应用抑制消减杂交技术筛选大肠癌新相关基因

目的利用抑制消减杂交技术（Suppression Subtractive Hybridization，SSH）构建人大肠癌差异表达cDNA文序，分离并克隆出大肠癌发病的相关新基因。方法运用抑制消减杂交技术分离大肠癌组织及癌旁正常黏膜差异表达基因的cDNA片断，将其与T载体连接构建文库，从库中随机挑取200个白色菌落．使用PCR方法鉴定阳性克隆并对其中50个克隆进行测序，将测序结果登录GenBank进行卜司源性对比分析，并对部分有意义的差异表达片断进行Virtual Northern Blot分析。结果成功构建人源性大肠癌消减cDNA文库，通过筛选获得20个差异表达的基因，其中有2个片断未检测到同源性序列，根据杂交结果考虑可能是存大肠肿瘤中差异表达的新基因。结论运用SSH技术成功构建了人大肠癌的差异表达的cDNA消减杂交文库，并筛选出2个存大肠肿瘤中差异表达的新基因。     

大肠癌与抑癌基因相关性的研究现状

大肠癌是常见的高危害消化系恶性肿瘤,全球每年新发病例约为120万例.近年来,随着人们生活水平的提高,饮食习惯和结构的改变,我国大肠癌的发病率和死亡率增长迅速,而且,发病年龄明显提前,目前,我国大肠癌中位发病年龄为58岁,比欧美等国家提前12-18年.大肠癌的发生是一个多阶段多步骤的、涉及多个基因改变的复杂过程.许多研究表明,结直肠癌变是一个涉及原癌基因激活、抑癌基因失活等多基因、多阶段、多步骤渐进演化的积累过程.与结直肠癌相关的抑癌基因有p53、APC、DCC、MMR等,原癌基因有k-ras、c-myc等.本文就以上基因改变与大肠癌的发生发展相关性的研究现状作一简单复习.     

胰腺癌抑制消减cDNA文库的构建及质量分析

目的构建人胰腺癌抑制消减cDNA文库.方法从来源于同一标本的胰腺癌和癌旁正常组织分离poly(A)+ RNA,经反转录后,利用抑制消减杂交(SSH)方法,通过两轮杂交和两次抑制PCR构建了两种组织间差异表达基因的cDNA消减文库.结果挑取500个克隆进行PCR扩增检测是否有插入片段,结果显示其中 457个克隆有插入片段,片段大小范围为 250～750 pb.结论应用消减杂交的方法,再经适当的改进,在去除相同遗传背景的条件下,可以建立较特异的胰腺癌cDNA消减文库,该文库为进一步批量筛选胰腺癌发生的相关基因群并克隆胰腺癌相关表达基因,研究其胰腺癌发生的分子机理与生物学特性间的关系奠定了基础.     

肝硬化患者发生的肝细胞癌差异表达基因文库的构建及初步筛选

目的 与肝硬化对比，研究肝细胞癌中差异表达的基因，构建在肝硬化基础上发生癌变的肝细胞之差异表达的cDNA消减文库。方法 采用抑制性消减杂交获得差异表达基因片段，T/A克隆，蓝白斑筛选，在自动测序仪上进行基因测序，做同源性表达序列标签长度在112-755bp之间，序列分析揭示28个克隆是来自以前描述过的基因，而另外7个在GenBank/EMBL/DDBJ数据库没有匹配序列，可能代表新基因。结论 实验结果表明从肝硬化发展至肝细胞癌涉及到多个基因的差异表达；本研究在成功地构建出流水作消减基因文库的同时，也证明了抑制性消减杂交技术对寻找差异表达基因是十分适用的。     

