1株脓肿分枝杆菌临床分离株的鉴定

正脓肿分枝杆菌是一种不产色素的快速生长的分枝杆菌,与龟分枝杆菌亲缘关系较近。在快速生长的分枝杆菌引起的疾病中,60%~80%的慢性肺病由该菌导致,该菌也是引起创伤后伤口感染的主要病原体。在我国有脓肿分枝杆菌造成肺部病变和软组织损害的报道[1-3]。1资料与方法1.1一般资料患者,男,74岁。因气短、咳嗽咳痰20余年,     

5株玫瑰单胞菌的临床分离、鉴定和特征分析

目的：对2011－2013年我院收集的5株来源临床的玫瑰单胞菌进行分析,探讨玫瑰单胞菌的病原学特点。方法：采用生化鉴定、API 20NE、Vitek系统GN卡、RapID NF和16S rRNA基因测序对该5株菌进行鉴定,Kirby-Bauer法进行药敏试验。结果：玫瑰单胞菌不在API 20NE和Vitek鉴定的数据库范围内;RapID NF数据库涵盖了玫瑰单胞菌,但仅2株正确鉴定为玫瑰单胞菌属。采用16S rRNA基因测序分析,5株菌分别鉴定为黏液玫瑰单胞菌（3株）、吉氏玫瑰单胞菌（1株）和河口玫瑰单胞菌（1株）。药敏结果显示,5株菌对碳青酶烯类、氨基糖苷类和喹诺酮类药物均敏感,对单环内酰胺类、青霉素类和头孢类等抗菌药物呈现广泛耐药。结论：16S rRNA基因测序是玫瑰单胞菌最佳的临床鉴定方法,玫瑰单胞菌对抗菌药物呈现耐药应引起临床重视。     

鲍曼不动杆菌临床分离株分子生物学鉴定分析

目的了解目前鲍曼不动杆菌临床鉴定分析的准确性及可能存在的问题。方法本研究随机抽取100株临床鉴定为鲍曼不动杆菌的临床分离鉴定株开展了扩增核糖体DNA限制酶切分析,16S rRNA编码基因及16S~23S rRNA间区测序鉴定分析。结果鉴定出5个不动杆菌种,分别为鲍曼不动杆菌(77%),菌种3(9%),菌种10(6%),菌种13TU(3%),琼氏不动杆菌(2%),还有3%为非不动杆菌。结论目前临床实验室对鲍曼不动杆菌的鉴定准确性较低,可能影响对不动杆菌不同种的流行病学特征和临床状况的认知,临床不动杆菌的鉴定能力有待加强。     

用MALDI-TOF MS技术快速鉴定临床分离棒状杆菌属细菌

目的评价基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)快速鉴定临床分离的非白喉棒状杆菌的价值。方法收集本院58株非白喉棒状杆菌,用MALDI-TOF MS和16S rRNA基因测序两种方法进行鉴定和比较。用MALDI-Biotyper软件构建不同棒状杆菌MALDI-TOF MS蛋白系统发育树。结果 58株非白喉棒状杆菌中,54株MALDI-TOF MS与16S rRNA基因测序鉴定结果一致,包括34株纹带棒状杆菌(Corynebacterium straitum)、11株杰氏棒状杆菌(C.jeikeium)、3株C.resistens、2株解葡萄糖苷棒状杆菌(C.glucuronolyticum)、2株黏金色棒状杆菌(C.aurimucosum)和2株无枝菌酸棒状杆菌(C.amycolatum)。4株16S rRNA基因测序无法鉴定到种的菌株中,MALDI-TOF MS鉴定为2株产黏棒状杆菌(C.mucifaciens)、1株C.singulare和1株假白喉棒状杆菌(C.commune)。结论 MALDI-TOF MS可将棒状杆菌属细菌快速、准确地鉴定到种。     

