应用16SrRNA基因序列分析快速鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌

目的探索一种快速鉴定临床标本中革兰氏阳性杆菌的方法。方法利用PCR技术扩增待检菌株的16SrRNA基因序列,通过分析待检菌株的16SrRNA基因序列对其进行鉴定。结果5株待检菌株的16SrRNA基因序列均成功扩增,其中4株的16SrRNA基因序列与基因库中已注册的核酸序列相似率达99．9％以上,将其鉴定到种的水平,1株的16SrRNA基因序列与基因库中雷弗森菌属的核酸序列相似率为97．09％,将其鉴定为雷弗森菌属。结论应用16SrRNA基因序列分析可快速、准确地鉴定临床标本中的革兰氏阳性杆菌。     

糖耐量异常患者与糖耐量正常人群肠道菌群差异性研究

目的探讨糖耐量异常(IGT)患者和糖耐量正常人群肠道菌群的差异性。方法选取20例糖耐量异常患者作为研究组,另选20例接受健康体检的健康人群作为常规组。收集所有研究对象的新鲜粪便样品,提取其中的细菌总DNA,采用细菌通用扩增引物分别进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,对获得的PCR产物展开测序分析,测序完成后,使用ABI实时荧光定量PCR仪检验肠道中常见的细菌种类。比较两组肠道菌群种类及数量。结果通过检测数据发现,本研究所有样品中共检查出三类细菌,分别为拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门,而拟杆菌门细菌是人体肠道中的主要优势细菌。研究组拟杆菌门中普雷沃氏菌属与拟杆菌属细菌种类数量分别为(2.3±1.4)、(5.1±1.5)种低于常规组的(5.5±2.0)、(8.1±2.5)种,差异有统计学意义(P<0.05)。研究组厚壁菌门中毛螺菌属与乳酸菌属细菌种类数量分别为(2.2±1.3)、(1.3±0.8)种低于常规组的(6.2±2.1)、(7.0±2.8)种,差异有统计学意义(P<0.05)。研究组变形菌门中大肠埃希菌与志贺菌属细菌种类数量分别为(4.3±1.3)、(4.1±1.2)种,对照组变形菌门中大肠埃希菌与志贺菌属细菌种类数量分别为(5.1±1.4)、(4.3±1.3)种,两组比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论糖耐量异常患者肠道菌群中优势菌群的含量明显低于糖耐量正常人群肠道中优势菌群的含量,需要针对性地展开治疗。     

5SrRNA基因间隔区DNA序列在穿心莲道地性中的可行性研究

目的探讨5SrRNA基因间隔区DNA序列在穿心莲道地性研究中的可行性。方法提取不同产地穿心莲总DNA后,PCR特异扩增5SrRNA基因间隔区,采用荧光标记末端终止子双脱氧末端终止法测序,对测序结果进行多序列联配分析。结果成功得到321bp的5SrRNA基因间隔区碱基序列,经过多序列联配分析发现,不同产地穿心莲的此段5SrRNA基因间隔区DNA序列之间没有差异。结论5SrRNA基因间隔区DNA序列不适合用于研究穿心莲药材的道地性。     

16S rRNA基因文库方法在感染标本菌群分析中的应用

目的探讨16S rRNA基因文库方法对感染标本菌群的鉴定效果。方法采集70例创伤患者的感染伤口脓液或渗出液标本,使用通用引物扩增标本中所有细菌的16S rRNA基因片段,构建16S rRNA基因文库,挑取阳性克隆测序,分析感染细菌的数量与种类。结果从150个克隆子中检测7种不同酶切类型的克隆,鉴定出7类微生物,其中屎肠球菌种类最多,占88%,坚强肠球菌比例占2%,另5类序列与非可培养细菌类群的16S rRNA基因序列相似性较高,均占2%。结论感染标本中屎肠球菌含量丰富,应用16S rRNA基因文库的方法可有效分离到感染标本中的非可培养菌。     

