浙江省副溶血性弧菌03：K6血清型菌株多位点序列分型研究

目的掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3：K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持。方法选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧菌03：K6血清型菌株样本进行PCR扩增、测序,Chromas软件和DNAStar软件分析,核酸序列上传至MLST数据库进行比对,获得每株菌的序列型,绘制多位点序列分型遗传进化树并进行亲缘性分析。结果62株副溶血性弧菌03：K6血清型菌株中,59株菌为ST-3型（3,4,19,4,29,4,22）,1株菌为ST-121型（3,2,82,52,4,78,66）,1株菌为新的ST型（5,10,34,27,77,49,23）,1株菌仅gyrB基因第562位点由C突变为T,其余基因序列与ST4型（3,5,22,12,20,22,25）一致。结论浙江省副溶血性弧菌03：K6血清型菌株的主要MLST型别为ST-3型。     

非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对国内部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株进行分子分型分析,了解菌株间的遗传进化关系。 方法 根据mlst.ucc.ie数据库提供的大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing, MLST）方案,对来自我国河南、黑龙江2省的29株产志贺毒素大肠杆菌分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因谱及菌株序列型（Sequence type, ST）,使用MEGA、eBURST生物信息软件分析不同ST序列群及菌株间的进化关系。结果 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌呈现较大的遗传多态性,可分为13个ST型别,其中ST155为优势型别（34.48%）。同时研究发现2个新等位基因型（fumC376、recA214）和3个新序列型（ST2460、ST2467、ST2468）。结论 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌菌株之间具有分子多态性,与国际流行菌株具有一定的亲缘关系。加强我国对这一类菌株的检测和监测具有重要的公共卫生意义。     

海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的多位点序列分型

目的 研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌多位点序列类型(STs)多态性,了解该省与其他类鼻疽流行地区菌株间的遗传背景差异方法 选取7个管家基因位点ace、glt B、gmh D、lep A、lip A、nar K、ndh进行PCR扩增、测序,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的序列型结果 18株类鼻疽伯克霍尔德菌属于12个不同的STs,其中ST50有4株,检出率占22.2%,ST58、ST232、ST1094各检出2株,发现一株新STs命名为ST1676结论 海南省类鼻疽伯克霍尔德菌具有高度遗传多样性,gmhD是7个管家基因中变异最大的等位基因,表明gmhD突变可能是该地区菌株STs多样性的原因。     

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。     

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用北大核心CSCD

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。     

牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析,了解菌株的遗传进化关系及致病潜力。方法 根据E. coli MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli)提供的MLST方案,对青海玉树牦牛中分离的54株STEC分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因及菌株序列型(Sequence type,ST),并使用BioNumerics软件构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),分析牦牛ST型与HUSEC及人源主要流行血清群STEC菌株ST型间的进化关系。结果 54株牦牛STEC菌株呈现高度遗传多态性,可分为31个ST型别,其中包括7个新的等位基因型和17个新的ST型,并存在与HUSEC及主要流行血清群STEC亲缘关系相同或相近的ST型别。结论 青藏高原牦牛携带的STEC具有遗传多样性及一定的特异性,部分菌株具有对人致病的潜力。     

公共场所冷却塔水嗜肺军团菌的基因序列分型研究

目的 为了解温州市中央空调冷却塔水中嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用序列分型方法(sequenced-based typing,SBT)对公共场所中央空调冷却塔水中的嗜肺军团菌进行分子分型研究。方法 选择嗜肺军团菌的7 个管家基因 flaA、asd、mip、pilE、mompS、proA 和 neuA 作为目的基因, 对温州市公共场所中央空调冷却塔水中分离的31株嗜肺军团菌进行PCR扩增并测序。测序结果上传欧盟军团菌感染工作组(EWGLI)数据库进行比对、分型。运用DNAsp 5.0 、Bionumerics5.1及SplitsTree 等软件对分型结果进行分析。结果 31株嗜肺军团菌中,11株LP1型被分为2种ST型;17株非LP1型被分为8种ST型,其中7种ST型是新发现的序列型,并新发现1个等位基因;另3株非LP1型因缺少neuA基因未被数据库确认 。7个管家基因的核苷酸多态性 (Pi)范围为0.00995(mip)～0.02311(flaA)。 flaA具有最大的核苷酸多态性 ( 0.02311 )。经聚类分析得到本地分离的嗜肺军团菌株的遗传进化关系。结论 温州市公共场所冷却塔水中的嗜肺军团菌与国内外其他地区报道的嗜肺军团菌具有一定的亲缘关系,同时也具有地区特异性和遗传多样性。     

