中国壮族群体人类白细胞抗原HLA-Cw基因遗传多态性的测序分型研究

本研究探讨壮族人群HLA—Cw基因的遗传多态性。采用自行建立的HLA—Cw基因测序分型方法,对150份壮族非血缘个体血样HLA-Cw基因的第2、3、4外显子进行序列测定;测序反应产物用ABIPrism^TM3730测序仪电泳检测,用Assign3．5分析软件分析结果。结果表明：经Assign3．5软件分析,能直接分析出明确的HLA—Cw基因型的样本占33．33％;排除罕见等位基因后,可判定HLA—Cw基因型的样本占63．33％;其余的5份样本（3．33％）经PCR—SSP高分辨分型试剂盒检测后,可判定基因型;共检出了16种HIA．Cw等位基因,频率大于10％的4种常见等位基因为Cw＊0304〉Cw＊0102〉Cw＊0801〉Cw＊0702,基因多样性（genediversity,GD）为0．9297。Cw＊01,03,07,08,12,14（Cw1组）与Cw＊02,04,05,06,15,16,17,18（Cw2组）的频率分别为0．8967和0．1032,与KIR的识别方式以Cw1组等位基因为主。在检出的51种基因型中,纯合子比例占9．33％（14／150）,基因型频率的分布符合Hardy．Weinberg定律。结论：本研究所得到的壮族群体HLA—Cw位点的等位基因频率及其分布特点,可为人类学、HIA-Cw基因与疾病关联等研究提供基础数据。     

广东地区汉族正常人群HLA-E基因多态性研究

为了检测广东地区汉族正常人群HLA—E基N的多态性，并分析HLA—E与典型HLA—Ⅰ类(Ia)位点之间的连锁关系，采用PCR—SSP方法检测广东地区150个无血缘相关的正常人的HLA—E基N型，同时用NIH标准微量淋巴细胞毒方法检测其中106人HLA—A，一B基N型，对HLA—E与HLA—A，-B位点之间作连锁分析。结果发现，在广东地区汉族正常人群中共检出3个HLA—E等位基N：HLA—E*0101，HLA—E*01031，HLA—E*01032，其基N频率分别为45．33％，32．33％，22．33％。未检出E*0102和E*0104。HLA—E与HLA—A，-B位点之间B15／*E01032及A2／E*01032存在连锁不平衡，除此之外其他任何两位点之间不存在连锁不平衡。结论：HLA—E高度保守的多态性提示其生物学特性可能有别于HLA—Ia分子。     

HLA-Cw基因测序分型的研究

目的 建立HLA-Cw位点测序分型技术,以用于无关供/受者HLA-Cw基因配型等基础应用研究.方法 对HLA-Cw位点的第2和第3外显子,设计、合成一对PCR引物和4条测序引物,探索最佳的PCR反应体系和扩增条件,采用PCR引物扩增HLA-Cw基因的第2、第3外显子和第2内含子,扩增产物经纯化后作为测序模板,进行4个测序反应,产物经酒精/EDTA/NaAc法纯化,用ABI PrismTM3100测序仪电泳检测,相关的分析软件分析HLA基因型.检测分型结果的可靠性采用基因型已知的U-CLA国际HLA室间质控的DNA样本进行验证.结果 检测6例UCLA国际HLA室间质控的DNA样本,HLA-Cw等位基因型与UCLA公布的结果完全一致.结论 本文的HLA-Cw基因测序分型方法准确、可靠,具有广泛的应用前景.     

