暴露组与暴露组学

人类复杂疾病主要是由环境因素或者环境与遗传因素相互作用所致.自人类基因组计划开展以来,有关遗传因索与复杂疾病发病关系的研究进展非常迅速,相比之下,环境暴露与复杂疫病关系的研究却没有得到应有的重视和发展.暴露组与暴露组学的提出,为推动环境因素与人类健康之间关系的研究提供了新思路.     

组学技术在尘肺病生物标志物中的研究进展

尘肺病作为职业病之一,其确切发病机制尚未完全阐明,且无针对性治疗方案。在疾病的发展中,生物标志物作为一种可测量的生物信号,对尘肺病的早期诊断及疾病分期具有重要意义。随着组学技术的兴起,基因、转录、蛋白和代谢等学技术已筛选出与易感基因、表达调控因子、蛋白质、代谢物等相关的尘肺病候选生物标志物。本研究对组学技术在尘肺病研究中发现的生物标志物进行综述,为尘肺病早期预警和精准干预治疗提供新思路。     

代谢组学研究中生物样品的影响因素分析与应用进展

新兴的代谢组学研究技术迅猛发展，使其逐步成为“组学”研究的核心。生物样品的研究是代谢组学研究的根本途径，因此时代谢组学生物样品的研究具有重大意义。本文通过阅读国内外近年来的文献，对尿液及血液的主要影响因素及多种生物样品在代谢组学中的应用进行综述。     

代谢组学在心血管流行病学研究中的应用

代谢组学是通过考察生物体系在受到外界刺激后代谢产物的组成变化或其随时间的变化研究代谢途径的一种技术。它能够从结构、功能表达、效应机制等微观角度探讨生命现象^［1］,系统研究代谢产物的变化规律^［2］。心血管疾病的发病率逐年升高,居各种死因的首位^［3,4］。因此对心血管疾病进行及时、准确的诊断十分必要。代谢组学通过先进的仪器检测、数据分析和化学计量方法,对于了解心血管疾病发病机制、临床风险评估、诊断、预后和疗效评估十分重要^［5］。     

基于多组学的肿瘤病因学研究：从基因组学、暴露组学、代谢组学到系统流行病学

探索疾病病因是流行病学的主要任务之一。随着基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、暴露组等组学技术的进步, 肿瘤病因学研究进入系统流行病学研究阶段。基因组学研究致力于发掘肿瘤遗传易感位点及其致病机制。暴露组学研究探索环境因素对机体生物学过程的影响及其致病效应。而代谢组处于生物调控网络的下游, 反映了基因-环境及其交互作用的总效应, 有助于阐明遗传和环境因素的致病机制, 发现新的生物标志物。本文介绍基因组学、暴露组学和代谢组学在肿瘤病因学研究中的应用与进展, 总结多组学和系统流行病学在肿瘤病因学研究中的意义和价值, 展望未来发展方向。     

人类生命早期暴露组(HELIX):项目理念与设计(待续)

[背景]人类在生命早期的发育期间可能特别容易受到环境暴露的影响。有关这一主题的人体研究一般集中在单一暴露与健康效应之间的关系。而"暴露组"的概念涵盖了从受孕开始的的全部暴露,完善了基因组。[目的]人类生命早期暴露组(HELIX)项目是一个新的合作研究项目,目的是为了采用新的暴露评估和生物标志分析方法来描述生命早期多种环境因素的暴露,并将这些与生物标志组学和儿童健康结局相关联,从而刻画"生命早期暴露组"。本文描述了该项目的总体设计。[方法]HELIX将利用欧洲现有的6个出生队列研究来估计产前、产后暴露的一系列化学和物理暴露。建立全部队列中总共32 000对母亲和儿童的暴露模型,并在一个包含1 200对母亲和儿童的子队列中测量生物标志。嵌套重复采样的定组研究(n=150)将收集生物标志的变化数据,利用智能手机来评估流动性和体力活动,并监测个体暴露。采用组学技术确定与暴露相关的分子学特征(代谢组、蛋白质组、转录组和表观基因组)。对于多次暴露,采用统计方法估计胎儿和儿童的成长、肥胖、神经发育和呼吸系统结局中的暴露-效应关系。项目还将进行一项健康效应评估测试,以评价组合暴露的风险和收益。[结论]HELIX是描述欧洲人群生命早期暴露组并解开它与组学标志物和儿童健康之间关联的首次尝试之一。作为对暴露组学这一概念的验证,该项目向生命过程中暴露组迈出了重要的第一步。     