54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株(共9种4组)分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株(共41种)分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际参考株16S rRNA序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S rRNA序列分析法对54株分枝杆菌国际参考株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除11株（共9种4组）分枝杆菌,即产鼻疽分枝杆菌与塞内加尔分枝杆菌;溃疡分枝杆菌与海分枝杆菌;堪萨斯与胃分枝杆菌;3株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌16S rRNA基因序列完全相同无法相互鉴别,其它41株（共41种）分枝杆菌菌种间16S rRNA均不相同可以得到很好的鉴别。结论 16S rRNA基因序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际参考株16S rRNA基因序列的研究弥补了基因数据库的不足。     

痰标本中金黄色葡萄球菌的分离鉴定方法研究

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床标本中未知病原菌的诊断提供新的方法思路。方法对1份临床发热伴呼吸道症候群患者的痰标本进行分离培养,获得3种不同的菌落。直接以纯菌落为模板,以通用引物扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序后进行基于局部比对算法的搜索工具比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果3种菌落分别为不易致病的表皮葡萄球菌、龋齿罗特放线菌及致病性的金黄色葡萄球菌,后者继续用特异性引物扩增检测鉴定,确认为金黄色葡萄球菌。结论本研究建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定临床标本中未知病原菌的简便方法。     

两株鼻疽诺卡菌临床分离株的鉴定

目的应用基因测序方法对2株疑似非结核分枝杆菌的菌株进行初步菌种鉴定,指导临床用药治疗.方法将2株临床分离菌株1520、4108分别接种于罗氏培养基,观察其菌落生长状况;取生长对数期菌落,抽提菌株DNA;PCR扩增16S rDNA基因序列,对其PCR产物进行测序和NCBI网站Blast同源性比对,以进行菌株的初步鉴定.结果编号为1520、4108两株菌株,在罗氏培养基上生长迅速,均可见淡黄色粗颗粒样小菌落,疑似非结核分枝杆菌;以PCR扩增两株菌的16S rDNA基因序列,结果与鼻疽诺卡菌(Nocardia farcinica)同源性极高,比例均达到99%.结论从肺科急诊患者体内分离到的菌株1520、4108为鼻疽诺卡菌,而不是非结核分枝杆菌,为临床在治疗方案上提供了有力的证据.同时, DNA测序分析能够快速、简便、准确地鉴定到菌种,为实验室疑难菌型鉴定提供了技术保障.     

常见分枝杆菌种内不同株之间16S rRNA基因和16S-23SrRNA ITS序列分析结果的比较

目的 针对常见分枝杆菌不同株对其基因序列进行分析,比较分析结果.方法 利用16S rRNA Gene和16S-23S rRNAITS(转录间隔区序列)分析法分别对97株共7种DSMZ/ATCC引进的常见分枝杆菌进行种内不同株之间基因差异性分析,对比两种分型结果的异同.结果 16S rRNA基因可将13株草分枝杆菌分为3...     

30株苍白杆菌的分离鉴定和药物敏感性分析

目的分析临床苍白杆菌分离株的种型特征和药物敏感性。方法收集临床分离苍白杆菌共30株。用手工生化试验、Vitek 2 Compact GN鉴定卡、API 20NE鉴定试条进行生化鉴定,扩增16S rRNA基因并进行测序鉴定和序列分析。用Vitek 2Compact AST-GN13药敏鉴定卡进行微量稀释法的药敏实验。结果经生化鉴定和基因测序,17株为人苍白杆菌、10株为中间苍白杆菌、1株为嗜血苍白杆菌、1株疑为苍白杆菌属内未分类的新种、1株为解糖精假苍白杆菌。药敏试验显示对喹诺酮类和亚胺培南的敏感率分别为100%和93.3%;对三代头孢类抗菌药物和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率为93.3%和96.7%;对氨基糖苷类抗菌药物敏感性因菌种而异,人苍白杆菌对阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素的敏感率分别为94.1%、88.2%和94.1%,而中间苍白杆菌为0%、10%和0%,差异具有统计学意义(χ2=14.50,P0.05)。结论临床苍白杆菌感染主要由人苍白杆菌和中间苍白杆菌引起,二者对氨基糖苷类抗菌药物敏感率的差异可用于其种型的区分。     

