克隆测序确认HLA新等位基因B^＊3712

目的：由于技术原理的限制，目前尚不能对所有的HLA等位基因进行严格的区分，特别是以往没有发现的新基因序列只能通过测序的方法解决，然而，当遇到等位基因杂合时，测序给出的结果仍然无法确认新的序列改变发生在等位基因的哪一侧，这时需要用分子生物学方法分离杂合子然后进行测序才能确定新的基因序列。采用基因克隆方法确认HLA新等位基因。 方法：实验于2006-01／05在河南省红十字血液中心HLA实验室，美国海军骨髓库HLA实验室完成。造血干细胞血样由中华骨髓库提供。采用荧光微珠HLA分型方法对中华骨髓库捐献者血样进行HLA分型检测，无法给出确切结果的摸棱两可结果标本用基因克隆（TOPO TA Cloning）、DNA测序的方法确认新的HLA基因序列。 结果：通过克隆分离杂合等位基因，再进行测序确认发现新的序列与B^＊3709相比，出现4个核苷酸改变：1．355nt C〉A，2．363nt C〉G，3．412nt G〉A，4．477ntC〉G，而且均发生在H哺B基因外显子3（exon3）。4处改变引起氨基酸编码改变：①编码95CTC〉ATC，氨基酸改变L〉1（亮氨酸〉异亮氨酸）。②97AGC〉AGG．S〉R（丝氨酸〉精氨酸）。③114GAC〉AACD〉N（天门冬氨酸〉天冬酰胺）。（9135GCC〉GCGA=A无氨基酸改变。 结论：①新的基因序列已经在GenBnak注册，被WHO的HLA因子命名委员会得到正式命名为HLA-B^＊3712基因。②基因克隆是确认HLA新基因的根本方法。     

克隆测序确认HLA新等位基因B~*3712~(★○)

目的:由于技术原理的限制,目前尚不能对所有的HLA等位基因进行严格的区分,特别是以往没有发现的新基因序列只能通过测序的方法解决,然而,当遇到等位基因杂合时,测序给出的结果仍然无法确认新的序列改变发生在等位基因的哪一侧,这时需要用分子生物学方法分离杂合子然后进行测序才能确定新的基因序列。采用基因克隆方法确认HLA新等位基因。方法:实验于2006-01/05在河南省红十字血液中心HLA实验室,美国海军骨髓库HLA实验室完。成造血干细胞血样由中华骨髓库提供。采用荧光微珠HLA分型方法对中华骨髓库捐献者血样进行HLA分型检测,无法给出确切结果的摸棱两可结果标本用基因克隆(TOPO TA Cloning)、DNA测序的方法确认新的HLA基因序列。结果:通过克隆分离杂台等位基因,再进行测序确认发现新的序列与B~*3709相比,出现4个核苷酸改变:1.355nt C>A,2.363nt C>G,3.412ntG>A,4 477nt C>G,而且均发生在HLA-B基因外显子3(exon 3)。4处改变引起氨基酸编码改变:①编码95 CTC>ATC,氨基酸改变L>I(亮氨酸>异亮氨酸)。②97 AGC>AGG,S>R(丝氨酸>精氨酸)。③114 GAC>AAC D>N(天门冬氨酸>天冬酰胺)。④135 GCC>GCG A=A无氨基酸改变。结论:①新的基因序列已经在GenBnak注册,被WHO的HLA因子命名委员会得到正式命名为HLA-B~*3712基因。②基因克隆是确认HLA新基因的根本方法。     

10个HLA新等位基因的测序确认

目的用DNA测序方法确认HLA新等位基因。方法对常规流式荧光微珠HLA分型方法无法给出确切结果的标本,采用序列特异性引物测序、单倍型测序、克隆测序等方法确认新的等位基因序列,将测得的序列与已知的最相近序列进行比对,可疑新等位基因序列提交GenBank进行注册,向WHOHLA因子命名委员会申报确认。结果2004年5月—2005年12月共进行常规检测12193人份,发现可疑标本21份,测序确认为新等位基因的有10份,申报确认为新的HLA等位基因,已经被正式命名。结论测序是确认HLA基因序列的金标准,但常规直接测序并不能解决全部问题,需要借助组序列特异性引物(GSSP)测序、单倍型测序、克隆测序等方法加以解决。     