人体微生物组特征与肺癌相关性研究进展

中国肺癌的发病人数和死亡人数居高不下，是最常见且预后较差的恶性肿瘤之一。近年来，随着测序技术的不断发展，有关微生物组与肺癌之间关联的研究增多，其主要目的是探索微生物组与肺癌之间的潜在关联和寻找早期肺癌的标志物诊断，以期为临床诊断及治疗提供参考依据。有研究提示肺癌患者与健康人群各部位的微生物组有明显差异，同时，也有研究提示其他呼吸系统疾病带来的微生物组变化也会影响肺癌的发生发展。本文对微生物组与肺癌之间的关系进行综述，总结了目前研究中存在的不足，并对今后的研究作出了展望。     

代谢组学在心血管疾病预后研究中的应用

在我国,心血管疾病的发病率和死亡率一直居高不下,一旦发生往往伴随不良预后结局,严重影响患者的生活质量,且预后结局存在较高的异质性。因此,识别具有临床价值的新预后标志物对疾病早期诊断和治疗具有重要意义。代谢组学的迅速发展对心血管疾病预后研究有着重要推动作用,研究中发现的小分子代谢物对疾病发生发展机制起到了一定作用,有利于患者的预后预测及个性化治疗。本文就近年来国内外代谢组学在心血管疾病预后研究中所取得的进展做简要综述。     

宏基因组学揭示海南地区结直肠癌病人肠道微生物组特征

目的:对海南地区结直肠癌病人肠道微生物组特征进行注释鉴定,寻找生物标志物。方法:收集来自海南地区初次诊断为结直肠癌的病人6例,健康对照7例,通过宏基因组测序,揭示结直肠癌病人的肠道细菌组成结构和代谢通路,潜在代谢产物,抗生素抗性基因富集特征。结果:结直肠癌病人肠道细菌群落结构发生显著变化,共有6个富集菌种,分别是:Parvimonasmicra,Flintibacter sp. KGMB00164,[Ruminococcus] gnavus,Fusobacteriumnucleatum,Porphyromonasasaccharolytica和Flavonifractorplautii。通过对代谢通路注释,发现在结直肠癌病人中共有4个通路富集,与有氧呼吸,3-苯丙酸和3-(3-羟基苯基)丙酸的降解和L-赖氨酸发酵生产乙酸和丁酸酯有关。通过代谢产物预测,显示结直肠癌病人肠道丁酸盐含量较低。通过对抗生素抗性基因的注释发现,所有差异性抗生素抗性基因均在结直肠癌病人肠道中富集,主要包括磺胺类,β-内酰胺酶类和四环素类抗生素抗性基因。结论:海南地区结直肠癌病人的肠道细菌标志物与其他国家和地区结直肠癌病人的生物标志物相似,但又有地区特征。细菌和抗生素抗性基因生物标志物或可用于结直肠癌筛查、预后和治疗效果评价。     

色质谱联用技术在临床医学代谢组学中的应用

代谢组学是研究生物体系受外部刺激所产生的所有代谢产物变化的科学,现已成为系统生物学的重要组成部分和组学领域研究热点,其已成功应用于临床疾病诊断、发病机理及进程研究、生物标志物的寻找、药物研发等方面。代谢组学常用的研究手段有色质谱联用、核磁共振（NMR）、生物芯片等。色质谱联用技术具有以下突出优点：对检测样本处理要求不高、灵敏度极高、线性范围宽、对于样本中浓度相差大的代谢化合物亦可达到很好的检测效果,其已作为代谢组学研究技术平台中愈加重要的组成部分。近年来,采用色质谱联用技术在临床医学代谢组学,特别是国内学者在中医症候代谢组学领域取得了一定成果。     

Field-wide meta-analyses of observational associations can map selective availability of risk factors and the impact of model specifications

ObjectivesInstead of evaluating one risk factor at a time, we illustrate the utility of “field-wide meta-analyses” in considering all available data on all putative risk factors of a disease simultaneously.Study Design and SettingWe identified studies on putative risk factors of pterygium (surfer's eye) in PubMed, EMBASE, and Web of Science. We mapped which factors were considered, reported, and adjusted for in each study. For each putative risk factor, four meta-analyses were done using univariate only, multivariate only, preferentially univariate, or preferentially multivariate estimates.ResultsA total of 2052 records were screened to identify 60 eligible studies reporting on 65 putative risk factors. Only 4 of 60 studies reported both multivariate and univariate regression analyses. None of the 32 studies using multivariate analysis adjusted for the same set of risk factors. Effect sizes from different types of regression analyses led to significantly different summary effect sizes (P-value < 0.001). Observed heterogeneity was very high for both multivariate (median I², 76.1%) and univariate (median I², 85.8%) estimates. No single study investigated all 11 risk factors that were statistically significant in at least one of our meta-analyses.ConclusionField-wide meta-analyses can map availability of risk factors and trends in modeling, adjustments and reporting, as well as the impact of differences in model specification.     

