两种限制性标记方法提高基因芯片杂交结果的信噪比

目的 研究采用荧光标记的通用引物扩增或在扩增中掺人荧光标记dNTP两种限制性荧光标记方法标记探针对提高表达谱基因芯片杂交结果信噪比的作用。方法 酵母mRNA经常规逆转录标记方法及两种限制性标记方法进行标记，探针纯化后与酵母表达谱基因芯片进行杂交，在同等条件下进行杂交后清洗和芯片扫描检测。结果 两种限制性标记方法与直接逆转录标记相比杂交结果背景低，信噪比及灵敏度高，其中以荧光标记的通用引物扩增效果最佳。结论 采用限制性标记方法后杂交结果信噪比提高，有利于基因芯片技术的应用。     

应用基因芯片技术筛选乳腺浸润性导管癌差异表达基因

目的：应用基因芯片技术研究乳腺浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma,IDC）基因表达的改变。方法：收集手术切除3例IDC癌组织及癌旁对应正常组织标本,提取总RNA,逆转录合成cDNA,用荧光素Cy3通过体外转录分别将6份标本的cDNA标记成cRNA探针,并与6张基因芯片Illumina Human WG-6 expression beadchip杂交,利用荧光扫描仪扫描荧光强度并分析基因表达谱的差异。结果：按差异显著性标准,在3对标本中共同差异表达的基因有6 756个,表达上调3 927个,表达下调2 829个。结论：IDC的发生、发展存在多基因表达调控的改变,基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平,为认识肿瘤发病机制和个体化治疗提供生物学依据。     

利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒

目的：利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒。方法：根据序列Blast比对分析结果，设计逆转录不对称PCR扩增引物和寡核苷酸检测探针。采用Trizol试剂从人静脉血中提取总RNA，经过逆转录和不对称PCR扩增得到的PCR产物与排列有寡核苷酸探针的芯片杂交，杂交后的芯片经激光共聚焦扫描分析。结果：SARS阳性样品与寡核苷酸芯片杂交后出现阳性杂交信号，具有不同二级结构的寡核苷酸探针杂交信号强度不一。结论：寡核苷酸芯片适于快速准确、平行大量地检测SARS病毒。     

应用基因表达谱技术研究人脑动脉瘤细胞信号传导相关基因

应用基因芯片分析人脑动脉瘤基因表达谱 ,分析细胞信号传导相关基因的差异表达。提取 4例人脑动脉瘤标本及作为正常对照的人颅底动脉环标本总RNA、mRNA ,进行线性扩增 ,通过逆转录的方法标记、制成cDNA探针 ,探针与84 6 4点基因表达谱芯片杂交 ,扫描芯片荧光信号图像 ,分析比较差异表达的基因。结果 :在 84 6 4条基因中 ,有 15条细胞信号传导相关基因表达有显著差异 ,其中表达上调 13条 ,表达下调 2条。提示 :差异表达的细胞信号传导相关基因及其参与的病理过程与脑动脉瘤的病理发生有关。     

两种限制性标记方法提高基因芯片杂交结果的信噪比

目的研究采用荧光标记的通用引物扩增或在扩增中掺入荧光标记dNTP两种限制性荧光标记方法标记探针对提高表达谱基因芯片杂交结果信噪比的作用。方法酵母mRNA经常规逆转录标记方法及两种限制性标记方法进行标记,探针纯化后与酵母表达谱基因芯片进行杂交,在同等条件下进行杂交后清洗和芯片扫描检测。结果两种限制性标记方法与直接逆转录标记相比杂交结果背景低,信噪比及灵敏度高,其中以荧光标记的通用引物扩增效果最佳。结论采用限制性标记方法后杂交结果信噪比提高,有利于基因芯片技术的应用。     

顺铂腹腔注射对小鼠卵巢相关基因表达谱的影响

目的：应用基因芯片技术研究顺铂（Clsplatin）腹腔注射给药对小鼠卵巢相关基因表达的影响,探讨顺铂对卵巢功能损伤的作用机制。方法：建立化疗损伤后卵巢功能低下小鼠模型,按一步法抽提顺铂给药后的小鼠及对照组小鼠卵巢组织的总RNA;经逆转录分别用Cy3、Cy5荧光标记,获得两组小鼠卵巢cDNA的探针,再与cDNA基因表达谱芯片杂交,结果由激光扫描仪扫描,并用计算机软件进行图像分析、标准化处理、ratio值分析和聚类分析。结果：顺铂给药后的小鼠与对照组小鼠卵巢组织基因表达谱分析发现,109个差异表达基因有19个基因低表达,90个基因高表达。结论：本研究从顺铂给药后的小鼠卵巢组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与顺铂对卵巢功能损伤的发生、发展过程,从而为化疗药物损伤性卵巢功能减退的诊治提供依据。     

利用基因芯片技术筛选不同转移能力骨肉瘤细胞差异表达基因

目的：运用基因芯片技术研究骨肉瘤转移相关基因表达．方法：提取具有不同转移特性的骨肉瘤细胞总RNA，反转录制备杂交探针，应用基因芯片筛选与骨肉瘤转移相关的基因．杂交信号用ScanArray3000扫描，结果用ImaCene3．0软件分析．结果：对原位及转移骨肉瘤细胞基因表达诺分析，发现两种肿瘤细胞中存在差异表达基因，其中有抑癌基因、转移相关蛋白基因、细胞周期蛋白基因等，与肿瘤发生发展密切相关．结论：基因芯片技术对肿瘤转移机制研究有重要意义。     

基因芯片筛选结肠癌伊立替康耐药相关基因

目的 应用基因芯片技术进行结肠癌伊立替康耐药相关基因表达谱差异分析.探讨伊立替康结肠癌耐药发生机制.方法 分别抽提人结肠癌细胞系SW480及其伊立替康耐药细胞系SW480/CPT总RNA,逆转录合成相应以Cy3标记的cRNA做探针,在Agilent基因芯片上杂交,Axon 4000B扫描仪扫描芯片荧光信号图像.Gene...     

