1之间存在互作,而MAN1A1及RRM2与其他DEGs之间均无互作。结论 SLE患者B细胞DEGs主...     

儿童克罗恩病差异表达基因的生物信息学分析

目的：应用生物信息学方法探讨儿童克罗恩病的差异表达基因,为阐明儿童克罗恩病的发病机制及干预靶点提供新思路。方法：从公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载儿童克罗恩病相关的基因芯片数据集GSE9686,使用在线分析工具GEO2R筛选出儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因。使用数据库DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析,使用数据库STRING进行蛋白互作网络(PPI)分析,使用Cytoscape筛选出儿童克罗恩病的关键基因。结果：筛选出85个儿童克罗恩病差异表达基因,包括63个上调基因和22个下调基因。GO分析揭示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、CXCR趋化因子受体结合、细胞外空间、细胞外区域、趋化因子介导的信号通路及炎症反应等过程,KEGG分析揭示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、TNF信号通路等。Cytoscape筛选出了15个关键基因,所有关键基因在儿童克罗恩病结肠组织中表达均上调。结论：采用生物信息学对儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因进行综合分析,可为儿童克罗恩病的早期诊断及靶向治疗提供新的理论依据。     

基于生物信息基因表达谱的乳腺癌转移基因标志物的分析研究

目的 确定潜在和乳腺癌转移相关的基因标志物,并对其进行生存分析.方法 使用基因表达综合数据库(GEO),筛选乳腺癌转移部位和非转移部位之间的差异表达基因(DEGs).对DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,并使用MCODE进行模块分析.然后,通过Kaplan-Meier工具对中枢基因进行总生存(OS)和远处无转移生存(DMFS)分析.通过GEPIA对基因和临床生存数据的相关性进行验证.结果 本研究共获得295个DEGs,主要与细胞外分泌、粘着相关通路、细胞分裂相关.KEGG通路分析表明,重要的通路包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Rap1信号通路、细胞粘附分子(CAMs)、抗原加工和呈递.建立了具有280个节点和357个连接的蛋白-蛋白交互网络.从蛋白-蛋白交互网络中发现了10个模块.结论 共筛选出20个基因作为枢纽基因,其中TYMS、SKA1、ADCY7的低表达和MX1的高表达与OS较差有关.POLR3H的低表达和CDCA8、ASE1、KIF14、MX1的高表达与较差的DMFS有关.POLR3H和PRC1可作为诊断乳腺癌转移或潜在药物靶标的新生物标志物.     

绝经后骨质疏松症免疫反应相关基因的鉴定及其中药活性成分的筛选

目的 采用生物信息学方法 识别绝经后骨质疏松症中免疫反应相关的基因,并探讨其作用机制和筛选靶向中药活性成分。方法 在基因表达数据库（GEO）中检索“postmenopausal osteoporosis”,下载基因数据集GSE230665,通过R软件中的“limma”数据包获取差异表达基因,使用David工具对差异基因进行基因本体（GO）功能富集分析并筛选出免疫反应相关的关键基因,然后对关键基因进行GO功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用STRING平台和Cystoscope软件建立蛋白相互作用（PPI）网络,用MCODE和CytoNCA插件识别重要基因簇模块和核心基因。在CTD数据库搜索“postmenopausal osteoporosis”对核心基因进一步筛选并搜索靶向核心基因的中药活性成分,并在PubChem数据库中搜索中药活性成分的3D结构,Autodock4软件进行分子对接,以及探索核心基因与绝经后骨质疏松症的相互作用。结果 在绝经后骨质疏松症中筛选出43个关键基因,GO富集分析显示主要参与涉及正向调节炎症反应、白细胞介素（IL）-12的产生...     

