Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学及分子对接探讨湿润烧伤膏促进糖尿病溃疡愈合的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术对湿润烧伤膏治疗糖尿病溃疡的主要活性成分和潜在作用机制进行探讨。方法：基于TCMSP数据库筛选湿润烧伤膏主要活性成分和作用靶点，从GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中查找糖尿病溃疡相关靶点，使用STRING 11.5数据库构建蛋白互作（PPI）网络筛选核心靶点，在Cytoscape 3.8.2软件中制作“药物-靶点-疾病”网络图筛选核心活性成分，使用R语言软件进行基因GO功能和KEGG通路富集分析，最后应用分子对接对筛选结果进行初步验证。结果：筛选出湿润烧伤膏37个活性成分映射100个作用靶点，糖尿病溃疡疾病靶点5 527个，交集靶点77个，PPI网络拓扑分析提示TP53、TNF、HSP90AA1等为关键靶点；“药物-靶点-疾病”网络图显示刺槐素、汉黄芩素、槲皮素、吴茱萸次碱等为核心活性成分；GO功能分析主要涉及血管生成、离子转运、管径调节、细胞因子受体结合等过程，KEGG富集分析主要包括PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路；分子对接显示核心活性成分和关键靶点均具有较好的对接活性。结论：湿润烧伤膏治疗...     

基于网络药理学和分子对接探讨土茯苓-车前子干预尿酸性肾病作用机制

目的 通过网络药理学方法和分子对接研究土茯苓-车前子干预尿酸性肾病的可能机制。方法 使用TCMSP数据库筛选土茯苓-车前子化学成分及作用靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选尿酸性肾病相关靶点,获取药物-疾病交集靶点,利用STRING11.0数据库构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点网络,利用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AMDock1.0软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得土茯苓活性成分15个,车前子9个,活性成分与尿酸性肾病交集靶点59个,核心靶点有IL6、TNF、PPARG、TP53等。GO功能分析得到生物过程238个,细胞组分39个,分子功能46个;KEGG通路富集分析得到84条通路,包括AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路等。分子对接结果显示,主要活性成分与核心靶点之间有较强亲和力。结论 土茯苓-车前子干预尿酸性肾病与调节肝、肾细胞相关细胞因子,激活AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路,影响肝、肾细胞生物活性有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨二仙汤治疗卵巢早衰的作用机制

目的：对二仙汤治疗卵巢早衰（premature ovarian failure,POF）作用机制进行探讨。方法：基于网络药理学和分子对接的方法,通过检索TCMSP数据库获取二仙汤中各药物的活性成分;通过Gene Cards、OMIM、Pharm Gkb和Drugbank数据库收集卵巢早衰疾病靶点,将活性成分与疾病基因靶点取交集,得到二仙汤治疗卵巢早衰的预测靶点。采用Cytoscape 3.8.0构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白互作网络（PPI）及精简核心网络;运用R Studio软件对二仙汤治疗POF进行GO富集和KEGG通路富集分析。采用分子对接技术对“药物-成分-靶点-疾病”网络结果进行验证。结果：筛选出68个主要活性成分,涉及182个基因靶点,其中主要活性成分包括槲皮素（Quercetin）、木犀草素（Luteolin）、山柰酚（Kaempferol）等;核心靶点基因包括RB1、TP53、FOS、CDKN1A、ESR1、AKT1、MAPK1、TNF等;富集到GO生物过程（biological process,BP）2545条、...     

基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...     

决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制的网络药理学分析与分子对接预测

目的：对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法：运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果：共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论：决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...     

