多重聚合酶链反应检测结核菌耐异烟肼相关基因

目的：建立耐异烟肼(isoniazid,INH)结核分枝杆菌(M.tuberclasis,MTB)多重聚合酶链反应(multiple PCR,multi-PCR)检测系统，在一次扩增中快速，特异地同时检出aphC启动子，inhA和kagG基因，用于快速初步诊断结核分枝杆菌对INH的耐药性．方法：根据结核分枝杆菌的aphC启动子，inhA和kagG序列，分别设计出3对特异性寡聚核苷酸引物，采用multi—PCR技术，同时检出对结核分枝杆菌耐INH起作用的3个基因．结果：应用multi—PCR反应体系，对引物的相关性实验结果表明引物之间不会因相互干扰而出现假阳性结果；multi—PCR扩增的预期结果为：单基因引物出现一条特异性扩增区带，多重基因引物出现2或3条特异性扩增区带，经实验达到预期的扩增结果；对H37Rv标准株、INH敏感株及INH耐药株分别采用常规PCR和multi—PCR进行同时扩增，结果两种扩增方法均能扩增出预期的目的片段，符合率达100％．结论：multi—PCR能有效地为多基因耐药的临床病原体的诊断提供快速、准确的诊断手段，更能提高检验效率。     

PCR方法检测实验动物皮肤病原真菌

目的对用于实验动物皮肤病原真菌检测的分子生物学方法即皮肤病原真菌通用引物PCR与AP-PCR（任意引物聚合酶链式反应）相结合技术的特异性及敏感性进行评价,并通过建立动物模型及实际的皮肤真菌检测来验证此方法的可行性。方法特异性测定：用皮肤病原真菌通用引物进行PCR,扩增大肠杆菌DNA、犬肝炎病毒DNA及小鼠肝癌H22细胞DNA。敏感性测定：以紫外分光光度法测定DNA质量浓度,根据测定值将DNA进行10倍系列质量浓度稀释,得到100 ng~10 fg的8个质量浓度,然后对其进行PCR扩增。建立实验动物皮肤病原真菌感染的动物模型。用皮肤病原真菌通用引物PCR与AP-PCR相结合技术检测从动物模型及河北省各地的实验动物单位采集的动物皮肤标本。结果用皮肤病原真菌通用引物扩增实验动物三种皮肤病原真菌标准菌株,均扩增出大小为440 bp的条带,而大肠杆菌、犬肝炎病毒、小鼠肝癌H22细胞均未扩增出条带。皮肤病原真菌通用引物PCR敏感性测定,模板DNA 100 ng~100 fg的7个系列浓度均扩增出了阳性条带,10 fg为阴性。建立了实验动物皮肤病原真菌感染的动物模型。对河北省各地的实验动物皮肤真菌检测过程中出现一例通用引物阳性标本。结论皮肤病原真菌通用引物（CHS1 1S,CHS1 1R）具有较强的特异性,敏感度为100 fg;将皮肤病原真菌通用引物PCR与AP-PCR技术相结合可用于检测实验动物皮肤病原真菌。     

人巨细胞病毒的PCR检测

①目的 寻找早期快速检测人类巨细胞病毒（HCMV）感染的敏感方法。②方法 用HCMV即刻早期（IE）基因和晚期（LA）基因的7对待异性引物分别进行普通聚合酶链的反应（PCR），套式PCR（nPCR)和双重PCR，检测血清中的HCMV DNA，比较不同引物及不同PCR方法的灵敏度。③结果 同一基因的不同引物扩增HCMV DNA灵敏度差别无显著意义；LA基因的引物扩增灵敏度高于IE基因的引物；3种方法中以nPCR灵敏度最高，其次为双重PCR，普通PCR最低。④结论 用LA基因的特异性引物进行nPCR是早期快速检测HCMV感染的敏感方法。     

