高通量测序技术在新生儿地中海贫血基因筛查中的应用

目的分析高通量测序技术在新生儿地中海贫血基因筛查中的检测效能。方法选取2018年9月-2019年6月在我院接受孕前检查的627例孕妇作为本次对照实验的研究对象,均对其使用高通量测序技术及常规筛查两种方法进行地中海贫血基因筛查,详细记录两种筛查方法的检测效能。结果在627例接受孕前检查的孕妇中,通过多种方法学检测,地中海贫血基因阳性检出219例,占比34.92%,219例阳性孕妇中,α-地贫基因者135例,占比61.64%,β-地贫基因74例,占比33.78%,α合并β地贫基因10例,占比4.56%。通过对219例孕妇采用高通量测序技术进行检测,准确检测出217例,误诊2例,准确率99.08%;而对孕妇实施规筛查,准确检测出168例,准确率76.71%。由此可见,高通量测序技术的检查准确率较高,且明显高于常规筛查,数据间差异具有明显可比性(P<0.05)。结论通过使用高通量测序技术来对产前孕妇进行地中海贫血基因进行筛查,准确率高,为孕妇提供优生优育咨询,防止出生缺陷等方面具有重要意义。     

高通量测序技术在脓毒症病原微生物检测中的价值

脓毒症是急危重症医学面临的重要临床问题,发病率、病死率居高不下,早期病原微生物诊断对尽早实施目标治疗、降低病死率至关重要。目前的病原微生物检测技术在及时性和准确性等方面仍有欠缺。高通量测序技术一定程度上能够克服传统病原学检测技术的缺点,并正在逐步应用于临床,但目前仍存在一系列问题。本文将对该技术在脓毒症病原微生物检测中的价值及其优缺点作一综述。     

Sanger测序法在乙型肝炎患者耐药突变检测中的应用

目的分析Sanger测序在乙型肝炎病毒(HBV)耐药和基因型检测中的应用,并进一步探讨替比夫定(LdT)、阿德福韦(ADV)、拉米夫定(LAM)、恩曲他滨(FTC)、替诺福韦(TDF)以及恩替卡韦(ETV)6种核苷酸药物耐药发生的情况,为临床用药提供参考。方法收集中日友好医院215例HBV-DNA拷贝数大于103的乙型肝炎患者血清,提取血清中的HBV-DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)方法进行扩增,并对PCR产物进行Sanger测序,使用STANFORD软件分析比对测序结果。并采用SPSS17.0软件进行统计学处理。结果本研究中,共有40例(18.6%,40/215)患者检测到发生耐药基因突变,其中具有对应参考价值的为21例(9.77%,21/215)。这215例患者中相关药物耐药突变发生率从高至低依次是LdT(9.77%,21/215)、FTC(7.44%,16/215),ETV(6.98%,15/215),LdT(6.05%,13/215),ADV(0.93%,2/215);未检出与TDF耐药相关突变。215例患者中C基因型发生率明显高于B基因型(P0.01),C基因型与B基因型基因突变情况差异无统计学意义(P0.05)。结论该研究提示Sanger测序可以较全面地分析乙型肝炎耐药基因突变情况;并且该研究也提示LAM药物作为慢性乙型肝炎(CHB)治疗首选药物的高耐药发生性。     

高通量测序技术在循环肿瘤DNA检测中的应用

目的 肿瘤是影响人类生命的重要威胁因素,肿瘤的早期诊断、预后及疗效评估有利于提高患者的生存率.目前临床上癌症的伴随诊断主要依靠肿瘤组织病理、内窥镜等检查,但都存在侵入性和异质性的问题.而在肿瘤细胞DNA中发生的分子变化如突变、易位和甲基化等,在循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)中也...     

高通量测序在细菌进化分析中的应用与展望

近年来,随着抗菌药物的滥用,全球范围内的多重耐药菌逐年增加。对细菌进化规律的探究可能是解决这一问题的关键。高通量测序,又称为下一代测序（NGS）,可以合理利用细菌全基因组所蕴含的强大信息,在细菌进化规律的探索中展现出前所未有的分辨能力。本文主要就NGS的概述及其在细菌进化分析方面的研究与进展进行简要综述。     