应用抑制性消减杂交方法克隆人肝细胞癌差异表达基因

Diatchenko等[1]报道了一种新的快速克隆差异表达基因cDNA的方法,称为抑制性消减杂交(SSH),十分适用于克隆造成某种特殊细胞表型的特异表达基因,例如正常和病变之间的基因表达差异分析。人肝细胞癌(HCC)是我国高发的恶性肿瘤之一,其发生发展与多种基因的突变与表达异常有关。我们应用抑制性消减杂交方法克隆HCC与癌旁非癌组织之间差异     

大肠癌及癌旁组织中p73基因的表达

大肠癌是常见的消化道肿瘤,是多因素、多阶段、多基因共同作用的结果。目前已证实关系密切的有K-ras,C-myc,p53,APC,DCC等。p73是新近发现的基因,与大肠癌关系尚不明确,我们通过检测大肠癌及癌旁组织中的P73表达,以期探讨p73基因在大肠癌发生发展中的作用。 1 材料和方法 1.1 材料大肠癌组织40例及相应远离癌灶5cm的非癌组织     

KAI1基因mRNA在大肠癌中的表达及其临床意义

KAI1基因是一个肿瘤转移抑制基因，研究表明，它对多种肿瘤有抑制转移作用。为研究它在大肠癌发生、发展中所起的作用，我们应用原位杂交方法，检测KAI1基因的mRNA在正常大肠黏膜组织、大肠腺瘤及大肠癌中的表达，寻找其变化规律，探讨它与大肠癌发生、发展的关系。     

大肠癌分子生物学研究进展

近年来,由于分子生物学技术的发展,大肠癌发生发展的分子机制研究取得了突破性进展。人们从原来注重分析癌细胞本身的生物学特性,开始更注重对正常细胞演变为癌过程中基因水平的分析。认识到细胞癌变及恶性肿瘤发生、发展的根本原因,可能在于细胞内部基因结构及表达的异常改变。大量研究表明,大肠癌的发生发展是由多因素引起、多基因参与并经历了多阶段的演变过程。目前,对大肠癌分子生物学变化研究主要集中在以下方面。1大肠癌发生的分子基础1·1散发性大肠癌1·1·1癌基因与抑癌基因与散发性大肠癌发生发展密切相关的癌基因有K-ras,抑癌…     

大肠癌分子生物学研究进展

近年来，由于分子生物学技术的发展，大肠癌发生发展的分子机制研究取得了突破性进展。人们从原来注重分析癌细胞本身的生物学特性，开始更注重对正常细胞演变为癌过程中基因水平的分析。认识到细胞癌变及恶性肿瘤发生、发展的根本原因，可能在于细胞内部基因结构及表达的异常改变。大量研究表明，大肠癌的发生发展是由多因素引起、多基因参与并经历了多阶段的演变过程。目前，对大肠癌分子生物学变化研究主要集中在以下方面。     

日本血吸虫消减雌性成虫cDNA文库的建立及其特异表达基因的筛选

目的 筛选雌性日本血吸虫特异表达基因。方法 感染日本血吸虫6周的家兔,用静脉灌注法收集成虫,经核糖核酸固定液固定,分别提取雌、雄成虫总RNA,纯化后获得mRNA,并反转录为cDNA。用抑制性消减杂交技术(SSH)构建雌、雄成虫正向消减(雌虫消减雄虫)及反向消减(雄虫消减雌虫)cDNA文库。用斑点杂交法筛选差异表达基因,挑选目标基因片段(与正向消减探针杂交的信号明显高于与反向消减探针杂交信号的克隆)进行测序、同源性搜索及基因功能预测分析。以日本血吸虫肌动蛋白(actin)基因作内参照,用半定量PCR(semi-quantitative PCR)鉴定目标基因在雌、雄虫体内的表达。结果 得到正向消减及反向消减cDNA文库,斑点杂交筛选出50个雌虫特异性表达的克隆,经测序得到42个表达序列标签(EST),其中,有17个基因(占40.5%)与已知日本血吸虫卵壳蛋白基因高度同源;17个基因(占40.5%)与日本血吸虫未知基因高度同源、且有一小片段与卵壳蛋白基因高度同源;有8个基因(占19.0%)与日本血吸虫其他未知基因高度同源。半定量PCR结果,6个基因在雌虫体内的表达水平明显高于雄虫,分别与GenBank的血吸虫卵壳蛋白基因AY222885、AY222895、AB017097、AF519182、M32281及血吸虫其他基因AY813556高度同源。结论 构建了雌、雄成虫正向消减及反向消减cDNA文库。用SSH可筛选日本血吸虫雌性特异性表达基因。     

