线粒体DNA D-loop区单核苷酸多态性与类风湿关节炎发病年龄的关系研究

背景　类风湿关节炎（RA）为临床常见疾病,其发病原因尚不明确。既往研究显示,40~60岁为RA的高发年龄,线粒体DNA（mtDNA）D-loop区的单核苷酸多态性（SNP）对肿瘤、肾病等多种疾病的发病年龄具有预测价值,但是,其与RA患者发病年龄的关系尚未见报道。目的　探讨mtDNA D-loop区SNP与RA发病年龄的关系。方法　选取2017年5—12月于河北医科大学第二医院风湿免疫科住院的85例RA患者为研究对象,提取RA患者外周血中mtDNA,通过PCR扩增和基因循环测序,分析mtDNA D-loop区的SNP位点。采用Kaplan-Meier法绘制RA患者发病年龄生存曲线,并采用Log-rank法进行检验;采用Cox比例风险模型分析发病年龄的风险因素。结果　Log-rank检验结果显示,mtDNA D-loop区SNP位点16519,携带低频率等位基因T基因型的患者发病年龄早于携带高频率等位基因C基因型的患者（χ2=5.395,P=0.020）。Cox比例风险模型结果显示,mtDNA D-loop区SNP位点16519是RA发病年龄的独立预测因子〔HR=1.750,95%CI（1.047,2.925）,P=0.033〕。结论　RA的发病年龄可能与mtDNA D-loop区SNP有关,对于mtDNA D-loop区SNP序列的分析有助于早期识别发生RA的高风险患者。     

线粒体D-环区单核苷酸多态性与食管癌患者预后关系的研究

目的探讨线粒体D-环区（D-loop区）单核苷酸多态性与食管癌患者预后的关系。方法选择2003—2004年在河北医科大学第四医院胸外科住院行食管癌根治性手术切除的食管癌患者55例,采用聚合酶链反应对其手术切除标本进行线粒体D-loop区测序。通过电话对患者进行随访并计算5年生存率,分析其与患者临床特征的关系。参照基因数据库AC₀00021号从已完成的食管癌患者线粒体D-loop区1 000 bp序列中找出单核苷酸多态性位点,分析不同单核苷酸多态性位点与患者5年生存率的关系。结果本组55例患者均完成了5年的随访,共生存20例。不同性别、年龄（以55岁为界）及有无淋巴结转移食管癌患者5年生存率比较,差异均无统计学意义（P>0.05）;不同TNM分期食管癌患者5年生存率比较,差异有统计学意义（P<0.05）。共找出88个单核苷酸多态性位点,采用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线发现,仅16278和16399位点与食管癌患者的生存期有关。16278T型食管癌患者与16278C型患者、16399G型食管癌患者与16399A型患者5年生存率比较,差异均有统计学意义（χ2值分别为9.413和11.225,P<0.05）。采用Cox比例风险回归模型分析发现,16278T/C〔OR=3.638,95%CI（1.191,11.111）〕和16399G/A〔OR=5.096,95%CI（1.647,15.769）〕是食管癌患者预后的独立预测因子（P<0.05）。结论线粒体D-loop区单核苷酸多态性可作为食管癌患者预后的预测因子,有助于早期判断食管癌患者预后,更好地指导临床治疗,对估计生存期较短的术后患者可给予更积极的辅助治疗,以提高患者生存率。     

线粒体D-Loop区单核苷酸多态性与喉癌发病风险关系的研究

目的 探讨线粒体D-环区(D-Loop区)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)与喉癌发病风险的关系。方法 实验标本取自河北医科大学第四医院耳鼻咽喉-头颈外科行喉癌手术的患者71例及在该院体检中心行健康查体的人群159例。采用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增目的片段,并进行线粒体D-Loop区测序。采用χ²检验分析不同SNPs与喉癌发病风险之间的关系,并分析与喉癌发病相关的SNPs与患者临床特征的关系。结果 线粒体DNA(mtDNA)D-Loop区的SNPs与喉癌的发病风险有关,73G、309C、315C及16319G基因型可能增加了喉癌的发病风险,而524C、556A、16288T、16291C及16311T基因型可能降低了喉癌的发病风险。结论 线粒体D-Loop区SNPs可作为预测因子,用于提高喉鳞状细胞癌患者的早诊率,指导喉鳞状细胞癌患者的临床治疗。     