应用高通量测序技术检测甲状腺乳头状癌相关基因变异

摘要：目的?探讨高通量测序技术(next generation sequencing，NGS)在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer，PTC)相关的15个靶基因变异检测中的应用价值。方法?收集2019年1月至2020年6月就诊的188例PTC患者手术切除的癌组织石蜡包埋标本，采用NGS技术检测其中15个目标基因；利用GATK 4.0.2.0、VarScan.v2.3.9和 Factera 1.4.4软件分析基因变异的特点。结果?共计80.32%(151/188)的标本检出突变。其中74.47%(140/188)的标本检出1个点突变或基因融合突变，5.32%(10/188)的标本同时检出2个点突变，0.53%(1/188)的标本同时检出3个点突变。151例突变标本中共检出点突变及基因融合突变163个，其中BRAF基因检出率最高。在所有双突变的标本中，2个不同突变等位基因突变丰度基本一致。在3个基因同时发生突变的标本中，TERT和NRAS基因等位基因突变丰度基本一致，而TP53基因等位基因突变丰度显著低于其他2个基因。PTC患者基因突变与性别(χ2=0.585，P>0.05)、年龄(χ2=0.575，P>0.05)及临床分期(χ2=0.711，P>0.05)均无关。结论?NGS技术检测PTC相关基因突变位点具有经济、效率高和可定量的优势，可为患者的诊断、预后和个体化治疗提供依据。     

低深度高通量测序技术在早期流产中的应用

目的:探讨低深度高通量测序技术(CNV-seq)在早期流产中的应用。方法:将2017年1月～2018年1月我院收治的265例早期流产患者(99例染色体核型异常)作为研究对象,取其绒毛或胚胎组织,提取DNA,采用低深度高通量测序技术分析其基因组信息,并与常规染色体核型相对照,分析染色体异常的类型及检出率情况。结果:265例早期流产患者中出现99例染色体核型异常者,发生率为37.36%;其中染色体异常核型分布:16三体12例(12.12%)、13三体6例(6.06%)、21三体9例(9.09%)、2三体3例(3.03%)、3三体4例(4.04%)、8三体3例(3.03%)、10三体4例(4.04%)、22三体3例(3.03%)、常染色体缺失或重排27例(27.27%)、45,X 21例(21.21%)、47,XYY 3例(3.03%)、47,XXX 4例(4.04%)。低深度高通量测序对核型异常检出率为100.00%,显著高于常规染色体分析的74.75%,比较具有统计学差异(P0.05)。结论:低深度高通量测序技术较常规染色体分析对早期流产患者基因组信息的检出率较高,值得临床选择。     

高通量测序法检测胃癌患者融合基因LRP5-LITAF

目的了解胃癌发病过程中融合基因表达水平的变化,探讨其在胃癌的发病机制中的作用。方法用Illumina高通量测序仪对早期胃癌患者组织及匹配的癌旁组织进行RNA测序,以检测差异基因表达水平及结构变化。结果在胃癌组织中发现1 590个基因上调和709个基因下调;功能富集分析表明,这些差异表达基因富集于细胞周期、肿瘤侵入与扩散有关的基因实体(gene ontology,GO)注释中;且在约40%(2/5)的胃癌患者的癌组织中发现融合基因LRP5-LITAF。结论发现了胃癌发病过程中的大量差异表达基因及融合基因LRP5-LITAF,为胃癌的辅助诊断及靶向治疗提供了初步实验依据。     

高通量测序在中草药研究中的应用

高通量测序技术,也被称为“下一代”测序技术,它能够一次对几十万到数百万条分子同时进行测序,是对传统测序的一次革命性改变,具有里程碑式的意义［1］。高通量测序经过数年的发展,已经成为一项较为成熟的研究手段,在转录组测序,基因甲基化,宏基因测序,基因组拼接,micro‐RNA 测序等方面极大地促进了中草药基因的研究发展,对传统中草药进行高通量测序研究,可以从整体水平上了解目标物种的功能基因概况,明确活性成分的代谢通路,为中草药研究奠定分子生物学基础,为传统中草药理论提供现代生物学阐释。本文对高通量测序技术在中草药研究中的应用综述如下。     

高通量测序技术筛查单基因隐性遗传病

目的探讨用高通量测序技术筛查新生儿单基因隐性遗传病,评估其用于孕前筛查或产前诊断的可行性。方法用目标基因筛选和高通量测序分析法分别对非孕妇的血液基因组DNA和孕妇的血浆游离DNA样本进行400多种遗传病相关基因的全面筛查分析。结果用高通量测序技术成功地在非孕妇的血液中检测出相关的致病基因,并在疑似地中海贫血患者的基因组中发现了导致地中海贫血症的致病突变基因HBB(chr11:5246595 C/G);成功地从孕妇血浆游离DNA检测出来自胎儿的遗传病相关致病基因突变,平均每个样本中有1~4个突变,基因型为杂合型。结论高通量测序技术可用于隐性基因携带者的孕前筛查及产前诊断。     

