DNA印迹试验

DNA印迹是一种将电泳分离的DNA片段转移到固相支持物上用探针与靶DNA进行杂交的技术,又称Southem杂交。利用一种或多种限制内切酶酶切消化的基因组DNA,或经PCR获得扩增片段,经琼脂糖凝胶电泳,所得的DNA片段按分子大小分离,DNA片段经琼脂糖凝胶、变性,并将凝胶中的单链DNA片段转移到固相支持物上(多为硝酸纤维素膜,NC或尼龙膜),     

应用Southern印迹杂交法检测转移基因在宿主细胞中的整合

目的 应用Southern印迹杂交法（Southern blot)证实转移基因整合至宿主细胞基因组DNA。方法 酚氯偏法提取基因转导的PA317/AIM及K562/AIM细胞基因组DNA，以聚合酶链反应（PCR）扩增转移基因片段，随机引物法标记^32P-DNA探针，与经BamHI酶切、琼脂糖凝胶电泳、转移至尼龙膜的基因组DNA进行Southern杂交反应，检测转移基因的整合。结果 PCR反应和Southern blot分析证实转移基因存在于受体细胞基因组DNA中。结论 Southern印迹杂交法证实转移基因稳定整便至逆转录病毒生产细胞PA317/AIM及靶细胞K562/AIM中。     

DNA芯片技术筛选K562肿瘤细胞特异性基因

目的 应用DNA芯片技术筛选人白血病K562细胞中的肿瘤特异性基因。方法 提取正常人白细胞和K562细胞基因组DNA，并用限制性内切酶Sau3AI酶切。其中K562细胞基因组酶切产物经DNA聚合酶Ⅰ补平加A后克隆到T-载体，挑选阳性克隆，用PCR扩增．以纯化的PCR产物做探针，制备K562细胞基因组DNA芯片。正常人白细胞基因组酶切产物加上人工通用接头，用限制性标记技术标记上荧光标记物Cy3，与制备的K562细胞基因组DNA芯片杂交。结果 芯片杂交结果经扫描分析，发现42个K562细胞肿瘤特异性基因，进一步用序列分析证实．其中有1个为BCR(breakpoint cluster gene)基因。结论 我们自制的K562细胞基因组DNA芯片可以成功地用于筛选肿瘤特异性基因．为更好地从基因组水平研究肿瘤发生的分子机制提供了新的技术途径。     

牛雄性DNA特异的限制性片段研究

牛基因组DNA经PstI酶解后,以与性别有关的雌性蛇的小卫星DNA组份一BKm序列(p184)为探针进行分子杂交,回收4.4kb牛雄性DNA片段,以pUC_(19)为载体亚克隆,重组质粒经菌落原位杂交和Southern blot分子杂交鉴定。将此雄性DNA片段检测牛基因组DNA,观察到由于性别的不同而出现不一样的杂交模式。实验结果表明,用来自牛雄性DNA特异的限制性片段的重组质粒作探针,Southern blot分子杂交方法可以鉴定牛的性别。     

核酸序列水平定位DNA损伤的实验研究

目的 研究在核酸序列水平定位DNA损伤的方法.方法 培养TK6细胞,抽提基因组DNA,制备k-ras基因外显子2的单链探针.酶切基因组DNA构建损伤模型,应用依赖随机化末端连接物PCR(RDPCR)进行Southern blot,对产物进行测序.结果 酶切DNA的RDPCR产物在相应位置出现杂交条带,测序证实损伤位于HinfⅠ在k-ras外显子2的酶切位点.结论 将RDPCR和测序技术结合在一起,可在核酸水平上准确定位DNA损伤的碱基位置.     

