基于网络药理学探讨逍遥散治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用机制

目的通过网络药理学分析逍遥散治疗非酒精性脂肪性肝炎(nonalcoholic steatohepatitis,NASH)的作用靶点及信号通路,探讨其潜在的作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选逍遥散的活性成分并预测其作用靶点,构建活性成分-靶点网络。通过人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)、基因组注释数据库(GeneCards)检索NASH的潜在靶点,采用STRING平台获取NASH靶点蛋白相互作用的网络,并对数据进行可视化分析,构建NASH靶点的蛋白互作网络。将逍遥散的预测靶点与NASH靶点重合,其交集靶点即为逍遥散治疗NASH的潜在靶点。继而运用R软件3.6.3进行生物功能及信号通路富集分析。再通过Cytoscape 3.7.1软件构建逍遥散治疗NASH的潜在靶点-信号通路网络。结果筛选出162个逍遥散的活性成分,预测出逍遥散治疗NASH的潜在靶点44个。通过GO及KEGG富集分析,筛选出与逍遥散主要成分相关的信号通路127条。结论逍遥散可能通过降脂、抗炎、抗细胞凋亡等多靶点、多通路发挥对NASH的治疗作用,可为其后续临床疗效评价指标的筛选提供研究方向。     

基于网络药理学探讨当归治疗阿尔茨海默病的机制

目的 采用网络药理学的方法,预测当归治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用靶点及其作用机制。方法通过中药系统药理学(TCMSP)数据库筛选当归的主要活性成分,并在Swiss Target Prediction平台对当归活性成分的作用靶点进行预测。通过Genecads数据库筛选AD的主要靶点,将当归有效成分靶点与AD的主要靶点取交集,得到当归治疗AD的靶点。利用String平台构建蛋白质相互作用(PPI)网络,运用Metascape平台进行基因本体(GO)及代谢途径分析数据库(KEGG)进行富集分析。应用Autodock vina软件对网络药理学结果进行验证。结果经筛选获得西多糖苷、豆甾醇、α-胡麻烯、β-谷甾醇等10种当归治疗AD的有效成分,329个潜在药物靶点,当归有效成分与AD共有靶点75个,Sitogluside,beta-sitosterol,Stigmasterol可能是当归治疗AD的关键活性成分。PPI网络分析显示,AKT1、PTGS2、MAPK14可能是当归治疗AD的核心靶点。通路分析提示当归治疗AD的机制可能与cGMP-PKG信号通路、NF-kB信号通路、神经活性配体-受体...     

基于网络药理学预测四妙勇安汤干预心力衰竭的作用机制研究

[目的]借助网络药理学技术预测并筛选四妙勇安汤干预心力衰竭的主要活性成分及其潜在靶点,探讨四妙勇安汤对心力衰竭的疾病-多靶点-多成分的干预作用机制。[方法]依据在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)疾病分类预测和筛选四妙勇安汤活性成分的作用靶点。采用Cytoscape软件构建四妙勇安汤活性治疗心力衰竭的成分-靶点网络。[结果]在四妙勇安汤中筛选出89个活性成分,共涉及心力衰竭等15个靶点,且活性成分与预测的靶点有较好的相互作用,预测的15个靶点主要与ACE、ADRA2A、ADRA2B、等靶点有关。[结论]表明四妙勇安汤改善心功能的机制可能与血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)抑制肾素血管紧张素系统(RAS)活性、调节交感神经系统等有关,并且在四妙勇安汤治疗心力衰竭中金银花药味的贡献度可能最大。     

基于网络药理学的降脂脉安颗粒治疗非酒精性脂肪肝作用机制研究

目的 采用网络药理学方法筛选降脂脉安颗粒(JZMA)的主要活性成分和作用靶点,探讨其治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)的潜在作用机制.方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中的脂水分配系数(ALogP)和药物相似性(DL)参数设置,收集降脂脉安颗粒中各个药物的化学成分,通过靶点预测网站服务器(UniPro...     

