基于GEO数据库的产后抑郁症关键差异表达基因分析

目的 利用生物信息学分析方法筛选产后抑郁症与免疫相关的关键差异表达基因及相关信号通路。方法 从GEO数据库中下载GSE45603数据集矩阵数据,应用R软件limma包筛选差异表达基因,应用plot包对差异表达基因绘制火山图。运用metaspace软件构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质互作网络。结果 获得了714个差异表达基因,包括149个上调基因及565个下调基因,形成4个与免疫相关的关键MCODE模块,鉴定出与产后抑郁症免疫相关通路的11个关键差异表达基因。其中,CD3G、CD8A、CD8B、ABL1、CCR7、CXCR6表达显著上调(P<0.05,logFC>0.5),而HLA-G、HLA-C、CCR1、SSTR2、LPAR2表达显著下调(P<0.05,logFC<-0.5),具有较高的诊断价值。结论 4个与免疫相关的关键MCODE模块可能在产后抑郁症中起关键作用,其中的11个关键差异表达基因可能是产后抑郁症潜在的生物标志物。     

基于GEO 芯片数据的肝癌关键生物标志物的筛选与鉴定及生物信息学分析

目的 基于生物信息学分析方法,获取与正常肝组织具有表达差异、且与肝癌患者生存、病理参数密切相关的肝癌基因。方法 通过GEO 数据库获取三组肝癌芯片表达谱,利用GEO2R 鉴定肝癌组织与正常肝组织具有表达差异的基因;应用DAVID 数据库,富集差异表达基因;使用STRING 数据库及Scytoscape 软件,构建核心差异基因的蛋白质互作网络（protein-protein interaction,PPI）,并通过UCSC Cancer Genomics Browser 网站在TCGA 数据库中验证关键差异基因在肝癌中的表达情况;基于Kaplan Meier-Plotter 及UALCAN 在线分析工具,挖掘关键基因在肝癌组织中的mRNA 表达与临床病理参数的关系。结果 从三个芯片数据集中鉴定出74 个共同差异表达基因;这些基因显著富集在细胞外小体、细胞外间隙、氧化还原等生物过程;PPI 网络分析共聚焦到15 个基因,其中8 个基因与肝癌患者的总生存率相关,5 个基因与肝癌的分级、分期相关。 结论 ANLN, ECT2, HMMR, KIF20A, NCAPG, PBK, RACGAP1 和ZWINT 等基因可作为肝癌诊断和治疗的候选靶点,为临床诊治提供新的思路。     

基于生物信息学分析多囊卵巢综合征中影响卵巢生长发育的关键差异基因

目的 采用生物信息学方法从基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)中分析发掘有关多囊卵巢综合征(polycystic ovarian syndrome, PCOS)的重要基因并对其进行富集分析,为研究PCOS的发病机制提供新的靶点。方法 首先从GEO数据库选取两个数据集(GSE171431和GSE59456),使用R语言进行差异分析并获取两个数据集共有的差异基因,然后进行基因本体论(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes, KEGG)分析。根据差异倍数和卵巢功能相关(例如排卵、细胞凋亡、卵泡生长和黄体形成等)筛选出候选关键差异基因,构建了PCOS小鼠模型并用实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction, RT-qPCR)法验证这些基因。最后运用比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database, CTD)查找与基因相关的疾病。结果 本研...     

基于GEO数据库筛选阿尔茨海默病的关键基因及信号通路

目的 采用生物信息学分析方法从GEO数据库筛选与阿尔茨海默病（AD）发生、发展密切相关的基因及信号通路。方法 从GEO数据库选择GSE118553作为分析数据集,GSE106241作为关键基因的验证数据集。从GSE118553数据集筛选出差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组数据库（KEGG）通路分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选出评分居前10位的关键基因。采用GSE106241数据集验证筛选出的10个关键基因在不同braak分级AD患者与正常对照者颞叶皮层组织中表达的差异及其与β-淀粉样蛋白（Aβ）42表达的相关性。结果 从GSE118553数据集中筛选出157个差异表达的基因,其中表达上调88个、表达下调69个。GO富集和KEGG通路分析结果显示,差异表达基因涉及γ-氨基丁酸（GABA）信号通路、神经递质传递和突触传递等。在PPI网络中,筛选出的评分居前10位的关键基因分别为SNAP25、SYT1、GRIN2A、SLC12A5、GAD1、GABRG2、GABRD、PVALB、GABRB2和FN1。采用GSE106241数据集进行...     

