基于网络药理学探讨红花治疗非酒精性脂肪肝的可能性

[目的] 利用网络药理学探讨红花治疗非酒精性脂肪肝（NAFLD）的可能性。[方法] 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）数据库得到红花OB≥30%,DL≥0.18的有效活动成分,通过Swiss靶点预测数据库获取成分对应靶点。利用DisGeNet数据库及OMIM数据库获取NAFLD的靶点。采用STRING数据库构建交互基因蛋白之间的关系网络,利用DAVID数据库分析GO富集和KEGG信号通路。[结果] 筛选得到红花的361个靶点,其中涉及NAFLD的靶点38个,主要与VDR、PPARD、TNF、INSR等靶点有关。KEGG富集分析结果表示红花治疗NAFLD与胰岛素抵抗、催乳激素信号通路、PPAR信号通路等通路有关。[结论] 研究通过网络药理学系统探讨了红花活性成分及其所对应的靶点,以及治疗NAFLD潜在通路,为深入研究红花治疗NAFLD的基础和临床研究提供参考。     

基于网络药理学探讨荷丹片治疗高脂血症的作用机制

[目的] 旨在通过网络药理学方法探究荷丹片治疗高脂血症的可能作用机制。[方法] 在中药系统药理学数据库（TCMSP）和中医药百科全书（ETCM）数据库中检索得到荷丹片中5味药材类药成分与作用靶点，借助Uniprot数据库查询靶点对应基因，在DisGeNET数据库搜索得到高脂血症的疾病靶点。利用STRING数据平台构建活性组分-作用靶点和蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）的网络图，采用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-疾病-靶点"网络，利用DAVID生物信息学资源对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。[结果] 从荷丹片中共筛选出61个活性化合物，对应于281个类药活性成分作用靶点，231个疾病靶点与高脂血症密切相关，其中20个疾病靶点与药物作用靶点重叠，为荷丹片治疗高脂血症具有重要意义的作用靶点。中药-活性成分-疾病-靶点可视化网络图推测发挥调节血脂作用的中药主要是丹参、山楂、补骨脂，其中关键的化合物为Ergosterol、Guercetol、Corylinal等，关键的作用靶点为PTGS1、ADRB2、F2、PPARG等。GO富集分析表明，荷丹片主要参与调节氧化还原酶活性、脂质结合、离子结合、信号转导活性、核酸结合转录因子活性、脂质代谢过程、单一有机体代谢过程、小分子代谢过程、细胞增殖等生命过程。KEGG通路富集分析结果表明，荷丹片通过调节含血清素的神经突触、PPAR信号通路、药物代谢细胞色素P450、花生四烯酸代谢、亚油酸的新陈代谢等多种途径在高脂血症中发挥药理作用。[结论] 本研究揭示了荷丹片治疗高脂血症的可能作用机制，体现了中药复方多成分、多途径、多靶点协同作用的特点，为进一步研究荷丹片治疗高脂血症的机理提供了新的思路和方法。     

基于实验和网络药理学探讨丹知青娥方改善下尿路症状的作用和分子机制

[目的] 明确丹知青娥方（DZQE）是否具有调节膀胱功能改善男性下尿路症状（LUTS）的潜在作用,并预测可能的靶点和通路。[方法] 用膀胱灌流法检测DZQE对正常雄性Wistar大鼠排尿参数的影响;分离正常大鼠膀胱逼尿肌肌条,用肌条张力实验检测DZQE对膀胱逼尿肌舒缩的调节作用;在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医百科全书（ETCM）筛选DZQE中的活性成分和靶点信息;通过GeneCards和DisGeNET数据库获取LUTS疾病靶点;筛选DZQE与LUTS的共同作用靶点,并归属其蛋白质类型;通过Cytoscape_v3.7.1软件构建中药-活性成分-作用靶点网络;通过富集分析数据库（DAVID）v6.8对相关靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析（KEGG）信号通路富集分析。[结果] DZQE能够降低雄鼠膀胱漏尿点压（DLPP）和最大排尿压（MVP）;促进大鼠膀胱逼尿肌收缩,同时抑制氯化钾（KCl）诱导的肌条过度收缩,呈现双向调节效应。筛选得到DZQE中102个活性成分,共对应258个药物潜在靶点,LUTS疾病靶点246个,其中共同作用靶点47个,DZQE可能作用于LUTS的活性成分59个;GO富集分析涉及平滑肌收缩、血管收缩、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）级联、雌激素应答等生物过程;KEGG分析后得到包括磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B（AKt）、甲状腺激素、钙离子、雌激素、肿瘤坏死因子（TNF）、ErbB、MAPK、转化生长因子β（TGF-β）信号通路等88条信号通路。[结论] DZQE可以通过多条信号通路调节膀胱平滑肌舒缩,改善雄鼠下尿路症状。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨散偏汤治疗偏头痛的作用靶点与分子机制

