大鼠ARDS基因表达谱中信号传导基因的表达

 目的 对大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)基因表达谱中的信号传导基因进行研究与分析。方法 从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经反转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析。随机选择3个差异表达基因 ,用荧光定量RT- PCR验证。结果 在ARDS大鼠肺组织中,信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个,涉及到的相关信号通路11个。结论 大鼠ARDS基因表达谱中涉及到许多信号传导基因和通路的差异表达。     

肠淋巴管结扎对失血性休克大鼠肺组织基因表达谱的影响

目的：应用DNA芯片技术,检测和分析肠淋巴管结扎对失血性休克大鼠肺组织基因表达谱的影响,筛选肠淋巴途径与休克肺损伤的相关基因。方法：20只Wistar雄性大鼠随机分为休克组与休克肠淋巴管结扎组,无菌手术,均复制重症失血性休克模型;输液复苏后休克肠淋巴管结扎组行肠淋巴管结扎,休克组仅在肠淋巴管下穿线;于输液复苏后3 h无菌留取固定位置肺组织,制备匀浆,提取总RNA,反转录cDNA,制备Cy3和Cy5标记的cDNA探针,与包含12 028种基因的大鼠全基因组cDNA芯片杂交,分析差异表达基因。结果：在获得的6 979个有效数据中,2组的基因转录变化在2倍以上的基因共有218个,其中肠淋巴管结扎引起失血性休克大鼠肺组织7个基因上调,211个下调。这些差异表达基因编码蛋白的功能涉及运输、转录调控、信号转导、应激、代谢、细胞发育与分化、细胞黏附、细胞凋亡等方面。结论：肠淋巴管结扎干预休克肺损伤的机制与上调或下调上述相关基因的表达有关。     

基因芯片筛选抗胸腺细胞血清性肾炎大鼠肾组织基因表达差异的初步研究

目的： 利用基因芯片检查大鼠系膜增生性肾炎，即抗胸腺细胞血清性肾炎(ATSN)模型大鼠发病 40 min 和 5 d 时肾组织相关基因的表达情况，探讨ATSN大鼠不同时相肾组织基因表达的差异并作功能分析。 方法： 用抗胸腺细胞抗血清（ATS）复制大鼠ATSN模型，抽提发病 40 min 和 5 d 时肾组织RNA，分别用逆转录合成荧光分子掺入的cDNA作探针进行基因芯片杂交。用Agilent 扫描仪扫描，Imagene软件读取数据，最后用Genespring进行normalize处理和差异表达基因的筛选。差异基因筛选标准为实验组/对照组比值（ratio）>或=2为上调基因，实验组/对照组ratio<或=0.5为下调基因。然后选取上调和下调基因登录GenBank查找其相关功能。 结果： 在 9 234 个大鼠基因中（去除质控基因），ATSN大鼠 40 min 时肾组织上调基因为341个，其中部分为凋亡相关的调控基因，部分为增生相关基因及一些与信号转导有关的基因；下调基因为392个，其中一些是酶类基因，部分为生长因子和细胞因子受体基因等，其余大多上调和下调基因功能不详。ATSN发病 5 d 时，肾组织上调基因是213个，包括增生相关基因、信号转导相关基因等；下调基因119个，其中部分为酶类和细胞因子相关基因。5 d 时上调和下调基因大多功能不清楚。 结论： 大鼠ATSN发病早期（40 min），致病相关基因已被激活（如凋亡和增生相关基因），其中相关信号转导分子基因也表达上调，而在ATSN大鼠发病 5 d 时，基因表达谱有所改变，其中涉及的基因多为增生相关基因和信号转导相关基因。     

先兆子痫胎盘的基因表达谱研究

目的： 利用cDNA芯片分析先兆子痫胎盘中基因表达的变化情况,寻找新的先兆子痫相关基因。方法: 建立含12 000个与代谢、凋亡、细胞黏附、信号转导、转录因子等有关基因的cDNA表达谱芯片,将先兆子痫及正常胎盘mRNA与cDNA芯片进行杂交,得到先兆子痫的基因表达谱;对部分差异表达基因进行Northern验证。结果: 在4例先兆子痫胎盘组织中发现均有差异表达的基因44个,其中表达上调有30个,表达下调有14个,Northern杂交鉴定的结果与芯片结果相符合。结论: 重度妊娠高血压疾病的基因表达谱存在明显差异,差异的基因可能涉及信号转导、细胞代谢、炎性细胞因子等方面,这些基因可能与妊娠高血压病的发病相关。     