广西巴马小型猪和贵州小型香猪的DNA指纹分析

目的　应用DNA指纹分析的方法研究广西巴马小型猪和贵州小型猪的遗传背景。方法　采用ECL核酸直接标记和检测系统 ,以HRP标记JL 0 2多位点小卫星探针 ,对广西巴马小型猪和贵州小型猪基因组DNA的HinfⅠ或HaeⅢ酶切DNA片段进行Southern杂交 ,以化学发光法进行检测 ,获得了清晰可辨的、具有高度多态性的DNA指纹图。结果　广西巴马小型猪大于 2kb的HinfⅠ和HaeⅢ酶切DNA指纹图带数为 11 7和 2 4 5 ;贵州小型猪大于 2kb的HinfⅠ和HaeⅢ酶切DNA指纹图带数则为 15 8和 17 6。另外 ,广西巴马小型猪HinfⅠ和HaeⅢ酶切产生的不同个体DNA指纹的相似系数分别为 0 5 4± 0 0 7和 0 5 5± 0 0 8;而贵州小型猪则分别为 0 5 3± 0 0 4和 0 5 3± 0 0 7。结论　该探针适用于这两种猪的DNA指纹分析 ,不同酶切产生的DNA指纹图带数不同 ,但不同个体间相似系数的分析结果一致。同时说明这两种猪具有相当程度的种质均质性 ,符合封闭群动物的要求     

弓形虫不同分离株α-Tubulin和β-Tubulin基因PCR-RFLP分析及其探针制备

目的 不同分离株弓形虫α-Tubulin和β-Tubulin基因的PCR-RFLP分析及其杂交探针制备。方法 PCR体外扩增α-Tubulin和β-Tubulin基因片段并进行RFLP分析；采用随机引物法用地高辛(DIG-11-dUTP)标记探针并同基因组DNA进行Southern杂交分析。结果 从5株弓形虫分离株的基因组DNA中均扩增出α-Tubdin基因的818bp片段和β-Tubulin基因的959bp片段，RFLP分析弓形虫各分离株问酶切图谱未见差异。探针的特异性和敏感性较好。结论 α-Tubulin和β-Tubulin基因在弓形虫中高度保守；α-Tubulin和β-Tubulin基因杂交探针可用于Southern杂交。     

食管癌及癌旁组织中人乳头状瘤病毒DNA的存在状态

作者以人乳头状瘤病毒(HPV)16DNA为探针,采用斑点杂交及Southern分子杂交技术检测24例食管癌及其相应癌旁组织中的HPV16DNA。结果:在食管癌组织中,HPV 16DNA斑点及Southern杂交的阳性率为50％(12/24),癌旁组织为37％(9/24);经Bam H I酶切的食管癌及癌旁组织中,杂交后出现7.2kb的HPV16DNA特异性阳性区带;经Pst I酶切杂交后出现2.7kb、2.3kb、1.75kb、1.18kb四条HPV16DNA阳性区带;未经酶切者来发现阳性杂交带出现。提示人乳头状瘤病毒基因组确实存在于食管癌及癌旁组织DNA中,且多以整合状态存在。     

C-MYC癌基因与宫颈癌发生发展相关性的初步研究

应用细胞转化和核酸杂交技术研究 c-myc 癌基因与宫颈癌的关系,可见宫颈癌DNA 转染 NIH/3T3细胞,在 G_(418)-DMEM 选择性培养液中形成能持久增殖、呈重叠生长的转化灶,转化灶细胞基因组中 c-myc 癌基因有扩增现象;经斑点杂交检测正常宫颈、慢性宫颈炎和宫颈癌组织DNA 中 c-mye 癌基因,揭示宫颈癌组织中其拷贝数明显增加;宫颈腺癌 DNA 经 Hind Ⅲ单酶切进行Southern Blot 杂交出现两条阳性杂交带,而宫颈鳞癌 DNA 经 EcoRⅠ或 HindⅢ/EcoRⅠ或 EeoRⅠ酶切,均只出现一条阳性杂交带。     

随机引物法标记放射同位素DNA探针及其应用

我们报告应用随机引物和 DNA聚合酶I Klenow大片段进行放射性同位素 DNA探针标记,获得高比放射性DNA基因探针的方法。同时应用这种方法标记了MDRl基因cD-NA探针对脑胶质瘤基因组 DNA进行Southern blot杂交获得满意效果。我们认为,该方法较缺口平移标记法不仅放射比活性高,而且简便易行,是一种适合临床开展分子生物学研究的实验技术。     

固原地区结核分子流行病学的特点

目的　探讨宁夏固原地区结核分子流行病学的特点。方法　提取结核分枝杆菌基因组DNA ,经限制性内切酶PvuⅡ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后 ,用荧光标记的IS6 110DNA序列中 2 45bp探针杂交 ,以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号 ,比较各菌株指纹的IS6 110拷贝数和带型 ,分析流行菌株的特点。结果　固原地区流行结核分枝杆菌临床分离株DNA指纹图谱带型相似 ,IS6 110拷贝数较多。结论　固原地区流行的结核分枝杆菌多态性程度较低 ,在基因上具较近的亲缘关系。     