基于多重PCR技术检测蜡样芽胞杆菌3种毒素基因方法的建立及评价

目的：基于多重PCR技术,建立一种快速检测蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM 3种毒素基因的方法,并评价其效能。方法：煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,以蜡样芽胞杆菌nhe、cytK和entFM特异性毒素基因作为靶基因,采用NCBI primer-BLAST 5.0软件设计特异性引物,优化反应体系。建立三重PCR检测体系,并检测其特异性、灵敏度和稳定性。结果：煮沸法提取蜡样芽胞杆菌DNA,浓度为227 mg·L^-1,纯度为1.50～1.60。采用多重PCR体系同时检测蜡样芽胞杆菌3种毒素致病基因,于退火温度56℃时,蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499的扩增片段为499 bp,基因引物cytK191的扩增片段为191 bp,基因引物entFM363的扩增片段为363 bp。PCR体系扩增蜡样芽胞杆菌3种毒素基因后条带清晰明亮,且无非特异性条带,与金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌和铜绿假单胞菌均无扩增,表明蜡样芽胞杆菌基因引物nhe499、cytK191和entFM363特异性强;3种引物在同一反应体系中互不干扰。灵敏度检测,多重PCR体系最低检测限可同时达到10^...     

CHIKV Real-time PCR检测方法的建立及试剂盒研发

目的建立快速特异检测基孔肯雅病毒的Real-time PCR方法及试剂盒。方法根据发表在Genbank上15株基孔肯雅病毒基因序列全长,应用ClustalW2.0和DNAMAN8软件筛选出位于其E1基因上的种内保守种间特异的目的片段,并据此设计出最优引物。人工合成该基因片段并构建重组质粒,对重组质粒梯度稀释后,再利用SYBR Green I Real-time PCR的方法检测该特异基因的浓度,建立标准品曲线,用于临床上基孔肯雅病毒的早期诊断。结果琼脂糖凝胶电泳结果显示,标准品的PCR扩增产物的电泳条带长度与目标条带一致,测序结果显示与目标条带序列一致,说明引物与阳性质粒性能良好。经优化确定CHIKV荧光定量PCR反应体系中最佳的引物浓度为350 nmol/L,最佳的反应条件为：50 ℃ 2 min;95 ℃预变性2 min;以95 ℃ 15 s,60 ℃ 15 s,72 ℃ 1 min进行40个循环扩增,在72 ℃进行荧光采集。根据荧光定量PCR熔解曲线出现特异性单峰,并对黄病毒属成员登革病毒和寨卡病毒的检测为阴性,表明该检测方法特异性高;检测阈值达302 拷贝 ,显示敏感性好,重复试验的变异系数均小于0.1%,说明该实验设计稳定性良好。结论基于该方法的试剂盒具有特异性好、灵敏度高、重复性好、能够快速定量等优点,有利于临床上基孔肯雅病毒的早期诊断,具有良好的应用前景。     

RTPCR技术检测人B组轮状病毒的方法研究

目的：建立一种快速灵敏的方法来检测人B组轮状病毒。方法：参照文献，设计并合成了8对不同引物，利用RT-PCR技术同时扩增相应的基因片段。结果：经过一轮RT—PCR后，均扩增出与引物对应的大小不一的DNA条带。结论：由于常规B组轮状病毒的免疫诊断和聚丙烯酰胺凝胶电泳存在各自的缺点，不能很好的应用于临床和实验室诊断。RT-PCR是一种高灵敏度的检测方法，8对特异性引物同时用于人B组轮状病毒的检测，其灵敏度和特异度相当高，且使用一个配方和一样的扩增程序，这使得在实验室诊断变得更为便捷和简单。     

高通量测定技术检测结核分枝杆菌耐利福平的研究

目的：基于焦磷酸测序(pyrosequencing)技术，建立耐利福平结核分枝杆菌快速检测方法，并探讨其临床应用价值．方法：设计一对聚合酶链反应(PCR)引物，其中一引物经生物素化修饰，PCR扩增含耐药决定区-297bp长的rpoB基因片段，借用链亲和素包被磁珠纯化单链PCR产物．设计2个正向测序引物，运用pyrosequencing技术对耐药决定区进行序列测定．通过对一系列10倍稀释的结核分枝杆菌H37Rv标准株DNA进行分析，评价所建立方法的检测特异性．     

