2008年深圳市甲3亚型流感病毒基因特异性分析

目的了解2008年深圳市H3N2亚型流感流行及病毒变异情况。方法用狗肾传代细胞(MDCK)和鸡胚进行流感病毒分离,收获病毒后提取病毒RNA,进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),扩增产物经琼脂糖凝胶电泳鉴定后送大连宝生物公司纯化及测序,测序结果用SIMMONIC软件和MEGA3.1软件进行序列分析。结果深圳2008年流行的H3N2亚型流感病毒血凝素与深圳2007年流行的差异不大,而与同期疫苗毒株A/Wisconsin/67/2005比较有一定的差异,B抗原决定簇上有1个位点发生替换,158位R替换了K;1个糖基化位点增加,在122位氨基酸由D变成了N;与世界卫生组织推荐的2009年流感疫苗毒株比较差异不大。结论深圳市2008年流行的H3N2亚型流感病毒并未形成新的变种,其漂移趋势与世界H3N2亚型流感漂移趋势一致。     

2010年青海省流感病毒病原学监测及H3亚型HA1基因序列分析

目的监测青海省2010年季节性流感病毒型与亚型分布,并了解2010年部分A/H3N2分离株血凝素(HA)基因变异情况。方法采集全省各监测哨点医院鼻咽双拭子标本,接种MDCK细胞,采用标准抗血清鉴定阳性分离株型与亚型,并对2010年部分H3亚型流感病毒进行HA基因测序,分析HA基因变异情况。结果2010年全省哨点医院送检标本中共分离63株流感病毒,其中42株为A/H3N2,B型15株,AH1N1流感病毒6株,型与亚型有明显分布强弱特征。选取10株H3N2亚型分离株进行HA序列分析,发现与同期南京分离株接近,与WHO2010年度疫苗推荐株相距甚远,不在同一分支。结论 2010年青海省流行的H3N2亚型流感病毒的抗原性和基因特性发生了改变。     

2009年成都市流感活动情况及H3N2亚型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2009年成都市流感流行情况,探讨甲3流感病毒(H3N2)亚型分离毒株的流行及HA1基因变异和进化.方法 MDCK细胞对咽拭子样品进行病毒分离鉴定,提取病毒核酸,用RT-PCR法扩增HA1基因,对H3N2分离株核酸及氨基酸序列进行亲缘关系分析.结果 甲型流感H1N1、H3N2、甲1、B型流感病毒分离率分别为2...     

深圳市2007年H3N2亚型流感病毒基因特性分析

目的了解深圳市2007年H3N2亚型流感病毒流行情况及血凝素基因特性。方法用狗肾传代细胞（MDCK）和鸡胚进行流感病毒分离。收获病毒后提取病毒RNA，进行逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR），扩增产物经琼脂糖凝胶电泳鉴定后送大连宝生物公司纯化及测序。测序结果用Simmonic软件和Mega3．1软件进行序列分析。结果H3N2亚型流感毒株为深圳市2007年流感流行的优势株，与2006年的深圳株比较未发生明显变异，但与2007年的疫苗株相比，有多个位点的氨基酸发生了替换，造成了其间的抗原性发生了一定的变化。结论深圳市2007年H3N2亚型流行株，并未形成一个新的变种。推测是由于与疫苗株之间的抗原性的变异导致了2007年深圳市H3N2亚型流感的流行。     

1999-2007年佛山市流感病毒活动情况及甲3亚型病毒HA1基因分析

目的 总结1999-2007年佛山市流感病毒流行情况,分析甲3亚型(H3N2)毒株流行与其HA1基因进化的关系.方法 用MDCK细胞分离流感病毒,培养后血凝阳性者进行型别鉴定.随机抽取每年2～3株甲3亚型毒株的细胞培养物提取RNA后进行HA1基因的逆转录.对其核苷酸和氨基酸序列及亲缘关系进行分析.结果 甲型和乙型流感病毒在佛山市人群中同时流行.甲型流感毒株是人群感染流感的主要型别.HA1区氨基酸序列与历年的流感疫苗推荐株相比,点突变率为0.3%～6.08%.发生替换的重要位点包括了抗原决定簇的17个位点、抗体结合部位的10个位点和1个糖基化位点.结论 佛山市的甲1和甲3亚型流感毒株活动呈此起彼伏的优势株转换现象.甲3亚型新旧毒株交替迅速,大致按照毒株分离的年代聚类成进化树的不同小侧枝,表明新的流行株出现后可能迅速突破地域局限.提示地区实验室及时监测和研究流感毒株的发生和发展是流感监测网络建设的基础.     

