荧光定量PCR检测细胞代谢综合征相关基因表达的优化

目的优化MRSG mRNA表达的Taqman荧光定量PCR检测反应体系并进行系统评价。方法设计荧光PCR适用的引物和探针,从模板、引物、探针、镁离子浓度等方面优化荧光定量PCR检测反应体系,评价优化系统的特异性和稳定性。结果确定系统的模板取样量为2μl,引物浓度为0.4μmol/L,探针浓度为0.2μmol/L,Mg~（2＋）浓度为4mM,建立了稳定的MRSG mRNA表达的Taqman荧光PCR检测方法。结论优化后的MRSG mRNA荧光PCR检测方法特异性和稳定性较好。     

用cox1基因片段的PCR鉴别亚洲带绦虫和牛带绦虫

目的：用cox1基因片段的PCR技术对亚洲带绦虫和牛带绦虫的快速鉴别。方法：用亚洲带绦虫和牛带绦虫线粒体cox1基因片段的特异性引物以及带绦虫cox1基因片段的通用引物,对贵州省都匀地区和从江地区的带绦虫虫卵和节片DNA进行常规PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测和核酸序列测定,并用NC-BI Blast对扩增产物的核酸序列与NCBI数据库中带绦虫的cox1基因进行比对。结果：5株都匀带绦虫DNA样品经亚洲带绦虫cox1基因片段的特异性引物PCR,均扩增出约260 bp的产物,PCR产物的核酸序列与NCBI数据库中亚洲带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为100%;2株从江带绦虫的DNA样品用亚洲带绦虫特异性引物和牛带绦虫特异性引物的PCR均未见扩增产物,而通用引物PCR则扩增出约1 000 bp的产物,核酸序列与NCBI数据库中牛带绦虫线粒体cox1基因片段的同源性为99%,在牛带绦虫特异性引物的结合位点存在一个碱基差异。结论：常规PCR扩增特异性的cox1基因片段可快速鉴定亚洲带绦虫;从江牛带绦虫株的cox1基因特异性片段部分存在变异,导致与特异性引物结合能力的差异,可采用cox1基因通用引物PCR结合测序进行鉴定。     

PCR技术反应体系镁离子浓度的优化

成功的体外DNA扩增,镁离子浓度的优化是十分重要的。镁离子浓度可以影响到Taq DNA聚合酶的活性、精度及产物的特异性,还可影响模板与PCR产物的解链温度,引物二聚体的形成等,镁离子在PCR技术反应体系中的优化最终要求模板DNA、引物和dNTP能够满足Taq DNA聚合酶结合的镁离子。     

云南省1例输入性三日疟实验室检测分析

目的对云南省1例输入性疟疾患者的血样进行实验室检测分析。方法采用疟原虫属特异性引物和种特异性引物对该样本进行巢式PCR检测,将PCR扩增结果进行序列测定,并对获得的序列进行Blast比对,分析其分子性状。结果使用疟原虫属特异性引物r PLU5和r PLU6对血样进行PCR检测,第一轮未扩增出预期条带;使用疟原虫种特异性引物对血样进行PCR检测,扩增出预期大小约141bp的三日疟条带,无对应大小的恶性疟、间日疟和卵形疟扩增条带产生。序列分析表明,扩增片段长度为115bp,进行Blast比对发现,与Genbank中注册编号为gb|KJ934253.1的三日疟对应部分的基因序列同源性为96%。结论通过使用巢式PCR、序列测定分析等方法,基本证实该病例为三日疟原虫感染。     

鼠痘病毒荧光定量PCR检测方法的建立与应用

目的 建立鼠痘病毒的荧光定量PCR检测方法,以期能快速、准确、灵敏、特异的检出鼠痘病毒。方法 经过比对和筛选,本研究选取鼠痘病毒的ERPV_027基因480-800位序列段,作为引物设计位点设计引物和探针,并对该引物对和探针的特异性、灵敏性、稳定性和重复性进行检测。结果 本研究建立的方法,对鼠痘病毒的检测极限是68.8copies/μl;该方法特异性强,只对鼠痘病毒特定片段进行特异性扩增,而对小鼠肝炎病毒、仙台病毒、沙门氏菌等其它病毒、细菌无扩增;该方法稳定性和重复性均较好。结论 本研究成功建立了检测鼠痘病毒的荧光定量PCR方法,该方法特异性强、灵敏度高,且具有较好的稳定性和重复性,具有广阔的应用价值。     