基于网络药理学和分子对接探讨减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝作用机制研究

目的：基于网络药理学分析减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝（non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD）的关键化合物及其作用靶点和通路,以探索其治疗作用的分子机制。方法：利用GEO-Datasets搜集、筛选患病与正常情况下的差异基因,并绘制热图和火山图,通过TCMSP平台和Drugbank数据库检索减味膈下逐瘀汤中诸药的活性化合物,设定OB≥30%和DL≥0.18为阈值,筛选潜在的活性化合物及作用靶点。构建减味膈下逐瘀汤和NAFLD差异基因分子靶点图,利用STRING数据库获取PPI网络和网络拓扑参数,导入Cytoscape对其进行可视化分析,筛选核心调控基因,同时使用SwissDock平台将筛选得到的主要活性成分与靶点进行分子对接。通过DAVID进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通道富集分析,确定主要通路。结果：通过筛选后得到差异基因377个（127个上调基因及250个下调基因）,减味膈下逐瘀汤活性化合物225个,308个对应靶点;筛选得到关键靶标14个,对应化合物168个,关键靶点涉及MYC、FOSL2、FOS等。GO功能富集分析结果显示减味...     

基于网络药理学与分子对接的欧前胡素治疗宫颈癌的作用机制

目的 探讨欧前胡素治疗宫颈癌的活性成分和作用机制。方法 通过使用网络药理学筛选欧前胡素药用成分和疾病宫颈癌靶点并进行相关的分子对接技术验证。中草药系统药理平台查找欧前胡素的有效成分和作用靶点,采用OMIM和GeneCards数据库,对宫颈癌相关的目标基因进行交叉筛选,Cytoscape软件分析宫颈癌和欧前胡素的共同靶点,String数据库分析并建构PPI网络分析,Rstudo 4.0软件分析并绘图,DAVID生物信息数据库统计,GO富集、KEGG富集分析。分子对接使用AutoDock分析。结果 PPI网络结果显示TERT、ESR1、PTGS2、PGR、PPARG、CA9、ESR2、AR、CASP9、ALPL、CLK1可能为欧前胡素和宫颈癌的核心靶点。GO富集得到26个生物过程,KEGG富集得到6条主要通路,包括Chemical cancer receptor activation、Estrogen、Breast cancer、VEGF、Prolactin等信号通路。分子对接结果显示LYS-243、ARG-240和GLU-272等化合物能与宫颈癌的核心靶点有良好的结合力。结论 欧前胡素可...     

基于网络药理学和分子对接法探索玉屏风散治疗非小细胞肺癌作用机制研究

目的:通过网络药理学和分子对接法,分析玉屏风散治疗非小细胞肺癌的作用机制。方法:检索相关文献和TCMSP数据库,查询玉屏风散的化学成分和作用靶点,查询Genecards、OMIM、DisGeNET、Drugbank等疾病数据库,以"non-small cell lung cancer"为关键词搜索疾病相关靶点,选取与玉屏风散靶点的交集靶点作为研究靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,进一步通过拓扑参数筛选出治疗核心靶点,并进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,最后加以分子对接验证。结果:筛选得到玉屏风散37个活性成分,与疾病共同靶点146个,核心靶点44个。GO分析和KEGG分析表明核心靶点参与影响血管生成、细胞增殖等多种生物过程,作用于AGE-RAGE、IL-17、TNF、MAPK等多种信号通路,分子对接显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。结论:网络药理学分析显示玉屏风散治疗非小细胞肺癌涉及多靶点,多通路作用机制,药物与靶点具有良好的对接活性,可为后续试验研究提供理论依据。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨香砂六君子汤抗胃癌机制研究

目的 基于网络药理学联合分子对接技术探究香砂六君子汤干预胃癌的网络调控作用机制。方法 收集中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中香砂六君子汤组方药物的有效成分及其靶点,筛选GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中胃癌有关基因,通过两者交集获取香砂六君子汤治疗胃癌的相关靶点,并通过Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点”网络。基于STRING 11.5数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选核心蛋白,运用R软件对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,并对药物有效成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 获得香砂六君子汤靶向胃癌的蛋白215个,基于PPI网络分析及节点评分计算,共筛选出JUN、MAPK8、ESR1、EGFR、FOS、RELA等19个核心靶点。GO功能、KEGG通路富集分析结果显示,交集靶点主要富集于对药物反应、对脂多糖反应等生物过程和脂质和动脉硬化,以及肿瘤坏死因子、IL-17等通路。分子对接结果显示,该药物主要有效成分和核心靶点蛋白有较好的结合力。结论 香砂...     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...     

