微阵列芯片分析miR-125b-5p在胃癌中的表达及临床意义

目的: 运用生物信息学技术分析胃癌中microRNA表达特征。方法: 使用R语言软件包分析GEO芯片数据集的两个子集中的miRNA表达量的差异;采用qRT-PCR技术检测本院60例胃癌患者癌组织及20例胃癌手术患者癌旁组织中miR-125b-5p的表达量,统计分析其表达特征与分化程度、TNM分期、性别、年龄、家族史及肿瘤直径之间的关系。结果： miR-125b-5p在GSE93415和GSE99415中的表达均上调,且其在胃癌组织与癌旁胃组织表达量差异具有统计学意义（P<0.05）。使用qRT-PCR验证了miR-125b-5p在胃癌组织中的表达高于癌旁组织的趋势,miR-125b-5p表达量与TNM分期和浸润程度有关（P<0.05）,与年龄、性别、家族史、肿瘤直径和分化程度均无关（P>0.05）;高表达miR-125b-5p的胃癌患者生存期明显缩短。结论： 胃癌组织miR-125b-5p高表达,且与胃癌TNM分期、浸润程度及总生存率有关。     

胶质瘤中mi R-155-5p的表达特征及与凋亡相关因子的相关性

目的 检测mi R-155-5p在胶质瘤中的表达特征,探讨mi R-155-5p与凋亡相关因子的关系。方法 选择2016年1月～2017年1月在南阳市第二人民医院确诊为胶质瘤并进行手术治疗的47例患者作为研究对象,应用实时荧光定量PCR法（q PCR）检测mi R-155-5p的表达,应用Western Blot法检测含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶-3(Caspase-3)的表达,应用免疫组化法检测B细胞淋巴瘤蛋白-2(Bcl-2)的表达。结果 mi R-155-5p在不同肿瘤最大径、不同WHO分级分组的表达中差异有统计学意义（P<0.05）。生存分析发现,miR-155-5p高表达患者生存时间短（P<0.05）。miR-155-5p与Caspase-3呈负相关（P<0.05）。miR-155-5p与Bcl-2呈正相关（P<0.05）。结论胶质瘤中miR-155-5p表达升高,参与病变的形成和进展。miR-155-5p与凋亡相关,术后检测miR-155-5p的表达对判断预后有一定价值。     

基于生物信息学分析HMG基因家族在肺腺癌中的表达和预后价值

目的 探讨肺腺癌（LUAD）组织中高迁移率族蛋白（HMG）基因家族的表达,并分析其在LUAD患者中的预后价值。方法 通过肿瘤基因图谱（TCGA）数据库获得HMG基因家族在LUAD中的表达数据及相关临床病理参数,并对HMG家族基因进行相关性分析。采用单因素Cox回归和LASSO Cox回归分析HMG基因家族与总生存期（OS）的关系,并构建HMG基因家族预后风险模型。根据风险评分中值将患者分为高风险组和低风险组,采用Kaplan-Meier进行生存分析。最后利用临床病理参数和风险评分构建预后列线图。结果 HMGA1、HMGA2、HMGB2、HMGB3、HMGB4、HMGN1在LUAD中的表达量高于正常样本,HMGB1和HMGN5在LUAD中的表达量低于正常样本（均P<0.05）,大多数HMG基因之间呈正相关,但HMGN3的表达与HMGA1、HMGA2呈负相关。4个HMG基因与OS相关（P<0.05）,其中HMGA1、HMGA2、HMGB2是危险基因,HR> 1;而HMGN3为保护基因,HR<1。Kaplan-Meier生存分析显示高风险组OS比低风险组OS更差（P&...     

miR-9-5 p和miR-125 b-5 p在膝关节骨性关节炎软骨中的表达及意义

目的 研究miR-9-5p、miR-125b-5p在膝关节骨性关节炎(KOA)软骨中的表达及意义.方法 选取骨科建卡就诊的KOA患者124例为研究对象(KOA组),将KOA组软骨标本(重度退变软骨、中度退变软骨、轻度退变软骨)分为重度组(32例)、中度组(44例)和轻度组(48例);选取同期因交叉韧带断裂、盘状软骨损伤...     

