基于网络药理学和分子对接技术研究川芎治疗三叉神经痛的作用机制

目的:研究川芎治疗三叉神经痛的有效成分并从分子层面揭示其作用机制。方法:检索中国知网、PubMed数据库,筛选川芎活性成分;利用PubChem数据库获取活性成分结构,并将其导入Swiss Target Prediction获取作用靶点;使用在线数据库GeneCards、OMIM、DrugBank获取三叉神经痛的相关靶点;将川芎作用靶点与三叉神经痛相关靶点通过映射获取川芎治疗三叉神经痛的潜在靶点,构建药物-成分-靶点-疾病网络。将潜在靶点导入STRING数据库,建立潜在靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape 3.9.1软件对其绘图进行优化及筛选核心靶点,并进行聚类分析;通过Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用Auto Dock软件对川芎活性成分和核心靶点进行分子对接,评价其结合能力。结果:共收集川芎活性成分21种、作用靶点728个、三叉神经痛相关靶点394个、川芎治疗三叉神经痛潜在靶点51个;绘制药物-成分-靶点-疾病网络,得到14种有效成分作用于三叉神经痛相关靶点。由蛋白质-蛋白质相互作用网络得到5...     

益脑康胶囊治疗缺血性脑卒中的网络药理学机制研究

目的运用网络药理学方法探究益脑康胶囊治疗缺血性脑卒中（Cerebral ischemic stroke,CIS）的潜在效 应机制。方法从中药系统药理学分析平台（TCMSP）及网络药理学分析平台（BATMAN-TCM）数据库中获取益 脑康胶囊的化学成分和靶点,通过人类基因数据库（GeneCards）获取缺血性脑卒中的治疗靶点,并利用R 语言 筛选共同靶点;使用Cytoscape 软件构建“药物有效活性成分-疾病靶点”可视化调控网络图,利用STRING 数 据库构建蛋白互作网络图（PPI）,然后运行R 语言对PPI 进行核心蛋白的筛选;最后,通过R 语言对共同靶 点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果共筛选出益脑 康胶囊36 种类药成分及541 个潜在靶点,缺血性脑卒中相关靶点1 826 个,药物-疾病共同靶点245 个,GO 功能富集分析涉及3 052 条生物过程,影响对氧化应激的反应、活性氧代谢过程、循环系统血管功能、对细菌 源分子的反应、对脂多糖的反应等过程;KEGG 通路富集分析得出170 条通路,涵盖了PI3K-Akt 信号通路、 丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE 信号通路、流体剪切应力与动脉粥样 硬化信号通路等重要通路。结论益脑康胶囊可能主要通过调节氧化应激、调控细胞功能、改善血管内皮功能 来发挥对缺血性脑卒中的治疗作用。     

基于网络药理学探究中药川芎治疗高血压的药理作用机制

目的:采用网络药理学的研究方法,探讨活血化瘀中药川芎治疗高血压的药理作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)检索并筛选川芎的有效成分及其作用靶点,通过Gene Cards、OMIM等数据库检索与高血压相关基因,利用Cytoscape构建并合并活性成分-靶点网络和疾病-靶点网络,通过网络拓扑分析筛选核心靶点,并采用DAVID数据库进行关键靶点的GO分析和KEGG通路富集分析,探讨其治疗高血压的分子机制。结果:通过数据库筛选和文献查阅共得到川芎有效成分23个,得到川芎与高血压的交集靶点为41个;将这些靶点进行PPI网络分析,得到degree较大的14个靶点蛋白,表明它们是川芎治疗高血压的主要作用靶点;并且发现这些关键靶点与15条信号通路相关,分别是HIF-1信号通路、钙信号通路、VEGF信号通路、PI3K-Akt信号通路、c GMP-PKG信号通路、雌激素通路等。结论:本研究从网络药理学的角度初步揭示了川芎治疗高血压的分子机制,为其进一步的药效物质基础分析和分子机制研究提供一定依据。     