高通量测序在非小细胞肺癌基因突变研究中的应用

目的对非小细胞肺癌(NSCLC)精准化诊疗相关的28种肿瘤驱动基因进行高通量测序,分析多基因突变与疾病临床特征的关系。方法收集重庆大学附属肿瘤医院2017年1月至2018年10月396例NSCLC患者标本,对EGFR、ALK、ROS1、KRAS、NRAS、HRAS、PIK3CA、TP53、PTEN、BRAF、HER2、RET、MET等28种基因进行高通量测序分析。结果EGFR基因突变占基因突变总检出例数的35.35%,且基因突变频率最高的前5个基因占总突变的63.89%,表现出明显的肿瘤主基因突变聚集现象。EGFR基因亚型同样呈明显的主次分布规律,其中最常见的突变亚型是19del、L858R,分别占45.00%、41.43%。EGFR基因的19del、L858R和20ins 3个亚型多为单突变,而T790M、G719X、S768I、L861Q等亚型则常表现为共突变。T790M伴随L858R突变常常是原发性突变,T790M与19del共突变则常常是获得性突变。EGFR突变标本发生其他多基因突变的检出率显著低于无EGFR突变标本,可能是因为EGFR基因突变抑制了其他基因发生突变。结论高通量测序可高效检测NSCLC患者与靶向治疗相关驱动基因的突变情况,可为研究多基因突变的内在关系及突变负荷提供有效工具,为临床医生制订NSCLC患者的精准诊疗方案提供有力支撑。     

物理治疗飞行员慢性咽炎196例临床观察

目的 比较超短波联合中频疗法和常规疗法治疗慢性咽炎的效果。方法将386例患者随机分成两组，196例一组用物理疗法治疗，对照组190例用常规疗法．比较两组的有效率。结果治疗组的有效率是94．9％，对照组的有效率是78．4％。通过统计学处理．X^2=22．84．(P＜0．01)。两组之间有显著差异性。治疗组疗效明显优于对照组。结论物理疗法在治疗慢性咽炎上疗效优于常规疗法.     

Sanger测序技术在检测肺癌吉西他滨化疗耐药敏感基因CDA中的应用

目的分析吉西他滨耐药敏感基因胞苷脱氨酶(CDA)多态性位点突变,以实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法为参照,探讨Sanger测序技术应用于临床样本检测的适用性。方法随机选取255例ⅢB和Ⅳ期晚期非小细胞肺癌(NSCLC)外周血样本,提取DNA,分别采用qPCR法和Sanger测序法检测CDA基因G208A和A79C突变情况,评价Sanger测序法检测的敏感度和特异度。结果 255例ⅢB和Ⅳ期晚期NSCLC外周血样本Sanger测序法和qPCR法检测CDA基因突变的成功率分别为98.04%(250/255)和97.25%(248/255)。以qPCR法为参照,Sanger测序法检测的敏感度和特异度分别为92.50%和99.52%,两种方法检测出的突变分型完全吻合。结论采用Sanger测序法可有效检测耐药基因CDA突变,实现了突变分型,可准确、高通量、高效检测CDA突变位点,为临床NSCLC对吉西他滨用药敏感提供一种有效检测手段。     

慢性咽炎病人的个性特征及心理干预治疗的应用

[目的]探讨慢性咽炎病人心理干预的效果。[方法]对慢性咽炎病人用康奈尔医学指数(CMI)量表筛查出心理亚健康病人,再用艾森克人格问卷(EPQ),对病人干预前后进行心理状况调查,记录相关资料。[结果]实验组总有效率83.67%,对照组总有效率59.18%,两组比较差异有统计学意义(P<0.01);干预后,实验组EPQ中N、P量表分值低于对照组,E分高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。[结论]通过有目的地给予病人适当的心理干预,尽可能维护病人的心理健康和社会功能,从而提高慢性咽炎的治疗效果。     

Identification of novel variants in ten patients with Hermansky-Pudlak syndrome by high-throughput sequencing

Background: Hermansky-Pudlak syndrome (HPS) is a rare inherited platelet disorder characterized by bleeding diathesis, oculocutaneous albinism (OCA) and a myriad of often-serious clinical complications.Methods: We established the clinical and laboratory phenotype and genotype of six unrelated pedigrees comprising ten patients with clinical suspicion of HPS; including platelet aggregation, flow cytometry, platelet dense granule content, electron microscopy and high-throughput sequencing (HTS).Results: The clinical presentation showed significant heterogeneity and no clear phenotype-genotype correlations. HTS revealed two known and three novel disease-causing variants. The Spanish patients carried a homozygous p.Pro685Leufs17* deletion (n = 2) in HPS4, or the novel p.Arg822* homozygous variant (n = 1) in HPS3. In the case of two Turkish sisters, a novel missense homozygous HPS4 variant (p.Leu91Pro) was found. In two Portuguese families, genetic studies confirmed a previously reported nonsense variant (p.Gln103*) in DTNBP1 in three patients and a novel duplication (p.Leu22Argfs*33) in HPS6 in two unrelated patients.Conclusions: Our findings expand the mutational spectrum of HPS, which may help in investigating phenotype-genotype relationships and assist genetic counselling for affected individuals. This approach is a proof of principle that HTS can be considered and used in the first-line diagnosis of patients with biological and clinical manifestations suggestive of HPS.

