中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C~*08:22的基因频率调查和分析

本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08:22的基因频率。对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序。在C*08:22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序。所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型。结果表明,32份无血缘关系个体检出C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08:22,南方汉族无血缘关系个体中C*08:22的基因频率为0.92%。回顾性分析以往40例携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08:22。结论:C*08:22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08:01:01/08:22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除。     

直接测序法用于四川骨髓库汉族人群HLA-C等位基因分布的研究

目的建立HLA-C等位基因通用引物直接测序法,研究中华骨髓库四川分库(简称四川骨髓库)中川籍汉族人群HLA-C等位基因分布。方法在四川骨髓库已获HLA-A/B/DRB1高分辨分型结果的600余份川籍汉族街头无关自愿捐献者标本中,随机选择244份标本,采用PCR-SBT对HLA-C位点测序分型,通用引物测序后产生的模棱两可分型结果,分别采用加测相应外显子和组特异性测序方法确认;获得所有标本确切的高分结果后,计算HLA-C各等位基因分布频率,并与其他人群比较。结果 244份标本中直接出HLA-C位点高分辨结果的比例为27.87%(68/244),须加测外显子1、5、6和7的为61.07%(149/244),须组特异性测序的为47.54%(116/244);共检出HLA-C等位基因25个,其中等位基因频率>10%的3个:C*01∶02、C*07∶02和C*03∶04,等位基因频率>1%的12个,累计频率95.69%;四川汉族人群HLA-C等位基因的分布与中国南方人群最为接近,与美国高加索人群和黑人的差异最大。另外,发现了1例新等位基因C*06∶45,它与同源性最高的C*06∶02在第187位碱基存在1个点突变:G>T,使密码子39由GAC>TAC,导致编码的氨基酸由天门冬氨酸(Asp)>酪氨酸(Tyr);此位点在此之前尚未发现过碱基突变。结论建立了针对HLA-C基因第2—4外显子的通用引物直接测序法,并提出了模棱两可结果的解决策略,所测标本均获得确切高分结果;四川汉族人群中HLA-C等位基因呈现多样性并存在自身特点。     

一个无效新等位基因C*01∶37N的鉴定及其序列分析

目的 鉴定中国汉族人群中新发现的一个HLA-C无效等位基因,并对国际上业已公布的HLA-C无效等位基因的突变情况进行分析.方法 采用分子克隆和单倍体测序的方法,鉴定1例HLA-C基因测序分型结果异常样本的分子生物学基础.结果 检出了一个C*01新变异等位基因,其序列与C*01∶02∶01最相近,但存在编码区nt 363 G＞A点突变,位于第三外显子的第97密码子由TGG直接变成终止密码子TGA,导致一个无效等位基因,其序列提交国际GenBank(序列号:GU592508)和IMGT/HLADatabase(HWS10010188).结论 该无效等位基因已被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为C*01∶37N.

Abstract：

Objective To identify a novel HLA-C null allele in a Chinese Han individual and characterize the nucleotides mutations of HLA-C null alleles reported currently. Methods The molecular basis of a sample with inconclusive sequencing result was clarified by traditional cloning and haplotype sequencing. Results A novel HLA-C * 01 variant allele was identified. Its sequence was very similar to allele C * 01∶02∶01. There was a single nucleotide mutation at the coding sequence nt 363 G＞ A (codon 97TGG＞TGA) in exon 3. The genomic sequence of this novel allele was submitted to GenBank with the accession number GU592508 and the IMGT/HLA Database (HWS10010188). Conclusions The novel variant null allele has been officially named C * 01∶37N by the WHO Nomenclature Committee for factors of the HLA System.     

中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1及-DQA1基因多态性的研究

目的调查中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1等位基因多态性。方法 2017年6月-12月应用PCR-SBT测序分型法对1 000名健康无血缘关系的南方汉族人群外周血样(于2016年8月-2017年5月收集)进行HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因测序分型。HLA-DPA1和-DPB1基因采用自行设计的引物同步扩增检测第2、3外显子,HLA-DQA1检测第1～4外显子。电泳序列导入uTYPE 7.2 HLA分析软件判定基因型。采用直接计数法计算等位基因的分布频率。结果在1 000人份南方汉族无关个体HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1测序分型所获的序列中,无背景信号和杂峰。共检出6种HLA-DPA1等位基因,频率由高到低依次为DPA1~*02∶02 (0.541)>DPA1~*01∶03 (0.340)>DPA1~*02∶01 (0.095)>DPA1~*04∶01 (0.021)>DPA1~*02∶07 (0.003)>DPA1~*01∶04 (0.002);共检出HLA-DPB1等位基因33种,频率较高的前4种等位基因依次为DPB1~*05∶01(0.401)、DPB1~*02∶01(0.165)、DPB1~*04∶01(0.085)、DPB1~*02∶02(0.071);共检出19种HLA-DQA1等位基因,频率较高的前4种等位基因依次为DQA1~*01∶02(0.196)、DQA1~*03∶02(0.144)、DQA1~*01∶03(0.087)和DQA1~*06∶01(0.085)。结论本文获得了南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因多态性数据,可为人类学、群体遗传学、疾病关联研究等提供重要参考数据。     