16S rRNA 测序鉴定1株条件致病性人苍白杆菌

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床未知病原菌的诊断及治疗提供科学依据。方法对临床患者的痰标本分离培养纯菌落,直接以菌液为模板,以通用引物 PCR 扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序。将测序结果进行 BLAST 比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果未知病原菌经本实验鉴定为人苍白杆菌,经 ABI 细菌快速鉴定板条检测,确认结果一致。结论该研究简化了临床标本未知病原菌分离培养鉴定的步骤,建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定病原菌的简便方法。     

从组织中分离出一株厌氧内氏放线菌

2003年12月我院从1例“常见变异性免疫缺陷病继发增殖性脓皮病”儿童鼻组织中分离1株厌氧内氏放线菌(A．naeslundii)。     

16SrRNA在医学微生物鉴定中的应用

随着分子生物学的快速发展以及该技术在医学微生物研究中的应用，16SrRNA作为微生物分类依据已得到广泛认同，本文就其基因特征、技术步骤、临床应用及注意事项的新进展做一简要综述。     

玫瑰单胞菌一株的鉴定及分析

目的 确定临床脓液标本中1株革兰阴性球杆菌K8756的分类学位置.方法 抽取患者深部脓肿物,置于Amies培养基室温保存、运输.脓液标本分区划线接种血平板、巧克力平板,置于35 ℃含5%CO2培养箱.采用API、Vitek2细菌鉴定系统,结合传统形态学检查、手工生化实验对分离株进行鉴定.从纯培养物提取脂肪酸、甲基化,采用气相色谱仪分析脂肪酸成分.PCR扩增16SrRNA基因并测序,对所测得的核酸序列进行同源性比对及系统发育分析.结果 血平板、巧克力平板分离到1株缓慢生长的革兰阴性球杆菌K8756.API 20NE生化编码为1245045(72 h),提示为人苍白杆菌;Vitek2 GN鉴定卡重复实验3次,提示为皮氏罗尔斯顿菌或支气管炎鲍特菌.但基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明,菌株K8756属于玫瑰单胞菌的成员,与该属的合格发表种黏液玫瑰单胞菌MDA5527T核酸匹配度高达100%(菌株K8756的GenBank登录号为GU207841).其菌落形态、表型特征及主要细胞脂肪酸成分亦与黏液玫瑰单胞菌相似.结论 菌株K8756(=GIMCC 1.0030)在分类学上属于黏液玫瑰单胞菌.16S rRNA基因序列分析是鉴定临床疑难菌株及新发现菌株的重要手段.

Abstract：

Objective To identify one runny mucoid-like Gram-negative bacteria with pink pigment isolated from clinical pus sample. Methods The pus sample was aseptically extracted from a deep lesions of one patient, then stored in Amies medium at room temperature for transportation. One sheep blood plate and one chocolate plate were used to detect the possible pathogens from the specimens. After inoculation, the plates were placed in a humidified incubator with 5% CO2 at 35 ℃. To identify the obtained isolates, we used the commercial Vitek2 and API systems, combining some traditional morphological examination and classical biochemical and physiological characteristics. For pure cultures, the cellular fatty acids were extracted, methylated, and determined by gas chromatography method. The 16S rRNA gene was amplified and sequenced by a commercial broad-spectrum PCR primers. The phylogenetic tree based on 16S rRNA gene was constructed by Mega 4.1 software using the neighbour-joining methods with 1 000 bootstrap replications. Results One runny mucoid-like Gram-negative bacterium, named K8756, was isolated both on sheep blood and chocolate plates after 72 h incubation. The API 20NE profile was 1245045 after a 3-day culture, which would be identified as Ochrobactrum anthropi with a good confidence of 98% probability. It was identified as Ralstonia pickettii and Bordetella bronchiseptica by VITEK 2 GN kits. However, further comparative 16S rRNA gene sequences showed that strain K8756 was closely related to the valid published Roseomonas mucosa MDA 5527 with 100% identity. Colonial morphologic features, phenotypic characteristics and major cellular fatty acid composition were also with high similarity to Roseomonas mucosa. Conclusions Strain K8756( = GIMCC 1.0030 ) is identified as Roseomonas mucosa by the polyphasic phenotypic and genotypic characteristics. The comparative analysis based on 16S rRNA gene sequences is a useful method for identifying the problematic and newly named bacteria.     