线粒体D-loop区单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌患者发病年龄关系的研究

目的 探讨线粒体D-loop区单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌患者发病年龄关系.方法 2003-2005年在河北医科大学第四医院完成食管鳞状细胞癌患者线粒体D-loop区测序55例,单核苷酸多态性与患者发病年龄的关系分析采用Kaplan-Meier法,组间比较使用Log-rank检验.结果 经Log-rank检验,单核苷酸多态位点16266C/T基因型与发病年龄有关,多态位点16266T基因型患者发病早于16266C基因型患者,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 线粒体DNA D-loop区基因多态性位点可作为食管鳞状细胞癌患者发病年龄的预测标记,同时线粒体D-loop区多态性位点有助于识别早发的食管鳞状细胞癌患者.     

中国保安族线粒体DNA D-环区遗传多态性的研究

目的：以遗传群体为对象，观察线粒体DNA的群体遗传特点，为研究西北少数民族的起源提供科学依据，并为法医学鉴定提供线粒体DNA序列多态性的基础数据。方法：应用PCR扩增产物直接测序法，对98例保安族无关个体线粒体DNA D-环区HVSⅠ进行测序分析。结果：在mtDNA高变区Ⅰ(HVSⅠ)16091～16418之间与Anderson序列比较共发现有66处碱基突变，62个单倍型，碱基突变的主要形式为碱基替代，其中转换87％，颠换11％，碱基插入1％，碱基缺失0．5％．保安族线粒体DNA HVS Ⅰ区基因差异度为0．9862，偶合概率为0.0237。结论：保安族与其他群体比较有其独特的线粒体DNA序列遗传特点，与亚洲其他人种及高加索人种有明显差异。保安族线粒体DNA序列多态性不仅有别于西方人种，也与其他东亚人种不同，线粒体DNA控制区HVS Ⅰ序列多态性可用于法医学个体识别及亲权鉴定。     

飞行员线粒体DNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性研究

目的了解飞行员线粒体DNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性（SNP）分布特点,探讨耐力相关的基因标记。方法以86例飞行员和80例健康对照人群为研究对象,用PCR产物直接测序的方法检测线粒体高变区ⅠSNPs,并与剑桥序列比对,确定SNPs的位点、类型及频率。结果飞行员和健康对照人群线粒体DNA高变区ⅠSNPs分布频率高于10%的位点分别有11个和8个,高于20%的位点分别有7个和5个,其中飞行员C16257A和C16261T位点频率明显高于健康对照组。结论线粒体DNA高变区ⅠSNPs位点C16257A和C16261T有可能与飞行员飞行耐力相关。     

线粒体DNA单核苷酸多态性研究进展

线粒体不仅是能量生成的场所,还参与脂肪酸的合成及某些蛋白质的合成。线粒体基因组(mtDNA)是约1650 bp的环状分子,含有37个基因,其中24个是合成蛋白质时所需的RNA编码基因,其余的13个基因参与编码呼吸链关键性复合酶的亚单位。所以mtDNA在调节机体氧化磷酸化中起关键作用。由于线粒体中的氧化呼吸链,mtDNA的突变率高于核中DNA,并且缺乏自我修复能力,mtDNA的任何突变都会累及到基因组中的功能区域,其突变和编码线粒体蛋白的基因组DNA的突变可导致线粒体功能的异常,对机体代谢、组织功能都有影响。笔者对线粒体单核苷酸多态性的生理、病理的新进展做一综述。     

