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1.
目的评价SYBR Green I实时荧光定量多重PCR结合熔解曲线分析快速筛查葡萄球菌常见大环内酯类耐药基因的可行性,利用此筛查方法了解深圳地区葡萄球菌中大环内酯类耐药基因的分布情况。方法选取经测序鉴定携带有大环内酯类耐药基因ermA,ermB,ermC,msrA的葡萄球菌,用一个包括这四种耐药基因引物的SYBRGreenI多重实时荧光定量PCR检测,经荧光定量曲线和熔解温度曲线(Tm值)确证和反应条件优化后建立针对大环内酯类常见耐药基因的初筛体系;随机选取临床136株葡萄球菌,利用此初筛体系对136株葡萄球菌是否携带常见大环内酯类耐药基因进行检测,并对检测结果和表型、电泳、测序结果进行比较,从而对此方法进行评价。对携带有大环内酯类耐药基因的细菌进行基因型别的鉴定,以了解大环内酯类耐药基因的分布情况。结果此SYBR GreenI实时荧光定量多重PCR初筛体系检测葡萄球菌常见大环内酯类耐药基因与表型检测比较达到94.8%(129/136)的一致性,与琼脂糖凝胶电泳结果和测序结果比较达到100%的一致性。136株葡萄球菌检出msrA,ermA,ermB,ermC四种耐药基因,耐药基因总检出率为75.7%(103/136),并发现多株携带多种大环内酯类耐药基因的葡萄球菌。结论SYBR GreenI实时荧光定量多重PCR可以快速准确地筛查葡萄球菌是否携带有常见的大环内酯类耐药基因;深圳地区葡萄球菌大环内酯类耐药率较高,主要耐药基因是ermC 56.6%(77/136),msrA24.2%(33/136),ermA12.5%(17/136)。  相似文献   

2.
目的从屎肠球菌临床分离株中克隆一种介导屎肠球菌对万古霉素耐药的新基因簇。方法采用16SrRNA测序对临床株Efm-HS0661进行菌种确认,并行多位点序列分型(MLST);通过药敏试验及接合试验,了解菌株耐药性及其可转移性;通过PCR扩增、步移法测序、限制性内切酶片段克隆获取万古霉素耐药基因及其周边序列,并将获得序列与已知万古霉素耐药基因簇进行比对。结果临床株经16SrRNA测序确认为屎肠球菌,MLST分型属ST78型;该菌株对万古霉素及替考拉宁耐药,且可通过接合试验发生转移;测序获得一6592bp核苷酸序列,为含6个万古霉素耐药相关基因的基因簇,其基因结构与已知耐药基因簇不同,命名为vanM型基因簇。其中vanM全长1032bp,其编码蛋白VanM与VanA、VanB、VanD、VanF基因氨基酸序列同源性分别为79.7%、69.7%、66.0%和78.5%。结论从万古霉素耐药屎肠球菌临床株中发现了一种新型万古霉素耐药基因簇——vanM型基因簇。  相似文献   

3.
焦磷酸测序技术快速检测结核分枝杆菌利福平耐药性研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的利用焦磷酸测序技术,建立一种高通量结核分枝杆菌利福平耐药性快速基因检测方法。方法应用生物素标记的引物扩增rpoB基因片段,经链亲和素标记的磁珠分离制备单链模板,设计2个测序引物在焦磷酸测序仪上检测rpoB基因耐药突变区的81bp序列突变情况,与H。Rv序列比对后判断耐药结果。结果通过建立的基于焦磷酸测序技术的结核分枝杆菌rpoB基因突变检测平台,32株利福平耐药株均在rpoB基因片段上检测到突变,22株利福平敏感株未检测到突变,检测结果与直接测序符合率达100%。结论本方法可快速、准确、高通量检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。  相似文献   

