广西肝吸虫流行区人群及淡水鱼扇棘单睾吸虫感染调查

目的 了解扇棘单睾吸虫在广西人群和淡水鱼中的感染情况.方法 在肝吸虫流行地区,采用Kato-Katz 法检查居民粪便,选择部分吸虫卵阳性者驱虫并收集扇棘单睾吸虫成虫;采用压片和消化法检查鱼类扇棘单睾吸虫囊蚴.结果 在5 个调查点调查了671 人,发现吸虫卵阳性者383 例,感染率57.08%,在阳性者中选择128人进行驱虫,有73 人排出扇棘单睾吸虫成虫,占驱虫人数的57.03%,其中马山调查点占90.47%.在流行区内收集和消化了鱼类40 余种,有17 种鱼发现了扇棘单睾吸虫囊蚴:鲢鱼、鲫鱼、花鱼骨、海南似鱼乔、鲤鱼、棒花鱼、、Culter recurviceps、达氏鲌、南方拟餐、马口鱼、条纹小鲃、线细鳊、麦鲮、达氏鲌、蛇鮈、银鮈.其中,鲤鱼和鲫鱼为流行区人群最常生吃的鱼类.结论 广西肝吸虫病流行区人群粪检吸虫卵阳性者中,有相当一部分为扇棘单睾吸虫感染,17 种鱼检出该虫囊蚴,鲤鱼、鲫鱼等很可能是人感染的主要传播宿主.     

广西横县某水库小型鱼类携带吸虫囊蚴的分子生物学初步检测

目的了解广西横县鱼类吸虫感染的虫种,评价形态学结合ITS2序列分析鉴定囊蚴的有效性。方法采集横县某水库小鱼,采用人工消化法消化收集囊蚴,在解剖镜下分捡单个囊蚴,按形态学特征鉴定分类,提取不同形态囊蚴的DNA后进行ITS序列PCR扩增和测序,获得的序列在NCBI上进行Blast分析,并用Mega 6.0.6软件构建系统发生树。结果检测小型鱼类112条,吸虫囊蚴阳性率为39.29%。观察到5种不同形态的囊蚴。ITS2序列分析鉴定为4种吸虫:华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)、钩棘单睾吸虫(Haplorchis pumilio)、台湾棘带吸虫(Centrocestus formosanus)和日本全冠吸虫(Holostephanus dubinini)。其中一种在形态学上判定为非人类吸虫的囊蚴经分子生物学鉴定为华支睾吸虫。结论在横县某水库小鱼中检出4种吸虫囊蚴,分别为华支睾吸虫、台湾棘带吸虫、钩棘单睾吸虫和日本全冠吸虫。仅靠形态学上对鱼类吸虫囊蚴进行虫种鉴定有一定的缺陷,可以结合ITS2序列分析来完善。     

华支睾吸虫表膜相关抗原重组表达载体的构建

目的通过筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因,并构建20.8?kDa华支睾吸虫表膜相关抗原(CSTA20.8)重组表达载体,为进一步研究其功能及其应用奠定基础.方法对华支睾吸虫cDNA文库进行筛选,通过NCBI和ExPasy网站的Blast程序进行序列比对,识别华支睾吸虫新基因,并应用Motifscan、NCBI Conserved Domain Search等程序对其进行结构域分析.将所发现的华支睾吸虫表膜相关抗原基因编码区定向克隆到原核及真核表达载体PGEX-4T-1和PcDNA3上,构建的PGEX-4T-1-CSTA20.8、PcDNA3-CSTA20.8重组表达质粒经PCR、双酶切及测序证实.结果发现华支睾吸虫表膜相关抗原基因,完整阅读框含555个碱基,编码184个氨基酸,理论分子量为20.8kDa,理论pI为4.33.序列分析表明,华支睾吸虫CSTA20.8编码氨基酸序列与其它物种有较高的同源性,CSTA20.8具有完整的钙结合蛋白保守功能域.所构建的重组原核和真核表达质粒经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符.结论发现华支睾吸虫表膜相关抗原基因,并成功构建原核和真核重组表达质粒.     