[目的] 运用网络药理学方法与分子对接技术预测散偏汤治疗偏头痛(migraine)的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库对散偏汤进行活性成分筛选。通过STRING 11.5数据库构建蛋白互作网络,并得到药物靶向基因;通过OMIM、GeneCards数据库筛选偏头痛的疾病靶点基因;利用Rx64 4.1.1软件构建韦恩图,得到散偏汤治疗偏头痛的潜在靶点,进行GO及KEGG富集分析并制作气泡图,相关结果用Cytoscape 3.7.1构建"药物-成分-疾病-通路"网络,并进行可视化研究。利用 PyMOL和AutoDock Vina等软件对散偏汤活性成分与核心靶蛋白进行分子对接。[结果] 散偏汤治疗偏头痛的核心活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等,潜在治疗靶点主要包括PTGS2、MAPK1、MAPK3、GSK3β、AKT1、HSP90AA1、ESR1等,主要涉及脂质和动脉硬化、AGE-RAGE、PI3K-Akt、IL-17、TNF、MAPK等信号通路。分子对接结果显示,槲皮素、木犀草素和山奈酚与关键核心靶点PTGS2、MAPK1、MAPK3有较好的结合力。[结论] 通过网络药理学研究,初步预测了散偏汤治疗偏头痛的作用机制可能主要与调节炎症因子,改善神经源性炎症相关,也能够起到调节免疫功能与激素水平、维持血管稳态等作用,体现了中药方剂"多成分-多靶点-多通路"的药效作用特点,为后续临床应用与研究提供理论参考。     

基于网络药理学的当归补血汤辅助治疗肺癌的作用机制研究

[目的]运用网络药理学的方法,探究当归补血汤作为化疗后辅助用药治疗肺癌的可能作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库查询当归补血汤中的成分,并通过口服生物利用度（OB）≥30%,类药性（DL）≥0.18,筛选出活性成分,通过中药成分靶点数据库（HIT）及Swiss Target Prediction Database进行成分靶点的垂钓,通过Therapeutic Target Database（TTD）、Drugbank、DisGeNET数据库查询肺癌相关靶点,利用Cytoscape 3.2.1构建成分-靶点等多层次网络图。使用DAVID数据库对当归补血汤辅助治疗肺癌的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。[结果]当归补血汤中共筛选得到27个活性成分,其中23个属于黄芪,4个属于当归,黄芪中的山奈酚、槲皮素、芒柄花素可能是辅助治疗肺癌比较重要的成分,微管相关蛋白Tau（MAPT）、细胞色素P450 19A1（CYP19A1）、雌激素受体α（ESR1）可能是当归补血汤辅助治疗肺癌比较重要的潜在作用靶点。GO富集分析显示,靶点涉及到170个生物过程相关条目、30个细胞组成相关条目、54个分子功能相关条目。KEGG通路富集分析显示,癌症通路（pathwanys in cancer）、癌症蛋白聚糖（proteoglycans in cancer）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路（PI3K-Akt signaling pathway）等是比较重要的通路。[结论]当归补血汤中的活性成分山奈酚、槲皮素、芒柄花素可能通过作用于MAPT、CYP19A1、ESR1发挥辅助治疗肺癌的作用,为进一步研究其辅助治疗肺癌的作用机制奠定基础。     

