中国地鼠线粒体基因组的序列分析与分子进化

目的获得中国地鼠线粒体基因组序列,为线粒体疾病模型提供分子数据。 方法参照近缘物种的线粒体基因组序列,设计27对特异引物,采用TD-PCR及测序技术获得了中国地鼠的线粒体全基因组序列,分析了其基因组特点和各基因的定位。还结合GenBank中已发表的其他5种啮齿类动物的线粒体基因组序列,探讨啮齿类动物不同科间的系统进化关系。 结果中国地鼠线粒体基因组全长为16 283 bp,碱基组成为33.53 % A、30.50% T、12.98 %G、22.80% C,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区。中国地鼠和金黄地鼠亲缘关系最近。结论中国地鼠线粒体基因组各基因长度、位置与典型的啮齿类动物相似,其编码蛋白质区域和rRNA基因与其他啮齿类动物具有很高的同源性,显示线粒体基因组在进化上十分保守。5种动物的分子系统进化树与传统分类地位一致。     

中国地鼠基因组微卫星富集文库的构建与分析

目的筛选中国地鼠微卫星位点,为中国地鼠种质资源的分类、进化等遗传研究奠定基础。方法中国地鼠基因组DNA经超声打碎,用2%琼脂糖凝胶电泳回收500～1000 bp的DNA片段,与SNX连接头连接,连接产物与生物素标记的14种微卫星探针变性及退火,再通过链亲和素偶联磁珠亲和捕捉,经吸附、洗涤及洗脱,然后以洗脱产物为模板,通过PCR扩增,与pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌DH10B,构建中国地鼠微卫星DNA富集文库。结果测序结果发现,微卫星DNA序列的阳性克隆占70.3%。结论中国地鼠微卫星文库的建立和微卫星的筛选将为下一步进行中国地鼠遗传连锁图谱的构建、分子进化和系统发育研究提供大量的微卫星标记。     

影响中国地鼠主要繁殖性状的非遗传因素研究

目的探讨影响中国地鼠的主要繁殖性状的非遗传因素。方法对2001-2010年的中国地鼠山医群体生产繁育数据库中的数据采用方差分析方法,利用SAS软件进行处理。结果出生年份和胎次对产仔数的影响有统计学意义(P<0.01),而其他固定效应对产仔数的影响均无统计学意义;胎次对离乳数的影响有统计学意义(P<0.01),而其他固定效应对离乳数的影响均无统计学意义。结论出生年份和胎次对中国地鼠的主要繁殖性状影响较为明显,为改善中国地鼠山医群体繁殖状况提供一定的依据。     

应用微卫星标记分析中华白海豚遗传多样性

[目的]初步了解中华白海豚的遗传多样性.[方法]利用4个微卫星标记检测中华白海豚的多态信息含量、杂合度和等位基因数.[结果]微卫星座位PMC2、PMC4在珠海海域的中华白海豚中呈中度多态,PMC2、PMC3在厦门海域的中华白海豚中呈中度多态,在两个海域中均检测出多态性的座位有PMC2和PMC4.[结论]微卫星座位PMC2、PMC4可用于中华白海豚遗传多样性水平的评估.中华白海豚在本研究采用的4个座位中显示的遗传多样性程度不高.     

粉尘螨多态性微卫星标记的开发与评价

目的:开发粉尘螨基因组微卫星标记,为粉尘螨种群遗传多态性和遗传分化提供有效的分子标记。方法:基于Illumina HiSeq^TM平台进行粉尘螨全基因组测序,用MISA识别微卫星序列,Primer5设计引物,并进行PCR扩增。选择易扩增、稳定性高的引物,应用毛细管电泳法对3个种群共15个个体进行遗传多样性分析,以评价所开发微卫星标记的效果。结果:在粉尘螨基因组中筛选到266个候选微卫星标记,通过毛细管电泳再筛选得到12对微卫星标记。用12对引物对3个种群共15个个体进行遗传多样性分析。结果表明,12个标记共有66个等位基因,每个标记等位基因数为3～9,观测杂合度和期望杂合度分别为0.133～0.800和0.291～0.793。各标记的香农指数I为0.563～1.807。各标记的多态性信息含量PIC为0.271～0.765,8个位点为高度多态性标记,其余为中度多态性标记。结论:本研究开发出的微卫星标记准确可靠,多态性高,可应用于粉尘螨的遗传多样性分析。     

基于微卫星DNA标记的恒河猴遗传多样性研究

目的分析评估恒河猴遗传多样性水平,为建立标准化的恒河猴监测方法提供基础资料。方法利用19个微卫星DNA标记对恒河猴遗传多样性进行分析,经基因组DNA提取、PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等,用POPGENE1．32软件及Excel进行统计分析。结果19个微卫星座位均呈现出了高度多态性,共检测到了等位基因164个,各座位的观察等位基因数在6—11个之间,平均为8．6316个;各基因座位的有效等位基因数在3．5727—8．9416个之间,平均为6．0709个;各微卫星座位的观察杂合度在0．2560—0．6364之间,群体平均值为0．4309;期望杂合度在0．7230～0．9010之间,群体平均值为0．8270;多态信息含量在0．6771—0．8874之间,群体平均值为0．7979;香隆信息指数在1．4249～2．2662之间,群体平均值为1．8901;本研究检测的19个微卫星座位均偏离Hardy—Weinberg平衡（P〈0．01）。结论所研究的恒河猴群体遗传多态性比较丰富,本实验为今后建立恒河猴质量监测方法提供理论依据。     

中国地鼠线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及分子系统发育研究?