4.
目的:分析嗜麦芽窄食单胞菌对临床常用抗菌药物的耐药性,探讨明确嗜麦芽窄食单胞菌Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类整合子的存在情况以及所携带的耐药基因盒,为本地区更好地预防和控制嗜麦芽窄食单胞菌感染性疾病提供帮助。方法收集临床分离的51株嗜麦芽窄食单胞菌采用微量肉汤稀释法测定嗜麦芽窄食单胞菌对17种抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC)。根据 GenBank 注册的基因序列设计引物,PCR 扩增Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类整合子。对整合子阳性菌株扩增其可变区产物进行测序分析,所得结果在 GenBank数据库中进行同源性比对,了解可变区中含有基因盒的信息。结果(1)51株嗜麦芽窄食单胞菌标本来源分布以痰液最多,为41株,占80.39%,感染人群主要以60岁以上年龄段为主,为38株,占74.5%。病房分布:重症监护室(ICU)20株,占39.22%;呼吸内科13株,占25.49%;干部病房6株,占11.76%,所占比例较大。(2)药敏结果显示嗜麦芽窄食单胞菌对多数常用抗菌药物耐药性较高,部分菌株表现出对9种以上抗菌药物的多重耐药。(3)51株嗜麦芽窄食单胞菌 PCR 基因扩增结果7株菌Ⅰ类整合子阳性(13.7%),没有检测到Ⅱ、Ⅲ类整合子,Ⅰ类整合子可变区携带的耐药基因包括 aacA4、aadA1、catB8、dfrA17和 aphA15五种。结论嗜麦芽窄食单胞菌对多数常用抗菌药物耐药性较高,部分菌株表现出多重耐药性。Ⅰ类整合子是嗜麦芽窄食单胞菌多重耐药的重要因素之一。  相似文献   

5.
目的通过基因芯片技术快速检测临床血清样本中乙型肝炎病毒的基因亚型和耐药突变情况。方法同时用荧光定量PCR和基因芯片2种方法检测211例临床慢性HBV感染血清样本,并用DNA测序对基因芯片HBV分型和耐药结果进行验证。结果211例样本荧光PCR定量结果均大于或等于5.0×10^2IU/mL,基因芯片检出阳性210例,未检出的1例样本定量值小于1.0×10^3Iu/mL。210例基因芯片检测阳性的样本,基因芯片检测显示耐药突变病例67例,占31.9%;基因亚型2种,其中B型137例,占65.2%,c型69例,占32.9%,B、C混合感染4例,占1.9%。上述210例样本经DNA测序验证,基因亚型和耐药突变类型完全符合。结论基因芯片技术具有准确、灵敏、高通量的特点,适用于临床乙型肝炎病毒基因分型和耐药突变检测。  相似文献   

6.
目的 对多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌进行全基因组分析,为研究其耐药机制提供依据。方法 采用含美罗培南的MH培养基对粪便标本进行初筛,经BD Phoenix100全自动微生物鉴定仪进行菌种鉴定及药敏试验,提取耐药菌总DNA进行二代测序和细菌多位点序列分型(MLST),经质粒全基因组序列分析检测质粒的组分和功能,并与参考质粒进行比较,通过质粒接合转移实验分析耐药质粒传递情况。结果 413份粪便标本中分离出1株多重耐药弗劳地枸橼酸杆菌,该菌株对头孢菌素类、碳青霉烯类抗菌药物、复方磺胺甲噁唑的耐药率均为100%,对氨曲南、环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素等抗菌药物呈现不同程度耐药;MLST分型的耐药弗劳地枸橼酸杆菌为ST22型,该菌株共含有5 412个基因,含耐药基因367个,包括碳青霉烯酶类耐药基因、AmpC酶基因、大环内酯类耐药基因、氨基糖苷类耐药基、喹诺酮类耐药基因等。质粒的全基因组分析结果显示,该质粒含碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1、blaSHV12,该质粒与泄殖腔肠杆菌菌株ECN49质粒和肺炎克雷伯菌菌株质粒pA575-NDM有极高的同源性;质粒接合实验显示,blaNDM-1和blaS...  相似文献   