全基因组关联研究与复杂疾病风险预测的现状与展望

人类基因组计划(human genome project,HGP)的完成预示着生命科学研究进入了基因组时代,在利用基因组学方法 进行流行病学研究的过程中产生了基因组流行病学.在人群中研究与疾病发生发展或健康相关的遗传变异,即遗传标志物(genetic marker)用于疾病的预防和治疗、促进健康,是基因组流行病学的主要研究内容.     

基因型填补的原理与方法及其在遗传流行病学研究中的应用

基因型填补(genotype imputation)是指依据已分型位点的基因型对数据缺失位点或未分型位点进行基因型预测的方法.     

全基因组关联研究理论及其在流行病中的应用

全基因组关联研究(GWAS)利用遍布于全基因组范围的分子标记(主要为单核苷酸多态性,SNP)并借助强大统计学工具,对影响某些复杂性状如疾病易感的遗传变异进行鉴定和分析.     

肥胖全基因组关联研究的现状与展望

常见复杂性疾病,又称多基因疾病,是由多对微效基因与环境因素共同作用所致,具有明显的遗传异质性、表型复杂性及种族差异性等特征.常见复杂性疾病和单基因疾病的一个最显著的区别是,它不依照经典的孟德尔模式遗传.伴随着生活环境的改变,发展中国家正经历着流行病由过去严重传染性疾病向常见慢性疾病的转移[1].以肥胖为例,1980-2002年期间,美国20岁以上成年人的肥胖率增加了1倍;6～19岁儿童青少年的超重率增加了2倍[2].2006年世界卫生组织(WHO)数据显示,世界肥胖人群已逾4亿[3].     

非酒精性脂肪性肝病诊疗指南

  目的  了解膳食钠和钾摄入量与非酒精性脂肪肝（NAFLD）发病的关系,为NAFLD的综合防治提供流行病学依据。  方法  采用以医院为基础的病例对照研究方法,对2015年4月 — 2017年8月在福建医科大学附属南平市第一医院体检中心经腹部彩超确诊的541例NAFLD新发病例作为病例组及按病例组同性别、年龄（± 5 岁）频数匹配的同期在福建医科大学附属南平市第一医院体检中心进行腹部彩超检查的541名非NAFLD体检者作为对照组进行问卷调查。  结果  病例组NAFLD患者和对照组非NAFLD体检者膳食钠、钾摄入量分别为（818.39 ± 417.60）和（742.27 ± 407.08）mg/d、（1 597.10 ± 686.25）和（1 638.96 ± 660.89）mg/d;2组人群比较,病例组NAFLD患者膳食钾摄入量低于对照组非NAFLD体检者（t = – 3.929,P < 0.001）,2组人群膳食钠摄入量差异无统计学意义（P > 0.05）。在调整了性别、年龄、文化程度、职业、家庭人均月收入、吸烟情况、饮酒情况、体育锻炼时间、慢性病病史及膳食能量、蛋白质、胆固醇、脂肪、碳水化合物、钙、铁和钾等混杂因素后,多因素条件logistic回归分析结果显示,膳食钠摄入量第三五分位数和第四五分位数女性人群NAFLD的发病风险分别为最低五分位数女性人群的0.42倍（OR = 0.42,95 % CI = 0.18～0.96）和0.28倍（OR = 0.28,95 % CI = 0.12～0.66）。在调整了性别、年龄、文化程度、职业、家庭人均月收入、吸烟情况、饮酒情况、体育锻炼时间、慢性病病史及膳食能量、蛋白质、胆固醇、脂肪、碳水化合物、钙、铁和钠等混杂因素后,多因素条件logistic回归分析结果显示,膳食钾摄入量第二五分位数、第三五分位数、第四五分位数和最高五分位数人群NAFLD的发病风险分别为最低五分位数人群的0.63倍（OR = 0.63,95 % CI = 0.43～0.94）、0.45倍（OR = 0.45,95 % CI = 0.29～0.69）、0.36倍（OR = 0.36,95 % CI = 0.22～0.58）和0.31倍（OR = 0.31,95 % CI = 0.16～0.58）,膳食钾摄入量第三五分位数、第四五分位数和最高五分位数男性人群NAFLD的发病风险分别为最低五分位数男性人群的0.38倍（OR = 0.38,95 % CI = 0.23～0.65）、0.30倍（OR = 0.30,95 % CI = 0.16～0.57）和0.30倍（OR = 0.30,95 % CI = 0.13～0.67）。  结论  全人群和男性人群膳食钾摄入量较高及女性人群膳食钠摄入量较高是NAFLD发病的保护因素。