人直肠腺癌消减杂交差异片段的生物信息学分析

目的探测人直肠腺癌发生和发展过程中差异表达的基因片段,了解人直肠腺癌的分子生物学机制。方法应用抑制性消减杂交技术,获得人直肠腺癌差异表达的基因,用生物信息学cDNA文库筛选的方法,对人直肠腺癌cDNA消减文库中的差异基因片段的序列作预测和分析。结果用抑制性消减杂交技术随机挑取获得的阳性克隆,提取质粒,双酶切分析,进行序列测定,得到与直肠腺癌发病相关的差异基因片段-9cDNA(Genbank登录号为BM360862),用cDNA文库筛选得到一个全长cDNA序列。基因表达系列分析(SAGE)显示除了直肠腺癌外、9cDNA还分布于前列腺腺癌、脑干成神经管细胞瘤、胰腺腺癌、胚胎正常血管内皮细胞、脑室管细胞瘤。结论直肠腺癌的发病是多环节和多步骤的过程,9cDNA与直肠腺癌发病相关,对9cDNA基因差异片段进一步研究,将为了解直肠腺癌发病的特异相关基因奠定基础。     

应用抑制消减杂交技术构建哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库

目的：构建哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法：采用新近建立的抑制消减杂交方法，哮喘治疗前后的嗜酸细胞为试验和对比材料，分离哮喘病人嗜酸细胞中差异表达基因的cDNA片段，将其与T载体进行T／A连接构建文库，将连接产物用氯化钙转化法转化大肠杆菌进行文库扩增和蓝白斑筛选。随机挑取100个白色克隆用茵落PCR进行鉴定。结果：扩增消减cDNA文库获得300余个白色阳性克隆，随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增，90％的克隆中均有200～600bp的插入片段，这些片段可能是哮喘嗜酸细胞差异表达基因的cDNA片段。结论：用SSH法及T／A克隆技术成功构建了哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库，该消减cDNA文库的建立为进一步筛选、克隆哮喘病人嗜酸细胞差异表达的新基因奠定了基础。     

筛选心肌缺血再灌注大鼠差异表达基因

目的：利用抑制性消减杂交技术，筛选出大鼠心肌缺血再灌注的差异表达基因，以期通过基因线索探讨其损伤机制。方法：实验于2006—03／10在中山大学中山医学院完成。①实验分组：Sprague-Dawley雄性大鼠40只，随机分为手术组，对照组，每组20只。②实验干预：手术组结扎左冠状动脉，心电图出现急性心肌梗死改变90min后，去除结扎线，再灌注60min，建立心肌缺血再灌注大鼠模型。对照组仅穿线不结扎，余同手术组。③取缺血区心肌，提取Total RNA，构建cDNA文库，利用抑制性消减杂交技术筛选差异表达基因，测序，登录Genbank寻找同源性基因。结果：共获得124个阳性结果，56个为高表达基因，68个为低表达基因，其中发现5个新的cDNA片段。其中能量代谢、物质运输、信号转导相关差异表达基因分别占所有差异表达基因的39．25％，15．89％，15．89％，并且主要变化为下调。结论：抑制性消减杂交技术是一种高效的筛选差异基因的方法。心肌缺血再灌注后基因变化涉及多种功能的基因，以能量代谢、物质运输、信号转导相关基因下调明显。     

狼疮性肾炎肾阳虚证cDNA消减文库的构建

目的：采用抑制性消减杂交技术构建汉族人狼疮性肾炎肾阳虚证cDNA消减文库。方法：选择2005—08／10南方医科大学南方医院中医科收治的狼疮性肾炎肾阳虚证患者5例，另选择与上述年龄相匹配的健康正常人5名作为正常对照组。狼疮性肾炎肾阳虚证患者组和正常对照组进行正向和反向消减杂交。采用Trizol一步法提取总RNA，用SMART（Switch Mechanism At 5 end of RNA Template）技术逆转录并扩增总cDNA，用RsaI酶切基因组cDNA成大小不等的片断，分别与两种不同的接头连接，进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应，将聚合酶链反应产物与U载体连接，经蓝白斑筛选后，再用聚合酶链反应方法插入片段筛选出阳性重组质粒，构建狼疮性肾炎肾阳虚证消减文库。结果：TRIzol一步法抽提的总RNA纯度高（A260nm/A280nm。〉1．90），用SMART技术扩增微量RNA，扩增产物双链cDNA主要分布在0．5～10kb，基因组cDNA经RsaI内切酶酶切后片段主要集中在200～2000bp。用抑制性消减杂交方法筛选出了狼疮性肾炎肾阳虚证的差异cDNA片段，得到了480个白色克隆，再经聚合酶链反应方法快速筛选出阳性重组质粒，从而成功地构建了狼疮性肾炎肾阳虚证的cDNA消减文库。结论：抑制性消减杂交技术能够快速有效地分离差异cDNA片段以构建狼疮性肾炎肾阳虚证cDNA消减文库，为进一步筛选和克隆狼疮性肾炎肾阳虚证相关基因奠定了基础。     

