立克次体基因分型研究进展

立克次体(Rickettsia)是一类复杂的细胞内寄生菌,大多为人兽共患病病原体,其引起的立克次体病在世界范围内呈散发性和季节性流行。此外,立克次体作为潜在的生物恐怖病原体,也日益受到重视。为防控立克次体疾病,并对立克次体流行株进行溯源,国内外学者对菌株进行了分型鉴定。立克次体     

乙型肝炎基因分型的研究进展

正乙型肝炎(简称乙肝)病毒(HBV)感染是严重的公共卫生问题,全球约20亿人感染过HBV,其中3.5亿人成为了慢性HBV感染者[1],约15%~40%的HBV感染者最终发展成为了肝硬化或肝癌[2],全球每年约100万人死于乙肝所致的肝衰竭、肝硬化和原发性肝癌。HBV的感染呈地方性流行,超过75%的HBV感染者分布于西太平洋地区和东南亚国家,乙肝表面抗原(HBsAg)携带率在西欧、北美仅0.1%~0.9%,而在亚洲国家高达5%~10%。中国累计有7亿人曾感染过HBV,     

HBV DNA基因分型研究进展

乙型肝炎病毒（HBV）感染在世界各地均有不同程度的流行,地区差异非常明显。近年来,随着分子生物学技术的迅猛发展和对HBV认识的不断深入,国内外许多学者对HBV基因分型及其与临床的相关性开展了大量的研究,发现HBV基因分型比血清亚型更能准确地反映原型病毒株之间的自然异质性,     

河南省结核分枝杆菌基因分型与耐药性分析

摘要:目的：研究河南省结核分枝杆菌基因型别与耐药性和地区分布关系。 方法：用间隔区寡核苷酸序列（Spoligotyping）基因分型技术对344株结核分枝杆菌进行分型。 结果：344株结核分枝杆菌分为4个基因群［Beijing和Beijing近似群(简称北京群)、T群、Manu2群、S和LAM3群］,共24个基因型,北京基因型有299株,占87.7%,但北京型与非北京型之间耐多药（MDR）株所占比例差异无统计学意义（χ²=1.46,P>0.05）;北京基因型在≤60岁感染者中分离率占83.6%;除个别地区外,不同地区间的分布无显著性差异。 结论：河南省结核分枝杆菌以北京基因型为主要流行型,与MDR和任意耐药无相关性,以≤60岁感染者居多,嵩县分离率略低。     

丙型肝炎病毒基因分型的研究进展

丙型肝炎病毒（HCV）属于黄病毒科（Flaviviridae）,其基因组为单股正链RNA,易变异,目前可分为6个基因型及不同亚型,根据2005年新达成的HCV基因型命名规则共识,以阿拉伯数字表示HCV基因型,以小写的英文字母表示基因的亚型（如1a、2b、3c等）.由于1型和4型对于聚乙二醇干扰素联合利巴韦林标准化治疗较2型和3型更为耐药,因此HCV基因型检测在临床上具有重要意义.2004年中国《丙型肝炎防治指南》指出,HCV RNA基因分型有助于判定治疗的难易程度及制定抗病毒治疗的个体化方案.     