运用二代测序技术确认PCR-SSOP法检出的HLA罕见等位基因

目的：确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针（SSOP）法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法：对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果进一步采用PCR-直接测序分型（SBT）技术和二代测序（NGS）技术复检确认。结果：采用PCR-SSOP方法检出4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常的样本，加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示，样本1的HLA-A分型结果与已知基因型不完全匹配，NGS分析显示，该等位基因与同源性最接近的等位基因A*31:01:02:01在第2外显子154位G>A变异，导致28位编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸（p.Val28Met），样本2的HLA-C结果为C*03:119, 06:02，样本3的HLA-C结果为C*03:03, 07:137，样本4的HLA-B结果为B*55:02,55:12。采用PCR-SSOP方法检出3例模棱两可结果样本，加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示，样本5的HLA-B结果为B*15:58, 38:02，样本6...     

中国人群HLA-DRB1＊1454等位基因和HLA-DRB1第3外显子鉴定意义

目的:在中国人群中鉴定人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)DRB11454等位基因,分析供受者HLA-DRB1第3外显子DNA序列信息对器官移植、细胞移植及人类遗传学研究的重要现实意义.方法:应用聚合酶链反应-直接测序分型方法对58例等待造血干细胞移植供受者进行人类白细胞抗原测序分型,1 268例广东地区随机健康供者采用聚合酶链式反应-序列特异寡核苷酸探针反向杂交法进行HLA-DRB1中高分辨基因分型,部分模棱两可结果采用聚合酶链式反应-序列特异引物PCR-SSPHLA-DRB14高分辨方法分型法.结果:在1 268例广东地区随机健康人群中检出HLA-DRB11403,1406,1410,1412,1418,1425和1454等位基因,HLA-DRB1401/1434/1454等位基因模棱两可结果的8例样本被确认为HLA-DRB11454等位基因,DRB11454等位基因可能是广东人群最为常见的HLA-DRB114 基因. 中国人群HLA-DRB114第3外显子存在多态性.结论:中国人群HLA-DRB11454等位基因确认了DRB1等位基因第3外显子多态性的存在,进一步明确了开展中国汉族人群及少数民族HLA-DRB1第3外显子检测的意义.     

南方汉族强直性脊柱炎患者及健康人群HLA-B27基因的分子多态性及分布

目的研究南方汉族强直性脊柱炎(AS)患者及健康人群HLA-B27亚型等位基因的多态性和分布特点。方法采用HLA测序分型方法,对收集到的46份B*27阳性的南方汉族AS患者血样以及随机选择的80份经rS-SOHLA流式磁珠低分辨检测为B*27阳性的造血干细胞南方汉族捐献者血样,做HLA-B基因的第2—4外显子测序分型,测序反应产物用ABI PrismTM3730测序仪检测,Assign3.5分析软件分析结果。对检出的模棱两可结果及"罕见型"等位基因,辅以PCR-SSP法HLA-B27高分辨基因分型。结果46名南方汉族AS患者中,共检出4个HLA-B*27相关的等位基因:B*2704的检出比例最高,为82.98%(39/47);其次是B*2705,为12.77%(6/47);B*2707和B*2724各为2.13%(1/47)。80名南方汉族造血干细胞捐献者中,共检出7种B*27相关等位基因:以B*2704的检出比例最高,为57.32%(47/82);其次为是B*2705,为26.83%(22/82);B*2706和B*2707各为6.10%(5/82);B*2703、B*2715和B*2724各为1.22%(1/82)。结论南方汉族AS患者HLA-B*27基因中以B*2704最为常见,健康人群以B*2704和B*2705等位基因为主要亚型。     