7.
王玉月  史伟峰  周军 《检验医学》2013,(11):1008-1011
目的了解重症监护病房(ICU)患者分离的广泛耐药(XDR)-鲍曼小动杆菌(AB)对氨基糖苷类药物获得性耐药基因情况。方法用phoenix-100全自动细菌鉴定药物敏感性分析仪对AB进行细菌鉴定和药物敏感性试验,gyrA和parC基因扩增测序确定AB。聚合酶链反应(PCR)测定20株XDR—AB的10种氨基糖苷类修饰酶基因、6种16SrRNA甲基化酶基因和外排泵adeB基因,并用DNA测序比对。结果20株XDR—AB中,氨基糖苷类修饰酶基因aac(3)-I、aac(6’)-Ib、ant(3”)-I、aph(3’)-I检出率分别为90.0%、30.0%、95.0%、95.0%,而aac(3)-lI、aac(6’)-Iad、aac(6’)-lI、ant(2”)-I、ant(4’)-I及aph(3’)-VIa基因均未检出。armA型16SrRNA甲基化酶基因和外排泵adeB基因检出率均为100%。结论20株XDR—AB均携带rarmA和adeB基因,同时aac(3)-I、ant(3”)-I和aph(3)-I检出率较高,提示ICU分离的XDR—AB对氨基糖苷类药物高水平耐药可能与携带的耐药基因有关。  相似文献   

8.
消毒液中污染的凝固酶阴性葡萄球菌耐药基因定位研究   总被引:3,自引:0,他引:3  
对分离自使用中消毒液的29 株CNS,进行了质粒消除前后的耐药性研究。结果,消除质粒前,29 株CNS耐药重数为138 ,消除质粒后减至25 ,即由质粒介导的耐药性占81 .9 % (113/138) ,由染色体编码者占18 .1 % (25/138) 。结果显示同一质粒可同时携带多个耐药基因。表明质粒介导在CNS耐药中起主要作用。  相似文献   

9.
目的探讨结核分枝杆菌对链霉素的耐药分子机制,建立基于焦磷酸测序(pyrosequencing)技术的快速检测结核分枝杆菌链霉素耐药性的方法。方法用扩增后直接测序的方法检测了150株结核分枝杆菌链霉素耐药株的rpsL基因,并用pyrosequencing技术对其中20株的rpsL基因43位密码子进行了检测。结果150株链霉素耐药株中2株rpsL基因缺失,115株rpsL基因存在突变,突变率为77.7%,最主要的突变形式是43位密码子突变,pyrosequencing的检测结果与测序结果相符。结论rpsL基因突变是产生链霉素耐药的重要分子机制,pyrosequencing技术具有快速、准确等特点,适用于对耐链霉素结核分枝杆菌进行快速高通量的检测。  相似文献   

10.
摘要:目的:检测质粒介导的喹诺酮类外排基因qepA在临床分离的产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的大肠埃希菌中的分布情况,并对阳性菌株进行同源性分析。 方法:用Vitek2 Compact系统对57株大肠埃希菌进行鉴定和药敏实验,用PCR法检测qepA基因并进行基因测序及序列比对。用细菌基因组重复序列PCR技术(rep-PCR)和芯片分析技术对qepA阳性菌株进行基因分型及同源性分析。 结果:57株大肠埃希菌对环丙沙星、左氧氟沙星、庆大霉素、妥布霉素及阿米卡星的耐药率分别为86.0%(49/57)、82.5%(47/57)、70.2%(40/57)、26.3%(15/57)和8.8%(5/57)。6株大肠埃希菌检测到qepA基因,检出率为10.5%。Diversilab分析结果表明,含qepA的大肠埃希菌相似性为70.4%~97.2%,未发现高度同源的菌株。 结论:临床分离大肠埃希菌菌株可检出质粒介导的喹诺酮类外排基因qepA。  相似文献   

