基于网络药理学探讨川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化的作用机制

目的 采用网络药理学方法预测川芎嗪与阿魏酸抗动脉粥样硬化（AS）的药理作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swisstargettion和STITCH数据库筛选川芎嗪与阿魏酸的靶标基因,利用OMIM、Genecards、Drugbank数据库查找AS的相关靶标蛋白,运用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并通过DAVID数据库对核心靶点基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后使用Autoduck分子对接软件对网络药理学结果进行初步的验证。结果 最终筛选出川芎嗪与阿魏酸作用于AS的靶点47个。GO分析得到生物过程（BP）条目170个,细胞组分（CC）条目29个,分子功能（MF）条目47个。KEGG富集分析结果显示有50条通路与AS相关,主要包括低氧诱导因子信号通路、花生四烯酸新陈代谢、脂肪细胞因子信号通路等。VEGFA、TNF、PTGS2、EGFR、MAPK8、TLR4编码的蛋白作为靶点分别与川芎嗪和阿魏酸进行对接,对接结果良好。结论 川芎嗪和阿魏酸主要通过多靶点协作调控多种信号通路共同参与到抑制炎症反应的过程,从而达到治疗AS的目的。     

基于网络药理学与分子对接技术研究黄精抗动脉粥样硬化的作用机制

利用网络药理学和分子对接技术从整体层面阐释黄精治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的作用机制。通过中药化学成分数据库(TCMD)和中药系统药理学数据库(TCMSP)收集黄精化学成分并利用PharmaDB、Swiss TargetPrediction预测其作用靶点集,借助OMIM、DisGeNET及NCBI基因数据库检索AS相关靶点集。取两靶点集交集获取黄精治疗AS的潜在作用靶点,基于STRING平台构建交集靶点相互作用网络并在Cytoscape中进行可视化分析。根据拓扑参数筛选黄精治疗AS的关键靶点,采用Clue GO对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。最后利用Discovery Studio 4.0对关键靶点进行分子对接验证。结果筛选获得45个黄精活性成分和51个黄精治疗AS的潜在作用靶点,拓扑分析结果包含的5个关键靶点为血清白蛋白、丝裂原活化蛋白激酶3、丝裂原活化蛋白激酶1、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src和基质金属蛋白酶-9。GO富集分析得到131个GO条目,主要涉及类固醇激素受体的活性、细胞对类固醇激素刺激的反应和磷脂酰肌醇-3激酶信号通路等生命过程。KEG...     

当归补血汤治疗血管性痴呆作用机制网络药理学研究

目的 探讨当归补血汤治疗血管性痴呆（VD）的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取当归补血汤活性成分,预测其作用靶点,利用GeneCards、OMIM数据库获取VD的疾病靶点;采用R 3.6.1软件获得共有靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-共有靶点网络,并筛选核心成分;通过String数据库构建共有靶点蛋白相互作用（PPI）网络,采用R 3.6.1软件筛选核心靶点和关键靶点,对共有靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock Vina 1.1.2软件对核心成分与关键靶点进行分子对接。结果 共获得当归补血汤活性成分22个（当归2个、黄芪20个）,作用靶点142个,疾病靶点3 414个,共有靶点81个。成分-共有靶点网络共获得毛蕊异黄酮、芒柄花素、异鼠李素等7个核心成分。PPI网络分析共获得丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、雌激素受体1、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)等10个核心靶点,以及AKT1、血红素加氧酶1(HMOX1)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8...     