基于网络药理学探讨五苓散治疗心力衰竭作用机制

目的根据网络药理学方法对五苓散治疗心力衰竭(HF)的作用机制进行研究探讨。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对五苓散进行活性成分及靶点筛选,检索与疾病靶点有关的数据库TTD、Pharmg KB、Dis Ge NET筛选HF的作用靶点,构建韦恩图得到五苓散治疗HF的作用靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立成分-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于TCMSP得到五苓散治疗HF的30种活性成分和58个潜在靶点,构建韦恩图得到交集核心靶点26个,GO功能富集分析得到条目163个,其中生物过程条目118个、细胞组成条目15个、分子功能条目30个;KEGG通路富集分析得出条目46个,主要包括细胞凋亡、钙离子信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-AKT信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了五苓散治疗HF多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了五苓散治疗HF的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接对当归饮子治疗特应性皮炎的作用机制研究

目的:运用网络药理学方法筛选当归饮子的活性成分,预测其治疗特应性皮炎(AD)潜在的作用靶点及信号通路.方法:从中药系统药理分析平台(TCMSP)、化学专业数据库及文献资料中获取当归饮子的化学成分,运用TCMSP筛选有效成分及作用靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD数据库检索AD的相关靶点,借助Unip...     

基于网络药理学探讨牛大力治疗抑郁症的活性成分及分子机制

目的:采用网络药理学方法研究牛大力治疗抑郁症的活性成分及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)与文献资料检索筛选出牛大力活性成分;运用Swiss Target Prediction预测成分靶点,并从Gene Cards数据库中预测抑郁症相关靶点;同时,采用Cytoscape 3.2.1软件构建活...     

基于网络药理学和分子对接探究五指毛桃治疗重症肌无力的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术预测五指毛桃治疗重症肌无力(Myasthenia Gravis, MG)的活性成分和靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库平台(TCMSP)、SwissADME、OMIM、GeneCards等数据库获取五指毛桃作用靶点及MG的疾病靶点间的交集靶点,利用STRING数据库平台解析各靶点间的相互作用、构建PPI网络图。利用Cytoscape 3.9.0软件进行“活性成分-疾病靶点”网络分析,在此基础上采用David数据库进行GO与KEGG基因功能富集分析。筛选出五指毛桃关键活性成分和靶基因后,利用Autodock vina和PyMol软件将活性成分与重要靶点进行分子对接,验证结合活性。结果:从五指毛桃中筛选出具有作用靶点的8个有效活性成分,预测得到TNF、IL6、EGFR、IL1B等8个五指毛桃治疗重症肌无力的可能蛋白靶点,通过介导TNF、Toll样细胞受体、PI3K-Akt、MAPK等信号通路,产生抗炎、提高自身免疫能力的作用,从而达到对抗重症肌无力的发生及进展,且初步验证得到成分与靶点间活性皆较为良好。结论:通过网络药理学和分子对...     

基于网络药理学研究孔圣枕中丹治疗轻度认知功能障碍的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究孔圣枕中丹治疗轻度认知功能障碍的可能作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选孔圣枕中丹的活性成分,通过蛋白质数据库(Uniprot)获得各活性成分的潜在靶点,利用比较毒物基因组学数据库(CTD)获得轻度认知功能障碍作用靶点.采用Cytoscape 3.7.1软件...     

基于网络药理学和生物信息学研究丹参治疗骨关节炎的分子机制

目的 通过网络药理学和生物信息学方法探讨丹参治疗骨关节炎(O A)的潜在活性成分及作用机制.方法 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中丹参成分,筛选丹参活性成分和作用靶点;检索DisGeNET、Drug bank、OMIM、TTD、Gene Cards、GAD、HPO、PharmGKB、Uniprot...     

