革兰阴性杆菌中质粒ampC基因的检测与分析

目的运用多重聚合酶链反应(PCR)检测革兰阴性杆菌的质粒ampC基因.方法通过热裂解获得DNA模板,用6组引物进行多重PCR扩增,用琼脂糖凝胶电泳区分PCR产物.结果 200株临床分离的革兰阴性杆菌中有6株为质粒ampC基因阳性.结论用多重PCR技术能简单、快速地检测革兰阴性杆菌质粒ampC基因,且特异性高.     

炭疽高发地区土壤样本中常见芽胞杆菌的分离及鉴定

目的 通过分离鉴定炭疽可疑污染土壤样本的芽胞杆菌,评价消毒效果和了解监测地区土壤中的芽胞杆菌分布情况。 方法 采集炭疽监测点土壤样本60份,对炭疽芽胞杆菌和其他芽胞杆菌进行分离培养和聚合酶链反应扩增鉴定。 结果 在可疑污染土壤样本中未分离到炭疽芽胞杆菌;从分离到的48个单克隆菌落中扩增到33个目的片段,经测序和blast比对,确定得到地衣芽胞杆菌13株,枯草芽胞杆菌8株,短小芽胞杆菌扩增11株,蜡样芽胞杆菌扩增到1株,巨大芽胞杆菌引物和环状芽胞杆菌引物特异性不好。 结论 本研究提示该监测点炭疽疫情消毒效果可信,但需要进一步研究验证;几种芽胞杆菌在土壤中广泛存在,在炭疽监测工作中进行病原体分离时需要加以鉴别,可通过特异基因扩增来辅助检验。     

聚合酶链反应检测白喉杆菌的实验研究

目的　建立检测白喉杆菌的聚合酶链反应 (PCR)方法。方法　用PCR扩增白喉杆菌特异的白喉外毒素B基因 (toxB)片段 ,琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物。结果　白喉杆菌参考菌株 (有毒株 )均扩增出 318bp的特异性片段 ,而其他需鉴别诊断的常见病原菌均未扩增出此特异条带。检测灵敏度为 85 0fg/ μl基因组DNA。 结论　依据toxB基因建立的白喉杆菌PCR检测方法具有高度的敏感性和特异性 ,是诊断与鉴别诊断白喉杆菌感染的一种有效手段     

革兰阴性杆菌中质粒ampC基因的检测与分析

目的　运用多重聚合酶链反应 (PCR)检测革兰阴性杆菌的质粒ampC基因。 方法　通过热裂解获得DNA模板 ,用 6组引物进行多重PCR扩增 ,用琼脂糖凝胶电泳区分PCR产物。结果　 2 0 0株临床分离的革兰阴性杆菌中有 6株为质粒ampC基因阳性。 结论　用多重PCR技术能简单、快速地检测革兰阴性杆菌质粒ampC基因 ,且特异性高。     

两例Ph染色体阳性慢性粒细胞白血病患者具有少见型bcr/abl融合基因

目的　研究 2例Ph染色体阳性慢性粒细胞白血病慢性期 (CML CP)患者异常的bcr/abl融合基因结构。方法　分别采用常规的M 及 μ 型bcr/abl融合转录子特异性引物进行逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR) ,对RT PCR扩增产物测序进行序列同源性分析 ,以确定扩增产物的成分及bcr/abl融合转录子类型 ,其中 1例根据测序结果设计引物并通过PCR研究其DNA水平bcr与abl基因融合方式。结果　 2例患者临床表现均符合典型CML CP特征 ,RT PCR扩增后均未见典型的M 及 μ 型扩增带 ,而分别出现一条异常的条带 ,产物大小分别介于M 及 μ bcr/abl之间及小于M bcr/abl。经序列分析证明RT PCR产物均含有bcr及abl基因序列 ,例 1的bcr基因断裂发生在第 18外显子 (e18)内部 ,abl基因融合位点为常见的外显子 2 (a2 )处 ,它们之间插入了 4 0bp的部分abl基因内含子 1b序列 ,为一种新型的符合阅读框架结构的bcr/abl融合转录子e18 int a2。经PCR证明该融合发生在DNA水平。例 2的融合转录子中缺失典型M bcr/abl(b2a2 )融合基因中abl基因外显子 2 (a2 ) ,为e13a3(b2a3)型。结论　少见型bcr/abl融合基因可见于典型Ph染色体阳性CML患者并产生异常的RT PCR扩增带。     