基于生物信息学分析的TPX2在肺腺癌中的表达及意义

目的 利用多种肿瘤生物信息数据库分析TPX2在肺腺癌样本中的表达及临床意义,并在临床病理标本中进行验证.方法 通过检索Oncomine生物信息基因数据库,分析TPX2在不同肺腺癌数据集中mRNA表达情况;利用cBioportal生物信息基因数据库分析TPX2的突变频率、突变位点,并分析TPX2基因突变与预后的关系;利用...     

基于生物信息学分析SGOL1在肺腺癌中的表达及预后价值

目的 通过生物信息学方法分析Shugoshin-1（SGOL1）在肺腺癌中的表达及预后价值。方法 从癌症基因组图谱数据库中下载肺腺癌组织和正常组织的表达谱数据和临床资料,并对SGOL1进行表达差异分析和临床相关性分析。使用R包“pROC”绘制受试者操作特征曲线（receiver operator characteristic curve,ROC曲线）评估SGOL1表达对肺腺癌患者临床诊断预测的准确性;利用R包“survival”“survminer”和单因素及多因素Cox回归分析评估SGOL1表达对肺腺癌患者预后的影响;通过检索肿瘤免疫单细胞中心和TIMER2.0数据库,分析肺腺癌中SGOL1的表达分布及与免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库对SGOL1及其共表达进行功能富集分析;利用交互作用基因/蛋白质检索工具构建SGOL1的蛋白质–蛋白质相互作用网络。结果 与正常组织比较,肿瘤组织的SGOL1表达量显著上调（P<0.001）;与癌旁组织比较,肿瘤组织的SGOL1表达量显著上调（P<0.001）。在肺腺癌的不同临床病理分期中,与Ⅰ期比较,Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期的SGOL1显著高表达（P<0.05）。ROC曲线显示,SGOL1对肺腺癌患者具有良好的诊断效能,曲线下面积为0.959（95%CI：0.942~0.975）。SGOL1高表达组患者的总生存期、疾病特异生存期、无病生存期和无瘤间期均较SGOL1低表达组显著缩短（P<0.05）。单因素及多因素Cox回归分析结果表明,临床分期（HR=1.629,P<0.001）和SGOL1表达水平（HR=1.447,P=0.002）与肺腺癌患者的预后较差相关,可作为肺腺癌患者预后的独立危险因素。SGOL1表达水平与B细胞、CD4+T细胞和树突状细胞的浸润水平呈显著负相关（P<0.05）,与巨噬细胞、CD8+T细胞和中性粒细胞的浸润水平呈显著正相关（P<0.05）。富集分析显示,SGOL1可能在有丝分裂、细胞周期、p53信号通路和氨基酸代谢等途径中发挥作用。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示SGOL1与CBX1、PPP2CA、PPP2R5C、CDCA8、ESPL1、PPP2R1A、BUB1、PPP2R5A、SGO2、CDC20等多个分子关系密切。结论 SGOL1在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌患者的预后较差相关。SGOL1可作为预测肺腺癌患者预后的生物标志物之一。     