静心止动方治疗小儿抽动障碍靶点的体外研究

目的：网络药理学分析静心止动方（JXZDF）治疗小儿抽动障碍（TD）的作用机制,并进行体外细胞验证。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医药百科全书（ETCM）数据库筛选JXZDF的有效成分,借助SwissTargetPrediction数据库预测成分靶点。通过GeneCards、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗性靶标数据库（TTD）、PharmGkb DisGeNET数据库获取TD疾病靶点。将成分和疾病2个靶点集取交集,即JXZDF治疗TD的潜在靶点。将交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件,构建“中药-活性成分-疾病靶点”网络图,并利用“CytoNCA”插件筛选核心靶点。最后通过基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析获得潜在的信号通路。通过活化的小胶质细胞进行实验验证,将JXZDF作用于活化的小胶质细胞,通过干预目标信号通路关键分子,采用蛋白质印迹法验证JXZDF作用于小胶质细胞的作用靶点。结果：网络药理学发现JXZDF的主要活性成分为槲皮素、豆甾醇、高车前素、β-谷甾醇、山柰酚等,PI3K/AKT信号通路可能是JXZDF治疗TD的关键通路。实验发现JXZDF能够下调活化后的小胶质细胞p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT蛋白表达（P<0.05）,而当JXZDF与PI3K激动剂740 Y-P联合应用后,该抑制效应被逆转（P<0.05）。结论：研究阐述了JXZDF治疗TD的潜在分子信号通路,证实了JXZDF能够通过下调PI3K/AKT信号通路干预小胶质细胞的功能,验证了网络药理学结果,为深入研究JXZDF治疗TD提供了依据。     

黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的网络药理学

目的 使用网络药理学的方法研究黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的机制。方法 在药物靶点预测平台Swiss Target Prediction上预测黄芪甲苷的靶点,借助人类基因数据库（GeneCards）,药物靶标数据库（TTD）,中医药研究综合数据库（TCMID）及中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索缺血性脑卒中疾病的靶点;将化合物靶点与疾病靶点作交集得到黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的潜在靶点。使用蛋白质相互作用平台（STRING）构建蛋白相互作用（PPI）网络,并通过网络拓扑分析筛选核心靶点。在生物学信息注释数据库（DAVID）中对交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。最后进行分子对接验证,进一步明确黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的核心靶点。结果 黄芪甲苷与缺血性脑卒中的靶点取交集后获得44个共同靶点,PPI网络拓扑分析发现蛋白激酶B1（Akt1）,肾素（REN）,表皮生长因子受体（EGFR）,血管内皮生长因子A（VEGFA）,非受体酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）是黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的核心靶点。KEGG通路富集分析结果显示,黄芪甲苷作用于缺血性脑卒中的通路涉及神经活性配体-受体相互作用通路,环磷酸鸟苷（cGMP）/cGMP依赖的蛋白激酶（PKG）信号通路、钙信号通路、小分子G蛋白（Rap1）信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路等。结论 黄芪甲苷可能通过作用于Akt1,REN,EGFR,VEGFA,SRC等靶点促进血管生成及抑制血小板活性进而改善脑血流量,又可以抑制脑部缺血组织细胞的凋亡及炎症反应等减轻神经功能的损伤,最终产生治疗缺血性脑卒中的效果。该研究结果为深入探究黄芪甲苷治疗缺血性脑卒中的作用机制提供了思路和引导方向。     

宣白承气汤治疗支气管哮喘的网络药理学分析

目的 运用网络药理学方法探讨宣白承气汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选宣白承气汤的活性成分及作用靶点,通过GeneCards数据库筛选支气管哮喘的疾病相关靶点,获取二者交集靶点,即宣白承气汤治疗支气管哮喘的潜在作用靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“疾病-药物-活性成分-靶点”网络,并分析网络中的核心活性成分;将交集靶点导入STRING数据库进行蛋白互作（PPI）网络分析,筛选出潜在核心靶点;运用R语言软件包对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 共筛选得到34个活性成分及64个潜在作用靶点（交集靶点）;获得香叶木素、羟基芫花素、泽兰黄醇素、α-菠菜甾醇等核心活性化合物,IL-6、MAPK3、MMP-9、PPARG和ICAM1等核心靶点;共筛选得到67条信号通路,关键通路包括神经活性配体-受体相互作用信号通路、c AMP信号通路、钙信号通路、TNF信号通路、Th17细胞分化、Th1/Th2细胞分化等。结论 宣白承气汤可能是通过香叶木素、羟基芫花素等关键活性成分,作用于IL-6、MAPK3、MMP-9等潜在核心靶点,调控神经活性配体-受体...     