11.
目的了解云南省昆明某医院临床铜绿假单胞菌分离株耐药特征及耐药基因分子流行病学特征,为临床治疗与控制院内感染提供依据。方法 2013年6 9月共收集全院不同病区感染患者28株铜绿假单胞菌。微生物自动分析仪鉴定菌株及耐药分析。PCR扩增及序列分析β-内酰胺酶bla基因、氟喹诺酮类及氨基糖苷类耐药基因及IS插入元件及整合子。脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分析菌株间遗传变异关系。结果全部菌株呈现多重耐药且存在有广泛耐药性(extensively drug-resistant,XDR)及泛耐药性(pendrug-resistant,PDR)菌。100%(28/28)菌株对一代/二代及大部分三代/四代头孢霉素、磺胺类及叶酸代谢途径抑制剂耐药。85.7%(24/28)菌株对碳青霉烯类抗生素美罗培南(MEM)、亚胺培南(IMP)耐药,50.0%(14/28)菌株对厄他培南(ETP)耐药。92.9%(26/28)菌株同时携带β-内酰胺酶基因、氟喹诺酮类及氨基糖苷类耐药基因,且菌株间基因谱存在较大不同。blaFOX/qnr B/aac A4为主要耐药基因谱(21.4%,6/28)。57.1%(16/28)菌株携带int1整合酶基因,21.4%(6/28)菌株携带ISCR1插入元件,35.7%(10/28)菌株携带ISEcp1插入元件。PFGE显示14株菌株分为8个克隆群。结论本研究铜绿假单胞菌分离株存在较高耐药率,多种耐药基因存在不同克隆菌株中,提示耐药基因在菌株间及不同菌种间存在快速传播风险。  相似文献   

12.
目的:了解耐二线氨基糖苷类结核分枝杆菌临床分离株rrs与rpsl基因突变特征及其与耐药的关系。方法对136株活动性肺结核患者痰标本分离的结核分枝杆菌进行菌型鉴定及结核分枝杆菌药敏试验,提取耐二线氨基糖苷类结核分枝杆菌DNA,应用PCR扩增rrs和rpsl目的片段,并进行测序、比对验证。结果从136株临床结核分枝杆菌中筛选出耐二线氨基糖苷类菌株25株(18.3%,25/136),其中耐卷曲霉素13株(9.56%,13/136)、耐卡那霉素9株(6.62%,9/136)、耐卷曲霉素和卡那霉素2株(1.47%,2/136)、耐卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星1株(0.73%,1/136)。经测序分析,25株均存在rrs和(或) rpsl基因突变(100%,25/25),其中双基因联合突变3株,共计两种类型:rrs A1401G和rpsl AAG43AGG、AAA121AAG (2株);rrs A1401G和rpsl AAG88AGG、AAA121AAG(1株);rpsl单基因双突变3株,共计两种类型:rpsl AAG43AGG、AAA121AAG(2株);rpsl GGT11GTT、AAA121AAG(1株),rpsl 基因的GGT11GTT突变尚未见相关文献报道,为新的突变位点;余19株为单基因单突变rpsl AAA121AAG。结论结核分枝杆菌对二线氨基糖苷类耐药与rrs和rpsl基因突变有关,rrs A1401G与rpsl基因GGT11GTT突变为进一步研究耐药机制以及耐药结核病的快速检测提供了依据。  相似文献   

13.
目的分析氨基糖苷类高水平耐药(HighLevelAminoglyeosideResistant,HLAR)肠球菌的耐药性与耐药基因,并研究其耐药分子机制。方法采用VITEK-2全自动鉴定仪法测定53株氨基糖苷类高水平耐药肠球菌对11种抗菌药物的最小抑菌浓度,用聚合酶链反应(PCR)检测肠球菌转座子Tn917和Tnl546/Tn916、红霉素耐药基因er—mB、毒力岛基因mefA、I类整合酶Intll、氯霉素耐药基cat、表面蛋白基因esp,并对万古霉素耐药肠球菌(Vancomy—cin—resistantEnterococc,VRE)进行基因分型(vanA、vanB、vanC)。结果53株肠球菌检出含ermB26株,占49.0%;含mefA9株,占17.0%;含Tnl546/Tn91619株,占35.8%;含Tn91711株,占20.8%;含Intll26株,占49.1%;含esp15株,占28.3%;未检出cat。53株肠球菌对复方新诺明全部耐药,对红霉素耐药高达94.3%,对高水平庆大霉素、高水平链霉素、环丙沙星、四环素和氨苄西林的耐药率分别为75.5%、73.6%、75.5%、66.0%、62.3%;对利奈唑胺和替考拉宁的敏感率高达98.1%;1株耐万古霉素,其基因和表型均为VanA。结论HLAR肠球菌可携带多种耐药基因,耐药基因与肠球菌耐药性密切相关,可能在多重耐药机制中起重要作用。  相似文献   

