PCR-SSCP技术快速检测结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究

目的 应用PCR-SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变,评价此方法用于结核分枝杆菌利福平 (RFP)耐药性的意义。方法 以结核分枝杆菌H37Rv为对照、50例耐RFP(单耐和多耐)结核分枝杆菌临床分离株、12例RFP敏感菌株、35例耐RFP肺结核患者痰标本,采用PCR-SSCP检测痰标本和菌株中结核杆菌rpoB基因突变。结果 50例耐RFP菌株中有45例PCR-SSCP条带与结核分枝杆菌H37Rv条带有明显差别,与药敏试验结果做对比,PCR-SSCP检测敏感性为90%,特异性为100%;12例敏感菌株与H37Rv条带一致,35份肺结核病人痰标本,21份痰PCR扩增阳性,15份SSCP图谱与H37Rv图谱有差别,而且PCR-SSCP28份图谱与H37Rv有差别,阳性率为80%。结论 PCR-SSCP检测结核分枝杆菌rpoB基因突变快速、简便、易行,有望用于结核分枝杆菌RFP耐药性的快速测定,并将成为直接检测临床标本中结核分枝杆菌耐RFP快速方法。     

PCR－SSCP技术快速检测结核分枝杆菌 rpoB基因突变的研究

目的 应用PCR-SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变,评价此方法用于结核分枝杆菌利福平 (RFP)耐药性的意义。方法 以结核分枝杆菌H37Rv为对照、50例耐RFP(单耐和多耐)结核分枝杆菌临床分离株、12例RFP敏感菌株、35例耐RFP肺结核患者痰标本,采用PCR-SSCP检测痰标本和菌株中结核杆菌rpoB基因突变。结果 50例耐RFP菌株中有45例PCR-SSCP条带与结核分枝杆菌H37Rv条带有明显差别,与药敏试验结果做对比,PCR-SSCP检测敏感性为90%,特异性为100%;12例敏感菌株与H37Rv条带一致,35份肺结核病人痰标本,21份痰PCR扩增阳性,15份SSCP图谱与H37Rv图谱有差别,而且PCR-SSCP28份图谱与H37Rv有差别,阳性率为80%。结论 PCR-SSCP检测结核分枝杆菌rpoB基因突变快速、简便、易行,有望用于结核分枝杆菌RFP耐药性的快速测定,并将成为直接检测临床标本中结核分枝杆菌耐RFP快速方法。     

等位基因特异性多重聚合酶链反应方法用于快速检测结核分枝杆菌利福平耐药株

目的建立检测耐利福平(RFP)结核分枝杆菌的等位基因特异性多重聚合酶链反应(multiplex allele specific polymerase chain reaction,MAS-PCR)方法,快速、特异地检测rpoB基因核心突变区的主要突变,用于快速诊断结核分枝杆菌对利福平的耐药性。方法根据结核分枝杆菌的rpoB序列,分别设计出3对特异性寡聚核苷酸引物,采用MAS-PCR技术,分别检测rpoB基因上531、526、516这3个最常见的突变位点的突变。结果对临床分离的利福平敏感株(15株)及利福平突变株(81株)进行检测,以直接测序结果为参照,对利福平耐药株的总检出率为81.5%(66/81)。结论MAS-PCR方法敏感、特异,可快速、简便地检测结核分枝杆菌rpoB基因突变,有利于耐药结核分枝杆菌的快速检测。     

DNA序列分析与PCR—SSCP分析结核分支杆菌利福平敏感性的比较

目的 了解DNA序列分析与PCR－SSCP两种方法分析利福平敏感性的价值。方法 应用DNA序列分析与PCR－SSCP法检测利福平敏感的结核分支杆菌临床分离株25株，耐药株41株的利福平耐药相关基因rpoB基因核心区域的突变情况。结果 25株利福平敏感株DNA序列分析未检测到rpoB基因突变，41株耐利福平株中38株发生突变，突变率为92.7%(38/41)；25株利平敏感的结核分支杆菌菌株PCR－SSCP带型与对照H37Rv相同，41株耐利福平结核分支杆菌菌株中38株SSCP型带不同对照株，提示有突变存在。与DNA序列分析相比，PCR－SSCP检测准确率为93.9%（62／66），敏感度为92.1%(35/38)，特异度是96.4%(27/28)。结论 DNA序列分析对判断结核分支杆菌耐利福平非常有价值。PCR－SSCP可用于初步筛选对利福平耐药的结核分支杆菌。     