人体自然感染钩棘单睾吸虫及其鱼类宿主调查

在龙海市和南靖县市坑等５个村进行的人体肠道蠕虫感染调查中，查见类似华支睾吸虫的小型虫卵，经驱出的成虫和虫卵形态学观察，鉴定为钩棘单睾吸虫，人群感染率为０．３４％（１３／３８６７）。第二中间宿主查出１１种鱼类，囊蚴平均感染率为３６．３％（１２５／３４４），每尾感染鱼平均含囊蚴１０．７个。本文同时对该虫异位寄生可引起的临床严重后果进行了讨论。     

南平市6县（市）区发现的人体少见寄生虫感染

[目的]了解南平市辖区6县（市）人体感染少见寄生虫的因素及流行特点。[方法]采用改良加藤氏厚涂片法检查各种肠道蠕虫卵,对典型感染者进行驱虫导泻治疗,并收集虫体进行固定染色制成标本。[结果]邵武市、浦城县、顺昌县、建阳市和延平区分别发现华支睾吸虫。福建棘隙吸虫等5种人体少见寄生虫感染20人。[结论]南平市辖区的福建棘隙吸虫及华支睾吸虫等人体少见的食源性寄生虫感染呈上升趋势。     

新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱形态学及分子生物学鉴定

目的 对新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱进行形态学和分子生物学鉴定.方法 在新疆边境地区的伊宁县随机采集畜牧体表寄生蜱324只,进行形态学初步筛选,从中选取6只形态差异较大的图兰扇头蜱,进行线粒体16S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (CO Ⅰ)基因序列扩增、测序,并与GenBank登录的图兰扇头蜱参考序列进行遗传进化分析.结果 形态学鉴定采集的伊宁县蜱类皆为图兰扇头蜱,两段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16SrRNA基因为73.8％,CO Ⅰ基因为70.34％),在变异程度上16S rRNA基因较CO Ⅰ基因明显保守.结论 首次应用形态学、16S rRNA和CO Ⅰ基因测序分析表明新疆伊宁县采集蜱皆为图兰扇头蜱,并证明图兰扇头蜱具有生物多样性.     

长角血蜱和微小扇头蜱的形态与分子生物学鉴定

目的 建立鉴定长角血蜱和微小扇头蜱的形态学和分子生物学相结合的方法.方法 采集自湖北和河南省布尼亚新病毒疫区家养动物体表寄生的蜱及草丛、灌木中的蜱;先以形态学鉴定,后用PCR方法扩增得到蜱的12S rDNA,测序后进行同源性和系统进化分析.结果 形态学方法鉴定采集到两种蜱:长角血蜱(Haemaphysalis longicornis)和微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus).蜱的12S rDNA经克隆、测序,用PAUP 4.0软件构建系统发生树,湖北、河南省两种蜱的12S rDNA序列分别与长角血蜱和微小扇头蜱聚类,与形态学鉴定结果一致.结论 在传统形态学分类的基础上结合分子生物学鉴定方法能更准确地鉴定蜱的种类.     

应用形态和分子特征对我国海南省按蚊的鉴定研究

目的利用形态特征与分子特征相结合对我国海南省按蚊进行种类鉴定。方法研究样本为海南省4个不同地理环境所采集的按蚊成虫和幼虫,依据形态特征鉴定成虫后,测定和分析部分成虫和幼虫的rDNA？ITS2和28S？D3序列以进行分子鉴定。结果对采集的336只按蚊成虫进行形态鉴定,结果显示总共分为9种,其中迷走按蚊所占比例最高,为81.55%。测序获得成虫和幼虫的ITS2序列37条,D3序列41条,Blast对比的结果显示,形态鉴定的成虫中,1只乌头按蚊错定为微小按蚊;分子鉴定的幼虫包括中华按蚊、迷走按蚊、腹簇按蚊和未定名种（与圣代克按蚊和浅色按蚊同源性高）;序列分析发现在ITS2序列中迷走按蚊和微小按蚊分别存在1处（G/A）和2处（A/T）单碱基双峰,D3序列中迷走按蚊和腹簇按蚊存在3处（G/A）和1处（G/A）单碱基双峰。结论应用形态特征结合分子特征鉴定按蚊的可靠性和实用性强;分子特征提示迷走按蚊、微小按蚊和腹簇按蚊等处于隐种的分化中。     

