基于网络药理学及分子对接技术探讨沙棘治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:揭示沙棘治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制,为进一步探究沙棘治疗AD的药效物质基础提供理论参考。方法:通过TCMSP、Uniprot、GeneCards等数据库筛选沙棘活性成分、靶点及AD相关靶点基因;采用Cytoscope 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络图;通过STRING数据库制作靶点相互作用(PPI)网络,筛选度值较高的沙棘治疗AD的潜在靶点与沙棘活性成分进行分子对接;采用Clue GO插件对沙棘治疗AD的潜在靶点进行GO基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。取50只小鼠随机分为空白组、模型组[D-半乳糖120 mg/(kg·d)及AlCl₃溶液20 mg/(mL·d)]、阳性药物组[奥拉西坦260 mg/(kg·d)]、沙棘果油提取物组[1.6 g/(kg·d)]、沙棘多酚提取物组[1.6 g/(kg·d)],每组10只。各组小鼠分别灌胃相应药物的同时灌胃造模剂,空白组灌胃等体积蒸馏水,每天1次,连续给药60 d。通过Morris水迷宫实验测定各组小鼠学习记忆能力,采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测小鼠海...     

基于GC-MS技术结合网络药理学和分子对接探究扎冲十三挥发油治疗缺血性脑卒中的成分及作用机制

目的 基于气相色谱-质谱联用（GC-MS）技术对扎冲十三方剂中8味植物药挥发油的主要化学成分进行分析,并运用网络药理学方法探究其成分对缺血性脑卒中可能作用机制。方法 利用GC-MS技术分析挥发油后,借助多个数据库预测分析化学成分作用靶点和疾病靶点,构建“化学成分-作用靶点”网络并由共同靶点得到蛋白质-蛋白质相互作用关系,将其可视化,根据筛选到的关键作用靶点完成基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;在Discovery Studio软件上实施关键靶点与活性成分的分子对接验证。结果 GC-MS确认出44个化合物,占总含量的94.14%,含量最高的为丁香酚;检索出扎冲十三挥发油关于缺血性脑卒中的42个活性成分,159个潜在作用靶点;得到369个GO功能条目,126个KEGG信号通路条目,涉及癌症通路、脂质和动脉粥样硬化等。分子对接数据显示丁香酚等活性成分与缺氧诱导因子1α、基质金属蛋白酶9、信号转导与转录激活因子3等关键靶点具备较强的结合性能。结论 该实验探究了扎冲十三挥发油通过多成分、多靶点、多途径协同用于治疗缺血性脑卒中的可能作用机制,为进一步研究扎冲十...     

基于GC-MS技术结合网络药理学探究石菖蒲挥发油抗阿尔兹海默症的作用机制

目的：通过气相色谱-质谱（GC-MS）技术分析石菖蒲挥发油的化学成分并结合网络药理学研究石菖蒲挥发油抗阿尔兹海默症（AD）的作用机制。方法：采用GC-MS技术对石菖蒲挥发油成分进行精准鉴定,运用TCMSP、Swiss Target Prediction数据库对石菖蒲挥发油成分的作用靶点进行预测。利用Genecards、OMIM数据库获得AD疾病靶点。绘制韦恩图并提取交集靶点,随后对其进行PPI网络构建和拓扑分析、GO富集分析和KEGG通路富集分析,建立“成分-靶点-疾病-通路”网络图;并采用分子对接技术进行验证。结果：经GC-MS分析共得到74个挥发油成分。获得成分疾病交集靶点138个,经PPI网络拓扑分析发现ALB、ACTB、TNF和IL-6 4个核心靶点。GO结果显示,石菖蒲挥发油可能通过激素的反应、对外源性物质刺激的反应和激素水平调节等来发挥抗AD的作用。KEGG结果表明,石菖蒲挥发油可作用于PI3K-Akt、cGMP-PKG、NF-κB和cAMP等信号通路对AD进行干预。分子对接结果表明,石菖蒲挥发油中有效成分与核心靶点具有较好的结合活性。结论：石菖蒲挥发油可通过多靶点和多通路...     

基于网络药理学探究山药治疗阿尔茨海默病的分子机制

目的 基于网络药理学方法探究山药治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制.方法 通过TCMSP数据库进行山药潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneCards及OMIM数据库预测筛选与阿尔茨海默病相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配.通过Cytoscape软件进行疾病-药物-成分-靶点可视化网络建立,借助Stri...     