基于网络药理学探讨芎芷地龙汤治疗偏头痛的作用机制

目的:分析芎芷地龙汤的活性成分,预测其治疗偏头痛的作用靶点及信号通路.方法:通过TCMSP平台收集芎芷地龙汤活性成分并进行ADME筛选,收集活性成分潜在靶点;通过GeneCards数据库收集偏头痛的相关疾病靶点,并与药物活性成分靶点取交集得到共同靶点,进行PPI分析;使用Cytoscape构建"药物-靶点-疾病"网络并进行分析,通过DAVID数据库对共同靶点进行GO富集与KEGG富集分析.结果:共筛选出芎芷地龙汤85个潜在活性成分和145个潜在治疗靶点;芎芷地龙汤治疗偏头痛关键靶点为JUN、TNF、MAPK1、AKT1、RELA等;可能参与的通路有Pathway in cancer通路、HIF-1信号、TNF信号通路、TLR信号通路、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、T细胞受体信号通路等.结论:槲皮素、β-谷甾醇等是芎芷地龙汤中的主要活性成分;TNF、MAPK1、AKT1等基因可能在治疗偏头痛时参与调控;芎芷地龙汤主要通过调节氧化应激反应、低氧反应、炎性因子释放、神经递质传递、血管张力等机制治疗偏头痛.     

基于网络药理学和分子对接探讨“当归-全蝎-地龙”药对治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探究“当归-全蝎-地龙”药对治疗缺血性脑卒中（IS）的作用机制。方法：通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN、Herb、ETCM或SymMap中查找并筛选得到药物的活性成分,通过Pubchem数据库检索活性成分的SMILES号,并将其传入SwissTargetPrediction数据库获得药物活性成分预测靶点;选用关键词“Ischemic Stroke”在Genecards、OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索与该病相关的主要靶点;运用Venny2.1.0绘制韦恩图,获取该药对与缺血性脑卒中的交集靶点。将以上得到的数据分别通过STRING获得交集靶点的蛋白网络;Cytoscape3.10.0构建“药物-活性成分-靶点”及蛋白互作（PPI）网络图;Metascape数据库进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;AutoDockTools对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果：“当归-全蝎-地龙”治疗缺血性脑卒中共有28个有效活性成分和363个对应靶点,主要有效成分有亚油酸、花生四烯酸、二...     

基于网络药理学和分子对接探讨川芎-石菖蒲药治疗血管性认知功能障碍的作用机制

目的：基于网络药理学方法研究川芎-石菖蒲药对治疗血管性认知功能障碍（Vascular Cognitive Impairment,VCI的关键靶点及其作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）查找川芎-石菖蒲药对的活性成分并预测作用靶点,利用Uniprot数据库整理靶点蛋白的基因信息,并与Gene Cards、OMIM数据库中有关VCI的相关基因进行交集合并。通过STRING在线数据库将疾病与药物交集靶点进行蛋白质相互作用分析,利用Metascape在线平台对核心靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制。结果：从TCMSP数据库检索到川芎-石菖蒲药对11个化合物成分以及对应的86个药物靶点,与VCI的1 075个靶点取交集后得到36个共同基因,其中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、肿瘤坏死因子、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3、前列腺素氧化环化酶2、JUN原癌基因为关键靶点。GO分析结果涉及的生物过程集中在炎症反应、氧化应激、神经元死亡调节,KEGG分析主要代谢通路包括磷脂酰肌醇-3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶信号通路、丝裂...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-当归药对对男性不育症作用的机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨熟地黄-当归药对治疗男性不育症的作用机制。方法：通过检索中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）数据库及查阅文献筛选出熟地黄-当归药对的活性成分和对应靶点，借助GeneCards、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）和DisGeNET数据库收集男性不育症作用靶点并通过Venny 2.1.0获得药物-疾病共同作用靶点，再利用Cytoscape 3.9.0软件构建“药对-活性成分-作用靶点”调控网络并进行拓扑分析。然后用STRING数据库作蛋白互作（PPI）分析筛选核心靶点。再用DAVID数据库对共同作用靶点进行基因本体（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析并构建“成分-靶点-关键通路”网络图。最后用AutoDock软件通过分子对接验证活性成分与核心靶点的结合能力。结果：熟地黄-当归药对存在6个活性成分及57个相关作用靶点，与男性不育症的1 361个靶点有19个交集靶点。这些靶点涉及蛋白结合、蛋白二聚体活动、酶结合、细胞老化与凋亡过程等生物学过程，干预癌症通路、Apoptosis通路、Hepatitis B通路、TNF信号通路等发...     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学与分子对接法探讨吴茱萸汤治疗偏头痛的作用机制

