哈尔滨市肠道病毒71型VP1区基因序列分析

手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)是由多种肠道病毒引起的常见传染病,多发于5岁以下婴幼儿,可引起发热和手、足、口腔等部位的皮疹、溃疡,个别患者可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症^[1],个别重症患儿病情进展快,可导致死亡^[2].在临床上EV71与CoxA16感染所引起的HFMD 难以区别,由于EV71还能够引起多种与神经系统相关的疾病,逐渐地为各国卫生工作者所重视^[3].     

2009年河南肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的了解河南省2009年肠道病毒71型（EV71）流行株VP1基因特征。方法采用RT-PCR方法从手足口病患者粪便、咽拭子样品中扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建序列遗传发育树。结果 262份样品中,VP1基因RT-PCR扩增鉴定结果显示111份样品阳性,选取其中20份样品进行VP1基因全序列测定,结果显示其与C4亚型代表株核苷酸同源性为90.8%～93.6%,氨基酸同源性为94.0%～99.3%。结论河南省手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。     

肠道病毒71型流行病学特征与VP1区基因型研究

目的研究2012年5月-2013年4月肠道病毒71型(EV71)流行病学特征及VP1区基因型特征,为该地区手足口病的防治提供科学参考。方法用实时荧光PCR(FQ-PCR)方法对手足口病患儿咽拭子标本进行检测,对EV71阳性样本通过RT-PCR方法扩增VP1区全长基因,将扩增产物进行序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建遗传进化树。结果 196例EV71感染患儿男124例,女72例,男女比例为1.72∶1,年龄以3岁以下为主,占93.9%;3~6月份为高发月份;6株来源于不同疾病程度的样本测序成功,6株EV71 VP1基因间的核苷酸相似性为96.0%~99.7%,氨基酸相似性为94.6%~100.0%,来源不同疾病程度的EV71 VP1基因未发现特异性核苷酸变异;在系统进化树上,均与C4a亚型代表株处于同一分支,核苷酸相似性为96.0%~98.6%,氨基酸相似性为98.0%~99.6%。结论手足口病患儿感染EV71以3岁以下的婴幼儿为主,在3~6月份多发,男性感染高于女性;EV71流行株属肠道病毒71型C基因型的C4亚型,VP1基因与疾病的严重程度无明显关联。     

北京市西城区手足口病患儿肠道病毒71型VP1区基因进化分析

目的了解北京市西城区2015年手足口病（HFMD）患儿肠道病毒71型（EV 71）分离株VP1区基因特征,分析其变异情况。方法收集北京市西城区2015年HFMD病原学检测分型鉴定为EV 71的阳性标本,对部分标本进行病毒分离、培养,并通过实时荧光PCR鉴定阳性培养物。EV 71阳性培养物提取病毒核酸,对其VP1区全长序列进行PCR扩增和测序。从Genbank中选取EV 71不同基因型别参考序列,利用生物信息学软件进行同源性和系统进化分析。结果共分离到6株EV 71（Genbank登录号为KU376383-KU376388）,其VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.00%~99.00%和98.00%~100.00%,与参考序列VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.00%~97.00%和93.00%~100.00%。进化分析显示,6株EV 71均为C4a基因亚型。结论 2015年北京市西城区EV 71流行株属于C4a亚型,未出现明显变异。     

杭州市肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的了解杭州市2008年和2011年肠道病毒71型(EV71)流行株VP1基因特征。方法手足口病患者咽拭子、粪便等样本先通过荧光RT-PCR方法初筛,然后选部分肠道病毒71型阳性样本进行病毒分离、培养;通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定上述培养物,并扩增VP1区全长基因和序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建基因进化树。结果从2008年和2011年手足口样本中分离到EV71阳性毒株各4株,VP1基因全序列测定结果显示其与C4亚型代表株核苷酸和氨基酸的相似性最高,分别为93.8%～95.2%、99.0%～99.7%。结论杭州市手足口病患者感染EV71病毒的流行株属C基因型的C4亚型。     

2009年龙岩市人肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的 分析2009年龙岩市流行的人肠道病毒71(EV 71)分离株的分子生物学特征.方法 从手足口病例的153份咽拭标本中分离EV 71病毒株,选取其中3株,用RT-PCR扩增VPl基因片段,并进行测序和病毒种系进化等分析.结果 3株EV 71均为C4基因亚型,与其他省份C4亚型分离株的同源性为94.8%-99.0%;...     