南方汉族人群HLA-DPA1和-DPB1基因多态性与鼻咽癌的关联研究

目的 探讨人类白细胞抗原(HLA)-DPA1和-DPB1基因多态性与中国南方汉族人群鼻咽癌的相关性.方法 选择2012年2月至7月于广西梧州市红十字会医院及深圳市武警医院经病理学检查确诊为鼻咽癌(NPC)病变的南方汉族患者74例为研究对象,纳入研究组;计算机随机选择同期于本中心献血的南方汉族健康志愿捐者160例,纳入对照组(本研究遵循的程序符合本院人体试验委员会所制定的伦理学标准,得到该伦理会批准,分组征得受试对象本人的知情同意,并与之签订临床研究知情同意书).采用测序分型方法对研究组和对照组的血液样本进行HLA-DPA1和-DPB1基因第2外显子双向测序,用Assign 3.5 SBT分析软件判定等位基因型.采用Wolf法进行x2检验并计算P值和相对危险度(RR),比较研究组和对照组HLA-DPA1和-DPB1等位基因频率的差异.结果 研究组和对照组中,均检出4个DPA1等位基因,即DPAl* 01:03,02:01,02:02和04:01.作为多态性丰富的HLA-DPB1位点,研究组中共检出14个等位基因,对照组中共检出18个等位基因.研究组与对照组的HLA-DPA1和-DPB1等位基因的基因检出率比较,差异均无统计学意义(x2＜3.84,P＞0.05).结论 本文的结果初步显示中国南方汉族人群中HLA-DPA1和-DPB1基因多态性与NPC无相关性.     

HLA—Cw基因测序分型的研究

目的建立HLA-Cw位点测序分型技术,以用于无关供/受者HLA-Cw基因配型等基础应用研究。方法对HLA-Cw位点的第2和第3外显子,设计、合成一对PCR引物和4条测序引物,探索最佳的PCR反应体系和扩增条件,采用PCR引物扩增HLA-Cw基因的第2、第3外显子和第2内含子,扩增产物经纯化后作为测序模板,进行4个测序反应,产物经酒精/EDTA/NaAc法纯化,用ABIPrismTM3100测序仪电泳检测,相关的分析软件分析HLA基因型。检测分型结果的可靠性采用基因型已知的U-CLA国际HLA室间质控的DNA样本进行验证。结果检测6例UCLA国际HLA室间质控的DNA样本,HLA-Cw等位基因型与UCLA公布的结果完全一致。结论本文的HLA-Cw基因测序分型方法准确、可靠,具有广泛的应用前景。     

维吾尔族人群HLA-Cw等位基因遗传多态性研究

目的研究新疆维吾尔族人群HLA-Cw等位基因的遗传多态性。方法采用自行建立的HLA-Cw基因测序分型方法,并辅以Ariza商品化测序试剂盒,对100份维吾尔族无关个体血样进行HLA-Cw基因的第2和第3外显子进行序列测定;用ABI PrismTM3100检测测序反应产物,Assign3.5分析软件分析结果。结果(1)经As-sign3.5软件分析,能直接分析出明确的HLA-Cw等位基因型的样本占30%;排除罕见等位基因后,可判定HLA-Cw等位基因型的样本占33%;其余的样本经PCR-SSP高分辨分型试剂盒检测后,可判定出等位基因型;(2)在70份模棱两可的结果中,共有41种NMDP Allele Code,出现120次,其中频率在5%以上的有03BPSK等7种,其频率之和>50%(61/120);(3)检出了27种HLA-Cw等位基因,频率大于10%的2种常见等位基因为:Cw*0602>Cw*0102,介于5%—10%的依次为:Cw*0401>Cw*0303>Cw*0701>Cw*1502,维吾尔族中Cw*02,04,05,06组与Cw*01,03,07,08组的频率分别为0.295和0.485;(4)共检出62种HLA-Cw等位基因型,基因型频率的分布符合Hardy-Weinberg定律。结论本文的结果可为骨髓库和临床无关供/受者样本的HLA-Cw高分辨基因分型提供重要参考;所得到的HLA-Cw位点的等位基因频率可为人类学、遗传学等研究提供基础数据。     

