基因-环境相互作用与人类疾病的关系

分子生物学技术的飞速发展通过对人类基因的鉴别和诊断,使人们对疾病的发生与发展有了更深刻的认识。现代科学观点认为个体差异的产生不能归结为完全的遗传因素或完全的环境因素,事实上,绝大多数人类疾病是遗传易感性和环境因子相互作用的结果。基因-环境交互作用可以理解为遗传因素对环境因素易感性的影响。本文从环境污染物对基因的影响、环境应答基因对疾病易感性的影响及基因-环境相互作用与环境基因组计划三方面对基因-环境相互作用与人类疾病的关系加以阐述。     

葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症及相关疾病研究进展

葡萄糖-6-磷酸脱氢酶（G6PD）是细胞氧化还原反应中的一个重要功能酶。本文就G6PD遗传及其蛋白质结构，G6PD缺乏症病理机制及表型特征，G6PD缺乏症与疟疾、病毒感染、糖尿病、肿瘤、白内障、地中海贫血等疾病之间的关系进行综述。     

中医信息学与表型组学:症状的遗传突变与证候的生物学基础初探

基于中医信息学和表型组学思想的病-证生物学基础研究的理论和方法学框架,解读证候的遗传结构和疾病关联.挖掘中医信息学与表型组学的理论内涵,阐明中医学与表型组学之间具有相互借鉴的重要意义;从病-证关系这一难点问题入手,将证候视为一系列特定症状表型的组合,从理论与方法上探索中医信息学与表型组学的桥接点,结合文献证明这一方向的...     

基于淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤药物有效化学成分及其作用靶点的网络药理学与分子对接技术分析

目的：采用网络药理学方法联合分子对接技术分析淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤药物有效化学成分及其作用靶点,并初步阐明其作用机制。方法：采用中药系统药理学（TCMSP）数据库和分析平台结合相关文献资料获取淫羊藿的有效化学成分及其对应的靶点蛋白,采用Uniprot数据库将靶点蛋白信息标准化得到对应的标准基因名,检索GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤的相关靶点基因,采用Cytoscape3.7.1软件绘制淫羊藿有效化学成分和疾病作用靶点关系的网络图,采用STRING数据库绘制药物与疾病的交集靶点的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络图,采用基迪奥生物信息平台（OmicShare）进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用Pymol软件和Autodock Tools软件进行淫羊藿药材有效化学成分与下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤靶点蛋白的分子模拟对接和可视化。结果：筛选得到27个淫羊藿有效化学成分和217个相对应作用靶点,下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状...     

基于网络药理学探究黄芪-川芎药对治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 基于网络药理学研究益气活血药对黄芪-川芎治疗缺血性脑卒中的作用机制.方法 从TCMSP数据库筛选黄芪、川芎活性化合物及靶点,在Uniprot数据库转化为基因靶点,通过Cytoscape 3.8.0构建化合物-靶点网络.在OMIM、DisGeNET、TTD数据库及文献报道收集缺血性脑卒中的治疗靶点,构建疾病-靶点网...     

基于“成分-靶点-通路”的余甘子网络药理学研究

目的：运用网络药理学方法,研究余甘子的有效成分和作用机制。方法：从中药系统药理学数据库和分析平台检索余甘子的生物活性成分、作用靶点和相关疾病,利用STRING数据库研究靶点间的相互作用关系,利用DAVID数据库分析GO和KEGG,利用Cytoscape及Hiplot软件建立“化合物-靶点”网络、蛋白质相互作用网络（PPI）、“化合物-靶点-疾病-通路”网络进行基因本体（GO）和KEGG富集分析。结果：筛选得到12个有效生物活性成分、59个靶点、107种疾病和113条通路,基因功能分析得到生物学过程（BP）相关通路479条、细胞成分（CC）相关通路44条、分子功能（MF）相关通路78条。结论：余甘子通过广泛作用于多条细胞代谢通路,调节细胞增殖、分化、凋亡的过程,发挥抗炎、抗癌活性作用。网络药理学研究有助于揭示余甘子多成分作用的协同机制。     

shRNAmir慢病毒载体沉默鼻咽癌细胞中环氧合酶-2的表达

目的 构建基于miR-155结构的shRNAmir慢病毒表达载体,在鼻咽癌细胞中沉默COX-2基因的表达,探索全新的COX-2抑制方法.方法 转染小干扰RNA(siRNA),筛选出沉默COX-2表达的RNA干扰序列,以该序列替换miR-155前体序列中的双链部分作为anti-COX-2 shRNAmir转录模板,构建pLVTHM/shRNAmir慢病毒质粒表达载体,利用293FT细胞包装pLVTHM/anti-COX-2 shRNAmir慢病毒.感染鼻咽癌C666-1细胞后,通过流式分选,建立anti-COX-2 shRNAmir稳定表达,COX-2基因沉默的亚系.结果 设计合成的anti-COX-2a siRNA能够使COX-2 mRNA表达下降90%以上,根据其序列构建的plVTHM/sbRNLAmir质粒载体测序无误,pLVTHM/anti-COX-2 shRNAmir慢病毒感染C666-1细胞后,分选出亚系C666-1经反复传代仍可保持COX-2基因沉默的表型.结论 pLVTHM/shRNAmir慢病毒载体能够转录出基于miR-155结构的shRNAmir,沉默鼻咽癌细胞COX-2的表达,为探索更加高效安全的COX-2抑制剂奠定基础,也为鼻咽癌研究和抗肿瘤基因治疗提供了新手段.     

