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目的:利用网络药理学和分子对接技术探析除湿解毒饮治疗银屑病的作用靶点、信号通路及分子机制,为后期进一步实验研究提供理论依据。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出除湿解毒饮中黄芩、苦参等有效成分和靶点基因;利用Genecards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库等检索银屑病的相关基因;运用R软件将药物靶点与银屑病相关基因取交集,利用交集基因在Cytoscape中构建中药复方调控网络;在STRING数据库中在线绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络,并用插件CytoNCA查找调控网络核心基因;运用R软件对核心靶点基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Vina软件将主要药物活性成分槲皮素、汉黄芩素、贯叶金丝桃素、柚皮素、山柰酚、甘草查尔酮A分别与靶点丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)3、MAPK8、白细胞介素-8(Chemokine 8,CXCL8)、信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcr... 相似文献
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目的:非酒精性脂肪性肝炎的发展不仅是一个重要的病理阶段,而且也是治疗的关键时期,其发展可能会发生可逆的变化,但也可以演变为纤维化、肝硬化或原发性肝癌。网络药理学是对“药物-成分-靶点-疾病”进行直接的数据分析,表明一味药可以通过多途径协同作用于人体的药效机制。而分子对接技术被广泛认为是药物设计有力的工具,它能够从分子水平预测药物与疾病的结合构象。通过对网络药理学、分子对接的研究,探讨丹参在非酒精性脂肪性肝炎的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Gene Cards、DisGeNET、TTD、DrugBank和OMIM等数据库,确定丹参主要活性成分及治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用靶点。研究使用Cytoscape3.7.2软件系统,构建成分-靶点网络图,并使用Venny 2.1.0在线工具取其交集靶点,再使用STRING系统进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,并使用Metascape平台进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,最终用AutoDock Tools进行分子对接,运用PyMOL软件对结果进行可视化分析。结果:得到丹参干预非... 相似文献
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目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓抗痛风的作用机制。方法 利用TCMSP、UniProt、OMIM、GeneCards、PharmGkb、DrugBank等数据库预测土茯苓抗痛风的活性成分和推测靶点,进行富集分析以阐明核心靶点的生物学功能和相关途径;同时,利用Cytoscape软件构建了一个“成分靶向通路”网络。结果 经分子对接验证显示主要成分与核心靶点紧密结合,阐明了土茯苓抗痛风的分子机制是通过槲皮素、柚皮素和β-谷甾醇等主要成分,作用于IL1B、CXCL8、PPARG、CCL2、PTGS2、IL6、STAT1靶点和多种途径。结论 土茯苓可能通过多成分、多靶点、多通路发挥抗痛风作用,为今后进一步阐明土茯苓治疗痛风的作用机制、开展实验验证提供依据。 相似文献
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目的 采用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 通过中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0获取黄芪与丹参的活性成分及靶点,利用GEO数据库检索IS的靶点信息,构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络,筛选黄芪-丹参治疗IS的关键成分和核心靶点,并利用Autodock 4.2软件进行分子对接技术验证,GO和KEGG富集分析预测黄芪-丹参治疗IS的分子机制。结果 共筛选出黄芪-丹参治疗IS的7个核心靶点和6个关键成分。GO生物过程涉及脂质定位、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节、脂质转运、急性炎症反应正向调控、脂肪酸转运等,KEGG通路富集主要集中在抗叶酸剂、一碳单位池、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路等。分子对接结果提示黄芪-丹参中关键成分与核心靶点存在结合位点。结论 黄芪-丹参中多种活性成分通过调控靶点蛋白,调节叶酸代谢、脂肪代谢、炎症反应等信号通路,发挥了对IS的治疗作用。 相似文献
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目的 运用网络药理学方法探讨丹参治疗哮喘的作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取丹参活性成分及潜在靶点;应用OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集哮喘靶点,利用R语言获得丹参治疗哮喘的作用靶点,依据STRING 11.0数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;在Metascape平台进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)分析,运用Cytoscape 3.5.1软件构建丹参治疗哮喘的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,采用MOE 2019软件对重要化合物进行分子对接验证。结果 筛选得到丹参治疗哮喘的59个化学成分、108个靶点及20条关键通路。