周期型马来丝虫半胱氨酸蛋白酶基因的扩增、克隆及序列分析

[目的]克隆周期型马来丝虫半胱氨酸蛋白酶（cysteine protease of periodic Brugia malayi,BmCP）基因到原核载体中,测定其序列,为进一步的研究奠定基础.[方法]从周期型马来丝虫虫体中抽提总RNA,以mRNA为模板,采用RT-PCR法体外扩增出BmCP基因序列,扩增产物经初步鉴定后将其克隆入pMD18-T载体,转化大肠杆菌（E. coli）DH5α,筛选阳性克隆,进行双酶切及PCR扩增签定,获得阳性重组质粒pMD18-T-BmCP,经测序验证,并进行同源性比较.[结果]RT-PCR扩增出一条约1 201 bp大小的特异性条带,重组质粒双酶切和以质粒为模板的PCR结果与预期相符,DNA序列分析与GeneBank已知的基因序列同源性为99%.[结论]成功构建了周期型马来丝虫半胱氨酸蛋白酶重组质粒pMD18-T克隆载体,为进一步研究该基因的功能提供了条件.     

周期型马来丝虫GAPDH部分编码基因原核及真核表达载体的构建

[目的]构建我国流行的周期型马来丝虫3-磷酸甘油醛脱氢酶(BmGAPDH)部分编码基因原核和真核表达质粒以及基因序列分析,为进一步的研究奠定基础。[方法]根据GeneBank中马来丝虫GAPDH基因的已知序列设计引物,以周期型马来丝虫总RNA为模板,反转录PCR(RT-PCR)扩增目的编码基因。扩增产物经初步鉴定后将其克隆入pGEM-T载体,转化大肠杆菌(E.coli)DH5α,筛选阳性克隆,进行双酶切及PCR扩增鉴定,获得阳性重组质粒pGEM-BmGAPDH,经测序验证,并进行同源性比较。亚克隆至真核表达质粒pcDNA3.1(+),构建真核表达载体pcD-NA3.1(+)-BmGAPDH,转染COS-7细胞后进行RT-PCR验证。[结果]RT-PCR扩增出一条约877 bp大小的特异性条带,重组质粒双酶切的PCR结果与预期相符,DNA序列分析与GeneBank已知的基因序列同源性为99%。转染的COS-7细胞高水平表达BmGAPDH的mRNA,根据克隆的目的基因序列推导的氨基酸序列与GenBank登录的一致。[结论]成功构建了周期型马来丝虫3-磷酸甘油醛脱氢酶部分编码基因原核及真核表达载体,为进一步功能研究提供了条件。     

周期型马来丝虫复合表位基因的构建及在真核细胞中的表达

目的:构建周期型马来丝虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂/3-磷酸甘油醛脱氢酶复合表位基因（CPI502/GAPDH720）真核表达质粒pcDNA3.1（+）-BmCPI502/BmGAPDH720,并观察其在人宫颈癌细胞（Hela细胞）中的蛋白表达。方法:根据T细胞表位预测的基因序列设计引物,以质粒pGEM-T-CPI621为模...     

周期型马来丝虫感染长爪沙鼠的实验观察

周期型马来丝虫感染长爪沙鼠的实验观察王莉莉，余品红，毛玲玲陈乐义（指导者）建立人体丝虫动物模型对进行丝虫生物学特性、丝虫病免疫诊断、发病机理以及抗丝虫药物筛选等方面的研究都有着重大意义。近年来，我们在建立湖北省周期型马来丝虫动物模型的基础上，结合本所...     

