基于网络药理学与分子对接的化肝煎对失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病“异病同治”作用机制探讨

目的 以中医“异病同治”理论为依据，采用网络药理学与分子对接方法探讨化肝煎“异病同治”失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病的作用靶点及可能作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等中药化合物数据库结合文献挖掘获取化肝煎的化学成分和作用靶点；结合GeneCards、OMIM、PharmGKB、DRUGBANK、TTD数据库获取化肝煎治疗失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病的作用靶点。采用Cytoscape软件绘制化肝煎中药-成分-靶点网络，利用Venny软件得出相关交集基因。基于Cytoscape软件绘制化肝煎-成分-靶点可视化网络图，借助STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络，分析获得核心作用靶点。采用Metascape平台工具对其进行基因本体论（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用AutodockTools软件对化肝煎主要活性成分与疾病作用靶点进行分子对接。结果 筛选得到化肝煎化学成分56个，疾病靶点：失眠438个，慢性萎缩性胃炎868个，胃食管反流病4 252个，以及20个药物成分和疾病共同靶点。PPI网络中关键蛋白排名靠前的靶点为IL6、NCF1、PTGS2、CRP、MPO、PPARG、TNF等。获得GO富集分析结果排名靠前的有452种生物过程（BP）、19种分子功能（MF）、6种细胞组分（CC），KEGG信号通路主要有6条信号通路。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 化肝煎治疗失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病可能涉及TNF、IL6、PTGS2、PPARG、CRP等为代表的核心靶点，其实现异病同治的作用可能与脂质信号通路调控炎症、细胞因子反应等有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨“海藻-昆布”治疗甲状腺结节的作用机制

目的： 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法： 利用中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果： 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论： "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制。方法：通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制靶点间作用关系网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析;利用Autodock软件对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果：药物-化合物-靶点网络共有401个节点（15个药物节点,120个化合物节点,266个靶点节点）;GO条目1 422个（P<0.05）;KEGG通路富集筛选共得到61条通路（P<0.05）;分子对接结果显示脱水淫羊藿素、木犀草素、槲皮素等关键化合物具有与抗病毒化药相近或更好的亲和力。结论：清热药通过与ACE2结合调控多条通路、与病毒特定部位的结合阻断病毒入侵及抑制炎症因子风暴等方面达到治疗COVID-19的作用。     

儿童克罗恩病差异表达基因的生物信息学分析

目的 应用生物信息学方法探讨儿童克罗恩病的差异表达基因,为阐明儿童克罗恩病的发病机制及干预靶点提供新思路。方法 从公共基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）下载儿童克罗恩病相关的基因芯片数据集GSE9686,使用在线分析工具GEO2R筛选出儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因。使用数据库DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析,使用STRING数据库进行蛋白互作网络（PPI）分析,使用Cytoscape筛选出儿童克罗恩病的关键基因。结果 筛选出85个儿童克罗恩病差异表达基因,包括63个上调基因和22个下调基因。GO分析揭示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、CXCR趋化因子受体结合、细胞外空间、细胞外区域、趋化因子介导的信号通路及炎症反应等过程,KEGG分析揭示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、TNF信号通路等。Cytoscape筛选出了15个关键基因,所有关键基因在儿童克罗恩病结肠组织中表达均上调。结论 采用生物信息学对儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因进行综合分析,可为儿童克罗恩病的早期诊断及靶向治疗提供新的理论依据。     

以白介素6为受体挖掘中药单体治疗新型冠状病毒肺炎引发的细胞因子风暴的干预作用

目的： 以白介素6（IL6）为受体探讨中药单体治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法： 借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索作用于IL6受体的中药单体。通过UniProt、GeneCards等数据库查询中药单体作用靶点对应的基因名，进而运用Cytoscape 3.7.2构建化合物-靶点（基因）网络，通过DAVID进行基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，预测其作用机制。结果： 化合物-靶点网络中化合物12个，关键化合物涉及槲皮素、表没食子儿茶素没食子酸酯、木犀草素等。GO功能富集分析得到GO条目871个（P<0.05），其中生物过程（BP）条目663个，细胞组成（CC）条目74个，分子功能（MF）条目134个。KEGG通路富集筛选得到125条信号通路（P<0.05），涉及IL6的通路共30条。分子对接结果显示槲皮素等12种中药单体与IL6、ACE2和SARS-CoV-2的亲和力与推荐用药相近。结论： 中药单体可以作用于IL6调节多条信号通路，从而有可能对COVID-19有治疗作用。     

