新等位基因HLA-B~* 9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9537     

HLA-B新等位基因B~*4069的确认

目的识别和确认中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSO技术进行HLA分型工作,发现反应格局异常的新等位基因,采用DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析。结果检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序结果显示HLA-B位点的1对等位基因分别为B*5801和1个核苷酸序列与已知HLA等位基因均不同的新等位基因。该基因序列与同源性最高的HLA-B*400101基因序列相比在第2外显子区域中263位碱基发生C>T突变,导致64位编码氨基酸由苏氨酸(Thr)>异亮氨酸(Ile)。结论该等位基因为新的HLA-B位点等位基因,2006年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4069。     

DNA序列分析鉴定HLA-B新等位基因HLA-B~*4816

目的鉴定1个HLA-B位点新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术发现可能的HLA-B位点新等位基因,对PCR产物进行序列分析,确认与最同源的HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*4801在第2外显子区域有1个碱基的差异:第187位碱基由A>T,这一突变使密码子63由GAG>GTG,导致编码的氨基酸由Glu>Val。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,2006年7月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4816。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。     

新等位基因HLA-B^＊5812的认定

应用流式反向PCR-SSO和PCR-SSP基因分型技术发现可能的HLA新等位基因,对PCR产物进行HLA基因分型、DNA序列分析及克隆测序。发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*5801的差异在于第2外显子区域中的第69位碱基发生了G→T的替换,即"GCA→TCA",结果改变了第24位密码子编码的氨基酸,即"丙氨酸→丝氨酸"。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,已于2006年4月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5812。     

新等位基因HLA-B*56∶21的核苷酸序列分析

目的 确认HLA新等位基因HLA-B* 56∶21并分析其有异常反应格局的核苷酸序列.方法 标本DNA抽提采用美国Tiangen试剂盒,采用聚合酶链反应序列-特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)进行HLA分型,发现1个与HLA -B*56相关的异常基因,使用DNA测序分型技术(PCR-SBT)直接测定其基因序列,并分析其与最接近的HLA-B* 56∶ 05∶02和HL4-B* 56∶07基因序列的差异.结果 新基因与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与HLA-B*56∶05∶02基因序列相比在第2外显子有6个碱基发生替代,导致5个氨基酸发生改变;与HLA-B*56∶07相比,在第2外显子序列仅有2个碱基被替代,第3外显子序列有6个碱基被替代,也导致5个氨基酸发生改变.结论 发现1个新的HLA-B等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 56∶21,新等位基因HLA -B*56∶21与HLA-B* 56∶ 05∶02、HLA-B* 56∶07均有很高相似性.     

HLA-B新等位基因B~*4608的核苷酸序列分析

目的分析1个HLA-B位点有异常反应格局样本的核苷酸序列。方法采用DNA快速抽提试剂盒抽提样本基因组DNA,PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子,PCR产物直接经TOPO TA克隆到质粒载体中以获得单链,对克隆所得产物进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。结果先证者样本克隆测序得到两个等位基因,其中1个等位基因为B*5502,另1个经Blast验证为新等位基因,其序列已递交Genbank(DQ177521,DQ177522,DQ177523)。与最接近的B*4601等位基因序列相比,新等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同,即第538位T→C和第539位G→T,并由此导致1个氨基酸改变:第156位色氨酸→亮氨酸。结论该新HLA-B等位基因已WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4608。     

DNA测序鉴定HLA新等位基因B~* 35:03:07

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA-B位点一个新等位基因。应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术检测到一个与HLA-B*35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的HLA等位基因的序列差异。结果表明,先证者HLA-B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸。结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHO HLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:03:07。     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B~*0740

目的确认一个中国人群中的新HLA等位基因。方法应用单倍型特异性分离(haplotype-specific ex-traction,HSE)技术和DNA序列分析技术鉴定HLA-B~*的新等位基因。结果被检标本HLA-B位点有一个等位基因的核苷酸序列与任何已知的HLA等位基因均不同,与同源性最高的B~*0705相比,在exon3区域中的605位碱基由A>T,引起编码178位的氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M)。血清学分型表明新等位基因的免疫学表型仍为HLA-B7。家系分析提示,HLA-B~*0740基因来源于其母亲。结论该等位基因序列为HLA-B位点的一个新等位基因,于2005年2月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*0740。     

新等位基因HLA-A*24:233与HLA*-A26:89的分析确认

背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:应用PCR-SBT、GSSP测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行HLA高分辨分型,发现2个样本HLA-A位点均为异常基因,与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对,分析核苷酸序列的差异。结果与结论:2个样本HLA-A位点与目前已知的相应HLA-A等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*24:02:01的差异表现在第3外显子区域中的第360位碱基由G>C,导致第96位密码子由谷氨酰胺变为组氨酸,样本2与其同源性最高的A*26:01:01比较差异表现在第2外显子区域中第97位碱基由T>C,导致编码的第9位密码子由酪氨酸变为组氨酸。结果表明两个样本为HLA-A位点的新等位基因,已提交GenB ank进行注册,并已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*24:233与HLA-A*26:89。