我国羊种3型布鲁氏菌的多位点序列分型研究

目的对2004-2009年从病人标本中分离的羊种3型布鲁氏菌进行遗传多态性分析,了解菌株的遗传特征及遗传进化关系。方法采用多位点序列分型（Multiple locus sequence typing,MLST）技术,对47株布鲁氏菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与标准菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型（STS）,分析与其它ST型间的遗传关系。结果 47株布鲁氏菌中,19株omp25基因与目前已有的等位基因型不同,被定义为1个新的等位基因型,即ST28。其余28株与已知的ST8型的各等位基因型一致。结论我国流行的羊种布鲁氏菌主要是羊3型菌株,国内的菌株与国外菌株遗传背景上有差异。MLST分型可以作为研究布鲁氏菌进化关系的重要手段之一。     

利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究

目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus SequenceTyping,MLST）方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型（Sequence type,ST）;采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型（ST-284）,占90%（27/30）,其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性（Pi）范围为0.00119（polB）～0.00648（uidA）,putP基因多态性位点比例最高（4.6%）,trpA基因多态性位点比例最低（0.4%）。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364（ST-296）具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。     

嗜麦芽窄食单胞菌磺胺类耐药与整合子的相关性研究

目的探讨临床分离嗜麦芽窄食单胞菌磺胺类药物耐药与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类整合子存在的关系。方法收集临床分离的51株嗜麦芽窄食单胞菌,K-B法测定12种抗菌药物的耐药情况。PCR扩增磺胺耐药基因（sulⅠ基因）和Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类整合子。结果 51株嗜麦芽窄食单胞菌10株表现对复方磺胺甲噁唑耐药（19.6%）,7株菌（13.7%）Ⅰ类整合子阳性,没有检测到Ⅱ、Ⅲ类整合子,12株菌（23.5%）sulⅠ阳性。结论嗜麦芽窄食单胞菌对磺胺类药物耐药可能与Ⅰ类整合子存在有关。     

多位点序列分型及其在寄生虫群体遗传结构分析中的应用

多位点序列分型技术 （Multilocus sequence typing,MLST） 具有分辨率、 敏感性及特异性高等优点。在寄生虫学 研究中, MLST通过扩增多个管家基因进行测序分析和对病原体进行群体遗传结构分析, 可为研究虫种进化等提供更多 的理论依据。本文就MLST技术的原理、 方法和结果分析及其在几种寄生虫遗传结构分析方面的应用进行综述。     

河北省B群脑膜炎奈瑟菌药物敏感性及分子分型分析

目的了解河北省分离的9株B群脑膜炎奈瑟菌（Neisseriameningitides，Nm）的药物敏感性及分子流行病学特征。方法对分离菌株进行E—test法药物敏感性试验和多位点序列分型（MultilocusSequenceTyping，MLST）分析。结果药敏试验显示，9株B群Nm均对磺胺类抗生素耐药；6株分离自健康人的Nm中2株对喹诺酮类抗生素耐药；3株分离自流脑病人的Nm中的2株菌株对喹诺酮类抗生素耐药，且对青霉素类抗生素的敏感性降低。显示9株Nm菌株中的6株属于ST-4821克隆群，1株属于ST-175克隆群，2株无相应的克隆群。结论高致病性ST-4821已成为河北省B群Nrn的优势克隆群，提示应加强流脑的病原学监测。     

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的 通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化.方法 应用16SrRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1 238株致病性钩体...     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

宁波副溶血性弧菌临床株毒力基因与多位点序列分型研究

目的 了解宁波地区副溶血性弧菌临床分离株毒力基因分布以及分子分型特征。方法 收集来源于食物中毒和散发腹泻患者副溶血弧菌菌株,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关溶血素基因(trh),利用多位点序列分型(multi-locus sequence typing, MLST)进行分子分型。结果 2006—2012年共分离临床株248株,选择48株进行毒力基因和MLST分型研究。42株tdh+,为93.75%;11株trh+,为22.92%。48株菌株可分为9个ST型和一个未分型,ST3有32株,占66.67%; ST265有5株,占10.42%;ST120有3株,占6.25%。ST3克隆群中tdh+/trh-菌株有25株,占78.16%。与全国其他地区比较,在宁波临床株中发现ST262。结论 tdh+型是宁波地区副溶血性弧菌优势菌株。有9种ST型,以ST3克隆为主,其次为ST265和ST120。ST3克隆中以tdh+/trh-型为主。另发现1个独特的ST262菌株。