基于网络药理学研究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制

目的 探究当归芍药散防治阿尔茨海默病的作用机制。方法 选取当归芍药散中的当归、白芍、白术、川芎、茯苓、泽泻为研究对象,应用TCMSP数据库对6味中药主要化学成分进行筛选;使用TCMSP数据库,对筛选出的化合物及阿尔茨海默病进行靶点预测,选取当归芍药散与阿茨海默病一致的6个靶点蛋白作为后续研究对象,通过生物分子功能注释系统（MAS 3.0）及KEGG通路数据库进行通路注解及分析,得到当归芍药散治疗阿茨海默病的相关靶点通路预测图及相关信号通路。结果 从当归芍药散中筛选出35个化合物,可作用于阿尔茨海默病6个潜在的蛋白靶点,找出靶点的相关通路22条。作用通路涉及阿尔茨海默病发病机制相关的钙信号途径、炎症、免疫调节、细胞与细胞之间的信号交流、肌动蛋白细胞骨架的调节等各个环节,6味中药既有共同的成分及作用靶点、通路,又各有偏重,各通路间通过共有靶点连接,显示出不同成分间的多靶点、多途径的协同作用。结论 预测出当归芍药散治疗阿尔茨海默病可能与其调节炎症、免疫系统、钙信号、细胞与细胞之间的信号交流等机制有关。     

丹参-当归治疗缺血性脑卒中作用机制网络药理学研究

目的 探讨丹参-当归治疗缺血性脑卒中(CIS)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss TargetPrediction数据库获取丹参和当归的活性成分及作用靶点,并通过检索PubMed、中国知网相关文献进行补充;通过GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库获取CIS的潜在靶点;将丹参-当归治疗CIS的共有靶点导入String 11.0平台,构建活性成分与疾病靶点蛋白的蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.8. 2软件构建疾病-药物-活性成分-靶点可视化网络;将共有靶点导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.8. 2软件构建活性成分-核心靶点-通路网络;利用AutoDock软件对疾病-药物-活性成分-靶点网络中度值排名前6的核心靶点和活性成分进行分子对接验证。结果 共检索到82种活性成分,其中丹参65个、当归17个,潜在作用靶点787个,疾病靶点671个,共有靶点76个。度值排名前6的活性成分为丹参醇B...     

基于网络药理学的当归 白芍药对作用机制研究

摘 要 目的：运用网络药理学方法研究当归 白芍药对药效成分的分子作用机制,探讨其多成分 多靶点的作用机理。 方法: 依托中药系统药理学分析平台(TCMSP),结合已有研究结果及文献报道,筛选出当归、白芍中主要的药效活性成分及其作用靶点,采用Cytoscape软件构建成分 靶点网络及蛋白 蛋白相互作用(PPI)网络,采用ClueGO及reactome FI对所预测的核心靶点进行基因功能和通路富集分析。 结果: 以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.05为筛选条件,结合已有研究结果,选择当归、白芍中共30个化合物为候选成分进行靶点和通路的筛选,共检索出125个作用靶点,其中在String数据库中分值高于0.9的核心靶点有106个,基因功能涉及脂类代谢、血液循环、DNA转录、细胞内信号调节、腺体发育及氨基酸代谢等方面,核心靶点主要通过影响信号转导、免疫系统、代谢过程、基因表达、神经元系统、程序性细胞死亡等多途径发挥药效作用。 结论: 本研究结果提示了当归 白芍药对的基本药理作用和作用机制,为进一步的实验验证奠定了基础,为阐释其配伍机理及作用机制提供了参考依据。     

基于网络药理学的复方当归注射液治疗缺血性脑损伤作用机制分析

目的：采用网络药理学的方法探讨复方当归注射液治疗缺血性脑损伤的作用机制。方法：运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索复方当归注射液3味中药化学成分和相关作用靶点。利用Cytoscape 3.7.0构建化合物-靶点网络,采用STINGV10.5软件构建蛋白互作PPI网络,在此基础上进行基因本体GO和京都基因与基因组百科全书KEGG生物通路富集分析。结果：从复方当归注射液3味中药中筛选得到24个活性成分,其作用于99个靶点,涉及的关键靶点包括AKT1、JUN、ESR1、IL6、EGF、F2、TNF和PIK3CG等;调节信号通路包括神经活性受体-配体相互作用通路、神经激素信号通路、MAPK信号通路、cGMP-PKG信号通路、多巴胺能突触、VEGF信号通路、血小板激活和PPAR信号通路;参与含氧化合物的反应、有机环状化合物反应、内生刺激的反应、细胞内信号传导的正调节和活性氧物质代谢过程的调节等多种生物过程。结论：本研究初步阐明了复方当归注射液抗缺血性脑损伤的药理作用及其相关机制,为进一步深入研究奠定良好基础,为研制抗缺血性脑损伤新药提供参考依据。     

