湖南汉族人群HLA-DR位点等位基因多态性与鼻咽癌的相关性研究

目的：探讨湖南汉族人群HLA-DR位点等位基因多态性与鼻咽癌遗传易感性之间的关系。 方法： 应用PCR/SSO基因分型技术对93例湖南汉族鼻咽癌患者和93例健康对照作HLA-DRB1、-DRB3、-DRB4、-DRB5基因分型，采用χ2检验比较两组各位点等位基因频率、单倍型频率分布的差异。 结果： NPC组DRB1*1101明显低于对照组，DRB1*0801明显高于对照组, 但P值经Bonferroni校正后，差异均无显著（Pc>0.05）。 结论： 湖南汉族人群HLA-DR位点与鼻咽癌无明显相关。     

人类白细胞抗原HLA-DPA1和HLA-DPB1基因高通量测序分型的研究

目的 建立可靠的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因HLA-DPA1和HLA-DPB1同步测序分型方法,研究南方汉族人群HLA-DPA1和HLA-DPB1基因的多态性.方法 根据HLA-DPA1和HLA-DPBI等位基因的全长序列,分别采用位点特异性引物扩增HLA-DPA1和HLA-DPBI目的基因片段,涵盖完整的第2外显子.PCR产物经磁珠纯化,用自行设计的测序引物及优化的测序反应体系对HLA-DPA1和HLA-DPB1第2外显子进行双向测序.纯化的测序反应产物经ABI 3730测序仪测序,用Assign 3.5 SBT软件分析结果.结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-DPA1和HLA-DPB1基因目的片段,对HLA-DPA1和HLA-DPB1基因的第2外显子进行的双向测序结果中,序列无背景信号和杂峰.在176名南方汉族健康无关个体中,共检出了4种HLA-DPA1等位基因,其频率分布依次为:DPAI* 02:02(0.589)＞DPAl* 01:03(0.284)＞ DPAI* 02:01(0.096)＞ DPAl* 04:01(0.031).HLA-DPB1检出了14种等位基因,其中频率大于5％的4种等位基因为:DPBl* 05:01、DPBl* 02:01、DPBl* 04:01和DPBl* 02:02,频率介于1％～5％的7种,其余3种等位基因的频率均为1％以下.HLA-DPB1测序分型的结果与用AtriaAlleleSEQR商品化测序分型试剂盒检测的结果一致.结论 建立了HLA-DPA1及HLA-DPB1测序分型的方法,在群体遗传学及疾病关联研究等领域具有广泛的实用价值.     

应用SBT直接测序分型法研究中国南方汉族人群HLA五个基因座单倍型

目的 研究中国南方汉族人群HLA-A、B、Cw、DRBl、DQBl等位基因多态性及单倍型的分布特征.方法 应用聚合酶链反应-直接测序分型(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)法对186名中国南方汉族健康人群HLA-A、B、Cw、DRBl、DQBl进行基因分型.结果 检出的HLA-A、B、Cw、DRBl、DQBl等位基因分别有28、49、24、29、20种.经统计分析A*0207-B*4601(10.81%),A*3303-B*5801(6.14%),B*4601-DRBl*0901(6.22%),B*4001*DRBl*0901(3.78%),DRBl*0901-DQBl*0303(12.16%)和DRBl*1202-DQBl*0301(8.38%)单倍型呈强连锁不平衡单倍型(RLF≥0.5,X<'2>>3.84,P<0.05);A*0207-B*4601-Cw*0102(10.75%),A*3303-B*5801-Cw*0302(5.14%),A*0207-B*4601-DR*0901(5.07%),A*3303-B*5801-DRBl*0301(2.96%),A*0207-B*4601-Cw*0102-DRBl*0901-DQBl*0303(4.87%)和A*1101-B*1301-Cw*0304-DRBl*1501-DQBl*0601(2.43%)单倍型分别是中国南方汉族人群常见单倍型.结论 中国南方汉族人群HLA 5个基因座单倍型分布具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点.本研究获得的较完整的HLA 5个基因座单倍型分布数据,将为人类学、HLA疾病相关性和器官移植等研究提供遗传学参考数据.     