多重PCR技术检测病毒性肝炎相关病毒的研究

目的建立一种快速、特异的可同时检测血中多种病毒性肝炎相关病毒的多重PCR方法。方法参照各病毒特异性核酸序列,按多重PCR引物设计的特殊要求设计引物,以核酸测序确证扩增产物,用标准病毒株及临床阳性血清样本DNA、RNA为模板优化PCR反应体系和反应条件,建立病毒性肝炎相关病毒多重PCR检测方法。应用建立的多重检测方法对120例ALT升高的血清标本进行多重检测,并将检测结果与单一PCR检测结果进行比较。结果采用多重PCR技术可同时对EBV、TTV、HBV、HSV 4种DNA病毒进行扩增;采用多重RT-PCR技术可同时对Cox-V、HEV、HCV 3种RNA病毒进行扩增。各病原体单一及多重扩增条带均清晰、均一,无非特异性扩增条带,片段长度与理论值一致;核酸测序证实各扩增产物属各病原体特异性基因片段。临床标本检测多重感染率为19.2%,与单一检测结果一致。结论建立的多重PCR检测方法稳定可靠,敏感度、特异度好,适用于病毒性肝炎相关病毒的实验室诊断与临床筛查。     

病原性真菌PCR检测方法的建立

目的：建立一种快速、灵敏和特异的病原性真菌的检测方法。方法：选取真菌18S rRNA保守区的一对寡核苷酸序列作为通用引物,对10种真菌、3种常见细菌及80例临床标本进行PCR扩增。结果：所试10种真菌均能扩增出一条约400bp的DNA片段,而3种细菌则无此扩增条带。通过对80例临床标本的检测,证实PCR法和常规培养法结果基本一致。此外,对白色念珠菌检测的最低限为10pg的DNA。结论：PCR方法检测临床常见真菌有较高的灵敏性与特异性,有助于临床真菌感染性疾病的诊断与治疗。     

头孢西丁耐药的肺炎克雷伯菌分子生物学研究

目的 检测本院分离的对头孢西丁耐药的肺炎克雷伯菌分子生物学特点.方法 以本院临床分离的一株对头孢西丁耐药的肺炎克雷伯菌为研究对象,采用聚合酶链反应(PCR),分别用特异性引物进行AmpC酶全编码基因及AmpR 调节基因的扩增,并且构建pET-22b(+)-AmpR的表达质粒和表达菌株.结果 PCR分别扩增出约1 14...     

空肠弯曲菌套式PCR快速检测方法的建立与初步应用

目的建立套式PCR快速检测实验动物空肠弯曲菌的方法。方法根据GenBank数据库的空肠弯曲菌flaA基因设计2对引物，对空肠弯曲菌抽提DNA作PCR扩增及克隆测序。同时，对其他病原菌抽提核酸扩增，并对120份临床样品进行检测。结果空肠弯曲菌经2对引物分别扩增出1719bp和640bp片段，与预期大小一致。套式PCR检测的最低限度为10CFU。整个检测过程可在8h内完成。而其他病原菌未出现特异性扩增条带。采用套式PCR对121份临床样品进行检测，检出31份阳性，与传统的细菌分离方法完全一致。结论本研究建立的套式PCR方法具有很好的特异性和敏感性，可用于实验动物空肠弯曲菌的快速检测。     