14.
目的了解肠球菌属的耐药性趋势和耐药基因分布,为临床合理用药提供依据。方法采用VITEK2COMPACT全自动微生物鉴定系统对2008年1月至2012年5月间临床送检标本中分离的319株肠球菌进行鉴定和药敏试验,采用PCR方法对ermB、mef、gyrA耐药基因进行研究。结果319株肠球菌中以屎肠球菌最多205株(64.26%),其次为粪肠球菌63株(19.75%),其他种类肠球菌51株(15.99%)。肠球菌常用抗生素药敏结果显示屎肠球菌和粪肠球菌耐药率最低的是万古霉素(1.0%.1.6%),其次是利茶唑胺和替考拉宁(3.9%,3.2%),耐药率最高的是红霉素(94.6%,79.4%)。肠球菌中ermB基因阳性率为73.4%(234/319),gyrA基因阳性率为67.1%(214/319),reef基因均为阴性。结论肠球菌获得gyrA基因和ermB基因是肠球菌对氟喹诺酮类药物和红霉素类药物耐药的主要原因。  相似文献   

15.
目的研究一株临床分离的碳青霉烯类药物耐药产气肠杆菌的耐药机制和耐药基因传播机制。方法采用琼脂稀释法检测菌株对抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC),采用质粒接合试验、质粒提取、DNA分子杂交、等电聚焦电泳(IEF)、聚合酶链反应(PCR)、DNA测序和外膜蛋白分析研究菌株的耐药基因及其传递机制。结果 IEF显示临床分离的产气肠杆菌株含有3条β-内酰胺酶条带,等电点(pI)分别为5.4、6.7和7.8。PCR扩增及测序结果表明它们分别为TEM-1(pI 5.4)、KPC-2(pI 6.7)、DHA-1(pI 7.8)β-内酰胺酶。接合菌含有2条β-内酰胺酶条带,pI为6.7和7.8。接合试验、质粒提取和分子杂交试验结果显示KPC-2和DHA-1基因定位于同一个约56 kb大小的质粒上。与临床野生产气肠杆菌株相比,外膜蛋白电泳分析显示耐药分离株缺失41 000外膜蛋白。结论产气肠杆菌分离株对碳青霉烯类抗菌药物耐药可能由A类2f组KPC-2酶介导,DHA-1酶合并外膜蛋白缺失也可能与碳青霉烯类药物耐药机制形成有关。  相似文献   

16.
目的研究临床分离的2株亚胺培南耐药的大肠埃希菌分子耐药机制。方法通过琼脂稀释法检测亚胺培南耐药的大肠埃希菌对多种抗菌药物的敏感性,采用肠杆菌科基因间重复性一致序列(ERIC)-聚合酶链反应扩增分析(PCR)对耐药菌株进行同源性分析,采用特异性PCR和序列分析、接合试验、质粒提取和质粒消除试验检测耐药菌株的分子耐药机制。结果大肠埃希菌对包括碳青霉烯类和喹诺酮类在内的多种抗菌药物耐药,同源性分析显示2株菌株属于同一克隆型,PCR和序列分析显示耐药株菌携带KPC-2、qnrA、TEM-1和I类整合酶基因并且伴有外膜蛋白OmpK36基因的缺失,质粒提取和质粒消除试验证实KPC-2和I类整合酶基因定位于约54 kb质粒。结论大肠埃希菌中出现质粒型碳青霉烯酶基因KPC-2,并且同时携带其他耐药相关基因,表现为多重耐药,KPC-2合并外膜蛋白缺失是大肠埃希菌对碳青霉烯类耐药主要机制。  相似文献   