套式聚合酶链式反应诊断三日疟原虫感染的临床应用

目的应用套式聚合酶链式反应(PCR)扩增小亚单位核糖体核糖核酸(SSUrRNA)基因诊断三日疟原虫感染,以减少三日疟的漏诊和误诊。 方法分别提取可疑三日疟患者抗凝血DNA和对照间日疟、恶性疟患者抗凝血DNA,以此为模板,用疟原虫属特异性引物进行第一轮扩增;然后以第一轮扩增产物为模板,用4种疟疾的种特异性引物进行第二轮扩增,比较扩增出的18 SSU rRNA基因片段的大小,并对目的片段进行测序鉴定。 结果经属特异性引物PCR扩增后,3个样本均出现大小约为1200bp的条带。经种特异性引物PCR扩增后,间日疟及恶性疟确诊样本均扩增出相应的120bp和205bp特异性条带;可疑患者样本仅在用三日疟原虫种特异性作引物时扩增出144bp特异条带,与理论值相符,与Genbank标准序列对比显示,扩增片段大小及测序结果均完全正确。证实患者感染三日疟原虫。 结论利用小亚单位核糖体核糖核酸基因片段三日疟种特异引物进行扩增可以用于诊断三日疟原虫感染。     

蜡样芽胞杆菌快速检测及其毒力基因筛选

目的筛选蜡样芽胞杆菌鉴定基因和快速检测毒力基因。方法选择分离自食品和土壤的代表性蜡样芽胞杆菌共329株,聚合酶链式反应（PCR）方法检测gyrB和groEL基因的种特异性,检测毒力基因在菌株中的分布特征。 基于检测结果,用多重PCR检测方案快速检测蜡样芽胞杆菌鉴定基因及其毒力因子。结果在蜡样芽胞杆菌及其近缘芽胞杆菌中,除1株苏云金芽胞杆菌扩增阳性外,gyrB基因具有蜡样芽胞杆菌种特异性;而groEL基因在4种芽胞杆菌中均有扩增。 6种毒力基因nheA、entFM、bceT、hblC、cytK和ces的携带率分别为84.19%、79.64%、49.24%、47.72%、47.11%和1.52%。 选择nheA、hblC、entFM、ces、cytK和gyrB用于快速鉴定蜡样芽胞杆菌及其毒力基因,获得了双重PCR扩增体系（gyrB和cytK）与4重PCR扩增体系（nheA、hblC、entFM和ces）的最佳检测方案。结论筛选的蜡样芽胞杆菌鉴定基因和毒力基因能够全面、特异、简便、高效地检测蜡样芽胞杆菌,可为食品安全检测及快速诊断提供依据,在实际检验工作中具有良好的应用前景。     

dystrophin基因常见易缺失外显子片段的克隆和鉴定

背景:dystrophin基因是人类常见的X染色体连锁隐性遗传的神经肌肉系统疾病,dystrophin基因缺失集中在两个热点区域即外显子2～20和44～53,其主要缺失可以通过对一系列外显子的检测来发现.然而对dystrophin基因缺失的18个常见易缺失外显子片段的系统检测却鲜有报道.目的:拟对dystrophin基因18个常见易缺失外显子片段进行克隆、鉴定.方法:以人类基因组DNA为模板,应用18对引物对dystrophin基因常见易缺失外显子片段进行PCR扩增.将扩增产物与pGEM-TEasy载体连接,转化E.coli JM109感受态细胞.通过平板培养,挑选阳性克隆.提取重组质粒,Notl酶切,获得完整的探针片段,并作测序鉴定.通过核酸序列数据库相似性检索工具验证序列的来源及其与GeneBank收录序列的相似性.结果与结论:PCR扩增出18个片段,与dystrophin基因预期扩增片段大小相一致.重组克隆质粒的酶切产物与PCR产物大小相近,与预期相一致.经测序获得18个克隆片段全序列,其核苷酸数量与预期基本一致,序列相似性检索分析证实了这些克隆片段与GeneBank收录的dystrophin基因片段具有极高的同源性.克隆产物确为dystrophin基因常见易缺失外显子片段.     