金葡菌野生株肠毒素B基因克隆及分子特征

目的克隆金黄色葡萄球菌野生株S407030肠毒素B（SEB）基因，并分析其分子特征。方法根据Genebank中金黄色葡萄球菌S6株肠毒素B基因设计1对引物，采用PCR法从金黄色葡萄球菌野生株S407030基因组中扩增目的基因，将目的片段与pMD-18T载体连接构建重组子pMD-18T-SEB，并转化E．coli DH5 α；阳性克隆以双酶切鉴定后，双脱氧末端终止法作序列测定分析，并以ExPasy Proteoic Tools蛋白分析软件预测其编码SEB蛋白的二级结构。结果从金黄色葡萄球菌基因组DNA中扩增出约705bp的基因片段，所构建的阳性克隆重组子PCR及双酶切鉴定与预期结果一致；测序结果表明，克隆的SEB基因含705个碱基，与S6株序列相比无碱基的插入或缺失，同源性为98．4％；存在11个碱基变异，其中7个为无义突变，4个为有义突变（突变位点位于第364，699．899．988位，编码氨基酸变化分别为：Ser→Ala、Gln→His、Asn→Ser、Met→Leu）；所预测的2菌株SEB蛋白的二级结掏基本相同。结论本实验成功克隆了金葡菌野生株S407030SEB基因，其在不同菌株间相对保守；由SEB基因点突变引起的个别氨基酸的改变对SEB生物活性与毒力的影响有待进一步研究。     

广西东方次睾吸虫疫源地调查

[目的]了解广西东方次睾吸虫疫源地情况。[方法]检查广西南宁市、宜州市、靖西县和横县4地的淡水鱼和家鸭．在宾阳县剖检猫、狗的肝胆,了解感染情况。[结果]家鸭、家猫和狗的感染率分别为1．7％（2／119）,2．4％（1／42）和0。鱼类的感染率为25．6％（50／195）,每条鱼平均感染47个囊蚴。[结论]广西存在东方次睾吸虫疫源地,具备人体感染条件,值得重视。     

生物医药企业废水致突变性和菌群构建的监测

[目的]通过对来自生物医药集聚区废水细菌种群构成和诱变效能的检测,以期在生物医药研发企业排放废水的处置和管理中,应用有针对性的技术手段来改进和完善其检测与监测方法。[方法]生物医药企业排放污水中所含细菌总数和大肠菌群数量的检测,采用3M细菌总数测试片和快速大肠菌群测试片;致突变能力检测采用鼠伤寒沙门氏菌回复突变试验（Ames试验）进行;同时采用PCR克隆技术建立排放污水中细菌16S rRNA基因文库,通过对文库构成的分析,监测排放污水中细菌种群的构成。[结果]部分污水排放点细菌总数超过108CFU/mL,最低为105CFU/mL：其中大肠菌群在不同排放点基本一致,约为103~104个/mL。16S rRNA基因克隆文库序列经与GeneBank 16S rRNA序列比对,共鉴定出23个属的细菌,主要为红环菌科、丛毛单胞菌科和黄杆菌科内的菌属,并从其中一份废水检出人类致病菌军团菌。3份污水浓缩样能直接抑制测试菌的生长,2份Ames试验显示含有移码型直接突变物,另有2份Ames试验显示可能含有移码型直接突变物,碱基置换型突变物均阴性。[结论]对生物医药研发废水的管理策略的制订需要建立在长期、稳定、多方面监测的基础上,采用16S rRNA基因文库分析了解菌群构成和变迁,采用Ames试验检测菌群致突变能力的变化,从而由整体效应评估污水的污染状况,可以应用于生物医药研发企业污水监测。     