基于GEO数据库筛选胶质母细胞瘤相关差异基因及信号通路

目的 使用基因表达谱数据库(GEO)快速筛选出与胶质母细胞瘤的发生、发展过程密切相关的差异基因及信号通路。方法 利用生物信息学分析方法在GEO数据库中选择GSE31262数据集作为主要分析对象,包括5个成人神经干细胞个体样本和9个胶质母细胞瘤干细胞个体样本。从这些样本中筛选潜在的差异基因,使用京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析与基因本体论(GO)富集分析对筛选到的差异基因进行对比。在STRING在线数据库(https://string-db.org/)中,对筛选出来的差异表达基因所编码的蛋白,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析网络,从而进一步筛选确定评分水平最高的前10位基因。通过癌症基因图谱(TCGA)、免疫细胞浸润分析及受试者工作特征(ROC)曲线分析等方法,分析差异基因与胶质母细胞瘤预后情况的相关性及其诊断价值。结果 通过筛选GSE31262数据集得到差异基因共2 692个(上调基因1 182个,下调基因1 510个)。KEGG通路分析和GO富集分析的结果发现,上述差异基因主要涉及细胞器裂变、核分裂、胚胎器官发育、染色体分离、轴突生成、胶质细胞再生,主要参与细胞内...     

基于高通量基因表达数据库及生物信息学对坐骨神经痛差异表达基因的分析研究

目的 基于高通量基因表达（GEO）数据库及生物信息学筛选坐骨神经痛相关差异表达基因（DEGs）,分析其生物学功能,为临床治疗坐骨神经痛提供参考。方法 通过GEO数据库获取坐骨神经痛基因芯片（GSE124272）数据集,经仙桃学术软件异质性分析获取坐骨神经痛相关DEGs,对坐骨神经痛相关DEGs进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的通路富集分析。借助Cytoscape软件实施蛋白质互作网络（PPI）分析获取关键基因,经转录因子调控网络专用数据库（TRRUST）确定关键基因的主要调节转录因子及相应的调节关系。结果 415个坐骨神经痛相关DEGs经PPI分析共获取15个关键基因,经TRRUST确定共12个TF协同参与检查点激酶1(CHEK1)、含杆状病毒IAP重复序列蛋白5(BIRC5)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、胸苷酸合成酶（TYMS）、细胞周期蛋白B1(CCNB1)关键基因的调控。结论 CHEK1、BIRC5、CCNB2、TYMS、CCNB1可作为坐骨神经痛的新治疗靶点和预防标志物。     

基于GEO数据库整合miRNA-mRNA表达谱筛选卵巢癌的关键基因分子及生物信息分析

目的　卵巢癌是妇产科恶性肿瘤死亡的主要原因之一,但其致病分子机制还未被清晰阐明。该研究通过整合生物信息学方法,旨在挖掘其潜在的关键基因分子及生物学功能,以便更全面地揭示其发病机制。方法　从GEO (Gene Expression Omnibus) 数据库下载miRNA和mRNA表达谱芯片集。通过R语言“limma”包筛选差异表达的miRNA和mRNA。通过FunRich软件对筛选的差异miRNA进行靶标预测,并与筛选的差异mRNA取交集得到共有差异基因。通过R语言“clusterProfiler”包对共有差异基因进行富集分析和通路注释以挖掘其生物学功能。 运用string数据库和cytoscape软件进一步构建miRNA-靶基因调控网络,并鉴定分子网络中的关键基因分子。结果　共筛选鉴定出167个共有差异基因。富集分析表明共有差异基因主要涉及细胞外组织、胚胎器官发育、突触后特化、胶原三聚体和DNA结合转录激活等生物过程;通路注释表明共有差异基因主要参与蛋白质的消化吸收和松弛素信号通路行为。分子网络分析筛选鉴定了10个候选关键基因,并发现miR-29c-3p,miR-1271-5p和 miR-133b抑癌分子与共有差异基因存在最广泛的靶向关系,处于调控中枢核心地位。上述关键基因分子在卵巢癌发生发展中扮演了重要角色。结论　该研究采用的系统整合方法学和鉴定的关键基因分子有助于揭示卵巢癌的潜在致病机制,也为卵巢癌的早期筛查提供新的候选标志物。     

