乙型肝炎病毒相关的肝硬化患者外周血单个核细胞基因表达谱的研究

目的分析乙型肝炎病毒（HBV）相关的肝硬化患者外周血单个核细胞的基因表达谱，探索慢性HBV相关的肝硬化形成的分子机制。方法应用含14 000条人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单个核细胞的标记cDNA，分析了10例慢性HBV相关肝硬化患者和10例健康人基因表达谱。通过应用GenePix 4000B扫描仪和ImaGene3．0分析软件比较Cy5标记的慢性HBV相关肝硬化来源cDNA与Cy3标记的健康人来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果和14 000条基因中，差异表达的基因有199条，占1．42％。其中108条基因表达水平上调，91条基因表达水平下调。这些差异表达的基因主要为细胞信号转导．细胞周期和代谢、凋亡及炎症相关类基因。结论HBV相关肝硬化发病过程中，发观众多基因的差异表达，为进一步阐明慢性HBV相关的肝硬化形成的分子机制提供基础。     

慢性乙型重型肝炎患者外周血单个核细胞B7/CD28分子的表达及意义

为了解慢重型肝炎肝损伤中B7／CD28共刺激途径的作用，我们应用流式细胞技术（FCM），检测慢性乙型重型肝炎（CSHB）及慢性乙型肝炎（CHB）患者外周血单个核细胞（PBMC）中淋巴细胞和单核细胞上表达B7／CD28共刺激分子的情况，并探讨其临床意义。     

用基因表达谱芯片研究人正常胃和胃癌中与发育相关基因的价值

用8464条人cDNA制成表达谱芯片,利用胃和胃癌组织的mRNA,通过逆转录方法将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两组cDNA上,利用这种cDNA探针与表达谱芯片进行杂交后扫描,通过计算机分析判定基因是否在上述组织中存在差异表达,结果示在197条与生长发育相关的基因中,存在差异表达的共10条,上调的8条（0．095％）,下调的2条（0．024％）,应用这种方法识别出的基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值。     

胸腺肽α1对人淋巴细胞抗感染相关的信号转导分子的表达

目的 用基因微矩阵技术研究胸腺肽α1作用于人外周血淋巴细胞后，细胞内与抗感染相关的信号转导分子的基因表达谱变化。方法 取正常外周血600m1分离淋巴细胞，实验组加Tα1(0．1μg／m1)刺激，对照组不加Tα。培养48h后，收获细胞、抽提细胞总RNA并纯化mRNA。逆转录反应将对照组和实验组的cDNA分别标记上荧光分子Cy3和Cy5，与信号转导表达谱基因微矩阵杂交后激光扫描、图像分析。结果 筛选出61种Cy5／Cy3比值大于2或小于0．5的差异表达基因，其中与感染相关的有cAML，P13-K，TSP2，HM74，PIAS，PTP，PSTP等7种基因表达上调，MEK2，MAP3K，Lok等3种基因表达发生下调。结论 Tα1的直接抗感染作用与这些信号转导分子的基因表达变化有关。     

应用基因表达谱芯片研究高果糖大鼠胰岛素抵抗相关基因

目的 比较正常大鼠和高果糖大鼠骨骼肌组织基因表达差异,探讨胰岛素抵抗的发病分子机制.方法 实验大鼠分为正常对照组和高果糖组;从大鼠骨骼肌组织抽提mRNA,经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组动物来源cDNA探针;cDNA探针与4096条大鼠cDNA基因表达谱芯片杂交,扫描,重复2次实验,通过计算机数据处理.结果 筛选出胰岛素抵抗差异表达的基因共140条,基因上调有62条,基因下调有78条.结论 从骨骼肌组织中筛选出大量的差异表达基因,这些基因可能参加了胰岛素的发生发展过程.     