基于网络药理学和分子对接研究金线莲的主要功效

目的 基于网络药理学和分子对接,探究金线莲的主要功效.方法 通过文献检索并利用Swiss ADME平台筛选金线莲的活性成分、Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点.通过String平台绘制潜在靶点的PPI网络,找出对维持生物网络平衡具有重要作用的靶点,并采用Sybyl-x2.0软件进行...     

基于网络药理学探讨女贞子治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:探讨女贞子治疗骨质疏松性骨折的作用成分及作用机制.基于网络药理学的理念,运用网络分析技术,预测女贞子治疗骨质疏松性骨折的潜在靶点并分析其作用机制.方法:利用TCMSP平台收集女贞子的中药活性成分,应用Perl软件预测潜在相关靶点信息,分别从GeneCards数据库、OMIM数据库中筛选出与骨质疏松性骨折相关联的靶...     

基于网络药理学研究逍遥散治疗慢性乙型肝炎的作用机制

目的 利用网络药理学方法,从整体角度系统分析并预测逍遥散治疗慢性乙型肝炎(CHB)的分子机制,为临床研究及新药研发提供参考。方法 检索TCMSP数据库获取逍遥散的活性成分及其相关靶点,并根据口服利用度(OB)和类药性(DL)对活性成分进行筛选。在GeneCards、OMIM数据库中筛选CHB的相关靶点,并与活性成分的靶点取交集,获得逍遥散治疗CHB的潜在作用靶点。在STRING数据库中获得各靶点的相互作用关系,利用Cytoscape 3.8.0软件构建逍遥散-有效活性成分-潜在作用靶点网络及靶点的蛋白互作网络,并进行拓扑结构分析,筛选核心靶点。在R 3.6.2软件中进行潜在作用靶点的基因富集分析。运用BioGPS数据库对靶点进行器官定位。结果 通过网络构建及拓扑结构分析发现,逍遥散主要通过113个有效活性成分干预155个潜在靶点来治疗CHB,有效活性成分中以槲皮素、木犀草素等黄酮类成分为主,核心靶点为ESR1、CDK2、RXRA、RELA、AKT1、MAPK14、MAPK1等。基因富集分析显示逍遥散主要通过干预氧化应激相关生物学过程及调控PI3K-Akt、MAPK等信号通路,发挥治疗C...     

淫羊藿与附子治疗膝骨关节炎的网络药理学作用机制研究

目的 以网络药理学方法为基础分析淫羊藿与附子治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取药物的活性成分及其潜在靶点,根据药物的吸收、分布、代谢、排泄(ADME)属性对药物活性成分进行筛选,并结合相关文献进行补充;通过PubChem数据库检索活性成分的SMILES结构式和2D结构,经ADME筛选后将符合标准的化学成分传入Swiss Target Prediction数据库预测药物作用靶点;选用关键词“knee osteoarthritis”或“osteoarthritis of knee”在Genecards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、Drugbank数据库检索与KOA相关的主要靶点;绘制韦恩图,获取淫羊藿-附子与KOA的交集靶点;基于STRING数据库构建药物与疾病共同靶点的蛋白互作(PPI)网络;利用Cytoscape3.6.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络及PPI网络中关键靶点信息图。利用Metascape平台对药物与疾病交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 通过T...     

基于网络药理学探讨何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:基于网络药理学,探讨何首乌治疗动脉粥样硬化(AS)的作用靶点及通路,明确其作用机制。方法:搜索中医药数据库和文献,从中对何首乌有效成分及靶点蛋白进行筛选整合,在TCMSP数据库和Drugbank数据库中检索并获取何首乌有效成分及作用靶点,在Cytoscape软件中构建何首乌的化合物-靶点网络及其相应的蛋白质相互作用(PPI)网络,并在DAVID数据库中进行基因GO功能和KEGG通路富集分析。筛选出何首乌治疗动脉粥样硬化的有效成分及作用靶点,并绘制靶点通路网络模型。结果:预测得出治疗AS的药物活性成分8个和有效靶点109个,并推断奎硫醇、大黄酸、扁蓄苷等成分具有潜在治疗动脉粥样硬化的作用,如钙调蛋白、醛糖还原酶、胰蛋白酶等靶基因可能起着关键性的作用。结论:基于网络药理学探究了何首乌治疗动脉粥样硬化多活性成分-多作用靶点-多联系通路的特点,进行深入研究,以期为系统阐明何首乌治疗动脉粥样硬化作用机制提供科学依据。     