白头翁汤治疗溃疡性结肠炎的分子网络调控机制

目的：基于网络药理学和生物信息学探讨白头翁汤（BTWT）治疗溃疡性结肠炎（UC）的分子网络调控机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP），筛选BTWT的入血活性成分和作用靶点；通过GEO数据库获取UC患者与健康人群的显著性差异表达基因；采用Cytoscape构建BTWT活性成分-靶点网络；采用Bisogenet构建BTWT作用靶点蛋白质-蛋白质交互作用（PPI）网络及UC特异性基因PPI网络并提取这两个网络的交集，获得BTWT治疗UC的PPI网络及特征性基因；采用DAVID数据库对BTWT治疗UC的特征性基因进行基因本体（GO）和KEGG信号通路分析；运用Cytohubba筛选BTWT治疗UC的关键靶点。结果：在TCMSP中共检索到与BTWT相关的化学成分247个，依据ADEM参数筛选得到活性成分53个，其中入血活性成分37个，通过检索配对分析，这些成分对应的靶点有643个；从GEO数据库获得UC表达谱数据芯片GSE87466，经过筛选分析得到UC患者特异性表达差异基因279个；进一步分析得到1705个特征性基因参与BTWT治疗UC的过程；GO分析和KEGG通路分析结果表明，BTWT治疗UC主要涉及细胞质、细胞核、细胞连接等分子组成，生物学过程主要包括细胞增殖、迁移和凋亡等，分子功能主要涉及蛋白特异性结合、蛋白酪氨酸激酶活性等；主要富集于MAPK信号通路、趋化因子信号通路、TNF信号通路等；从特征性基因网络中筛选出NTRK1、TP53、APP等10个关键靶点。结论：本研究从网络药理学和生物信息学角度揭示了中药治疗疾病多成分、多靶点和多途径的特点，探究得到BTWT治疗UC的关键靶点及可能分子机制，可为BTWT治疗UC的基础实验与临床研究提供理论依据。     

基于网络药理学和生物信息学方法的白藜芦醇治疗三阴性乳腺癌的机制研究

目的 探索白藜芦醇抗三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer,TNBC）的潜在作用机制。方法 利用PharmMapper、SwissTargetPrediction、SuperPred、DrugBank数据库,筛选整合白藜芦醇可能作用的靶点。与CTD、DisGeNET、MalaCards数据库中筛选得到的TNBC靶点相映射后得到白藜芦醇抗TNBC可能作用的靶点。利用DAVID数据库对得到的靶点进行基因功能（Gene ontology,GO）和京都基因与基因组数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路注释分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点间的蛋白互作网络,筛选出核心靶点及核心模块。结果 共筛选得到422个白藜芦醇可能作用的靶点,1 799个TNBC相关靶点,映射后共得到白藜芦醇治疗TNBC的潜在作用靶点130个,并从中进一步筛选出了10个核心基因（MAPK1、MAPK3、TP53、SRC、PIK3CA、AKT1、PIK3R1、MAPK8、PTPN11、JAK2）,KEGG通路富集提示核心基因主要涉及PI3K-Akt等信号通路。结论 白藜芦醇可能是通过靶向作用于多个靶点及通路,形成相互协调的作用网络从而发挥抗TNBC作用,其中PI3K/Akt通路可能发挥重要作用,为白藜芦醇在TNBC治疗方面的进一步研究提供参考。     