新型聚酮合酶基因簇的分离与部分鉴定

目的 从海洋沉积物中分离新型聚酮合酶(PKS)基因簇,并解析其基因结构,为研究PKS的组合生物合成提供新组件.方法 采集中国东海沉积物样本,并提取宏基因组DNA,以其为模板,通过简并PCR扩增新型PKS片段,用地高辛标记正确的扩增片段作为探针,然后从本研究中构建的海洋沉积物样本Fosmid宏基因组文库中筛选完整基因簇,测序、结构分析.结果 (1)所分离得到的海洋沉积物宏基因组DNA可直接作为PCR模板,简并PCR扩增得到26个新型KS编码片段,并成功提交GenBank;(2)所得DNA构建成滴度约5×108cfu/ml的Fosmid文库,插入片段平均长度约为40kb;(3)将其中的一个KS片段(GenBank登录号DQ942531)用地高辛标记并筛选部分文库,得到4个克隆,测序得到7981bp的序列(GenBank登录号EF568935),结构分析发现含典型的I型PKS组件,如酮缩酶(KS)、酰基转移酶(AT)、酰基载体蛋白(ACP)等.结论 简并引物扩增、宏基因组文库筛选、测序、结构分析,在本研究中被证明是有效的分离新PKS基因簇的途径;通过系统进化树分析得出26条新KS片段属于I型KS片断和杂合PKS/NRPS基因簇,主要来自放线菌门、δ变形菌门、蓝藻门和β变形菌门的微生物.     

不同16S rRNA片段长度在微生物鉴定中鉴定能力的比较研究

目的 比较不同16S rRNA片段长度在微生物分类鉴定中的区别。方法 收集公共数据库NCBI中药典控制菌及相关细菌的16S rRNA序列,使用不同引物组合将16S rRNA序列截取为500 bp、1 000 bp、全长(～1 500 bp)的片段,通过BLAST进行序列比对并注释,获得相似度数据进行统计分析。结果 16S rRNA基因序列500 bp、1 000 bp、全长(～1 500 bp)均可以100%对药典控制菌及相关细菌鉴定到属水平,种水平的鉴定能力随着片段长度的增加而提高,其中500 bp长度可鉴定到90.73%的序列,1 000 bp可鉴定到94.04%的序列,全长(～1 500 bp)可鉴定到96.36%的序列。梭菌属、沙门氏菌属、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌使用3种片段长度均可满足药典控制菌的鉴定需要,而金黄色葡萄球菌鉴定使用全长(～1 500bp)的鉴定效果最佳。结论 16SrRNA序列片段长度越长鉴定效果越好,但在实际应用中考虑到成本因素推荐1 000 bp片段长度。大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌在实际鉴定中可能鉴定程度率不高。     

基于16S rDNA序列测序的川楝子肝毒性机制研究

目的 通过观察川楝子对大鼠肠道菌群的影响,初步探讨川楝子肝毒性机制。方法 以大鼠为研究对象,川楝子组灌胃川楝子溶液,连续给予21 d,末次给药后收集粪便样本,抽提粪便DNA,于Illumina MiSeq分析平台进行16S rDNA测序。结果 川楝子显著提高血清谷草转氨酶(aspartateaminotransferase,AST)、谷丙转氨酶(alanineaminotransferase,ALT)含量(P<0.05),降低总胆固醇(total cholesterol,CHO)、总蛋白(total protein,TP)含量(P<0.05)。菌群多样性分析和差异分析结果显示,川楝子降低大鼠肠道菌群多样性,可升高肠道厚壁菌门、放线菌门、杆菌、丹毒丝菌、乳杆菌属丰度;可显著降低梭菌、拟杆菌、瘤胃球菌属丰度。关联性分析显示,ALT和AST含量与双歧杆菌属、瘤胃球菌、粪球菌、脱硫弧菌、罗氏菌、梭菌、拟杆菌丰度显著相关;CHO、TP与普雷沃菌、密螺旋体、气球菌丰度显著相关。结论 川楝子能明显降低肠道菌群的多样性,其肝脏毒性机制可能与增加Allobaculum和丹毒丝菌的表达有关。     

基于5S-rRNA 基因间区碱基序列鉴定繁缕

目的建立快速准确鉴定民间药繁缕(Stellariamedia)的方法。方法首次利用DNA分子鉴定技术对繁缕及混淆品牛繁缕(Myosotonaquaticum)进行了5SrRNA基因间区的PCR扩增和测序。结果DNA序列和限制性酶切谱可以用于鉴定繁缕及牛繁缕。同时对石生繁缕(S.vestita)、长叶繁缕(S.longifolia)及垂梗繁缕(S.radians)进行了5SrRNA基因间区的PCR扩增和测序,认为上述5种植物各自的DNA序列和限制性酶切谱可用于繁缕属分子系统学研究。结论该方法可用于药用植物繁缕的鉴定及繁缕属分子系统学研究。     