狼疮性肾炎肾阳虚证cDNA消减文库的构建

目的:采用抑制性消减杂交技术构建汉族人狼疮性肾炎肾阳虚证cDNA消减文库。方法:选择2005-08/10南方医科大学南方医院中医科收治的狼疮性肾炎肾阳虚证患者5例,另选择与上述年龄相匹配的健康正常人5名作为正常对照组。狼疮性肾炎肾阳虚证患者组和正常对照组进行正向和反向消减杂交。采用Trizol一步法提取总RNA,用SMART(Switch Mechanism At 5 end of RNATemplate)技术逆转录并扩增总cDNA,用RsaI酶切基因组cDNA成大小不等的片断,分别与两种不同的接头连接,进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应,将聚合酶链反应产物与U载体连接,经蓝白斑筛选后,再用聚合酶链反应方法插入片段筛选出阳性重组质粒,构建狼疮性肾炎肾阳虚证消减文库。结果:TRIzol一步法抽提的总RNA纯度高(A260/A280nmnm>1.90),用SMART技术扩增微量RNA,扩增产物双链cDNA主要分布在0.5～10kb,基因组cDNA经RsaI内切酶酶切后片段主要集中在200～2000bp。用抑制性消减杂交方法筛选出了狼疮性肾炎肾阳虚证的差异cDNA片段,得到了480个白色克隆,再经聚合酶链反应方法快速筛选出阳性重组质粒,从而成功地构建了狼疮性肾炎肾阳虚证的cDNA消减文库。结论:抑制性消减杂交技术能够快速有效地分离差异cDNA片段以构建狼疮性肾炎肾阳虚证cDNA消减文库,为进一步筛选和克隆狼疮性肾炎肾阳虚证相关基因奠定了基础。     

瘢痕疙瘩抑制消减cDNA文库构建和质量分析对筛选和克隆瘢痕疙瘩相关基因的意义

目的:构建瘢痕疙瘩抑制消减cDNA库,为进一步筛选、克隆瘢痕疙瘩特异表达的基因奠定基础.方法:实验于2003-09/2004-08在南方医科大学基因工程研究所完成.从同一标本的瘢痕疙瘩和正常皮肤组织分离poly(A) RNA,经反转录后,利用抑制消减杂交方法,通过两轮杂交和两次抑制聚合酶链反应构建了两种组织间差异表达基因的cDNA消减库.结果:挑取了84个克隆进行聚合酶链反应扩增检测是否有插入片段,结果显示71个克隆有插入片段,其中45个克隆片段大小范围为200～750 bp,符合预期的库构建要求.结论:应用消减杂交的方法,在去除相同遗传背景的条件下,可以建立较特异的瘢痕疙瘩cDNA消减库,该库为进一步批量筛选瘢痕疙瘩发生相关基因群和克隆瘢痕疙瘩特异表达基因奠定了基础,为创伤临床康复治疗提供理论依据.     

新生大鼠脊髓损伤后再生相关基因文库构建及EST筛选

目的：分析新生大鼠损伤后再生时运动皮层神经元基因表达变化以探讨相关的再生机制。方法：新生大鼠脊髓双侧半横断后即刻单侧胚胎脊髓移植，术后3天用抑制性消减杂交技术筛选大鼠双侧运动皮层神经元差异表达基因，构建差减cDNA文库，通过蓝白斑实验和cDNA斑点杂交验证差异表达基因真阳性克隆，测序分析。结果：发现25个全新的EST片段，在GenBank中登陆并获得注册。结论：新生大鼠皮层神经元轴突中断后的再生过程中有基因表达变化，变化的基因可能与神经元再生有关。     