miR-30b-5p在乳腺癌中的表达及靶基因预测与生物信息学分析

目的 为深入研究miR-30b-5p在乳腺癌形成和发展中的作用提供理论依据.方法 原位杂交法(ISH)检测乳腺癌与癌旁组织中miR-30b-5p的表达.探针荧光定量PCR比较乳腺癌细胞系miR-30b-5p表达情况.软件预测miR-30b-5p的靶基因,进行KEGG及GO富集分析.结果 ISH显示乳腺癌组织中miR-30b-5p表达明显下调,与癌旁组织相比差异有统计学意义(P<0.01);miR-30b-5p的表达水平与 TNM 分期及远处转移等有关(P< 0.01),而与年龄和淋巴结转移无关(P>0.05).比较MCF-7,MDA-MB-231,MDA-MB-415,MDA-MB-453,和 MDA-MB-468这5株乳腺癌细胞系miR-30b-5p表达情况,发现较正常乳腺组织呈不同程度的低表达,并且以侵袭性最强的MDA-MB-231细胞的表达最低(P<0.01).在乳腺癌中,KEGG分析显示miR-30b-5p的靶基因参与了Pathways in cancer、P53 signaling pathway、Wnt signaling pathway、Cell cycle等通路,GO分析显示miR-30b-5p具有细胞代谢调控、基因表达调控、RNA代谢调控等生物功能.结论 miR-30b-5p在乳腺癌中表达明显下调,可能通过参与Pathways in cancer、P53 signaling pathway、Wnt signaling pathway、Cell cycle等通路,对乳腺癌细胞的代谢、基因表达等功能具有重要影响.     

血清外泌体miR-20b-5p miR-107水平检测在非小细胞肺腺癌诊断及预后评估中的应用

目的 探究血清外泌体miR-20b-5p、miR-107水平检测在非小细胞肺腺癌诊断及预后评估中的应用价值。方法 选取2015年12月至2018年12月河南科技大学第一附属医院胸外科收治的124例非小细胞肺腺癌患者为观察组，另选取120例同期于本院接受体检的健康体检者为对照组。采用实时荧光定量聚合酶链法(qRT-PCR)检测血清外泌体miR-20b-5p、miR-107表达水平，受试者工作特征曲线(ROC)评估miR-20b-5p、miR-107水平检测对非小细胞肺腺癌的早期诊断价值，Kaplan-Meier生存分析研究miR-20b-5p、miR-107水平与患者预后的关系。结果 观察组的血清外泌体miR-20b-5p、miR-107水平高于对照组(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示，血清外泌体miR-20b-5p、miR-107检测诊断非小细胞肺腺癌的AUC值分别为0.766、0.821,最佳截断值分别为1.81、1.27。观察组患者中，117例完成随访，7例失访。随访3年后，64例患者死亡，53例患者存活。根据患者的生存状态绘制ROC曲线，确定miR-20b-5p、mi...     

稳定过表达/下调表达miR-125b-5p Jurkat T细胞株的建立及验证

目的 构建稳定过表达/下调表达miR-125b-5p的Jurkat T细胞株,为miR-125b-5p在免疫性疾病中的发病机制研究奠定基础。 方法 扩增质粒,经293T细胞包装产生慢病毒颗粒,感染Jurkat T细胞,RT-qPCR检测miR-125b-5p表达情况,Western blotting检测下游靶基因UVRAG表达情况。采用单因素方差分析,2组之间比较应用LSD检验,P<0.05为差异具有统计学意义。 结果 hsa-miR-125b-5p慢病毒过表达载体及对照转染Jurkat T细胞后均有绿色荧光表达,hsa-miR-125b-5p慢病毒干扰载体及对照转染Jurkat T细胞后均有红色荧光表达;RT-qPCR显示和对照组比较慢病毒过表达载体组miR-125b-5p表达水平明显增高(P<0.01),慢病毒干扰载体组miR-125b-5p表达水平明显降低(P<0.01),差异均有统计学意义。Western blotting显示和对照组比较,慢病毒过表达载体组下游靶基因UVRAG表达明显降低(P<0.001),慢病毒干扰载体组下游靶基因UVRAG表达明显升高(P<0.001),差异均有统计学意义。 结论 成功建立了稳定过表达/下调表达hsa-miR-125b-5p的Jurkat T细胞株。      