周期型马来丝虫基因稳定转染细胞株的建立

摘要:目的　将含周期型马来丝虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂（Bm-CPI）基因的重组质粒pcDNA3.1（+）-Bm-CPI转染人宫颈癌细胞（Hela细胞）获得重组质粒稳定转染细胞株,为重组蛋白的获得提供基础。方法　将成功构建的重组质粒pcDNA3.1（+）-Bm-CPI转染Hela细胞,以G418筛选转染细胞,通过RT-PCR和SDS-PAGE鉴定G418筛选后的单克隆抗性细胞株。结果　重组真核表达质粒pcDNA3.1（+）-Bm-CPI转染Hela细胞后,d 14可见G418抗性细胞株开始形成。G418抗性Hela细胞株筛选、扩大培养后RT-PCR扩增出621bp左右的目的条带;SDS-PAGE检测获得了明显的目的条带。结论　实验证实pcDNA3.1（+）-Bm-CPI重组质粒被成功转入Hela细胞,并获得稳定表达;为进一步研究Bm-CPI表达、蛋白纯化和测定其生物学活性奠定了基础。     

周期型马来丝虫复合表位基因的构建及在真核细胞中的表达

目的构建周期型马来丝虫半胱氨酸蛋白酶抑制剂/3-磷酸甘油醛脱氢酶复合表位基因(CPI502/GAPDH720)真核表达质粒pcDNA3.1(+)-BmCPI502/BmGAPDH720, 并观察其在人宫颈癌细胞(Hela细胞)中的蛋白表达。方法根据T细胞表位预测的基因序列设计引物, 以质粒pGEM-T-CPI621为模版, 利用反转录PCR(RT-PCR)扩增目的基因片段, 将该片段克隆至原核表达质粒pET-28a(+)中, 构建原核表达质粒pET28a(+)-BmCPI502。根据软件设计合适引物, RT-PCR分别扩增BmCPI502基因和BmGAPDH720基因, pcDNA3.1(+)、BmCPI502、BmGAPDH720分别进行双酶切后进行连接, 构建复合表位基因真核表达质粒pcDNA3.1(+)-BmCPI502/BmGAPDH720。将复合表位基因重组质粒转染至Hela细胞后, 进行RT-PCR验证, 获得与预期相符目的条带;将表达产物利用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)进行检测。结果获得了原核表达重组质粒pET28a(+)-BmCPI502, 经...     

人巨细胞病毒UL144基因序列分析及B细胞表位预测

目的了解引起新生儿晚期黄疸的人巨细胞病毒(HCMV)UL144基因多态性,预测UL144基因各型编码蛋白的B细胞优势表位。方法应用荧光定量PCR法检测晚期黄疸新生儿标本HCMV-DNA含量,采用巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMV UL144基因开放读码框(ORF),结果进行双向DNA测序,绘制种系进化树对HCMV感染患儿UL144基因进行分型。结合亲水性参数、可及性参数、抗原性参数、柔韧性参数及二级结构方案对HCMV UL144基因编码各型蛋白的B细胞表位进行预测,参照已建立的预测方法综合评价B细胞优势表位。结果①30例晚期黄疸新生儿荧光定量PCR检测阳性,其中28例UL144基因扩增阳性。②28株UL144基因与Toledo株进行同源性比较,核苷酸水平为80.4%~99.2%,氨基酸水平为78.9%~98.8%。种系进化树分析显示感染患儿标本UL144基因可分为3个基因型,G1型7株(25%),G2型7株(25%),G3型14株(50%)。③HCMV UL144基因G1型和G2型B细胞表位均位于编码蛋白N段109-119位,G3型于氨基酸116位缺失一个谷氨酰胺,B细胞表位位于编码蛋白N段109-118位。结论①HCMV UL144基因的DNA序列呈高度多态性,但B细胞表位预测高度保守;②UL144 G3型氨基酸N段116位(Q)位点缺失可能改变该抗原表位的抗原性。     