乙型肝炎患者外周血单个核细胞中Foxp3 mRNA表达水平

目的探讨乙型肝炎病毒（HBV）感染患者外周血单个核细胞中叉头状螺旋转录因子（Foxp3）mRNA表达及其与HBV感染后转归的关系。方法应用实时RT-PCR方法检测19例急性乙型肝炎、50例慢性乙型肝炎、21例乙型肝炎后肝硬化、15例慢性乙型重型肝炎和15例正常对照组外周血单个核细胞中Foxp3 mRNA表达,应用ELISA法检测其血清中白细胞介素（IL）-10、转化生长因子β（TGF-β）含量,并观察它们与Foxp3 mRNA的相关性。结果急性乙型肝炎、慢性乙型肝炎、肝硬化、慢性重型肝炎患者Foxp3 mRNA水平高于正常对照组（P〈0.05）,重型肝炎Foxp3 mRNA水平高于其他各组（P〈0.05）。HBV感染各组IL-10、TGF-β含量较正常组明显升高（P〈0.05）,急性乙型肝炎组IL-10含量较慢性乙型肝炎组明显升高（P〈0.05）;急性乙型肝炎组TGF-β含量与肝硬化组、重型肝炎组比较差异无统计学意义（P〉0.05）,其他各组两两比较差异有统计学意义（P〈0.05）。IL-10、TGF-β与Foxp3 mRNA表达水平无相关性。结论急性乙型肝炎、慢性乙型肝炎、肝硬化、慢性重型肝炎患者Foxp3 mRNA水平高于正常人,重型肝炎患者Foxp3 mRNA水平高于其他各组HBV感染者,表明Foxp3参与了HBV发病过程,外周血单个核细胞中Foxp3 mRNA表达水平可能与疾病预后密切相关。     

肝癌发生过程中的差异基因表达

目的:应用寡核苷酸芯片研究正常肝脏、慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌的基因表达谱,筛选肝癌相关基因.方法:分别对正常肝组织及肝炎、肝硬化和肝癌组织进行总RNA抽提并纯化,反转录得到cDNA,生物素标记cRNA探针,分别与含有19378个已知基因的寡核苷酸芯片进行杂交,Gene Scanner 3000激光系统扫描,GenePix Pro3.0分析软件读取处理杂交信号.结果:在慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌组织中,筛选出共同差异表达基因81个,其中持续上调表达基因53个,持续下调表达基因数28个.结论:寡核苷酸基因表达谱芯片能够快速筛选出肝癌相关基因,有多种基因共同参与肝癌发生的整个过程.     

用基因芯片技术研究糖尿病性心肌病大鼠心肌组织的部分基因表达谱

目的 比较正常大鼠和糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中基因表达的差异，探讨糖尿病性心肌病的发病机制。方法 （1）实验大鼠分为两组，一组为正常对照组，另一组为糖尿病性心肌病组；（2）从心肌组织中抽提mRNA，经逆转录分别用Cy3,Cy5荧光标记，获得丙组动物来源的cDNA探针；（3）cDNA探针与基因表达谱芯片杂交，结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果 （1）氧化应激相关基因和能量代谢相关基因的表达水平在糖尿病性心肌病时明显下调；（2）S腺苷蛋氨酸合成酶和精氨酸酶的表达水平在糖尿病性心肌病时明显上调。结论 （1）氧化应激和能量代谢障碍在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用；（2）S腺苷蛋氨酸合成酶，精氨酸酶通过影响糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中同型半胱氨酸，一氧化氮的含量在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用。     

亚砷酸钠处理前后人胚胎皮肤细胞基因表达变化的基因芯片研究

目的 应用基因芯片技术研究亚砷酸钠（NaAsO2）处理前后人胚胎皮肤细胞（HES）基因表达的变化。方法 提取NaAsO2处理前后HES细胞的总RNA，纯化为mRNA并反转录成cDNA。分别用Cy3和Cy5两种不同的荧光染料标记成探针，与载有4096个靶基因的表达谱芯片进行杂交，通过扫描、计算机软件分析寻找经NaAsO2作用后差异表达的基因。结果 共筛选出包括细胞凋亡、DNA合成修复、原癌基因和抑癌基因等差异表达基因125个，其中65个表达上调，60个表达下调。结论 NaAsO2能引起HES细胞内多种基因的表达变化。     