2008年余姚市肠道病毒71型检测与VP1基因特征分析

目的研究2008年余姚手足口病主要病原肠道病毒71型(EV71)毒株的分子生物学特征。方法收集手足口病患者粪便样品,用荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测EV71,选择5个代表性样品进行VP1基因的扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用DNAstar软件进行比对分析。结果 52例手足口病患者大便样品中检测到EV71阳性,阳性率为69.3%。5个代表株与A、B和C基因型标准株VP1基因核苷酸同源性分别为81.9%~82.2%、83.7%~84.3%和94.9%~95.3%,5个毒株之间的核苷酸同源性波动于96.2%~99.9%。在基因系统发生树上,这5个毒株均属于C基因型。结论本研究表明引起2008年余姚手足口病的主要病原是EV71毒株,它属于C基因型。     

长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。     

浙江省杭州地区手足口病病原谱分析和肠道病毒71型VP1基因分析

[目的]分析杭州地区手足口病的病原谱构成,并对肠道病毒(EV)71型的VP1基因进行核苷酸和氨基酸的序列的比对分析,了解杭州地区EV71的基因特征。[方法]采集98份手足口病确诊病例的粪便标本,用EV71和柯萨奇病毒A组(CoxA)16型特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定,并选择6例EV71检测结果阳性的标本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并进行测序,结合EV71各亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析。[结果]通过RT-PCR特异性检测,发现EV71阳性结果22份,阳性率为22.4%;CoxA16阳性结果27份,阳性率为27.6%。测序结果表明6株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为92.2%～98.5%,氨基酸同源性为99.0%～100%。通过与各代表亚型进行核苷酸同源性比较后发现此次分离得到的EV71病毒都属于C4亚型。6株EV71与部分亚型代表株间在BCloop区域的氨基酸序列存在着差别,而SP70区域的氨基酸序列则完全一致。[结论]在手足口病患者中,由EV71感染引起的比例越来越大;此外,此次在杭州地区分离的EV71病毒都属于C基因型的C4亚型,尚没有证据说明此次在杭州地区分离的6株EV71毒株的毒力有增强。     

南京市2012年-2013年肠道病毒71型分离株VP1基因特性分析

目的了解南京地区肠道病毒71型流行株的遗传学背景。方法采集2012年-2013年手足口病患者咽拭子样本,经特异性逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)鉴定EV71病毒核酸阳性者进行细胞接种分离病毒。选取阳性分离株扩增其VP1完整编码区全长基因并进行序列测定,利用生物信息学软件对序列加以分析,构建序列遗传亲缘关系树。结果共分离得到14株EV71毒株,经VP1全长基因测序分析发现,所分离病毒VP1区核苷酸与EV71病毒A型代表株同源性为79.6%~81.3%,与B型代表株的同源性为81.7%~84.7%,而与C型代表株的同源性明显较高,为86.0%~95.2%,其中与C4代表株(AY895144)的同源性最高,为93.8%~95.2%。进化树分析发现本地流行株与上海、安徽等地区流行株的亲缘较近,而与台湾地区流行株亲缘较远。相应的氨基酸位点分析也表明符合C基因型的氨基酸模式。结论南京地区2012年-2013年肠道病毒71型的流行株主要为C4亚型,与上海和安徽地区流行株亲缘较近,可能具有同一来源。     

2010年济南地区人肠道病毒71型VP1区基因特征的分析

[目的]研究济南地区肠道病毒71型（EV71）的基因特征。[方法]对2010年济南地区手足口病病人的粪便、咽拭子等标本,通过RT—PCR扩增EV71VP1基因片段;选取EV71阳性的18株进行VP1全基因序列测定,用DNAS—TAR、Mega．4．0软件进行同源性分析,并构建系统进化树。[结果]与EV71A型和B型代表株亲缘性较远,核苷酸（氨基酸）同源性分别为81．8％～82．7％（83．7％～85．ooA）和94．3％～94．9％（97．3％～97．6％）;与C型代表株亲缘性较近,核苷酸（氨基酸）同源性为87．5％～99．1％（98．3％～100．0％）;18株EV71之间在VP1区核苷酸和氨基酸水平上有一定差异,同源性分别为97．1％～100．0％和99．3％～100．0％。构建系统进化树表明,18株EV71与C4亚型处于同一簇,属EV71型C4基因亚型。[结论]20LO年济南地区流行的EV71属肠道病毒71型属C4基因亚型。     