SARS冠状病毒M基因变异规律分析

目的测定SARS冠状病毒（SARS-CoV）GD322株M基因序列,与其他SARS-CoV M基因进行比较分析,初步了解SARS-CoV在流行过程中M基因的变异规律.方法提取GD322株RNA,经RT-PCR扩增M基因后克隆至T-载体,转化DH5α,并进行序列测定.以SARS冠状病毒多伦多株2（TOR2）M基因为基准,利用Clustal X软件与其他SARS-CoV M基因进行比较,了解变异情况,采用Protean软件预测α螺旋和B细胞抗原表位.结果完成GD322株基因测序（AY702026）,通过对已发表81株SARS-CoV M基因序列初步分析,选定TOR2为基准株.发现36株M基因与TOR2株序列相同,5株存在同义突变,40株存在非同义突变.共有11个突变位点,其中9个非同义突变位点,2个同义突变位点.对非同义突变代表株Frankfurt1和TW5的M基因进行α螺旋和B细胞抗原表位预测,结果和基准株序列比,差异无统计学意义.结论 SARS-CoV M基因虽然有随流行时间推移突变逐渐增大的趋势,但总突变率低,基因序列较稳定,且香港M旅馆相关毒株变异小于香港M旅馆无关毒株.变异对其抗原性无影响.     

卡氏肺孢子虫MSG抗原片段细胞表位的预测

[目的]预测卡氏肺孢子虫主要表面抗原(MSG)片段的B细胞和T细胞抗原表位. [方法]运用Sig-nalp3.0、EMBOSS等网络服务器推测卡氏肺孢子虫MSG抗原片段的B细胞和T细胞抗原表位,分析预测结果. [结果]MSG抗原片段存在3个潜在的B细胞抗原表位及6个潜在的T细胞抗原表位.B细胞抗原表位在氨基酸序列的位置为69-79、96-101、133-140aa 3个区域内或其附近;T细胞抗原表位在氨基酸残基的位置为7-22、28-43、20-35、40-55、53-68、86-101aa. [结论]MSG抗原表位的预测为有目的的克隆基因片段,研究高效的表位疫苗奠定基础.     

间日疟原虫传播阻断疫苗新型候选抗原Pvs48 T.B细胞表位的预测与分析

目的 预测与分析间日疟原虫传播阻断疫苗新型候选抗原Pvs48的T.B细胞表位.方法 运用SYFPEITHTI在线预测Pvs48的T细胞抗原表位,然后再利用表位数据库(IEDB)从抗原性、表面易接近性、柔韧性、亲水性、β转角5个方面在线预测Pvs48的B细胞线性抗原表位.结果 成功预测了Pvs48中的6个B细胞表位肽、7...     

SARS冠状病毒S基因序列及细胞抗原表位预测

目的 比较SARS冠状病毒各分离株S基因序列及氨基酸序列之间的差异，预测SARS-CoV的S蛋白的抗原表位。方法 利用Lasergene软件包中的EditSeq从21株SARS冠状病毒分离株截取S基因序列并翻译成氨基酸序列，然后用ClustalX软件对截取序列进行比较分析，确定基准株，最后用Protean软件对基准株进行抗原表位预测。结果 在21株分离株的S基因中有8株核苷酸序列、13株氨基酸序列没有发生点突变；预测出78个可能性抗原表位。结论 SARS-CoV的S蛋白相当保守，只发生个别点突变，可能性抗原表位多，且在其中的14个区域中可能性最显著。     

亚洲牛带绦虫自吞噬相关蛋白3基因克隆及表达

目的 从亚洲带绦虫成虫cDNA质粒文库中识别并预测自吞噬相关蛋白(autophagy related protein3-like,APG3)基因,并将该基因进行克隆表达,为进一步研究其生物学功能提供基础依据.方法 利用生物信息网站及其他分析软件包,分析该蛋白质理化特性等,并将其克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,经PCR、双酶切及测序鉴定之后诱导表达,表达产物通过十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)进行鉴定.结果 该基因全长为1 331 bp,编码区为92~1099,编码335个氨基酸,理论分子量、等电点分别为37 498.5 Da和4.71.PCR、双酶切及DNA测序结果均表明pET-28a(+)-Ta APG3重组质粒构建成功.经过尿素破包涵体法得到纯化蛋白.结论 发现亚洲牛带绦虫APG3基因,成功构建重组原核表达质粒并表达出融合蛋白.     