人RHD基因结构研究及意义

目的：研究RHD基因结构,重点检测启动子区,探究RHD基因的表达机制．方法：采用PCR—SSP方法,设计3对序列特异性引物,对60例无血源关系RhD( )汉族人样本、98例无血源关系RhD(-)汉族人样本和2例弱D型汉族人样本RHD基因启动子区约1000bp范围内的4个RHD基因特异性多态性位点进行检测．结果：RhD表型(-)／RHD基因型(一)个体启动子区全缺失,表型RhD阴性基因型为部分缺失或不缺失型个体启动子区都不缺失．结论：RhD表型(-)／RHD基因型(-)个体符合RhD阴性的普遍机制,表型RhD阴性基因型为部分缺失或不缺失型个体存在另一种RhD阴性机制。     

基于网络药理学和分子对接研究金银花-黄芪药对治疗骨髓炎的分子机制

目的 运用网络药理学与分子对接的方法探索金银花-黄芪药对治疗骨髓炎可能的作用机制,为临床用药提供科学依据.方法 在TCMSP平台内检索金银花、黄芪的生物活性成分并进行筛选,同时在蛋白质数据库和相关基因数据库中检索骨髓炎的潜在靶点,构建Venny图寻找共同靶点;运用Cytoscape软件构建"药物成分-靶点-疾病"复杂网...     

类固醇生成因子-1基因异常可导致46，XY严重睾丸发育不全

目的：在46,XY尿道下裂或隐睾病例中寻找类固醇生成因子-1（Steroidogenic factor-1,SF-1）基因异常情况,通过分析基因型与患儿表型的关系揭示SF-1基因在人类性腺分化发育中的作用机制。方法：收集60例46,XY 尿道下裂或隐睾且肾上腺功能正常的患者和40例外生殖器发育正常的男性儿童分别为病例组和正常对照组,对所有研究对象的SF-1基因进行测序,测序结果用标准核苷酸BLAST软件进行序列比对。结果：本研究发现了1例SF-1基因突变,为杂合子缺失c.11835delC。该患儿的表型为尿道下裂会阴型伴双侧隐睾、生后呈女性外阴,严重的男性化不全。此外,还发现1个SF-1基因多态性位点rs1110061（G/C）,等位基因G/C的频率在病例组及正常对照组中分布无明显统计学差异。结论：SF-1基因异常可能是46,XY尿道下裂或隐睾患儿的病因之一,其表型为46,XY严重男性化不全、严重睾丸发育异常。     

开放式电子病历临床知识库的探讨

随着电子病历系统研究与实践应用的深入,传统临床知识库已无法满足于临床工作及电子病历智能化发展的需要.针对“电子病历知识库”相关文章进行了检索、阅读、分析,总结出开放式电子病历临床知识库具有维护方便、更新及时、内容全面、符合临床需求等特点,提出了开放式电子病历临床知识库是电子病历智能化发展的基础,通过开放式网络平台实时补充与更新相关临床知识库,进而在预设结构关系的知识库中进行可持续性维护和共享.开放式电子病历临床知识库是解决临床知识得以收集与完善的可行方式.     

中医症状知识库知识关联研究

介绍中医学症状研究及中医药领域知识图谱技术应用研究现状,选取《中医药学名词》作为症状知识来源,构建中医症状知识库。运用描述性统计、关联规则分析等数据挖掘方法阐述高频证型以及症状信息分布规律、症状以及症状隐性知识之间的关联关系,利用Neo4j构建中医症状知识图谱并分析病证-症状-属性之间的知识关联关系。     

基于诊疗全环节的智能知识库构建和应用

以新疆克拉玛依市中心医院临床诊疗知识库为例,阐述了一个覆盖诊疗全环节,且具备知识管理功能的智能决策型知识库,说明了其构建思路及应用效果,为类似医疗知识库的构建提供参考.     

Toward creation of a cancer drug toxicity knowledge base: automatically extracting cancer drug–side effect relationships from the literature

Objective

A comprehensive and machine-understandable cancer drug–side effect (drug–SE) relationship knowledge base is important for in silico cancer drug target discovery, drug repurposing, and toxicity predication, and for personalized risk–benefit decisions by cancer patients. While US Food and Drug Administration (FDA) drug labels capture well-known cancer drug SE information, much cancer drug SE knowledge remains buried the published biomedical literature. We present a relationship extraction approach to extract cancer drug–SE pairs from the literature.