结核分枝杆菌耐喹诺酮临床分离株gyrA基因突变的研究

目的　了解结核分枝杆菌喹诺酮 (quinolones)耐药株耐药基因突变情况,评价其应用价值。方法 通过 16SrRNA聚合酶链反应-单链构象多态性 (PCR SSCP)技术分析 77株分枝杆菌临床分离株;通过PCR SSCP和直接测序技术分析结核分枝杆菌的gyrA基因突变的情况。 结果 75株为结核分枝杆菌复合群。 30株喹诺酮敏感株的 gyrA基因的SSCP图谱中,11株与H₃₇R_v相同,19株与卡介苗相同;与卡介苗 gyrA基因的SSCP图谱相同的敏感株 95位密码子为ACC,与H₃₇R_v该图谱相同的敏感株 95位密码子为AGC。 45株喹诺酮耐药株中,34株 (75.6%) gyrA基因SSCP图谱泳动异常,对 25株泳动异常、出现频率较高耐药株测序证实 15株 (44.1%)为 94位密码子GAC→GGC突变;10株 (29.4%)为 90位密码子GCG→GTG的突变。结论 结核分枝杆菌耐喹诺酮与 gyrA基因突变有关,PCR SSCP可能成为测定结核分枝杆菌耐喹诺酮类药基因型的快速、简便的方法。     

DNA序列分析与PCR—SSCP分析结核分支杆菌利福平敏感性的比较

目的 了解DNA序列分析与PCR—SSCP法分析利福平敏感性的价值。方法 应用DNA序列分析与PCR—SSCP法检测利福平敏感的结核分支杆菌临床分离株25株、耐药株41株的利福平耐药相关基因rpoB基因核心区域的突变情况。结果 25株利福平敏感株DNA序列分析未检测到rpoB基因突变，41株耐利福平株中38株发生突变，突变率为92．7％(38／41)；25株利福平敏感的结核分支杆菌菌株PCR—SSCP带型与对照H37Rv株相同，41株耐利福平结核分支杆菌菌株中38株SSCP带型不同于对照株，提示有突变存在。与DNA序列分析相比，PCR—SSCP检测准确率为93．9％(62／66)，敏感度为92．1％(35／38)；特异度是96．4％(27／28)。结论 DNA序列分析对判断结核分支杆菌耐利福平非常有价值；PCR—SSCP可用于利福平耐药结核分支杆菌的初步筛选。     

聚合酶链反应—单链构象多态性技术检测耐多药结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL突变的研究

应用PCR-SSCP技术快速检测耐INH,RFP,SM结核分支杆菌分离株rpoB、KatG、rpsL基因突变,评价其在检测结核分支杆菌耐药性方面的价值。方法 32侏耐INH、RFP、SM结核分支杆菌临床分离株及25侏结核分支杆菌敏感分离株用PCR-SSCP方法分别检测,rpoB、KatG、rpsL基因突变。结果 32株耐多药结核分支杆菌分离株中,rpoB、KatG、rpsL PCR扩增产物PCR-SSCP分别有28株（87.5%)rpoB基因,19株（59.3%)KatG基因和23株（71.9%)rpsL基因电泳条带与结核分支杆菌标准株H37Rv电泳条带相比有明显差异,而25株结核分支杆菌敏感株的PCR-SSCP条带与结核分支杆菌H37Rv相似,特异性为100%。结论 PCR-SSCP方法敏感、特异,可快速检测结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变,有利于耐多药结核分支杆菌耐药性的快速检测。     