基于GEO数据库分析源于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤的基因表达特点

目的 筛选出来自于滤泡性淋巴瘤的转化性弥漫大B细胞淋巴瘤（transforming follicular lymphoma,tFL）与滤泡性淋巴瘤（follicular lymphoma,FL）和弥漫大B细胞淋巴瘤（diffuse large B cell lymphoma,DLBCL）的差异表达基因并进行生物信息学分析，从而探究它们间的差异以及tFL发展的生物学过程，为后续实验寻找潜在靶点。方法 利用GEO数据库筛选出t FL、FL、DLBCL的基因集，分析差异基因，进行GEO富集可视化分析、基因本体（Gene ontology,GO）富集分析、京都基因和基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。结果 tFL与FL的基因集共找到11 388个差异表达基因，GO富集分析发现差异基因的功能主要集中在轴突生成、树突发育等；KEGG通路分析发现关键途径为轴突导向、Hippo信号通路等。而tFL与DLBCL共有17216个差异表达基因，GO富集分析差异基因的功能主要集中在调节细胞发育、组蛋白的修饰等；KEGG通路分析发现关键途径为轴...     

海马G蛋白偶联雌激素受体1参与癫痫调控的转录组学研究

目的 本研究分别将野生型(WT)、Gper1敲低(Gper1-KD)大鼠海马组织进行转录组测序,探讨G蛋白偶联雌激素受体1(G-protein coupled estrogen receptor 1,GPER1)影响癫痫发病可能的信号通路和分子机制。方法 海马组织进行RNA提取和cDNA文库构建,与NCBI数据库大鼠基因组及基因注释比对,通过FPKM值,筛选组别间差异表达基因(DEGs)。将DEGs进行GO富集、KEGG富集分析,构建蛋白互作网络,利用RT-qPCR法对关键DEGs进行验证。结果Gper1-KD组与WT组相比,筛选(Fold change>2且FDR<0.01)后,检测到DEGs 2 253个,其中上调基因1 380个,下调基因873个;GO结果显示,DEGs主要分布在淋巴细胞趋化性、细胞分泌、巨噬细胞趋化性、中性粒细胞趋化性、血管生成正向调控等生物过程;KEGG结果显示,DEGs相关分子信号通路主要有癌症信号通路、PI3K-Akt通路、癌症蛋白聚糖相关信号通路、细胞黏附相关通路、MAPK信号通路等;RT-qPCR结果表明,Mapk12、Pdpk1、Foxo...     

筛选三阴型乳腺癌差异表达 microRNA 的临床转化研究

目的：应用 microRNAs（miRNAs）芯片技术筛选成球培养法及贴壁培养法培养细胞系 MDA-MB-231差异表达的 miRNA,发现三阴型乳腺癌（TNBC）相关的 miRNA。方法用干细胞培养基成球培养法筛选 TNBC 干细胞,应用 miRNAs 芯片技术筛选成球培养法及贴壁培养法培养细胞系 MDA-MB-231差异表达的 miRNA,同时选取5例新鲜 TNBC 癌组织及其癌旁组织运用荧光定量 RT-PCR 对差异表达的 miRNAs 进行验证。运用靶基因预测软件预测差异表达 miRNAs 可能的调控靶基因。结果通过 miRNAs 芯片的检测及 SAM 软件分析,选取细胞培养数据中筛选得到 TNBC 干细胞较 TNBC 细胞表达上调的5个 miRNA（ hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-1231、hsa-miR-489-3p）,下调的4个 miRNA（ hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-18a-3p、U25）。荧光定量 RT-PCR 结果是 hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-18a-3p、U25表达上调,hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-489-3p、hsa-miR-1231表达下调。芯片检测结果及荧光定量 RT-PCR 结果一致的 miRNA 为 hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p,并对其进行生物信息学分析;分析出 MicroRNA-297所对应靶基因为 SLC7A6、SLC7A5、SLC25A44、7A5、AAK1、SMYD1、NDE1、PDE3B、STC1、SUSD1。结论 MicroRNA-297及其靶基因SLC7A5可能在乳腺癌发生发展及干性形成过程中发挥重要作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...