不同地区及人群中庚型肝炎病毒（HGV）5‘端部分基因序列的比较

采用套式逆转录聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ）法，用ＨＧＶ５′端引物对我国不同地区和不同人群中共２１株ＨＧＶ进行扩增并测序。结果显示除ＳＣ以外，不同地区和不同人群中（非甲－戊型肝炎病人、健康献血员和ＨＢｓＡｇ健康携带者）５′非编码区的序列同源性均超过９４％，高度保守；与美国报道的ＨＧＶ的基因序列比较表明：５′非编码区可分为两部分，靠近５′端为高度保守区，靠近核心区的５０ｂｐ则高度变异。     

我国部分地区庚型肝炎病毒（HGV）5‘端部分基因序列的比较

采用套式逆转录聚合酶链反应（ＲＴｎＰＣＲ）法，用５′端引物对我国部分不同地区ＨＧＶＲＮＡ阳性的血清进行扩增，扩增产物为３９１ｂｐ，将其纯化后连接到ｐＧＥＭＴＥａｓｙ质粒上，然后进行测序。测序结果表明，５′非编码区可分为两部分，靠近５′端为保守区，靠近核心区５０ｂｐ为高度变异区，而靠近５′非编码区的部分核心区的序列也较为保守。５株中国南方ＨＧＶ的５′端基因序列与美国报道的ＧＢＶＣ和ＨＧＶ的同源性分别在８３．４％～８９．１％和８５．７％～９０．３％，而５株之间的同源性超过９１．４％，显示中国的ＨＧＶ不同于美国报道的ＧＢＶＣ和ＨＧＶ，而且在中国流行的ＨＧＶ之间的基因序列较为保守。     

我国不同人群及各型肝炎病人庚型肝炎感染检测分析

应用酶联免疫试验（ＥＩＡ）检测抗ＨＧＶ、ＨＢｓＡｇ、抗ＨＢｓ、抗ＨＢｃ和抗ＨＣＶ，对抗ＨＧＶ阳性的部分标本进一步用逆转录套式聚合酶链反应法（ＲＴｎＰＣＲ）检测ＨＧＶＲＮＡ。结果各类人群及肝炎病人抗ＨＧＶ阳性率分别是：一般人群１０％（４／３９５），献全血员３６％（１０／２７８），某单采浆点人群１２９％（７０／５４１），静脉毒瘾者１３５％（２２／１６２），血透析病人２１４％（１２／５６），ＨＢｓＡｇ携带者１２０％（３／２５），慢性乙型肝炎病人２６２％（１１／４０），慢性丙型肝炎病人１２５％（１７／１３６），肝硬化病人３６４％（４／１１），慢性非甲戊型肝炎病人１８８％（３／１６）。提示献血员、静脉毒瘾者、血透析病人及ＨＢＶ或ＨＣＶ感染者是ＨＧＶ感染的高危人群；ＨＧＶ常与ＨＢＶ或ＨＣＶ重叠／联合感染，也可单独感染；ＨＧＶ是非甲戊型肝炎的致病因子之一。抗ＨＧＶ阳性者中ＨＧＶＲＮＡ检出率为６６％（６４／９７），提示抗ＨＧＶＥＩＡ可用于ＨＧＶ感染的检测。     

我国不同地区分离的七株庚型肝炎病毒5’非编码区部分核酸序列比较

目的探索中国株庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）基因的变异。方法采用ＨＧＶ中国株５’非编码区序列设计引物、逆转录套式聚合酶链反应法，检测中国不同地区血清中的ＨＧＶＲＮＡ，７份阳性产物采用ＡＢＩＰｒｉｓｍ３７７ＤＮＡ自动测序仪进行序列测定。结果测定的２ｌ３个碱基中，７株中国ＨＧＶ分离株与非洲株ＧＢＶＣ（ｕ３６３８０）序列同源性分别为８８．２６％、８５．９２％、８８．２６％、８５．４５％、８６．８５％、８５９２％和８８．２６％，与美国株ＨＧＶ（ｕ４４４０２）序列同源性分别为９２．０２％、８６．８５％、８６．６７％、８９．２０％、８９６７％、８９．６７％和９ｌ．５５％，而中国ＨＧＶ分离株间的同源性均高于９２．０２％。结论中国ＨＧＶ分离株基因型不同于美国报道的ＧＢＶＣ和ＨＧＶ亚型     

我国献浆血员中庚型肝炎病毒HGV RNA的检测及部分序列分析

采用５′非编码区的引物，用逆转录聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）检测１００名献浆血员中庚型肝炎病毒ＨＧＶＲＮＡ，其中１９名（１９％）ＨＧＶＲＮＡ阳性；对其中４份ＰＣＲ产物进行了直接测序，结果表明４株病毒在此区的核苷酸序列相对保守，其同源性在９５％以上，与美国报道的ＨＧＶ和ＧＢＶＣ的同源性分别为８８％和８５％不同。提示该４株ＨＧＶ与美国报道的ＨＧＶ和ＧＢＶＣ不属于同一基因型。     