菌液SYBR实时荧光PCR快速检测金黄色葡萄球菌

目的建立菌液SYBR荧光PCR法快速检测金黄色葡萄球菌的方法。方法根据金黄色葡萄球菌的特异基因耐热核酸酶nuc设计引物,PCR方法和SYBR荧光PCR溶解曲线法验证引物的特异性;建立菌液SYBR荧光PCR快速检测方法,奶粉加标实验和菌株特异性实验评价方法的特异性,制备基因组浓度梯度和菌落梯度检验方法的灵敏性。结果利用引物对实验室的3个标准菌株进行PCR扩增,出现的条带均为单一条带,且与目的片段长度一致。16株金黄色葡萄球菌菌株的熔解曲线均呈单峰,特异性良好,无非特异性扩增。建立的菌液SYBR荧光PCR方法对金黄色葡萄球菌有很好的特异性和灵敏性,灵敏度达1pg／山DNA浓度,并可检测1 CFU／ml的复杂样品。结论本研究建立的菌液SYBR荧光PCR方法快速、特异性好、灵敏性高,对快速检测样品中金黄色葡萄球菌有重要意义。     

改良的降落PCR扩增中国地鼠目的基因

目的优化PCR程序，尝试用降落PCR扩增中国地鼠目的基因。方法设计了4对引物，用普通PCR和改良的降落PCR扩增中国地鼠COX1、COX2、NADH5、NADH6部分基因。结果普通PCR只有1对引物扩增出特异性条带，而降落PCR4对引物都扩增出特异性条带，并与中国地鼠目的基因大小一致。结论降落PCR省略了常规PCR中摸索最适退火温度的过程，对中国地鼠一些Tm值相近的基因可以使用降落PCR温度程序扩增，是一种行之有效的PCR方法。     

甲型副伤寒沙门菌套式PCR检测方法的研究

目的 探讨套式聚合酶链反应(Nested polymerase chain reaction,Nested-PCR)快速检测伤寒杆菌的实验方法。方法 根据副甲伤寒杆菌鞭毛抗原基因DNA核苷酸序列设计特异寡核苷酸引物，建立套式PCR技术，对1株伤寒杆菌及5株非伤寒杆菌进行扩增。结果 除副甲伤寒杆菌出现343bp的特异性扩增区带外，其他5株非伤寒杆菌均为阴性。结论 Nested-PCR是一种快速、敏感、特异检测伤寒杆菌的方法，为伤寒的临床早期诊断和及时治疗提供客观依据。     

应用RT-PCR技术检测啮齿类动物冠状病毒

为了检测啮齿类动物冠状病毒，设计了特异性引物，建立RT—PCR检测方法，并用于检测。在基因文库中查找了啮齿类动物冠状病毒和SARS病毒的基因序列，从N基因片段中，利用计算机软件设计了一对特异性引物，通过确定反应混合物的浓度和反应条件，并建立了一整套从病毒。RNA抽提、反转录到PCR反应的快速检测啮齿类动物冠状病毒的方法，扩增出了148bp的目的片段。并已用于啮齿类动物中检测各组织和拭子中的冠状病毒。该方法对啮齿类动物冠状病毒的早期诊断和与SARS病毒区别有重要意义。     

季节性流感病毒H1N1实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种快速定量检测季节性流感病毒H1N1核酸的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。方法选择季节性流感病毒H1N1的保守基因NP基因作为检测靶目标,应用Clustal W软件进行序列同源性比对分析,筛选出季节性流感病毒H1N1特异性的保守序列作为引物候选区域,然后应用Primer Express及PrimerPremier 5.0软件包对候选引物进行进一步配对及筛选,得到最优特异性检测引物。同时,由病毒全长cDNA扩增出NP基因,琼脂糖凝胶电泳检测NP基因的扩增情况并对目的条带进行切胶回收及纯化,对回收后的NP全长基因进行核酸浓度测定,并换算成拷贝数,作为定量标准品。结果应用ABI公司的Power SYBR Green PCR MasterMix及StepOne实时荧光定量PCR仪,该检测系统灵敏度可达102 copies/μL,不同梯度标准品间线性关系(R2)达0.999,斜率为-0.3433,扩增效率为95.572%,所有标准品均在83.2℃出现尖且窄的特异性熔解峰。结论利用该检测系统可以快速定量检测季节性流感病毒H1N1,灵敏度高,可用作基础及临床实验室对季节性流感病毒H1N1感染的辅助诊断方法和临床效果的监测手段,对实验操作者要求相对较低,具有实际的应用价值。     