DNA测序确认新等位基因HLA-DRB1~*1463

目的DNA测序确认1例HLA-DRB1*1463新等位基因。方法使用低分辨分型采用PCR-SSP分型技术,DNA测序采用等位基因特异性技术。结果新基因HLA-DRB1*1463序列与DRB1*140301相比,第2外显子区域有4个碱基发生突变,造成2个氨基酸发生改变。256位G>A、257位A>G、258位T>C,导致86编码子的氨基酸由Asp>Ser;286位C>A,导致96编码子的氨基酸由Leu>Iso。在大约4万例随机骨髓捐献者中未发现其它带有该基因的个体。结论该基因为HLA-DRB1的新等位基因,2006年10月30日被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1463。     

DNA测序鉴定HLA新等位基因B~* 35:03:07

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA-B位点一个新等位基因。应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术检测到一个与HLA-B*35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的HLA等位基因的序列差异。结果表明,先证者HLA-B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸。结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHO HLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:03:07。     

新等位基因HLA-B~*5413的确认

目的确认1个新的等位基因HLA-B*5413。方法应用PCR-SSP技术作HLA分型检测;PCR-SS0技术作HLA分型复核;DNA测序技术进行新等位基因的核苷酸序列测定,在NCBI和EBI基因数据库上进行基因序列比对分析验证,最后提交。结果新等位基因与所有已知的HLA-B位点的等位基因的序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*5401相比,在第2外显子上有6个核苷酸差异:第229位置上G>A,导致第77位Ser>Asn,第238位置上A>T,导致第80位Asn>Ile,第240、241位置上C>G、T>C导致第81位Leu>Ala,第244位置上G>T,导致第82位Arg>Leu,第246位置上G>C导致第83位Gly>Arg。结论2007年4月世界卫生组织HLA新基因命名委员会正式将这例新基因命名为HLA-B*5413。     

HLA-B新等位基因B*3936的确认和测序分析

本研究确认HLA新等位基因HLA—B％3936并分析其序列。先证者为脐血造血干细胞捐献者，样本DNA抽提采用PEL—FREEZ抽提试剂盒，利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA—B基因的第2—4外显子，对PCR产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果显示：先证者样本中存在2个HLA—B等位基因，其中1个等位基因为HLA—B％4002，另1个经Blast验证确定为新的等位基因，新的等位基因序列已递交GenBank（DQ242650，DQ24265l，DQ242652）。与最接近的B％3901等位基因比较，新的等位基因在第3外显子上有4个核苷酸的差异，其中第527位T→A、第538位C→T、第539位T→G、第544位A→G，这引起氨基酸第152位缬氨酸（Val）→谷氨酸（Glu）、第156位异壳氨酸（Ile）→色氨酸（Trp）、第158位苏氨酸（Thr）→丙氨酸（Ala）。实验结果提示该等位基因为新的HLA-B等位基因，已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA—B％3936。     

