HLA-E基因多态性与白血病的相关研究

目的探讨HLA-E基因多态性与白血病的相关性,为白血病的发生发展机制提供新的分子标记。方法提取白血病患者组(n=59)及正常人群(对照)组(n=132)外周血DNA,利用长片段高保真PCR方法做HLA-E全长序列扩增并对HLA-E的第3外显子测序并分型;分别计算2组中各基因型的频率及各等位基因的频率。结果白血病患者组:共检出35例纯合子,检出率59.3%(35/59),其中29例(49.2%)为HLA-E*01:03纯合子、6例(10.2%)为HLA-E*01∶01纯合子;正常对照组:共检出62例纯合子,检出率47.0%(62/132)其中36例(27.3%)为HLA-E*01:03纯合子、26例(19.7%)为HLA-E*01∶01纯合子;白血病患者组和正常对照组HLA-E*01∶03等位基因频率分别为69.5%vs 53.7%(P0.01),2组HLA-E*01∶03纯合子比例分别为49.2%vs 27.3%(P0.01,OR=2.1)。结论 HLA-E*01∶03是白血病的易感基因。     

中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1及-DQA1基因多态性的研究

目的调查中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1等位基因多态性。方法 2017年6月-12月应用PCR-SBT测序分型法对1 000名健康无血缘关系的南方汉族人群外周血样(于2016年8月-2017年5月收集)进行HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因测序分型。HLA-DPA1和-DPB1基因采用自行设计的引物同步扩增检测第2、3外显子,HLA-DQA1检测第1～4外显子。电泳序列导入uTYPE 7.2 HLA分析软件判定基因型。采用直接计数法计算等位基因的分布频率。结果在1 000人份南方汉族无关个体HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1测序分型所获的序列中,无背景信号和杂峰。共检出6种HLA-DPA1等位基因,频率由高到低依次为DPA1~*02∶02 (0.541)>DPA1~*01∶03 (0.340)>DPA1~*02∶01 (0.095)>DPA1~*04∶01 (0.021)>DPA1~*02∶07 (0.003)>DPA1~*01∶04 (0.002);共检出HLA-DPB1等位基因33种,频率较高的前4种等位基因依次为DPB1~*05∶01(0.401)、DPB1~*02∶01(0.165)、DPB1~*04∶01(0.085)、DPB1~*02∶02(0.071);共检出19种HLA-DQA1等位基因,频率较高的前4种等位基因依次为DQA1~*01∶02(0.196)、DQA1~*03∶02(0.144)、DQA1~*01∶03(0.087)和DQA1~*06∶01(0.085)。结论本文获得了南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因多态性数据,可为人类学、群体遗传学、疾病关联研究等提供重要参考数据。     

中国北方汉族人群KIR2DL4等位基因水平多态性的研究

目的 了解中国北方汉族人群KIR2DL4等位基因水平的分子遗传多态性.方法 采用磁珠法从327人份北方汉族无关个体标本中提取基因组DNA,采用本实验室建立的KIR2DL4测序分型专利技术对KIR2DL4基因的全部编码区(CDS)序列分为4段做特异性PCR扩增后,采用Sanger测序法对扩增产物所涵盖的每个外显子做双向测...     

HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法的建立

目的建立可靠的HLA-DRB1等位基因全长序列的分子克隆和测序方法。方法设计、合成HLA-DRB1基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,对10份经PCR产物直接测序、基因型已知的标本,扩增HLA-DRB1基因5'-UTR区、6个外显子、5个内含子和3'-UTR区,全长约11 kb。PCR产物纯化后作长片段分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物测序。结果 PCR扩增获得了特异性目的片段,克隆测序后获得了全部10种等位基因的全长序列。将HLA-DRB1等位基因全长序列划分为9个亚区,群体遗传学分析发现第2外显子的平均核苷酸变异率(π)8.653%,高于其他外显子,并且非同义突变率(dn)9.029%大于同义突变率(ds)7.846%。第5内含子的平均核苷酸变异率高达13.690%,DRB1*09∶01∶02和DRB1*07∶01∶01∶02这2个等位基因第5内含子的序列与其他等位基因序列差别较大。结论采用HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法获得了HLA-DRB1基因各亚区多态性分布特点等基础资料。     