从单个细胞扩增靶基因片段的技术

目的 建立从人的单个细胞扩增特定靶基因片段进行基因诊断的技术。方法 利用显微操作技术挑取单个纤维母细胞，各置于0.2ml簿壁反应管的裂解液中，合成针对抑癌基因P53第5－9外显子（e）的引物，运用15mer高度随机引物或一个特异引物进行单个细胞的整修基因组DNA或特异靶片段的预扩增，再以其为模板进行巢式聚合酶链反应（PCR）扩增P53基因第e5-9的1900bp片段及含第5，6外显子的580bp片段，并用ABI－377测序仪测定其序列。结果 运用稀释至0.01ng的基因组DNA扩增1900bp片段，优化PCR的条件，分别从300个单个纤维母细胞扩增上述1900bp片段，10个获得1900bp片段，成功率为33％。拉坟580bp片段，则阳性率可达605。序列分析证明确为P53基因第5，6外显子序列。结论 运用本实验室建立的技术可从人的单个细胞扩增特定靶基因片段，并测定其序列，作出基因诊断。     

小片段PCR产物对布鲁菌种属鉴定的研究

目的 应用小片段PCR产物对布鲁菌进行快速种属鉴定.方法 收集2008年1月至2009年6月在吉林省松原地区从92例布鲁菌病患者血液中分离出的布鲁菌13株,其中羊布鲁菌9株,牛布鲁菌2株,猪布鲁菌2株.根据布鲁菌属细菌重复插入序列IS711及羊布鲁菌、牛布鲁菌及猪布鲁菌种间特异性基因片段设计引物,对3株布鲁菌标准菌株及13株临床分离布鲁菌分别进行PCR反应,获得相应PCR产物.将PCR产物T-A克隆并进行测序分析.对布鲁菌标准菌株DNA模板进行稀释,对每一稀释度的DNA模板分别进行10次PCR扩增,进行灵敏度和稳定性检测.结果 4种PCR反应均可获得特异的小片段PCR产物,片段长度分别为63、67、81和83 bp,T-A克隆测序结果 与目的 基因片段比较,符合率为100%,检测模板的最低DNA浓度为1 μg/L,分别用不同的引物对相应布鲁菌DNA模板进行10次PCR扩增,均得到预期结果 .结论 本研究建立的PCR反应能鉴定布鲁菌种属,具有良好的特异性、灵敏度和稳定性.     

单细胞PCR用于HLA分型的研究

目的 探讨单细胞PCR用于妊娠前HLA诊断分型.方法 分别采用碱、蛋白酶和冻融裂解法制备单细胞DNA模板,然后采用多重PCR分别扩增HLA-A,HLA-B基因的第2、3外显子和第2内含子区域,HLA-DrB1基因的第2外显子区域.结果 酶裂解法可有效制备单细胞DNA模板,单细胞DNA扩增成功率95%,所设计引物可有效扩增HLA-A、B和DrB1序列,全部操作可在6 h内完成.结论 本研究建立的巢式多重PCR技术对单细胞HLA分型具有较高的扩增效率,操作时间短,可望应用于临床妊娠前诊断.     

