福建省耐多药结核分枝杆菌VNTR和Spolilgotyping基因多态性分析

目的了解福建省耐多药结核分枝杆菌的基因多态性和主要流行基因型,为耐多药结核病的传播防控提供参考。方法回顾性分析福建省耐药监测数据,收集标本并采用WHO推荐的方法进行药敏试验检出的耐多药结核分枝杆菌119株,采用24位点VNTR(24-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型技术(Spoligotyping)进行基因分型,实验数据及结果数字化后录入Excel,在网站http://www.miru-vntrplus.org进行比对,分型结果通过BioNumerics5.0软件进行聚类分析。结果 119株MDR菌株经24-VNTR分型呈现112种基因型(105个独特基因型,7个基因簇),成簇率为11.76%。24-VNTR对119株菌的分辨力(HGDI)为0.999。经Spoligotyping分型,北京基因型占67.23%,非北京基因型占32.77%,以H家族,T家族常见。共26个基因型(19个独特基因型和7个簇),成簇率为84.03%(每簇含2～75株)。Spoligotyping对119株菌的Hunter-Gaston指数为0.597。结论福建省耐多药结核分枝杆菌主要流行型为北京基因型,具有基因多态性。     

北京基因型是哈萨克斯坦耐药结核病的主要原因

地点：哈萨克斯坦的9个州，2001年。 目的：分析哈萨克斯坦的耐药结核杆菌分离株的遗传学联系，确定北京基因型的频率。 设计：对2001年全国耐药监测中9个州的所有耐药涂阳病例进行IS6110指纹和间隔区寡核苷酸分型法（spoligotyping）分析。分离株来自150名病人（64名初治，86名复治病人）。 结果：8例（5.3％）为重复感染。其余142株，91株（64．1％）分布在18个簇，提示耐药结核病的近期传播率很高。这一结果通过分析成簇菌株相似的耐药谱及病人的来源得到更进一步的证实。而且，成簇菌株中1／3以上为新病例。其中，70％为北京基因型，而对照组40例敏感株中只有37．5％为北京基因型。 结论：耐药结核病的传播是此结核病高发区耐药菌株传播所致。可以看出，北京基因型是引起哈萨克斯坦耐药结核病的主要原因，北京基因型和耐药相关。     

2000年中国结核病流行病学抽样调查菌株分子流行病学特征

目的:判定北京基因型结核分枝杆菌在中国结核分枝杆菌复合群中的群结构特征。设计:采用spoligotyping和IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)方法对441株分枝杆菌分离株行基因分型鉴定。分离株取自2000年中国结核病流行病学抽样调查,耐药性和流行病学资料已知。结果:spoligotyping法共鉴定408株结核分枝杆菌,其中北京基因型结核分枝杆菌占64.9%(265/408)。卡方检验北京基因型结核分枝杆菌在性别、年龄、地区所占的比例没有统计学显著性差异,但是耐多药(MDR)有统计学显著性差异。北京基因型在耐多药和药物敏感性分离株中所占的比例分别为77.8%(42/54)和60.2%(213/354)。多元回归分析提示北京基因型与不同地区存在联系,但与耐多药无关。结论:北京基因型结核分枝杆菌在中国流行至少50年,并且与地区有关。     

江西省MDR-TB的MIRU-VNTR分型研究

目的调查江西省耐多药结核分枝杆菌MIRU-VNTR分子特征及传播情况。方法分离自江西地区的耐多药结核分枝杆菌131株,采用15位点MIRU-VNTR进行RD105片段缺乏(北京基因行)检测;进行分型,计算等位点差异、分辨率、成簇率以及近期感染率的估算值。结果江西地区人感染耐多药结核分枝杆菌中北京基因型占83.21%。分离株结核分枝杆菌15位点MIRU-VNTR的HGI值为0.9947,北京家族菌为0.9923。131株菌共分为11个基因簇和98个孤立基因型,成簇率为25.19%,近期感染率估计值为16.79%;北京家族株成簇率为28.44%,近期感染率估计值为19.27%。结论 15位点MIRU-VNTR对包括北京家族株结核分枝杆菌的分辨率高,该方法适合于江西地区耐多药结核分枝杆菌的基因分型。江西省耐多药结核病的流行主要为内源性复燃,但近期传播仍不能忽视。     