卵巢肿瘤中线粒体DNA D-环区的突变

目的研究线粒体DNAD-环区在卵巢肿瘤中的突变情况。方法选择25例卵巢肿瘤组织及其邻近的正常组织,用PCR方法将线粒体DNAD-环区同时扩增测序。结果在25例卵巢肿瘤中有8例存在线粒体DNAD-环区突变,突变率为32%,突变位点26个。在26个突变位点中,19个突变位点存在于2例交界性肿瘤中,6个属于微卫星不稳定。25例肿瘤中有11个基因库未记载的新的多态性变化。结论线粒体DNAD-环区是一个具有高度多态性和突变性的区域,在卵巢肿瘤中突变率较高。     

胃癌组织线粒体DNA D-loop区的突变及其意义

目的研究胃癌组织中线粒体DNA(mtDNA)D-loop区突变情况及其在肿瘤发生和发展中的作用。方法选择17例胃癌及相应正常胃黏膜组织,应用聚合酶链反应(PCR)对其mtDNA D-loop区进行扩增并测序,将测序结果与线粒体文库中的Revised Cambridge Reference Sequence(rCRS)进行对比分析。结果 17例胃癌组织中共发现mtDNA D-loop区存在175个多态性变异,其中8个(4.6%)为新发现的变异。8例(47.1%)胃癌组织中共发现13次突变;突变热点集中在HV1(23.1%)和HV2(53.9%),并且HV2较HV1更易突变。mtDNA D-loop区突变率与胃癌分化程度、浸润深度、有无淋巴结转移、病人性别和年龄无关(P>0.05)。结论 mtDNA D-loop区尤其是其中的HV1及HV2是一个具有高度多态性和突变性的区域,在胃癌中突变率较高。     

线粒体DNAD-loop基因多态性与肾透明细胞癌患者发病年龄的关系研究

目的探讨线粒体DNA D-loop(mt DNA D-loop)基因多态性与肾透明细胞癌患者(CCRCC)发病年龄的关系。方法采用聚合酶链反应(PCR)对59例CCRCC患者的mt DNA D-loop区进行扩增并测序。将mt DNA D-loop区的测序结果与线粒体文库中的剑桥序列(r CRS)比对进行单核苷酸多态性(SNP)分析。单核苷酸多态性与患者发病年龄关系的分析采用Kaplan-Meier方法,组间比较采用Log-rank检验,多因素分析采用Cox比例风险回归模型。结果单因素分析显示,高TNM分期组患者的发病年龄低于低TNM分期组;肿瘤直径≥5 cm的患者发病年龄低于肿瘤直径<5 cm的患者(均P<0.05),单核苷酸多态位点16293A/G基因型与发病年龄有关,多态位点16293G基因型患者的发病年龄明显早于16293A基因型患者(P<0.05)。多因素分析显示,TNM分期高低、肿瘤直径大小、16293位点的多态性是影响肾透明细胞癌患者发病年龄的独立危险因素。结论线粒体DNA D-loop区基因多态性可作为肾透明细胞癌患者发病年龄的预测因素,同时线粒体DNA D-loop区基因多态性有助于识别早发的肾透明细胞癌。     

结直肠癌PINCH基因单核苷酸多态性的小样本检测

目的 筛选结直肠癌患者PINCH基因单核苷酸多态性(SNP)位点,初步探讨PINCH基因SNP与结直肠癌相关性,为后续结直肠癌风险预测提供参考.方法 抽提36例结直肠癌患者和30例非结直肠癌人群外周血单个核细胞DNA;同时对术中采集的配对的36例正常黏膜组织匀浆后提取DNA.对PINCH基因外显子区进行PCR扩增并对产物进行测序分析.结果 PINCH基因外显子区域内共筛查出10个SNP,其中rs74632558的SNP基因型在结直肠癌和非结直肠癌人群之间有差异,但无统计学意义,同时发现了3个未登陆的SNP.结论 PINCH基因外显子区rs74632558 SNP可能与结直肠癌发生有一定关系.     