慢性髓性白血病bcr／abl融合基因的克隆与表达

目的：克隆bcr／abl融合基因融合位点基因片段。方法：以慢性粒细胞白血病（CML）K562细胞株总RNA作为模板,采用RT—PCR方法扩增包含Bcr／abl（b3a2）融合位点基因片段。将RT—PCR物按正确的阅读框架,定向克隆到pEGFP—N3的下游,将重组质粒转化大肠杆JM109大肠杆菌,用PCR初筛,将PCR扩增阳性的重组子用EcoR Ⅰ和BamH Ⅰ双酶切鉴定,并进行序列的测定。结果：扩增出470bp的Bcr／abl融合位点基因片段,构建重组质粒pEGFP—bcr／abl,酶切产物的大小分别与预期相符。结论：成功地扩增bcr／abl融合位点基因片段及构建真核表达重组质粒pEGFP—bcr／abl,为在体外表达重组bcr／abl蛋白奠定基础。     

乙型肝炎病毒全长基因组的扩增

目的:探讨扩增乙肝病毒全长基因组合适的PCR反应条件。方法:设计针对负链5′末端引物,PCR一步法扩增乙肝病毒全长基因。改变PCR反应条件,决定最佳退火温度和最佳引物浓度,并观察不同乙肝病毒DNA模板量对PCR扩增效率的影响。结果:最佳退火温度为68℃,最佳引物浓度为0.5μmol/L,模板量在150拷贝以上能扩增出乙肝病毒全长基因,但模板量达到105拷贝抑制扩增效率。结论:退火温度为68℃、引物浓度为0.5μmol/L、乙肝病毒DNA模板量在150～105拷贝为乙肝病毒全长基因扩增的合适PCR反应条件。     

巢式聚合酶链式反应检测脑脊液标本中病原体的方法评价

目的探讨巢式聚合酶链式反应(PCR)检测脑脊液标本中病原体的可行性,为疾病的快速临床诊断提供参考。方法源自细菌16S rRNA基因序列设计的巢式PCR技术方法,包括2对引物,2次PCR扩增,第1对引物首次PCR扩增脑脊液标本提取的核酸DNA,第2对引物再次PCR扩增,其DNA模板为第1轮PCR扩增产物。将第2轮PCR扩增产物进行测序,对序列进行比对分析,从而确定感染的病原体。使用DNA微量分光光度测定布鲁氏菌纯菌核酸DNA,将DNA进行倍比稀释,用于巢式PCR敏感性测试。结果巢式PCR能够检测的最低限约为1个核酸DNA拷贝数。应用巢式PCR检测40份临床患者的脑脊液标本,扩增结果表明有37份标本获得约1 460 bp的预期扩增条带(不同细菌扩增片段有差异),测序比对结果显示,检出脑膜炎奈瑟菌7份、产碱假单胞菌1份、草假单胞菌22份、嗜麦芽窄食单胞菌2份、肺炎链球菌1份、未知细菌性病原体4份、未检出3份。结论巢式PCR能够快速检测与鉴定脑脊液标本中的细菌性病原体。     

蛋白转导结构域-bcr/abl融合基因的构建和表达

目的 构建含蛋白转导结构域（PTD）与慢性粒细胞白血病（CML）bcr/abl融合基因片段的质粒，并在大肠杆菌中表达。方法 PCR扩增的CML bcr/abl基因片段，经DNA测序后，与合成编码PTD的DNA片段一起手稿质粒pET-16b，构建表达载体pEPb，转化大肠杆菌并进行了PTD－bcr/abl蛋白的诱导表达和纯化。结果 跨越bcr/abl断裂点的523bp的目的片段被有效地扩增，DNA序列分析表明所构建的含PTD－bcr/abl融合基因的质粒与设计相同。PTD－bcr/abl融合蛋白在转化大肠杆菌获得了高效表达并纯化。结论 成功地获得了PTD－bcr/abl融合蛋白片段的基因表达产物，为进一步研究CML的免疫治疗奠定了基础。     

降落聚合酶链反应技术在低密度脂蛋白受体基因点突变研究中的应用

目的 建立降落(TOUCHDOWN)聚合酶链反应(PCR)方法，快速检测家族性高胆固醇血症患者低密度脂蛋白受体(LDL-R)基因点突变。方法 设计LDL-R基因2l对引物，根据TOUCHDOWN原理设计包括启动子和18个外显子特异性片段在内的PCR程序，通过试验选择PCR最佳反应条件，在同一程序中分别对21个片段进行扩增，琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物，纯化后DNA产物测序分析该方法的特异性。结果 编设退火温度范围从68℃降至54℃的PCR程序，优化PCR扩增条件，电泳检测采用同一程序同时分别扩增的LDL-R基因21个片段条带清晰，测序证实了此组片段的特异性。结论 成功建立降落PCR方法，提示此法为LDL-R基因突变筛查提供了快速可靠的手段。     