基于网络药理学探讨“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究“酸枣仁-当归”药对治疗失眠的重要靶标。方法 通过中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“酸枣仁-当归”药对活性成分及相应靶点;通过GeneCards数据库检索失眠相关靶点;在Cytoscape3.7.2软件中构建“酸枣仁-当归”药对-活性成分-靶点网络图;构建韦恩图得到该药对与疾病的交集靶点。构建蛋白质互作（PPI）网络筛选核心靶点,通过Autodock等软件进行分子对接。借助R studio对交集靶点进行GO富集和KEGG通路分析。结果 得到“酸枣仁-当归”药对有效成分11个,靶点88个,失眠相关靶点1 348个,交集靶点20个,6个核心靶点。分子对接分析发现丁子香萜与MAOB结合能力最强。GO富集和KEGG通路分析得到,肾上腺素能受体信号通路、神经递质受体的活动等,通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触等达到治疗失眠的作用。结论 “酸枣仁-当归”药对可能通过MAOB、ACHE、SLC6A4等靶标调控胆碱能突触、多巴胺能突触、钙信号通路、5-羟色胺能等信号通路来起到多因素共同治疗失眠的作用。     

基于整合药理学的经典名方当归补血汤防治糖尿病的作用机制研究

目的探究经典名方当归补血汤防治糖尿病(DM)的药效物质基础和作用机制,以期为DM的中药防治提供更多选择。方法借助中药整合药理学平台(TCMIP),预测分析当归补血汤的作用机制和药效物质基础。结果当归补血汤中的50个"黄芪-当归"成分,通过直接或间接作用于60个关键药靶,这些药靶作用于神经-内分泌系统、细胞间连接、激素信号通路、心血管循环系统等30条主要调控通路,来纠正DM及其并发症的疾病失衡网络。黄芪中参与DM防治的主要为黄芪皂苷类、黄芪苷类、黄酮类等;当归中参与DM防治的主要为阿魏酸等有机酸、β-甜没药烯等油性成分、豆甾醇-β-D-葡萄糖苷、伞形花内酯、东莨菪素等。结论当归补血汤中的50个"黄芪-当归"成分,可能是通过精氨酸加压素受体(AVPR)的3个亚型AVPR1A、AVPR1B和AVPR2相关受体信号通路,来发挥防治DM的作用,且黄芪为关键成分。     

基于网络药理学探讨麝香保心丸治疗动脉粥样硬化作用机制

目的 研究麝香保心丸治疗动脉粥样硬化的作用机制,为临床长期应用提供理论依据。方法 利用TCMSP、TCMID、ETCM和BATMAN数据库对麝香保心丸有效成分及靶点进行收集与筛选;利用GeneCards、OMIM、TCMSP、DrugBank和DisGeNet对动脉粥样硬化相关靶点进行收集与筛选;构建药物-化合物-靶点网络和靶点相互作用网络;通过MetaScape平台对麝香保心丸治疗动脉粥样硬化相关靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 筛选出麝香保心丸对动脉粥样硬化潜在治疗成分114个,对应175个靶点。网络分析结果表明,麝香保心丸主要活性成分为鹅去氧胆酸、熊去氧胆酸、肉桂醛和人参皂苷R_b1等入血成分。通路富集结果显示,麝香保心丸抗动脉粥样硬化的作用机制与调节免疫、炎症和代谢相关。结论 麝香保心丸的活性成分可作用于ALB、INS、AKT1、ACTB、TNF、IL-6等靶点,调节多条通路实现对动脉粥样硬化的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨淫羊藿抗肿瘤作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨淫羊藿抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库获取淫羊藿的活性成分以及相对应的靶点,利用Genecards、OMIM数据库获取疾病靶点,绘制药物-疾病韦恩图,获得其共同靶点;利用 Cytoscape 3.8.2 软件构建“淫羊藿活性成分-疾病靶点”网络可视化关系图;利用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2 软件构建蛋白相互作用网络,并进行网络拓扑分析;利用R x64 4.0.5软件,对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,了解淫羊藿抗肿瘤可能的生物过程及其通路;最后利用SYBYL 2.0软件分子对接进行半柔性对接反向验证。结果 筛选出淫羊藿活性成分23个,靶点193个;疾病相关靶点8 169个,活性成分与疾病两者共同靶点173个;蛋白互作网络显示TP53、AKT1、JUN、CASP3等靶点基因在淫羊藿抗肿瘤的生物网络中起重要作用;潜在作用靶点涉及2 592条生物学功能、176条通路。分子对接结果显示淫羊藿活性化合物与多个疾病关键靶点具有较高结合能力,对接评分较高的为淫羊藿苷与CASP3靶点蛋白。结论 淫羊藿抗肿瘤具有多靶点和多通路的潜在作用机制,为其进一步研究提供参考。     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学探究山茱萸 -附子治疗心力衰竭的分子机制