中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C*08∶22的基因频率调查和分析

本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08∶22的基因频率.对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08∶01∶01/08∶22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序.在C*08∶22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08∶01∶01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序.所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型.结果表明,32份无血缘关系个体检出C* 08∶01∶01/08∶22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08∶22,南方汉族无血缘关系个体中C*08∶22的基因频率为0.92％.回顾性分析以往40例携带C*08∶01∶01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08∶22.结论:C*08∶22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08∶01∶01/08∶22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除.     

江苏地区汉族人群编码Duffy血型基因DARC多态性研究

目的了解江苏地区汉族人群编码Duffy血型的Duffy抗原趋化因子受体(DARC)糖蛋白基因等位基因频率分布及多态性。方法采用试管法检测江苏地区146名献血者红细胞表面Fya和Fyb抗原;PCR-SSP检测DARC基因的等位基因,同时应用PCR方法对其中随机50名献血者的DARC基因启动子区域GATA-1序列、相关外显子及侧翼内含子做扩增与测序分析,进一步验证PCR-SSP结果的准确性。结果本组江苏地区汉族献血人群中,等位基因FY*01/FY*01的比例占87.67%(128/146),FY*01/FY*02为12.33%(18/146),FY*01和FY*02等位基因频率分别为0.94和0.06,未见FY*02/FY*02和FY*null/FY*null;该分布符合Hardy-Weinberg遗传定律。基因分型结果与血清学表现型完全一致;启动子区域GATA-1序列未见突变。结论江苏地区汉族人群的FY*01和FY*02等位基因频率与中国其他地区汉族人群基本一致;DARC基因的启动子区域GATA-1序列在江苏地区汉族人群中属于保守序列。     

HLA-A新等位基因A*01∶01∶51的DNA序列分析

目的 分析HLA-A*01∶01∶51新等位基因的序列.方法 应用SBT基因分型技术,通过位点特异性PCR扩增和组特异性PCR扩增,对扩增产物进行HLA-A基因的第2、3、4外显子双向测序,将测序结果与数据库进行比对,确认突变的位置.结果 组特异性引物扩增结果显示A位点有2个等位基因,其中1个为A*02∶07∶01,另1个为新等位基因.经BLAST分析,新等位基因与HLA-A* 01∶01∶01∶01序列仅在第4外显子上有1个碱基不同,即第762位C→T,254位氨基酸CTC→CTT,氨基酸没有改变,仍为亮氨酸.新等位基因序列已递交Genebank(JX629459).结论 该HLA-A新等位基因于2012年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为A*01∶01∶51.     

江苏地区汉族人群HLA-E基因多态性分析

目的通过调查江苏地区汉族人群人类白细胞抗原-E(HLA-E)等位基因多态性分布情况,为探讨HLA-E基因多态性与疾病关联奠定基础。方法采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)方法,调查217例江苏地区汉族献血人群HLA-E的表达。结果检测到HLA-E的2个等位基因,分别是HLA-E*01:01和HLA-E*01:03,分布频率为41.47%和58.53%;基因型HLA-E*01:01/01:01、01:01/01:03和01:03/01:03的频率分别为14.74%、53.46%和31.80%,分布符合Hardy-weinberg平衡定律。结论江苏地区汉族人群HLA-E高度保守,仅有2种基因型。     

广东汉族人群MICA基因多态性分析

目的获得广东汉族人群MICA基因第2~5外显子多态性分布特点。方法采用直接测序法(se-quence-based typing,SBT)对118名广东籍汉族无偿献血者的MICA基因进行多态性分析。结果 MICA各等位基因分布频率存在差异,其中MICA*010等位基因频率最高(25%),其次为MICA*019(16.5%)、MICA*008∶01(15.3%)和MICA*002∶01(15.3%),频率比较低的是MICA*033、MICA*009∶02、MICA*007∶02及MICA*004.与该基因在其他地区人群进行比较,存在显著差异。结论广东汉族人群MICA等位基因的分布有其自身特点。     

