利用抑制消减杂交技术(SSH)研究与Ty21a免疫相关的基因

目的:利用抑制消减杂交技术（SSH）筛选与Ty21a免疫相关的新基因。方法:以Ty21a免疫小鼠的肠细胞为tester,以正常小鼠的肠细胞为diver,提取mRNA,反转录构建cDNA文库,利用SSH技术筛选Ty21a免疫相关的新基因。结果:通过SSH技术和cDNA微矩阵技术,发现了7条与GenBank中已公布的表达序列标签（expressed　sequence tag,EST）片段没有明显同源性,可能为Ty21a免疫相关的新基因。其中3条正在用RACE-PCR法进行获得全长cDNA的工作。结论:SSH技术是一种高效的差异基因筛选方法,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法,Ty21a可诱导多种免疫相关新基因的表达。     

抑制性消减杂交筛选不稳定性心绞痛相关基因

目的:筛选并鉴定不稳定性心绞痛淋巴细胞相关差异表达基因,探讨不稳定性心绞痛发病的分子机理。方法:应用抑制性消减杂交技术(SSH)和斑点杂交技术,筛选不稳定性心绞痛组和稳定性心绞痛组淋巴细胞差异表达基因,应用反向Northern杂交和RNA狭线杂交技术,鉴定并获得阳性序列表达标签(EST),将获得EST测序,并进行同源性比较。结果:在不稳定性心绞痛组获得3个阳性EST,在稳定性心绞痛组获得1个阳性EST,全部为已知基因的部分序列。结论:所筛选的EST与不稳定性心绞痛的患者动脉粥样硬化斑块不稳定有关。     

机械张应变诱导的大鼠血管平滑肌细胞磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路相关基因的筛选

目的 筛选机械张应变诱导的大鼠血管平滑肌细胞(VSMCs)磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路的相关基因.方法 应用FX-4000T 细胞应变加载系统,对大鼠主动脉VSMCs施加1 Hz、10 % 张应变,Western blotting检测细胞在不同加载时间下Akt磷酸化水平的变化;用抑制消减杂交法(SSH) ,筛选给予PI3K的抑制剂Wortmannin和给予DMSO 两组细胞在加载张应变24 h后的差异表达基因片段,得到的消减杂交产物连接到T 载体上,经过蓝白斑筛选,对所有阳性克隆进行菌液PCR筛选及测序,应用BLASTN进行序列比对.结果 机械张应变改变了VSMCs磷酸化Akt水平;SSH所获得的54个克隆随机挑选30个送测序,得到10个不同差异表达序列标签(EST),发现6个EST代表的大鼠基因可能与机械张应变诱导的VSMCs PI3K/Akt信号通路相关,它们是:High mobility group box 1(HMGB1), Neural precursor cell expressed(Nedd4a ), Cyclin-dependent kinase 5(CDK5), Histone deacetylase 3(HDAC3), Ubiquitin-like 1(Uble1a), Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1(hnRNP).结论 SSH有效筛选到了机械张应变诱导的VSMCs PI3K/Akt信号通路的相关基因,为进一步研究机械张应变诱导的血管病理生理改变提供了资料.     

利用抑制性减数杂交技术(SSH)研究IL-10抑制表达的新基因

目的　利用抑制性减数杂交 (SSH)技术筛选IL 10抑制表达的新基因。方法　以PHA刺激的U937细胞为tester,以PHA刺激同时IL 10抑制的U937细胞为driver,提取mRNA ,反转录构建cDNA文库 ,利用SSH技术筛选IL 10抑制表达的新基因。结果　通过SSH技术 ,发现了 15个可能的IL 10抑制表达的基因 ,其中 6个与GenBank中已公布的表达序列检签 (expressedsequencetag ,EST)片段没有明显同源性 ,为新基因 ,其中之一经EST拼接 ,得到全长cDNA ,为一种新的C C家族趋化因子 ,已被GenBank收录 ,收录号码为AF0 96 985。挑选 4个新基因进行Northernblot分析 ,发现IL 10可抑制其中 3个新基因表达。结论　SSH技术是一种高效的差异基因筛选方法 ,IL 10可抑制多种包括新细胞因子基因的表达     