中国南方汉族人群HLA-Cw座位基因多态性分析

目的 分析中国南方汉族人群HLA－Cw座位基因多态性。方法 采用ARMS／PCR技术对60名随机选择的南方汉族健康个体作HLA－Cw基因分型。结果 共检出12种HLA－Cw等位基因或等位基因组（allele group)，其中HLA－Cw*07、＊01、＊03为该人群最常见HLA－Cw基因，频率之和为0．6932；证实该群体中HLA－Cw＊08频率为0．1056，检出率明显高于血清学分型；检出HLA－Cw*1202、＊1203、＊14、＊15等4种经典血清学分型不能鉴定的HLA－Cw基因，频率之和为0．0673。结论 提供了中国南方汉族人群HLA－Cw座位基因频率正常值，证实ARMS／PCR作HLA－Cw分型具有准确、快捷的优点。     

湖南北部汉族人群MICA/B基因多态性研究

目的 研究MICA/B等位基因在湖南北部汉族人群中的分布特点.方法 采用PCR-SSP(PCR-sequence-specific primers)方法和PCR-SBT(PCR-sequence-based typing)方法对95名无亲缘关系的个体进行MICA/B基因分型.结果 在湖南北部汉族人群中共检测到11个MICA等位基因,频率最高的依次为MICA *010 (28.95％)、MICA *008∶01(20.53％)和MICA* 002∶01(15.79％);共检测到5种STR(short tandem repeat)型别,其中MICA* A5 (37.89％)和MICA* A5.1(21.05％)频率最高.在湖南北部汉族人群中共检测到10个MICB等位基因,以MICB* 005∶02/010最常见(58.42％),其他较常见的等位基因有MICB* 002∶01(10.00％)、MICB* 008 (7.89％).在湖南北部汉族人群中,单倍型MICA* 004-MICB* 004∶01与MICA* 010-MICB* 005∶02/010具有显著的连锁不平衡.将MICA/B基因在湖南北部汉族人群中的分布与该基因在其他人群中的分布进行比较,显示MICA/B基因的分布在不同人群之间存在差异.结论 湖南北部汉族人群有自己独特的分布特征.     

新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因多态性与肺结核易感的相关性研究

目的:探讨研究新疆石河子地区的汉族肺结核患者与汉族健康对照者的人类白细胞抗原(HLA)-DPB1等位基因的多态性及其与肺结核易感的相关性。方法:采用DNA水平基于测序的分型方法(Sequence-based typing,SBT),通过病例-对照研究93例新疆石河子地区汉族肺结核患者与96例同一地区的汉族随机健康对照者的HLA-DPB1位点的多态性,通过统计分析研究结果,筛选出易感和保护性基因。结果:在健康对照组中,共筛选出16个等位基因,其中HLA-DPB1*0501(28.1%)和HLA-DPB1*0201(27.6%)的基因频率显著高于其他位点,分别位居第一第二;病例组与对照组研究发现,HLADPB1*0201在对照组中的频率显著高于病例组(P0.05)。而HLA-DPB1*0501在病例组的频率显著高于对照组(P0.05)。结论:新疆石河子地区汉族人群HLA-DPB1基因频率与中国其他地区北方汉族人群大体一致;同时本研究提示HLADPB1*0501可能为新疆石河子地区汉族肺结核的易感性基因,而HLA-DPB1*0201则可能为其保护性基因。     

