基于网络药理学的鸡血藤抗肝纤维化机制研究

目的运用网络药理学探讨鸡血藤抗肝纤维化的分子生物学机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台检索鸡血藤的所有化学成分,并筛选鸡血藤中的活性成分。对筛选出的活性成分进行靶点预测、基因注释。采用GeneCards、OMIM数据库筛选肝纤维化相关的疾病靶点,通过取活性成分靶点和疾病靶点的交集获得鸡血藤抗肝纤维化的潜在靶点。针对鸡血藤抗肝纤维化潜在靶点,利用STRING数据库构建蛋白互作网络图,并进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果最终筛选出鸡血藤的活性成分24个及其对应靶点56个,肝纤维化的疾病靶点共6 899个。取交集后,获得鸡血藤抗肝纤维化的潜在靶点49个,其中度值排前5位的靶点依次为表皮生长因子受体、MYC、白细胞介素6、雌激素受体1和血管内皮生长因子。GO功能富集分析和KEGG通路分析结果显示,鸡血藤抗肝纤维化的潜在靶点参与了154个生物学过程、23个细胞成分和46个分子功能,涉及前列腺癌信号通路、人类巨细胞病毒感染信号通路、乙型肝炎信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、EB病毒感染...     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学和分子对接探讨白及治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:探讨中药白及治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCSMP)上获取白及的有效活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、Disgent数据库中检索溃疡性结肠炎的疾病靶点,进一步获取药物和疾病的共同靶点,使用Cytoscape软件构建相关网络图,利用STRING数据库对供电靶点进行PPI分析并筛选出核心靶点,利用R语言进行GO和KEGG富集分析靶点的生物学过程和相关通路,最后针对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果:筛选得到9个活性成分,疾病靶点共1159个,通过拓扑分析得到核心靶点10个。GO富集分析得到BP、CC、MF条目共30条,KEGG富集分析得到相关信号通路20条。分子对接提示活性成分和核心靶点对接构想稳定。结论:白及治疗溃疡性结肠炎主要与抗炎、调节免疫、促进溃疡愈合等功能相关,作用机制主要涉及PI3K/Akt、Rap1、MAPK等信号通路。     

西洋参茎叶三醇组皂苷抗缺血性脑卒中作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨西洋参茎叶三醇组皂苷(PQTS)在缺血性脑卒中(IS)发生发展过程中潜在的作用机制。方法：整合Swiss Target Prediction、中医药百科全书(ETCM)、 SEA Search Server和DisGeNET等数据库获取PQTS作用于IS的潜在靶点。利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建潜在作用靶点的蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过拓扑网络分析得到PQTS作用于IS的核心靶点。通过DAVID在线分析网站进行潜在作用靶点的基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,获取相关信号通路。应用Cytoscape 3.9.1软件构建PQTS-靶点-信号通路网络,进行拓扑网络分析,筛选PQTS潜在主要活性成分。通过AutoDock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果：得到PQTS作用IS的潜在作用靶点122个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡调控、细胞内信号传导过程和细胞对外源性物质的调控等生物学过程,KEGG富集分析涉及白细胞介素信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白...     

基于网络药理学探讨五苓散治疗心力衰竭作用机制

目的根据网络药理学方法对五苓散治疗心力衰竭(HF)的作用机制进行研究探讨。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散进行活性成分及靶点筛选,检索与疾病靶点有关的数据库TTD、Pharmg KB、Dis Ge NET筛选HF的作用靶点,构建韦恩图得到五苓散治疗HF的作用靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立成分-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于TCMSP得到五苓散治疗HF的30种活性成分和58个潜在靶点,构建韦恩图得到交集核心靶点26个,GO功能富集分析得到条目163个,其中生物过程条目118个、细胞组成条目15个、分子功能条目30个;KEGG通路富集分析得出条目46个,主要包括细胞凋亡、钙离子信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-AKT信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗HF多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了五苓散治疗HF的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

基于网络药理学分析角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...     

应用网络药理学对鸡血藤治疗动脉粥样硬化的机制探讨

目的:预测鸡血藤在治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点。在借助OMIM、Drugbank、TDD等数据库检索AS相关基因,并根据UniProt数据库分析靶点所对应的基因。应用Cytoscape 3.6.1构建化合物靶点关系网络,应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,最后在DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化合物靶点关系网络包括23个化合物和对应的110个靶点,其中涉及关键靶点包括BCL2,BAX,CASP9,JUN,CASP3,CASP8,PRKCA,PON1,NOS2,ESR1,AR等。GO功能富集分析得到GO条目535个,其中涵盖生物过程(BP)条目415个,涵盖分子功能(CC)43个,涵盖细胞组成(MF)77个。在KEGG通路富集筛选得到117条信号通路,其中已证实与AS相关的28条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路等通路。结论:鸡血藤中活性成分主要通过PRKCA、IL6、AKT1等靶点调节炎症相关通路来治疗AS。     

基于网络药理学探讨半夏泻心汤治疗糖尿病胃轻瘫胃排空延迟的作用机制

目的基于网络药理学方法分析半夏泻心汤的关键活性成分治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)胃排空延迟的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取半夏泻心汤的主要活性成分及其对应的作用靶点,在人类基因数据库(GeneCards)中搜索DGP胃排空延迟相关的靶点,利用Cytoscape3.7.1软件构建中药活性成分-靶点网络,运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,利用DAVID6.8在线工具进行靶点的GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果筛选出半夏泻心汤复方中的152个活性成分,作用于108个靶点,其中关键靶点21个,包括AKT1、ESR1和STAT3等。GO功能分析共获得392条富集结果,其中,生物过程主要涉及对药物的反应,对凋亡、蛋白磷酸化和基因表达的调控等299条;分子功能涉及酶结合、蛋白结合、细胞因子活性等37条;细胞组分涉及细胞质、细胞外区域、线粒体和细胞核等56条。KEGG分析结果显示,TNF、HIF-1和PI3K-Akt等信号通路与半夏泻心汤治疗DGP胃排空延迟密切相关。结论本研究初步揭示半夏泻心汤治疗DGP胃排空延迟是多成分、多靶点和整体调节的复杂过程,为后续研究提供新的理论依据。     

网络药理学常见不同富集方法比较研究——以当归补血汤治疗贫血为例

目的:以当归补血汤治疗贫血为例比较常见网络药理学不同富集方法的差异,并对当归补血汤的活性成分和核心靶点进行分子对接,为后续网络药理学研究提供参考。方法:从TCMSP数据库、Uni Prot数据库、Gene Cards数据库获取当归补血汤活性成分、作用靶点及贫血相关靶点,用在线Venny 2.1.0平台对活性成分作用靶点和贫血靶点取交集,用Cytoscape 3.7.1绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络。交集靶点导入STRING蛋白互作数据库构建PPI网络,取DC值的2倍中位数得到核心靶点。使用Auto Dock软件对活性成分和核心靶点进行分子对接、验证成分和靶点的结合性。用Metascape数据库、DAVID数据库、Cytoscape软件的Glue GO插件及R语言的“cluster Profiler”程序包对核心靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,取KEGG通路分析结果前20条信号通路进行比较。结果:当归补血汤活性成分共22个,对应...