应用肿瘤基因芯片筛选早期肺鳞癌相关基因

目的： 研究人早期肺鳞癌发生相关基因表达谱, 探讨肺鳞癌发生的分子机制。方法:选取人早期肺鳞癌组织以及相应正常组织，提取RNA, 与含480个与肿瘤相关基因的芯片杂交, 结果经SuperArray Image 软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果:共筛查出差异表达基因192 条，其中表达上调基因127 条, 下调基因65条; 按照基因功能可分为运输载体、代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子基因。结论:基因芯片可用于早期肺鳞癌相关基因表达谱的筛查，可为明确早期肺鳞癌发生机制提供重要参考。     

间充质干细胞与肝样转化细胞的基因谱差异分析

目的用全基因表达谱芯片筛选大鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)与定向分化为肝细胞样细胞(HLCs)的表达基因差异并对其进行分析研究。方法将大鼠MSCs诱导定向分化的肝样细胞做3次生物学重复,分别取MSCs和诱导分化的肝样细胞提取总RNA进行扩增,Cy3标记。与大鼠全基因表达谱芯片杂交,荧光扫描,筛选出差异表达基因,并进行GO分析和pathway分析。用实时定量PCR对结果进行验证。结果芯片筛选结果显示,分化后的MSCs与HLCs间的差异表达的基因多达839个,其中上调表达448个,下调表达391个。在差异基因当中有生物学过程注释的基因有363个,具有细胞组分注释的差异基因有377个,具有分子功能注释的差异基因364个。Pathwav分析结果中显示在差异基因参与的273个Pathway中有显著性变化的Pathway有45个,其中参与到显著性Pathway共有275个差异表达基因,其中上调基因122个,下调基因153个。通过差异基因构建基因调控网络,按照基因在网络的度(Degree)筛选出网络当中的5个关键基因:Pkm2、Nt5e、Fos、Adcy3、Itga7。结论 MSCs体外诱导定向分化为HLCs过程中,其调节的基因与肝细胞中细胞增殖、分化、凋亡、代谢和调控等密切相关。     

间充质干细胞移植修复炎性肠组织过程中的主导基因筛选

背景：前期研究已证明间充质干细胞可定植于炎症性肠黏膜修复炎症性肠组织。 目的：应用表达谱芯片技术研究间充质干细胞移植修复前后大鼠炎症性大肠组织的差异基因表达情况,初步揭示与间充质干细胞定植、分化、修复炎症性肠组织过程相关的主导基因。 方法：健康SD大鼠随机分为2组：移植实验组用三硝基苯磺酸灌肠制作炎症性肠病模型,造模后24 h经尾静脉注入绿色荧光蛋白标记的间充质干细胞;对照组以生理盐水代替三硝基苯磺酸同法灌肠处理。于移植后28 d取移植实验组和对照组大肠组织,利用基因芯片技术筛选移植实验组和对照组的差异表达基因。 结果与结论：对照组和移植实验组大肠组织全基因组表达谱芯片结果有差异性表达的基因共388个(P < 0.05,FC>2),其中表达上调基因191个、表达下调基因197个,主要与炎症反应、免疫反应和细胞分化3个方面有关。前10位显著上调和下调的差异基因(共20条)中,与炎症反应相关的有3个,与免疫反应相关的有3个,与干细胞分化相关的有2个。388个差异基因主要涉及33条信号通路(P < 0.05),其中与炎症反应相关的有6条,与免疫反应相关的有8条,与干细胞分化相关的有5条。结果可见利用全基因组表达谱基因芯片的方法初步筛选了间充质干细胞修复炎症性肠组织的主要相关基因。中国组织工程研究杂志出版内容重点：干细胞;骨髓干细胞;造血干细胞;脂肪干细胞;肿瘤干细胞;胚胎干细胞;脐带脐血干细胞;干细胞诱导;干细胞分化;组织工程全文链接：     