人肝细胞癌总基因组DNA与c-myc、c-N-ras基因甲基化的改变

分别用两种方法研究了人原发性肝细胞癌总基因组及特定癌基因片段的DNA甲基化情况，并进行对比研究。以3H－SAM掺入法研究总基因组DNA甲基化水平，以限制性内切酶酶切、South－ern吸印法对c－myc、c－N－ras两种癌基因状况进行分析。结果：发现人肝细胞癌区和癌旁区组织内c－myc、c－N－ras癌基因分别有不同程度的低甲基化，且有癌区总基因DNA甲基化水平明显下降。本文结果提示：两种方法检测均发现在人原发性肝癌中存在DNA低甲基化现象，联用两种方法效果优于单一检测者。     

人鼻咽癌DNA与EBV-W片段探针的核酸分子杂交研究

20例人鼻咽部组织DNA,经酶切后,与EBV-W(Bam H Ⅰ)片段探针作核酸分子杂交。Southern印迹杂交发现鼻咽低分化癌组织DNA,经Bam H Ⅰ酶切后出现6.7、5.3、3.1、2.0Kb的4条杂交带,呈现了与W片段相同顺序的阳性区带,而鼻咽良性疾患和胎儿鼻咽组织DNA均为阴性,此结果提示在人鼻咽癌组织中,确实存在EB病毒基因组。     

一管酒精法提取转基因小鼠胚胎组织基因组的实验方法及应用

目的：优化提取基因组的方法,建立高效、简便、快速提取基因组DNA的方法,用于大批量转基因小鼠鉴定。方法：用一管酒精基因组DNA抽提法抽提基因组DNA。结果：经过分光光度法检测基因组DNA浓度、纯度及电泳分析DNA质量,显示一管酒精抽提法提取的基因组与经典酚氯仿提取法提取的基因组产量、纯度及质量没有明显差别;酶切全基因组后,2种方法获得的基因组都可以被酶完全切开;两者模板都能成功应用PCR扩增来鉴定基因敲入小鼠并可应用于基因组测序及Real-time PCR检测基因敲入小鼠中外源基因并鉴定其相对拷贝数。结论：一管酒精基因组抽提法得到的DNA质量可靠,可高效、简便、快速鉴定转基因小鼠及进行基因组DNA酶切、测序、Real-time PCR等后续实验。     

化学发光加强法核酸标记检测系统用于猪DNA指纹分析的研究

目的　探讨化学发光加强法(ECL)核酸直接标记和检测系统应用于猪的DNA指纹分析的可行性。方法　采用人源α-珠蛋白3'HVR探针,应用ECL核酸直接标记和检测系统,对西双版纳小耳猪进行了Southern杂交DNA指纹分析,获得了最适实验条件。结果　取10μg基因组DNA于30μl反应体系中,加入HinfⅠ或HaeⅢ内切酶3～5U/μgDNA,酶切消化4h,消化液在50V电压条件下4℃电泳20h,采用真空转移法进行脱嘌呤、碱变性、中和及转膜,时间分别为15min、15min及20min,转膜采用20×SSC真空转移1h至hybondN+尼龙膜上,大大提高了转膜效率。以HRP标记探针进行管中杂交,以化学发光法进行检测,室温放射自显影30min,获得了清晰可辨的DNA指纹图。结论　该方法可用于猪的DNA指纹分析,其效果与同位素标记探针的效果基本一致。     

骨肉瘤基因组DNA的提取及部分酶切分析

目的比较提取骨肉瘤基因组DNA,建立基因组DNA的最佳部分酶切条件并制备其部分酶切产物。方法采用经典的基因组DNA提取法和改良玻璃棒缠绕法提取骨肉瘤基因组DNA,以限制内切酶Sau3A I部分酶切,采用玻璃珠(SilverBeads)DNA胶回收试剂盒与蔗糖梯度离心回收分离目的片段DNA。结果提取基因组DNA片段大于150 kb,37℃,Sau3A I 1∶4(u/μg)部分酶切骨肉瘤基因组DNA 30 min获得18 kb~23 kb基因片段的富集,制备目的片段DNA。结论经改良玻璃棒缠绕法提取骨肉瘤基因组DNA具有纯度、产量高,方法简单,无蛋白和RNA污染,片段足够长,可被Sau3AI部分酶切,玻璃珠(Sil-ver Beads)DNA胶回收试剂盒和蔗糖梯度离心回收分离目的片段DNA纯度高,无小的DNA片段混入,可满足构建入噬菌体载体(EMBL3)基因组文库。为构建骨肉瘤的入EMBL3载体基因组文库做好了前期工作。     