四妙勇安汤通过JAK/STAT信号通路治疗下肢动脉硬化闭塞症的机制研究

目的:基于网络药理学方法预测四妙勇安汤治疗下肢动脉硬化闭塞症(ASO)的有效成分、潜在靶点及通路,结合细胞实验探讨其治疗ASO的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选四妙勇安汤有效活性成分及靶点,运用GeneCards及OMIM数据库获取ASO相关蛋白;通过String平台对药物-疾病靶蛋白进行PPI网络构建,选择D...     

基于网络药理学方法探讨败毒散治疗COVID-19的潜在性

目的 基于网络药理学方法筛选出败毒散的潜在成分、作用靶点及其信号通路,探讨败毒散治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在性。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对败毒散的药材进行逐一的检索,筛选出潜在活性成分及其对应靶点,应用Cytoscape3.7.2软件对成分和靶点进行网络构建与分析。在GeneCards、TTD等数据库中筛选COVID-19的相关靶点。将通过药物筛选得到的靶点与通过疾病筛选得到的靶点进行交集,在DAVID数据库中进行基因注释的GO分析和信号通路的KEGG富集分析。结果 利用数据库的检索和分析,筛选得到败毒散潜在成分107个,对应靶点189个。GeneCards、TTD数据库中筛选到与COVID-19有关靶点736个,二者取交集得到靶点42个。GO分析条目161条,KEGG信号通路54条。结论 败毒散可能通过多成分、多靶点、多通路,对发挥抗COVID-19具有一定的潜在作用,潜在活性成分对ACE2具有一定的作用。     

鱼腥草治疗角膜炎的网络药理学分析

目的：为探究“鱼腥草-靶点-角膜炎”的网络关系,应用网络药理学分析方法,分析探讨鱼腥草治疗角膜炎的潜在作用及分子机制。方法：以鱼腥草为研究对象,借助DisGeNET、STRING、中药系统药理学分析(TCMSP)平台、SwissADME、SwissTargetPridictiont等各在线数据库提供的数据信息,查询角膜炎相关蛋白及其互作网络、鱼腥草化学成分与活性成分、鱼腥草活性成分的预测靶点蛋白的相关数据,应用Cytoscape软件的可视化与网络合并功能,依次拟构角膜炎相关蛋白质互作网络、鱼腥草活性成分-预测靶点网络、鱼腥草活性成分-潜在靶点网络,整合分析上述拟构的网络,得到“鱼腥草活性成分-靶点-通路”网络,分析预测鱼腥草治疗角膜炎的潜在作用靶点及其在信号通路中的作用,探究鱼腥草治疗角膜炎的潜在作用机制。结果：共搜索到72个已分离鉴定的鱼腥草化学成分,角膜炎相关靶点65个,鱼腥草治疗角膜炎的潜在靶点50个,包含9个直接作用靶点。50个潜在靶点可被注释入303项GO术语中,由263项生物过程、18项细胞组分、22项分子功能所组成,显著富集于与炎症、感染（细菌、寄生虫）、免疫相关的通路上...     

基于网络药理学探讨当归-菟丝子治疗多囊卵巢综合征的作用靶标和信号通路

目的 采用网络药理学方法筛选当归-菟丝子的活性成分,预测其治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的潜在作用靶标和信号通路,进一步探究其作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选当归-菟丝子的活性成分和候选靶标,利用GeneCards数据库和基因疾病关联数据库(DisGeNET)去重、合并,预测PCOS...