基于生物信息学方法识别肺腺癌预后相关基因

目的利用生物信息学方法筛查肺腺癌的差异基因,分析其在肺腺癌的发生发展过程中可能参与的信号传导通路,寻找肺腺癌的关键基因并评估其对肺腺癌预后的意义。方法从GEO数据库中获取肺腺癌基因表达芯片数据集GSE10072、GSE32863、GSE43458和GSE116959,将四组数据集整合后获得肺腺癌的差异表达基因,采用STRING数据库对差异表达基因构建肺腺癌蛋白-蛋白互相作用网络,通过在线网站DAVID对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,用Cytohubba筛选关键基因,并利用GEPIA分析关键基因与预后的相关性。结果初步筛查得到214个差异基因,包括42个上调基因和172个下调基因,最后筛选得到6个关键基因。生存分析显示PECAM1、SPP1和KIAA0101的表达对肺腺癌的预后有显著影响(P<0.05),Diseasemeth分析显示SPP1、KIAA0101、COL3A1、GNG11和FOS基因在肺腺癌组织中的甲基化水平异常(P<0.05)。结论这6个基因可能参与了肺腺癌的发生发展,对肺腺癌的诊断、靶点治疗和预后提供一定参考。     

基于生物信息学分析乳酸脱氢酶A在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的 探讨乳酸脱氢酶A(LDHA)在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义.方法 利用GE-PIA2和Oncomine数据库挖掘LDHA基因在LUAD中的表达信息;人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析LDHA蛋白表达;Ucalcan平台分析LDHA与LUAD临床病理特征的关系;Kaplan-Meier法分析该基因与L...     

miR-125a-5p在胃癌组织中表达的生物信息学分析及实验验证研究

目的 通过生物信息学分析方法,系统评价miR-125a-5p在胃癌组织中的表达及其与临床病理特征的相关性;通过实验观察miR-125a-5p在胃癌组织中的表达,分析其临床意义,并采用生物信息学方法,进行靶基因和信号通路富集分析。方法 采用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法检测miR-125a-5p在胃癌组织和癌旁组织中的表达,并分析其临床意义;采用UALCAN数据库分析miR-125a-5p在胃癌组织中的表达及临床病理特征;采用miRecords数据库的预测软件预测其靶基因,选择至少3个以上软件支持的靶基因,运用DAVID 6.7在线富集分析靶基因参与的信号通路。结果 生物信息学分析和实验研究均发现,相对于癌旁组织,miR-125a-5p在胃癌组织中表达明显下调(P<0.05),其表达与肿瘤淋巴结转移、浸润深度、肿瘤组织增殖阶段、肿瘤组织类型相关(P<0.05);生物信息学分析提示,miR-125a-5p与临床病理特征关系密切,其靶基因富集在33个与肿瘤相关的信号通路中。结论 miR-125a-5p是胃癌中下调表达的分子标记物,是潜在的具有临床相关性的抑癌基因,是与临床...     

微小RNA125b-5p在氧化应激损伤中的作用实验研究

目的:利用体外神经元模型,探讨miR125b-5p对氧化应激的影响。方法:建立过氧化氢(H_2O_2)诱导神经元细胞氧化应激模型,将miR125b-5p的类似物(mimics)转染至HT22细胞实现其过表达。造体外氧化应激模型,采用MTT(噻唑蓝)法检测细胞活力,实时定量PCR(qPCR)检测miR125b-5p表达水平及抗氧化酶HO-1、Mn SOD的基因表达水平。分析微小RNA125b-5p对氧化应激损伤的影响。结果:在体外氧化应激模型中miR125b-5p表达量明显下降;转染miR125b-5p的类似物(miR125b-5p mimics)后,和阴性对照(NC)相比,miR125b-5p在HT22细胞中过表达显著增加;MTT结果显示,miR125b-5p mimics组与对照组相比细胞存活率明显增加;qPCR结果显示,与NC组相比,miR125b-5p过表达可上调抗氧化酶HO-1和Mn SOD mRNA表达水平,发挥抗氧化作用。结论:miR125b-5p在H_2O_2刺激的神经元细胞中明显下调,miR125b-5p过表达可显著提高神经元细胞存活率。miR125b-5p抗过氧化氢诱导的神经元氧化损伤的作用机制可能与提高抗氧化酶HO-1、Mn SOD mRNA的表达相关。     