目的基于网络药理学探究山茱萸 -附子治疗心力衰竭的分子机制。方法 2021年 4月至 2022年 5月,运用中药系统药理学数据库和分析平台( TCMSP)数据库对山茱萸 -附子有效成分进行筛选,利用SwissTargetPrediction数据库进行靶点预测。通过 DisGeNet、DrugBank、OMIM疾病数据库收集心力衰竭的治疗靶点,取疾病与药物之间的靶点交集,将靶点交集导入 STRING11.5数据库构建山茱萸 -附子蛋白质 -蛋白质相互作用( proteinprotein interaction,PPI)网络图。利用 DAVID数据库对关键靶点进行基于京都基因和基因组数据库( Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,使用 AutoDuckTool     

基于网络药理学和分子对接预测金雀异黄素治疗创伤性脑损伤的机制

目的 研究金雀异黄素治疗创伤性脑损伤的潜在分子机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、SymMap、CTD、GeneCards数据库获得金雀异黄素在治疗创伤性脑损伤的潜在作用靶点,通过Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析,使用薛定谔Maestro 10.2软件进行金雀异黄素与核心靶点的分子对接...     

基于网络药理学和分子对接探究白芍七物汤治疗结直肠癌的作用机制（英文）

基于网络药理学和分子对接技术,探讨白芍七物汤(BSQWD)治疗结直肠癌(CRC)的作用机制。利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选中药的有效成分和靶标,利用Cytoscape软件绘制综合靶标网络图。通过Gene Cards、OMIM、PharmGKB、TTD和DrugBank数据库确定了潜在的CRC靶标。利用Cytoscape整合BSQWD的化学成分、靶标和疾病。通过STRING平台行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析。利用R行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路和基因本体(GO)分析,最后利用AutoDock和SYBYL-X2.0进行分子对接。结果表明,7种药材中含有110种化学成分。CRC相关基因共9048个。BSQWD与184个靶基因相关。鉴定到Hub基因,分别为JUN、HSP90AA1、TP53、AKT1、TNF等。富集了2589个GO项目,包括2324个生物学过程、67个细胞组分、198个分子功能。KEGG分析得到179条通路。分子对接结果表明,潜在有效成分cynaropicrin和rivularin与中心基因HSP90AA1和TP53具有良好的结合。本研究表...     

KGM组方抗炎抗过敏药效评价及作用机制的网络药理学预测

目的 评价KGM组方的抗炎抗过敏药效,并对其潜在的作用机制进行预测。方法 利用透明质酸酶活性抑制试验和二甲苯致小鼠耳肿胀模型试验评价KGM的抗炎抗过敏作用,运用网络药理学预测其起效机制。结果 KGM对透明质酸酶的抑制率为41%,对小鼠耳肿胀抑制率约为44%,表明其具有一定的抗炎抗过敏作用。网络药理学预测结果显示,KGM主要组成成分作用于炎症、过敏及免疫相关靶点209个;绘制成分-靶点-疾病相互作用网络图并结合GO与KEGG富集分析发现,GBA、AKR1B1、CASP3、VDR、CA2、CA1、CA12、CA9、ACE、FUCA1、MGAM与SI等是KGM的主要作用靶点,涉及的细胞功能主要包括G蛋白偶联受体信号通路调节、分泌调节、离子输运调节等;涉及的通路主要包括G蛋白偶联受体信号通路、氮代谢、钙离子通道、淀粉和蔗糖代谢、cAMP信号通路等。结论 KGM具有一定的抗炎抗过敏作用,其机制可能与调控G蛋白偶联受体信号通路、钙离子通道、cAMP信号通路等有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨玫瑰花黄酮治疗2型糖尿病的作用机制