从卵巢癌cDNA表达文库筛选肿瘤抗原基因的研究

目的：利用肿瘤患者自体血清筛选患者肿瘤cDNA表达文库（SEREX）,寻找肿瘤特异性抗原是肿瘤免疫学研究的新策略,由此方法所获B细胞抗原肽可为进一步寻找T细胞抗原肽,开展肿瘤免疫治疗和诊断提供线索。方法采用SEREX方法,筛选中国人卵巢癌cDNA表达文库,对获得的阳性克隆片段测序鉴定和进行BLAST同源性比较。采用RT－PCR,分析政党组织和肿瘤组织及肿瘤细胞株中6个新的EST片段的表达。结果,所获基因片段大多数为已知抗原基因（20／27）。根据其来源又可归类为结构基因。线粒体基因和调控基因。另外,获6个未知的EST片段。RT－PCR的结果表明,4个EST（EST87888、1750、1754和3533）片 肿瘤和正常组织中均有表达,2个EST在正常组织中未见表达,而在肿瘤组织中有表达,可能是与肿瘤相关或特异的EST片段。结论SEREX方法不失为一种有效筛选卵巢癌肿瘤抗原的新方法。所获肿瘤抗原候选基因,可进一步进行结构和功能的研究。     

小鼠生发泡完整卵母细胞一个特异基因的克隆及其在胚胎的表达

目的：克隆和筛选小鼠生发泡完整卵母细胞(Gv卵)特异基因，并检测其一在胚胎中的表达。方法：应用抑制性消减杂交技术(SSH)，建立Gv卵特异的cDNA文库。通过斑点杂交法进一步筛选并对阳性克隆进行序列测定和同源性分析；采用RT-PC方法观察其一在着床前胚胎的表达。结果：克隆发现18个基因和8个EST序列在GV卵中特异表达。RT-PCR显示该阳性克隆的基因在GV卵、MII卵、1-细胞胚胎和2-细胞胚胎有表达，其短片段是预期要扩增者，从MII卵开始表达下降；长片段在Gv卵、MII卵、1．细胞胚胎和2-细胞胚胎表达未见明显变化。长、短片段两端序列一致。结论：该基因是GV卵特异cDNA文库中的一个基因，且是母源性基因，提示该基因在卵母细胞成熟和合子基因激活中起一定作用。     

家族聚集性慢性乙型病毒性肝炎患者PBMC免疫相关的基因表达谱

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术,研究家族聚集性HBV感染者外周血单个核细胞(PBMC)免疫相关基因的表达谱。方法:在一聚集性HBV感染家族中,选取患者5例和患者的正常配偶4例,提取PBMC中的RNA,与涵盖2.2万个EST的寡核苷酸表达谱基因芯片U133A2.0杂交,通过Affymetrix扫描仪和DNT分析软件比较患病组与对照组PBMC免疫相关基因的的表达谱,获得基因的相对表达比值。结果:在2.2万个EST中,初筛出24个免疫相关差异表达基因,7个基因表达上调,17个表达下调。上调的主要是与适应性免疫相关的基因,下调的主要是与固有免疫相关的基因。结论:宿主感染HBV后,可改变其免疫基因表达,固有免疫功能的障碍可能是HBV感染慢性化的主要原因。     

小鼠GV卵中母源基因的克隆和其中一个基因在植入前胚表达的研究

目的 克隆和筛选小鼠生发泡完整卵母细胞(GV卵)中母源基因，并检测其中一个基因在植入前不同发育阶段胚中的表达，初步了解该基因在卵母细胞发育成熟及早期胚发育中的作用。方法 应用抑制性消减杂交技术(SSH)，以生发泡完整的卵母细胞为检测子(tester)，8-细胞胚为驱赶子(driver)，建立GV卵中母源基因的cDNA文库。通过斑点杂交法进一步筛选GV卵中母源基因的cDNA文库，对阳性克隆进行序列测定和同源性分析；并采用RT-PCR方法观察其中1个阳性克隆的基因在着床前胚的表达。结果 克隆得到18个基因的cDNA序列和8个同源EST序列在GV卵中特异表达，包括PeroxiredoxinⅡ基因。RT-PCR显示PeroxiredoxinⅡ基因呈阶段性差异表达，在GV卵、MⅡ卵、1-胞胚和2-细胞胚有表达，但从MⅡ卵开始表达下降。而在4-细胞胚、8-细胞胚、桑椹胚和囊胚中不表达。结论 PeroxiredoxinⅡ基因是GV卵中母源基因cDNA文库中的一个基因，提示该基因在卵母细胞发育成熟和合子基因激活中起一定作用。     