miR-125b-5p调控HK2抑制胆囊癌细胞增殖和糖酵解

目的 研究miR-125b-5p通过HK2调控人胆囊癌细胞增殖和糖酵解的作用机制。方法 分别在人胆囊癌细胞GBC-SD中转染NC mimic、miR-125b-5p mimic、miR-125b-5p mimic+pcDNA-NC、miR-125b-5p mimic+pcDNA-HK2。实时荧光定量聚合酶链式反应（Real Time Quantitative Polymerase Chain Reaction,RT-qPCR）检测miR-125b-5p和HK2 mRNA的表达,Western blot检测HK2和LDHA、PDK1的蛋白表达。细胞计数试剂盒-8(cell countingKit-8,CCK-8)检测细胞增殖活力,糖酵解相关试剂盒检测乳酸生成、葡萄糖消耗以及ATP生成。双荧光素酶报告基因实验对miR-125b-5p和HK2的靶向关系进行验证。结果 miR-125b-5p在胆囊癌细胞系GBC-SD和NOZ(P <0.001)以及组织（P <0.01）中表达降低,且在GBC-SD细胞中低于NOZ细胞中。过表达miR-125b-5p可显著抑制GBC-SD细胞的增殖（...     

MiR-125b-5p抑制卵巢癌细胞的迁移和侵袭：基于靶向下调CD147的表达

目的 探讨miR-125b-5p靶向调控细胞外基质金属蛋白诱导因子（CD147）表达对卵巢癌细胞生物学行为的影响及作用机制。方法 应用荧光实时定量PCR技术（RT-qPCR）检测卵巢癌组织和癌细胞株中miR-125b-5p和CD147 mRNA的表达;构建过表达miR-125b-5p的SKOV3细胞或低表达miR-125b-5p的HO8910细胞。CCK-8实验、克隆形成实验、Transwell实验检测过表达或低表达miR-125b-5p对卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力的影响;使用Starbase(http://starbase. sysu.edu.cn/)生信软件预测miR-125b-5p与CD147之间的潜在互补结合位点并使用双荧光素酶报告基因实验进行验证其靶向关系;体外培养SKOV3细胞,分别转染mimic NC、miR-125b-5p mimic、miR-125b-5p mimic和pcDNA3.1、miR-125b-5p mimic和pcDNA3.1-CD147,转染后分为mimic NC组、miR-125b-5p mimic组、miR-125b-5p mimic组+pcD...     

hsa-miR-145-5p在胰腺癌中的表达及生物信息学分析

目的 研究hsa-miR-145-5p在胰腺癌患者及正常人血浆中的表达模式,探究hsa-miR-145-5p作为胰腺癌诊断标记物的可行性。进一步阐明其在胰腺癌的发生发展过程中可能的调控机制。 方法 采用生物信息学方法进行hsa-miR-145-5p的靶基因预测及功能分析,选择miRanda、TargetScan和RNAhybrid三种软件预测hsa-miR-145-5p的靶基因并结合现有数据库筛选有实验数据支持的靶基因,进一步进行GO功能富集分析,KEGG Pathway富集分析和蛋白互作分析,研究靶基因功能。qPCR验证胰腺癌患者及正常对照组血浆中hsa-miR-145-5p表达。 结果 hsa-miR-145-5p序列在各物种间高度保守;预测其靶基因共得到8 679个,且有实验数据支持靶基因有1 408个;有实验数据支持的靶基因GO富集分析主要显著富集于胞内运输、基因表达调控、细胞内信号传导、细胞生长调控、能量代谢等生物学过程和功能上(FDR<0.01)。KEGG Pathway富集分析靶基因显著富集于p53信号通路、ErbB信号通路、MAPK信号通路、慢性骨髓白血病、膀胱癌、胶质瘤、前列腺癌、胰腺癌等(P<0.01),表明hsa-miR-145-5p在胰腺癌中有重要的调控作用。相较于正常组,患病组hsa-miR-145-5p表达下调。 结论 hsa-miR-145-5p调控多个肿瘤发生相关的基因,在胰腺癌发生相关的生物学过程中具有重要的调控功能,为胰腺癌miRNA标记物的研究提供了线索。      