L型结核菌rpoB基因突变与利福平耐药性的关系研究

目的探讨L型结核分枝杆菌rpoB基因突变与利福平耐药性的关系。方法对76株复制肺结核患者L型结核分枝杆菌临床分离株进行药敏试验,同时采用PCR和PCR-DS技术对L型结核菌株进行rpoB基因检测和序列分析。结果药敏结果提示28株L型结核分枝杆菌对利福平耐药,其中20株(71.4%)L型结核分枝杆菌rpoB基因发生突变。结论 L型结核分枝杆菌rpoB基因突变是造成结核分枝杆菌形成利福平耐药性的主要机制。     

聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测耐多药结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL突变的研究

目的　应用PCRSSCP技术快速检测耐INH,RFP,SM结核分支杆菌分离株KatG、rpoB、rpsL基因突变,评价其在检测结核分支杆菌耐药性方面的价值。方法 32株耐INH、RFP、SM结核分支杆菌临床分离株及25株结核分支杆菌敏感分离株用PCRSSCP方法分别检测,rpoB、KatG、rpsL基因突变。结果 32株耐多药结核分支杆菌分离株中,rpoB、KatG、rpsL PCR扩增产物PCR-SSCP分别有28株(87.5%)rpoB基因,19株(59.3%)KatG基因和23株(71.9%)rpsL基因电泳条带与结核分支杆菌标准株H₃₇Rv电泳条带相比有明显差异,而25株结核分支杆菌敏感株的PCR-SSCP条带与结核分支杆菌H₃₇Rv相似,特异性为100%。结论 PCR-SSCP方法敏感、特异,可快速检测结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变,有利于耐多药结核分支杆菌耐药性的快速检测。     

应用PCR-SSCP技术检测痰中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变的研究

目的 应用PCR-SSCP技术检测痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变,探索其临床应用价值.方法 以结核分枝杆菌标准株H37Rv为对照,应用套式PCR扩增目的基因,并使用SSCP技术直接检测100例耐药患者和10例敏感患者痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变并进行基因测序,将SSCP结果及测序结果与细菌培养药敏结果进行比较分析.结果 PCR-SSCP直接检测痰样本中的结核分枝杆菌katG基因突变的敏感性和特异性分别是55.9%和70.0%,rpoB为76.0%和90.0%,embB为46.4%和60.0%.结论 PCR-SSCP操作快速、简单,敏感性和特异性较高,可用来直接检测临床痰样本中结核分枝杆菌katG、rpoB、embB基因突变.     

结核分支杆菌利福平耐药基因突变的研究

目的了解我国结核分支杆菌耐利福平（ＲＦＰ）分离株ｒｐｏＢ基因突变情况，建立快速检测结核分支杆菌耐药基因型的分子药敏试验方法。方法通过聚合酶链反应－单链构象多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）和ＰＣＲ－直接测序法（ＰＣＲ－ＤＳ）分析５０株结核分支杆菌临床分离株的ｒｐｏＢ基因。结果３株结核分支杆菌药物敏感株和２株非ＲＦＰ耐药株中，仅１株ｒｐｏＢＳＳＣＰ图谱异常的药物敏感株出现５３１位密码子ＴＣＧ→ＴＴＧ突变。４５株ＲＦＰ耐药株中，１０株ＳＳＣＰ和ＤＳ分析均未见ｒｐｏＢ突变，３５株ＳＳＣＰ和ＤＳ分析异常，其中１４株为５３１位密码子ＴＣＧ→ＴＴＧ或ＴＧＧ或ＴＡＣ突变，１４株为５２６位ＣＡＣ→ＴＡＣ或ＧＡＣ或ＣＣＣ或ＣＴＣ或ＧＴＣ突变，２株为５１６位ＧＡＣ→ＧＴＣ或ＴＡＣ突变，２株为５１６位和５２６位及５１５位和５１６位密码子双点突变，３株ｒｐｏＢ序列与结核分支杆菌不同。结论大多数结核分支杆菌耐ＲＦＰ是由于其ｒｐｏＢ基因突变所致，采用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ和ＰＣＲ－ＤＳ方法可快速测定结核分支杆菌ＲＦＰ耐药基因型     