Data and methods

We used 21 354 075 MEDLINE records as the text corpus. We extracted drug–SE co-occurrence pairs using a cancer drug lexicon and a clean SE lexicon that we created. We then developed two filtering approaches to remove drug–disease treatment pairs and subsequently a ranking scheme to further prioritize filtered pairs. Finally, we analyzed relationships among SEs, gene targets, and indications.

Results

We extracted 56 602 cancer drug–SE pairs. The filtering algorithms improved the precision of extracted pairs from 0.252 at baseline to 0.426, representing a 69% improvement in precision with no decrease in recall. The ranking algorithm further prioritized filtered pairs and achieved a precision of 0.778 for top-ranked pairs. We showed that cancer drugs that share SEs tend to have overlapping gene targets and overlapping indications.

Conclusions

The relationship extraction approach is effective in extracting many cancer drug–SE pairs from the literature. This unique knowledge base, when combined with existing cancer drug SE knowledge, can facilitate drug target discovery, drug repurposing, and toxicity prediction.     

数字化中医古籍知识服务的探索与实践

知识服务是专业图书情报机构的发展方向之一,探讨了如何实现古籍文献信息的知识服务,从中医古籍文献的数字化、支持服务及语义关联三方面对中医古籍文献的知识服务进行探索,引入本体理论,探索构建基于本体的中医古籍知识库,进而实现中医古籍文献由资源服务向知识服务转变。     

中医知识库的应用需求与构建方法分析

简要介绍知识库的概念和功能,分析现有中医领域知识库的主要研究方向和应用方向,结合中医自身发展规律和中医知识的特点,探讨归纳中医知识库的建设使用需求及其发展缓慢的原因;阐述常见中医领域知识库的构建类型、构建流程和方法,剖析各建库方法在中医领域的应用推广适应性及不足,以便为后续中医知识库的开发和利用提供参考.     

暗娼人群性病艾滋病知识及心理状况调查

目的了解重庆市涪陵区暗娼人群性病艾滋病知识和心理健康状况,为此类人群预防控制艾滋病提供依据。方法于2008年采用面对面方式对在重庆市涪陵区娱乐场所的暗娼进行问卷调查。结果调查对象平均年龄20．1岁,艾滋病知识知晓率为61．4％;86．4％的暗娼人群有性病相关症状,大部分未及时治疗。对暗娼人群进行的心理调查显示,除人际关系敏感因子分外,其余的因子分均显著高于全国常模。结论应根据该人群的心理状况,有针对性地进行艾滋病知识宣传和行为干预。     

社会学视角下健康领域智能治理的应用——以北京大学第三医院为例

目的/意义 对人工智能(artificial intelligence,AI)技术在医疗机构的应用与影响开展真实世界研究,辅助医药卫生领域智能治理决策。方法/过程 以北京大学第三医院为研究场景,通过文献荟萃、知识图谱构建及混合方法学研究等开展AI医学社会实验。结果/结论 国内外学界对AI技术在健康领域应用持谨慎、乐观态度。国内公立医院AI技术的研发和应用十分活跃,但小范围实地研究提示AI技术在提高诊疗工作效率的同时,可能带来决策误导、人的主体性减弱等问题。以AI技术为代表的健康领域智能治理需要长周期、宽领域的社会学观察,建议依托公立医院建设医学AI技术研发与监管研究基地,并持续关注AI社会治理中人的主体性、医学伦理与科技伦理等问题。     

肺癌免疫治疗中分离反应的研究进展

肺癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一,也是全球癌症死亡的主要原因[1]。近年来,随着免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs) 的应用、发展与兴起,一小部分晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC) 患者可从中获益。随着对ICIs药物应用后治疗效果的观察,与化疗药物及靶向药物可引起的典型反应,包括完全缓解(complete response,CR)、部分缓解(partial response,PR)、疾病稳定(stable disease,SD)、疾病进展(progressive disease,PD)比较,ICIs可引起另一种非典型反应模式,包括超进展、假性进展、分离反应等。与前两种非典型反应模式比较,目前的研究数据对分离反应的研究报道相对较少。本文回顾一些分离反应的研究,探讨其意义并思考其后续治疗方法。     

临床路径文献回顾性分析

目的 查阅相关文献,回顾我国临床路径相关研究的文献,了解我国临床路径应用现状和发展趋势.方法 中国知网-中国医院数字图书馆CHKD期刊全文数据库为检索数据源,以1996-2010年为时间段,以“临床路径”为检索途径,搜索文献数据,通过Excel软件处理数据,采用文献计量方法,过程分析及回顾性研究法进行分析和研究,分别从基础研究、应用研究、开发研究分布3个方面对1996-2010年我国临床路径方面的文献进行统计.结果 检索到1996-2010有关临床路径研究的文献1172篇,文献量逐年上升.文献研究内容以应用研究为主,尤其是应用基础方面.结论 我国临床路径相关研究的文献逐年上升,研究领域呈现多样化局面,缺少系统的方法论的指导,医护人员在循证医学方面的理念较薄弱.今后应在临床路径的应用进行系统大规模资料收集,以推动临床路径研究的发展.