日本血吸虫（中国大陆株）表达基因的大规模随机测序体系的建立

目的：建立日本血吸虫(中国大陆株)表达基因的大规模随机测序体系。方法：应用EST方法,从Sj cDNA库中随机挑选出单个重组克隆进行PCR直接序列分析,通过互联网将获得的EST序列送入WHO血吸虫基因库进行同源性检索。筛选出血吸虫未知基因EST,并克隆其全长cDNA。结果：完成了140个Sj表达基因EST序列测定,获得了100个可用于分析的EST序列,并在Genbank登录。其中已知血吸虫编码基因或EST序列46个,未知基因54个。结论：成功地建立日本血吸虫(中国大陆抹)表达基因的大规模随机测序体系,为进一步开最日本血吸虫(中国大陆株)表达基因的研究奠定了基础。     

心肌成纤维细胞在血管紧张素Ⅱ刺激下表达下调基因的分离和鉴定

目的：对成年大鼠心肌成纤维细胞（CF）受血管紧张素Ⅱ（AngⅡ）刺激后下调基因表达谱进行筛选及分析。 方法： 以受AngⅡ刺激CF为驱动方，未刺激CF为实验方，进行抑制消减杂交（SSH）建立消减cDNA文库。经斑点杂交筛选文库后将部分阳性克隆测序及进行同源性分析。 结果： 共获得17条下调表达基因，分别与胞内信号转导、转录抑制、纤维沉积和细胞骨架重构相关，并克隆到4条新基因表达序列标签（EST）。 结论： SSH有效地克隆了成年大鼠CF受AngⅡ刺激后下调表达基因，对这些基因的研究将有助于阐明心肌改建的分子机制。     

膀胱移行细胞癌免疫相关基因的研究

目的 探讨人膀胱移行细胞癌组织中免疫功能相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与免疫功能相关的差异表达的基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与免疫功能相关的基因有17个，明显上调基因8个，明显下调基因9个。结论膀胱肿瘤的发生、发展与多种免疫功能相关基因的异常表达有关。     

用mRNA差异显示方法寻找小鼠胸腺基质细胞差异表达基因

目的 寻找并初步分析小鼠胸腺基质细胞差异表达基因。方法 来源于小鼠胸腺基质细胞系的两株亚克隆细胸4（5）和4（12）,前者可诱导前体T细胞的进一步成熟,分别提以该两株细胞的总RNA,利用mRNA差异显示方法（DD－PCR）筛选4（5）细胞特异表达的基因片段。结果 得到了17个4（5）细胞特异表达的基因片段（expressed sequences tag,EST）,其中14个代表了尚未登录的小鼠新基因,另外3个则分别与小鼠的cytochrome Coxidase,Hsp65,Eps8基因高度同源。结论 DD－PCR方法是一种优良的寻找新基因的方法,小鼠胸腺基质细胞可能分泌或表达更多的新因子或分子。     

Cathepsin B is involved in the apoptosis intrinsic pathway induced by Bacillus Calmette-Guérin in transitional cancer cell lines