结核分枝杆菌耐利福平药物机理的初步研究

目的通过诱导试验观察结核菌产生耐利福平药物的全过程,初步分析结核菌耐该药的机理。方法采用诱导试验、聚合酶链反应—单链构象多态性(PCR-SSCP)和序列分析,对经不同药物浓度传代培养后的结核菌强毒株（H₃₇Rv）和36株临床耐药分离株进行分析。结果在诱导到第7代时,H₃₇Rv的PCR-SSCP电泳出现异常,经测序证实在513位点发生基因突变。36株临床耐药分离株中有23株发生突变,为63.9% (23/36);其中有5株与诱导株基因突变位点相同。结论用药物不间断的刺激结核菌,是产生结核菌耐利福平药物的重要原因。     

210株结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究

目的了解结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点。方法对结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)81个碱基在内的286bp的片段进行PCR-SSCP分析,并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌的rpoB基因此扩增区域进行序列测定。结果共对210株结核分枝杆菌临床分离菌株进行了研究,其中利福平耐药株110株,非利福平耐药株40株,敏感株60株。PCR-SSCP检测显示110株利福平耐药株中有75株有突变存在,经测序分析,77.3%(58/75)的菌株发生rpoB基因的单位点突变,主要集中在456位60.3%(35/58)和451位25.9%(15/58);22.7%(25/110)的菌株发生了联合突变。此外,经PCR-SSCP检测,40株非利福平耐药株中有3株发生突变,60株敏感株中有2株发生突变。经直接测序分析突变涉及位点为436位、451位和460位。结论结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因是rpoB基因耐药决定区发生突变,其中456位丝氨酸和451位组氨酸是最常见的突变位点。     

结核分支杆菌利用福平药物敏感性的直接快速检测

探讨利用分子生物 学方法直接快速检测临床标本结核分支杆菌利福平（ＲＦＰ）药物敏感性的可行性。方法自行设计针对ｒｐｏＢ基因特异扩增的引物（扩增产物为１８３ｂｐ片段）,运用聚合酶链反应－单链构象多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）银染色法,检测４５株结核分支杆菌临床分离株,对其中部分菌株进行ｒｐｏＢ基因ＤＮＡ序列分析,运用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ银染色法对７０份结核病患痰标本进行直接快速检测,并与药敏试验结果做对照分     

DNA序列分析与PCR-SSCP分析结核分支杆菌利福平敏感性的比较

目的　了解DNA序列分析与PCR-SSCP法分析利福平敏感性的价值。方法 应用DNA序列分析与PCR-SSCP法检测利福平敏感的结核分支杆菌临床分离株 25株、耐药株 41株的利福平耐药相关基因rpoB基因核心区域的突变情况。 结果 25株利福平敏感株DNA序列分析未检测到rpoB基因突变,41株耐利福平株中 38株发生突变,突变率为 92.7% (38/41);25株利福平敏感的结核分支杆菌菌株PCR-SSCP带型与对照H₃₇R_v株相同,41株耐利福平结核分支杆菌菌株中38株SSCP带型不同于对照株,提示有突变存在。与DNA序列分析相比,PCR-SSCP检测准确率为 93.9% (62/66),敏感度为 92.1% (35/38);特异度是 96.4% (27/28)。结论 DNA序列分析对判断结核分支杆菌耐利福平非常有价值;PCR-SSCP可用于利福平耐药结核分支杆菌的初步筛选。     

Characterization of rpoB mutations in rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis isolated in China