2013年克拉玛依市手足口病EV71型VP1基因特征分析

目的掌握2013年克拉玛依市手足口病EV71 VP1基因特征。方法 real-time PCR方法筛选手足口病患者中EV71阳性病例,RT-PCR方法扩增VP1基因片段,结合已知亚型利用Mega软件分析测序结果。结果 59例样本中由肠道病毒引起53例,阳性率为89.8%,其中EV71 36例(67.9%)、CA16 10例(18.9%)、非EV71非CA16的其他肠道病毒7例(13.2%)。男性、女性中各病原阳性率差异无统计学意义(χ2=3.1504,P=0.207)。12株测序毒株全部为C4亚型,与C4亚型相比较基因距离为0.031~0.046,部分氨基酸序列存在变异,12例EV71至少可以划分为2个传播链,lineage 2较lineage 1序列差异较大。结论各病原对于不同性别人群侵袭力无差异,2013年克拉玛依市手足口病主要病原为EV71。克拉玛依市EV71全部是C4亚型,属于中国大陆广泛流行的基因亚型;lineage 1为2013年克拉玛依市流行的优势分支,分支内同源性较大。lineage 1将来是否继续成为克拉玛依市流行分支,需要对EV71进行连续性监测。     

河南省2010年肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的对河南省2010年手足口病监测标本进行病原分离及VP1基因测序,了解分离病毒的基因特征及分子流行病学特点。方法将2010年收集的手足口病患者粪便标本和肛拭子标本840份进行病毒分离鉴定并对34株病毒分离株测定肠道病毒71型VP1全序,利用生物信息学软件对序列分析,构建序列系统进化树。结果测序获得34株来自河南省11个地市的VP1全长序列,分离株间的VP1区核苷酸相似性为96.3%～100%,系统进化分析显示属于C4基因型的C4a亚群,所有分离株均处于同一进化分支,轻重症间无明显差别。在2003~2009年的河南省和其他7省亦发现有C4a亚群存在。结论 2010年河南EV71分离株为C4基因型的C4a亚群,河南省2008年以来的分离株与2004年以来的中国大陆优势株流行趋势完全一致。     

北京地区2006-2008年肠道病毒71型VP1区基因特征分析

目的 了解2006-2008年北京地区分离的不同来源肠道病毒71型(EV71)VP1区基因特征.方法 从手足口病例、急性弛缓性麻痹病例和健康儿童的粪便、咽拭子和疱疹液标本中分离EV71病毒株,选取其中9株EV71分离株,采用RT-PCR扩增VPl区全长基因片段并进行序列测定、系统发生树构建、核苷酸同源性及组内和组间进化距离分析.结果 9株EV71在系统发生树上与C基因型中的C4亚型代表株属同一分支;在核苷酸同源性分析中,9株分离株与C4亚型代表株的同源性达到92.1%～93.9%,明显高于与C1、C2、C3亚型代表株的同源性(分别为88.8%～89.5%、89.4%～90.0%和88.4%～89.3%);三种不同来源的分离株病毒之间具有较高的同源性(95.9%～100.0%),但与1998年分离的C4亚型代表株的同源性却较低(分别为93.3%～93.9%和92.1%～92.9%).在进化距离的分析上,C4亚型内各组间距离较大,尤其是亚型代表株与分离株之间距离最大(D=0.052～0.071).结论 2006-2008年北京地区流行的EV71仍然是C4亚型,在同一时间不同地区、不同来源、不同疾病状态卞分离的EV71在VP1区全长基因序列上无明显差别;但是随着时间推移,核苷酸变异的不断积累,出现新亚型的概率也在不断增加,因此有必要加强分离株的监测以掌握EV71的变异趋势.     