基于GC-MS与生物信息学探讨矮地茶中挥发油治疗慢性阻塞性肺疾病的主要活性成分及作用机制

目的 基于GC-MS技术和系统生物学方法预测矮地茶挥发性成分治疗慢性阻塞性肺疾病(chronicobstructive pulmonary disease,COPD)的作用机制。方法 采用GC-MS分析矮地茶挥发油成分并通过面积归一化法确定各成分的相对含量,利用TCMID、TCMSP、PharmMapper数据库筛选矮地茶挥发油主要活性成分与靶点,运用Cytoscape软件构建矮地茶“成分-靶点”网络,OMIM、Genecards数据库挖掘COPD相关靶点,利用String数据库和Cytoscape软件构建并绘制蛋白互作网络;通过Metascape数据库进行通路富集分析;进一步借助DiscoveryStudio(Version4.5)软件评估化合物与核心靶点的亲和能力。结果 筛选出5个主要共有活性成分,潜在靶点154个,核心靶点包括NTRK1、TNF、VEGFA、MAPK1和M2C2。通过GO富集分析得到2665个条目(P<0.05),其中包括生物过程2220条,分子功能233条,细胞组分212条。KEGG通路为242条(P<0.05),主要涉及血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、NF-κB信号通路。分子对接结果显示石竹烯、蛇麻烯、依兰烯与核心靶点有较高的结合能力。结论 矮地茶挥发油可能通过TNF、VEGFA、MAPK1等靶点调节VEGF、TNF、NF-κB等通路治疗COPD。     

基于网络药理学和分子对接的异喹啉生物碱肝毒性机制初探

目的：通过网络药理学和分子对接技术探讨异喹啉生物碱（IAs）肝毒性（HT）的可能作用机制。方法：通过互联网科学数据库the web of science, PubMed, ScienceDirect, Geenmedical收集IAs的候选毒性化合物和靶点;从Genecards Database中获得HT相关靶点,并利用STRING数据库对IAs肝毒性的靶点基因进行分析;Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,CytoHubba插件筛选核心基因;通过Bioinformatics网站对IAs肝毒性的靶点基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后,使用Auto dock软件对核心毒性化合物和核心基因进行分子对接验证,并用pymol软件就对接结果进行3D可视化分析。结果：互联网科学数据库显示有13种IAs活性成分存在HT; PPI网络和核心靶点分析表明ANXA5、CASP3、CCL5、IL2和PPARG是HT的关键靶点。GO和KEGG分析显示,IAs可通过癌症途径、癌症中的蛋白多糖以及癌症中的微小RNA等通路参与过氧化氢的反应、凋亡过...     

基于网络药理学探讨雷公藤治疗胰腺癌的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨雷公藤治疗胰腺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库获取雷公藤的活性成分及对应靶点,通过GeneCards、TTD数据库获取胰腺癌的靶点基因,对两者取交集获取胰腺癌相关的雷公藤活性成分作用靶点。应用ClusterProfiler进行基因本体（GO）富集,通过Cytoscape 3.8软件进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集并筛选活性成分-靶点核心网络,使用Autodock Vina和Discovery studio软件进行分子对接和可视化。结果 雷公藤活性成分与疾病的交集靶点114个。GO富集和KEGG通路富集分析表明雷公藤治疗胰腺癌的作用机制可能与凋亡、核因子（NF）-κB、缺氧诱导因子（HIF）-1、血管内皮生长因子（VEGF）、白细胞介素（IL）-17等有关。5个药物活性成分（雷酚新内酯、雷公藤宁B、雷酚内酯、雷酚萜醇、雷酚萜）和7个核心靶点（TOP2A、ADRB2、KCNH2、PGR、HSP90AA1、AKT1、TNF）构成核心网络,生存分析显示TOP2A、KCNH2、PGR、HSP90AA1、AKT1、TNF...     