中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡研究

 目的 研究中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡单倍型。方法 对2000－2005年在我院进行异基因造血干细胞移植前HLA配型的白血病患者及与患者有血缘关系的家系供者共1500例的血液标本，采用低分辨序列特异性引物聚合酶链反应（PCR-SSP）方法进行HLA-DR/DQ基因分型，并对两位点间连锁不平衡参数进行统计学分析。1500例中患者650例，平均年龄25岁；家系供者850例，平均年龄42岁。结果 在41例的血液标本中发现13种罕见的连锁不平衡单倍型，主要为HLA-DQ8 或HLA-DQ9与不同DR位点的连锁。其中DR14/DQ4、DR4/DQ5、DR9/DQ6、DR9/DQ7、DR8/DQ8、DR9/DQ8、DR12/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9共9种单倍型尚未见报道。650例白血病患者中有20例存在12种罕见的连锁不平衡单倍型，850例家系供者中有21例存在8种罕见的连锁不平衡单倍型。DR8/DQ8单倍型只见于家系供者，而DR14/DQ4、DR12/DQ6、DR11/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9单倍型则只见于白血病患者。41例HLA-DR/DQ基因分型结果显示，连锁不平衡单倍型与DR52（DRB3）宽抗原相关联者占58.5%（24/41），与DR53（DRB4）宽抗原相关联者占36.6%（15/41），而与DR51（DRB4）宽抗原相关联者仅占4.9%（2/41）。所发现单倍型频率最高的为DR12/DQ8（0.0023）和DR9/DQ8（0.0023），其次为DR11/DQ9（0.0020）和DR12/DQ9（0.0017）。13种连锁不平衡单倍型的绝对及相对连锁不平衡参数均为负值，说明它们在中国汉族人群中较为罕见，并处于连锁不稳定状态。结论 发现了罕见的DR/DQ连锁不平衡单倍型，对补充中国汉族人群HLA-DR/DQ基因的连锁不平衡类型，提高HLA分型结果的准确性具有一定意义；同时，DR/DQ连锁不平衡单倍型在不同人群中的差异为疾病关联研究提供了思路。     

广东汉族人群HLA Ⅰ、Ⅱ基因多态性及单倍型分析

目的 检测广东汉族人群HLA-A、B、Cw、DRB1基因频率，分析该人群HLAⅠ、Ⅱ等位基因多态性及其单倍型特点。方法 骨髓移植供者160人，抗凝血提取DNA，半量全自动聚合酶链反应-单链构象多态分型检测HLA-A、B、Cw、DRB1基因型。结果 在低分辨水平分别检出HLA-A、B、Cw及DRB1等位基因12、23、11、13个。统计分析呈现显著连锁不平衡的HLA-A-B单倍型9个，B-Cw单倍型20个，A-Cw单倍型7个，HLA-A-DRB1单倍型8个，B-DRB1单倍型9个，Cw-DRB1单倍型10个。结论 广东汉族群体HLA-基因具有较为丰富的多态性，其双座位连锁不平衡单倍型具有地区性遗传特征。     

HLA-DRB1~* 1501与我国北方汉族儿童结核病的易感性研究

为了研究中国北方儿童结核病与HLAⅠ类基因的关联,我们采用PCR-SSO方法检测了97例北方汉族结核患儿和91例正常对照的HLA-DRBl,DQAl,DQBl等位基因.发现中国北方汉族儿童结核病与HLA-DRBl·1501有显著关联.进一步比较DR分子结构发现β链第86位氨基酸对结核病的易感性可能有重要意义.     

大连地区汉族人群HLA-A,-B,-DRB1 位点基因多态性研究

目的:了解大连地区汉族人群HLA-A,-B,-DRB1 位点基因多态性分布特征。方法:采用基因测序及序列特异性寡核苷酸探针的方法对10 000 名居住在大连地区健康汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A,-B,-DRB1 基因分型,从而得到等位基因频率。利用ARLEQUIN 软件估算单倍型频率及连锁不平衡参数,使用poptree2 软件计算两人群间遗传距离(DA)。结果:大连地区汉族人群中共检出HLA-A 基因18 个、HLA-B 基因32 个、HLA-DRB1 基因13 个,HLA-A*02(31.65%)、B*40(14.84%)、DRB1*15(15.82%)最为常见。三位点单倍型中A*30-B*13-DRB1*07(4.56%)频率最占优势,A*02-B*46-DRB1*09(2.43%)次之。A*30-B*13(6.00%)与B*13-DRB1*07(59.89%)为频率最高的两位点单倍型。A*33-B*58与B*13-DRB1*07 为大连地区汉族人群中最强连锁不平衡两位点单倍型,连锁不平衡参数分别为0.336 6 和0.665 1。大连汉族人群与国内某些人群进行比较,遗传距离最近的是黑龙江(0.001),其次为吉林(0.002)和山东(0.002),遗传距离最远的是台湾(0.047)。与国外其他人群进行比较,遗传距离最近的是泰国(0.029)和韩国(0.03),而遗传距离最远的是意大利(0.183)。结论:大连地区汉族人群HLA-A,-B,-DRB1 基因具有较为丰富的多态性,其分布符合北方人群的特点。     