基于GEO数据库对类风湿性关节炎相关基因筛选及生物信息学分析

目的　基于生物信息学筛选类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能及其调控通路。方法　从GEO(gene expression omnibus)数据库检索并下载了基因芯片GSE94519,通过GEO数据库的在线分析工具GEO2R以P<0.05,|logFC>1.5|为条件筛选RA的差异基因,以DAVID6.8对筛选出的RA差异基因开展GO功能注释和KEGG信号通路富集分析。通过STRING在线分析工具和Cytoscape软件挖掘在RA生物学过程中发挥至关重要作用的关键基因。结果　该研究共发现差异表达基因278个,GO功能在生物学方面主要介导血小板脱颗粒、病毒过程、氧化还原过程和GTPase活性正调节的转导过程,在细胞功能方面主要参与胞外小体、胞浆、薄膜及细胞质的调控,在分子功能方面主要富集于GTPase活性、泛素蛋白连接酶结合、钙黏蛋白结合参与细胞之间的黏附。KEGG的分析RA差异表达的基因结果表明其主要的信号通路是调节氧化磷酸化以及帕金森病,在蛋白互作网络中筛选出10个Hub基因分别为ACTB,RHOA,PPBP,B2M,MT-CYB,PF4,CFL1,MT-ATP6,VCL和TPM1。结论　利用生物信息学和R语言能有效分析GEO数据库的原始基因芯片数据,获得芯片内在的生物学信息;通过关键差异基因分析不仅能识别目前已知的类风湿关节炎相关信号通路,还能发现一些新的通路或生物学过程。     

不稳定型心绞痛患者外周血CD28表达的研究

目的 研究不稳定型心绞痛(UAP)患者外周血T淋巴细胞CD28水平的变化.方法 运用流式细胞仪三色分析技术检测25例不稳定型心绞痛患者在发病期和缓解期以及20名正常健康对照外周血标本CD28、CD4的表达.结果 经统计学分析,发作期患者外周血T淋巴细胞CD4 /CD28-表达显著高于缓解期和正常健康对照,而CD4 /CD28 无显著性差异.结论 在不稳定型心绞痛患者发病过程中CD4 /CD28 -淋巴细胞发挥着非常重要的作用.     

基于健康信念模型稳定性心绞痛患者服药依从性的影响因素研究

目的探讨基于健康信念模型稳定性心绞痛患者服药依从性的影响因素。方法对2013年1月-12月参与慢性病管理的107例稳定性心绞痛患者,采用面对面问卷调查方法评定服药依从性及对冠心病认知的影响因素。采用多重逐步线性回归进行统计分析。结果“心肌梗死可能导致死亡”、“稳定性心绞痛患者可能会突发心肌梗死”、“过去1年心绞痛发病次数”、“规范治疗对预防心肌梗死有好处”、“要是发生心肌梗死,就算不死也基本没什么指望了”、“按时服药可以得到家人的赞扬”、“在我认识的人当中就有心肌梗死导致死亡的患者”为提高服药依从性影响因素（P〈0．05）,其偏回归系数分别为0．245、0．251、0．248、0．099、0．234、0．162、0．095;而“担心药品的副作用”、“承受不起药费”为降低服药依从性影响因素（P〈0．05）,其偏回归系数为-0．164和-0．114。结论健康信念模型有助于社区医生判定影响稳定性心绞痛患者服药依从性的相关因素。     

曲美他嗪治疗稳定型心绞痛疗效与安全性的系统评价

目的系统评价曲美他嗪(Trimetazidine,TMZ)治疗稳定型心绞痛(stable angina pectoris,SAP)的临床疗效和安全性。方法计算机检索CBM(1989～2011.6)、CNKI(1997～2011.6)、WanFang Data(1989～2011.6)、MEDLINE(1966～2011.6)、EMbase(1974～2011.6)和Cochrane对照试验资料库(1989～2011.6)中有关曲美他嗪治疗稳定型心绞痛的随机对照试验(RCT),按纳入与排除标准选择文献并进行资料提取和质量评价后,采用RevMan 5.0软件进行Meta分析。结果共纳入15个RCT,1 500例患者。Meta分析结果显示:在平板/踏车试验ST段压低1 mm阈值[WMD=0.84,95%(0.74,0.93),P<0.000 01]、运动持续时间[WMD=0.82,95%(0.73,0.91),P<0.000 01]、心绞痛发作阈值[WMD=1.18,95%(0.87,1.50),P<0.000 01]、每周心绞痛发作次数[WMD=–1.79,95%(–1.93,–1.66),P<0.000 01]和每周硝酸甘油消耗量[WMD=–0.60,95%(–0.74,–0.46),P<0.000 01]五个方面,曲美他嗪组均明显优于对照组;而在副反应方面,曲美他嗪组与对照组的差异无统计学意义[RR=0.83,95%CI(0.52,1.32),P=0.42]。结论曲美他嗪治疗稳定型心绞痛疗效优于对照药物,而副反应与对照药物无明显差别,疗效确切,安全性较好。受纳入文献的质量限制及可能存在的发表偏倚影响,本Meta分析结论尚需开展更多高质量、大样本、多中心、随机双盲对照试验加以证实。     