利用基因芯片技术对小鼠隐睾相关基因谱研究

目的：利用基因芯片研究小鼠隐睾相关基因谱的改变.方法：建立小鼠隐睾模型,分别提取正常及异常睾丸组织的mRNA,制备杂交用cDNA探针,在包含小鼠4000条cDNA片段的基因芯片上点样、杂交、洗涤后,通过计算机观察二者表达谱的差异情况,并对其中表达下降的COX8a进行RNA斑点印迹杂交以验证基因芯片结果.结果：通过基因芯片筛选,获得34条与小鼠隐睾相关的基因.RNA斑点印迹支持基因芯片杂交结果.结论：利用基因芯片研究小鼠隐睾睾丸组织与正常睾丸组织差异表达的基因谱可以用于高通量筛选隐睾相关基因以及进一步的研究;COX8a可能在隐睾症的发生与进展过程中起一定的作用.     

微囊微环境对脐血细胞造血相关基因表达的影响

[目的]利用基因芯片技术研究微囊微环境对脐血细胞造血相关基因表达的影响。[方法]将新鲜分离的人脐血细胞在生理条件下进行微囊化包封、培养7 d后,对其进行总RNA提取、纯化、体外转录合成cRNA探针、cRNA探针生物素标记、与基因芯片杂交、扫描杂交信号,最后进行芯片数据处理和生物学信息分析。[结果]基因芯片筛选结果显示,与平面培养对照组相比,微囊化培养脐血细胞中差异表达2倍及以上的造血相关基因有32个,其中19个表达上调,13个表达下调。[结论]微囊微环境影响脐血细胞造血相关基因的表达。     

E2F-1过表达对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理初步研究

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间的差异表达基因,探讨E2F-1对胃癌细胞生物学行为影响的分子机理。方法 分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA。纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出表达差异的基因。随机选取3个差异表达基因,分别设计引物,用半定量RT-PCR检测验证。 结果 在21522条基因中,两组细胞间的差异表达基因有740条,其中上调基因405条,下调基因335条。差异基因中有73条功能信息不明。随机选取的3个差异表达基因的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论 胃癌的发生发展是多基因相互作用、多种信号通路相互调节的结果。生物信息学分析显示, E2F-1基因可以通过TP53信号传导途径影响胃癌MGC-803细胞生物学行为的改变,还与众多基因的差异性表达密切相关。     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的：制备人胎盘基因表达谱芯片，并用于基因差异表达分析。方法：用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探讨打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组与三氧化二砷处理的K562细胞总RNA，纯化mRNA后反转录成cDNA，再以限制性显示技术进行荧光标记，将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交，杂交后清洗芯片，干燥后对芯片进行扫描，分析杂交结果。结果：建立了较可靠的制备与检测基因表达谱芯片的方法，并筛选出45个差异表达基因片段，结论：制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

Cdx2基因过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的 利用基因表达谱芯片技术筛选过表达Cdx2的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因. 探讨Cdx2对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响。 方法 分别抽取Cdx2转染组和对照组的细胞总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子(Cy3/ Cy5)标记cDNA 探针,与含有21522条人类22k基因表达谱芯片进行杂交。采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种信号,应用LuxScan3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析。 结果 在21522条基因中,胃癌细胞间差异性表达基因为有551条,其中302条上调,249条下调。其中与免疫相关的基因共有7个,分别为HLA-E、RRAS、ULBP2、HLA-G、HLA-C、CTSB、CTSL,均表达上调。结论 Cdx2过表达上调了胃癌MGC803细胞免疫相关基因的表达,这可能与胃癌细胞生物学行为的改变有关。     

氯胺酮诱导大鼠丘脑基因表达谱的改变

目的:用基因芯片研究氯胺酮麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化.方法:SD大鼠4只,分为对照组(n=2)和氯胺酮组(n=2).两组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg氯胺酮.1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交.杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其进行功能分析.结果:1323条待测基因中,氯胺酮麻醉后237条基因差异表达,上调表达132条,下调表达105条,其中差异表达超过两倍的为59条.差异性表达的基因功能可分为NMDA受体、离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等.结论:氯胺酮麻醉可以引起大鼠丘脑基因的差异表达.     

人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

乙型肝炎肝硬化基因表达谱的研究

目的利用寡核苷酸芯片测定乙型肝炎肝硬化基因表达谱,筛选肝硬化差异基因。方法应用含有18 993个已知基因的A ffym etrix U133p lus2.0芯片,对从肝硬化抽提及纯化标记的mRNA进行芯片杂交,用GeneP ix 4 000A荧光激光扫描系统对芯片进行扫描,GeneP ix 3.0分析软件处理杂交信号获取结果。以Northern印迹技术检验芯片分析结果的可靠性。结果芯片分析结果具有可重复性。肝硬化差异表达基因共有118个,上调基因63个,下调基因55个。结论寡核苷酸芯片是筛选肝硬化差异表达基因的有力工具,多基因差异表达参与肝硬化发生。