二至丸抑制皮肤黑素瘤细胞生长的分子网络机制及关键靶点探讨

[目的] 基于网络药理学探讨二至丸抑制皮肤黑素瘤生长的分子网络机制及关键靶点。[方法] 通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选二至丸有效成分,在GEO数据库获得皮肤黑素瘤细胞与黑素细胞的差异基因表达,应用CytoScape3.7.2软件建立蛋白互作网络,利用基因表达谱交互分析数据库筛选黑素瘤枢纽基因,并进行生存分析。通过DAVID生物信息学资源进行差异基因的富集分析,并构建KEGG网络。[结果] 获得二至丸有效成分21种和皮肤黑素瘤相关靶点1889个。枢纽基因中首位是NFKBIA,它在各期皮肤黑素瘤中均呈低表达,并显著影响生存周期。代谢途径包括TNF信号通路、IL-17信号通路,趋化因子信号通路等。[结论] 二至丸通过上调NFKBIA对皮肤黑素瘤产生抑制作用,最重要的信号通路是TNF信号通路。     

基于网络药理学的健脾祛痰和血方治疗冠心病的分子机制研究

[目的] 以网络药理学作为研究手段,研究健脾祛痰和血方治疗冠心病的作用靶点及信号通路,揭示健脾祛痰和血方治疗稳定型心绞痛的分子机制。[方法] 采用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）、中医药信息数据库（TCMID）、中药潜在药物靶标数据库（TCM-PTD）检索该方剂对应的药物化合物,通过ChemMapper数据库预测药物靶点,通过TTD、disgenet、human phenotype ontology数据库进行检索,获得冠心病相关靶点,以venny图得到疾病及药物的共同靶点,应用功能蛋白结合网络string平台构建蛋白互作模型,采用cytoscape的cluego插件富集分析,得到该方剂治疗冠心病相关靶标基因及代谢通路。[结果] 获得药物靶点103个,疾病靶点980个,健脾祛痰和血方42个药物靶点与冠心病相关,通过筛选得到主要药物成分9个,最终预测到25个相关的信号通路,在此基础上构建了主要药物成分-病药共性靶点-信号通路共表达网络。[结论] 健脾祛痰和血方可能通过多靶点、多途径干预冠心病稳定型心绞痛,为后续基础及进一步临床研究提供思路和线索。     

基于数据挖掘与网络药理学探讨中药方剂治疗心肌缺血的用药规律及分子机制

[目的] 通过数据挖掘和网络药理学方法探索中药方剂治疗心肌缺血的用药规律与分子机制。[方法] 在国家专利网筛选并纳入符合条件的治疗心肌缺血的中药方剂,对用药频次进行统计,采用软件R3.6.0对纳入方剂进行主成分分析、聚类分析和关联规则分析。选取用药频次≥50的药物,进行网络药理学方法分析。[结果] 共纳入149首方剂包含309味中药,其中黄芪、丹参、三七、川芎四味药用药频率超过50,其中丹参药频最高。在主成分分析、聚类分析和关联规则分析中,以“补气养血,行气活血”的中药为主。运用网络药理学方法分析得到,药物靶点和疾病靶点的共同基因有64个,蛋白互作（PPI）结果显示,白细胞介素-6（IL-6）、血管内皮生长因子A（VEGFA）是互作关系最强的两个靶点,KEGG富集分析结果显示,AGE-RAGE信号通路（AGE-RAGEsignalingpathwayindiabeticcomplications）和动脉粥样硬化流体剪切力信号通路（Fluidshearstressandatherosclerosis）位列前二,GO功能分析结果以细胞因子、炎症因子、和血管功能和结构的改为主。[结论] 中药治疗心肌缺血用药多以“补气养血、行气活血”为主,分子机制多以抗炎或改善血管功能为主。     

栀子苷防治动脉粥样硬化的分子生物学分析

目的基于网络药理学和分子对接分析栀子苷治疗动脉粥样硬化(Atherosclerosis,AS)的分子生物学机制。方法利用TCMSP、BATMAN-TCM、STITCH、Swiss Target Prediction数据库筛选栀子苷的作用靶点,通过Gene Cards、CTD、PALM-IST、Disgenet数据库筛选AS疾病作用相关靶点。通过STRING数据库进行蛋白互作网络分析,Cytoscape 3.7.2构建蛋白相互作用网络。同时利用CB-Dock在线平台进行分子对接来验证栀子苷与核心靶点的结合性。DAVID 6.8进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。结果筛选出栀子苷与AS共同靶点115个; GO功能分析中生物过程156条、细胞组分32条和分子功能51条; KEGG信号通路26条,主要涉及炎症通路。栀子苷抗动脉粥样硬化主要作用于IL-6、SRC、MMP3、MMP9、GAPDH、VCAM1、EGFR、MMP1、MMP7、MMP2共10个Hub靶点。分子对接结果显示栀子苷与核心靶点对接紧密。结论从网络药理学和分子对接角度初步阐释了栀子苷可能通过调控炎症因子,稳定动脉硬化斑块,参与炎症、代谢等相关信号通路,以多靶点、多途径参与AS的多种病理过程,对治疗AS发挥一定的干预作用。分子对接显示栀子苷与核心靶点连接紧密,为进一步开展实验研究揭示其药效物质基础及作用机制提供了依据。     