Cost-utility of Ranolazine for Chronic Stable Angina Pectoris: Systematic Review and Meta-analysis

PurposeRanolazine is used to treat stable angina pectoris, the most common symptom of ischemic heart disease. Appropriate management of chronic stable angina pectoris is essential from both a clinical and an economic view point.MethodsThis systematic review and meta-analysis adhered to Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses guidelines. We included cost-utility analyses, which compared ranolazine with other standard treatments for treating stable angina pectoris. The search was conducted in PubMed, EMBASE, and Scopus databases. A random-effects model based on the DerSimonian and Laird method was used to pool the incremental net benefit reported in purchasing power parity adjusted US dollars. The modified economic evaluation checklist was used to assess the risk of bias.FindingsThe pooled results from 7 selected studies with a time horizon of 1 year show that add-on ranolazine was significantly cost-effective compared with standard treatment, with a pooled incremental net benefit of US$1335 (95% CI, 500 to 2169) but with substantial heterogeneity (I² = 79.46%). On subgroup analysis, ranolazine was cost-effective from the payers’ perspective (US$1975; 95% CI, 1042 to 2908; I² = 69.23) but not from a societal perspective (US$297; 95% CI, –241 to 715; I² = 0%)]. There was limited evidence from lower economies.ImplicationsPooled evidence suggests that add-on ranolazine therapy is cost-effective for chronic stable angina pectoris up to a 1-year time horizon. There is a lacuna of evidence from low- and middle-income countries and on long-term cost-effectiveness. The current evidence synthesis may provide a macroeconomic point of view for policy makers regarding the direction of ranolazine's cost-effectiveness for evidence-informed policy-making. PROSPERO identifier: CRD42022332454.     

曲美他嗪对冠心病心绞痛患者生活质量的影响

目的:对比研究曲美他嗪(万爽力)与硝酸异山梨酯(消心痛)改善冠心病稳定型心绞痛患者长期生活质量的效果和安全性。方法:2003年1月至2004年3月,60例患者随机分为万爽力(20mg,tid)组和消心痛(10mg,tid)组各30例,12周为一疗程,共2个疗程。试验前、试验期间第12周月、试验后分别观察下列指标:(1)临床症状改善情况;(2)心电图疗效评价;(3)硝酸甘油停减率;(4)生活质量评分比较:采用西雅图心绞痛量表量化评估;(5)安全性评估。结果:二组治疗24周后,万爽力组各项观察指标优于消心痛组,有显著差异性(P<0.05)。二组病人治疗前、中、后,血尿粪常规、肝肾功能、心肌酶学检查等均无异常。且万爽力组不良反应少于消心痛组。结论:万爽力是一种治疗心绞痛有效、安全的药物,能明显改善患者的临床情况和提高患者的生活质量。     

Network Analysis of Differential Expression for the Identification of Disease-Causing Genes

Genetic studies (in particular linkage and association studies) identify chromosomal regions involved in a disease or phenotype of interest, but those regions often contain many candidate genes, only a few of which can be followed-up for biological validation. Recently, computational methods to identify (prioritize) the most promising candidates within a region have been proposed, but they are usually not applicable to cases where little is known about the phenotype (no or few confirmed disease genes, fragmentary understanding of the biological cascades involved). We seek to overcome this limitation by replacing knowledge about the biological process by experimental data on differential gene expression between affected and healthy individuals. Considering the problem from the perspective of a gene/protein network, we assess a candidate gene by considering the level of differential expression in its neighborhood under the assumption that strong candidates will tend to be surrounded by differentially expressed neighbors. We define a notion of soft neighborhood where each gene is given a contributing weight, which decreases with the distance from the candidate gene on the protein network. To account for multiple paths between genes, we define the distance using the Laplacian exponential diffusion kernel. We score candidates by aggregating the differential expression of neighbors weighted as a function of distance. Through a randomization procedure, we rank candidates by p-values. We illustrate our approach on four monogenic diseases and successfully prioritize the known disease causing genes.     

