中国西南三地HCV基因型的分布及临床特征

目的  了解丙型肝炎病毒（HCV）基因型在四川（川）、云南（滇）、贵州（黔）等中国西南地区汉族丙型肝炎患者中的分布及临床特征，为丙型肝炎的防治提供依据。方法  对221例来自川、滇、黔地区的丙型肝炎患者，采用焦磷酸测序法进行HCV基因分型并分析不同基因型丙型肝炎致病性的差异。结果  ①216例HCV- RNA阳性的丙肝患者被成功分型，共发现1、2、3、6等4种常见基因型和1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a等7种常见基因亚型，其所占比例为：1a型5.1%（11/216）、1b型36.1%（78/216）、2a型3.7%（8/216）、2b型0.9 %（2/216）、3a型7.4%（16/216）、3b型27.8%（60/216）、6a型17.1%（37/216），此外，还发现其他少见亚型（4a/6n）共4例，占1.9%（4/216）。②川、滇、黔分布前3位的基因亚型分别是3b、1b、6a和3b、1b、2a/3a及1b、6a、3b；男、女患者比例最高的亚型分别是3b（33.1%）和1b（48.3%）；>40岁患者以1b（39.8%）、3b（18.6%）、6a（15.9%）为主；<40岁患者以3b（37.9%）、1b（32.1%）、6a（18.4%）为主；感染方式以输血（血制品）40.1%为主，其他及不明原因者也占较大比例（33.8%）。③急性丙型肝炎、慢性丙型肝炎、丙肝后肝硬化和肝癌4种临床类型的丙型肝炎均以1b型比例最高，其次是3b、6a型；1b型患者的HCV载量及肝功能损害指标均高于其他亚型患者（P <0.05）。结论  川、滇、黔等中国西南部地区HCV-RNA阳性的汉族HCV感染者以1b、3b、6a为优势基因，且呈多样化分布；HCV载量较高的1b亚型，可能更容易导致患者肝功能的损害以及丙型肝炎的慢性化、肝脏的纤维化和癌变。

     

对比分析5'-UTR和NS5b区序列确定广东地区HCV基因亚型

［摘要］ 目的 对比丙型肝炎病毒（HCV）不同区段系统进化分析法基因分型的差异,探讨广东地区丙型肝炎患者的HCV基因亚型分布。方法 RT-PCR分别扩增HCV5'-UTR（71nt-311nt）共241bp和NS5b区（8249nt-8650nt）共402bp的片段。序列分析后进行系统进化分析以确定病毒基因型及亚型。结果 HCV NS5b区段分型74例,其中1b亚型51例,2a亚型10例,6a亚型8例,3a亚型2例,3b亚型2例,1a亚型1例;5'UTR区分型74例,其中1型45例,2型11例,6a亚型10例,3a亚型3例,3b亚型5例;两区段共同分型49例,47例基因型一致,2例不同。结论 对比分析HCV不同区段基因序列,可深化对HCV基因型和亚型的了解。初步表明广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为2a、6a,两者比例相当;3b、3a也占有一定比例。 ［关键词］丙型肝炎病毒;基因型;5'-非编码区;NS5b区;系统进化分析     

天津地区丙型肝炎病毒基因型与临床的相关性研究

目的：研究丙型肝炎病毒（HCV）基因型,了解天津地区丙型肝炎的分布情况。方法：收集252例丙型肝炎患者的血清标本,采用基因测序法进行HCV基因型的检测,并对基因型与其他临床指标进行分析。结果：252例丙型肝炎患者分别感染1b、1a、1c、2a、2i、3a、3b、4a和6a共9种基因亚型,其中1b型占59．9％,其次是3a型,占12．7％。对1型、2型、3型和4型4种基因型进行肝功能、HCVRNA病毒载量比较,经单因素方差分析有明显统计学差异（P〈0．05）;对HCV感染的不同肝病程度患者的基因型分布进行分析,无显著性差异（P〉0．05）。结论：天津地区丙型肝炎病毒感染以1b型为主,其次为3a型。HCV基因型与HCVRNA病毒载量、肝脏损伤指标有明显统计学差异。     