南方汉族人群HLA-E基因测序分型及其分子遗传多态性研究

目的研究南方汉族人群HLA-E基因的分子遗传多态性。方法随机选择150人份南方汉族健康无关个体,采用1对PCR引物特异性扩增HLA-E基因第1-5外显子目的序列,纯化后的PCR扩增产物作为测序模板,对HLA-E基因的第2、3、4外显子进行双向测序,测序反应产物纯化后经ABI3730测序仪电泳,用Assign 3.5 SBT软件分析结果。结果所检测的150例标本均扩增出清晰的目的条带,对HLA-E基因外显子2-4进行双向测序,所获得的序列无背景信号和杂峰。检出了2种HLA-E等位基因,其中HLA-E*01∶01等位基因频率为0.42,HLA-E*01∶03等位基因频率为0.58。3种HLA-E基因型频率的分布符合Hardy-weinberg平衡定律。结论本文所获得了南方汉族人群HLA-E基因分子遗传多态性等基础数据,可为HLA-E的疾病关联研究、临床移植等提供重要参考。     

HLA-A新等位基因A*01∶01∶51的DNA序列分析

目的 分析HLA-A*01∶01∶51新等位基因的序列.方法 应用SBT基因分型技术,通过位点特异性PCR扩增和组特异性PCR扩增,对扩增产物进行HLA-A基因的第2、3、4外显子双向测序,将测序结果与数据库进行比对,确认突变的位置.结果 组特异性引物扩增结果显示A位点有2个等位基因,其中1个为A*02∶07∶01,另1个为新等位基因.经BLAST分析,新等位基因与HLA-A* 01∶01∶01∶01序列仅在第4外显子上有1个碱基不同,即第762位C→T,254位氨基酸CTC→CTT,氨基酸没有改变,仍为亮氨酸.新等位基因序列已递交Genebank(JX629459).结论 该HLA-A新等位基因于2012年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为A*01∶01∶51.     

一例供者携带的C* 03:100等位基因的测序分析

目的 检测与分析1例骨髓志愿捐献者携带的等位基因C* 03:100.方法 采用快速DNA提取试剂盒从全血样本中提取基因组DNA,经HLA-C基因商品化测序分型试剂盒扩增,纯化后的扩增产物作为模板由试剂盒配套的第2,3和4外显子正反向测序引物及自行研制的第5外显子正反向、第6外显子正向和第7外显子反向测序,经乙醇/醋酸钠/EDTA纯化的测序反应产物于ABI PrismTM 3730测序仪电泳检测.结果 将电泳后的数据导入Assign-SBT 3.5.1.45分析软件分析,分型结果为C*03:02:02,03:100.结论 临床移植配型HLA-C基因分型增加第5,6和7外显子区域的多态性检测可提高分型结果的准确性,对临床组织配型工作具有重要意义.     

中国汉族人群鼻咽癌患者HLA-DQB1等位基因多态性分析★

背景:目前开展HLA-DQB1基因与鼻咽癌疾病相关性研究一方面受昂贵的进口试剂所制约,另一方面单纯做HLA-DQB1第2外测序分型,模棱两可,结果较少。目的:采用HLA-DQB1基因第2至第3外显子双向测序分型检测技术方法。方法:纳入286份中国汉族健康人群血液样本,46例鼻咽癌患者样本,使用Gentra DNA提取试剂制备基因组DNA,取100份健康人群样本作为平行对照组进行基因分型,选择及自行设计HLA-DQB1基因第2至3外显子扩增引物及测序引物,探索最适合PCR扩增及测序反应条件。采用商品化HLA-DQB1基因单向测序分型试剂盒作对照。结果与结论:100份平行对照组样本与HLA-SBT测序分型结果一致。286例健康个体中共检出13种等位基因,27例样本的等位基因为纯合子。鼻咽癌人群共检出DQB1等位基因11种,5例样本的等位基因为纯合子。鼻咽癌患者DQB1*02等位基因频率高于对照组,但所有等位基因频率比较,差异无显著性意义(χ2<3.84,P>0.05)。未发现HLA-DQB1基因与鼻咽癌有相关性。说明采用的中国汉族人群HLA-DQB1基因测序分型方法具有操作方便、结果稳定和低成本消耗等优势。     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