基于网络药理学分析“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病作用机制

目的利用网络药理学方法预测“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病的主要活性成分、作用靶点、信号通路与作用机制。方法通过检索TCMSP、Pub Chem、Swiss Target Prediction、Uni Prot等数据库获得药物活性成分和靶点;在Gene Cards数据库获取冠心病相关靶点;借助Cytoscape软件构建药物—疾病靶点网络和PPI网络;利用R语言对“黄芪—水蛭”治疗冠心病的靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Auto Dock Tools和Pymol软件绘制蛋白-药物分子对接模型。结果共获得“黄芪-水蛭”药对79个活性成分、425个药物基因靶点、630个疾病靶点,药物-疾病共同靶点101个,PPI核心网络包含靶点76个,并得出前20位GO和KEGG富集结果,所得药物成分与靶点蛋白可成功对接。结论“黄芪-水蛭”药对起效的主要活性物质包括常春藤皂苷元、联苯双酯、熊竹素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、芒柄花黄素、12-甲基十四烷酸甲酯、Hirudinoidine A、10-十九烯酸甲酯、11-十六碳烯酸甲酯、Hirudinoidine B等成分,可能通过HIF-1信号通路、TNF信号通路、内分泌抵抗信号通路、松弛素信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等调控NPM1、HSPA5、YWHAZ、EGFR、ESR1、VCAM1、MYC等基因表达,进而对气虚血瘀型冠心病起到治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草治疗银屑病的作用机制

目的运用网络药理学与分子对接探索紫草治疗银屑病的作用机制。方法通过TCMSP、PubChem及Swiss Targe Prediction数据库和Gene Cards、OMIM数据库筛选紫草活性成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络,筛选紫草治疗银屑病的活性成分及靶点;基于R软件进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;将活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果预测得到17个紫草治疗银屑病的活性成分和55个差异基因,并推断其作用机制可能与乙型肝炎、糖尿病并发症、胰腺癌、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Rap1信号通路、IL-17信号通路等有关。其中TNF、EGFR、MMP3、PTGS2等基因可能为关键靶点;分子对接结果显示:去氧紫草素与PTGS2蛋白的亲和力较好。结论紫草治疗银屑病具有多成分-多靶点-多通路的作用特点,为阐述紫草治疗银屑病的作用机制和开展进一步的研究提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗更年期高血压的作用机制

目的采用网络药理学和分子对接的方法研究二至丸治疗更年期高血压的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选二至丸的有效成分及靶点,通过Uniprot数据库将靶点名称校正为标准的基因名。通过Gene Cards和Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)数据库检索更年期高血压的疾病靶点,通过韦恩图得到交集靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-交集靶点"网络,采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,并进行聚类分析。运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"药物-成分-靶点-通路"图。通过Autodock vina软件对筛选的靶点和有效成分进行分子对接验证。结果经筛选得到二至丸中有效成分共23个,其靶点共192个,疾病靶点1189个,取交集后获得126个靶点。根据GO和KEGG富集分析,涉及的主要生物过程有细胞增殖和凋亡、对一氧化氮生成的正调控等,主要通路包括Toll样受体信号通路、TNF信号通路、NOD样受体信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示MAPK1、RELA、AKT1与槲皮素、木犀草素、山柰酚有较高的结合活性。结论二至丸中可能主要通过抗炎、抗氧化、抗平滑肌增殖等作用来改善血压水平。     

基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全的作用机制

目的 基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全（POI）的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）,得到药物的有效成分和相关作用靶点;依据Uniprot数据库,找到作用靶点的标准名称;基于Cytoscape软件,得到中药成分-靶点网络图;根据Genecards和OMIM,获得疾病靶点基因;依靠STRING数据库和Cytoscape软件,取得与本病相关的核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;依靠DAVID数据库、Cluego软件,进行GO富集分析和KEGG富集分析,利用PubChem数据库、Uniprot数据库、AutoDock Tools软件、DS ViewerPro软件,对主要成分与关键靶点进行分子对接。结果 根据筛选条件得到补肾安坤汤150个有效成分和1088个成分作用靶点;检索POI靶点基因2718个,并获得补肾安坤汤药物与疾病共同靶点166个;分子对接结果显示,筛选出的主要化合物与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。GO功能富集分析显示主要涉及细胞表面等;KEGG通路富集分析,共富集出228条通路。结论 补肾安坤汤治疗POI的作用机制,体现了中药多...     