胎儿间充质干细胞cDNA扣除文库的构建

为了获得胎儿和成人间充质干细胞（mesenchymal stem cells,MSC)的差异表达基因，尤其是在胎儿MSC中特异表达的基因，应用抑制扣除杂交技术构建了胎儿和成人MSC cDNA扣除库。首先，分别从胎儿和成人MSC中提取总RNA，按照SMART PCR方法依次合成单链和双链cDNA，经Rsa I酶切后，胎儿MSC cDNA分别与两种不同的接头连接，再与成人MSC cDNA经过两次扣除杂交及两轮抑制性PCR扩增后，将产物与T载体连接构建成cDNA扣除库，并转染大肠杆菌进行库扩增。结果：库扩增后共取得890个克隆，对所获得的克隆进行PCR扩增鉴定，获得768个阳性克隆，阳性率为86．3％。插入片段大小分布在0.2-1kb，平均为400－600bp。结论：抑制扣除杂交技术是一种简便、有效的筛选差异表达基因的方法。胎儿MSC cDNA扣除库的构建为进一步筛选、克隆胎儿MSC中特异性表达的功能相关基因奠定了基础。     

内皮差异表达基因消减文库的构建及在创伤修复中的应用

目的：建立人脐静脉内皮细胞内毒素刺激后差异表达基因的消减cDNA文库。方法：提取培养人脐静脉内皮细胞内毒素刺激6h后mRNAs，反转录合成cDNA，与对照组间进行抑制消减杂交富集差异表达基因，亚克隆入T／A质粒并转化感受态大肠杆菌。结果：成功构建了人脐静脉内皮细胞内毒素刺激后上调和下调差异表达基因两个消减cDNA文库，为进一步筛选新的内皮细胞活化相关基因打下基础。结论：经抑制消减杂交建立的消减cDNA文库富集并均一化了内毒素刺激后不同丰度的差异表达基因，对深入理解内皮细胞活化机制及参与组织修复的过程具有重要意义。     

构建中国汉族人亚健康状态肾阴虚证的DNA消减文库

目的：采用抑制性消减杂交技术构建汉族人亚健康状态肾阴虚证DNA消减文库。方法：实验于2004—02在南方医科大学南方医院糖尿病分子实验室完成。样本来源于南方医科大学南方医院汉族亚健康且中医辨证为肾阴虚证的患者1例及健康自愿者1名作为其对照组。用硅胶法抽提血白细胞DNA，用RsaⅠ酶切基因组DNA成大小不等的片段，分别与两种不同的接头连接，进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应，将聚合酶链反应产物与U载体连接，经蓝白斑筛选后，再用聚合酶链反应方法插入片段筛选出阳性重组质粒，构建亚健康肾阴虚证DNA消减文库。结果：用抑制性消减杂交方法筛选出了亚健康肾阴虚证的差异DNA片段，得到680个白色克隆，随机调取96个白色克隆，再经聚合酶链反应方法快速筛选出阳性重组质粒91个，从而成功地构建了亚健康肾阴虚证的DNA消减文库。结论：抑制性消减杂交技术能够快速有效地分离差异DNA片段以构建亚健康肾阴虚证DNA消减文库，为进一步筛选和克隆亚健康肾阴虚证相关基因奠定了基础。     

儿童急性淋巴细胞白血病差异表达基因文库的构建和筛选

目的克隆和分离儿童急性淋巴细胞白血病（ ALL）差异表达基因，探讨小儿白血病的发病机制。方法 Ficoll密度梯度离心法分离单个核细胞，抽取mRNA，逆转录成cDNA；经RsaⅠ酶切，实验组cD-NA被分成两组，分别与两种不同的接头连接后，与对照组cDNA进行两次消减杂交和两次抑制性聚合酶链反应（ PCR），提取、纯化PCR产物，与PT-Adv载体连接构建cDNA消减文库，利用PCR扩增、测序和同源性分析差异表达的序列。结果选取文库中60个克隆进行菌落PCR分析，可以检出大小为200～600 bp的插入片段。从中随机挑选20个克隆进行测序、生物信息学分析，其中18个克隆与已知基因有高度序列同源性，符合率为98％～100％，共编码17种基因。这些基因大多涉及基因表达调控、DNA损伤修复、细胞周期、物质代谢等，均与细胞增殖、分化有关。此外发现2个新基因。结论本实验表明我们已成功构建小儿ALL相关消减cDNA文库，为小儿ALL发病机制的研究奠定了基础。     