基于超高效液相色谱-质谱技术及网络药理学和分子对接探讨柴芍胃炎颗粒治疗慢性胃炎的有效成分及潜在作用机制

目的 通过超高效液相色谱-串联质谱技术（UPLC-HR-MS）对柴芍胃炎颗粒的化学成分进行分析,同时采用网络药理学探讨柴芍胃炎颗粒治疗慢性胃炎的作用机制。方法 采用UPLC-HR-MS检测柴芍胃炎颗粒的化学成分。借助中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）对柴芍胃炎颗粒的有效成分进行检索,通过OMIM、Drugbank、DisGeNET、GeneCards数据库获取胃炎的相关靶点,构建“中药-有效成分-治疗靶点”网络。借助STRING数据库构建蛋白相互作用网络（PPI）。借助RStudio软件对潜在治疗靶点进行GO富集分析。运用Discovery Studio软件进行分子对接。构建柴芍胃炎颗粒中药-归经网络图。结果 通过筛选得到柴芍胃炎颗粒治疗胃炎的潜在治疗靶点134个,其中AKT1、IL6、TNF、TP53、IL1B、CASP3、JUN、PTGS2、MMP9、STAT3等靶点起着重要作用,主要涉及到脂质与动脉粥样硬化信号通路。中药-归经网络图表明柴芍胃炎颗粒的主要作用部位在脾、肝、胃。结论 柴芍胃炎颗粒可以通过多成分、多靶点、多途径对胃炎产生治疗作用,为其治疗胃炎的作用机制提供新思...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS和网络药理学探讨归脾丸抗焦虑作用机制

目的 阐明归脾丸中的化学成分,并初步探究其抗焦虑作用机制。方法 采用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱(UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS)技术对归脾丸中化学成分进行准确定性,并结合网络药理学和分子对接分析归脾丸抗焦虑的重要成分、关键靶点及通路。结果 鉴定出苯丙素类、黄酮及其苷类、萜类及其苷类、生物碱类、有机酸类、挥发油类、寡糖酯类、氨基酸类、其他类等9类共116种化合物,网络药理学和分子对接深入挖掘得到归脾丸抗焦虑的9个重要成分、10个核心靶点和15条焦虑症相关信号通路。结论 预测归脾丸可能通过调节5-HT、GABA等神经递质的水平,HPA、HPG等内分泌系统以及降低炎症因子的表达发挥抗焦虑作用,充分体现了多成分、多靶点、多通路协同作用发挥抗焦虑作用的特点。     

基于网络药理学探究银杏叶治疗脑梗死的潜在作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨银杏叶治疗脑梗死(CI)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶高度活性化学成分,预测潜在靶点;通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传数据库、DisGeNET、治疗靶点数据库和Drugbank数据库检索CI相关靶点.通过Uniprot数据库转换银杏叶有效成分潜在...     

基于网络药理学探讨黄精治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:利用网络药理学技术与方法,探讨黄精治疗阿尔茨海默病(AD)的主要活性成分、潜在作用靶点和机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄精的有效成分,通过GeneCards数据库、TTD数据库、DrugBank数据库中检索AD相关疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件建立“黄精-成分-靶点”网络,导入STRING数据库获取靶点PPI网络,并通过“CytoHubba”功能筛选关键基因,并进行GO生物进程及KEGG通路富集分析。结果:黄精中β-谷甾醇、黄芩甙元、薯蓣皂苷元有效成分份可能通过AKT1,CASP3,TP53,VEGFA,HIF1,mTOR等关键基因靶点调控神经退行性变途径-多种疾病、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡信号等通路发挥防治AD的作用。结论:黄精可能通过多成分、多靶点和多途径整合调节防治AD。     

网络药理学结合分子对接探讨烧伤酊治疗烧烫伤的机制

目的 以网络药理学为主要研究手段,结合分子对接技术,分析烧伤酊治疗烧烫伤的分子机制。方法 利用中药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine, TCMIP)及中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选烧伤酊(榆树皮、黄柏或关黄柏)的相关靶点及其活性成分,采用UniProt数据库标准化靶点,并利用Cytoscape可视化软件构建活性成分-靶点网络,在数据库Gene Cards中检索与烧烫伤有关的基因,利用数据库STRING构建蛋白质的相互作用网络,并同时进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,最后采用分子对接技术对接核心的活性成分和靶位置。...     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