中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1及-DQA1基因多态性的研究

目的调查中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1等位基因多态性。方法 2017年6月-12月应用PCR-SBT测序分型法对1 000名健康无血缘关系的南方汉族人群外周血样(于2016年8月-2017年5月收集)进行HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因测序分型。HLA-DPA1和-DPB1基因采用自行设计的引物同步扩增检测第2、3外显子,HLA-DQA1检测第1～4外显子。电泳序列导入uTYPE 7.2 HLA分析软件判定基因型。采用直接计数法计算等位基因的分布频率。结果在1 000人份南方汉族无关个体HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1测序分型所获的序列中,无背景信号和杂峰。共检出6种HLA-DPA1等位基因,频率由高到低依次为DPA1~*02∶02 (0.541)>DPA1~*01∶03 (0.340)>DPA1~*02∶01 (0.095)>DPA1~*04∶01 (0.021)>DPA1~*02∶07 (0.003)>DPA1~*01∶04 (0.002);共检出HLA-DPB1等位基因33种,频率较高的前4种等位基因依次为DPB1~*05∶01(0.401)、DPB1~*02∶01(0.165)、DPB1~*04∶01(0.085)、DPB1~*02∶02(0.071);共检出19种HLA-DQA1等位基因,频率较高的前4种等位基因依次为DQA1~*01∶02(0.196)、DQA1~*03∶02(0.144)、DQA1~*01∶03(0.087)和DQA1~*06∶01(0.085)。结论本文获得了南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因多态性数据,可为人类学、群体遗传学、疾病关联研究等提供重要参考数据。     

南方汉族强直性脊柱炎患者及健康人群HLA-B27基因的分子多态性及分布

目的研究南方汉族强直性脊柱炎(AS)患者及健康人群HLA-B27亚型等位基因的多态性和分布特点。方法采用HLA测序分型方法,对收集到的46份B*27阳性的南方汉族AS患者血样以及随机选择的80份经rS-SOHLA流式磁珠低分辨检测为B*27阳性的造血干细胞南方汉族捐献者血样,做HLA-B基因的第2—4外显子测序分型,测序反应产物用ABI PrismTM3730测序仪检测,Assign3.5分析软件分析结果。对检出的模棱两可结果及"罕见型"等位基因,辅以PCR-SSP法HLA-B27高分辨基因分型。结果46名南方汉族AS患者中,共检出4个HLA-B*27相关的等位基因:B*2704的检出比例最高,为82.98%(39/47);其次是B*2705,为12.77%(6/47);B*2707和B*2724各为2.13%(1/47)。80名南方汉族造血干细胞捐献者中,共检出7种B*27相关等位基因:以B*2704的检出比例最高,为57.32%(47/82);其次为是B*2705,为26.83%(22/82);B*2706和B*2707各为6.10%(5/82);B*2703、B*2715和B*2724各为1.22%(1/82)。结论南方汉族AS患者HLA-B*27基因中以B*2704最为常见,健康人群以B*2704和B*2705等位基因为主要亚型。     

江苏汉族人群KIR配体HLA-Cw位点基因多态性研究

目的使用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)法检测江苏地区汉族人群KIR配体HLA-Cw的基因多态性。方法合成10对特异性分型引物及1对内参照引物,对183例江苏地区汉族无关个体进行HLA-Cw低分辨率分型。用χ2检验对等位基因表现频率进行统计分析。结果共检出8种等位基因;HLA-Cw01～08的基因频率分别为0.17、0.01、0.19、0.07、0.00、0.11、0.15、0.11,其中HLA-Cw01、03、06、07型为常见型;有12例样本未扩增出HLA-Cw01～08等位基因型,占总人数的6.60%。经吻合度χ2检验验证,所有样本符合Hardy-Weinberg平衡(χ2=223.5,df=28,P>0.05)。第一组的HLA-Cw02、04、05、06基因频率之和(GF=0.186 9)小于第二组的HLA-Cw01、03、07、08型之和(GF=0.606 3),差异具有统计学意义(P<0.01)。结论江苏地区汉族人群HLA-Cw基因分布具有明显的不均衡性和独特的地理和人种特征。HLA-Cw01～08等位基因的分布以HLA-Cw01、03、06、07为主。     