16S rRNA及相关技术用于临床细菌鉴定的研究进展

<正>快速、准确地鉴定细菌是临床微生物学最基本的任务,传统的细菌鉴定方法依赖于直接涂片检查、纯培养,从表型特征方面加以鉴定。该方法繁琐、费时,主要又依赖于专业人员的经验和专业知识。随着核酸技术发展,16SrRNA序列测定被用于细菌分型鉴定,还可用于发现和描述新的细菌种类,尤其是表型鉴定难于确定的细菌。随着细菌基因组研究的进展,利用分子生物学对细菌进行鉴定已初步应用于临床,包括16S     

16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较

目的比较细菌16SrRNA、16S-23SrRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用。方法提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16SrRNA、16S-23SrRNA基因进行PCR扩增。扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心（NCBI）上进行比对分析,确定菌种。结果在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16SrRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属;16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平。结论16S-23SrRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标。     

苏尼特左旗自毙鼠琥珀葡萄球菌分离株检测研究

目的 拟通过实验室检测,探究2019年内蒙古自治区锡林郭勒盟苏尼特左旗长爪沙鼠成批死亡的原因.方法 将所有自毙鼠解剖后,取其脏器接种到赫氏培养基和半胱氨酸心琼脂血培养基上.对于分离菌株先排除鼠疫菌后,再接种到含有抗生素的半胱氨酸心琼脂血培养基上,同时进行土拉弗朗西斯菌(土拉菌)特异抗原乳胶凝集检测.其次,对于所有分离菌...     

卫生部微生物室间质评1012菌的鉴定与放线菌属的系统发生分析

目的 对卫生部临床检验中心2010年微生物室间质评1012菌进行鉴定,研究1012菌的分类学位置及放线菌属的系统分类现状。方法采用传统的细菌学形态检查、商品化的API、以及16S rRNA基因测序等多种手段对1012菌进行系统的鉴定。结合远程计算机系统提供的原核生物信息,构建放线菌属及相关细菌的16S rRNA基因的系统发生树,研究放线菌属的系统进化及1012菌与相关菌种之间的亲缘关系。结果1012菌为兼性厌氧、不形成芽胞的革兰氏阳性棒状菌,60多项生化实验,除L-阿拉伯糖发酵实验阴性,其余与图列茨放线菌一致。16S rRNA基因序列分析结果显示：1012菌与图列茨放线菌的同源性高达99.8％,但与放线菌属的模式菌种——牛放线菌的同源性仅为90.6％。进一步的系统发生树亦表明,放线菌科的五个菌属清晰地聚类成9个“基因属”,小弯杆菌、动弯杆菌、放线杆菌、隐秘杆菌4个菌属分别包含单一的基因群,而放线菌属则包含了5个独立的基因群。结论1012菌可鉴定为图列放线菌,但从基因的角度上分析,当前的放线菌属的组成结构过于松散,可能会重新分类。     

1株非O1群非O139群霍乱弧菌的错误鉴定和原因分析

<正>霍乱弧菌(Vibrio cholerae)是弧菌科弧菌属中具有相似生化性状、相同鞭毛抗原、不同菌体抗原的弧菌的统称,按照菌体脂多糖抗原的不同,已分离出200余个血清群[1],除O1群和O139群的产毒株会导致霍乱的大流行外,其他非O1群非O139群霍乱弧菌亦可引起感染性腹泻、败血症等[2]。本研究从我院收治的1例腹泻患者粪便标本中分离培养到1株非O1群非O139群霍乱弧菌,然而布鲁克基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Bruker BioT yperTMMALDI-TOF MS)仪却错误鉴定为易北河弧菌(Vibrio albensis)。报道如下。