Key messages

• We established the relationships between the clinical and laboratory phenotype and genotype of six unrelated pedigrees comprising ten patients with clinical suspicion of HPS.
• Molecular analysis is useful in confirming the diagnosis and may offer some prognostic information that will aid in optimizing monitoring and surveillance for early detection of end-organ damage.
• This approach is a proof of principle that HTS can be considered and used in the first-line diagnosis of patients with biological and clinical manifestations suggestive of HPS.

     

1704例慢性乙型肝炎患者拉米夫定耐药相关基因突变分析

目的对慢性乙型肝炎(CHB)患者进行拉米夫定(LAM)多位点耐药突变检测。方法提取病毒核酸,对聚合酶链反应扩增产物进行测序,采用DNA STAR(Lasergene)软件分析测序结果。结果共对1 704例CHB患者进行耐药突变检测,检出的主要突变类型为rtM204V/I,约占60.1%,约36.1%的患者合并rtL180M突变,1.3%的患者合并rtV173L突变。结论rtM204V/I是LAM耐药突变的主要类型,可合并rtL180M或rtV173L突变;准确检测各类型耐药突变对临床用药具有重要的指导意义。     

高通量测序技术在尿路感染及腹膜透析相关腹膜炎病原学诊断中的价值

目的 比较尿路感染、腹膜透析相关腹膜炎患者采用高通量测序技术、常规培养法对病原体的检出情况,探讨高通量测序技术在尿路感染、腹膜透析相关腹膜炎病原学诊断中的应用价值.方法 收集77例尿路感染患者中段尿标本,36例腹膜透析相关腹膜炎患者透析流出液标本,分别应用高通量测序技术、常规培养法进行检测,记录病原体检出率及病原体分布...     

外显子捕获-高通量测序技术用于法洛四联症胎儿遗传学检测

目的用外显子捕获-高通量测序(exon-capture high-throughput sequencing,EC-HTS)技术寻找法洛四联症(tetralogy of fallot,TOF)胎儿可能存在的遗传学致病性证据,并探讨其在产前分子遗传学诊断中的价值。方法选择经超声心动图发现且G显带和微阵列比较基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,a CGH)分析结果均正常的9例TOF胎儿作为研究对象,以63个人类已知的先天性心脏病致病基因作为检测靶点制作捕获芯片,用EC-HTS技术进行检测,数据经过Calling、数据库比对、软件分析得到最终病理性突变位点;并用Sanger测序对其进行验证。结果在9例胎儿中共检测到单核苷酸多态性(SNP)位点732个,结果经过生物信息学分析得到致病性突变位点3个:CITED2 c.574_579 del AGCGGC(p.S192_G193del纯合突变,CHD7c.2550_2554 del GAGAA(p.K850Nfs*6)杂合突变,NOTCH2 c.4918TC(p.F1640L)杂合突变。Sanger测序结果验证了这3个突变位点的真实存在,父母溯源检测发现这3个点突变均为新发突变。结论用靶向性EC-HTS技术发现了3例TOF胎儿存在病理性基因突变,可能为其致病的遗传学病因。     

支持性心理疗法在慢性肥厚性咽炎中的临床应用

目的：支持性心理疗法与金嗓利咽丸联合治疗慢性肥厚性咽炎的疗效观察。方法选择240例慢性肥厚性咽炎患者,随机分为观察组和对照组,对照组给予金嗓利咽丸治疗,观察组在对照组基础上联合支持性心理治疗,对比观察两组的疗效。结果观察组和对照组总有效率分别为91．67％和67．50％,两组差异有统计学意义（P＜0．05）。结论金嗓利咽丸联合支持性心理疗法治疗慢性肥厚性咽炎疗效满意,值得临床推广。     

一株多重耐药铜绿假单胞菌耐药基因的研究

目的：研究铜绿假单胞菌多重耐药情况和相关机制。方法：采用聚合酶链式反应（PCR）法对一株多重耐药铜绿假单胞菌进行β-内酰胺酶基因、氨基糖苷类修饰酶基因、氯霉素类基因、耐消毒剂和磺胺类基因检测。结果：PCR结果显示该株PA的TEM,MIR,CTX-M1群,OXA-1群,OXA-10群,aac（6′）-b,aac（6′）-,aac（3）-,ant（2″）-,catB,qacE△1-sul1基因均为阳性,GES,DHA,VEB,cmlA基因均阴性,Opr D2未缺失。结论：该株铜绿假单胞菌存在多重耐药基因,而且对胺类、胍类消毒剂耐受。