基于生物信息学分析构建肺腺癌蛋白质预后模型

目的: 通过生物信息学分析构建肺腺癌蛋白质预后模型。方法: 从癌症蛋白质组图谱和肿瘤基因组图谱数据库分别获取肺腺癌的蛋白质数据和相应的临床数据,通过单因素 Cox 回归分析和逐步回归分析筛选与肺腺癌预后相关的蛋白质,建立预后风险模型;使用多因素 Cox 回归对其进行预后风险评分分析,计算曲线下面积(AUC)评价模型的稳健性和准确性。结果: 筛选出3个与生存显著相关的蛋白质用于预后模型的构建;预后模型风险评分与预后显著相关(P＜0.001),可作为评估患者预后的独立风险因子;预后模型AUC=0.710,说明模型具有稳定的特异性和灵敏度。结论: 该预后模型能准确预测肺腺癌患者的总体生存率,有助于临床早期识别预后不良的肺腺癌患者并对其进行早期干预治疗,对提高肺腺癌的生存率具有重要意义。此外,筛选出3个促进肺腺癌进展的风险蛋白有望成为肺腺癌治疗的新靶点。     

EGFR、ALK、p53蛋白的表达在肺腺癌预后评估中的价值

目的探讨表皮样生长因子受体(EGFR)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)和p53蛋白的表达在肺腺癌预后评估中的临床价值。方法收集柳州市工人医院2015年5月至2017年8月的肺腺癌标本106例(肺腺癌组),肺炎标本63例(肺炎组),采用SP法进行免疫组织化学染色,检测两组标本中EGFR、ALK、p53蛋白的阳性表达情况,分析EGFR、ALK、p53蛋白在肺腺癌组织中的阳性表达与肺腺癌临床病理特征的关系及三者之间的相关性。结果 EGFR、ALK和p53蛋白在肺腺癌组中的阳性表达率分别为57.5%、11.3%、18.9%,明显高于肺炎组的9.5%、1.6%、4.8%,差异均有统计学意义(P<0.05);EGFR在肺腺癌组织中的表达与年龄无显著性相关(P>0.05),但与性别、分化程度、临床分期及淋巴结转移显著相关(P<0.05);ALK和p53在肺腺癌组织中的表达与年龄、性别无显著性相关(P>0.05),但与肺腺癌分化程度、临床分期及淋巴结转移显著相关(P<0.05);EGFR与ALK在肺腺癌组织中的表达呈负相关(r=-0.356,P<0.05),而EGFR与...     

GPRC5A基因在肺腺癌中的表达及临床意义

目的了解G蛋白偶联受体C型家族5A（GPRC5A）基因在肺腺癌组织及癌旁正常组织中的表达,并探讨其临床意义。方法分别采用Real-timePCR和Westernblot法检测25例肺腺癌组织及癌旁正常组织GPRC5AmRNA和蛋白表达水平。应用免疫组化法检测93例肺腺癌组织及癌旁正常组织GPRC5A蛋白的表达情况,并分析GPRC5A蛋白的表达与临床病理特征及预后的关系。结果25例肺腺癌组织中GPRC5AmRNA和蛋白表达水平均明显低于癌旁正常组织（均P＜0.05）。93例肺腺癌中GPRC5A蛋白低表达率为55.9％,均表达在胞质和胞膜中。GPRC5A蛋白的表达与肿瘤分化程度、TNM分期及淋巴结转移均有关（均P＜0.05）,而与性别、年龄、肿瘤大小均无关（均P＞0.05）。Kaplan-Meier生存曲线显示,GPRC5A高表达的患者3年生存率为73.7%,高于低表达患者的39.4%,差异有统计学意义（P＜0.01）。结论GPRC5A在肺腺癌组织中低表达,其低表达与肿瘤分化程度、TNM分期、淋巴结转移及预后密切相关,可作为估计生存率的独立指标。