上海地区1株SARS-Cov N基因序列分析及表达

目的通过基因克隆、序列分析以及在大肠埃希菌中的表达和分离纯化，研究上海地区1株SARS-Cov N蛋白编码基因变异情况，为SARS-Cov N蛋白应用于检测SARS感染作基础。方法用RT-PCR法从患者血清样品中扩增获取SARS-Coy N蛋白编码基因，并重组于质粒pGEX-2T。双脱氧法双向测定N基因序列，与GenBank公布的89株SARS-Cov N基因序列比对分析；重组N蛋白编码基因在E.coli中表达，亲和层析法分离纯化表达产物。结果RT-PCR扩增获取SARS-Cov N基因1269bp，测定的核酸序列与GenBank中公布SARS-Cov N基因序列比对，变异位点数1～4bp，其中导致1～3个编码氨基酸突变。重组N基因的表达质粒pGEX-2T／SARS-Cov N转化大肠埃希菌JM109，经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导，N基因在大肠埃希菌中高效表达，经亲和层析，得纯度〉90％的表达产物，表达的融合蛋白分子量为74000Da。结论上海地区1株SARS-Cov N蛋白编码基因与已公布的89株毒株核酸同源性为99．92％～99．68％，编码氨基酸同源性为99．8％～99．3％；该基因在E．coli中表达，经分离纯化得到高纯度表达产物，为进一步应用于SARS-Coy感染检测打下基础。     

亚洲牛带绦虫TaCRISP基因克隆、表达和序列分析

目的通过筛选亚洲牛带绦虫(Taenia saginata asiatica)成虫cDNA质粒文库,识别半胱氨酸分泌蛋白(Ta CRISP),并进行克隆表达,为进一步研究其功能提供基础依据。方法用生物信息学方法从亚洲牛带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别TaCRISP的全长编码基因并预测编码蛋白质的各种结构与功能;将其编码区序列克隆到原核表达载体pET-30a(+)上,测序鉴定重组质粒,之后进行诱导表达,表达产物经十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)鉴定。结果该基因全长1090bp,编码239个氨基酸,1aa-16aa位为分泌信号肽,理论分子量为26973.8,等电点为5.96。生物信息分析揭示,Ta CRISP与中殖孔绦虫CRISP一致性为38%,相似性为54%;所构建的重组体经PCR、双酶切及测序鉴定与目标基因相符。SDS-PAGE结果表明,目的基因在大肠埃希菌BL-21/DE3中表达成功。结论发现亚洲牛带绦虫Ta CRISP基因,成功构建重组原核表达质粒并表达出融合蛋白。     

紫红笛鲷过敏原小清蛋白基因克隆及序列分析

目的 克隆紫红笛鲷(Lutianus argentimaculatus)过敏原小清蛋白(parvalbumin)基因。方法 采用生物信息学方法对多种鱼的小清蛋白基因进行序列性比对,根据序列保守区域设计并合成简并性引物,通过实时(RT)-PCR和3'cDNA末端快速扩增RACE技术克隆紫红笛鲷小清蛋白的全长基因,并进行序列分析。结果 获得紫红笛鲷全长608 bp的新基因,开放阅读框为330个碱基,编码109个氨基酸,经分析该蛋白分子量约为11.5kD,等电点为4.35。序列分析结果显示所克隆的基因与其他鱼类过敏原小清蛋白基因有很高的同源性。结论 成功克隆出紫红笛鲷过敏原小清蛋白基因(登录号为:EF591789)。     

细粒棘球蚴内蒙株疫苗候选基因EG95克隆

目的 克隆细粒棘球蚴内蒙株EG95基因,并进行序列分析.方法 根据GenBank中细粒棘球蚴EG95-1基因DNA序列设计引物,提取细粒棘球蚴基因组DNA,PCR扩增目的基因,目的基因克隆到pMD19-T载体,经PCR、酶切及测序鉴定后,进行序列分析.结果 克隆到的EG95-NM基因序列长1262bp,与EG95-1基因DNA序列同源性为98%.结论 克隆到细粒棘球蚴内蒙株EG95基因,序列分析表明,EG95-NM基因属于EG95基因家族并具有地理株特点.     