冠心宁对稳定型心绞痛患者血管内皮功能及血流变学影响的临床观察

目的：研究冠心宁注射液对稳定型心绞痛患者血管内皮功能的保护作用。方法：健康对照组30例（NG组），基础用药组56例（CG组），基础用药加用冠心宁注射液组56例（TG组），采用放射免疫法、硝酸还原酶等方法检测内皮素（ET）、一氧化氮（NO）及一氧化氮合成酶（NOS）的含量。结果：冠心宁注射液组可明显降低血浆ET水平，提高血清NO及NOS水平。结论：冠心宁注射液对血管内皮功能的有保护作用。     

不稳定型心绞痛与稳定型心绞痛血浆组织因子途径变化的观察

目的　观察不稳定型心绞痛和稳定型心绞痛患者体内组织因子 (TF)途径的变化 ,反映不同程度冠心病血管内的促凝活性。方法　实验分 3组 ,不稳定型心绞痛 (n=19) ,稳定型心绞痛 (n=2 3)和对照组 (n=2 0 )。用双夹心EL ISA法分别测定其血浆 TF抗原水平。结果　不稳定型心绞痛 (UAP)组血浆 TF抗原水平高于稳定型心绞痛 (SAP)组和对照组 (35 .2 3± 12 .15 ,2 7.6 5± 10 .37,2 5 .36± 13.2 4 pg/ml,P<0 .0 1)。SAP组与对照组相比差异无显著意义。结论　血浆 TF抗原水平在 UAP患者中是增高的 ,血液呈现高凝状态。     

Efficacy and Safety of Bepridil in Chronic Stable Angina Pectoris Refractory to Nifedipine

The efficacy and safety of bepridil in chronic stable angina pectoris refractory to an extended-release preparation of nifedipine were evaluated in this open-label prospective study. Patients whose angina had not responded adequately to maximum tolerated doses of nifedipine received bepridil for 8 weeks after a 2-week baseline period at their established dose of nifedipine. Twenty-five patients entered the bepridil treatment period. Total exercise time (mean plus minus SD) was significantly increased at the end of bepridil therapy (9.3 plus minus 2.3 min) compared with the end of nifedipine baseline period (8.40 plus minus 2.3 min, p = 0.02). Time to the onset of angina increased from 6.1 plus minus 2.7 min to 8.1 plus minus 2.3 min, p < 0.01. Time to 1-mm ST depression increased from 7.0 plus minus 2.7 min to 8.4 plus minus 2.3 min, p < 0.01. Nitroglycerin consumption decreased from 3.01 plus minus 5.6 to 0.56 plus minus 1.3 tablets week(minus sign1), p < 0.05. The mean weekly angina attack rate decreased from 4.34 plus minus 5.3 to 1.33 plus minus 2.2, p < 0.01. Therapy with bepridil resulted in few adverse experiences. The mean QT(c) interval was significantly prolonged from 0.40 + 0.03 s at baseline to 0.45 + 0.045 s at the end of bepridil therapy (p < 0.001). There were no serious adverse events. The results of this study indicated that bepridil provides effective and safe treatment of stable angina pectoris in patients whose angina is not adequately controlled by nifedipine.     

针刺疗法对稳定型心绞痛患者生存质量的影响

目的 :观察针刺治疗对稳定型心绞痛患者生存质量的影响。方法 :6 3例稳定型心绞痛患者随机分为针刺组 32例和对照组 31例。 2组均口服易顺脉胶囊 ,针刺组同时配合针刺治疗 ,并观察治疗前后心电图及生存质量的变化。结果 :2组均治疗 8周后 ,心电图均明显改善 (P <0 .0 1) ,组间比较差异无显著性 (P >0 .0 5 ) ;在改善生存质量方面 ,针刺组明显优于对照组 (P <0 .0 5 )。结论 :针刺治疗能有效改善心肌缺血 ,并能提高患者的生存质量。