乙型肝炎病毒基因分型的研究进展

自从1988年Okamoto等首次根据组间全基因序列差异≥8%对HBV进行基因分型以来,对HBV基因分型方法学上的改进、和其所存在的地域性、民族特异性、以及它的临床意义都展开了大量研究,这对从分子水平阐明不同基因型的流行势态,和对其病因学的研究,加强对HBV的防治有重要意义.基因型反映了HBV自然感染史发生的变异特点,是病毒变异进化的结果,对其分型标准的依据是全基因序列同源性≥92%或S基因序列同源性≥96%.大量HBV序列分析工作提示S基因序列稳定,不同基因型各开放读框中S基因异质性最大,而同一基因型中的各毒株S基因异质性最小,因而S基因适于基因型分型.目前HBV基因型分型方法学有4种,可将其分为A、B、C、D、E、F、G等7种.其分型方法包括1、全基因或S基因测序法,该方法是鉴定基因型的金标准,但工作量大.2、Lindh等创立的S基因的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）法,可鉴定89%的基因型,国内文献[1]报道对PCR-RFLP方法进行了改进,可鉴定95%以上的标本,但PCR-PFLP分型法所需时间较长、步骤较多,且遇到混合感染或酶切不完全,就会出现复杂带型,因此目前建立的PCR-PFLP分型方法都不能鉴定100%的标本.3、多引物PCR分型方法[2],它是在对114例HBV全序列进行充分比较分析的基础上,找出每种基因型相对于其他各种基因型的独特序列,并根据这些独特序列设计出6对分别针对性A-F型的诊断引物,利用其仅需一次PCR可得出分型结果,理论上能鉴定100%的标本.4、单克隆抗体酶联免疫吸附法,该方法虽然简便,但要建立一套单克隆抗体则较为困难,且难以从基因水平上对HBV进行分型.HBV的基因型分布在不同地理区域有不同的特点.     

乙型肝炎病毒基因分型的研究进展

乙型肝炎病毒（HBV）是嗜肝DNA病毒，HBV感染可引起严重肝脏疾病，HBV感染后细胞毒性T淋巴细胞介导的细胞免疫反应导致受感染的肝细胞破坏，由于宿主免疫应答不同，因而临床上表现为不同的疾病谱。我国是HBV感染的高发区，慢性乙型肝炎是我国肝硬化、肝功能衰竭和原发性肝癌的主要危险因素。近来，人们逐渐认识到慢性乙型肝炎与病毒本身核酸序列密切相关。随着HBV全基因序列克隆成功，不同HBV基因结构必然影响病毒蛋白的表达，不同HBV基因亚型有不同的流行特征及致病性。因此，对HBV进行基因分型有利于对HBV感染的流行病学、病因学和临床诊治进行更加深入的研究。     

乙型肝炎病毒基因分型的研究进展

自1988年Okamoto等[1]首次根据组间全基因序列差异≥8%对HBV进行基因分型以来,对从分子水平阐明不同HBV基因型的流行势态和病因研究不断深入。 1 HBV基因型分型方法 目前HBV基因型分型方法学有4种,可将其分为A、B、C、D、E、F、G等7种。其分型法包括：（1）全基因或S基因测序法,该方法是鉴定基因型的金标准,但工作量大。（2）Lindh等[2]创立的S基因的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）法,可鉴定89%的基因型,但需时间较长、步骤较多,且遇到混合感染或酶切不完全,就会出现复杂带型,不能鉴定100%的标本。（3）多引物PCR分型方法[3],找出每种基因型相对于其他各基因型的独特序列,并根据这些独特序列设计出6对分别针对A-F型的引物,利用其仅需一次PCR可得出分型结果,理论上能鉴定100%的标本。（4）单克隆抗体酶联免疫吸附法[4],该方法虽然简便,但要建立一套单克隆抗体则较为困难,且难以从基因水平上对HBV进行分型。     

儿童呼吸道分离流感嗜血杆菌的耐药性和基因分型

目的研究儿童呼吸道分离流感嗜血杆菌的耐药性和该菌ftsI基因分型与耐药表型的关系。方法收集2016年第一季度住院患儿鼻咽吸出物中分离到的流感嗜血杆菌141株;用纸片扩散法检测细菌对抗菌药物的耐药性;用Nitrocefin纸片法检测细菌的β内酰胺酶;用PCR技术对分离菌株进行ftsI基因检测;比较不同基因型菌株对抗菌药物的耐药情况。结果141株流感嗜血杆菌β内酰胺酶检出率为40.4%(57/141)、氨苄西林耐药率为53.2%(75/141)。检出ftsI基因突变率为72.3%(102/141),以Ⅲ型为主(72/102,70.6%)。β内酰胺酶基因阴性氨苄西林耐药型菌株(g BLNAR)对氨苄西林和头孢呋辛的耐药率高于β内酰胺酶基因阴性氨苄西林敏感型菌株(g BLNAS)(P0.05)。结论儿童呼吸道分离流感嗜血杆菌ftsI基因突变率高,以Ⅲ型为主。ftsI基因突变增加了流感嗜血杆菌对氨苄西林和头孢呋辛的耐药性。     