蛋白激酶Cξ亚型基因内SNP功能分析

目的对中国北方汉族人群2型糖尿病易感基因蛋白激酶Cξ亚型(PRKCZ)基因内的5个单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphismSNP)标记在疾病发生中的作用进行分析。方法通过生物信息学比对及报告基因活性测定等方法分析PRKCZ基因内5个SNP位点对基因表达的影响。结果PRKCZ基因中rs427811和rs809912位点两种等位基因重组质粒报告基因活性存在明显差异,提示这两个位点可能影响PRKCZ基因表达。结论PRKCZ基因中两个SNP位点可能通过影响基因的表达水平而在中国人2型糖尿病发生中发挥作用。     

亚洲人维生素D受体基因BsmI多态性与前列腺癌关系的Meta分析

目的探讨亚洲人群维生素D受体(VDR)基因位点BsmI(rs1544410)多态性与前列腺癌易感性的关系。方法检索PubMed、EMBase、中国生物医学文献数据库(CBM)、中国知网(CNKI)、维普中文科技期刊数据库(VIP)、万方数据平台从建库到2011年5月的文献,对所纳入的独立研究,运用RevMan 5.0.0软件进行Meta分析,Stata 11.0软件进行Begg’s检验。结果共纳入6篇病例对照研究,累计样本量为1 890例,其中病例组796例,对照组1 094例。Meta分析结果表明,等位基因B对前列腺癌有保护作用〔OR=0.69,95%CI(0.55,0.88),P=0.002〕;基因型BB/Bb也能显著降低前列腺癌的发生率〔OR=0.64,95%CI(0.49,0.83),P=0.001〕。结论亚洲人群VDR基因位点BsmI多态性与前列腺癌易感性相关,等位基因B可能对前列腺癌发病起保护作用。     

中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

肾素基因单核苷酸多态与心肌梗死的关系

目的 检测中国人群中肾素基因的单核苷酸多态（SNPs）及其分布，探讨其与中国华东地区汉族人群心肌梗死的关系。方法PCR一直接测序技术检测24份取自中国不同民族人群的DNA样本，筛查肾素基因启动子区、编码区和外显子-内含子连接区，明确SNPs及其分布；应用PCR-直接测序和SnaPshot法对所发现的SNPs进行基因分型。选择380份无血缘关系的中国华东地区汉族人群（195例心肌梗死和185例健康对照）DNA样本，进行肾素基因候选SNPs的病例一对照关联分析和单倍型分析。结果所检测的5247bp肾素基因序列中共发现8个SNPs，其基因型和等位基因频率分布，在对照组和心肌梗死组间无统计学差异（P〉0．05）；单倍型分析显示启动子区域单倍型频率分布，在两组人群间无显著性差异（P〉0．05）。结论肾素基因可能不是中国华东地区汉族人群心肌梗死发病的易感基因。     