Entomological investigation of a sylvatic yellow fever area in São Paulo State, Brazil

Following reports of two autochthonous cases of sylvatic yellow fever in the State of S?o Paulo, Brazil, in 2000, entomological surveys were conducted with the objective of verifying the occurrence of vector species in forest environments close to or associated with riparian areas located in the western and northwestern regions of the State. Culicidae were captured in 39 sites distributed in four regions. Haemagogus leucocelaenus and Aedes albopictus were the most abundant species and were captured in all the regions studied. H. leucocelaenus was the most abundant species in the municipalities of Santa Albertina and Ouroeste, where the two cases of sylvatic yellow fever had been reported. Mosquitoes from the janthinomys/capricornii group were only found at eight sites in the S?o José do Rio Preto region, while Sabethes chloropterus was found at one site in Ribeir?o Preto. H. leucocelaenus showed its capacity to adapt to a secondary and degraded environment. Our results indicate a wide receptive area for yellow fever transmission in the State of S?o Paulo, with particular emphasis on the possibility of H. leucocelaenus being involved in the maintenance of this sylvatic focus of the disease.     

病原菌23S rRNA基因序列变异性分析

目的 研究常见病原菌23S rRNA基因序列变异规律，为细菌鉴别诊断和相关研究提供科学依据。方法 运用Genbank信息和生物学分析软件，并通过PCR扩增23S rRNA基因片段。分析不同种属细菌23SrRNA基因的保守序列、变异规律及菌株间种系进化关系。结果 通过基因扩增和生物信息学比较分析，获得21个23S rRNA的通用保守序列，23SrRNA基因保守序列与变异区在种系间呈问隔分布，大量变异区呈“马赛克”式分布。种系间进化关系与16SrRNA分析结果一致。结论 23S rRNA基因序列变异规律为进行细菌的鉴别诊断提供了重要的理论基础。     

Internal transcribed spacers (ITS) of Trypanosoma rangeli ribosomal DNA (rDNA): a useful marker for inter-specific differentiation.

The internal transcribed spacers (ITS) flanking the 5.8S subunit of the ribosomal RNA genes (rDNA) of Trypanosoma rangeli strains isolated from distinct geographical regions and hosts were studied. The results revealed the sequence variability of the ITS spacers showing the presence of microsatellite repeats and single nucleotide polymorphisms (SNP), which were also observed within the 5.8S rDNA sequence. ITS-2 spacer was the most phylogenetically informative region due the presence of a higher number of parsimonious sites in both inter- and intra-specific analysis. Sequence analysis of both ITS spacers plus the 5.8S rDNA of T. rangeli strains allowed a clear inter-specific differentiation from Trypanosoma cruzi strains representative of the parasite zymodemes.     

广西壮族自治区1 989--2006年流行性乙型脑炎时空动态趋势分析

目的 探测广西壮族自治区流行性乙型脑炎(乙脑)发病的时空动态趋势.方法 结合地理信息系统中的反距离加权插值方法,应用回顾性时空重排扫描统计量对1989-2006年广西乙脑发病资料进行时空动态趋势分析.结果 反距离加权插值地图直观显示,1989-2006年广西乙脑时空格局可分为4个阶段:1989-1996年高发区聚集在桂东南地区;1997-1998年呈离散分布;1999年高发区又重新聚集到灵山、浦北、博白等桂南地区;2000-2006年高发聚集区转移到桂西北地区.回顾性时空重排扫描统计量探测到3个有统计学意义的时空聚集区:以109°54′E、22°28′N的浦北县为中心,辐射半径45.24 km,集中于1999年的一级时空聚集区(LLR=253.25,P=0.001,RR=4.62);以105°23′E、24°68′N的隆林县为中心,辐射半径199.85km,始于2000年止于2006年的次级时空聚集区(LLR=75.91,P=0.001,RR=1.88);以110°94′E、24°03′N的昭平县为中心,辐射半径229.12 km,始于1989年止于1996年的次级时空聚集区(LLR=46.29,P=0.001,RR=1.16).结论 时空重排扫描统计量结合地理信息系统可定量探测乙脑的时空动态趋势,1989-2006年广西乙脑高发时空聚集性由桂东南及桂南地区向桂西北地区转移.