人类白细胞抗原新等位基因DRB11*15402的发现及确认

背景：目前国内骨髓库主要采用分辨率较高的聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法，该方法在提高分辨率的同时，使部分隐藏新基因的标本的检测结果表现为摸棱两可，对该可疑标本进行确认最简便的方法是DNA测序HLA分型检测。 目的：应用DNA测序方法确认HLA—DRB1位点1个新等位基因。 设计、时间及地点：常规初检于2005-11在河南血液中心中国骨髓库河南分库HLA组织配型实验室完成，测序实验于2006-04在美国海军骨髓库HLA实验室完成。 材料：中国造血干细胞捐献者初检结果可疑为新基因的重采血样5mL。 方法：采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型流式微珠杂交技术对中华造血干细胞捐献者进行HLA中低分型检测，对可疑为新等位基因的样本进行DNA测序分析，通过EBI（http：／／www．ebi．ac．uk／）和NCBI（http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／）将测序结果与已知的人类白细胞抗原（human leukoyte antigen，HLA）等位基因序列进行比较分析，以确认是否为新的基因序列。 主要观察指标：测序结果与已知HLA等位基因序列的比较分析。 结果：样本HLA—DRB1位点中低分型结果的初检、复检反应格局与分析软件数据库中HLA—DRB1等位基因的模板谱型均不匹配。样本DRB1＊11XX第2外显子序列与所有已知等位基因序列均不一致，与DRB1＊110401的同源性高达9970，外显子2区域中的308位碱基发生了C〉A碱基替代，并导致了相应氨基酸丙氨酸〉谷氨酸的改变。 结论：该等位基因为HLA-DRB1：11组中的1个新等位基因，2006-07被WHO的HLA因子命名委员会正式命名为HLA—DRB1＊115402。     

HLA基因测序分型技术的应用

[目的]对在骨髓库HLA基因分型和器官移植配型等工作中，应用PCR—SSP、PCR—SSO等方法不能确定结果的疑难标本进行测序，确认分型结果，寻找、发现新基因。[方法]测序方法采用双脱氧链终止法，引入双脱氧核苷三磷酸（ddNTP）作为链终止剂。[结果]对标本直接进行测序能够得到确切的HLA基因分型结果；对PCR—SSP、PCR—SSO等方法不能确定HLA基因分型结果的疑难标本进行测序，得到可靠的确认分型结果。[结论]HLA测序分型结果精确可靠，是HLA基因分型的金标准，能发现新基因。     

新等位基因HLA-A*24:233与HLA*-A26:89的分析确认

背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:应用PCR-SBT、GSSP测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行HLA高分辨分型,发现2个样本HLA-A位点均为异常基因,与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对,分析核苷酸序列的差异。结果与结论:2个样本HLA-A位点与目前已知的相应HLA-A等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*24:02:01的差异表现在第3外显子区域中的第360位碱基由G>C,导致第96位密码子由谷氨酰胺变为组氨酸,样本2与其同源性最高的A*26:01:01比较差异表现在第2外显子区域中第97位碱基由T>C,导致编码的第9位密码子由酪氨酸变为组氨酸。结果表明两个样本为HLA-A位点的新等位基因,已提交GenB ank进行注册,并已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*24:233与HLA-A*26:89。     

HLA-B新等位基因B~*4608的核苷酸序列分析

目的分析1个HLA-B位点有异常反应格局样本的核苷酸序列。方法采用DNA快速抽提试剂盒抽提样本基因组DNA,PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第1-8外显子,PCR产物直接经TOPO TA克隆到质粒载体中以获得单链,对克隆所得产物进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析。结果先证者样本克隆测序得到两个等位基因,其中1个等位基因为B*5502,另1个经Blast验证为新等位基因,其序列已递交Genbank(DQ177521,DQ177522,DQ177523)。与最接近的B*4601等位基因序列相比,新等位基因在第3外显子上有2个核苷酸不同,即第538位T→C和第539位G→T,并由此导致1个氨基酸改变:第156位色氨酸→亮氨酸。结论该新HLA-B等位基因已WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4608。     

HLA新等位基因HLA-B*5145的确认

背景:作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能.目的:发现和认定1个HLA新等位基因.方法:采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列.结果与结论:PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A*02XX,A*33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1*1202,DRB1*1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B*44XX,B*53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂(Dynal,PCR-SSO)分型疗法进行分析,也显示无法判定的结果.等位基因HLA-B*5145是HLA-B*5106的变异体,该基因和B*5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N(天冬酰胺,Asn)→D(天冬氨酸,Asp),346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y(酪氨酸,Tyr)→S(丝氨酸,Ser),362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K(赖氨酸,Lys)的变化.该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B*5145.     