用聚合酶链反应检测人巨细胞病毒DNA的失败原因

聚合酶链反应(PCR)是一种新的基因扩增技术,应用日趋广泛,但影响因素较多。我们在用 PCR 检测人巨细胞病毒(HCMV)DNA 时发现,紫外吸收法进行引物定量,不一定能测出样品中寡核苷酸的实际含量,引物寡核苷酸定量不准,是 PCR 不成功的重要原因。材料与方法(一)PCR 模板 HCMV AD 169株,引自解放军第302医院病毒室。病毒经人胚肺纤维母细胞培养增殖,冰融3次,直接或     

不同引物及数据分析方法对定量PCR结果的影响

目的:研究不同引物及数据分析方法对实时荧光定量PCR SYBR Green染料法检测基因表达差异结果分析的影响.方法:通过Primer Express 2.0软件对目的基因CCNDI、C-JUN分别设计4对不同引物进行SYBR Green染料法定量PCR扩增.并分别使用2-△△CT法、Pfaffl法及相对标准曲线法计算肺癌紫杉醇敏感细胞株及耐药细胞株问日的基因的表达差异.分析不同引物和数据计算方法对实验结果的影响.结果:统计学分析表明,引物的扩增效率对定量PCR结果分析有显著影响.不同引物特异性扩增得到的样本间表达倍数有显著差异(P<0.05).3种计算方法中,Pfaffl法与相对标准曲线法无统计学差异(P>0.05),而2-△△CT法与其他2种方法均有显著差异(P<0.05).结论:引物的选择对于定量PCR结果有显著影响;Pfaffl法是更准确,更合理的相对定量计算方法.     

Alu-LTR PCR检测整合型HIV-1实验方法的优化

目的对Alu-LTRPCR检测整合型HIV-1的实验方法进行优化。方法收集20例HIV-1感染患者及10例健康对照者的抗凝血标本,纯化CD4+T细胞并提取DNA,根据整合型HIV-1DNA的特点设计引物,首轮PCR5′端引物来自于人类保守的Alu序列,3′端引物来自于HIV-1LTRU5区序列,扩增片段包含了整合位点上游的人类基因组DNA序列和整合的HIV-1LTR的序列。第二轮引物针对HIV-1LTRU3区的序列。在首轮PCR基础上,PCR产物稀释后进行第二轮PCR。结果经过优化的Alu-LTRPCR,20例HIV病人全部检测到整合的HIV-1。结论经优化后,Alu-LTRPCR检测整合型HIV-1的实验方法的灵敏度明显提高。     

棒状乳杆菌4个管家基因PCR引物的设计与验证

目的探索一种为棒状乳杆菌管家基因设计PCR引物的方法,并验证所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法先用在线引物设计工具Primer-BLAST为棒状乳杆4个菌管家基因设计PCR引物。然后用软件oligo 6.44评价引物的各项参数,综合考虑PCR引物设计的各项原则,人工筛选出最佳引物,最后通过PCR扩增验证引物的效率和特异性。结果每个管家基因用Primer-BLAST程序设计得到10对引物,最后各选出1对引物。经PCR扩增验证,这些引物不仅效率高,而且特异性好。结论本研究所用的引物设计方法简单实用,用于设计棒状乳杆菌管家基因PCR引物效果理想。     

3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率(英文)

目的:通过使用3’末端碱基游移混合引物,减少引物末端错配,提高多变区基因片段的PCR检测阳性率。方法:在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物),在原型引物序列基础上将两根引物的3’末端分别截去1个或2个碱基,设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物,在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR,比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA,将扩增产物测序并评价3’末端错配对PCR的影响。结果:原型引物和混合引物检测阳性率分别为70.4％(19/27)和85.2％(23/27),两者差异非常显著(P<0.05)。引物3’末端错配能导致PCR假阴性。结论:扩增保守性相对较差的基因片段,采用3’末端单个或多个碱基截短的引物,构成3’末端碱基游移混合引物,可以避免因3’末端错配产生的PCR假阴性,提高检测阳性率。     