目的 以网络药理学和分子对接技术作为分析方法,探究玫瑰花黄酮类成分在防治糖尿病中的作用机制。方法 采用TCMSP、GeneCards和DisGeNET数据库获取活性成分和疾病靶点,并绘制Venny图;使用Cytoscape 3.9.0软件制作靶标图;String构建PPI蛋白网络;DAVID进行GO和KEGG富集分析;SYBYL-X2.0和PYMOL进行分子对接验证及展示。结果 玫瑰花黄酮11个活性成分通过调控207个糖尿病相关的疾病靶点,产生了667对活性成分-靶点关系,其中山柰酚、槲皮素、芹菜素等成分通过调控Pathway in cancer、AGE-RAGE、PI3K-Akt等通路防治糖尿病;分子对接显示活性成分与糖尿病核心靶点具有较好的结合活性。结论 本研究系统揭示了玫瑰花黄酮防治糖尿病“活性成分-靶点”的复杂关系,为玫瑰花用于治疗2型糖尿病的作用机制提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术解读川皮苷改善代谢综合征的作用机制（英文）

采用网络药理学方法探讨川皮苷改善代谢综合征的作用机制。首先利用TCMSP、TCMIP、TCMID、ETCM、HERB、NPASS和NPACT等数据库获取川皮苷作用靶点;在Dis Ge NET、Drug Bank等6个数据库中获取代谢综合征的相关靶点,筛选出与川皮苷作用靶点的共同部分构建PPI网络,并利用R语言对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;最后对川皮苷和关键疾病靶点进行分子对接验证。结果收集到川皮苷作用靶点105个,代谢综合征相关靶点1975个。上述靶点取交集,获得了60个川皮苷改善代谢综合征的潜在靶点。PPI分析发现,川皮苷改善代谢综合征的关键靶点为TP53、MAPK8、AKT1、GSK3B、HSP90AA1、CTNNB1、JUN、AR、ESR1、CCND1、HRAS、TNF和PPARA。功能富集分析发现,脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路在川皮苷改善代谢综合征过程中发挥重要作用。分子对接结果显示,川皮苷与上述13个核心基因具有很强的亲和力。综上所述,推测川皮苷通过脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路发挥改善代谢综合...     

基于网络药理学和分子对接探讨益气活血方抗脑缺血机制研究

脑缺血(cerebral ischemia,CI)具有高发病率、高致畸率,是全球第二大致死疾病.中药(traditional Chinese medicine,TCM)益气活血方(YQHX)在临床治疗CI发挥一定疗效,但其机制尚不清楚.本文基于网络药理学和分子对接探讨其作用机制.通过TCMSP和CNKI数据库获取益气活...     

基于网络药理学的肝力保胶囊保肝作用机制研究

目的 对肝力保胶囊进行网络药理学研究,探讨肝力保胶囊保肝的作用机制。方法 选取肝力保胶囊化学物质组成中的活性成分,采用反向药效团匹配的方法预测活性成分的作用靶点;在此基础上,采用Cytoscape软件和String数据库分别构建肝力保胶囊"活性成分-作用靶点"的分子调控网络及蛋白-蛋白相互作用网络,最后采用DAVID数据库对靶点进行基因功能和信号通路分析。结果 筛选得到活性化合物19个,涉及作用靶点88个。网络分析结果表明,肝力保胶囊主要通过代谢过程、调节细胞死亡和对脂质的应答等生物过程,以及调节肿瘤坏死因子（TNF）、FoxO、Ras、ErbB、低氧诱导因子-1（HIF-1）和Toll样受体（TLR）信号通路来发挥保肝作用。结论 肝力保胶囊保肝作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,其可能通过调节细胞死亡、TNF、FoxO、Ras等相关通路发挥作用。