重庆地区丙型肝炎病毒基因型分布及临床意义

目的:了解重庆地区近年来丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因型分布、演变和可能的临床意义,为更好防治丙型肝炎提供依据。方法:回顾性研究2010年1月至2013年12月期间在重庆医科大学附属第二医院就诊并有基因分型结果的丙型肝炎患者的基因型分布,并与该地区其它文献报道的数据相比较,探讨基因型演变的可能影响因素。结果:共收集941例HCV感染者,检出4种基因型、9种基因亚型,成功进行基因分型有857例(均为单一基因型,分型率91.1%)。其基因型分布为:1a 30例(3.5%)、1b 238例(27.8%)、2a 42例(4.9%)、2b 1例(0.1%)、3a 132例(15.4%)、3b 244例(28.5%)、3k 6例(0.7%)、6a124例(14.5%)、6b 40例(4.7%)。与5年前的结果比较发现HCV 1b、2a亚型明显下降,3型、6型比例上升,差异具有统计学意义。结论:3b、1b型为目前重庆地区丙型肝炎患者感染HCV的主要基因型,3a、6a型亦占有较大比例,提示重庆地区HCV流行的基因型呈现多样性。     

南京地区2007-2014年丙型肝炎病毒基因型变化分析

目的：了解南京地区2007～2014年丙型肝炎病毒（HCV）基因型分布特征以及基因型的变化,并分析其与临床诊断结果的关系。方法：采用丙型肝炎病毒基因分型试剂盒DNA测序法对丙型肝炎1262例抗-HCV阳性血清进行HCV RNA检测和HCV病毒基因分型。结果：1262份抗HCV阳性血清中HCV RNA阳性1208例（95.7%）,单一基因型占91.4%,其中1b型占70.4%,2a型占9.3%,3b型占6.3%。混合基因型占4.4%,其中1b＆2a混合型占2.5%,1b＆3b混合型占1.6%,单一基因型和混合基因型分布差异无统计学意义（P〉0.05）。结论：南京地区HCV基因型以1b型为主,同时有6b和6h新基因型出现,提示今后南京地区会出现多种基因型并存。     

云南省曲靖市非高危人群丙型肝炎病毒基因型分析

目的对曲靖市感染丙型肝炎的非高危人群进行丙型肝炎病毒(HCV)基因分型研究,寻找本地区流行基因型,为丙型肝炎的科学防治提供依据。方法采集住院病人血液,提取RNA,采用HCV特异性引物进行巢式RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果共采集228例病人血清,排除具有高危因素影响的血清29例,非高危人群丙型肝炎病人血清199例。共检出4个基因型(1、2、3、6),5个基因亚型(1b、2a、3a、3b和6a),有37例不能鉴别的基因亚型。其中1b型78例(39. 2%)、2a型42例(21. 1%)、3a型15例(7. 5%)、3b型23例(11. 6%)、6a型4例(3. 0%)和未能分型37例(18. 6%)。根据文献检索提取云南省HCV基因分型流行情况,对于HIV/HCV共感染的静脉吸毒者(Intraductal Ultrasonography,IDUS)和静脉吸毒HCV感染者,前3位的基因亚型分别为3b、3a、1b;对于标本来源为医院病人,未进行感染途径分类,前3位的基因亚型分别为1b、3b、2a。结论曲靖市丙型肝炎非高危感染人群主要HCV基因亚型1b型和2a型与我国的主要基因亚型基本一致,与云南省主要的HCV基因亚型略有区别,但与同地区的HIV/HCV共感染的静脉吸毒者HCV基因型有着明显区别。     

青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢

目的探讨青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢相关性。方法收集149例抗-HCV、HCV-RNA均阳性的慢性丙肝患者血清,采用HCV-RNA荧光定量PCR法和反向免疫杂交法检测HCV-RNA载量和基因型,分析青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢相关性。结果 149例检出1 b型61例、2 a型52例、3 b型18例、3 a型6例、6 a型0例、1 b/2 a型1例;性别以男性为主;年龄主要分布在30-60岁。1 b、2 a、3 b型丙肝患者CHOL存在统计学差异（P〈0.05）;1 b、3 b型丙肝患者GLU含量高,和2 a型患者比较存在统计学差异（P〈0.05）;其他指标无统计学差异。结论青海地区人群中HCV的基因亚型以1 b和2 a型为主,混有少量3 b和3 a型。1 b、2 a和3 b型糖、脂代谢存在差异性,HCV感染后易合并糖尿病和高脂血症。     