运用消减杂交技术构建IgA肾病肾阳虚证的相关基因文库

目的采用抑制性消减杂交技术构建汉族人IgA肾病肾阳虚证cDNA消减文库。方法以辨病与辨证相结合,以IgA肾病肾阳虚证入手,应用RNA微量扩增、抑制性消减杂交、基因克隆等技术和方法,构建IgA肾病肾阳虚证消减文库。结果该研究成功地构建了IgA肾病肾阳虚证的cDNA消减文库,其中正向消减文库获得276个阳性克隆,反向消减文库获得261个阳性克隆。结论该研究初步构建了IgA肾病肾阳虚证的cDNA消减文库,为进一步筛选和克隆肾阳虚证的相关基因奠定了基础。     

筛选鉴定不稳定性心绞痛淋巴细胞差异表达基因

目的　筛选鉴定不稳定性心绞痛淋巴细胞差异表达基因 ,从分子水平探讨不稳定性心绞痛的发病机理。为不稳定性心绞痛早期诊断和潜在可能的基因治疗提供线索。方法　应用抑制性消减杂交技术筛选不稳定性心绞痛淋巴细胞和稳定性心绞痛淋巴细胞差异表达基因。将获得的顺向或逆向消减产物与 pGEM TEasyVector连接并转化大肠杆菌JM10 9,采用蓝白斑筛选和菌落PCR筛选有插入片段的克隆。将获得的菌落PCR产物分别等量点在 2张Hybond N 膜的同一位置上 ,同时与顺向消减和逆向消减产物进行斑点杂交 ,进一步筛选差异表达的cDNA片段。以获得的序列表达标签 (EST)为探针 ,与顺向消减和逆向消减产物进行反向Northern杂交 ,将获得的阳性EST测序 ,并进行同源性比较。结果　斑点杂交结果显示 :在不稳定性心绞痛组获得 93个阳性克隆 ,在稳定性心绞痛组获得 112个阳性克隆 ;反向Northern杂交结果显示 :在不稳定性心绞痛组获得 12个阳性EST ,在稳定性心绞痛组获得 2 0个阳性EST ,在各组中随机选取 5个阳性EST测序并进行同源性比较 ,全部为已知基因的部分序列。结论　这些EST与不稳定性心绞痛的发生与发展密切相关     

人大肠癌和癌旁组织消减cDNA文库的构建和鉴定

背景：抑制消减杂交(SSH)是一种较成熟的分离差异表达基因的方法，但用该方法构建大肠癌特异性基因消减cDNA文库和筛选相关基因的研究较少。目的：构建人大肠癌和癌旁组织的消减cDNA文库。方法：应用SSH技术分离大肠癌和癌旁正常组织差异表达基因的cDNA片段，将其与pGEM-T Easy载体连接，构建消减cDNA文库。将连接产物转化大肠杆菌DH5α进行文库扩增。随机挑取200个白色克隆，以聚合酶链反应(PCR)进行鉴定。结果：进行PCR扩增的200个克隆中，176个克隆有插入片段，片段分布于200～700bp。结论：成功构建了人大肠癌组织和癌旁组织差异表达基因的消减cDNA文库，为高通量筛选、克隆大肠癌特异性基因奠定了基础。     