中国结核分枝杆菌寡核苷酸基因分型及其耐药性分析

目的 选用间隔区寡核苷酸分型方法对有中国代表性的菌株进行基因分型,研究不同基因型在中国的流行情况,并分析基因型与耐药表型的关系.方法 中国疾病预防控制中心于2007-2008年,按照流行病学抽样的原则从中国31个省收集涂片阳性的结核病患者的临床分离株4 017株,采用比例法进行药物敏感性实验,选用寡核苷酸分型方法对菌株进行基因分型.基因型检出率差异比较采用x2检验.结果 在4017株结核分枝杆菌临床分离株中,北京基因型菌株包括2 500株(62.2％).北方地区来源菌株北京基因型检出率达76.5％(1 913株),高于南方地区检出率(53.2％,1 330株),差异有统计学意义(x2=219.69,P＜0.05).南方地区T1型检出率达13.3％(332株),高于北方地区检出率(4.3％,108株),差异有统计学意义(x2=88.07,P＜0.05).北京基因型在耐利福平(21.7％)、耐氧氟沙星(4.9％)和MDR( 11.3％)的比例都高于非北京基因型的相应菌株比例18.4％、2.4％和7.4％,差异有统计学意义(x2值分别为22.10、14.42和14.83,P均＜0.05).结论 北京基因型目前仍然是中国主要流行基因型,并且比例呈现出地域差别,北方地区显著高于南方地区.北京基因型菌株与耐利福平、耐氧氟沙星和MDR有关.     

医院感染同源性基因分型研究进展

近年国内外对医院感染的感染源、传播途径、细菌定植等同源性分析成为医院感染预防和控制的研究热点之一［1-2］。本文仅就医院感染同源性的分子生物学检测分析方法及应用进展简要综述。     

耐万古霉素肠球菌基因分型及耐药性分析

目的明确万古霉素耐药肠球菌(vancomycin resistant enterococci,VRE)耐药基因型别及耐药性,指导临床用药。方法收集北京中日友好医院2016年10月至2017年10月临床分离的17株VRE,Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测其对临床常用14种抗菌药物的敏感性,E-test法确证其对万古霉素和替考拉宁的药物敏感性;PCR法检测17株VRE的耐药基因vanA、vanB、vanC1、vanC2/3,并经测序验证。结果 17株VRE均为耐万古霉素屎肠球菌,均对环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、青霉素100%耐药,对利奈唑胺、替加环素、奎奴普丁/达福普汀等敏感;其耐药基因型均为vanA型,其中有4株vanB表型-vanA基因型。结论所收集的VRE均对万古霉素高水平耐药,耐药型均为vanA型,应加强临床分离株的耐药监控,合理使用抗菌药物。     

丙型肝炎病毒基因分型方法研究进展

丙型肝炎病毒是一个高度异质性的RNA病毒,由于HCV基因型与病程、病情进展和治疗关系密切,本文介绍了HCV基因分型依据以及HCV基因分型系统概况,对HCV基因分型方法及其特点进行了比较,并对其意义作一综述。     

HBV基因分型的研究进展及临床意义

HBV基因型检测无论是对HBV的基础研究、临床治疗还是预防都有着重要的意义。HBV的分型方法很多,其中实时荧光聚合酶链反应方法能够简便、灵敏、快速、准确地鉴定HBV基因型。但各种方法对不同的工作领域仍是必要的。我国是HBV感染的高流行区,研究HBV的基因型,对了解那一型毒力强,致病性大,观察筛选疫苗及母婴阻断有很重要的临床价值。现将HBV基因分型的研究进展综述如下。     

随机扩增多态性DNA分型技术在肠球菌基因分型及耐药性的研究

目的 建立随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)分型技术,对肠球菌进行基因分型,探讨其在肠球菌基因分型及耐药性中的应用.方法 对医院临床标本中分离的64株肠球菌进行RAPD基因分型,并分析基因型与耐药性的关系,同时对实验数据进行分析处理.结果 RAPD分型技术能有效地对肠球菌进行基因分型,分型率为100%.64株肠球菌根据扩增片段的差异分为8种基因型,均有共同的697bp扩增片段.结论 RAPD分型技术可有效地对肠球菌进行基因分型,并且肠球菌的RAPD分型与其耐药性有一定关系.     