基于UHPLC-QE-MS分析结合网络药理学探讨小叶黄杨生物碱治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 鉴定小叶黄杨中生物碱类化学成分,探讨治疗阿尔茨海默病的物质基础和作用机制。方法 表征小叶黄杨生物碱成分,并利用PubChem、SwissADME、Swiss Target Prediction、Genecards和OMIM等数据库获取小叶黄杨生物碱的活性成分和对应靶点,以及阿尔茨海默病的相关靶点;运用Cytoscape3.9.0软件绘制“成分-靶点”网络图;运用String平台构建蛋白互作网络图;运用微生信在线绘图工具进行通路富集分析可视化;用AutodockTools-1.5.6软件对筛选出的核心成分做分子对接。结果 鉴定小叶黄杨生物碱成分23个,筛选有效成分19个,对应靶点216个;筛选阿尔茨海默病靶点880个,药物-疾病交集靶点49个;GO富集分析主要相关的生物过程有化学性突触传递,顺行跨突触信号,跨突触信号等;KEGG通路富集分析中神经活性配体-受体相互作用,5-羟色胺能突触,cAMP信号等为主要信号通路。分子对接显示筛选的核心靶点和核心成分均有较强结合力。结论 本研究初步证明了小叶黄杨生物碱成分可以多成分、多靶点、多通路共同作用治疗阿尔茨海默病,为进一步深入研究小叶黄杨生物碱对阿尔茨海默病作用的物质基础以及作用机制提供参考。     

基于网络药理学探讨手拈散治疗冠心病、癌性疼痛和胃食管反流病异病同治的作用机制

目的 采用网络药理学分析手拈散的活性成分和作用靶点,筛选冠心病、癌性疼痛和胃食管反流病的作用靶点,探讨手拈散治疗冠心病、癌性疼痛和胃食管反流病异病同治可能存在的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库（TCMSP）检索手拈散药物组成活性成分并筛选作用靶点,分别检索Gene Cards和TTD数据库筛选疾病相关基因。通过韦恩图获得交集靶点。进一步采用蛋白互作网络（PPI）、基因GO功能富集和KEGG通路富集分析等探索可能涉及的分子机制,基于Cytoscape软件构建网络关系。结果 经过筛选得到延胡索49个活性成分,146靶点,没药46个活性成分,121个靶点,草果19个活性成分,112个靶点,五灵脂9个活性成分,313个靶点,四味药物的共有靶标共30个,草果、没药和延胡索共有靶标68个。其中槲皮素是除五灵脂外的三个药物共有的靶点,筛选出10个关键靶点为INS、IL6、MAPK3、VEGFA、TNF、PTGS2、IL1B、MMP9、CXCL8及CCL2。通路富集分析主要信号通路包括Fluid shear stress and atherosclerosis,Pathways in cance...     

基于网络药理学和分子对接探讨甘露消毒丹治疗肺炎支原体肺炎的机制

目的 通过网络药理学和分子对接的研究方法预测甘露消毒丹治疗肺炎支原体肺炎（mycoplasmal pneumoniae pneumonia,MPP）的分子作用机制。方法 通过TCMSP和BATMAN-TCM筛选甘露消毒丹中的药物活性成分和靶点,并与通过GeneCards和CTD数据库获得MPP的疾病靶点做交集获得关键靶点,运用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络;利用R软件对有效靶点进行GO分析及KEGG相关通路的富集分析;通过Mestro对成分靶点进行分子对接验证。结果 筛选出甘露消毒丹有效活性成分142个,获得143个甘露消毒丹治疗MPP潜在作用靶点。其中10个核心靶点,20条显著富集信号通路。分子对接结果发现槲皮素、β-谷固醇、木犀草素等10个化学成分与核心靶点及肺炎支原体产生的社区获得性呼吸窘迫综合征毒素和细胞受体膜联蛋白A2的亲和力较高。结论 本研究初步揭示了甘露消毒丹治疗MPP的潜在靶点、涉及的生物过程及信号通路,提示其具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究奠定了基础。     