封闭群小型猪遗传结构的RFLP分析

目的 应用RFIP分析的方法研究两种封闭群小型猪广西巴马小型猪和贵州小型猪的遗传背景。方法 采用ECL核酸直接标记和检测系统，以HRP标记JL-02多位点小卫星探针，对广西巴马小型猪和贵州小型猪基因组DNA的HInfⅠ或HaeⅢ酶切DNA片段进行Southern杂交，以化学发光法进行检测，获得了清晰可辨的、具有高度多态性的DNA指纹图。结果 广西巴马小型猪〉2Kb的HInfⅠ和HaeⅢ酶切DNA指纹图带数为11．7和24．5；贵州小型猪〉2Kb的HInfⅠ和HaeⅢ酶切DNA指纹图带数则为15．8和17．6。另外，广西巴马小型猪HInfⅠ和HaeⅢ酶切产生的不同个体DNA指纹的相似系数分别为0.544-0．07和0．554-0．08；而贵州小型猪则分别为0．534-0．04和0．534-0．07。结论 该探针适用于这两种猪的砒IP分析，不同酶切产生的DNA指纹图带数不同，但不同个体间相似系数的分析结果一致。同时说明这两种猪具有相当程度的种质均质性，符合封闭群动物的要求。     

一管酒精法提取转基因小鼠胚胎组织基因组的实验方法及应用

目的:优化提取基因组的方法,建立高效、简便、快速提取基因组DNA的方法,用于大批量转基因小鼠鉴定。方法:用一管酒精基因组DNA抽提法抽提基因组DNA。结果:经过分光光度法检测基因组DNA浓度、纯度及电泳分析DNA质量,显示一管酒精抽提法提取的基因组与经典酚/氯仿提取法提取的基因组产量、纯度及质量没有明显差别;酶切全基因组后,2种方法获得的基因组都可以被酶完全切开;两者模板都能成功应用PCR扩增来鉴定基因敲入小鼠并可应用于基因组测序及Real-time PCR检测基因敲入小鼠中外源基因并鉴定其相对拷贝数。结论:一管酒精基因组抽提法得到的DNA质量可靠,可高效、简便、快速鉴定转基因小鼠及进行基因组DNA酶切、测序、Real-time PCR等后续实验。     

6.6kb基因组DNA片段鉴别两型4株卫氏並殖吸虫的结果

用3种DNA探针对两型卫氏并殖吸虫(P.W.)4个株的基因组DNA的Pst I及另4种内切酶的消化物进行了分子杂交试验。证实6.6 kb片段在用3种探针杂交后,均显示为几株2n卫氏并殖吸虫所独具。并看到2n卫氏并殖吸虫的基因组DNA还有几个长度小于6.6 kb的具有型特异性的片段。     

骨肉瘤基因组DNA的提取及部分酶切分析

目的比较提取骨肉瘤基因组DNA,建立基因组DNA的最佳部分酶切条件并制备其部分酶切产物.方法采用经典的基因组DNA提取法和改良玻璃棒缠绕法提取骨肉瘤基因组DNA,以限制内切酶Sau3A I部分酶切,采用玻璃珠(Silver Beads)DNA胶回收试剂盒与蔗糖梯度离心回收分离目的片段DNA.结果提取基因组DNA片段大于150 kb,37℃,Sau3AI 14(u/μg)部分酶切骨肉瘤基因组DNA 30 min获得18 kb ～23kb基因片段的富集,制备目的片段DNA.结论经改良玻璃棒缠绕法提取骨肉瘤基因组DNA具有纯度、产量高,方法简单,无蛋白和RNA污染,片段足够长,可被Sau3AI部分酶切,玻璃珠(Silver Beads)DNA胶回收试剂盒和蔗糖梯度离心回收分离目的片段DNA纯度高,无小的DNA片段混入,可满足构建入噬菌体载体(EMBL3)基因组文库.为构建骨肉瘤的入EMBL3载体基因组文库做好了前期工作.