目的：采用网络药理学方法筛选吴茱萸汤的活性成分,预测其治疗偏头痛的潜在作用靶标和信号通路,进一步探究其作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选吴茱萸汤的活性成分和候选靶标,利用Gene Cards数据库和OMIM数据库去重、合并,预测吴茱萸汤的相关靶标,筛选吴茱萸汤的活性成分治疗疾病的潜在作用靶标;利用Cytoscape软件创建出“疾病-药物-成分-靶点”网络;凭借蛋白质相互作用数据库（STRING）创建潜在靶标蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并找到吴茱萸汤治疗偏头痛的关键基因蛋白;使用Metascape对吴茱萸汤治疗偏头痛的潜在作用靶标进行生物学功能和代谢通路分析;利用Auto Tools软件将核心成分和靶点蛋白进行分子对接,并用Pymol软件对结合能最低的分子进行可视化。结果：吴茱萸汤中共筛选出72种有效活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点201个;偏头痛与吴茱萸汤有106个共同靶点基因;...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学的“川芎-延胡索”药对作用机制研究

目的:运用网络药理学理念和技术研究"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点和药理学作用机制。方法:通过检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出川芎和延胡索的主要成分、靶点信息,采用Cytoscape软件构建活性成分-作用靶点网络,获取的靶点信息,筛选核心靶点。利用DAVID在线分析工具对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析。结果:从"川芎-延胡索"药对中筛选得到58个主要活性成分相关作用于靶点220个,主要涉及在癌症、信号传导、免疫、细胞通讯及凋亡等生物学过程中的多条信号通路。结论:本研究初步揭示了"川芎-延胡索"药对的主要活性成分、靶点及协同作用机制,为进一步深入探讨其药理学作用提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接分析黄芪治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的通过网络药理学方法联合GEO 数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）的核心 活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台（TCMSP）提取黄芪的活性成分 及对应靶点,借助Uniprot 数据库对靶点进行规范化,通过GEO 数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并 利用R 语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID 数据库、STRING 数据库对交集基因进行富集分析 和蛋白互作分析;通过Cytoscape 软件构建黄芪“活性成分-药物靶点”网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎“活性 成分-疾病靶点”网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina 软件进行分子对接验证, PyMol 软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16 个活性成分,对应189 个作用靶点;GEO 数据库提取获得 溃疡性结肠炎差异表达基因1 355 个;药物与疾病交集基因44 个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核 心活性成分异鼠李素（Isorhamnetin）和毛蕊异黄酮（Calycosin）,核心靶点前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2）;分子 对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等 主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2 等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结 肠炎的效用。     