Bacillus Calmette-Guérin (BCG) is the most effective treatment for superficial and in situ transitional bladder cancer. Although the complete mechanisms for its effect are not fully understood yet, both immunological and direct effects on tumor cells have been proposed. It has been proposed that apoptotic tumor cells could be better inducers of immunity than necrotic ones. Thus, apoptosis of bladder cancer cells could contribute to a global response to BCG. Lysosomal hydrolase cathepsin B (CB) is involved in the apoptotic process and has a key role in breast cancer cell programmed death through the activation of a pro-apoptotic protein BID. Truncated BID participates in the mitochondrial apoptotic pathway that involves the activation of pro-caspase 9. The possibility that CB can be involved in apoptosis of TCC line has not been explored yet. Therefore, we analyzed the participation of CB in BCG-induced apoptosis of human and murine TCC lines. Apoptosis was evaluated by a morphologic assay and CB activity by a substrate-specific colorimetric method. Expression of CB, BID and pro-caspase 9 was determined by Western blotting. BCG induced apoptosis of murine (MBT2, MB49) and human (T24) TCC lines. An increase in both CB activity and protein was also observed. The apoptosis of T24 and MB49 cell lines was mediated by activation of pro-caspase 9 and BID, both proteins are involved in mitochondrial apoptosis. Apoptosis and activation of pro-caspase 9 and BID were inhibited by CA-074Me (CA), a cell permeable CB inhibitor. Thus, CB is involved in BCG-induced apoptosis of TCC lines, using at least in part the mitochondrial pathway.     

应用mRNA差异显示技术筛选大鼠小脑颗粒神经元凋亡模型中差异表达基因

目的： 应用mRNA差异显示技术对大鼠小脑颗粒神经元凋亡模型中差异表达基因进行筛选，克隆以及鉴定。方法: 大鼠小脑颗粒神经元的分离和原代培养；对大鼠小脑颗粒神经元凋亡逆转模型进行荧光mRNA差异显示逆转录PCR（FDDRT-PCR,fluorescent differential display RT-PCR）；EST片段亚克隆入pGEM-T EasyTM，克隆后测序并进行序列同源性检索；反Northern杂交重鉴定与筛选。结果: 通过DDRT-PCR获得164 个在小脑颗粒神经元凋亡模型中差异表达的ESTs；对其中的17个ESTs进行了克隆并测序；通过反Northern杂交的初步筛选初步鉴定出5个阳性片段。结论: 阳性差异表达EST的筛选、克隆以及鉴定为神经元凋亡与保护分子机制研究奠定基础。     

Improved subtractive suppression hybridization combined with high density cDNA array screening identifies differentially expressed viral and cellular genes

Suppression subtractive hybridization (SSH) combines normalization and suppression PCR effect step in a single cycle to isolate differentially expressed genes in two cDNA samples. The PCR suppression effect is mediated by long inverted terminal repeats. The efficiency of the restriction enzyme digestion and the adapter ligation are crucial in the success of the SSH. We modified the original SSH protocol in order to improve the efficiency of the subtraction. A magnetic bead based separation step has been included after the ligation step, to purify the successfully ligated fraction of the tester. EBV(NEO) infected Akata(-) Burkitt's lymphoma cell line was compared with the EBV(-) Akata(-) cell line to isolate differentially expressed genes with the improved SSH protocol. Some 44 cDNA clones that showed the greatest differences in expression have been sequenced. Of them, 20 showed more than 3-fold difference in expression. Seven of the 20 genes were EBV genes. To quantitate the expression levels, high density nylon cDNA array hybridization was optimized. Statistical analysis of the data revealed that the spotting of the arrayer is exceptionally reproducible, which makes the comparison of the hybridization of parallel filters possible.     

大鼠小脑部分表达序列标签的鉴定

目的:为了获取大鼠小脑特异表达的cDNA序列,筛选新的EST基因片段,以便进一步获取有意义的cDNA全基因。方法:以大鼠大脑、脑干mRNA逆转录cDNA作为driver(驱动)cDNA,大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为tester(测试)cDNA,经消减杂交法,消除与大脑及脑干相同的cDNA,并富集低丰度基因,从而获得大鼠小脑特异表达基因片段,以及低表达基因片段,克隆制备成大鼠小脑特异表达cDNA文库。结果:共挑选出32个阳性克隆质粒,测序得到34个不同基因片段的序列。最后用反Northern杂交去除假阳性,筛选出8个有意义的差异表达cDNA基因片段。同时,将测序结果与Genbank进行同源性比较,发现13个新的EST序列,并申请获得基因序列号(AW288461-AW288474)。结论:抑制消减杂交法是一种筛选特异表达基因的有效方法。本结果可为研究脑功能的分子机制提供有益的资料。