中国甘肃裕固族人群6个STR位点的遗传多态性研究

目的：了解甘肃裕固族人群D3S1358、D16S539、TH01、TPOX、CSF1PO、D7S820六个STR位点遗传多态性。方法：随机抽取103名甘肃裕固族无 血缘关系个体的静脉血，应用AmpF1 STR Cofiler试剂盒扩扩增6个STR位点，PCR产物经ABI Prism377序列分析仪电泳后，用基因扫描软件进行分析。结果：6个STR位点均符合Hardy-Weinberg平衡，D2S1358、D16S539、TH01、TPOX、CSF1PO、D7S820位点的杂合度分别为0．8299，0．9384，0．8851，0．7746，0．8517，0．9436，期望排除率分别为0．4456，0．6028，0．5078，0．4267，0．5340，0．6047。个体识别率分别为0．6916，0．7820，0．7081，0．6455，0．7452，0．7863。累积DP为0．9996，累积PE为0．9886，累积PIC为0．9994。结论：裕固族群体有其自身的STR等位基因分布特征。所获得数据可为法医学个体识别、亲子鉴定及遗传学研究提供依据。     

湖北土家族人群HLA-DRB1基因多态性研究

目的研究湖北土家族人群HLA-DRB1基因多态性,了解其分布特征,为开展群体遗传学相关研究奠定基础。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)流式细胞技术对342份无血缘关系健康的湖北恩施土家族人群样本进行HLA-DRB1等位基因分型检测,分析等位基因分布频率,并与其他地区人群进行比较。结果共检出13种等位基因,其中以DRB1*09(0.174 0)、DRB1*04(0.136 0)、DRB1*12(0.125 7)、DRB1*15(0.118 4)、DRB1*08(0.109 6)最为常见,未检出DRB1*03(18)。湖北土家族人群HLA-DRB1等位基因总体分布分别与湖南苗族人群比较P>0.05;分别与昆明汉族、云南纳西族比较P<0.05;分别与湖北汉族、内蒙古鄂温克族、宁夏回族、内蒙古蒙古族、西藏珞巴族、昆明彝族、新疆克尔克孜族比较,P<0.01。结论了解湖北恩施土家族人群的HLA-DRB1的遗传多态性,对于追溯土家族起源和民族间的血缘遗传关系具有重要意义。     

529例中国汉族健康人群HLA-DQB1基因型遗传特征研究

目的 探讨中国汉族健康人群HLA-DQB1基因型遗传特征.方法 应用聚合酶链反应-测序分型(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)法对529例中国汉族健康人群HLA-DQB1位点进行基因测序分型.结果 在529例中国汉族健康人群中,共检出18种等...     

中国汉族人群MN血型相关基因gypa分子多态性的研究

本研究探讨中国汉族人群MN血型相关基因gypa的多态性。随机选取中国汉族人群中无血缘关系的无偿献血者202人份,以血清学方法鉴定样本的MN血型表现型。根据GenBank的NG-007470基因参照序列设计gypa第2外显子引物,对202人份的DNA进行PCR扩增,同时对扩增产物进行直接测序。结果表明:所有样本的gypa第2外显子第1、56位碱基均发生了变异,其中MN表现型杂合子主要以1A>C、22T/C、34A/G、35T/G、56T>C的形式存在;MM表现型纯合子主要以1A>C、22C、34G、35T、56T>C的形式存在;NN表现型纯合子主要以1A>C、22T、34A、35G、56T>C的形式存在。结论:中国汉族人群MN血型相关基因的多态性主要由gypa第2外显子的第1、22、34、35、56共5个位点的多态性所决定,其中第1、56位为非功能性SNP位点。     

SSP法和测序法对广州汉族人群HPA-6多态性调查

目的:调查广州汉族人群HPA-6多态性.方法:采用SSP法和测序法对200例广州汉族无偿血小板献血员进行HPA-6基因分型.结果:HPA-6a和-6b的基因频率分别为0.977 5和0.022 5,符合Hardy-Weinberg平衡.与中国其他地区人群及亚洲其他地区人群比较差异无显著性,但和其他洲人群分布存在统计学差异:在随机输血中HPA-6抗原不配合的机会为0.043 0.结论:获得广州汉族人群HPA-6频率数据.对建立本地血小板供者库和开展血小板同型输注具有指导意义.     