昆明地区HIV和HCV共感染者丙型肝炎病毒基因型特征

目的分析昆明地区人类免疫缺陷病（HIV）和丙型肝炎病毒（HCV）共感染者丙型肝炎病毒基因型分布。方法对204例经逆转录聚合酶链反应检测HCV病毒栽量,核酸为阳性的样品,利用反向点杂交技术进行HCV基因分型检测,其中60例经免疫印迹试验（WB）确认的HIV感染者,对共感染和非共感染组的丙型肝炎病毒基因型分布进行分析。结果204例HCV患者中3b型85例（HCV感染率最高,为41．6％）;1b型HCV感染在HIV／HCV共感染组中的感染率（30．0％）明显高于单纯HCV感染组感染率（20．0％）（P〈0．05）。而3b型HCV感染在HIV／HCV共感染组中的感染率（35．0％）明显低于单纯HCV感染组感染率（44．2％）（P〈0．05）。1b型,3a型和3b型HCV合并HIV感染的发生率较高;2a型和6a型HCV合并HIV感染的发生率较低。不同丙肝基因型HIV／HCV共感染者间感染途径以静脉药隐为主,其次是性接触。结论昆明地区共感染纽中的HCV流行的基因亚型有1b,3a,3b,6a共4种,1h为流行的主要基因亚型3a,3b和6a型均占相当比例,初步说明昆明地区HCV流行的基因亚型呈现多样性．     

联合分析HCV种属信息区和高度保守区序列确定广东地区HCV基因型和亚型

目的扩增HCV种属信息区NS5B和高度保守区5-UTR基因序列,用系统进化树法深入分析HCV基因型和亚型,阐明广东地区丙型肝炎患者HCV基因型和基因亚型的特点。方法采集99例慢性丙型肝炎病例血清,应用RT-PCR技术分别扩增HCVNS5B区和5-UTR特定片段,测序后进行系统进化树分析,确定HCV基因型及亚型。结果99例患者标本均准确分型,其中NS5B区段分型74例,5-UTR区段分型99例。HCV基因型和亚型的分布:1a亚型1例、1b亚型59例、1型7例、2a亚型11例、3a亚型3例、3b亚型2例、3型3例、6a亚型13例;另有2例标本在两区段分型不同,5-UTR/NS5B区段分型分别为6a/1b和3a/1b。两区段共同分型74例,72例标本在两区段基因型一致,2例标本在两区段基因型不同,为HCV重组体。结论联合分析HCV不同区段基因序列,可提高HCV基因分型的准确度及灵敏性。广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为6a和2a;3型中的a、b亚型也占有一定比例。     

青岛地区丙型肝炎基因分型的研究

目的 探讨青岛地区丙型肝炎基因型的分布状况,发现丙型肝炎病毒（HCV）流行优势株,分析丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、炎症活动度、病毒载量等的相关性。方法 应用RT-PCR方法,对46例青岛地区丙型肝炎病人的血清RNA提取物NS5B区和（或）CORE-E1区进行扩增,扩增片段进行基因测序,根据测序结果在PUBMED网站中获得基因分型结果,分析不同丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）水平的关系。结果 46例血清标本,HCV RNA均为阳性,44例可以分型,分型率为95.65%,其中基因1b型28例（63.64％）,2a型14例（31.81％）,3b型2例（4.55％）。丙型肝炎基因型的分布与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及ALT、AST水平均无关（P〉0.05）。结论 青岛地区HCV流行株为基因 1b型和2a型,基因1b型为优势株,同时发现3b基因型。基因型与丙型肝炎的疾病进展程度及炎症活动度无关。     