脲原体基因分型及其致病性研究进展

脲原体是女性下生殖道常见的一类寄生物或共生物,是引起泌尿生殖系感染性疾病的重要病原之一。脲原体的致病性与多带抗原密切相关,多带抗原是脲原体表面蛋白的主要组成成分,是一种重要的毒力因子,具有种和血清型特异性。现就脲原体基因分型及其致病性研究现状作一简要综述。     

儿童分离流感嗜血杆菌的耐药性及β-内酰胺酶基因分型

目的探讨流感嗜血杆菌在儿童患者中的耐药情况和β-内酰胺酶基因分型。方法收集2016年上海市儿童医院临床分离流感嗜血杆菌316株;纸片扩散法检测细菌对抗菌药物的耐药性,头孢硝噻吩纸片法检测细菌β-内酰胺酶表型,PCR方法对细菌β-内酰胺酶进行基因分型。结果 316株流感嗜血杆菌对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、氨苄西林、阿奇霉素、头孢呋辛和氨苄西林/舒巴坦耐药率分别为67.7%、52.2%、28.5%、26.9%和10.8%,对头孢噻肟、阿莫西林/克拉维酸敏感率均 90%。41.1%(130/316)菌株检测到β-内酰胺酶基因,与表型一致,基因分型均为TEM-1型,未检测到ROB-1型。结论三代头孢和加酶抑制剂抗菌药物(头孢噻肟和氨苄西林/舒巴坦、阿莫西林/克拉维酸)对儿童感染流感嗜血杆菌有较好的抗菌活性;流感嗜血杆菌β-内酰胺酶基因分型均为TEM-1型。     

儿童呼吸道流感嗜血杆菌分离株耐药性与ftsI基因分型研究

目的调查呼吸道感染患儿流感嗜血杆菌分离株的耐药性与ftsI基因的关系。方法 2011年6月—2012年9月,收集呼吸道感染患儿呼吸道标本中分离到的流感嗜血杆菌,用微量肉汤稀释法测定常用抗菌药物最低抑菌浓度(MIC);用Nitrocefin纸片法检测细菌的β内酰胺酶;用聚合酶链反应(PCR)技术对分离株进行ftsI基因分型;比较不同ftsI基因型菌株对常用抗菌药物的耐药性。结果473株流感嗜血杆菌中产β内酰胺酶菌株占51.8%(245/473),ftsI基因突变率为33.4%(158/473);β内酰胺酶基因阴性氨苄西林耐药型菌株(gBLNAR)以GroupⅠ/Ⅱ型为主(113/154),68.1%(77/113)的该型菌株对氨苄西林敏感,85.4%(35/41)的gBLNAR GroupⅢ菌株对氨苄西林不敏感;gBLNAR菌株对头孢克洛、头孢呋辛、头孢曲松和阿莫西林-克拉维酸等β内酰胺类抗生素MIC90和耐药率明显高于gBLNAS(敏感)菌株(P0.01),对左氧氟沙星、阿奇霉素和甲氧苄啶-磺胺甲口恶唑等非β内酰胺类抗菌药物的MIC90和耐药率与gBLNAS菌株相比差异无统计学意义(P0.05);gBLNAR GroupⅢ菌株对β内酰胺类抗生素的MIC90和耐药率高于gBLNAR GroupⅠ/Ⅱ菌株(P0.01),两者对非β内酰胺类抗菌药物的MIC90和耐药率差异无统计学意义(P0.05)。结论呼吸道感染患儿呼吸道流感嗜血杆菌分离株发生ftsI基因突变的情况较为常见,突变以GroupⅠ/Ⅱ型为主,明显影响氨基青霉素类和某些第二代头孢菌素的抗菌活性。