基于网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的机制研究

[目的] 运用网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的主要活性成分及其潜在靶标,探讨玉米须对糖尿病的干预机制。[方法] 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选玉米须活性成分的作用靶标。运用人类表型术语集（HPO）,毒性与基因比较数据库（CTD）筛选糖尿病的靶标。采用STRING软件构建玉米须干预糖尿病的中药-疾病靶标网络。[结果] 得到12个活性成分和92个关键靶标,涉及糖尿病的靶标有8个。预测主要与AKT1,INSR,PRKACA等靶标有关。主要参与胰岛素信号通路和AMPK信号通路等途径。[结论] 玉米须可能通过调节AKT1和INSR蛋白参与胰岛素信号通路或AMPK信号通路对2型糖尿病起效,相关靶点及通路和现有的文献报道较为一致,可为其药用、食用的进一步开发提供参考依据。     

基于网络药理学的墨旱莲-女贞子药对“异病同治”糖尿病肾病与糖尿病视网膜病变的机制研究

[目的]通过网络药理学的方法,研究墨旱莲-女贞子药对"异病同治"糖尿病肾病(DN)与糖尿病视网膜病变(DR)的药理作用机制,验证国医大师吕仁和教授治疗DN与DR的临床经验。[方法]利用TCMSP、TCMID和Uniprot数据库,搜集并获取墨旱莲、女贞子的化学成分及其作用靶点。利用NCBI-gene、Genecards和OMIM数据库搜集DN和DR的疾病相关靶点。通过String数据库、Cytoscape3.7.2软件、TBtools软件构建药物靶点蛋白相互作用网络,获取交集靶点。利用BioGPS数据库和Cytoscape3.7.2软件构建作用靶点-组织分布网络图,运用GO数据库和Cytoscape3.7.2软件的ClueGO插件对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。[结果]墨旱莲-女贞子药对主要含有14个活性成分和124个潜在作用靶点,DN相关靶点2 614个,DR相关靶点2 587个,其中药对同时作用于DN和DR的共同靶点有63个。有11个作用靶点在胰岛、视网膜和肾脏高表达,KEGG富集分析得到共同靶点主要富集在糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路和IL-17信号通路等115条通路上,涉及对含氧化合物的反应、细胞对化学刺激的反应、对脂质的反应和细胞群增殖的调节等1 686个生物过程。[结论]墨旱莲-女贞子药对可能通过调节多个靶点、多条通路和多个生物反应过程,达到对DN与DR的"异病同治"作用,为吕仁和教授的临床经验用药提供了网络药理学验证,也为今后进一步研究墨旱莲-女贞子药对的药理作用机制提供了依据。     

基于网络药理学的理气化痰活血方治疗心脏X综合征分子机制研究

[目的]运用网络药理学分析理气化痰活血方治疗心脏X综合征的分子机制.[方法]从TCMSP平台获取理气化痰活血方12味中药的化学成分和靶点,利用TTD、Drugbank、DisGeNET数据库筛选心脏X综合征的靶点,将心脏X综合征靶点与药物靶点进行Venn分析,筛选两者共同靶点,利用Cytoscape3.5.1软件构建化...     

基于网络药理学的扶土生金康复方调节新型冠状病毒肺炎恢复期免疫功能机制研究

目的 探讨扶土生金康复方治疗新型冠状病毒肺炎恢复期免疫抑制的作用机制.方法 采用中医药网络药理学智能信息平台,检索扶土生金康复方的化学成分以及对应的靶点,通过GeneCards数据库获得免疫抑制相关靶点,将药物成分靶点与免疫抑制相关靶点对应,筛选交集靶点及相关功效成分.利用Cytoscape软件,构建"中药-成分-作用...     