KIR 3DL3基因cDNA分子克隆测序法鉴定1个常见型新等位基因

目的建立KIR3DL3基因c DNA分子克隆测序方法,鉴定在南方汉族人群中新发现的1个KIR3DL3等位基因。方法对1例KIR3DL3基因测序分型结果异常的标本,采集EDTA抗凝新鲜外周血样,提取mRNA,反转录成c DNA后,采用1对KIR3DL3基因特异性PCR引物对全部编码区序列做PCR扩增,扩增产物经切胶回收纯化后,做分子克隆和单体型测序。结果经分子克隆和测序,检出1个正常的KIR3DL3*01002等位基因和1个新变异的KIR3DL3等位基因,该新等位基因的序列与KIR3DL3*048最相近,但存在编码区(CDS)nt 1074 AG同义突变,位于第8外显子的第337密码子由CAA变成CAG,其序列提交国际Gen Bank(序列号:KU529269)和IPD-KIR Database(IWS40002178),已被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会KIR分委会正式命名为KIR3DL3*04802,该新等位基因在306名南方汉族无关个体中共检出12次,检出频率为3.92%。结论成功建立KIR3DL3基因c DNA分子克隆测序方法,在等位基因水平的KIR研究中具有良好的应用前景。     

中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C~*08:22的基因频率调查和分析

本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08:22的基因频率。对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序。在C*08:22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序。所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型。结果表明,32份无血缘关系个体检出C*08:01:01/08:22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08:22,南方汉族无血缘关系个体中C*08:22的基因频率为0.92%。回顾性分析以往40例携带C*08:01:01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08:22。结论:C*08:22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08:01:01/08:22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除。     

1914名河北地区汉族人群HLA-DQB1基因多态性分析

目的探讨河北汉族人群人类白细胞抗原-DQB1(HLA-DQB1)基因型遗传特性。方法对1914名河北地区汉族人群献血者采用聚合酶链反应-基于测序的分型技术(PCR-SBT)进行HLA-DQB1位点高分辨基因分型,采用直接计数法计算等位基因频率,并与中国其他地区人群基因频率进行比较。结果 1914名河北汉族献血者中共检出21个HLADQB1等位基因,其中频率大于0.0500的常见等位基因共6个,分别为DQB1*03∶01、DQB1*03∶03、DQB1*06∶02、DQB1*02∶02、DQB1*06∶01和DQB1*05∶01。结论河北地区汉族人群DQB1具有丰富的多态性,基因分布有明显的地区特性,了解河北汉族人群HLA-DQB1的分布状况,有利于帮助临床寻找HLA匹配的造血干细胞无关供者,同时为我国人群群体遗传学研究等提供有价值的背景资料。     

深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因B基因多态性及其分布特征分析

目的 探讨深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因(MIC)B等位基因多态性及分布特征.方法 选择2012年8月至2014年12月,于广东省深圳市血液中心献血的202例无血缘关系的深圳地区汉族健康献血者为研究对象.根据自行设计的MICB基因聚合酶链反应(PCR)扩增引物及测序引物,采用PCR-直接测序(SBT)法对献血者MICB基因第2～4外显子进行序列测定,并采用统计学方法对本组深圳地区汉族人群等位基因频率及基因多态性结果与不同地区人群进行比较.本研究遵循的程序符合深圳市血液中心人体试验委员会制定的伦理学标准,得到该委员批准,征得受试对象知情同意,并于采血前与之签订相关伦理学文件.结果 本组202例深圳地区汉族人群中,共检出的MICB等位基因10种,基因型24种.本组人群的MICB基因多态性以MICB* 00502基因型等位基因频率最高,占51.2％,其次为MICB* 00201 (19.8％),MICB* 00401 (8.7％),MICB* 014(5.7％)及MICB* 008(5.2％).MICB基因型以MICB* 00502-MICB* 00502频率最高,占35.6％.MICB* 013为威尔士人群特有基因,在深圳地区汉族、韩国、西班牙人群中均未检出.MICB* 018等位基因在德国健康人群、奥地利、摩洛哥、澳大利亚及其他亚洲人群中均未检出,在深圳地区汉族人群却有较高的等位基因频率,等位基因频率达1.5％.结论 深圳地区汉族人群的MICB等位基因分布与其他不同地区人群相比,具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点.     