多重引物与共有引物PCR法检测宫颈癌组织中的HPVDNA的比较及意义

人子宫颈鳞状上皮癌(简称宫颈癌)是妇女死亡的主要原因之一,近年来,实验室的研究证明了某些类型的人乳头瘤病毒(Human Papillomavirus,HPV)与宫颈癌以及其它几种生殖肿瘤病有明显的关系。本文应用多重引物与共有引物PCR法对山西60例宫颈癌活检组织人乳头瘤病毒的检测,结果表明,多重引物PCR检出率为81.66％;共有引物PCRHPV检出率为85％,两法符合毕为93.33％。共有引物PCR法比多重引物PCR法检出率高。两种方法各有其特点。本文认为大规模普查最好采用共有引物PCR法,它的特点是广谱,费用低。对临床HPVs感染的鉴别诊断最好选用多重PCR法。     

高GC含量DNA序列PCR扩增的引物设计

目的建立一种高GC含量DNA序列PCR扩增的引物设计方法。方法共设计了15对高GC含量（66.0%~84.0%）DNA序列PCR扩增引物,引物Tm值均≥79.7℃,引物Tm差值（△Tm）均≤1℃。对本研究所设计引物及相关参考文献中部分引物的参数进行统计学分析。另外,基于本研究方法,设计了26对引物,以验证该方法在非高GC含量（35.2%~53.5%）DNA序列PCR扩增中的实用性。结果采用本研究方法,所有15对高GC含量DNA序列均成功扩增;统计结果显示,Tm值和△Tm是影响高GC含量DNA序列扩增的主要因素。结论设计具有较高Tm值和较低△Tm的引物可有效的解决高GC含量DNA序列的PCR扩增问题。另外,在较高的退火温度下,引物或DNA序列的二级结构无法形成。     

利用软件Primer Premier 5.0进行PCR引物设计的研究

目的运用Primer Premier 5．0软件设计PCR引物，并且检验所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法运用Primer Premier 5．0软件设计16对猪和犬的PCR扩增引物，通过PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳检测实验结果。结果在所设计的16对引物中有8对PCR扩增特异性好且效率高，成功率50％。但是，其中早期设计引物12对只有4对成功，后期设计引物4对全部成功。结论从引物设计的过程中可以看到一种趋势-后期引物设计的成功率远远高于早期。这表明我们在引物设计方面正在逐步成熟，特别是运用比较基因组学定位的原理在分离新基因的引物设计方面积累了较多的经验。     

Zmu-1:DHP豚鼠的随机扩增多态性DNA分析

目的：研究Zmu-1：DHP豚鼠基因组DNA的遗传多态性及其遗传概貌，探讨随机引物PCR(RAPD—PCR)在豚鼠遗传质量检测中运用的可行性。方法：用RAPD—PCR法，对新培育的Zmu—1：DHP豚鼠和对照品系DHP豚鼠的基因组DNA进行PCR扩增。结果：从40条随机引物中，筛选出2条呈多态性的引物，分别是第S1202号和第S1219号引物。Zmu—1：DHP品系的扩增产物无多态性变化，而且其条带与多数DHP品系的个体相同。少数DHP品系的个体呈多态性变化，并找到该品系增加和缺失的特征性条带各一种。结论：Zmu—1：DHP品系的基因纯合性及个体一致性较DHP品系高。二个品系的DNA序列存在较少差异，说明豚鼠品系间遗传结构比较接近。一旦选定具有多态性的引物，RAPD—PCR法可以区分豚鼠品系，适用于豚鼠遗传质量检定。     

AP-PCR和set1、set2两基因PCR用于志贺菌基因多态性研究

目的与方法 :　应用随机引物 PCR(简称 AP- PCR或 PAPD)和 set1、set2两基因 PCR方法分析了 71株F2 a志贺菌的基因多态性。　结果 :两种引物的 AP- PCR中 ,引物 12将 71株 F2 a志贺菌分为两种不同的基因型 ,引物 17和 set1、set2两基因 PCR将所有菌株分为四种不同的基因型 ,两种方法结合则可分为七种不同的基因型 ;其中 6 5株 F2 a志贺菌基因型相同 ,其余 6株各为独立的型别。本研究表明 AP- PCR和 set1、set2两基因 PCR为志贺菌基因多态性分析的有效手段 ,二者结合则更为完善 ;研究结果还表明 ,在我国南北不同地区不同时间分离到的无论是暴发株还是散发株 ,均具有相同的优势克隆。　结论 :上述菌株是引起国内菌痢散发和暴发的主要基因型 ,是流行病学研究和防治的重点     