辽宁汉族人群MICA、TNF基因微卫星多态性研究

目的探讨中国北方辽宁汉族人群HLA区域的MICA和TNF基因微卫星多态性分布。方法采用PCR-毛细管电泳方法检测197名正常无关个体的MICA基因第5外显子和TNF基因复合体TNFa微卫星的基因型。应用Arlequin和SPSS软件进行统计分析。结果辽宁汉族人群MICA基因第5外显子存在5种等位基因,其中以A5.1最为常见(34.01%);TNFa位点存在13种等位基因,其中以a6最为常见(33.76%)。辽宁地区和南方部分地区汉族人群MICA基因第5外显子和TNFa位点的等位基因频率分布均具有统计学差异(P<0.01)。MICA基因第5外显子和TNFa位点间存在一定的连锁不平衡,如单体型A5-a6和A5.1-a7(P<0.05)。结论 MICA基因第5外显子和TNFa位点微卫星多态性分布在中国汉族人群中均存在地区差异。     

云南地区人群HLA-A、B、DRB1等位基因遗传多态性的分析

目的了解中国造血干细胞捐献者资料库云南省分库HLA-A、B、DRB1基因多态性,分析云南地区人群HLA-A、B、DRB1等位基因频率特征。方法采用流式序列特异性寡核苷酸探针(PCR-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)结合直接测序法(PCR-sequence based typing,PCR-SBT)方法,对来自中国造血干细胞捐献者资料库云南分库的1 000名无血缘关系的捐献者进行基因分型,运用方根法计算HLA-A、B、DRB1基因频率,并与其他人群进行比较。结果在云南地区人群中共检出68种HLA基因特异型。其中HLA-A位点18个,HLA-B位点37个,HLA-DR位点13个。A*11(34.66%)、A*02(34.2%)和A*24(19.63%)3个等位基因为云南分库捐献者HLA-A座位的主要等位基因;B*46(12.83%)、B*40(60)(10.9%)和B*15(62)(9.78%)为HLA-B座位的主要等位基因;HLA-DRB1座位以DRB1*12(16.7%)、DRB1*15(16.46%)、DRB1*09(13.46%)和DRB1*04(12.77%)4个等位基因频率为高。最常见的A-B-DRB1单倍型是A*02-B*46-DRB1*09,频率是3.76%。结论云南地区人群的HLA基因多态性与南方汉族接近,但有其自身的一些特点。有必要在本地区开展造血干细胞捐献者的招募工作。     

应用流式微珠高分辨分型方法对深圳汉族人群HLA基因频率的研究

目的 统计深圳地区汉族人群HLA-A,HLA-B和HLA-DRB1基因频率,分析该人群HLA等位基因多态性及其特点.方法 应用one Lambda公司的SSO分型试剂和Luminex流式微珠分析仪对457名健康、无血缘关系的深圳汉族人群标本进行高分辨分型检测.结果 共检出等位基因:A位点30个,B位点60个,DRB1位点39个.频率从高到低依次为A*1101(0.274 6),A*2402(0.154 3),A*3303(0.100 6);B*4001(0.141 1),B*4601(0.124 7),B*5801(0.084 2);DRB1*0901(0.138 9),DRB1*1202(0.106 1),DRB1*1501(0.097 3);基因型频率最高的分别为HLA-A*1101,2402(0.096 2);HLA-B* 4001,4601(0.037 3);HLA-DRB1*0901,1202(0.035 0).结论 深圳汉族人群HLA基因具有较为丰富的多态性,与国外不同人群比较,其基因频率分布既与亚洲人群有相似之处,又具有中国人群自身特点.     