Susceptibility to develop celiac disease is primarily associated with HLA-DQ alleles

We have recently reported that the susceptibility to develop celiac disease (CD) seems to be primarily associated to a particular combination of an HLA-DQA1 (DQA1*0501) and an HLA-DQB1 (DQB1*0201) allele: i.e., a particular DQ alpha/beta heterodimer. To investigate whether certain DP alleles might also contribute to the genetic susceptibility, DPA1 and DPB1 genes of 94 CD patients and 132 healthy controls were examined by probing in vitro amplified DNA with sequence-specific oligonucleotide probes corresponding to all hitherto known DPA1 and DPB1 alleles. The frequencies of the DPA1*0201 and of the DPB1*0101 alleles were increased in CD patients compared to healthy controls (0.31 versus 0.14 and 0.25 versus 0.08, respectively). However, these DP alleles were in linkage disequilibrium with CD-associated DQ alleles in the normal population, and the difference in frequency of these DP alleles was no longer significant when CD patients and healthy controls carrying the CD-associated DQA1*0501 and DQB1*0201 alleles were compared. DQB1*0201 homozygous individuals were overrepresented among DQB1*0201-positive patients compared to controls. When DQB1*0201 heterozygous patients and controls were compared, nearly identical frequencies of the DPA1*0201 and the DPB1*0101 alleles were found. Thus, the observed increase of the DPA1*0201 and DPB1*0101 alleles among CD patients seems mainly to be caused by linkage disequilibrium to the CD-associated DQ alleles.     

HLA—DR,DQ基因多态性与系统性红斑狼疮相关性的研究

应用聚合酶链反应结合顺序特异的寡核苷酸探针杂交（ＰＣＲ／ＳＳＯＰＨ）方法对江苏籍汉族ＳＬＥ患者和健康对照组ＨＬＡ－ＤＲＢ１、ＤＱＡ１：ＤＱＢ１基因作寡核苷酸分型。结果发现患者组中ＤＲＢ１＊１５０１、ＤＱＡ１＊０１０２等位基因频率及ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１５０１、－ＤＱＡ１＊０１０２、－ＤＱＢ１＊０６０２单倍型频率均明显高于正常对照组；相反，ＤＲＢ１＊０４（ＤＲ４）、ＤＱＡ１＊０６０１频率则明显低于正常对照组。所有ＤＱＢ１等位基因频率在两组间无显著差异，而ＤＱＡ１＊０１０２仅存在于ＤＲ２阳性的个体之中，推测汉族ＳＬＥ的易感基因可能靠近ＤＲ位点，且与单倍型ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１５０１、－ＤＱＡ１＊０１０２、－ＤＱＢ１＊０６０２紧密连锁，该单倍型可作为汉族ＳＬＥ易感的遗传标记。相反ＤＲ４，ＤＱＡ１＊０６０１则对ＳＬＥ发病可能有一定的保护性。     

用PCR-SSP方法研究广西壮族HLA-DQA1和B1基因多态性

目的　检测广西壮族ＨＬＡＤＱＡ１ ,Ｂ１ 基因的多态性。方法　应用ＰＣＲＳＳＰ 方法对１４０ 名健康、无血缘关系广西壮族人的ＨＬＡＤＱＡ１ 和ＤＱＢ１ 进行基因分型。结果　共检出７ 个ＤＱＡ１ 等位基因和１６ 个ＤＱＢ１ 等位基因。在检出的ＤＱＡ１ 等位基因中,０３０１ 的基因频率最高（３５ ％ ） ,０４０１ 的基因频率最低（１ ．１ ％ ） 。在ＤＱＢ１ 等位基因中,０６０１（２２ ．１ ％ ） ,０３０１（２０ ．７ ％ ） ,０５０１（１３ ．９ ％ ） 最为常见。未检出的等位基因包括ＨＬＡＤＱＡ１ ＊ ０２０１ ,０３０２ ,０６０１ ,ＤＱＢ１ ＊ ０６０３ ,０６０５ 和０６０８ 。结论　广西壮族ＨＬＡＤＱＡ１ ,Ｂ１ 基因的多态性不仅有中华民族的特点,而且也有其独特性。     