中国汉族个体HLA-Ⅰ类基因全长序列鉴定及多态性比较

目的鉴定中国汉族个体HLA-Ⅰ类3个基因座-A、-B、-C的全长序列并比较其各亚区多态性。方法利用前期已建立的HLA-Ⅰ类基因3.7-4.5 kb全长序列高保真扩增、克隆及步移测序方法,从业已经过HLA高分辨测序分型、结果已知的1 000(人)份中国汉族造血干细胞捐献者的血样中,分别选择含HLA-A、-B、-C所有血清学家系等位基因的标本45、38、52份做序列鉴定与比较。结果共获得汉族个体HLA-Ⅰ类基因110条全长序列,包括38个HLA-A等位基因4.2 kb序列,30个HLA-B等位基因3.7 kb序列,以及42个HLA-C等位基因4.3-4.5 kb序列;所获110个等位基因的全长序列均提交Gen Bank及IMGT/HLA数据库,获得WHO命名委员会的命名,其中首次报道全长序列的等位基因有70个,包括新等位基因21个、修正序列的等位基因2个、5'-启动子序列及3'-UTR序列或内含子序列的等位基因47个,其他40个等位基因均在5'-启动子及3'-UTR区,延伸了IMGT/HLA数据库中释放发布的全长序列。结论 1)所鉴定的全长序列可为HLA-Ⅰ类基因测序分型引物和探针的正确设计、HLA基因表达调控、分子进化及疾病关联等研究,提供详实的基础资料和信息;2)中国汉族个体HLA-C基因的第2、3外显子及3'-UTR区,与HLA-A、-B相应区域比较,其全长序列多态性水平及分布较独特,暗示HLA-C基因免疫学功能的独特性。     

新等位基因HLA-A*24:233与HLA*-A26:89的分析确认

背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:应用PCR-SBT、GSSP测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行HLA高分辨分型,发现2个样本HLA-A位点均为异常基因,与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对,分析核苷酸序列的差异。结果与结论:2个样本HLA-A位点与目前已知的相应HLA-A等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*24:02:01的差异表现在第3外显子区域中的第360位碱基由G>C,导致第96位密码子由谷氨酰胺变为组氨酸,样本2与其同源性最高的A*26:01:01比较差异表现在第2外显子区域中第97位碱基由T>C,导致编码的第9位密码子由酪氨酸变为组氨酸。结果表明两个样本为HLA-A位点的新等位基因,已提交GenB ank进行注册,并已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*24:233与HLA-A*26:89。     

山东半岛地区慢性肾衰竭患者HLA-A、B、DRB1等位基因多态性研究

目的 探讨山东半岛地区汉族人群HLA-A、B、DRB1等位基因与慢性肾衰竭(CRF)的相关性。方法 采用序列特异性寡核苷酸探针-聚合酶链式反应法(PCR-SSO)对山东半岛地区汉族人群880例CRF患者进行HLA-A、B、DRB1等位基因分型,与865名无血缘关系造血干细胞志愿捐献的健康汉族个体等位基因频率进行比较,分析HLA基因多态性与CRF的相关性。结果 CRF患者组共检出HLA-A等位基因33个,HLA-B等位基因76个,HLA-DRB1等位基因39个;DRB1^*11∶01(6.70%vs 4.45%)和DRB1^*12∶02(8.69%vs 5.90%)等位基因频率显著高于对照组(Pc<0.05);B^*15∶11等位基因频率显著低于对照组(1.82%vs 3.64%,Pc<0.05);CRF患者组三座位单体型A^*30∶01-B^*13∶02-DRB1^*07∶01(16.61%vs 7.61%)、A^*33∶03-B     

应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果

背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果.目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果.方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86.后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型.结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25 %.其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例.3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44 %、27.22%.完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认.此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸 Lys)>AAT(天冬酰氨 Asn).序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999).提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例.     

4例人类白细胞抗原罕见等位基因的结果分析

背景：虽然国内与国外关于新等位基因的报道较多,但是,因某些等位基因首次发现较晚,而后却再次被检测到,并且等位基因频率很低,此类相关文章报道甚少,这些等位基因往往被忽视。目的：检测与确认4例临床移植配型供受者携带的罕见等位基因。方法：采用快速 DNA提取试剂盒从全血样本中提取基因组DNA,经人类白细胞抗原基因商品化测序分型试剂盒检测和SSP高分辨试剂盒验证,得到人类白细胞抗原高分辨分型结果。结果与结论：被检测到的4个罕见等位基因分别为B*27：15、B*51：39、C*07：66和C*08：22。对于以上4个等位基因虽被美国骨髓库列为罕见等位基因,但在中国可能并不罕见。事实证明,被美国骨髓库列为罕见等位基因的C*08：22为中国汉族人群常见等位基因。     