云南省1例输入性三日疟实验室检测分析

目的对云南省1例输入性疟疾患者的血样进行实验室检测分析。方法采用疟原虫属特异性引物和种特异性引物对该样本进行巢式PCR检测,将PCR扩增结果进行序列测定,并对获得的序列进行Blast比对,分析其分子性状。结果使用疟原虫属特异性引物r PLU5和r PLU6对血样进行PCR检测,第一轮未扩增出预期条带;使用疟原虫种特异性引物对血样进行PCR检测,扩增出预期大小约141bp的三日疟条带,无对应大小的恶性疟、间日疟和卵形疟扩增条带产生。序列分析表明,扩增片段长度为115bp,进行Blast比对发现,与Genbank中注册编号为gb|KJ934253.1的三日疟对应部分的基因序列同源性为96%。结论通过使用巢式PCR、序列测定分析等方法,基本证实该病例为三日疟原虫感染。     

嗜肠型小鼠肝炎病毒RT-PCR诊断方法的建立及其应用

目的建立小鼠肝炎病毒(MHV)RT-PCR检测方法,为小鼠的日常生产提供一种快速的监测手段。方法提取小鼠结肠组织的总RNA,通过反转录反应合成第一链c DNA,以其为模板,利用MHV的4对特异性引物,进行PCR扩增。对PCR反应条件(包括引物、引物浓度、退火温度、模版浓度等)进行优化。对PCR扩增出的基因片段进行克隆测序,进一步确定扩增结果的特异性。结果其中2对MHV引物具有良好的扩增性和特异性,利用这两对引物进行的PCR检测结果与ELISA检测结果相符。结论 MHV的RT-PCR检测方法具有良好的特异性,并且操作相对简单,可以作为小鼠生产过程中肝炎病毒发生的一种快速的监控(测)方法。     

双引物聚合酶链反应同时快速检测梅毒螺旋体和单纯疱疹病毒Ⅱ型

目的 建立双引物聚舍酶链反应（PCR）用于同时快速检测梅毒螺旋体和单纯疱疹病毒Ⅱ型。方法 基于单纯疱疹病毒Ⅱ型（HSV-2）的DNA聚合酶基因以及梅毒螺旋体47KD膜蛋白基因序列，自行设计2对特异性寡核苷酸引物，建立了同时检测上速2种痛原体的双引物PCR。结果 各特异性引物仅扩增相应的病原体DNA，即单纯疱疹病毒Ⅱ型扩增产物为202bp以及梅毒螺旋体扩增产物为252bp。其他11种生殖道常见微生物及正常人基因组DNA不被扩增。检测了51例临床标本，梅毒螺旋体暗视野显微镜检查阳性检出率为15．7％，双引物PCR阳性检出率为19．6％；二种方法检测结果间比较差异均无统计学意义（P〉0．05）。HSV阳性培养率23．6％，双引物PCR阳性率47．1％，双引物PCR阳性检出率显著高于HSV培养且差异有统计学意义（P=0．019）；上速临床标本分别进行了2种痛原体的单引物PCR，与双引物PCR对照结果完全一致。结论 我们建立的双引物PCR一次可同时检测2种病原体，且有快速、敏感、特异以及简便的特点。     

ALM-ASA法鉴别人参和西洋参ITS及5.8s基因上单核苷酸多态性位点

目的：查找并发现参类药材的单核苷酸多态性（SNP）位点，利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法：根据ITS及5．8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物，利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法（ALM-ASA）进行检测。结果：PCR反应体系优化后，能在同一反应中同时鉴别人参、西洋参。根据凝胶电泳中扩增片段的大小判断SNP的类型，出现294bp条带的为人参，111bp条带的为西洋参。结论：ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性，结果准确，可同时测定多个SNP位点。采用该方法测定ITS及5．8s基因上的SNP位点能有效地对参类品种进行鉴别和质量控制。