基于网络药理学对乌药汤治疗原发性痛经作用机制的研究

目的：利用网络药理学方法探讨乌药汤治疗原发性痛经的作用机制。方法：借助中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选乌药汤的活性成分；通过Pharmmapper数据库筛选活性成分潜在靶点基因，使用GeneCards数据库得到原发性痛经相关基因靶点；将活性成分的潜在靶点基因与原发性痛经相关基因进行比对，得到乌药汤治疗原发性痛经的潜在靶点基因；使用KOBAS3.0数据库对靶点基因功能（gene ontology，GO）和KEGG通路进行分析，得到乌药汤治疗原发性痛经的重要调节通路；采用Cytoscape3.6.1软件构建"成分-靶点-通路"网络；将筛选得到的主要活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：从乌药汤中共筛选出菜蓟苦素、金圣草（黄）素、异黄檀素、甘草素f等31个活性成分，涉及包括ESR1、CASP3、MMP9、HRAS在内的23个基因靶点，影响了内分泌抵抗（Endocrine resistance）、雌激素受体信号传导通路（Estrogen signaling pathway）和催乳激素信号通路（Prolactin signaling pathway）等95条与原发性痛经相关的信号通路。分子对接结果显示，筛选得到的主要活性成分与关键靶点有较强结合，其中菜蓟苦素（cynaropicrin）和关键靶点的结合能力与阳性药接近。结论：本研究通过构建"成分-靶点-通路"网络图，揭示了乌药汤能通过多成分、多靶点、多通路发挥药效，为进一步阐释乌药汤治疗原发性痛经作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学与分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒（HPV）感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨玫瑰花黄酮治疗2型糖尿病的作用机制

目的 以网络药理学和分子对接技术作为分析方法,探究玫瑰花黄酮类成分在防治糖尿病中的作用机制。方法 采用TCMSP、GeneCards和DisGeNET数据库获取活性成分和疾病靶点,并绘制Venny图;使用Cytoscape 3.9.0软件制作靶标图;String构建PPI蛋白网络;DAVID进行GO和KEGG富集分析;SYBYL-X2.0和PYMOL进行分子对接验证及展示。结果 玫瑰花黄酮11个活性成分通过调控207个糖尿病相关的疾病靶点,产生了667对活性成分-靶点关系,其中山柰酚、槲皮素、芹菜素等成分通过调控Pathway in cancer、AGE-RAGE、PI3K-Akt等通路防治糖尿病;分子对接显示活性成分与糖尿病核心靶点具有较好的结合活性。结论 本研究系统揭示了玫瑰花黄酮防治糖尿病“活性成分-靶点”的复杂关系,为玫瑰花用于治疗2型糖尿病的作用机制提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取儿脾醒颗粒的主要活性成分及对应靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库得到小儿厌食症相关靶点基因;取药物靶点与疾病靶点的交集,得出儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的有效靶点并绘制Venn图;运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物与小儿厌食症疾病靶点互作网络图;利用STRING数据库绘制蛋白质相互作用（PPI）的可视化网络图,并进行网络拓扑分析;通过Bioconductor数据库和R语言对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,了解儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症可能的生物过程及通路;最后运用SYBYL-x2.0软件实现分子对接验证。结果 获得儿脾醒颗粒主要活性成分46个、药物靶点蛋白236个;检索小儿厌食症疾病相关靶点共1 372个,活性成分与疾病交集靶点118个;发现儿脾醒颗粒通过作用于转录因子AP-1(JUN)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、肿瘤坏死...     

采用网络药理学和分子对接技术研究血必净注射液抗新冠肺炎的作用机制

目的： 通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎（COVID-19）的潜在分子机制。方法： 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO （gene ontology）和KEGG （Kyoto encyclopedia of genes and genomes）富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II （ACE2）进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果： 共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论： 血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集，使用String数据库构建靶蛋白相互作用（PPI）网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分，1 627个靶点，新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个，两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目（P＜0.05），与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路，与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实，筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。     

泽泻汤治疗高血压药理机制的网络分析

目的： 利用网络药理学研究泽泻汤治疗高血压的作用机制。方法： 根据ADME计算方法,利用中药系统药理学技术平台（TCMSP）等数据库、反向分子对接服务器（DRAR-CPI）、人类基因组注释数据库（Gene Cards）预测和筛选泽泻汤的活性成分及其降血压作用靶点。借助Cytoscape 3.5.1软件构建泽泻汤活性成分-作用靶点网络,借助STRING平台构建靶蛋白互作网络,通过生物学信息注释数据库（DAVID）对靶点GO生物过程及KEGG信号通路进行分析。结果： 从泽泻汤中筛选出10个活性成分,作用于136个高血压相关靶点,涉及7个主要信号通路,参与10个主要生物过程。结论： 泽泻汤通过作用于醛固酮调节钠吸收、肾素血管紧张素（RAS）系统,NO信号转导等信号通路及生物过程发挥降压作用。