Abstract：

Objective To study the spatiotemporal trend of Japanese encephalitis in Guangxi Zhuang Autonomous Region between 1989 and 2006.Methods Retrospective space-time permutation scan statistic and inverse distance weighted (IDW) interpolation were employed to detect the spatiotemporal trend of Japanese encephalitis in Guangxi,from the year 1989 to 2006.Results The spatiotemporal pattern of Japanese encephalitis was divided into four phases by IDW interpolation maps,from 1989 to 2006.The first phase was spatiotemporal cluster located in southeast region,from 1989 to 1996.The second phase showed discrete distribution from 1997 to 1998.The third phase of spatiotemporal cluster located in Lingshan county,Pubei county and Bobai county,in 1999.And the last phase was spatiotemporal cluster located in northwest region from 2000 to 2006.Three statistically significant spatiotemporal clusters were detected by retrospective space-time permutation scan statistic.The primary cluster appeared in 1999 (LLR=253.25,P=0.001,RR=4.62),with 109°54′ E,22°28′ N (located in Pubei county) as its center and radiated 45.24 km.From 2000 to 2006,the secondary cluster showed in northwest (LLR=75.91,P=0.001,RR = 1.88),with center located at 105°23′ E,24°68′ N (Longlin county),and radiated 199.85 kn.From 1989 to 1996,the other secondary cluster appeared in the southeast area(LLR=46.29,P=0.001,RR= 1.16),with center located at 110°94′ E,24°03′N(Zhaoping county) and radiated 229.12 km.Conclusion Space-time permutation scan statistic and geographical information system could be applied to quantitatively detect the potentially spatiotemporal trend of the disease.The spatiotemporal cluster shifted from southeast to northwest,from 1989 to 2006.     

从桂黔交界地区中华硬蜱中分离到莱姆病螺旋体

目的从桂黔交界地区捕获的蜱中分离莱姆病螺旋体,以探查广西壮族自治区（广西区）和贵州省莱姆病的传播媒介。方法用BSK-Ⅱ培养基从蜱中分离莱姆病螺旋体。用PCR扩增分离菌株的5S～23SrRNA基因间隔区,将PCR扩增产物克隆后测序,通过将测序结果与基因库中莱姆病螺旋体菌株的5S～23SrRNA基因间隔区进行同源性比较和分析,从而鉴定分离株的基因型。结果从捕获的中华硬蜱中分离出1株莱姆病螺旋体（命名为QLT1）。分离株经鉴定为Borrelia valaisiana基因型莱姆病螺旋体。结论中华硬蜱很有可能是广西区和贵州省莱姆病的传播媒介。     

无精子症患者基因检测分析

目的:利用全外显子测序技术,筛选无精子症患者相关基因,丰富男性不育基因库。方法:抽取20例无精子症患者外周血,提取DNA,使用杂交捕获方法构建DNA文库,采用高通量测序技术检测人类全外显子组中20099个基因的外显子区及旁侧内含子区(20bp),将测序数据与人类基因组hg19参考序列进行比对,筛选变异基因,变异位点进行Sanger测序验证。结果:共计筛选出26个基因43个变异位点,排除15个常染色体隐性遗传的单个变异位点及13个与精子运动相关的变异位点,剩余11个基因的15个变异位点可能与精子发生障碍相关,其中包括FAM71B、STARD9、CLTCL1、PCBP3、S100PBP等5个在睾丸组织高表达基因,SYCE3、EFCAB6、DDX4、KDM5D、RGS22、MTL5等6个基因可能与精子发生障碍相关。结论:通过研究筛选到可能影响男性不育的基因,为男性不育的基因诊断研究提供参考。     

Environmental source of Candida dubliniensis

We isolated Candida dubliniensis from a nonhuman source, namely, tick samples from an Irish seabird colony. The species was unambiguously identifi ed by phenotypic and genotypic means. Analysis of the 5.8S rRNA gene showed that the environmental isolates belong to C. dubliniensis genotype 1.     