山东地区HGV—RNA检测及部分核酸序列测定

目的 了解山东地区慢性丙型肝炎（ＣＨＣ）患者中庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）感染的状况，并测定其结构基因ＣＥ１区部分核苷酸序列。方法 用逆转录套式聚合酶链反应法（ＲＴ－ｎＰｃＲ）检测ＨＧＶＲＮＡ，并对部分阳性血清扩增的产物采用ＰＣＲ技术片段直接克隆法测定。结果 从１１６例慢性丙型肝炎患者血清中检出ＨＧＶＲＮＡ阳性３１例（２６．７％），其中１例患者ＨＧＶＣＥ１区部分核苷酸序列与中国第一株Ｕ７５３５６及另一例     

柳州市急性散发性戊型肝炎病毒（HEV）部分核苷酸序列分析

应用逆转录套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ）法检测柳州市７例散发性戊型肝炎病人急性期血清,６例ＨＥＶＲＮＡ阳性（８５．８％）。对其中２份阳性ＰＣＲ产物纯化后,直接测定其核苷酸序列,并与ＨＥＶ墨西哥株（Ｍ）、缅甸株（Ｂ）、中国流行株ＣＨ１．１进行比较。该２株ＨＥＶ散发株与ＨＥＶ（Ｍ）、ＨＥＶ（Ｂ）、ＨＥＶＣＨ１．１的核苷酸同源性分别为８０．８％、９２．４％～９２．７％、９７．５％～９７．７％。结论,该２株ＨＥＶ散发株与ＨＥＶ（Ｂ）和ＣＨ１．１为同一亚型。     

庚型肝炎病毒PCR产物直接序列测定方法的建立及应用

以ＰＣＲ产物为测序模板，γ３２ＰＡＴＰ标记的ＰＣＲ扩增引物为测序引物，用ＴａｑＤＮＡ聚合酶为测序酶，建立了庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）ｃＤＮＡ序列分析方法。应用本法测定１份ＰＣＲ阳性产物的ＨＧＶｃＤＮＡ序列，图谱呈清晰的序列梯，其序列与ＧＢＶＣ（Ｕ３６３８０）和ＨＧＶ（Ｕ４４４０２）的相应片段序列比较，同源性分别为８５６５％（１９１／２２３）和８５２％（１９０／２２３）。与用荧光法测定的另一株ＨＧＶ序列有高度一致性。对同一样品两端测序，重叠部分序列完全一致。表明ＰＣＲ产物直接测序法可用于ＨＧＶ核酸序列分析。     

我国不同人群各型肝炎患者庚型肝炎病毒感染研究

我国不同人群各型肝炎患者庚型肝炎病毒感染研究凌斌华１庄辉１李盛２杨乐薇３崔怡辉１应用酶联免疫试验（ＥＩＡ）对河北省不同人群及北京市各型肝炎病人共计１６６０份血清检测了抗－ＨＧＶ，并进一步对部分抗－ＨＧＶ阳性血清检测ＨＧＶＲＮＡ，以了解各类人群ＨＧＶ感...     

206例静脉毒瘾者和211例性乱者HGV感染状况

对２０６例静脉毒瘾者和２１１例性乱女子进行了ＨＧＶ感染状况的研究。ＨＧＶ ＰＣＲ选择扩增位于５‘非结构区基因组（ＮＳ５区）,扩增产物为１９０ｂ;ｐ。结果：２０６例静脉毒瘾者ＨＧＶ感染率为１８．４％,其抗ＨＧＶ－ＩｇＧ和ＨＧＶ－ＲＮＡ的检出率分别为１２．１％（２５／２０６）,９．２％（１９／２０６）,两者同时阳性的检出率为２．９％（６／     

中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型的分子流行病学特征分析

目的 分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型（coxsackievirus group A type 10,CA10）流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法 利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株彼此间的核苷酸和氨基酸同源性进行计算。结果 纳入本研究的中国大陆地区CA10毒株共计218株,中国大陆地区CA10流行毒株的基因型以C型为主。与原型株CA10-Kowalik相比,中国大陆地区CA10毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为69.4%~73.9%和90.6%~93.6%;中国大陆地区CA10毒株内部的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.4%~100.0%和92.9%~100.0%。结论 本研究提示应针对CA10毒株流行趋势和基因型分布情况,采取有效措施防控手足口病。     