The objective of this study was for the elucidation of the characteristics of the rpoB gene mutation in rifampicin (RIF)-resistant Mycobacterium tuberculosis strains isolated in China. The rifampicin resistance determination regions (RRDR) of the rpoB genes of 242 M. tuberculosis strains were sequenced, including 193 RIF-resistant, 46 RIF-sensitive clinical isolates and three manually induced RIF-resistant tuberculosis strains. Mutations in the 81 bp RRDR of the rpoB gene were identified in 89.6% (173/193) of RIF-resistant clinical isolates. No mutation was observed in RIF-sensitive strains. Ser531Leu mutations accounted for 46.1% (89/193) of RIF-resistant strains; the mutation frequency of 526-His was 17.6% (34/193) in RIF-resistant strains. Furthermore, a combination of 2-3 single-point mutations was observed in 24 RIF-resistant strains (12.4%; 24/193). Mutations in three manually induced RIF-resistant tuberculosis strains were located at codons 531 and 526, respectively. The results indicate that about 90% of rifampicin-resistant M. tuberculosis strains isolated in China had rpoB mutations;531-Ser and 526-His were the most common positions substituted; high-level rifampicin-resistant strains had a higher frequency of 531-Ser mutations than low-level rifampicin-resistant strains. Sequencing analysis of the 81 bp fragment in the rpoB gene is useful in predicting the rifampicin-resistant phenotype.     

Mutations in the rpoB gene of rifampicin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Thailand and its evolutionary implication

Novel mutations in the rpoB gene are reported for 70 rifampicin-resistant (RIFr) M. tuberculosis strains from Thailand. Sequence analysis of these strains revealed mutations in a 435 base-pair region of the rpoB gene. Twenty-eight strains (40%) had single mutations, and 26 of those strains had mutations at positions never before reported, of which, just one had a substitution at Val-432 (Asp), and the remaining 25, a silent mutation at Gln-517. All other strains had multiple mutations, of which 24 (34%) had mutations at two positions; 9(13%), at three positions; 2(3%), at five positions; and 1(1%) at six positions. Five strains (7%), reported to have the RIFr phenotype, contained no mutation in the examined region of the rpoB gene. Surprisingly, one RIFr strain had silent mutations at 29 positions. By far the dominant mutation was the silent mutations at Gln-517 (86%). This investigation demonstrates that mutations in the rpoB gene of M. tuberculosis strains from Thailand are more varied than previously reported for RIFr M. tuberculosis strains. Screening by means of PCR-SSCP clearly separated RIFr strains from rifampicin-susceptible (RIFs) strains. There was no correlation between RIFr mutations and random amplified polymorphic DNA (RAPD) types.     

单耐利福平结核分枝杆菌耐药分子机制研究

目的 探讨单耐利福平结核分枝杆菌中耐药相关基因突变以及药物外排泵两种不同耐药机制的功能。 方法 从国家结核病参比实验室2007-2008年全国耐药基线调查菌株库中挑选单耐利福平的菌株23株。采用直接测序法检测利福平耐药相关基因rpoB突变情况。提取rpoB无突变菌株的RNA后反转录并采用real-time PCR方法检测20个药物外排泵基因的表达量,对比菌株最低抑菌浓度（minimum inhibitory concentration,MIC）实验结果,筛选可能与利福平药物外排相关的基因,并选用大肠埃希菌为模式生物,构建表达载体,检测过表达目的外排泵的大肠埃希菌对利福平的耐药程度以验证。结果 在23株单耐利福平的菌株中,有16株（69.6%）检测到rpoB突变,其中包括531位点突变9株,526位点突变6株及533位点突变1株。Ser531Leu、His526Asp表现为高浓度耐药,其MIC分别为192 μg/ml和256 μg/ml;而突变类型His526Gly、His526Leu、His526Arg和Leu533Pro表现为低浓度耐药,其MIC分别为0.75 μg/ml、4 μg/ml、2 μg/ml和0.5 μg/ml。在rpoB未突变菌株中,通过real-time PCR发现Rv2936、Rv0783和Rv0933的转录水平与MIC呈正相关。在对照组和转入pEASY-E1-Rv0933的大肠埃希菌中MIC均为 8 μg/ml,而转入pEASY-E1-Rv2936和 pEASY-E1-Rv0783的大肠埃希菌的MIC均有不同程度的提高,分别为32 μg/ml和16 μg/ml。结论 不同耐药突变类型导致的耐药程度不同,Rv2936和Rv0783可能是与利福平耐药相关的的药物外排泵基因。