基于网络药理学探讨黄秦艽保肝作用机制

该研究旨在预测民族药黄秦艽防治非酒精性肝病作用的活性成分和作用靶点及信号通路,并通过细胞实验对活性成分和相关靶点进行初步验证,阐述黄秦艽保肝的作用机制。通过中药成分及中药药理数据库和分析平台检索,结合药动学参数中的口服利用度和类药性原则筛选黄秦艽候选活性成分,通过蛋白数据库预测候选活性成分靶点,并预测与非酒精性肝病相关的疾病靶点。利用Cytoscape软件构建"活性成分-靶点-疾病"网络,通过STRING数据库构建蛋白互作网络,推测核心靶点。通过DAVID生物信息注释数据库进行GO注释分析、KEGG通路分析以及富集分析。最后通过黄秦艽水提物(WVBF)干预H2O2诱导LO2肝细胞损伤模型实验进行核心靶点和通路的初步验证。通过MTT法和实时无标记法检测细胞活力,采用实时定量PCR法分析相关基因的表达量。首先,该文通过网络药理学从黄秦艽中获得14个活性成分,成分对应的潜在靶点共有287个,与非酒精性肝病相关靶点有587个,活性成分靶点与疾病靶点交集后获得13个核心靶点。其次,GO富集分析显示,这些基因主要影响核受体的活性、转录因子的活性、类固醇激素受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、蛋白质异二聚化活性、转录辅助因子的结合等26个生物过程。KEGG富集分析显示,PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、TNF信号通路和一些癌症相关通路基因富集较多。最后,通过体外肝细胞实验成功验证TNF-α和MAPK8是其重要靶点,这提示黄秦艽对肝损伤有显著改善作用。由上述结果得出,基于网络预测黄秦艽通过多成分-多靶点-多途径共同调控非酒精性肝病的物质基础和生物学机制,核心靶点通过细胞成功验证,这为民族药黄秦艽的深度开发提供了数据基础和科学依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨实脾固肾化瘀方治疗IgA肾病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术分析实脾固肾化瘀方（黄芪、菟丝子、川芎等）治疗IgA肾病（IgA nephropathy,IgAN）的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选实脾固肾化瘀方的活性成分及作用靶点,通过OMIM、GeneCards、PharmGkb、DrugBank等数据库筛选IgA肾病的疾病相关靶点,获取二者交集靶点,即实脾固肾化瘀方治疗IgA肾病的潜在作用靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-潜在作用靶点”网络,并分析网络中的关键活性成分;将交集靶点导入STRING数据库进行蛋白互作（PPI）网络分析,筛选出潜在核心靶点;运用R 4.0.3软件对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AutoDockVina软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到69个活性成分及97个潜在作用靶点（交集靶点）;获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、异鼠李素等关键活性化合物;筛选得到IL6、MMP2、AKT1、HIF1A、TNF、MMP9等核心靶点;潜在作用靶点主要富集在IL-17、TNF、HIF-1、PI3K-Ak...     

基于网络药理学探讨活络效灵丹治疗缺血性中风作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨活络效灵丹治疗缺血性中风的作用机制。方法：利用中医药证候 关联数据库（SymMap）、中药综合资源数据库（TCM-ID）、草药成分和靶标数据库（HIT） 以及 SwissTargetPrediction数据库检索活络效灵丹的活性成分、作用靶点;通过人类基因综合数据库（GeneCards）、 比较毒理基因组学数据库（CTD）、基因组学数据库（DisGeNET）、基因表达综合数据库（GEO） 等筛查缺血 性中风的疾病靶点与差异表达基因;利用UpSetR对活络效灵丹作用靶点、差异表达基因和缺血性中风疾病靶 点取交集,筛选出活络效灵丹治疗缺血性中风相关靶点;通过Metascape 数据库对相关靶点进行基因本体 论（GO） 和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析。利用Cytoscape 3.9.10软件构建蛋白质互作网络和 药物-活性成分-靶基因网络,筛选出活络效灵丹治疗缺血性中风的核心成分和核心靶点。通过单样本基因集 富集分析对GSE16561数据集中正常和缺血性中风样本间的免疫细胞浸润差异进行分析,并分析核心靶点与免 疫细胞浸润水平的相关性。采用分子对接验证核心靶点与活性成分的亲和性。结果：共获得活络效灵丹活性 成分226个,靶点1 541个,缺血性中风靶点712个,差异表达基因3 136个。取交集后,共获得活络效灵丹抗 缺血性中风靶点82个。GO富集分析发现,活络效灵丹治疗脑缺血性中风的靶点主要参与炎症反应、脂多糖反 应、细胞因子产生的正调节、激素反应和细胞迁移的正调节等生物过程。KEGG分析提示,活络效灵丹治疗缺 血性中风的作用机制与癌症通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt） 和白细胞介素（IL） -17信号通 路等有关。蛋白质互作网络和药物-活性成分-靶基因网络得到C-C基序趋化因子配体2（CCL2）、IL-1β和基 质金属蛋白酶9（MMP9） 等核心靶点和槲皮素、丹参酮ⅡA、白藜芦醇、姜黄素、丹酚酸、阿魏酸等10种核 心成分。Pearson相关性分析显示,IL-1β和MMP9与中性粒细胞、内皮细胞等免疫细胞浸润水平相关。分子对 接结果显示,IL-1β和MMP9与活络效灵丹核心成分结合稳定。结论：活络效灵丹中槲皮素、丹参酮ⅡA、白 藜芦醇、姜黄素、丹酚酸和阿魏酸等有效成分能够作用于IL-1β和MMP9等核心靶点,通过调控癌症通路、 PI3K/Akt和IL-17等信号通路治疗缺血性中风。     