其中,隐丹参酮主要通过肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)等蛋白抑制核转录因子-κB(NF-κB)通路,减轻哮喘气道炎症;丹参酮ⅡA主要通过核转录因子-κB抑制剂α(NFKBIA)等减弱TNF-α和NF-κB表达,抑制NF-κB通路,减轻炎症损伤;木犀草素主要通过蛋白激酶B1(Akt1)、白细胞介素-6(IL-6)和信号传导与转录激活因子3(STAT3)等介导磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt和Janus激酶-信号转导子与转录激活因子(JAK-STAT)通路,通过缓解气道炎症、改善气道重塑和免疫调节治疗哮喘。分子对接显示,三者与疾病靶点生物亲和力高。结论 丹参可以通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗哮喘的作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)筛选出金珍滴眼液的所有化学成分及作用靶点;通过人类基因数据库(GeneCards)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选出干眼的相关靶点;使用RGUI软件绘制韦恩图,得到金珍滴眼液治疗干眼的潜在靶点,利用STRING数据库和合Cytoscape软件构建蛋白互作网络;利用RGUI软件ClusterProfiler库进行GO功能和KEGG富集分析;使用AutoDockTools和Vina软件对关键靶点和活性成分进行分子对接,使用Pymol软件绘制对接结果。结果:金珍滴眼液中共挖掘出治疗干眼的主要活性成分34种,药物和疾病共同靶点221个。治疗干眼的重要靶点涉及AKT1、TP53、HSP90AA1、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)等,主要作用于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、白细胞介素-17 (IL-17)信号通路、MAPK信号通路、表皮生长因子受体... 相似文献
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目的:运用网络药理学方法及分子对接技术探讨马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)的有效成分、作用靶点、信号通路,从而找出马鞭草-虎杖治疗COVID-19的作用机制,探索治疗COVID-19的新策略。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出马鞭草-虎杖药对的活性成分和作用靶标,通过Uniport数据库查找其作用靶标对应的基因;在GeneCards数据库中检索出COVID-19的相关疾病基因,通过Venny网站得出药物与疾病的交集基因,将交集基因导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,运用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析,并通过Cytoscape 3.7.2软件制作“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图。利用微生信制作相应的GO和KEGG富集分析图。采用AutoDockTools及Vina软件将关键活性成分与治疗COVID-19的受体进行分子对接。结果:检索出马鞭草-虎杖药对有22个有效活性成分、752个靶点基因,同时获得COVID-19... 相似文献
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目的:通过网络药理学-分子对接方法研究益气逐瘀汤针对胃癌的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医百科全书数据库(ETCM)获得益气逐瘀汤所有药物的化学成分和作用的有关靶点,通过GeneCards、OMIM、GEO数据库筛选出胃癌的靶点,通过运用R语言取交集进行维恩分析,对得到的靶点导入Cytoscape 3.7.2软件中,构建活性成分靶点网络,并将其导入String数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape 3.7.2中的Bisogenet插件进行网络拓扑分析。同时运用R语言Bioconductor平台对益气逐瘀汤治疗胃癌的潜在靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并将结果导入Cytoscape 3.7.2软件中绘图,得到KEGG网络关系图。运用分子对接软件Autodock vina,将核心靶点与活性成分对接,最后用Plmoy绘制图片。结果:共得到216个化学成分和1 105疾病靶点,其中交集靶点38个。关键靶点包括IL-6、MMP9、PTGS2.GO功能分析主要与脂多糖的表达,氧化酶还原活性等有关。KEGG分析显示益气逐瘀汤治疗胃癌主要是通过IL-17、TNF、核因子κB、TLR和癌症相关信号通路发挥作用。分子对接结果显示与MMP9结合性能最好。结论:益气逐瘀汤治疗胃癌是通过多成分、多靶点来发挥作用,为进一步研究其作用机制奠定了基础。 相似文献
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目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子(TNF)、苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤蛋白P53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、上皮生长因子A(EGFA)等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶(PIK3CG)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、环加氧酶2(PTGS2)、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体(AGE/RAGE)等通路发挥治疗冠心病的作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接方法分析黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制。方法:通过化源网数据库、中药与化学成分数据库、PubChem数据库以及文献查阅,搜集黄葵胶囊化学成分,运用Swiss ADME数据库筛选出黄葵胶囊活性成分,依据Swiss Target Prediction数据库预测黄葵胶囊各活性成分靶点;通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索糖尿病肾病疾病相关靶点,利用韦恩图获取黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的关键靶点,通过R3.6.2软件对靶蛋白进行基因本体(GO)生物过程富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape 3.7.2软件构建黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的“关键活性成分-重要靶点-通路”网络,最后利用AutoDock进行分子对接,计算最低结合能。结果:黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的核心活性成分为4′,5,7,8-四甲氧基黄酮、槲皮素、没食子酸、原儿茶酸等,核心靶点PIK3R1、PIK3CA、AKT1、SRC、ESR1等,活性成分与关键靶点分子对接的最低结合能均接近-5 kcal/mol。黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制... 相似文献