HLA-DQA1、DQB1、DRB1 02,07,09等位基因及单倍型在华东地区汉族人群的分布

应用ＰＣＲ－ＳＳＯ方法，对华东地区汉族人群进行了ＨＬＡ－ＤＱＡ１、－ＤＱＢ１和ＤＲＢ１＊０２，０７，０９基因分型。ＤＱＡ１中以ＤＱＡ１＊０３０１基因频率最高（０．３８４４），其次为＊０５０１（０．１４０６）和０１０２（０．１２１９），＊０４０１最低（０．０２８１）；ＤＱＢ１中以ＤＱＢ１＊０３０３基因频率最高（０．２３４２），其次为＊０３０１（０．１８９９）、＊０６０１（０．１２０３）和＊０２０１（０．１１０８），＊０５０１、＊０６０４和＊０６０５最低（均为０．０１２７）；ＤＲ９基因频率较高（０．２３１０），ＤＲ２中ＤＲＢ１＊１５０１占７３％，基因频率为０．０８５４，未见＊１６０１。ＤＱＡ１、ＤＱＢ１及ＤＲＢ１等位基因之间存在显著的连锁不平衡。ＤＲＢ１＊０９０１－ＤＱＡ１＊０３０１－ＤＱＢ１＊０３０３、ＤＱＡ１＊０１０３－ＤＱＢ１＊０６０１等为常见单倍型。本资料与我国其他汉族人群资料有可比性，也存在一定差异。     

中国湖北汉族HLA—Ⅱ类等痊基因频率的群体调查

调查中国湖北汉族人群ＨＬＡ－Ⅱ类基因频率。方法,用聚合酶链反应／序列特异性引物和聚合酶链反应／限制性片段长度多态性技术,对中国湖北汉族１６８名正常个体进行了ＨＬＡ－ＤＲＢ１（ｎ＝１６８）、ＨＬＡ－ＤＱＢ１（ｎ＝１６０）、ＨＬＡ－ＤＰＢ１（ｎ＝９３）基因的多态性检测。结果共检出３９种ＤＲＢ１、１５种ＤＱＢ１和１７种ＤＰＢ１等位基因型别,等位基因频率较高的分别是：ＤＲＢ１＊０９０１（ｇｅｎｅｆｒｅｑｕ     

HLA-DRB1、DQB1基因与汉族人群寻常型天疱疮的相关性研究

目的　探讨 HL A- DRB1、DQB1位点基因在汉族人群寻常型天疱疮易感性中的作用。方法用序列特异性引物 -聚合酶链反应方法 ,对 6 1例寻常型天疱疮 (pemphigus vulgaris,PV)患者和 5 7名正常对照进行了 HL A- DRB1、DQB1等位基因的分型 ,并分析了 DRB1、DQB1基因在两组中的分布。结果　与正常对照组比较 ,PV组 DR4、DRB1* 14 (* 14 0 1、* 14 0 4、* 14 0 5 )基因频率明显增高 (Pc分别 <0 .0 5及P<0 .0 1) ,差异有显著性 ;PV组 DQB1* 0 5 0 3、DQB1* 0 30 2基因频率明显增高 (Pc均 <0 .0 5 ) ,差异有显著性。对 DR4阳性样本的组内基因亚型分型结果发现 ,PV组中 DRB1* 0 4 0 3、DRB1* 0 4 0 6频率显著增高(Pc<0 .0 5 ) ,差异有显著性。 PV患者组单倍型 HL A- DRB1* 0 4 ,DQB1* 0 30 2和 HL A- DRB1* 14 ,DQB1* 0 5 0 3频率明显增高 (P<0 .0 5 )。结论　HL A- DRB1* 0 4 ,DQB1* 0 30 2和 HL A- DRB1* 14 ,DQB1* 0 5 0 3可能是汉族人 PV推测的易感单倍型。     

用核酸序列测定1型糖尿病HLA-DPB1和DQB1第2外显子基因

目的 研究山东省汉族1型糖尿病与HLA－DPB1和HLA－DQB1等位基因的相关性。方法 采用基于核酸序列测定的基因分型技术对52例1型糖尿病患者及38例正常对照进行了DPB1和DQB1基因分析。结果 DPB1＊2201（P＜0．01）和DQB1＊0201（P＜0．01）、＊0303（P＜0．05）及＊0604（P＜0．05）等位基因频率在糖尿病患者组显著高于对照组,而PB1＊0402（P＜0．01）和DQB1＊0301（P＜0．01）等位基因在糖尿病患者组显著低于对照组。结论 DPB1＊2201和DQB1＊0201、＊0303及＊0604等位基因可能是山东省汉族1型糖尿病的易感性等位基因,而DPB1＊0402和DQB1＊0301等位基因可能是山东省汉族1型糖尿病的保护性等位基因。     