目的 实验通过克隆分析中国地鼠16S基因的部分序列,对中国地鼠16S基因的结构和功能进行初步探索和揭示。方法 从GeneBank中已报到的啮齿动物16S基因保守区设计一对引物,进行PCR扩增,测序。用Blastn与Genbank中7种啮齿类动物的16S基因进行序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法(NJ)、非加权组平均法(UPGMA)构建分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和其它啮齿类动物的进化关系,对中国地鼠的种属地位进行了进一步验证。结果 获得了中国地鼠线粒体16S基因的部分序列;进化树表明,中国地鼠、金黄地鼠与欧洲仓鼠先聚为一支,小鼠与大鼠先聚为一支,东方田鼠、台湾田鼠与东欧田鼠先聚为一支。结论 中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与传统的分类地位基本吻合。     

小型猪微卫星标记多重PCR体系的建立与应用

目的 建立实验用小型猪微卫星标记的多重PCR体系和进行实验猪群的遗传监测. 方法利用3种不同荧光标记的微卫星引物结合ABI3700 遗传分析仪测序的方法,通过筛选和优化反应条件,建立可用于实验用小型猪遗传质量控制的稳定的多重PCR反应体系.在此基础上进一步检测实验用小型猪近交群体的遗传变异以验证建立体系的效率.结果 筛选出了2组理想的组合:组合1包括SW742、S0228和S0218座位,复性温度58℃和56℃;组合2包括S0155、SW902和S0227三个座位,复性温度为60℃和58℃.组合内不同座位标记不同的荧光染料.还以此检测了实验用小型猪群体中的遗传变异.结论 初步建立了中国三种实验用小型猪微卫星标记检测的多重PCR体系, 为快速、大通量、准确的小型猪遗传监测提供了初步的技术基础.     

东方田鼠指名亚种的线粒体基因组序列分析及系统进化研究

目的 获得东方田鼠指名亚种的线粒体基因组序列,为东方田鼠的遗传结构和系统进化研究提供分子数据.方法 照近缘的台湾田鼠的线粒体基因组序列(Microtus kikuchii,NC_003041.1)设计9对引物,利用传统和长距离PCR结合引物步移的策略,首次完成了东方田鼠指名亚种的线粒体基因组测序(Genbank:JF261174),并对该物种的线粒体基因组序列进行了分析,并利用线粒体基因组上的细胞色素b(Cytb)基因序列构建系统进化树,探讨中国东方田鼠的系统进化关系.结果 东方田鼠指名亚种的线粒体基因组全长16 312 bp,含有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和一个非编码控制区.同时,在其控制区,分别发现了终止序列区(EATS1、EATS2)、中央保守区1(CSB1)的相关保守序列和一个保守的Poly(C)10区段.在比较了东方田鼠指名亚种和长江亚种以及近缘物种的线粒体轻链复制起点(OL)序列的二级结果,发现茎环结构在茎和邻近序列处表现出高度保守性,而在环上的序列却存在着一定差异.通过Cyt b基因构建的系统进化树表明中国的东方田鼠与分布于俄罗斯的Microtus middendoffi田鼠,表现出最亲缘的系统进化关系.结论 中国东方田鼠指名亚种线粒体基因组各编码基因的长度、位置符合典型的脊椎动物特征,本研究的结果将为中国东方田鼠的系统进化、亚种分类研究提供重要的数据参考.     

中国地鼠线粒体Cyt b基因测序及其分子进化

目的 测定中国地鼠线粒体DNA细胞色素b基因部分序列,分析其分子系统进化关系.方法 提取中国地鼠肝脏的总基因组DNA.设计合成特异引物进行PCR扩增,经检测进行测序.用Blast与GenBank中啮齿类其他常用实验动物的物种细胞色素b基因进行同源序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法、最大简约法、最小进化法构建了分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和常用啮齿类实验动物的进化关系.结果 获得了中国地鼠线粒体Cyt b基因的部分序列,共 936 bp.结论 中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与小鼠、大鼠存在的差异相对大,与豚鼠的亲缘关系最远 ,与传统的分类地位基本吻合.     