慢性乙型肝炎患者外周血单核细胞Toll样受体2和4的变化

目的探讨慢性乙型肝炎和慢性重型乙型肝炎患者外周血单核细胞Toll样受体2 （TLR2）和Toll样受体4（TLR4）的变化情况及其意义。方法用流式细胞仪检测正常对照、慢性乙型肝炎患者和慢性重型乙型肝炎患者外周血单核细胞表面TLR2和TLR4的表达,ELISA法检测上述患者血清TNFα的水平。Student-t检验比较3组间TLR2、TLR4和TNFα表达的差异;3组病例TLR2、TLR4的表达水平间及它们与血清TNFα水平间的相关性分析采用线性相关分析。结果正常对照组（30例）、慢性乙型肝炎组（31例）和慢性重型乙型肝炎组（30例）外周血单核细胞TLR2和TLR4的平均免疫荧光强度（MFI）分别为21．5±2．7、39．0±4．1．47．7±21．4和2．3±1．1、3．7±2．3、6．9±4．1;外周血清TNFα（ng／L）水平分别为53．8±38．1、164．3±89．9、359．8±1 40．0,自正常对照组到慢性乙型肝炎组及慢性重型乙型肝炎组外周血单核细胞TLR2、TLR4表达强度和外周血清TNFα水平均依次显著升高;经线性相关分析研究发现,外周血单核细胞TLR2、TLR4表达水平和血清TNFα表达水平间均呈现显著的正相关性。结论TLR2和TLR4可能与慢性乙型肝炎及慢性重型乙型肝炎的发病有关。     

Genes for systemic vascular complications are differentially expressed in the livers of Type 2 diabetic patients

Aims/hypothesis Type 2 diabetes is characterised by excessive hepatic glucose production and frequently leads to systemic vascular complications. We therefore analysed the relationship between the gene expression profile in the liver and the pathophysiology of Type 2 diabetes.Methods Liver biopsy samples were obtained from twelve patients with Type 2 diabetes and from nine non-diabetic patients. To assay gene expression globally in the livers of both groups, we made complementary DNA (cDNA) microarrays consisting of 1080 human cDNAs. Relative expression ratios of individual genes were obtained by comparing cyanine 5-labelled cDNA from the patients with cyanine 3-labelled cDNA from reference RNA from the liver of a non-diabetic patient.Results On assessing the similarities of differentially expressed genes, the gene expression profiles of the twelve diabetic patients formed a separate cluster from those of the non-diabetic patients. Of the 1080 genes assayed, 105 (9.7%) were up-regulated and 134 (12%) were down-regulated in the diabetic livers (p<0.005). The genes up-regulated in the diabetic patients included those encoding angiogenic factors such as vascular endothelial growth factor, endothelin and platelet-derived growth factor. They also included TGF superfamily genes such as TGFA and TGFB1 as well as bone morphogenetic proteins. Among the down-regulated genes in the diabetic patients were molecules defending against stress, e.g. flavin-containing monooxygenase and superoxide dismutase.Conclusions/interpretation These findings suggest that livers of patients with Type 2 diabetes have gene expression profiles indicative of an increased risk of systemic vascular complications.Electronic Supplementary Material Supplementary material is available in the online version of this article at Abbreviations aRNA antisense RNA - BMP bone morphogenetic protein - cDNA complementary DNA - Cy cyanine - FMO flavin-containing monooxygenase - NASH non-alcoholic steatohepatitis - PDGF platelet-derived growth factor - SSC standard saline citrate - SOD superoxide dismutase - VCAM vascular cell adhesion molecule - VEGF vascular endothelial growth factor     

苦参碱对人肝癌细胞株HepG2基因表达谱的影响

目的利用基因表达谱芯片研究苦参碱对体外培养的人肝癌细胞株HepG2基因表达谱的影响。方法苦参碱处理人肝癌细胞株HepG272h后，提取研究组和对照组细胞的总RNA，将两组RNA纯化为mRNA，逆转录成cDNA，用Cy3和cy5两种不同的荧光染料进行线性扩增标记，与人全基因组基因表达谱芯片杂交，采用生物信息学方法分析两组细胞基因表达谱的改变。结果用Panther生物学软件分析，总共发现差异基因385个，其中上调基因133个，下调基因252个，并对其进行生物学功能分类。结论应用全基因组表达谱芯片检测差异表达基因，苦参碱可改变人肝癌细胞株HepG2细胞基因谱，可以通过调控凋亡基因的表达，诱导HepG2细胞发生凋亡。     