山东地区恙虫病东方体分离株的基因分型与序列分析

目的鉴定山东地区恙虫病东方体分离株的基因型别,分析其核苷酸序列。方法以日本、韩国常用的恙虫病东方体分型引物,用巢式PCR技术检测恙虫病东方体分离株的相对分子质量(Mr)56×103蛋白基因片段,对群引物扩增的PCR产物纯化回收后测序,并行序列分析。结果Gilliam、Karp、Kato、山东分离株用群引物均扩增出481-507 bp的目的片段,Gilliam、Karp、Kato经相应的型引物扩增出了目的片段。山东分离株仅Kawasaki型的分型引物扩增出目的条带,序列分析证实山东分离株与Kawasaki型相似。结论在国内首次扩增出Gilliam、Karp、Kato三型标准株,山东地区恙虫病东方体分离株为Kawasaki型;山东地区恙虫病东方体与日本的Kawasaki型相似,两者有较近的亲缘关系。     

云南省1977-2010年流行性乙型脑炎病毒分子流行病学研究

目的 阐明1977-2010年分离自云南的63株流行性乙型脑炎（乙脑）病毒的基因型和分子流行病学特点。方法 病毒株常规接种乳小白鼠,取发病濒死的乳鼠脑组织经研磨制成上清液,提取病毒核酸,通过RT-PCR扩增乙脑病毒E基因序列,采用Clustal X、DNAstar和Mega 5.0等生物学软件进行核苷酸和氨基酸序列分析及系统进化树分析。结果 云南乙脑病毒分离株均可引起乳鼠发病和死亡。经RT-PCR和序列测定获得63株乙脑病毒的E基因序列,进化树和同源性分析表明,47株属基因1型,16株为基因3型。基因1型可分为2个进化群,其中云南最早的基因1型分离株（M28,1977;BN82215,1982）与泰国早期基因1型分离株（U70416,1982;DQ084229,年代不详）同处一个进化群;2007-2010年基因1型分离株分布于两个次级进化分支;16株基因3型分布于3个进化群中,其中20世纪70-90年代分离株分布于两个进化群,2004年分离株处于另一进化群。此外,无论基因1或3型乙脑病毒的抗原性、致病性和毒力等主要氨基酸位点均未发生明显改变。结论 云南省存在基因1和3型乙脑病毒流行,1型为近期主要流行型。云南省不同年代和地域的乙脑病毒分离株存在明显差异并具有遗传多样性特点。本研究还提示基因1型乙脑病毒可能起源于中国云南省及相邻东南亚地区。     

新疆博乐地区大沙土鼠感染恙虫病东方体基因分型与序列分析

目的 鉴定新疆博乐地区恙虫病东方体分离株的基因型别,分析其核苷酸序列.方法 应用巢式PCR(nPCR)对新疆博乐地区采集的鼠标本Ot-Sta56KDa基因片段进行检测,PCR扩增产物纯化后测序,进行序列分析.结果 博乐地区艾比湖滩涂地优势鼠种为大沙土鼠;在大沙土鼠脾总DNA用群引物扩增出481～507bp的目的 片段;经相应型引物扩增出了目的 片段,序列同源性显示,核苷酸序列与Karp、ISS-11、Taiwan的核苷酸序列的同源性为97%,与Kanda的核苷酸序列同源性为92%.系统发生树表明,分离株与Karp株亲缘关系较近.结论 在新疆地区首次从大沙土鼠中分离并扩增到恙虫病东方体基因片段,与Karp株型有较近的亲缘关系.     

浙江省肠道病毒71型的分离与VP1区域序列分析

目的研究浙江省手足口病患者中肠道病毒（EV）71型分离株的病毒基因特征。方法采集手足口病患者粪便、疱疹液和咽拭子标本，进行病毒分离和逆转录一聚合酶链反应（RT—PCR）特异性扩增进行鉴定，同时选取其中6株EV71分离毒株，对其抗原决定簇部位VP1区进行核苷酸序列测定并参考EV71A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析和构建系统发生树。结果从14份标本中分离出EV9株，经中和试验和RT—PCR特异性扩增，均证实为EV71。其中6株EV71分离毒株与A、B基因型参考毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别为82．9％～85．5％和94．9％～98．0％；与C基因型比较，同源性分别为89．2％～94．1％和97．0％～99．0％。而与C基因型的C1、C2、C3、C4亚型代表株的核苷酸同源性分别为91．0％～92．2％、90．2％～90．3％、89．2％～89.5％、96．7％～96．9％，其中与国内以往分离到的C4亚型毒株的核苷酸同源性可达93.8％～97．1％。在系统发生树上，这6株毒株均在C基因型中，与属C4亚型的11株毒株属同一分支。结论浙江省手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型。     