融水小型猪线粒体DNA结构和系统进化的分析

目的研究融水小型猪的线粒体DNA结构和系统进化关系。方法选取了全基因组鸟枪法的测序策略对融水小型猪的外周血液样本进行测序,使用Illumina基因组分析测序技术构建paired-end文库进行末端测序,最后进行拼接及分析。结果融水小型猪的完整线粒体序列呈环形,总长为16888 bp,由13个编码蛋白基因、22个转运RNA和两个核糖体RNA构成。线粒体DNA的GC含量约为44%。系统进化分析、遗传多样性分析和中性检验证明了,在融水小型猪、兰屿猪、海南野猪和滇南7号这一类群中,发生了种群扩张。结论融水小型猪是中国传统猪种中比兰屿猪更为古老的小型猪。     

应用荧光标记基因分型对中国汉族人群进行遗传多态性研究

目的 :为了确定我国汉族人群遗传多态性片段大小范围与法国人群的差异 ,更好的进行基因组扫描和个体识别等方面研究。方法 :4 0 0个微卫星位点分别在 32个反应管中进行扩增。在 5 μl反应体系中加 6～ 17对PCR引物 ,多个微卫星位点同时扩增 ,产物在ABI377XLDNA测序仪上进行电泳。结果 :4 0 0个微卫星位点共有 30 6个有满意的结果 ,其中 12 4个微卫星位点与法国CEPH家系存在片段范围的差异。结论 :遗传多态性片段大小范围在种族间存在较大差异 ;在对中国汉族人群进行基因分型时 ,应在Genethon提供的范围基础上向两侧各扩大 10bp。     

从12S rRNA基因序列差异分析黑斑蛤蚧和红斑蛤蚧的进化关系

目的 获得黑斑蛤蚧和红斑蛤蚧两个类群6个线粒体12SrRNA基因片段序列,分析黑斑蛤蚧和红斑蛤蚧的进化关系,进而探讨蛤蚧种群的遗传变异,为蛤蚧的分类鉴定提供一定的科学依据。方法 测定蛤蚧Gekko gecko两个类群6个个体线粒体的12S rRNA基因片断序列。结合多疵壁虎G．jamnicus、无蹊壁虎G．swinhonis、铅山壁虎G．hokouensis同源DNA序列进行比较,进行分子系统学分析。结果 红斑蛤蚧阃变异范围为1．18％～1．91％;黑斑蛤蚧闻为2．36％～3．64％;红斑蛤蚧与黑斑蛤蚧之间为4．81％～6．73％;外群壁虎与蛤蚧内群问变异为30．44％～35．69％。结论 红斑蛤蚧与黑斑蛤蚧的差异是否达到了亚种级分化的水平,还有待进一步研宄。     

应用微卫星多态标记物BAT-26和BAT-40对喉癌微小卫星不稳定性的检测

目的：探讨微卫星不稳定性（MIN）在喉癌发生发展中的作用。方法：采用PCR-变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）等分子生物学方法用微卫星多态标记物BAT-26和BAT-40检测50例喉鳞癌组织的MIN。 结果：26% 的喉癌发生MIN。MIN与淋巴结转移密切相关（P<0.05）。 结论：MIN作为遗传不稳定因素可能在喉癌转移过程中起正性调控作用。     

中国六群体MSY2小卫星位点的遗传学研究

目的研究中国回族、四川省汉族、福建省汉族、锡伯族、蒙古族、赫哲族群体MSY2小卫星位点的遗传多态性。方法采用聚合酶链式反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳检测方法,对上述六群体334份男性血样本的遗传多态性进行分析。结果MSY2位点有三拷贝和四拷贝两种等位基因型。其中各群体中的大多数成员呈现四拷贝等位基因型,而三拷贝等位基因型频率较低且在各个群体中频率分布是呈现多样。结论根据MSY2位点等位基因频率的分布可评估出六个群体之间的遗传距离,对研究六群体之间的遗传关系和遗传结构具有重要意义。     

微卫星标记在布氏田鼠封闭群遗传结构研究中的应用

目的：使用微卫星标记分析连续三代布氏田鼠封闭群遗传结构的稳定性。方法使用高盐沉淀法从鼠尾中提取布氏田鼠基因组DNA,将筛选出7对微卫星引物并用荧光标记（ Fam）,然后对布氏田鼠封闭群连续三代的基因组DNA进行PCR扩增,测序仪检测PCR产物,整理原始数据并对布氏田鼠基因组DNA进行微卫星分析。结果由平均有效杂合度和多态信息含量的分析得出该布氏田鼠种群传代过程中保持着较高而且稳定的杂合度。结论该实验结果说明本实验室布氏田鼠封闭群的遗传结构比较稳定。     

长江流域南方鲇（Silurus meridionalis）和鲇（Silurus asotus）分子遗传标记的建立

目的 为南方鲇和鲇的分类提供分子鉴定的依据。方法 随机扩增多态性DNA技术（RAPD）。结果 建立了南方鲇和鲇的分子遗传标记,即S449－1．0kb。结论 南方鲇和鲇的分子遗传标记可在遗传育种中用于物种的有效鉴定,应用随机扩增多态性DNA技术可以发现并建立两个种之间鉴别的分子遗传标记。