大肠癌发生的分子基础

由于分子生物学技术的发展 ,大肠癌发生的分子机制研究取得了突破性进展。人们原来注重分析癌细胞本身的生物特性 ,现更注重对正常细胞演变为癌过程中基因水平的分析。认识到细胞癌变及恶性肿瘤发生、发展的根本原因可能在于细胞内部基因结构及表达的异常改变。大量研究表明 ,大肠癌的发生、发展是由多因素引起、多基因参与并经历了多阶段的演变过程。目前对大肠癌分子生物学变化研究主要集中在以下几方面。一、散发性大肠癌的研究1.癌基因与抑癌基因 :人类基因组中存在着具有能使正常细胞发生恶性转化的一类基因 ,被称为癌基因。但在大多数…     

胰腺癌抑制消减cDNA文库的构建及质量分析

目的：构建人胰腺癌抑制消减cDNA库。方法：从来源于同一标本的胰腺癌的和癌旁正常组织分离poly(A)^ RNA,经反转录后，利用抑制消减杂交（SSH）方法，通过两轮杂交和两次抑制PCR构建了两种组织间差异表达基因的cDNA消减库。结果：挑取500个克隆进行PCR扩增检测是否有插入片段，结果显示其中457个克隆有插入片段，片段大小范围为250－750pb。结论：应用消减杂交的方法，再经适当的改进，在去除相同遗传背景的条件下，可以建立较特异的胰腺癌cDNA消减库，该库为进一步批量筛选胰腺癌发生的相关基因群并克隆胰腺癌相关表达基因，研究其胰腺癌发生的分子机理与生物学特性间的关系奠定了基础。     

应用抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒DNA聚合酶末端蛋白的反式激活基因

目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶末端蛋白(TP)反式激活基因的差异表达的cDNA消减文库，克隆TP反式激活相关基因。方法 以TP表达质粒pcDNA3．1(-)-TP转染HepG2细胞，以空载休peDNA3，1(-)为对照；制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为cDNA，经Rsal酶切后，将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR，将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果 文库扩增后得到35个阳性克隆，经菌落聚合酶链反应(PCR)分析，得到34个200-1000bp插入片段。对所得片段测序，并进行同源性分析，显示14种己知基因编码蛋白和1种未加功能基因序列，可能是TP反式激活靶基因。结论 成功构建乙型肝炎病毒TP反式激活基因差异发达的cDNA消减文库，为今后进一步分析、研究病毒蛋白的致病机制奠定基础。     

申克孢子丝菌菌丝相和酵母相cDNA消减文库的构建及差异表达基因的筛选

目的构建申克孢子丝菌双相cDNA消减文库,筛选与双相转换相关的差异表达基因。方法运用抑制性消减杂交技术,构建申克孢子丝菌菌丝相（Mycelium,M）和酵母相（Yeast,Y）的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析。结果 M＋Y文库获得751条表达序列标签（Expressed Sequence Tags,ESTs）,经拼接后获得101条uni-genes;Y＋M文库获得875条ESTs,拼接获得249条unigenes。申克孢子丝菌酵母相菌丝相的转换伴随着不同菌相细胞差异基因的高表达,这些高表达的差异基因可分为结构基因类、代谢酶类、细胞表面分子类及功能不明的细胞分子。结论成功构建了申克孢子丝菌双相转换相关的cDNA消减文库基础上,筛选出部分差异表达基因,为进一步研究申克孢子丝菌致病相关基因奠定了基础。     

应用抑制性消减杂交技术克隆丙型肝炎病毒 E2蛋白反式调节基因

目的应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建丙型肝炎病毒(HCV)E2蛋白反式调节基因差异表达的cDNA消减文库,克隆HCVE2蛋白反式调节相关基因。方法以HCVE2表达质粒pcDNA3.1(-)_E2转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为对照,制备转染后的细胞裂解液,从中提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaI酶切后将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应(PCR)扩增,将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果成功构建人HCVE2蛋白反式调节基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后得到78个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到100～1000bp插入片段。挑取38个含有插入片段的阳性克隆测序分析,获得35个已知基因序列和3个未知基因。通过生物信息学分析获得其全长序列,其功能正在研究中。结论应用SSH技术成功构建了HCVE2反式调节基因差异表达的cDNA消减文库。该文库的建立为进一步阐明HCVE2反式调节的靶基因及致慢性肝脏疾病发生的分子生物学机制提供理论依据。     