基于网络药理学探讨石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...     

基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的作用机制

目的 基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的活性成分、潜在靶点及可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Uniprot数据库检索并筛选得到“当归-鸡血藤”药对主要活性成分及其作用靶标。通过Drugbank、Genecards及OMIM数据库收集肾性贫血相关靶标,对肾性贫血药物靶标和相关基因取交集,运用STRING数据库构建蛋白质互作（PPI）网络图,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-活性成分-靶点”网络模型。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并可视化,并用Autodock＿vina和Pymol软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果 获得“当归-鸡血藤”药对中24个活性成分,相关潜在靶点140个,肾性贫血相关靶点992个,交集靶点44个;其主要作用于MAPK1、TP53、TNF、CASP3等多个靶标,涉及包括HIF-1、PI3K/Akt、TNF在内的99条信号通路发挥治疗肾性贫血作用。分子对接结果显示木犀草素与TP53、STAT3等关键靶点有较好的结合能力。结论 从网络药理学的角度对“当归...     

基于网络药理学与分子对接探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法 在TCMSP平台筛选出银杏叶的活性成分,在Swiss Target Prediction数据平台和GeneCards数据库收集活性成分对应的靶点,在GeneCards和DisGeNET数据库检索“动脉粥样硬化”的相关靶点,通过Venny平台获得两者间的共同靶点。将共同靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape 3.8.0构建蛋白互作网络和核心靶点网络,并获取拓扑参数。利用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,并对结果运用微生信和OmicShare平台进行图像可视化处理。采用Cytoscape 3.8.0软件进行“活性成分-靶点-疾病”网络模型构建与分析,最后使用AutoDock、Pymol软件进行重要成分和核心靶点的分子对接并预测其结合能力。结果 从银杏叶中筛选出27个活性成分,动脉粥样硬化和活性成分的共同靶点有163个,其中核心靶点有7个,主要有关通路有PPAR信号通路、TNF信号通路以及Proteoglycans in cancer信号通路等。分子对接结果显示,所有核心靶点与活性成分的分...     

基于网络药理学探讨青蒿治疗狼疮性肾炎的作用靶点分析

目的 基于网络药理学探究青蒿治疗狼疮性肾炎的作用靶点及潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索出青蒿中所含有的化学有效成分及作用靶点,并经Uniprot数据库进行名称标准化处理。再利用OMIM和GeneCards数据库检索LN相关基因,利用R软件绘制韦恩图并筛选出青蒿治疗LN的共同作用靶点,利用String数据库构建蛋白互作PPI网络,利用Cytoscape 3.8.0软件构建药物-疾病-靶点网络可视图并筛选出核心基因,对共同作用靶基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果 从青蒿中筛选得到22个有效成分,去除重复靶点得青蒿靶点42个,LN中相关靶点有842个,利用韦恩图筛选出药物-疾病共同靶点10个。GO功能富集分析显示青蒿治疗LN生物学过程和功能主要集中在细菌反应、膜微区、细胞因子受体结合、信号受体调节活性等。KEGG通路富集分析显示,青蒿治疗LN主要与AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力、TNF信号通路、血脂和动脉粥样硬化、PI3K/AKT信号通路和IL-17信号通路等相关。结论 通过分析药物主要活性成分,构建PPI网络和青蒿-活性成分-靶点-疾病网络图并进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,揭示青蒿治疗LN具有多成分、多靶点和多通路的作用特点,为青蒿临床应用治疗LN的机制提供了思路和方法。