Major histocompatibility complex class II alleles in an Uygur population in the Silk Route of Northwest China

Abstract: HLA class II (DRB1, DQA1, DQB1 and DPB1) genotyping was performed in 57 unrelated Uygur individuals inhabiting the northwestern China area by the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Among 98 DRBI alleles tested, 23 alleles were detected, and DRB1*0701 (16.7%) and DRB1*0301 (14.0%) were the most and the second most common alleles, respectively. In 8 DQA1 alleles detected, DQA1*05 (26.3%), DQA1*03 (21.9%) and DQA1*0201 (21.1%) were very frequent. Of 21 DQB1 alleles tested, 13 were observed. Among them, DQB1*02 was highly predominant with the gene frequency of 32.5%. Of 46 DPB1 alleles tested, 15 were detected, among which DPB1*0401 (31.6%) was the most frequent. Two haplotypes predominate clearly; DRB1*0701-DQA1*0201-DQB1*02 (15.5%) and DRB1*0301-DQA1*05-DQB1*02 (12.6%). The dendrogram constructed by the neighbour-joining (NJ) method based on the allele frequencies of the DRB1, DQA1, DQB1 and DPB1 genes of 13 representative populations all over the world suggested that Uygur belonged to the Asian group and lay at the closest genetic distance to a Kazak population inhabiting the same area.     

中国南方汉族人群HLA—DQB1基因对系统红斑狼疮的易感性研究

应用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ核苷酸分型方法，探讨了我国南方浙江沪汉族人群ＨＬＡ－ＤＱＢ１基因多态性与系统红斑狼疮（ＳＬＥ）的遗传关联性，对４８例ＳＬＥ患者的血样分析表明，ＳＬＥ患者具有显著高的ＤＱＢ１＊０６０１等位基因频率（３０．２１％，ＲＲ＝２．８９１９，Ｐｃａｒｒ＝０．０１１２，ＥＦ＝０．２０），ＤＱＢ１＊０６０１可能是一易感基因，而ＤＱＢ１＊０３０１（２．０８％，ＲＲ＝０．１１０８，Ｐｃｏｒｒ＝０，     

Next-generation sequencing of 11 HLA loci in a large dengue vaccine cohort from the Philippines

HLA genotyping by next-generation sequencing (NGS) has evolved with significant advancements in the last decade. Here we describe full-length HLA genotyping of 11 loci in 612 individuals comprising a dengue vaccine cohort from Cebu province in the Philippines. The multi-locus individual tagging NGS (MIT-NGS) method that we developed initially for genotyping 4–6 loci in one MiSeq run was expanded to 11 loci including HLA-A, B, C, DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, and DRB3/4/5. This change did not affect the overall coverage or depth of the sequencing reads. HLA alleles with frequencies greater than 10% were A*11:01:01, A*24:02:01, A*24:07:01, A*34:01:01, B*38:02:01, B*15:35, B*35:05:01, C*07:02:01, C*04:01:01, DPA1*02:02:02, DPB1*05:01:01, DPB1*01:01:01, DQA1*01:02:01, DQA1*06:01:01, DQB1*05:02:01, DQB1*03:01:01, DRB1*15:02:01, DRB1*12:02:01, DRB3*03:01:03, DRB4*01:03:01, and DRB5*01:01:01. Improvements in sequencing library preparation provide uniform and even coverage across all exons and introns. This has led to a marked reduction in allele imbalance and dropout. Furthermore, including more loci, such as DRB3/4/5, decreases cross-mapping and incorrect allele assignment at the DRB1 locus. The increased number of loci sequenced for each sample does not reduce the number of samples that can be multiplexed on a single MiSeq run and is therefore more cost-efficient. We believe that such improvements will help HLA genotyping by NGS to gain momentum over other conventional methods by increasing confidence in the calls.