华支睾吸虫GST的新编码基因的克隆与纯化

目的 扩增华支睾吸虫(Cs)一个编码谷胱甘肽转移酶(GST)的新基因，确认是否存在内含子，进行原核表达，纯化。方法 用PCR方法从成虫cDNA文库和基因组中扩增CsGST基因，测序，定向克隆到原核表达载体pET-30a( )，在大肠杆菌BL21／DE3表达，按照Ni-NTA agarose说明书纯化重组蛋白，用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和薄层色谱(TLC)分析。结果 CsGST基因全长639bp，没有内含子，构建的原核表达质粒pET-30a( )-CsGST在大肠杆菌中得到了有效表达，融合蛋白的分子量约为30kDa。重组蛋白达总蛋白的33％，纯化后的重组蛋白纯度为97％。结论 CsGST基因没有内含子，在大肠杆菌中能有效表达，重组蛋白得到了纯化，为进一步研究该基因的功能打下基础。     

人谷胱甘肽硫转移酶A1原核表达系统的构建及高效表达

目的　对人谷胱甘肽硫转移酶A1(GSTA1)原核表达系统的构建及高效表达。方法　采用RT -PCR方法将肝组织中提取总RNA扩增人GSTA1基因的cDNA序列 ,将其插入到原核表达载体pET30a多克隆位点中 ,构建重组表达质粒 ,并用PCR扩增、酶切分析及序列测定等方法对重组质粒进行鉴定 ,并进行了高效表达。结果　人GSTA1克隆到原核表达载体pET30a多克隆位点中 ,测序结果同GenbankGSTA1(GI:2 2 0 914 5 3)cDNA序列相比较 ,在 5 12位点T→C ,氨基酸由Met→Thr,同源性为 99% ,基因登陆号为AY5 32 92 8。通过IPTG诱导表达 ,在 34.4KDa处 1、2、3、4小时的表达量分别为 4 1.8%、6 8%、6 8.3%、83%。结论　经Westernblot分析 ,证实GSTA1基因在原核表达系统中有蛋白质表达     

嘉兴市2011—2012年乙型流感监测与HA1序列分析

[目的]了解2011—2012年嘉兴市乙型流感的流行状况及病毒序列特性、变异特点和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况。[方法]将采集的流感样病例的咽拭子标本用MDCK细胞培养分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定。随机选取6株乙型流感病毒株进行HA1基因核苷酸序列测定,并进行特性分析。[结果]2011—2012年嘉兴市乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系同时存在。随机抽取4株Victoria系和2株Yamagata系毒株,在糖基化位点上没有变化。4株Victoria系毒株核苷酸同源性为98.6%～99.7%,氨基酸同源性为98.8%～100.0%,其中2株与2009—2012年疫苗株相比,在L58P、N129S、I146V、N171D发生了氨基酸的替换。2株Yamagata系毒株核苷酸和氨基酸同源性为99.4%,与2012—2013年疫苗株极为接近。[结论]嘉兴市流行的Victoria系乙型流感病毒与2009—2012年疫苗代表株同源性较高,当年度的流感疫苗株对本市Victoria系乙型流感病毒流行的防治有一定保护作用。但本地同时也还活跃着Yamagata系的乙型流感病毒,当年度的流感疫苗株对Yamagata系乙型流感病毒不能提供最佳保护。     

北京市西城区2009年-2011年乙型流感病毒血凝素HA1基因特性分析

目的:了解2009年10月-2011年9月期间北京市西城区乙型流感病毒的血凝素基因(HA1)的变异情况以及WHO推荐的流感疫苗株对北京地区人群的保护情况。方法:对流感样病例的咽拭子进行病毒分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增其HA1基因,用DNAStar生物软件对HA1的序列进行分析处理,并与WHO推荐的疫苗株进行系统进化分析。结果:HA1片段序列分析显示本地区的乙型流感病毒属于Victoria系,与WHO推荐流感2009年-2010年疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,其核苷酸、氨基酸的同源性分别为96.4%～99.1%和98.2%～99.1%。未发现核苷酸的丢失和插入。氨基酸序列中有3个位点发生改变。结论:本地区的优势流行株其抗原性未发生明显改变,提示2010年WHO推荐乙型流感疫苗株对北京地区人群仍有较好的保护效果。