HLA-B新等位基因B~*4069的确认

目的识别和确认中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSO技术进行HLA分型工作,发现反应格局异常的新等位基因,采用DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析。结果检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序结果显示HLA-B位点的1对等位基因分别为B*5801和1个核苷酸序列与已知HLA等位基因均不同的新等位基因。该基因序列与同源性最高的HLA-B*400101基因序列相比在第2外显子区域中263位碱基发生C>T突变,导致64位编码氨基酸由苏氨酸(Thr)>异亮氨酸(Ile)。结论该等位基因为新的HLA-B位点等位基因,2006年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4069。     

DNA序列分析鉴定HLA-B新等位基因HLA-B~*4816

目的鉴定1个HLA-B位点新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术发现可能的HLA-B位点新等位基因,对PCR产物进行序列分析,确认与最同源的HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*4801在第2外显子区域有1个碱基的差异:第187位碱基由A>T,这一突变使密码子63由GAG>GTG,导致编码的氨基酸由Glu>Val。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,2006年7月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4816。     

PCR-SSP基因分型技术检出HLAB新等位基因B~*5516一例

目的　识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法　使用PCR SSP以及以测序为基础的分型技术 ,分析HLA新等位基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异及血清学方法分析特异性。结果　在四川成都骨髓供者中检测出一例新的HLA B等位基因。该基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异 ,只是在外显子 2区域中 97C >A一个碱基取代 ,导致相应的密码子 33由酪氨酸变为组氨酸。血清学分析表明B 5 5 16与B2 2特异性相关。并由此建立起PCR SSP方法鉴定B 5 5 16基因。结论　四川成都骨髓库中检出的HLA B等位基因是HLA新等位基因 ,2 0 0 3年 8月已被世界卫生组织 (WHO)命名为HLA B 5 5 16。在大约 14 0 0例随机骨髓供者中 ,未发现其他带有B 5 5 16基因的个体。     

HLA-A*110104新等位基因的克隆与序列分析

目的识别并确认中国人群HLA新等位基因。方法采用基因克隆、测序及生物信息学技术,分析HLA新等位基因与HLA已知基因序列的差异。建立HLA新等位基因序列特异引物聚合酶链反应(PCR-SSP)分型方法,并对1200名HLA-A*11阳性的造血干细胞移植无关供者(包含100名HLA-A*11纯合子个体)进行HLA新等位基因筛选和频率分析。结果HLA新基因与A*110101的差异只是在外显子3区域中279位碱基发生C→T突变,导致93位密码子由CAC变为CAT,但氨基酸未发生变化,并最终被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*110104。该新基因出现在2个无关家系中,分别具有2～3代遗传史。在1200名无关供者中未发现其他带有新基因的个体。其基因频率为0．000 83。结论HLA-A*110104新基因具有稳定的遗传性和一定的普遍性,对无关供者的选择和人类学、遗传学等的研究具有一定意义。     

HLA-B无效等位基因B*5408N的核苷酸序列分析

本研究探讨HLA新的等位基因HLA-B＊5408N的分子基础。采用商用抽提试剂盒抽提样本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增先证者HLA-B基因的第2-4外显子,对PCR扩增产物直接进行第2、3、4外显子双向测序分析。结果表明：先证者样本测序得到两个等位基因,其中一个等位基因为HLA-B＊1527,另一个经blast验证其为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank（DQ295998,DQ295999,DQ296000）。与最接近的HLA-B＊5401等位基因序列相比,新的等位基因仅在第3外显子上有1个核苷酸不同,即第553位G→T,这导致第161位氨基酸Glu（GAG）→终止密码（TAG）,蛋白质的翻译提前终止。血清学方法未能检出HLA-B54抗原。结论：该等位基因为HLA-B无效表达等位基因,已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊5408N。