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目的:运用网络药理学的方法预测丹参治疗慢性肝炎的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选丹参的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得慢性肝炎的靶点基因;利用R语言3.6.3截取交集网络获得潜在靶点;使用Cytoscape3.7.2将“中药-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路注释。结果:获得丹参中65个活性化合物、109个不重复的靶标信息、89个慢性肝炎治疗靶点。GO功能富集得到GO条目48个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目1 796个,细胞组分(CC)条目73个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集得到88条信号通路(P<0.05)。结论:丹参中的有效成分异隐丹参酮(Isocryptotanshi-none)、1,2,5,6-tetrahydrotanshinone、丹参醌新酮Ⅰ(MiltiononeⅠ)、二氢丹参内酯(Dihydrotanshinlactone)、4-methylenemiltirone、丹参酮Ⅱa(TanshinoneⅡa)、木犀草素等可能作用于ADRB2、OPRM1、PTGS1、CA2、PTGS2等关键靶点通过调控Hepatitis B、IL-17 signaling pathway、Hepatitis C、T cell receptor signaling pathway、PI3K/AKT signaling pathway等干预了活性氧代谢过程、循环系统血管功能、氧化应激反应、凋亡,从而发挥治疗慢性肝炎的作用。 相似文献
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目的:采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论:土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起... 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨寿胎丸治疗复发性流产(RSA)的主要作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库检索寿胎丸所含主要的活性化学成分,并在TCMSP数据库中查询药物成分对应靶点,检索GeneGards数据库获得RSA相关靶点。运用R软件取药物与疾病靶点的交集制成韦恩图,再利用Cytoscape 3.7.2软件将药物-活性成分-靶点-疾病网络可视化,通过STRING数据库获得靶标蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。最后运用R软件对靶点基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:共得出主要活性成分21个,寿胎丸与RSA相关靶点共108个,通过GO分析得出133个功能条目,通过KEGG分析得出147条信号通路,涉及细胞因子受体结合、受体配体活动、泛素样蛋白连接酶结合等功能及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路。分子对接验证显示,寿胎丸的主要活性成分与RSA核心靶点具有较强的结合活性,为二者的相互作用提供了基础。结论:该研究利用网络药理学方法初步揭示了寿胎丸通过多成分、多靶点、多通路治疗RSA的作用机制,预测了寿胎丸可能通过TGF-β、PI3K/AKT、MAPK、JAK-STAT等通路保护妊娠,为进一步临床及实验研究提供了良好的理论依据。 相似文献
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目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。 相似文献
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目的:采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT... 相似文献
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目的 基于网络药理学与分子对接技术研究蒙药三味檀香汤治疗缺血性心脏病的作用机制,并分析关键活性成分在缺血性心脏关键靶点中的分子调控机制。方法 通过TCMSP数据库获取三味檀香汤的活性成分及其作用靶点,与Gene Cards等数据库获取的疾病靶点取交集,筛选出三味檀香汤对缺血性心脏病的治疗作用靶点,利用Cytoscape软件对“三味檀香汤-缺血性心脏病”的“活性成分-作用靶点”网络进行可视化处理;再利用String数据库构建蛋白互作网络,并筛选出关键靶点,然后在关键活性成分和关键靶点间进行分子对接验证;同时通过DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG通路富集分析。最后探讨“关键活性成分-关键靶点-信号通路”间的关系。结果 ①得到活性成分20个,治疗靶点175个;②槲皮素、木犀草素、柚皮素、山柰酚、异鼠李素为三味檀香汤的关键活性成分;③MAPK3、MAPK1、JUN、RELA、AKT1为蛋白互作网络中的关键靶点;④关键活性成分和关键靶点间具有良好的结合活性;⑤DAVID富集分析主要涵盖细胞对活性氧的反应、细胞对氧化应激的反应、老化等生物学过程,涉及B细胞受体、AGE-RAGE及Toll样受体等信号通路。⑥三味檀香汤通过多个靶点、多种信号通路治疗缺血性心脏病。结论 本文研究采用网络药理学分析了三味檀香汤治疗缺血性心脏病的潜在作用机制,可为进一步研究其药效物质基础及作用靶点提供参考。 相似文献