白细胞介素10基因单核苷酸多态性与小儿哮喘易感性的相关性研究

目的：探讨白细胞介素10（IL-10）基因3个单核苷酸多态性位点（rs1800896、rs3021097和rs3024492）与哮喘遗传易感性的相关性。方法：采用Sequenom MassARRAY-IPLEX SNP检测系统,分别对湖北省黄石地区汉族人群中200例正常健康者（对照组）和189例哮喘患者组（病例组）IL-10 3个单核苷酸多态性位点（SNP）（rs1800896、rs3021097和rs3024492）进行基因分型并分析两组间分布情况。用Hardy-Weinberg平衡对位点的基因型分布进行检验后,用χ2检验统计分析病例组和对照组基因型和等位基因的频率;采用Logistic回归模型进行计算,消除性别年龄因素对统计的影响,寻找出在病例组和对照组之间存在显著性差异的SNP位点,从而揭露IL-10多态性与哮喘之间的关联性。结果：①rs1800896位点存在G/G、G/A、A/A 3种基因型,其在病例组的分布频率为4.2%、57.1%、38.7%,在对照组的分布频率为0%、19.5%、80.5%,两组之间差异有统计学意义（P=0.001）;②rs3021097位点存在T/T、C/T和C/C 3种基因型,在病例组的分布频率为49.7%、40.8%和9.5%,在对照组的分布频率为46.5%、43.5%和10%,两组之间差异有显著统计学意义（P=0.45）;③rs3024492位点在汉族人群中只存在T/A和A/A 2种基因型,其在病例组的分布频率为4.8%和95.2%,在对照组的分布频率为5.5%和94.5%。两组之间有差异,但无统计学意义（P=0.7）。结论：在湖北黄石地区人群中,IL-10基因多态性与小儿哮喘易感性相关。其中rs1800896和rs3021097与小儿哮喘的易感性显著相关,而rs3024492与小儿哮喘的易感性不相关。     

胃癌穿孔患者术后预后影响因素分析

目的了解胃癌穿孔患者术后的生存情况,探讨影响预后的相关因素。方法采用Cox模型回顾性分析2000年7月—2011年7月收治的61例胃癌穿孔术患者的临床资料。结果患者术后中位生存时间120 d。1、3、5年生存率分别是31.15%(19/61)、3.28%(2/61)和0。对单因素Cox回归分析筛选差异有统计学意义的变量进行多因素Cox回归分析显示,与Ⅱ期胃癌比较,Ⅲ期(OR=4.875,P=0.040)和Ⅳ期(OR=9.386,P=0.006)胃癌穿孔患者的预后差。与一期根治术相比,行单纯修补术(OR=3.937,P=0.008)和姑息性胃切除术(OR=2.347,P=0.031)患者的预后较差。此外,合并疾病也是预后的危险因素(OR=4.337,P=0.002)。结论胃癌穿孔患者术后的预后不良,与胃癌TNM分期的关系最密切,手术方式首选一期根治术;而是否患有合并疾病是机体能否耐受手术的参考指标。     

纤维蛋白原编码区SNP与血栓性疾病的关系及机制

纤维蛋白原作为凝血系统中含量最高的凝血因子,不仅是凝血系统的主要成分,也是一种重要的急性反应蛋白,参与体内多种生理与病理过程。研究发现,纤维蛋白原对血流动力学指标、血管内皮细胞的屏障功能、血管平滑肌细胞的增生或迁移功能都有重要的影响。其编码区的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)所致纤维蛋白原结构或功能的异常与多种临床疾病密切相关。本文将纤维蛋白原编码区与疾病有关的SNP位点及其可能的作用机制综述如下。     

宫颈癌候选抑癌基因的单核苷酸多态性

目的 :检测人膀胱癌相关蛋白 (BLACP)基因调控区的单核苷酸多态性 (SNP)及其基因型在宫颈癌高发区———湖北省五峰县土家族人群中的分布情况 ,并分析其不同基因型与原发性宫颈癌的相关性。方法 :采用病例 对照研究方法及动态等位基因杂交 (DASH)技术 ,对 30例原发性宫颈癌患者和 6 0例正常人BLACP基因调控区的 2个单核苷酸多态性 (SNP)位点进行检测。结果 :位于BLACP基因下游调控区的SNPrs3795 14 7位点存在AA、AC和CC 3种基因型 ,且与宫颈癌发病存在显著相关性 ,其中基因型CC和AC的相对危险度分别为 33.333和 3.76 1;位于BLACP基因上游调控区的SNPrs3795 14 8位点存在CC、CT和TT3种基因型 ,但其等位基因型频率和等位基因频率在宫颈癌患者与正常人群之间无明显差异。结论 :BLACP基因上SNP位点型别的不同 ,可能导致了个体对宫颈癌的易感性不同。