Differential gene expression between chronic hepatitis B and C hepatic lesion

BACKGROUND & AIMS: Complementary DNA (cDNA) microarray technology allows simultaneous expression analysis of hundreds to thousands of genes. We applied the cDNA microarray technique to clarify gene expression profiles in chronic viral hepatitis tissue lesions. METHODS: We made cDNA microarrays consisting of 1080 human cDNAs and analyzed gene expression using labeled cDNAs prepared from 6 normal, 12 chronic hepatitis B, and 14 chronic hepatitis C liver tissues. Relative expression ratios of individual genes were obtained by comparing hybridization of Cy5-labeled cDNAs from chronic hepatitis lesions and Cy3-labeled cDNA from normal liver tissue. RESULTS: Hierarchical clustering analysis of the gene expression profiles in 26 patients showed that the patients were clustered into 2 groups with respect to similarities in differentially expressed genes. Hepatitis B and C virus infection, but not age, sex, or histology of hepatitis, were significant factors determining clustering (P < 0.05). In hepatitis B tissue lesions, genes involved in inflammation were predominant, whereas in hepatitis C, expression of anti-inflammatory response genes was relatively dominant. CONCLUSIONS: These findings shed new light on the possible differential molecular mechanisms in the pathogenesis of hepatitis caused by hepatitis B virus and hepatitis C virus infection, from which hepatocellular carcinoma frequently develops.     

基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因的研究

目的应用基因芯片技术研究人卵巢癌紫杉醇耐药细胞株OC3/Tax300与其敏感细胞系OC3之间的基因表达谱差异,筛选耐药相关基因.方法分别提取OC3/Tax300与OC3细胞的总RNA并纯化mRNA;将等量的mRNA逆转录,以Cy5和Cy3标记的cDNA做探针,在BiostarH140S基因表达谱芯片上进行杂交.扫描芯片荧光信号图像,用基因图像分析软件对扫描图像进行数字化处理和分析.结果共筛选出显著表达差异基因234种,其中217种基因表达水平下调,17种基因表达上调;下调基因主要为EB病毒编码核蛋白（EBNA-3）、信号蛋白（COP9）,上调的基因主要是酪氨酸激酶（JAK2）、热休克蛋白（HSPs）、还原型辅酶烟胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）等.结论本研究筛选出的基因可能为进一步探讨卵巢癌肿瘤细胞耐药机制提供新的途径.     

Complementary DNA microarray analysis of chemokines and their receptors in allergic rhinitis.

OBJECTIVE: To analyze the roles of chemokines and their receptors in the pathogenesis of allergic rhinitis by observing the complementary DNA (cDNA) expression of the chemokines and their receptors in the nasal mucosa of patients with and without allergic rhinitis, using gene chips. METHODS: The total RNAs were isolated from the nasal mucosa of 20 allergic rhinitis patients and purified to messenger RNAs, and then reversely transcribed to cDNAs and incorporated with samples of fluorescence-labeled with Cy5-dUPT (rhinitis patient samples) or Cy3-dUTP (control samples of nonallergic nasal mucosa). Thirty-nine cDNAs of chemokines and their receptors were latticed into expression profile chips, which were hybridized with probes and then scanned with the computer to study gene expression according to the different fluorescence intensities. RESULTS: The cDNAs of the following chemokines were upregulated: CCL1, CCL2, CCL5, CCL7, CCL8, CCL11, CCL13, CCL14, CCL17, CCL18, CCL19, CCL24, and CX3CL1 in most of the allergic rhinitis sample chips. CCR2, CCR3, CCR4, CCR5, CCR8 and CX3CR1 were the highly expressed receptor genes. Low expression of CXCL4 was found in these tissues. CONCLUSION: The T helper cell (T(H)) immune system is not well regulated in allergic rhinitis. Most of the upregulated genes we identified are of chemokines and their receptors that play important roles in T(H)2 response, and some are involved in the induction of allergic reaction, accumulation of inflammatory cells, and degranulation of sensitized cells. These findings can point to new strategies for allergic rhinitis immunotherapy.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.     

基因芯片技术分析川芎嗪对小鼠实验性结肠炎的影响

目的 用基因芯片技术研究川芎嗪对实验性结肠炎小鼠基因表达谱的影响.方法 健康昆明小鼠30只,均分为对照组、0.9%氯化钠组及川芎嗪组.除对照组外,其余小鼠均以恶唑酮灌肠造模.提取0.9%氯化钠组及川芎嗪组结肠组织mRNA,制备cDNA探针,分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因,并应用荧光定量RT-PCR技术对其中2个表达差异明显的基因(白细胞介素-10和白细胞介素-4)进行验证.结果 川芎嗪组差异表达基因432个,占芯片基因总数的2.86%.其中表达上调的基因307个,表达下调的基因125个,其中部分基因已知其功能.结论 川芎嗪通过抑制肠道炎性反应、抗粘附分子及改善免疫功能等多种作用途径为治疗溃疡性结肠炎提供了理论上的可能,但更为精细的治疗靶点还有待进一步探索.