全基因测序分析耐甲氧西林金黄色葡萄球菌利奈唑胺耐药相关变异位点

目的通过全基因组测序研究利奈唑胺(LZD)敏感株和诱导耐药耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)之间基因变异位点差异,了解LZD耐药基因变异位点。方法采用不同浓度梯度的LZD对遗传背景清晰的MRSA-MS4母株进行诱导,获得LZD耐药菌株MRSA-MS4-LZD100,测定最低抑菌浓度(MIC),采用普通聚合酶链反应(PCR)扩增MRSA-MS4-LZD100 23S rRNA V区及核糖体蛋白L3/L4基因,测序后与野生株比较,获得相应的突变位点;采用Illumina HiSeq 2000测序技术对样品DNA进行paired-end(PE)测序,构建Illumina PE文库,利用生物信息学完成该菌株的全基因组测序。结果经过32代诱导,获得MRSA-MS4-LZD100菌株,其LZD MIC为96μg/mL。PCR测序分析提示其V区多拷贝基因均存在G2447T突变,L3蛋白存在Gly113Val突变;全基因组包含2 744 315 bp碱基对,注释后共有2 509个基因,11个tRNA编码基因,以及2个完整的rRNA基因编码操纵子,获得PubMed全基因序列号(JXMJ00000000);共找出101个SNP和6个Small indel突变,发生于外显子的SNP占16个,SNP后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括IstB ATP结合区域包含蛋白、凝集因子A及转座子IS1272等,而发生于外显子的Small indel占3个,Small indel突变后导致氨基酸序列改变的蛋白质包括假设蛋白、30S核糖体蛋白S1、凝集因子A。结论经LZD诱导获得LZD耐药MRSA-MS4-LZD100菌株,测序分析提示该菌株存在除23S rRNA V区及L3蛋白基因以外的突变位点,为进一步研究隐性LZD耐药机制指明了方向。     

新生儿常见致聋基因突变位点的大样本筛查分析

目的 探讨新生儿常见聋病易感基因突变位点分布情况,为临床干预奠定基础.方法 采用实时荧光聚合酶链反应(PCR)技术对11121例新生儿进行常见聋病易感基因突变位点筛查,筛查位点为我国常见的3个致聋基因GJB2(c.235 del C、c.299-300 del AT)、线粒体DNA 12S rRNA(c.1494 C>T、c.1555 A>C)和SLC26A4(c.2168 A>G、c.IVS7-2 A>G)的6个突变位点;基因突变者进行测序验证及听力诊断.结果 11121例新生儿中发生耳聋基因突变者517例,其中纯合突变39例、杂合突变469例、单基因复合杂合突变2例,双基因复合杂合突变7例,阳性率4.65%.基因突变包括:GJB2突变286例(包括2例c.235 del C杂合突变复合c.299-300 del AT杂合突变);线粒体DNA 12S rRNA基因突变189例;SLC26A4基因突变35例;双基因复合杂合突变7例,男婴耳聋基因突变阳性率显著高于女婴(χ2=8.653,P<0.01).测序结果与PCR结果一致,517例基因突变新生儿中13例发生听力损伤,其中轻度6例,中度3例,极重度4例.结论 GJB2基因的c.235 del C位点突变率最高,其次为SLC26A4基因的c.IVS7-2A>G位点,线粒体DNA 12S rRNA基因的c.1494C>T位点突变极低,不属于本地区的致聋热点基因,且男女婴之间突变阳性率存在显著差异,为该地区耳聋基因筛查方向提供了重要依据.