自发性高血压大鼠延髓microRNA差异表达分析

目的　探讨自发性高血压大鼠延髓microRNA（miRNA）差异表达谱及其靶基因生物信息学分析。 方法　采用自发性高血压大鼠模型（SHR组）,同周龄SD大鼠为对照组（Control组）。利用miRNA芯片检测大鼠延髓中miRNAs差异表达谱。 结果　与对照组比较,SHR组尾动脉收缩压显著升高（P＜0.0001）;SHR组延髓组织miRNAs有显著差异表达谱,16个miRNAs表达上调和7个miRNAs表达下调（1.5-fold change cutoff, P<0.05）。qRT-PCR验证结果显示,与对照组比较,SHR组延髓miR-153、miR-193及miR-301a表达显著下降,与芯片结果一致。生物信息学分析显示,差异表达miRNAs可能调控2775个靶基因（target score≥83）。这些靶基因主要富集在12个信号通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶（Phosphatidylinositide3-kinase,PI3K）通路等。 结论　自发性高血压大鼠延髓组织中miR-153、miR-193及miR-301a明显下调,且生物信息学分析提示PI3K通路介导神经炎症可能作为高血压中枢相关差异表达miRNAs调控靶基因介导的主要致病通路。     

大鼠心肌缺血/再灌注损伤基因表达谱特征的初步观察

目的:观察心肌缺血/再灌注损伤前后基因差异表达,探讨缺血/再灌注后心肌细胞损伤的分子生物学机制。方法:提取大鼠缺血/再灌注前后心肌组织mRNA并纯化,用Affymetrix RAT 230A基因表达谱芯片,对表达差异基因进行检测。结果:按差异显著阳性标准,从14000个基因中筛选出缺血/再灌注后差异表达基因179条,其中123条表达上调,56条表达下调,包括原癌基因、细胞周期、信号转导、细胞外基质、细胞骨架蛋白、转录因子、DNA损伤修复基因、凋亡相关蛋白及核糖体蛋白等相关编码基因。结论:用cDNA表达谱芯片分析心肌缺血/再灌注后基因表达,能快速筛选出再灌注损伤相关基因,为临床上更有效地预防缺血/再灌注损伤提供根据。     

慢性神经病理性疼痛对大鼠脊髓背角miRNA表达的影响

目的 筛选慢性神经病理性疼痛大鼠脊髓背角差异表达的miRNA,并预测其调控的靶基因.方法 建立大鼠坐骨神经慢性压迫损伤CCI模型,在术后疼痛高峰期取腰膨大脊髓背角,用miRNA芯片筛选CCI大鼠差异表达的miRNAs,再用荧光实时定量RT-PCR验证差异表达的miRNAs,并利用MIRANDA、TARGETSCAN、PICTAR 3个数据库找出这些miRNA可能调控的靶基因.结果 CCI大鼠表达上调的有miR-99b,表达下调的有miR-674-3p、miR-879与miR-325-5p.RT-qPCR验证结果与芯片基本相符.预测这些miRNA可能的靶基因约26个,这些基因功能广泛.结论 慢性神经病理性疼痛可导致miRNA的表达发生变化,这些miRNA及其调控的靶基因为进一步研究奠定了基础.     

Level of functioning of siblings and parents of probands of varying degrees of retardation

A further analysis of already published data supports the position that retardates of low ability level less frequently have retarded siblings, retarded parents, and parents low in occupational level than do retardates higher in ability level. The analysis supports the position that there are two types of retarded individuals, persons retarded as a result of gene or chromosomal anomalies, brain injury, etc., who more frequently occur in the lower-level retardate group, and persons whose retardation represents polygenic segregation, who more frequently occur in the higher-level group.     

Modes of Inheritance of Errors of Refraction

Eighteen families in which both parents had refractions within the range of +4·0 D to −4·0 D and axial lengths seen in emmetropia (22·3-26·0 mm) showed coefficients of correlation of the order 0·5 indicative of polygenic inheritance. Such coefficients were seen for axial length (0·407) and for the cornea (0·487), but not for the lens (which is known to be yoked to the axial length). No such coefficients were seen in 19 families in which one of the parents had axial length outside the emmetropic range (nine families with long axes and 10 with short axes).

The pattern of polygenic inheritance for emmetropia (completely correlated optical components) and errors of refraction up to 4·0 D (inadequately correlated components: correlation ametropia) follows that seen in stature and other measurable characters. In contrast the high refractive errors with their abnormal axial lengths (component ametropia) are—like the extremes in stature—pathological anomalies with monofactorial inheritance.