不同病原所致感染的肺部微生物菌群差异分析

目的 分析不同病原所致肺部感染患儿肺部微生物菌群的差异,探讨肺部微生物菌群与不同病原感染的相关性。方法 收集2020年6月至2022年5月因肺部感染行支气管镜诊疗患儿的肺泡灌洗液,利用宏基因组二代测序(mNGS)进行微生物菌群检测,根据最终临床确诊的病原分为肺炎支原体肺部感染(MPP)组、肺炎链球菌组和真菌组。分析比较3组患儿NGS检测结果,从门、属、菌群多样性水平探讨肺部微生物菌群的异同。结果 纳入肺炎支原体组25例,肺炎链球菌组13例和真菌组16例。3组患儿的年龄与性别无明显差异(P>0.05)。3组样本在门水平的优势菌群主要有厚壁菌、拟杆菌、变形菌和放线菌,肺炎支原体组拟杆菌门所占比例高于肺炎链球菌组和真菌组,差异有统计学意义(P<0.001);肺炎链球菌组厚壁菌门所占比例明显高于肺炎支原体组和真菌组,差异有统计学意义(P<0.001);真菌组变形菌门和放线菌门所占比例明显高于肺炎支原体组和肺炎链球菌组,差异有统计学意义(P<0.001);肺炎支原体组与肺炎链球菌组的优势菌属为普雷沃菌属、链球菌属、韦荣球菌属,而真菌组为链球菌属、罗氏菌属、颗粒链菌属;肺炎...     

中药材龟甲的分子鉴定研究

用PCR产物直接测序法对中药材龟甲(板)进行鉴别。从乌龟 Chinemys revesii 和其他20种产地为中国或东南亚国家的龟类的组织材料中提取DNA,扩增约110bp的线粒体12SrRNA,基因片段并进行序列分析,构建了21种龟类的12SrRNA基因片段序列数据库。序列比较的结果表明乌龟与其它20种龟类的这段序列均有差别,序列差异在3.7～15.7%之间。从江苏省药品检验所提供的19块龟甲检品上各取样0.1～0.5g提取 DNA,扩增与上述相同的基因片段,与构建的数据库进行比较,结果表明19块龟甲中只有3块的原动物为乌龟,其余的龟甲均为混淆品。本文的结果为药材龟甲的鉴定找到了有效、可靠的分子遗传标记方法。     

南宁地区儿童呼吸道感染苛养菌分布及耐药性分析

目的：了解南宁地区儿童呼吸道感染苛养菌分布及耐药性特点。方法：对2013年8月至2014年7月在广西壮族自治区妇幼保健院住院的呼吸道感染患儿5 235例痰标本苛养菌培养及药敏结果进行回顾分析。结果：5 235例标本共分离出肺炎链球菌226例、流感嗜血杆菌126例、副流感嗜血杆菌34例和卡他布兰汉菌21例。肺炎链球菌对万古霉素均敏感,对喹诺酮类、青霉素、氯霉素、头孢菌素类、酶抑制剂类较敏感,对阿奇霉素、复方磺胺甲恶唑、红霉素、克林霉素、四环素耐药率超过90%。流感嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、卡他布兰汉菌对头孢噻肟、阿莫西林/克拉维酸、亚胺培南敏感,对氨曲南耐药率均超过60%。流感嗜血杆菌、副流感嗜血杆菌、卡他布兰汉菌产β-内酰胺酶检出率分别为40.48%、38.24%和61.90%（P<0.05）。结论：儿童呼吸道感染苛养菌以肺炎链球菌为主,有其独特耐药谱,临床应明确病原学诊断,根据药敏结果选用敏感抗菌药物。     