基于AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性检测方法的建立

目的：探讨AllgloTM探针检测IL-1单核苷酸多态性的实用性。方法：采用AllgloTM 探针实时荧光PCR对IL-1β基因SNP进行基因分型。设计其3954C＆gt;T位点AllgloTM探针序列和PCR扩增引物,按照PCR产物特异性和扩增效率,对退火温度、引物浓度等条件进行优化。结果：结果显示AllgloTM探针实时荧光PCR检测体系最适引物浓度为0.4μM,退化温度为58.9℃两步法PCR。在同一条件体系下,检测100例健康体检者IL-1β基因3954C＆gt;T位点,并进行基因分型,测序验证其分型结果。结论：AllgloTM探针实时荧光PCR检测IL-1β基因SNP是一种值得推广的高通量、低成本、常规化的基因分型方法。     

流动引物PCR高效筛选阳性XRCC1基因敲除小鼠细胞的方法

[目的]探索流动引物PCR筛选阳性XRCC1基因敲除细胞的可行性。[方法]构建基因敲除质粒,嘌呤霉素抗性基因5’端加上额外的来自野生型基因被敲除位点内的20 bp DNA序列。使用流动引物(floating primer)和这20 bp序列结合,PCR筛选阳性克隆。[结果]利用流动引物成功筛选小鼠体细胞XRCC1(X射线修复交叉互补蛋白)一个等位基因敲除的阳性克隆子。[结论]流动引物PCR方法可以应用于基因敲除小鼠体细胞的筛选。     

应用通用荧光引物筛选裸鼹鼠微卫星位点方法的建立

目的 建立使用通用荧光引物分步PCR法筛选裸鼹鼠微卫星位点的方法.方法 在特异性引物F链的5'端连接通用引物,先以特异引物R链和加长引物F链进行PCR,再加入通用荧光引物进行第二步PCR,最后使用琼脂糖电泳和毛细管电泳检测扩增产物,同时以传统的荧光引物PCR为对照.结果 琼脂糖电泳结果显示,通用荧光引物PCR产生的目的片段清晰,引物特异性强,目的片段多态性与传统PCR产生的多态性一致,且片段大小均比传统PCR产生的目的片段大15 bp左右,与预期一致.毛细管电泳结果也显示,通用引物PCR结果检测的等位基因数与传统荧光引物PCR方法产生的数量完全一致,无杂带,扩增效率高,具有较强的可操作性.结论 使用通用荧光引物分步PCR法结果可应用于裸鼹鼠基因组大量微卫星位点的筛选.     

中金钗石斛相关序列扩增多态性反应体系的正交优化研究药大质量观及实践

目的 建立金钗石斛Dendrobium nobile相关序列扩增多态性 (SRAP) 反应体系,为金钗石斛分子生物学研究提供技术支持。方法 运用 L25(56) 正交设计对影响金钗石斛 SRAP 反应的5个因素：模板 DNA、Mg2+、dNTPs、Taq 酶、引物在5个水平上进行优化试验,对 PCR 结果进行极差分析。结果 金钗石斛 SRAP 反应最佳体系为：25 μL PCR 体系中含有 20 ng 模板 DNA,2.0 mmol/L Mg2+,0.2 mmol/L dNTPs, 1 U Taq 酶,0.6 μmol/L 引物。各因素对 SRAP 反应的影响依次为：〖WTBX〗Taq 酶＞Mg2+＞dNTPs＞模板 DNA＞引物。结论 所建立的金钗石斛 SRAP 反应体系具有标记位点清晰、多态性丰富、稳定性好等特点,可用于金钗石斛分子生物学的研究。     

TaqManPCR快速检测食品中空肠弯曲菌

目的：利用荧光定量PCR技术,建立食品中空肠弯曲菌污染的快速检测方法。方法：以空肠弯曲菌的hipO基因为靶序列,设计引物和探针,优化引物、探针浓度比和Mg2＋浓度,对反应体系进行评价。并初步应用于样品的检测。结果：所建反应体系特异性、敏感性和稳定性良好。定量检测低限15efu／ml。结论：建立了适用于食品中空肠弯曲菌污染快速检测的荧光定量PCR方法。