黑龙江省五常市结核分枝杆菌基因型及传播特征

目的 根据黑龙江省结核分枝杆菌差异区域105(RD105)缺失基因检测与北京基因型菌株的相关性分析,了解黑龙江省五常市结核分枝杆菌基因型特征及传播特征,为该地区控制结核病提供有效的工具。方法 对黑龙江省五常市结核病防治(简称“结防”)所登记并培养阳性的121例肺结核患者的结核分枝杆菌分离株,采用比例法药敏试验检测其耐药性,用RD105缺失基因检测和7个位点可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)进行分子分型, 计算耐药率、Hunter-Gaston指数(Hunter-Gaston Index,HGI)、成簇率,分析结核分枝杆菌DNA多态性及北京基因型菌株与耐药的相关性。结果 在黑龙江省五常市121株结核分枝杆菌菌株中,通过RD105缺失基因检测,其结果显示有101株为北京基因型菌株,占83.5 %.(101/121),其余20株为非北京基因型菌株,占16.5%(20/121)。121株菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素的耐药率分别为5.8%(7/121)、3.3% (4/121) 、 5.0%(6/121)、15.7%(19/121);其中北京基因型菌株对上述药物的耐药率分别为5.0%(5/101)、3.0% (3/101)、5.9%(6/101)、17.8%(18/101),非北京基因型菌株对上述药物的耐药率分别为10.0%(2/20)、 5.0% (1/20) 、 5.0%(1/20)、未检出对乙胺丁醇耐药0.0%(0/20)。两者比较差异无统计学意义(χ ²=1.090,P=0.296)。121株菌株中耐多药率为2.5%(3/121),其中2株为北京家族基因型,1株为非北京基因型;北京基因型和非北京基因型耐多药率分别为2.0%(2/101)和5.0%(1/20),两者比较差异无统计学意义(χ ²=0.531,P=0.460)。进一步使用7位点VNTR分型技术检测,结果显示121株菌株可分为17个基因簇和64个独立的基因型;每个簇包括2~14株临床分离株,最大的簇由14株结核分枝杆菌菌株构成,所占比较高为11.6%(14/121);121株结核分枝杆菌菌株中成簇菌株57株,成簇率为 47.1%(57/121)。近期感染率最小估计值为33.1%(40/121)。7位点VNTR检测结果表现出高度多态性,各位点的HGI值为0.513~0.786;经聚类分析,121株结核分枝杆菌菌株可分为3个大的基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群),81个基因型。分别为:Ⅰ群占14.9%(18/121),含15 个基因型;Ⅱ群占76.9%(93/121),含59个基因型,Ⅲ群占8.2%(10/121),含7个基因型。结论 北京基因型为黑龙江省五常市主要流行株,且该地区的结核分枝杆菌呈明显的基因多态性。耐药菌株中北京基因型菌株所占比率较高,要加强对耐药优势菌群的监测和防控。     

邢台地区275株结核分枝杆菌VNTR基因分型及表型耐药研究

目的初步了解邢台地区结核分枝杆菌临床分离株的基因型多态性及表型耐药特征,探讨各基因型与表型耐药之间的相关性。方法收集2014年1月至2014年10月期间在邢台市传染病医院就诊的结核病患者经临床分离培养得到的结核分枝杆菌菌株及相应病例背景资料,采用15位点数目可变串联重复序列分析(VNTR)进行基因分型研究,采用比例法进行一线抗结核药的药物敏感性试验。运用Bio Numerics5.0软件进行聚类分析,运用SPSS16.0软件进行数据分析。结果该地区的总耐药率为31.6%,初始耐药率为24.2%,获得性耐药率为56.3%。复治患者的耐药率显著高于初治患者耐药率。275株结核分枝杆菌可分为145种VNTR基因型,其中165株菌被聚类为35个簇,110株菌的基因型为独特基因型。VNTR对所有菌株的HGDI值为0.9838。成簇型菌株与独特型菌株在患者年龄、性别、职业、地势、治疗史、吸烟史、糖尿病史等的分布差异无统计学意义。成簇型菌株与独特型菌株的单耐药水平和耐多药水平也无统计学差异。结论邢台地区的结核分枝杆菌临床分离株呈现明显的基因多态性。本研究尚未发现VNTR基因分型与表型耐药的相关性。     