基于网络药理学与分子对接探究红景天苷治疗勃起功能障碍的作用机制

<正>红景天是景天属多年生草本植物的根茎,《晶珠本草》记载红景天根茎入药有清热解毒、扶正固本之功效,而红景天苷则是红景天中的主要活性成分,现代药理学研究表明其具有多种药理学活性,包括心血管系统及神经保护、抗炎、抗氧化、抗癌、     

基于网络药理学角度探讨当归四逆汤对子宫内膜异位症的干预机制

目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症（EMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点，在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个，与EMS相关潜在作用靶基因71个，KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活，脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分，能通过多靶点，多通路发挥EMS保护作用。     

基于网络药理学的人参白虎汤治疗糖尿病药效机制研究

目的利用网络药理学的方法对人参白虎汤在治疗糖尿病的过程中药效机制进行研究。方法在中药系统药理学分析平台(TCMSP)中得到人参白虎汤中知母、甘草和人参的化学成分和药物靶点,在BATMAN-TCM中得到粳米的化学成分和药物靶点,在HTDocking中得到石膏的靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),人类基因数据库(GeneCards)筛选糖尿病的相关靶点;运用Cytoscape 3.7.1构建“化合物—靶点—基因”网络;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;运用蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点;通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果构建出化合物靶点网络,蛋白质相互作用网络,对核心蛋白进行基因本体功能分析和通路分析。结论本实验利用网络药理学对人参白虎汤和其治疗的糖尿病进行了分析,探究其共性作用机制及高频共性靶点,高频共性基因,高频共性GO功能和高频共性KEGG通路等,为人参白虎汤用于糖尿病的治疗提供理论参考。     

基于“成分-靶点-通路”网络和分子对接技术的泻火消瘿方治疗格雷夫斯病药效物质基础和作用机制初探

目的  基于网络药理学和分子对接技术研究泻火消瘿方治疗格雷夫斯病(Graves diseases,GD)的药效物质基础和作用机制。方法  通过数据库收集泻火消瘿方中药材的化学成分及作用靶点集,再检索GD相关靶点集。构建泻火消瘿方治疗GD的“药材-成分-靶点”网络及靶点蛋白相互作用(PPI)网络。进行KEGG和GO富集,预测其作用机制,并进行关联性分析。最后将筛选出的活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得泻火消瘿方化合物92个,相应靶点227个。PPI网络筛选出了核心靶点18个。得到KEGG通路192条(P < 0.05),GO条目2 385个(P < 0.05),其中BP条目1 988个,CC条目255个,MF条目142个。分子对接结果显示,泻火消瘿方核心成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性,与目前可能治疗GD药物的亲和力相近。结论  泻火消瘿方相关作用靶点及代谢通路为进一步研究泻火消瘿方治疗GD的药效物质基础及作用机制提供依据。      

基于网络药理学和分子对接技术探讨鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接的方法探究鹰嘴豆芽素A治疗神经胶质瘤的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）、TargetNet、Swiss Target Prediction等数据库和分析平台,筛选出鹰嘴豆芽素A对应靶点,利用DisGeNET、GeneCards等数据库获得神经胶质瘤的作用靶点。取药物与疾病的交集靶点,借助STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,利用Cytoscape 3.9.1软件构建潜在靶点网络关系图。对交集靶点通过DAVID数据库进行本体论富集分析（gene ontology,GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。通过DockThor数据库对鹰嘴豆芽素A和关键靶点进行分子对接,Pymol软件进行可视化处理。结果 共筛选出鹰嘴豆芽素A靶点149个,神经胶质瘤相关靶点5654个,药物与疾病交集靶点97个,核心靶点为表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）、雌激素受体（estrogen receptor,ESR1）、热休克蛋白（heat shock protein,HSP）90AA1、基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase,MMP）9、PPARG、PTGS2,靶点参与的功能主要与肿瘤细胞增殖、侵袭、凋亡等过程有关。GO富集分析发现鹰嘴豆芽素A在生物过程、细胞组成、分子功能多方面参与神经胶质瘤的治疗。KEGG通路108条,包括肿瘤、化学致癌作用-受体活性、脂质和动脉粥样硬化、PI3K/Akt等信号通路。分子对接结果显示鹰嘴豆芽素A与关键靶点均有较好的结合活性。结论 鹰嘴豆芽素A可能通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导凋亡、增强化疗敏感性等发挥治疗神经胶质瘤的作用。