基于网络药理学探讨真武汤治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的 基于网络药理学探讨真武汤治疗慢性心力衰竭（chronic heart failure,CHF）的作用机制。方法 通过中药网络药理学分析平台（TCMSP）获取真武汤中候选化合物,利用SwissTargetPrediction平台进行候选靶标预测,并将TCMSP中相应化合物的靶点作为补充,利用Uniprot数据库将靶点蛋白转化成基因名;通过CTD和TTD数据库获取CHF的相关基因,将真武汤靶标（基因）与CHF相关基因取交集作为真武汤治疗CHF的潜在靶标,将交集基因提交至STRING11.0在线数据库进行蛋白互做分析,并借助网络可视化软件Cytoscape 3.7.1绘制蛋白相互作用网络图,利用Excel构建真武汤中药-潜在化合物-潜在靶标网络,并利用Cytoscape 3.7.1进行可视化;通过RStudio的clusterProfiler包进行通路富集分析;利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。结果 通过设置OB和DL值筛选得到真武汤化合物59种,在获得交集基因36个后,剔除不含交集基因（靶标）的化学成分,最终筛得化合物49种,KEGG富集分析共获得36条,其中13条与CHF相关,分子对接结果显示真武汤主要活性成分与CHF关键靶点具有较好的结合。结果表明去甲乌头碱、3β-乙酰氧基苍术酮、山奈酚、芍药苷、豆甾醇、β-谷甾醇等为真武汤主要活性成分,白介素6、内皮型一氧化氮合酶、血红素加氧酶1、前列腺素G/H合酶2、过氧化氢酶等为主要作用靶标,主要调控环鸟苷酸-蛋白激酶G信号通路、肾素分泌、钙信号通路等通路。结论 本研究初步明确了真武汤通过多成分-多靶点-多通路治疗CHF的作用机制,为深入研究真武汤的药效物质基础和作用机制奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法 利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出八珍汤有效成分2 336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论 初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。     

基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤（Chinese Starjasmine Stem）治疗类风湿关节炎（RA）的可能机制。方法 首先利用数据库检索中药“络石藤”的化学成分,并通过TCMSP平台的DL（类药性指数）和OB（药物口服生物利用度）划定范围,从该药物成分中进一步筛选其中的有效活性成分。再通过Genecards、OMIM数据库获取尽可能全面的RA靶点基因,从而确定药物与疾病可能存在的交集靶点,以此构建络石藤中活性成分与类风湿关节炎靶点的关系网络,筛选治疗疾病的核心靶点。最后,对络石藤治疗RA的潜在作用靶点进行富集分析,同时对核心靶点及其结合性良好的活性成分进行分子对接。结果 最终筛选得到络石藤9个活性成分,其中包括木犀草素、植物甾醇、伊博格碱等;涉及67个RA相关靶点,核心靶点包括RB1、MAPK1、AKT1、JUN、IL6、RELA等;分子对接显示络石藤某些活性成分与RA核心靶点具有较好的结合活性。结论 络石藤可以作用于疾病核心靶点,发挥抗炎、调节免疫功能及调控细胞凋亡等作用。     

基于网络药理学探讨枣仁安神颗粒治疗失眠的作用机制

目的 基于网络药理学探讨枣仁安神颗粒治疗失眠的作用机制。方法 通过查阅相关文献,挖掘枣仁安神颗粒的入血成分,并采用反向分子对接,预测入血成分的相关靶点,与失眠靶点进行交集映射,获得其治疗失眠的作用靶点。利用蛋白互作筛选核心靶点,并进行分子对接验证。基于共有靶点,采用功能注释生物信息学芯片进行分析,得到枣仁安神颗粒治疗失眠的关键通路。结果 方中3味中药酸枣仁、丹参、北五味子共得到29个入血成分和184个潜在靶点,其中19个成分、60个靶点和36条通路与失眠极为密切,主要涉及神经活性配体-受体相互作用、色氨酸代谢、5-羟色胺能突触、GABA能突触等相关分子环节。结论 方中3味中药以作用靶点为媒介,连接入血成分及相关通路,从而发挥抗失眠的生物学效应,体现了中药多成分、多靶点,多途径协同起效的作用特点。     

基于网络药理学及分子对接的紫草治疗乳腺癌作用机制研究

目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David...     

基于网络药理学和分子对接探讨陈皮治疗阿尔茨海默病的作用机制（英文）

本研究通过网络药理学和分子对接阐明陈皮(Citri Reticulatae Pericarpium, CRP)治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的作用机制。首先,在陈皮中筛选出98个有靶点的化合物和628个相关成分靶点,在疾病数据库中检索得到2483个AD靶点。随后,构建CRP-AD交叠靶点图和蛋白互作(PPI)网络图,对PPI网络图进行拓扑属性分析得到66个与CRP治疗AD密切相关的靶点,对66个靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,靶点在多条生物途径富集,包括松弛素信号通路、钙信号通路、HIF-1信号通路和IL-17信号通路。最后,对靶点和CRP活性成分进行分子对接验证,CRP的活性成分(黄烷酮、橘皮素、黄酮醇、香芹酚、紫苏醛)与靶点通过氢键连接,结合能小于0 kg/mol。本研究采用网络药理学和分子对接的方法系统的揭示了陈皮治疗阿尔茨海默病的作用机制,为以后科研以及临床研究提供理论依据。