17.
目的研究临床分离的一株肺炎克雷伯菌(K30)对碳青霉烯类抗菌药物耐药的机制。方法采用琼脂稀释法测定肺炎克雷伯菌K30对13种抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC);用改良Hodge试验检测碳青霉烯酶;聚合酶链反应(PCR)检测A类碳青霉烯酶(KPC)、B类碳青霉烯酶(NDM、IMP、VIM、SIM)、超广谱β-内酰胺酶(ESBLs,CTX、TEM、SHV)、头孢菌素酶(AmpC,FOX、EBC、ACC、DHA、CIT、MOX)基因和Ⅰ类整合子;实时荧光定量PCR分析肺炎克雷伯菌膜孔蛋白基因ompK35、ompK36的mRNA表达;利用质粒接合试验研究肺炎克雷伯菌K30耐药基因的水平传播能力。结果药物敏感性试验显示,肺炎克雷伯菌K30对包括碳青霉烯类抗菌药物在内的11种抗菌药物均耐药,仅对头孢西丁钠中介,对阿米卡星敏感。肺炎克雷伯菌K30的改良Hodge试验为阳性。PCR扩增A类碳青霉烯酶基因KPC和2种ESBLs基因CTX、SHV为阳性,其PCR产物经测序后同GenBank数据库比对证实分别为KPC-2、CTX-M3和SHV-38。其余耐药基因和Ⅰ类整合子扩增均为阴性。与肺炎克雷伯菌(ATCC 700603)相比,膜孔蛋白基因ompK35、ompK36的表达没有降低。质粒接合试验未成功获取结合子。结论临床分离的一株对碳青霉烯类抗菌药物耐药的肺炎克雷伯菌主要耐药机制与产A类碳青霉烯酶KPC-2合并产ESBLs有关,且KPC-2可能不由质粒介导。  相似文献   

18.
目的分析研究自中段尿培养中分离鉴定出的无迁徙性生长β溶血普通变形杆菌KM-19的生物学特性、耐药机制及基因组特点,为临床合理用药提供指导。方法常规方法分离培养菌株;采用VITEK-2 Compact全自动微生物分析仪进行菌种鉴定和体外药物敏感性试验;利用鞭毛染色和半固体动力试验观察鞭毛缺失情况;采用高通量测序技术对该菌全基因组测序,采用生物信息学方法进行序列组装、基因预测与功能注释,并深入挖掘菌株的表型机制及耐药机制相关基因簇信息。结果VITEK-2 Compact鉴定结果为普通变形杆菌。 全基因组测序结果显示基因组组装共得48个重叠群,基因总长度3 319 152 bp,平均长度904.89 bp,占基因组全长的85.50%,无重复序列,鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)(G+C)含量为38%。 该菌比对到普通变形杆菌可信度最高,也验证了VITEK-2 Compact鉴定结果准确。 该菌对一二代头孢菌素、氨苄西林、呋喃妥因、复方新诺明、替加环素耐药,其余均敏感。 鞭毛染色油镜下未见鞭毛结构,半固体动力试验阴性;基因组测序序列与VFDB数据库比对结果显示细菌鞭毛基因及相关基因未缺失,但鞭毛基因序列中发现可接受甲基化的趋化性蛋白基因Ⅲ/Ⅰ位点和甲基转移酶基因,还有溶血素基因(hlyB)。基因组序列与CARD数据库比对结果显示存在OXY型和CTX-M型基因及主动外排泵基因。结论该株菌无迁徙性生长现象,其主要机制可能是鞭毛基因或相关基因被甲基化,使细菌不能有效表达菌体外鞭毛蛋白,丧失迁徙生长能力;β溶血表型可能由外源性溶血素基因(hlyB)插入细菌基因组中并有效表达。 该菌体外耐药情况与OXY型和CTX-M型基因及主动外排泵基因密切相关。  相似文献   

19.
目的 了解医院临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况及氟喹诺酮类相关耐药基因存在状况.方法 用BD Phoenix100全自动微生物分析仪进行细菌鉴定和药物敏感试验,用聚合酶链反应(PCR)检测parC、gyrA两种氟喹诺酮类耐药相关基因.结果 70株铜绿假单胞菌呈现多重耐药,对环丙沙星、左旋氧氟沙星的耐药率分别为51.4%、50.0%,其余11种的耐药率在10.0%~100.0%.在70株铜绿假单胞菌中,39(55.7%)株分离菌检出parC基因,18(25.7%)株分离菌检出gyrA基因.结论 临床分离的铜绿假单胞菌多重耐药严重,携带parC和gyrA基因是本组试验菌株对氟喹诺酮类抗生素耐药的重要机制.  相似文献   

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