基于网络药理学的青蒿-川芎配伍治疗脑型疟作用分析

目的 基于网络药理学的方法探讨青蒿、川芎组合抗脑型疟配伍用药的合理性及其作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SymMap检索青蒿、川芎的所有化学成分并筛选作用靶点,构建成分靶点的蛋白质-蛋白质的相互作用（PPI）网络。通过GeneCards,DisGeNET数据库收集脑疟相关靶基因。将药物靶点和疾病靶点进行映射筛选出共同靶点,并对关键靶点进行蛋白互作网络分析,基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,进一步采用经典的实验性脑型疟小鼠模型检测生存曲线,原虫血症水平,存活率,实验性脑型疟（ECM）昏迷及行为学评分,并采用RayBio^?细胞因子抗体阵列检测组织中细胞因子的表达水平,进行实验验证。结果 筛选后得到青蒿、川芎配伍后的有效活性成分23个,药物靶点179个,药物靶点与脑型疟疾病靶点映射获得共有靶点100个。GO功能分析确定了59个条目（P<0.05）,涉及细胞因子活性、生长因子活性、免疫反应等方面。KEGG通路分析发现相关信号通路51条。实验验证结果表明,青蒿、川芎代表性成分配伍组合对ECM小鼠生存状态、昏迷及行为学评分等临床体征有明显改善作用。检测小鼠相关细胞因子的表达水平,发现与模型组相比,配伍用药组合中γ-干扰素（IFN-γ）,白细胞介素-10（IL-10）,IL-4,IL-1β的表达水平明显升高（P<0.05）,与网络药理学预测ECM疾病与药物重合核心靶标相符。结论 该研究通过网络药理学的筛选和体内实验验证,证实了青蒿、川芎配伍组合治疗脑型疟的协同增效作用,为进一步的机制研究指明了方向,为脑型疟临床干预提供了新的可能。     

靶细胞捕集联用网络药理学、分子对接及实验验证分析桃红四物汤活性成分及调控缺血性脑卒中潜在作用机制研究

通过靶细胞捕集联用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)筛选鉴定桃红四物汤(Taohong Siwu Decoction, THSWD)潜在的抗脑卒中活性成分，并采用网络药理学、分子对接及实验验证探究THSWD活性成分对缺血性脑卒中(ischemic stroke, IS)治疗的潜在作用机制。利用UPLC-Q-TOF-MS技术联合UNIFI数据分析平台分析THSWD与靶细胞共孵育后的细胞破碎液成分，通过网络药理学对其潜在活性成分与IS疾病进行靶点搜集，将两者交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)、基因本体论(Gene Ontology, GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路富集分析，构建靶细胞捕集成分-核心靶点-信号通路可视化网络，将活性成分与PPI网络排名靠前的靶点进行分子对接，并通过体外药效学进行验证。靶细胞破碎液中共鉴定出15个潜在的活性成分，包括双环单萜类、氰苷类、黄酮醇类、醌式查耳酮类、苯...