鲍曼不动杆菌的基因分型及其应用

目的运用重复片段引物PCR对鲍曼不动杆菌进行基因分型，了解鲍曼不动杆菌的基因同源性。方法选用肠杆菌科基因问的重复序列（ERIC）为引物进行PCR扩增，对24株鲍曼不动杆菌进行分型，并与药敏结果进行比较。结果用ERIC-PCR方法将鲍曼不动杆菌分为10种基因型，抗生素表型有4种。结论该方法简便易行，且重复性好。适合于医院流行病学研究。     

CDCP1胞外段基因的克隆及在大肠杆菌中表达

目的：构建携带 CDCP1胞外段基因的原核表达载体。方法以 A549的 mRNA 为模板,应用所设计的引物通过 RT-PCR 法扩增 CDCP1胞外段基因;将 PCR 产物与 pGEX-KG 载体连接,获得重组质粒 pGEX-KG/CDCP1;经双酶切、PCR 及 DNA 序列测定进行鉴定;IPTG 诱导表达。结果①RT-PCR 扩增得到约270 bp 大小的 CDCP1胞外段基因目的片段;②目的片段正确插入到 pGEX-KG 中;③经 IPTG 诱导表达,可见在相对分子质量约35kD 处出现明显的诱导蛋白条带,与预期一致。结论成功构建了携带 CDCP1胞外段基因的原核表达载体,在大肠杆菌中获得大量表达。     

IGF-1R、PRKCZ基因启动子区甲基化检测方法的探讨

目的 探讨人和小鼠的IG-1R 、PRKCZ基因启动子区DNA甲基化检测的方法.方法 用亚硫酸氢钠处理人外周血白细胞基因组DNA及小鼠骨骼肌组织中DNA标本,以修饰后的DNA为模板,对人和小鼠两个不同基因分别设计合适的引物对启动子区进行Touch-Down PCR扩增,PCR产物进行克隆测序.结果 在利用合适的引物对修饰后DNA模板进行扩增时均能扩增出目的 片段,克隆测序结果显示IGF-1R、PRKCZ基因启动子区甲基化的胞嘧啶碱基C不变,而非甲基化的胞嘧啶碱基C转变为胸腺嘧啶碱基T.结论 成功的建立了人和小鼠IGF-1R、PRKCZ基因启动子区甲基化的检测方法,为进一步探讨这两种基因启动子区甲基化与相关疾病的关系奠定基础.     

双重PCR快速检测百日咳杆菌

目的:以百日咳毒素S1亚基启动子ptxA-Pr基因和插入序列IS481为目的基因,建立敏感、特异的双重PCR快速检测百日咳杆菌方法.方法:运用百日咳杆菌ptxA-Pr和IS481基因序列特异性引物,采用双重PCR技术同时扩增百日咳杆茵的特异性基因ptxA-Pr和IS481.通过构建目的质粒获得阳性对照,测序并与GenBank比对序列验证扩增产物.百日咳标准茵株DNA 10倍系列稀释为模板.采用此方法扩增双基因,检测此方法敏感性.扩增肺炎克雷伯茵、肺炎链球茵、铜绿假单胞茵、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌及阳性样本DNA,检测此方法特异性.结果:百日咳杆菌标准株和阳性样本均能同时扩增ptxA-Pr和IS481目标序列,分别为191、145 bp.构建质粒后测序结果与GenBank对比一致.每个反应体系能检测到的标准菌株核酸最小量为1.65×10<'-2>ng.其他菌株检测未出现非特异性扩增.结论:双重PCR扩增百日咳杆菌ptxA-Pr和IS481基因的方法可用采特异快速的检测百日咳杆菌.