大肠癌的相关基因表达和早期诊断意义

目的探讨大肠癌及癌前病变多个相关基因表达水平和诊断意义方法用RT-PCR及PCR-SSCP方法分别检测大肠癌、大肠腺瘤、溃疡性结肠炎及正常组织中p53,p73,DCC,APC,C-myc,K-ras基因mRNA表达及DNA突变,相比较各组间进行x2检验结果在结肠癌、结肠腺性息肉、溃疡性结肠炎、正常组织中的高表达率分别为55%,57%,50%,0%.突变率分别为37.5%,14.3%,8.3%,0%,有显著差异(P<0.05).p73基因高表达率分别为82.5%,81.6%,41.7%,15.4%,也有显著差异(P<0.05),仅大肠癌组检出7例p73基因缺失.DCC基因的高表达率、突变率、缺失率在大肠癌分别为5%,47.5%,40%,结肠腺瘤分别为4.1%,14.3%、18.4%,溃疡性结肠炎分别为16.7%,25%,0%,正常组仅1例高表达.APC基因在大肠癌的高表达率、突变率、缺失率分别为57.5%,30%,5%,大肠腺瘤的高表达率、突变缺失率分别为44.9%,34.7%,2.0%Cmyc基因在大肠癌、大肠腺瘤、溃疡性结肠炎、正常对照组织高表达率分别为95%,63.3%,66.7%,0%.K-ras基因大肠癌、大肠腺瘤、溃疡性结肠炎中高表达率分别为60%,57.1%,58.3%.突变率分别为40%,24.5%,16.7%,正常组织无高表达及突变.结论本研究提示p53基因高表达在大肠癌前病变即已发生,与大肠癌的发展阶段有关.p53基因突变可能与腺瘤的癌变有关.p73高表达在大肠腺瘤即已发生,且p73基因缺失可能与大肠腺瘤的癌变有关.p73在同位癌及癌组织中表达有显著差异,可能为新发现的癌基因.DCC基因以突变和缺失方式参与大肠癌的发生,但出现较晚,对大肠癌的基因诊断有重要意义.APC基因在大肠腺瘤阶段即已发生较高的异常表达.p53,p73,APC基因改变为大肠癌发生的早期事件,对大肠癌早期诊断有重要意义.C-myc,K-ras基因的高表达与大肠肿瘤的进展过程有关,可作为大肠癌的早期基因诊断的重要标志物.在大肠腺瘤和溃疡性结肠炎已发生大肠肿瘤的基因表达水平改变,可被认定为大肠肿瘤癌前病变.     

应用抑制性消减杂交技术克隆NS5A-TP4反式激活基因

目的：应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建人类新基因NS5A-TP4反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，克隆NS5A-TP4反式激活相关基因，了解该基因的可能生物学功能。方法：以NS5A-TP4表达质粒pcDNA3．1(-)-TP4转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)转染的HepG2细胞为对照；制备转染后的细胞裂解液，从总RNA中提取mRNA并逆转录为cDNA，经RSaⅠ酶切后，将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制多聚酶链反应(PCR)，将产物与pGEM-Teasy载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果：成功构建人类新基因NS5A-TP4反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后得到63个白色克隆，进行菌落PCR分析，均得到200～1000bp插入片段。挑取含有插入片段的36个克隆进行测序，并通过生物信息学分析获得20种已知功能基因序列和5个未知功能基因。结论：应用SSH技术成功构建了NS5A-TP4反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。该文库的建立为阐明NS5A-TP4生物学功能提供理论依据。