中国南方汉族人群HLA-A,B,DRB1基因测序分型模棱两可结果的分布及其解决方案

背景:聚合酶链式反应-直接测序分型技术被誉为HLA分型的金标准,在临床移植配型和骨髓库供者的大规模HLA分型中逐渐被广泛采用,但该方法的最大缺点是存在较高比例的模棱两可分型结果,故亟待寻找并建立适合中华骨髓库大规模供者HLA-测序模棱两可分型结果的解决方案。目的:调查中国南方汉族人群HLA-A,B,DRB1基因测序分型中模棱两可结果的分布状况,评估其可能的解决方案。设计、时间及地点:观察测量实验,2007-08/2008-08在深圳市血液中心输血医学研究所免疫遗传重点实验室完成。对象:选择深圳骨髓库的汉族骨髓供者416名,供者民族和籍贯按照自述原则确定。方法:采用聚合酶链反应-直接测序分型方法对416名汉族供者的HLA-A,B,DRB1基因进行测序分型,分析3个基因座模棱两可分型结果的分布情况,并分别采用高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法和杂合性模棱两可引物分离法进行解决;采用直接计数法统计基因频率,计算真实等位基因的相对概率。主要观察指标:416名供者HLA-A,B,DRB1基因直接测序分型结果的分布。HLA-A,B,DRB1基因测序模棱两可分型结果的分类及分布。序列特异性引物法及杂合性模棱两可引物分离法...     

汉族人群中新等位基因人类白细胞抗原-DPA1~*01:11的鉴定

背景:在群体遗传学研究中,发现一个样本人类白细胞抗原-DPA1位点结果异常,而国际上与人类白细胞抗原-DPA1等位基因相关的报道较少。目的:鉴定一个人类白细胞抗原-DPA1*01相关的新变异等位基因。方法:在群体遗传学研究中,采用PCR产物直接测序分型方法,对人类白细胞抗原-DPA1基因第2外显子进行双向测序。对出现异常分型结果的样本,进行分子克隆和单倍体测序。结果与结论:发现一个样本的人类白细胞抗原-DPA1位点结果异常,经分子克隆和单倍体测序,检出了一个正常的人类白细胞抗原-DPA1*01:03和一个DPA1*01相关的新变异等位基因,该新等位基因的序列与DPA1*01:03的序列最接近,其差异是在第二外显子区域的242位碱基发生A>G的替换,并导致了相应的第50位密码子由CAA>CGA,编码的氨基酸残基由谷氨酰胺变成精氨酸。该等位基因为人类白细胞抗原新的等位基因,已被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原-DPA1*01:11(提交序列号HWS10015443)。     

上海地区汉族人群人类血小板抗原基因的多态性研究

目的研究上海地区汉族人群人类血小板抗原HPA-1～16系统基因多态性分布,为快速寻找更合适的血小板输注提供实验依据。方法采用PCR-SSP方法对137名上海地区汉族健康成年人进行HPA-1～16系统基因分型。结果HPA-1～6和HPA-15的基因频率分别为HPA-1a 0．9854,HPA-1b 0．0146,HPA-2a 0.9453,HPA-2b 0．0547,HPA-3a 0．5511．HPA-3b 0．4489,HPA-4a 0．9964,HPA-4b 0．0036,HPA-5a 0．9891,HPA-5 b0．0109,HPA-6a 0．9781,HPA-6b 0．0219,HPA-15a 0．5292,HPA-15b 0．4708;其余HPA系统只检测到a等位基因,其基因频率均为1．0000。经χ^2检验,符合Hardy-Weinberg遗传定律。结论HPA基因多态性分布存在明显的种族和地域性差异。HPA-1～6和HPA-15系统基因频率分布具有多态性,其中HPA-3和HPA-15系统杂合度最高,抗原分布不配合比例相对高,在临床配合性血小板输注中必须加以重视。HPA-3基因多态性分布更具有上海地区特点。