MN血型GYPA基因测序方法的建立及应用于汉族人群检测

目的建立适合检测中国汉族人群MN血型GYPA基因的测序技术,用于中国汉族人群MN血型基因的分子遗传背景及遗传多态性的研究。方法根据GenBank的NG-007470基因参照序列,自行设计GYPA基因第1—7外显子共7对引物,以随机选取的55份中国汉族人群标本的DNA为检材,探索最佳反应体系与PCR扩增条件,同时扩增GYPA的第1—7外显子,含括了GYPA基因的全长外显子序列。使用PrismTM ABI3730XL DNA测序仪进行碱基序列分析,以Oligo分析软件分析碱基序列。检测结果的可靠性通过血型血清学、PCR-SSP基因分型方法进行验证。结果应用该方法可以在同一扩增条件下同时扩增GYPA基因的全部外显子,同步检测到GYPA基因共7个外显子的碱基序列,55份标本的基因测序结果与血清学、PCR-SSP基因分型结果完全一致。结论本研究的GYPA基因测序方法准确、可靠,适用于中国汉族人群的GYPA基因测序。     

山东地区汉族人群MICA基因多态性分析

目的分析山东地区汉族人群MICA基因外显子2~6多态性,并与国内外其他地区人群进行比较。方法用聚合酶链反应-测序分型法(PCR-SBT)对100例山东地区汉族骨髓库捐献志愿者MICA基因外显子2~6进行多态性分析。结果共检出18个MICA等位基因,基因频率最高的前3位依次为MICA*008:01(35%),MICA*002:01(14%),MICA*010:01(12%)。与南方多地区汉族人群比较,MICA*004*,*019,*008,*010,*027分布差异均有统计学意义(P均0.05);与内蒙古地区汉族人群比较MICA*008,*012,*004差异有统计学意义(P均0.05);与韩国人群比较MICA*008,*010,*019差异有统计学意义(P均0.05);与美国高加索人种比较,只有MICA*045差异有统计学意义(P0.05);与非洲裔美国人比较差异有统计学意义的等位基因达10个。结论山东地区汉族人群MICA基因多态性有高加索人群特征,且与国内外其他地区人群存在较大差异。     

α-1,3-N-乙酰半乳糖胺基转移酶等位基因467C＞T和539G＞C变异导致A2亚型

为了研究中国汉族人群ABO血型系统中A2亚型的分子遗传背景，发现并鉴定新的ABO等位基因，采用血型血清学方法鉴定5例ABO血型疑难样本，PCR扩增ABO基因转录调控序列和全编码序列，PCR产物经割胶纯化后直接测序，并对含有变异位点的扩增片段进行单倍体序列分析。结果表明：5例疑难样本分别鉴定为A2或A2B亚型；进一步研究发现，1例A2B和1例A2样本分别含有A201和A205等位基因，另3例A2B样本中发现一个新的A2等位基因。该等位基因与A101相比，差异在外显子7的467C〉T和539G〉C变异，导致多肽链P156L和R180P的替换。结论：首次发现467C〉T和539G〉C组合的A2等位基因，中国汉族人群中A2亚型具有遗传多态性。     

鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A~* 02分子多态性及分布

目的了解中国南方鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A*02等位基因多态性及其分布特点。方法采用PCR-SSOP方法对来源于广西鼻咽癌高发区的342例非癌对照标本作HLA-A基因分型;等位基因频率统计采用直接计数法,并应用卡方检验将其与已报道的中国南方及北方汉族群体HLA-A*02等位基因频率作比较。结果所检测的广西鼻咽癌高发区非癌人群的HLA-A*02等位基因分布频率为33.77%(231/684),共检测出5种HLA-A*02等位基因亚型,检出比例依次为:A*02∶03占48.92%(113/231)、A*02∶07占33.77%(78/231)、A*02∶01占9.52%(22/231)、A*02∶06占7.36%(17/231)和A*02∶11占0.05%(1/231);对比分析显示A*02∶01、A*02∶03、A*02∶06及A*02∶07在不同地区汉族人群中呈现出明显的分布差异(P<0.05)。结论中国南方鼻咽癌高发区非癌人群HLA-A*02等位基因中以A*02∶03最为常见、A*02∶07次之,其HLA-A*02等位基因亚型与中国其地域的汉族人群相比存在明显的差异分布特征,提示该等位基因亚型是人群分析中较好的多态性标志。     

江苏7地市汉族人群HLA-DQB1等位基因多态性分析

目的分析来自中华骨髓库江苏分库7地市汉族人群HLA-DQB1基因多态性。方法采用聚合酶联反应-直接测序分型(PCR-SBT)技术,对2010年1月—2017年12月中华骨髓库江苏分库4973名志愿者的HLA-DQB1位点进行基因分型,分别计算7地市DQB1基因频率并比较分析。结果江苏汉族人群共检测出24种DQB1等位基因,其中徐州16种,淮安18种,盐城19种,扬州19种,镇江20种,南京18种,常州13种。常见的DQB1等位基因分布在徐州为:DQB1~*06∶01、03∶01、06∶09等;淮安:DQB1~*03∶03、03∶01、06∶01等;盐城:DQB1~*02∶02、02∶01、06∶09等;扬州:DQB1~*02∶02、03∶03、06∶01等;镇江:DQB1~*03∶03、02∶02、03∶01等;南京:DQB1~*03∶03、03∶01、06∶01等;常州:DQB1~*03∶03、03∶01、06∶01等。结论徐州、淮安、盐城、扬州的DQB1基因多态性更偏向我国北方,常州的DQB1基因多态性更偏向我国南方,而镇江、南京介于南方、北方之间。由此为研究江苏汉族人群基因遗传学及DQB1与疾病相关性提供了重要的基础资料。     

吉林汉族人群HLA-A高分辨基因的多态性分析

背景:HLA与免疫遗传学、免疫生物学密切相关,其分型对于器官移植和非感染性疾病的易感性有重要意义。目的:调查吉林汉族人群HLA-A位点基因多态性,分析不同人群HLA-A等位基因频率分布特征。方法:采用基因测序技术检测2196名吉林汉族人HLA-A位点第2、3、4外显子序列,软件分析得到分型结果,计算各等位基因频率并与不同人群进行比较。结果与结论:共检测到42种HLA-A等位基因,其中3种等位基因频率≥5%,分别是HLA-A*02:01(8.5%),HLA-A*11:01(8.2%)和HLA-A*24:02(7.3%),这3种等位基因频率合计为24.0%。同时,检测到39种等位基因频率<0.5%的HLA-A等位基因,这39种等位基因频率合计为76.0%。吉林汉族人群HLA-A等位基因频率分布与美国亚裔人群、中国香港华人、日本人相比存在一定差异。提示吉林汉族人群HLA-A基因的分布有地域特征。     

ABO血型系统B101-O02等位基因杂交导致的Bw亚型

目的 研究中国汉族个体红细胞ABO血型Bw亚型的分子遗传背景.方法 通过标准血型血清学方法 鉴定了1个家庭3例ABw亚型,PCR扩增样本基因组DNA的ABO基因增强子、启动子和外显子1～7及侧翼内含子序列,PCR产物经割胶纯化后直接测序,并将含有多态性位点的外显子7克隆到pcDNA3.1(-)质粒,转化DH5α后进行单倍体序列分析.结果 3例ABw亚型的直接序列分析发现其ABO基因均有A102、B101和002等3种等位基因部分序列特征,但无法直接确定其基因型.单倍体序列分析表明,其中1个等位基因为A102,另1个为B101-O02杂交等位基因,表现为B101等位基因基础上的646T>A,657T>C和681G>A变异.在110份随机样本中未发现该杂交等位基因.结论 B101和O02等位基因杂交可能是导致该Bw亚型的分子机制.