实时荧光PCR技术在HCV基因型检测中的应用

目的 探讨实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒（HCV）基因型检测中的应用价值。方法 采用一步法逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合TaqMan技术,对HCV基因型进行实时荧光PCR检测;巢式RT-PCR扩增HCV的NS5B基因区域,测序后进行HCV基因亚型分析并与实时荧光PCR分型结果进行比较。结果 实时荧光PCR共分型119例,其中110例成功进行测序分型,实时荧光PCR分型的119例中1型71例,占59.7％,非1型48例,占40.3％;测序分型的110例中,1型73例（均为1b型）,占66.4％,非1型37例（其中2a型7例、3a型6例、3b型3例、4a型1例、4k型1例、5a型1例、6a型17例、6n型1例）,占33.6％。与110例测序分型的结果比较,实时荧光PCR分型总的符合率为71.8％（79/110）,其中1型的符合率为80.8％（55/68）,非1型的符合率为57.1％（24/42）。 结论 实时荧光PCR进行HCV基因型检测操作简便、快速,但分型结果特异性不高。     

昆明地区2019年HIV/HCV共感染患者HCV核衣壳蛋白基因分型

目的 基于丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）核衣壳蛋白（nucleocapsid protein）基因序列了解昆明地区人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus, HIV）/HCV共感染患者中HCV基因型及基因亚型流行情况。方法 2019年3—8月在云南省传染病医院收集临床诊断为HIV/HCV共感染住院且户籍地为昆明所辖14个县级市、区及县的患者血清,从血清中提取病毒RNA,反转录合成第一链cDNA,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物进行巢式PCR扩增。结果 共收集到临床诊断疑似HIV/HCV患者样本64例,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物扩增,其中17例样品扩增阳性。序列分析结果显示,有9例病例的序列与HCV 3b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为93.3%～95.2%;5例病例的序列与HCV 1b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为96.8%～97.6%;1例病例序列与HCV 3a基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为95.2%;1例病例序列与HCV 6n基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸...     

河源地区无偿献血人群HCV感染的基因型分布特征

目的 了解河源地区无偿献血人群HCV感染的基因型分布情况。方法 收集2007年1月1日—2016年12月31日河源市中心血站抗-HCV ELISA双试剂均阳性的无偿献血者样本,经HCV RNA定量检测,HCV RNA定量结果>1×10³ IU/mL的样本,进行HCV基因分型。结果 141例抗-HCV 双试剂阳性样本中,123例病毒载量大于1×10³ IU/mL,108例获得基因分型结果。HCV基因分型为：6a（45例,41.67%）、3型（27例,25.00%）、1b （12例,11.11%）、1a （12例,11.11%）、1a+1b （6例,5.56%）和3型+6a（6例,5.56%）。HCV各基因型无偿献血者病毒载量及丙氨酸氨基转移酶差异无统计学意义（P>0.05）。不同年龄、职业无偿献血者HCV各基因型分布差异无统计学意义（P>0.05）;不同性别、文化程度无偿献血者间HCV各基因型分布差异有统计学意义（P<0.01）。结论 河源地区无偿献血者HCV感染的基因型（亚型）包括1a、1b、3型和6a,其中6a亚型成为本地区无偿献血者中第一流行株。     

海南省IDUs和non-IDUs人群中HCV的基因型分布

目的 了解海南省静脉吸毒人群（inject drug users, IDUs）中HCV-Ab、HCV-RNA的情况,以及IDUs与非静脉吸毒人群（non-inject drug users, non-IDUs）中丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）亚型分布特点。方法 从海南省的美沙酮维持治疗门诊、戒毒所和海南省人民医院住院患者中选择HCV-Ab阳性者检测HCV-RNA,对HCV-RNA阳性者抽取血清进行RT-PCR及巢式PCR扩增Core-E1区并测定其核酸序列、确定其基因亚型。根据是否存在静脉吸毒行为分为IDUs组和non-IDUs组,然后并对两组的资料统计分析。结果 海南省802例美沙酮维持治疗门诊、戒毒所吸毒者中HCV-Ab阳性309例,HCV-Ab阳性率38.53%,其中215例HCV-RNA阳性,阳性率为69.58%。海南省人民医院就诊HCV-RNA阳性者251例,共466例HCV-RNA检测阳性 。466例HCV-RNA阳性者中448例样本成功测序和基因分型及具体如下： IDUs组（320例）中6a（58.75%）是最主要的基因型,其次是3b（16.88%）、3a（15.63%）、1a（4.38%）、1b（2.81%）和非6a（0.93%）;而non-IDUs组（128例）中最主要的基因亚型是1b（30.47%）,其次是6a（28.12%）、3b（10.16%）、3a（3.91%）、1a（7.03%）和非6a（14.84%）,两组亚型之间的差异具有统计学意义(P<0.01)。结论 海南省IDUs人群中HCV感染后自发清除率较高,其感染的主要亚型为6a,其次为3b;但有些地区的IDUs人群中存在其他亚型的小范围流行。     