潍坊市9例重症与轻症手足口病患者肠道病毒71型5′非编码区、VP1基因特征分析

目的 探讨重症手足口病肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)5′非编码区(untranslated region, UTR)、VP1区是否存在潜在的毒力位点。 方法 分离培养不同临床症状手足口病患者粪便标本中EV71,提取病毒总RNA,逆转录PCR扩增5′-UTR、VP1区后测定基因序列,对两个区域核苷酸序列及VP1区编码氨基酸序列进行比对和同源性分析,构建VP1区及不同临床症状EV71病毒5′- UTR基因进化树。 结果 本实验共获得9株EV71毒株(5株来源于重症病例,4株来源于轻症),5′-UTR、VP1区核苷酸同源性均为94.5%~ 99.7%,VP1区氨基酸同源性为97.3%~99.9%。9株EV71毒株5′-UTR共有67个核苷酸突变位点,与4株轻症EV71毒株相比,5株重症EV71毒株VP1区编码氨基酸有2处发生替换(S283T、A289T),5′-UTR共有37个核苷酸位点发生突变。VP1区基因进化树显示9个EV71毒株均属于C4a基因亚型,并且两组不同临床症状毒株处于同一较小分支中。5′-UTR核苷酸序列的系统进化树显示临床表现不同的EV71株呈交错分布,相同临床表现不单独聚类。 结论 9株EV71毒株均属于C4a基因亚型,5′-UTR核苷酸突变和VP1区氨基酸替换可能影响病毒毒力,对EV71病毒的全基因组序列特征分析及与宿主之间的相互作用机制进行研究非常必要。     

浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒（EV）71型分离株的病毒基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）特异性扩增进行鉴定，同时选取其中6株EV71分离毒株，对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树。结果从14份标本中分离出EV9株，经中和试验和RT—PCR特异性扩增，均证实为EV71。其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82．9％～85．5％和94．9％～98．0％；与C基因型比较，同源性分别为89．2％～94．1％和97．0％～99．0％。而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91．0％～92．2％、90．2％～90．3％、89．2％～89.5％、96．7％～96．9％，其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8％～97．1％。在系统发生树上，这6株毒株均在C基因型中，与属C4亚型的11株毒株属同一分支。结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。     

北京市2008年肠道病毒71型VP1编码区基因特征分析

目的了解北京市2008年手足口病（Hand,Foot and Mouth Disease,HFMD）流行期间,人肠道病毒71型（Human Enterovirus71,HEV71）分离株的VP1编码区基因特征。方法采集发病1～3d的咽拭子标本33份,采用人横纹肌肉瘤（Human Rhabdomyosarcoma,RD）细胞进行EV分离,用特异引物通过逆转录-聚合酶链反应扩增进行毒株鉴定。对分离到的HEV71进行VP1编码区全长扩增,并对扩增产物采用双脱氧链终止法进行序列测定,Bioedit7.0.5和Mega3.1软件进行序列比对和系统进化树分析。结果从33份咽拭子标本中共分离到16株病毒,经鉴定：HEV7114株,柯萨奇病毒（Coxsackie Virus,CV）A组16型（CVA16）2株,其中1例为HEV71和CVA16混合感染。对10株HEV71进行了VP1编码区全序列测定,10株病毒的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.5%～100%和98.9%～100%;与安徽省阜阳市2008年流行株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.4%～99.1%;与C4基因型代表株的核苷酸序列同源性〉92%。基于HEV71的VP1编码区核苷酸序列构建亲缘性关系树,北京市2008年流行株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型中的C4a分支;且10株病毒处于四个相对独立的进化分支。结论北京市2008年从HFMD患儿分离的HEV71均为C4亚型,且属于2004年以来我国的优势分支——C4a。亲缘性分析提示,此次流行中至少存在4个HEV71传播链。由于近年来HEV71在中国持续大规模流行,迫切需要对HEV71进行连续的分子流行病学监测,及时阐明现阶段流行毒株的基因特征,为疾病预防控制提供病毒学依据。     

大连市肠道病毒71型VP1区段基因特征分析

目的:了解大连市手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征。方法:从手足口患者粪便标本中分离EV71病毒,经RT-PCR扩增VP1全长,并进行核苷酸序列分析。结果:4株EV71分离株与C4亚型代表株具有较高的核苷酸和氨基酸序列同源性。在系统进化树上,4株EV71分离株与C4亚型代表株处于同一分支。结论:大连市手足口病患者中分离的EV71属C4亚型。