中国南方某农村地区人与猪戊型肝炎病毒的检测和部分序列分析

目的调查中国南方某农村地区戊型肝炎病毒（HEV）人株与猪株的相关性。方法应用逆转录-巢式聚合酶链法（RT—nPCR）对一般人群中HEV-IgM阳性者、急性戊型肝炎患者和当地某养猪场的猪进行HEV RNA检测，并对HEV RNA阳性标本进行克隆测序和序列分析。结果132份猪粪便标本中13份为HEV RNA阳性；26份IgM阳性一般人群血清标本中有4份HEV RNA阳性；4例急性戊型肝炎患者中有1例的血清和粪便标本为阳性。序列分析发现该地区HEV人株与猪株在ORF2部分区域的核苷酸序列同源性为89．3％～100．0％，这10株HEV序列与HEVⅠ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型在同一区域的核苷酸序列的同源性分别为78．7％～84．7％、83．3％～85．3％、76．0％～80．0％和84．7％～95．3％。结论该地区人群及猪群中流行的HEV同属基因Ⅳ型。     

贵州省不同地区2008年虫媒病毒调查

目的调查贵州省不同地区虫媒病毒分布状况,对采集的蚊虫标本进行病毒分离与鉴定。方法 2008年7月在贵州省黔西、德江、榕江和从江县的4个标本采集点使用诱蚊灯采集蚊虫标本,通过组织培养法分离病毒,并对病毒分离物进行血清学和分子生物学鉴定;利用生物信息学技术对新分离病毒的序列进行分析,完成同源性和系统发生分析。结果采集到3属4种共计9160只蚊虫标本,从中分离到9株病毒,鉴定结果显示8株为盖塔病毒,1株为流行性乙型脑炎病毒(JEV);贵州省新分离盖塔病毒与原型株相比,核苷酸同源性为94.5%～94.9%,氨基酸同源性为97.4%～97.6%;新分离JEV与基因Ⅰ型JEV的同源性最高,系统进化分析结果显示属于基因Ⅰ型JEV。结论在贵州省分离到盖塔病毒和基因Ⅰ型JEV。盖塔病毒新分离株与我国其他省份分离株进化关系较近;JEV新分离株与四川省分离株进化关系较近。     

云南省澜沧江流域蚊虫流行性乙型脑炎病毒分子特征分析

目的确定2007-2009年从云南省澜沧江流域采集蚊虫中分离的13株流行性乙型脑炎病毒(JEV)基因型及其E基因序列特征。方法用反转录-聚合酶链反应(RTPCR)扩增E蛋白核苷酸序列,测序后用DNAStar软件包中的MegAlign程序完成核苷酸相似性和氨基酸同源性分析;用ClustalX1.83软件进行碱基配对后采用Mega5.0软件做进化树分析。结果 13株JEVE基因的核苷酸相似性为98.0%～100%,氨基酸的同源性为99.8%～100%,与我国乙脑减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸相似性为86.1%～86.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%;进化树分析发现,13株JEV均属于基因Ⅰ型。结论 2007-2009年从云南省澜沧江流域采集蚊虫中分离的13株病毒属于JEV基因Ⅰ型。     

2002-2007年福建省麻疹野病毒的分离与基因特性分析

[目的]收集福建省流行的麻疹野毒株,分析麻疹野病毒的基因特征。[方法]应用B95a或Vero/slam细胞,从疑似病例的咽拭子或尿液标本分离麻疹病毒,用RT-PCR方法扩增分离株病毒的N基因3'端450个核苷酸片段,分析其基因型别及遗传特征。[结果]2002年、2006-2007年共从5个设区市分离了14株麻疹野病毒,均为H1a基因亚型。14株病毒核苷酸同源性为97.8%~100%,在遗传树图中分属于4个独立分支,具有不同的来源。福建省分离株与H1基因型中国代表株、H2基因型及疫苗株S191相比,与S191差异性最大(核苷酸同源性91.0%~92.0%,氨基酸同源性88.1%~90.1%)。MV06-32、MV07-30、MV07-39和MV07-46这4株间N基因3'端450个核苷酸间同源性为100%,显示不同地区和年份来源的病毒株具有高度同源性。[结论]福建省目前监测到的麻疹野病毒均为H1基因型、H1a基因亚型,未发现其它型别;不同地区或同一地区内存在多传播链同时循环,也存在同一野病毒株可在不同地区、不同年份间持续循环传播。     

中国北方地区部分献血员TT病毒的基因型分布

目的 对中国北方地区部分献血员ＴＴ病毒（ＴＴＶ）基因型分布进行分析。方法 用套式聚合酶链反应检测ＴＴＶ ＤＮＡ,将ＰＣＲ产物克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体并测序,用Ｇｌｕｓｔａｌ Ｘ和Ｎｅｉｇｈｂｏｒ ｊｏｉｎｉｎｇ 程序对其作核苷酸序列的比较分型。结果 １２株中国株ＴＴＶ间核苷酸同源性在５３％￣９５％,与１ｂ亚型ＴＯ０１１（Ｏ）株的苷酸同源性为５５％￣９４％,与１ａ亚型ＴＡ２７８株的核苷酸同源性则在５５