应用抑制性消减杂交技术克隆和筛选白血病多药耐药相关基因

目的 克隆和筛选白血病多药耐药（MDR）相关基因。方法 以MDR白血病细胞株K562/DOX为检测样本。以K562细胞株为驱赶样本（对照）。应用抑制性消减杂交（SSH）技术分离和克隆K562/DOX细胞中过高表达的基因。构建cDNA消减库；通过反向Northern斑点杂交法进一步筛选消减库，对阳性克隆进行序列测定和同源性分析；并采用RT-PCR和Northern blot方法对某些阳性克隆进行进一步的验证。结果 发现了11个在K562/DOX细胞中高表达的基因。包括S3核糖体蛋白（S3ribosomal protein,S3rp)基因，尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位2（NADHdehydrogenase subunit2,ND2）基因，My023基因等，其中多数基因与肿瘤MDR的关系尚未见报道。结论 筛选到几个可能与白血病MDR形成有关的基因。提示了白血病MDR发生的新机制。     

抑制性消减杂交法筛选植入人发角蛋白与单纯脊髓损伤大鼠基因表达的差异

目的：采用抑制性消减杂交筛选植入人发角蛋白大鼠损伤脊髓基因性差异表达。 方法：实验于2004-11在汕头大学中心实验室进行。分别从植入人发角蛋白损伤组与单一损伤对照组4^thw组织中提取mRNA，反转录成双链cDNA，经RsaⅠ酶切、接头连接、两次消减杂交和两次抑制性聚合酶链扩增，而后将消减cDNA产物进行T／A克隆和测序分析。 结果：所获植入人发角蛋白脊髓损伤组织差异表达基因的消减cDNA产物散布在280～800bp范围。经蓝白筛选和酶切鉴定，共得到232个阳性克隆。对其中20个做测序分析获得了氨基酸转运蛋白系统A2（Ata2）、细胞色素氧化酶Ⅲ（coxⅢ）、抗过氧化物蛋白5（Prd5）、Tap1蛋白和半胱氨酸蛋白酶抑制剂（Cst3）等5个表达蛋白。 结论：prd5、Ata2和COXⅢ分别通过参与脊髓损伤后抗氧化损伤过程。起到抑制自由基、兴奋性氨基酸的产生，减轻Ca离子紊乱的程度。降低了继发性损害对脊髓组织的二次损伤程度；而Tap1蛋白和Cst3则参与人发角蛋白的降解过程。     

多重耐药肺炎链球菌差异DNA消减文库的构建及初步筛选

目的比较肺炎链球菌多重耐药株与敏感株标准参考菌之间的差异基因。方法使用抑制性消减杂交技术构建多重耐药肺炎链球菌差异DNA消减文库,经斑点杂交筛选阳性克隆后对部分DNA片段进行测序和同源分析。结果成功的构建了肺炎链球菌多重耐药株差异DNA消减文库,经斑点杂交的初步筛选,有17个仅能与多重耐药株DNA探针杂交,而不能与敏感株DNA探针杂交。对这17个克隆片段测序及基因库检索分析,发现2个未知新序列。结论从全基因角度研究肺炎链球菌多耐药菌株与标准菌株基因组DNA分子遗传差异,为发现、克隆肺炎链球菌多重耐药相关基因提供依据。     

抑制性消减杂交技术及其应用研究进展

抑制性消减杂交是结合抑制性PCR和消减杂交技术发展起来的一种高效分离差异表达基因的方法，具有特异性高、假阳性率低、操作简便、灵敏度高等特点。在正常和异常状态下基因的表达变化、差异基因的克隆和鉴定对新基因的认识和基因表达调控有着重要意义。SSH在心血管疾病、肿瘤等方面的研究中取得了重要进展。     

胎兔皮肤创伤消减文库构建与瘢痕愈合基因的初步筛选

目的：许多哺乳动物的胎儿在妊娠期前2/3内皮肤创伤为无瘢痕愈合，其发生机制至今尚不完全清楚。应用抑制性消减杂交获得差异表达的片段并构建消减文库，为差异基因的筛选及可能出现的未知基因的功能研究提供前期铺垫。方法：选择孕20d的胎兔及孕兔分别在腰部做全层皮肤切口，12h后取材作为胎兔创伤（fetal trauma，FT）、胎兔对照（fetal control，FC）和成兔创伤（adult trauma，AT）。提取总RNA，合成dscDNA，经Rsa I酶切、Adaptor连接，两次杂交及两次抑制性PCR可获得差异性表达的片段。将扩增产物插入T载体并转染工程菌，培养后挑选阳性克隆。结果：经逐步验证获得61个较为可靠的阳性克隆。结论：设计并应用改良的SSH(2Drivers）替代传统的SSH，经实验证实在理论及实际操作上均可行且合理。消减文库的构建对无瘢痕愈合相关基因及其功能的后续研究提供了可靠的材料。     