淮北市HCV感染者基因亚型分布特征及1b型天然耐药突变分析

目的：分析淮北市HCV感染病人基因亚型分布特征及1b型天然耐药突变情况，为HCV临床抗病毒治疗和感染防控提供依据。方法：选取2019-2022年就诊于淮北矿工总医院住院的HCV感染者(未经任何DAAs治疗)HCV-RNA阳性血清样本，抽提RNA后逆转录，采用巢式PCR扩增NS5B、NS5A及NS3/4A区域基因序列，产物送交测序公司测序。采用Mega11.0软件对测序结果进行序列比对分析。结果：结果 HCV 1b型(68.63%)为主要亚型，2a型次之(29.41%),此外检出3a型2例(1.96%)。HCV亚型的分布与性别、年龄无明显相关(P>0.05),1b型多见于≥55岁年龄组中。RASs主要类型为：NS5B区C316N(100.00%);NS5A区Q54H(40.47%),Y93H(19.05%);NS3/4A区Q86P(30.88%),I71V+Q86P(19.12%),V170I+Q86P(14.71%)及T72I/A+Q86P(13.24%)。其中突变频率较高的RASs依次为：C316N(100.00%)、Q54H(60.00%)、Q86P(53.78%)、Y93H...     

Prevalence of hepatitis C virus isolate genotypes from chronically infected Lebanese patients: a hospital-based study

To assess percentages of hepatitis C virus (HCV) genotypes in infected Lebanese patients referred to St. George Hospital, Beirut, Lebanon, 77 infected cases were studied. Of those, 27 were hemodialysis patients. Genotyping was performed by nested PCR of the HCV core-region with specific primers, followed by DNA enzyme-immunoassay using HCV type and subtype-specific probes. Single genotype infections were detected in 52 patients (67.5%). In these cases, types 1, 2, 3 and 4 were detected in 19.5%, 32.5%, 5.1% and 10.4% of the cases respectively. Twenty-five (32.5%) samples showed mixed genotype infections. Single genotype distribution was significantly different among dialysis and non-dialysis patients. In the dialysis group, genotype 2 was predominant (80%, p < 0.001). In single HCV genotype-infected patients, subtype 1b was frequently detected in nondialysis cases (34.4%) whereas this genotype was found in only 5% of dialysis cases. Genotypes 5 and 6 were not detected in any of the cases studied. This pilot hospital-based study provides evidence for the diversity of HCV genotypes in the Lebanese population and establishes differences in distribution depending on the risk group.     

南宁市102例HIV/HCV共感染者HCV基因型特征分析

目的了解南宁市静脉注射吸毒人群(IDUs)中HIV/HCV共感染者HCV基因亚型流行情况。方法收集2012—2014年间南宁市静脉注射吸毒人员HIV/HCV共感染者血浆样本总共108份,设计特异性引物,通过巢式PCR对HCV NS5B区域长339 bp的片段进行扩增并测序,构建系统进化树对HCV进行基因分型。结果 108份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段102份,系统进化分析显示检出4种HCV基因型含6种基因亚型,各基因亚型所占样本比例为6a 34.31%(35/102)、3b 33.33%(34/102)、1a 20.59%(21/102)、1b 6.87%(7/102)、3a 3.92%(4/102)和2a 0.98%(1/102)。在不同人口学特征时102份样本HCV基因型组成差异无统计学意义(P0.05)。结论南宁市IDUs人群HIV/HCV共感染者中至少存在6种HCV基因亚型流行,6a、3b和1a为主要流行亚型。