319例儿童外阴阴道炎病原菌及耐药性分析

摘要：目的 通过分析319例儿童外阴阴道炎检出病原菌及其耐药性，为儿童外阴阴道炎的精准诊疗提供帮助及指导。 方法 选取我院319例外阴阴道炎儿童为研究对象，采集阴道分泌物进行微生物培养、鉴定及药敏实验，应用WHONET 5.6、 SPSS 21.0软件对数据进行分析处理。结果 共检出病原菌339株，前5位病原菌为流感嗜血菌97株(28.6%)、化脓链球菌54株 (15.9%)、白念珠菌45株(13.3%)、大肠埃希菌31株(9.1%)、苏黎世放线菌14株(4.1%)。患儿年龄分布14d~16岁，中位年龄6岁 1个月，3岁以上年龄组检出294例(86.7%)，各年龄组检出病原菌略有不同；季节分布上，10~12月份检出病原菌最多102例 (30.1%)。主要检出病原菌对常见抗生素耐药性整体上低于其他研究中儿童细菌耐药率，检出革兰阴性菌对头孢菌素、碳青霉烯 类等抗生素耐药率较低；检出主要革兰阳性菌对红霉素、克林霉素耐药率均最高(>90%)，MRSA检出率为18.2%，未检出万古霉 素耐药菌株；45株白念珠菌对伊曲康唑耐药率为3.8%，对其他抗真菌药均敏感。结论 外阴阴道炎是常见的小儿妇科问题，细 菌为最常见的病原菌，年龄季节等因素也会影响儿童外阴阴道炎的发生发展。检出主要病原菌对常用抗生素耐药性均低于儿童 其他部位感染病原菌，临床应及时采集标本检测，合理应用抗菌药物治疗。     

对多糖类疫苗免疫应答的研究进展

某些有荚膜的细菌,如b型流感嗜血杆菌、脑膜炎球菌和肺炎链球菌,其荚膜多糖可以开发成疫苗,但对儿童的免疫原性低,只有短期保护作用.多糖与蛋白质结合成为结合疫苗可以部分改善多糖疫苗的缺陷.此文回顾了对结合和非结合的多糖类疫苗的免疫应答研究进展,特别是关于人体对这些疫苗的异常应答的研究,以了解对多糖类疫苗的应答机制,从而有助于解决多糖类疫苗的低效和异常应答问题.     

小儿支气管肺炎致病菌耐药性及免疫治疗效果分析

目的:分析小儿支气管肺炎致病菌耐药性及免疫治疗的临床价值。方法:选取我院2010-2013年诊断为小儿支气管肺炎患儿93例,采集患儿深部痰标本进行细菌培养与鉴定、药敏试验分析,并对观察组患儿行免疫治疗,分析免疫治疗效果。结果:93例患儿革兰阳性菌阳性率46郾2%,革兰阴性菌阳性率52.7%,真菌阳性率1.1%,所有致病菌中流感嗜血杆菌居首位,排在前三位的致病菌分别为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和卡他莫拉菌。药敏试验分析结果显示,肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、大肠埃希菌及金黄色葡萄球菌均对氨苄西林高度耐药,对左氧氟沙星呈低度耐药。观察组患儿治疗后免疫细胞因子CD+3、CD+4以及CD+4/CD+8 均较治疗前明显改善,与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05);观察组患儿退热时间、咳嗽消失时间、肺部啰音消失时间及总住院时间均较对照组明显缩短(P<0.05)。结论:小儿支气管肺炎致病菌及其耐药性发生重大变迁,应用免疫治疗能有效改善患儿机体免疫力,临床效果显著。     

Clinical evaluations of flomoxef in respiratory tract infections

Flomoxef (FMOX, 6315-S), a new antibacterial drug, was administered to 9 cases with respiratory tract infections for a duration of 8 approximately 16 days at a daily dose of 2 g. Diagnosis of these patients were bronchopneumonia 5 cases, chronic bronchitis 3 cases and acute bronchitis 1 case. From transtracheal aspiration several organisms were isolated; Haemophilus influenzae was isolated in 3 cases, Streptococcus pneumoniae in 3 cases, H. influenzae plus Branhamella catarrhalis in 1 case, Streptococcus dysgalactiae plus Neisseria meningitidis in 1 case and Corynebacterium pseudodiphtheriticum in 1 case. The clinical efficacy was good in all 9 cases, the efficacy rate was 100%. All the bacteria were eliminated. Side effects were not observed. From these results, it appears that FMOX is a valuable drug in the treatment of respiratory tract infections.     