构建中国汉族人亚健康状态肾阴虚证的DNA消减文库

目的:采用抑制性消减杂交技术构建汉族人亚健康状态肾阴虚证DNA消减文库。方法:实验于2004-02在南方医科大学南方医院糖尿病分子实验室完成。样本来源于南方医科大学南方医院汉族亚健康且中医辨证为肾阴虚证的患者1例及健康自愿者1名作为其对照组。用硅胶法抽提血白细胞DNA,用RsaI酶切基因组DNA成大小不等的片段,分别与两种不同的接头连接,进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应,将聚合酶链反应产物与U载体连接,经蓝白斑筛选后,再用聚合酶链反应方法插入片段筛选出阳性重组质粒,构建亚健康肾阴虚证DNA消减文库。结果:用抑制性消减杂交方法筛选出了亚健康肾阴虚证的差异DNA片段,得到680个白色克隆,随机调取96个白色克隆,再经聚合酶链反应方法快速筛选出阳性重组质粒91个,从而成功地构建了亚健康肾阴虚证的DNA消减文库。结论:抑制性消减杂交技术能够快速有效地分离差异DNA片段以构建亚健康肾阴虚证DNA消减文库,为进一步筛选和克隆亚健康肾阴虚证相关基因奠定了基础。     

Lin-CD34-与Lin-CD34+细胞差异表达基因的鉴定

目的 克隆并鉴定Lin^-CD34^-细胞区别于Lin^-CD34^ 细胞的可能与其性状相关的基因。方法 以uLin^-CD34^-细胞作为检测对象，Lin^-CD34 细胞作为驱动细胞，应用抑制消减杂交技术构建Lin^-CD34^-细胞的cDNA消减库。选取部分克隆测序，测序结果与GenBank进行同源性比较和功能分析。结果 共获得593个含有插入片段的克隆，片段的长度为300～500bp。随机选取53条EST进行测序，其中37条EST代表了10个已知基因，其余16条EST。代表了4个未知序列。结论 利用抑制消减杂交技术鉴定出部分Lin^-CD34^-细胞特异表达的基因，可能与Lin^-CD34^-细胞的特性相关。     

抑制性消减杂交法筛选植入人发角蛋白与单纯脊髓损伤大鼠基因表达的差异

目的:采用抑制性消减杂交筛选植入人发角蛋白大鼠损伤脊髓基因性差异表达。方法:实验于2004-11在汕头大学中心实验室进行。分别从植入人发角蛋白损伤组与单一损伤对照组4thw组织中提取mRNA,反转录成双链cDNA,经RsaI酶切、接头连接、两次消减杂交和两次抑制性聚合酶链扩增,而后将消减cDNA产物进行T/A克隆和测序分析。结果:所获植入人发角蛋白脊髓损伤组织差异表达基因的消减cDNA产物散布在280～800bp范围。经蓝白筛选和酶切鉴定,共得到232个阳性克隆。对其中20个做测序分析获得了氨基酸转运蛋白系统A2(Ata2)、细胞色素氧化酶Ⅲ(COXⅢ)、抗过氧化物蛋白5(Prd5)、Tap1蛋白和半胱氨酸蛋白酶抑制剂(Cst3)等5个表达蛋白。结论:prd5、Ata2和COXⅢ分别通过参与脊髓损伤后抗氧化损伤过程,起到抑制自由基、兴奋性氨基酸的产生,减轻Ca离子紊乱的程度,降低了继发性损害对脊髓组织的二次损伤程度;而Tap1蛋白和Cst3则参与人发角蛋白的降解过程。     

抑制性消减杂交技术及其应用研究进展

抑制性消减杂交是结合抑制性PCR和消减杂交技术发展起来的一种高效分离差异表达基因的方法 ,具有特异性高、假阳性率低、操作简便、灵敏度高等特点。在正常和异常状态下基因的表达变化、差异基因的克隆和鉴定对新基因的认识和基因表达调控有着重要意义。SSH在心血管疾病、肿瘤等方面的研究中取得了重要进展