一个罕见HLA-C等位基因间重组家系的遗传背景研究

目的 研究HLA-C等位基因座位上的交换重组,探讨HLA新等位基因产生的分子遗传背景.方法 采集拟进行造血干细胞移植的1例慢性粒细胞白血病患者、患者父母以及2名哥哥的静脉血,采用AlleleSEQR HLA 测序分型试剂进行HLA-A、C、B、DRB1和DQB1共5个位点的高分辨基因分型;再采用Protrans S4 HLA单倍体测序技术分离2个HLA-C等位基因,以确定序列异常的1个C等位基因;进一步采用分子克隆和测序方法进行患者及父母HLA-C等位基因的全长单倍体序列分析.按遗传规律分析该家系的HLA 5个位点的连锁单倍型,同时将HLA-C等位基因全长序列经IMGT/HLA Database中的"BLAST"程序进行序列的对比,以确定C等位基因重组发生的精确位置.结果 经HLA测序及遗传家系分析,该家系中父亲的2条HLA连锁单倍型分别为a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302与b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DQB1*0601;母亲的分别为:c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DQB1*0401与d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DQB1*0601.患者的2名哥哥均分别正常遗传了父母的2条单倍体a、d及b、c.患者的2条单倍体分别为母源单倍体c及父源重组单倍体a/b,其中A*240201来自父亲的1条染色单体b,而B*550201-DRB1*090102-DQB1*030302则来自父亲的另1条染色单体a.对比患者携带的C未知新等位基因与父亲的1对C*010201 、C*120202等位基因的全长单倍体序列,推断父亲的2条染色单体在减数分裂时,由于HLA-C等位基因的第273位至330位碱基区域之间发生了交换,重组后形成新的C等位基因及单倍型并遗传给了患者.该C新等位基因的全长序列已递交GenBank,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为C*0121.结论 本研究发现了1个罕见的中国汉族人群HLA-C基因座位上的基因重组家系,阐明了HLA-C*0121新等位基因及单倍型的产生来源,为更深入研究基因重组及HLA多态性形成机制提供了理论依据.

Abstract：

Objective To study the inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus in a family of Chinese Han nationality, and to evaluate the molecular genetic background of the new HLA allele.Methods Peripheral blood samples were collected from a Chinese leukemia woman patient, as well as her healthy parents and two brothers.HLA-A, C, B, DRB1 and DQB1 alleles were typed by high-resolution PCR-sequence-based typing (SBT) method using Atria Genetic AlleleSEQR HLA SBT kits.The Protrans S4 HLA-C single allele-specific sequencing strategy was used to separate the two HLA-C alleles and to determine novelty of the allele.The full length sequences of HLA-C alleles of the patient and her parents were further analyzed using cloning and haplotype sequencing method. The HLA five loci linked haplotypes and the recombination site were analyzed by family study, meanwhile the full length sequences of the five HLA-C alleles were compared with the IMGT/HLA database by the program "BLAST".Results The two haplotypes of the father and mother were a:A*0207-C*010201-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 and b:A*240201-C*120202-B*5201-DRB1*1502-DRQ1*0601, c:A*300101-C*060201-B*130201-DRB1*0405-DRQ1*0401 and d:A*110101-C*070201-B*4001-DRB1*080302-DRQ1*0601,respectively.The two brothers inherited their parent′s haplotypes a, d and b, c respectively.The two haplotypes of the patient were the maternal c and paternal recombinant a/b haplotype.The recombinant a/b haplotype A*240201-C*new-B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302, A*240201 came from the paternal haplotype b,while B*550201-DRB1*090102-DRQ1*030302 came from the other paternal haplotype a.When comparing the full length sequences of the HLA-C new allele with the father′s allele C*010201 and C*120202, it could deduce that the recombinant a/b haplotype derived from a recombination event occurring between the paternal chromosome 6 during meiosis.The crossover site was between genomic nt273 and nt330 of HLA-C alleles, which created a HLA-C new allele and the fifth haplotype of the family, and inherited it to the patient.The full length sequences of the new allele had been submitted to Genbank, and officially named C*0121 by WHO nomenclature committee.Conclusion This study demonstrates a rare inter-allelic recombination event occurring in the HLA-C locus within a Chinese Han family and illustrates the process of novel allele and haplotype, and provides direct theory for further studying the mechanisms of gene recombination and HLA polymorphism.