结核分枝杆菌McSpoligotyping 基因分型在宜昌地区耐多药结核病中的应用研究 凝血筛查指标变化及其对临床分型的诊断价值

[摘要]　目的　运用熔解曲线间隔区寡核苷酸分型（melting curve spacer oligonucleotide typing, McSpoligotyping）方法对宜昌地区耐多药结核分枝杆菌进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值。方法　选择2019年1月—2020年12月耐多药菌株77株作为实验组,并以异烟肼和利福平敏感菌株110株作为对照组,运用McSpoligotyping方法进行基因分型,将分型结果与SpolDB4.0数据库进行比对分析。结果　187株菌株中北京基因型116株（62.03％）,非北京基因型71株（37.97％）。对照组110株中北京基因型60株（54.55％）,其中数量最多的1组国际型别编码（spoligotype inter-national type, SIT）为1的北京基因型共44株（40.00％）;非北京基因型50株（45.45％）,以T族、Manu族常见。实验组77株中北京基因型56株（72.73％）,其中数量最多的1组为 SIT为1的北京基因型共44株（57.14％）,非北京基因型21株（27.27％）,以T族、Manu2族常见。实验组北京基因型菌株所占比例与对照组差异有统计学意义。实验组成簇率（79.22％）与对照组成簇率（79.09％）差异无统计学意义。结论　北京基因型菌株是宜昌地区结核病的主要流行菌株,在耐多药结核病患者中北京基因型菌株更为流行。耐多药结核菌株有一定的遗传多态性。McSpoligotyping方法操作简单、快速、对于结核病分子流行病学研究具有重要意义。     

IS6110-限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型技术在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用

目的评价IS6110-限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）和间隔区寡核苷酸分型技术（spoligotyping）两种方法在结核病流行病学中的应用，探讨我国各地区的结核分枝杆菌菌株特点。方法收集158株结核分枝杆菌临床分离株，分别应用IS6110-RFLP和Spoligotyping两种方法进行鉴定。结果①IS6110-RFLP的分辨力大于spoligotyping分型。②将本次实验结果与国际spoligotype数据库进行比较。结果有14个类型属于共有类型，其中类型1为流行的类型，分布广泛，即所说的北京基因型。③广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义（P〈0．05）。广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论同时应用IS6110-RFLP分型和Spoligotyping两种方法进行结核病流行病学调查研究非常有效，在中国不同地区的菌株具有不同的特点。     

MLVA用于新疆部分地区结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的探讨结核菌株进行多位点可变数目串联重复序列分析(the multiple locus VNTR analysis,MLVA)。方法选择2010年至2011年新疆维吾尔自治区第五次结核病流行病学抽样调查资料,采用经典24位点方法进行基因分型。并采用Bio Numerics5.0数据库进行基因聚类分析。将结核分枝杆菌原始株,取一菌环溶于400μl TE中悬菌,80℃1 h灭活,12 000 r/min离心10 min,弃上清,600μl TE重新悬菌,进行多位点串联重复序列分析。结果新疆99株结核分枝杆菌分为2个基因群:分别为基因群Ⅰ和基因群Ⅱ,基因群Ⅰ66株(66.7%),基因株Ⅱ33株(33.3%);基因群Ⅰ是北京家族,基因群Ⅰ的66株结核分枝杆菌有65种不同的基因型,有2株结核分枝杆菌属于同一簇,成簇率为1.5%,基因群II33株结核分枝杆菌菌株的MLVA图谱不同,成簇率为0。结论新疆结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以北京基因型菌株为主,同时还存在一定比例的非北京基因型,应加强对主要流行菌株流行的监控及管理。     

宜昌地区结核分枝杆菌基因分型与成簇特征分析

目的 描述宜昌地区结核分枝杆菌的基因分型及成簇特征,为宜昌地区的结核病防治提供依据。方法 搜集宜昌地区2016年12月至2017年5月经基因芯片检测阳性的结核病患者痰标本,接种罗氏培养基进行培养后,得到的367株结核分枝杆菌临床分离株选择国际通用的24位点结核分枝杆菌散在分布重复单位及可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)进行分子分型,用Hunter-Gaston指数(HGI)和遗传差异值(h)对MIRU位点的分辨率和差异性进行评价;运用BioNumerics 5.0软件对VNTR-MIRU结果进行成簇性分析,根据近期传播率公式计算其近期传播率;367株菌株分离来自367例患者,细分为初治患者321例、复治患者46例后分别进行成簇率统计,初复治患者的成簇率比较采用χ ²检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果 367株结核分枝杆菌24位点VNTR-MIRU分型结果显示,其总的分辨率HGI值为0.999,其中遗传多样性最高的位点为QUB11b,其h值为0.79;遗传多样性最低的位点为MIRU24,其h值为0.03。分析时发现基因型呈明显的多态性,总共有324个基因型。成簇性分析发现,其中90株菌株形成39个簇,成簇率为24.52%(90/367),近期传播率为13.90%(51/367);复治患者菌株成簇率为21.74%(10/46),初治患者菌株成簇率为24.92%(80/321),两者成簇率比较,差异无统计学意义(χ ²=0.220,P=0.639)。结论 宜昌地区的结核分枝杆菌呈现出较高的遗传多样性,近期传播率较低,且成簇率与初复治无关,提示宜昌地区结核分枝杆菌以内燃复发为主,也存在小范围内的流行,在结核防控方面要加以重视。