A study of concentration of ampicillin into middle ear effusion after administration of bacampicillin

We studied the concentration of ampicillin (ABPC) into middle ear effusions after administration of bacampicillin (BAPC). Nine patients with acute purulent otitis media were given orally single doses of the drug at a level of 10 mg/kg, and concentrations of ABPC which is the active antibiotic metabolite of BAPC were determined in middle ear effusions periodically after the administration. Bacteria present in effusions were identified, and their ability to produce beta-lactamase was also determined. ABPC concentrations in middle ear effusions were inversely related to the ability of bacteria detected from the intratympanic cavity to produce beta-lactamase. ABPC concentrations in middle ear effusions from which only beta-lactamase negative organisms were detected were higher by 5.2- and 2.3- fold at 60 and 120 minutes after the administration of BAPC, respectively, than those in effusions from which beta-lactamase positive organisms were detected. ABPC concentrations achieved in middle ear effusions in cases where only beta-lactamase negative organisms were detected exceeded MIC80's of the drug against main causative bacteria of acute purulent otitis media such as Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, and Haemophilus influenzae. Because only 10% or less of these species produces beta-lactamase, BAPC appears to be one of the highly effective drugs in the treatment of this disease.     

儿童医院肺炎157例痰液病原菌分布及耐药性分析

目的 分析医院ICU病房肺炎小儿痰液病原菌分布及耐药特征,为临床合理用药提供科学依据。方法 对2016年10月至2017年10月绵阳市中心医院157例患肺炎的小儿痰液中分离的细菌进行鉴定,K-B法进行药敏分析,PCR检测相关耐药基因。结果 157例小儿痰液,其中3例各分离出2株细菌,其余154例均各分离出1株细菌,共160株。鉴定后发现,G⁺菌占总分离菌46.88%,以金黄色葡萄球菌和肺炎链球菌为主;G-菌占53.12%,以大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌为主。分离的病原菌对氨苄西林和阿莫西林普遍耐药,对庆大霉素、左氧氟沙星和万古霉素敏感。G⁺菌对红霉素高度耐药,耐药基因mefA和ermB阳性检出率高。结论 医院ICU病房肺炎小儿痰液以金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和肺炎链球菌感染为主,对部分抗生素耐药严重。了解小儿肺炎痰液耐药情况,可为临床合理用药提供参考。     

Microbial diversity associated with tetrodotoxin production in marine organisms

Tetrodotoxin (TTX), is a potent neurotoxin found in genetically diversed organisms. Many TTX producing microorganism have also been isolated from TTX bearing animals. The TTX producing microbes found in four different phylum (Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes and Bacteroidetes), the Proteobacteria are the dominating one. In most of the cases, TTX producing microbes are found in the intestine of the TTX producing vector indicating the origin of TTX through food chain. This paper reviews the TTX and its analogs and the geographic distribution of TTX in symbiotic microorganism and its production.     

中药大黄对口腔致龋菌影响的体外实验研究

目的：通过研究大黄对致龋菌生工，产酸及产胞外多糖的影响，探讨大黄能否有效调节口腔菌生态平衡。方法：测定大黄变形链球菌，粘性放线菌和血链球菌的最低抑菌浓度MIC。再测定低于MIC的4个浓度的大黄对3种细菌产酸及产生水不溶性多糖能力的影响。结果：大黄对3种细菌的生长，产酸均有一定的抑制作用；并能够有效抑制变形链球菌产生水不溶性葡聚糖。结论：大黄能有效抑制变形链球菌，粘性放线菌和血链球菌的和长，产酸以及抑制变形链球菌产生水不溶性葡聚糖。     

某市健康学龄前儿童咽部定植菌携带及耐药分析

目的 调查健康学龄前儿童咽部定植菌携带情况及药敏结果，为临床合理用药提供理论依据。方法 采集市区某公立幼儿园首次入托的119名健康学龄前儿童咽拭子标本进行细菌培养，分析定植菌携带情况及耐药性结果。 结果 119名健康学龄前儿童咽部定植菌种类最多5种，最少0种，平均(3.36±0.79)种。其中108名儿童半定量培养分离出中等量(++)以上细菌菌株135株，主要为草绿色链球菌、卡他莫拉菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血菌。药敏试验显示常见细菌对红霉素、四环素、复方磺胺甲噁唑、克林霉素等临床常用抗生素均有较高的耐药率。结论 本地区健康学龄前儿童咽部定植菌以条件致病菌为主，多数为多种菌混合定植，对临床常用抗生素均有较高耐药性，规范儿童上呼吸道感染抗生素的使用至关重要。