2017—2020年深圳市盐田区H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的 分析2017—2020年深圳市盐田区H3N2亚型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异情况。方法 对盐田区2017—2020年分离的34株流感分离株HA基因进行扩增及序列测定,从GISAID流感数据库下载推荐疫苗株序列信息并利用MEGA X和NetNGlyc 1.0 Server在线分析软件对HA基因进行分析。结果 2017—2020年盐田区H3N2分离株位于3c.2a分支,2017年上半年分离株位于3C.2a2分支,7月份之后位于3C.2a1分支;2018—2020年位于3C.2a1b分支。2019—2020年流感分离株与当年疫苗株的核苷酸一致性与氨基酸同源性均低于其他年份。与同年疫苗株相比,2017—2018年分离株A区存在T135N(2/13)和R142K/G(13/13)变异;2018—2019年分离株A区存在T135K(10/10)和S137F(10/10)变异、B区存在F193S(8/10)和S198P(1/10)变异;2019—2020年分离株A区存在T135K(11/11)和S137F(11/11)变异、B区存在N158S(4/11)、N17...     

2002年广东省H3N2亚型流感病毒流行的分子基础

目的 了解广东省2002年H3N2亚型流感病毒流行及抗原性变异情况。方法 用狗肾传代细胞(MDCK)和鸡胚进行流感病毒分离，用交叉血凝抑制实验对毒株进行抗原性分析；提取病毒RNA，用一步法RT-PCR扩增血凝素基因(H3A)，产物纯化后，并将其克隆到pMD18—T Vector，进行序列测定和分析。结果 2002年1-10月共获得流感病毒246株，其中H3N2亚型210株，占85．4％，H1N1亚型2株，占0．8％，B型34株，占13．8％；2002年流感流行的高峰是6月；抗原性分析显示，2002年广东省H3N2亚型流感病毒A／粤/236/2002和2001年流行株A／粤／448／2001以及目前国内代表株A／闽／151／2001的抗原比分别是5．6和4．0；其HAl区氨基酸序列和国际代表株A／悉尼／5／97同源性为94．2％，有19个氨基酸差异，其中发生在抗原决定族A、B、E上的有6个，受体结合部有3个。结论 2002年广东省流感病毒以H3N2亚型为主，其流行的分子基础是基因变异导致抗原性发生漂移。     

2014-2015年河北省唐山市流感病毒病原学特性分析

目的分析2014-2015年流感季唐山市流感病毒病原学特征,为流感防治提供依据。方法采集哨点医院流感样病例的咽拭子标本,采用实时荧光PCR方法检测流感病毒核酸;对10株流感病毒进行血凝素基因测序,分析核苷酸序列特征及氨基酸变异情况。结果 2014-2015年流感季,1 498份流感样病例标本中检出流感病毒核酸阳性259份,阳性率为17.3%,其中甲型H3N2亚型占71.0%(184/259),乙型Yamagata系占29.0%(75/259)。系统发育分析显示甲型H3N2亚型流感病毒HA基因属于3C.3a分支,与疫苗株A/Texas/50/2012相比,在抗原位点A(A138S,R142G,N145S)和B(N128A,F159S,P198S)和受体结合位点(G229D)均发生了氨基酸位点突变。2株Yamagata系病毒均属于3分支,拥有的N116K、S150I、N165Y、N202S突变依次位于120-环、150-环、160-环和190-螺旋结构。结论唐山市2014-2015年冬季主要流行3C.3a分支的A/H3N2亚型流感病毒,其次为B/Yamagata系(3分支)流感病毒,且均发生了不同程度的抗原位点变异。     

海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因特性

目的 了解海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒血凝素基因遗传进化规律与氨基酸变异情况。方法 选取2019—2020监测年度海南省5家流感监测网络实验室分离的16株H3N2亚型流感毒株进行一代全基因组测序,利用MEGA 10.1.8构建血凝素基因系统进化树,并分析氨基酸位点替换情况,应用DNA Star 7.0.1软件进行血凝素基因同源性分析。结果 系统进化树显示,相比于疫苗株A/Kansas/14/2017 (2019—2020）,16株H3N2亚型流感病毒分离株血凝素基因在进化树上与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016（2018—2019）亲缘关系更近,属于3C.2a1分支,核苷酸与氨基酸同源性范围分别为98.5%~98.9%、97.9%~98.4%。16株分离株在抗原性位点发生8处氨基酸位点替换,涉及5个抗原决定簇;15株分离株在糖基化位点发生2处缺失。结论 2019—2020年监测年度海南省H3N2亚型流感病毒与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近,血凝素蛋白抗原性位点在5个决定簇均有变异,易造成较大流行,WHO 推荐的2019—2020年疫苗株保护效果可能不理想。应密切关注H3N2亚型流感病毒的流行与基因变异情况,为流感病毒疫苗株推荐及防控提供科学依据。     

甲型流感病毒H9N2亚型毒株血凝素基因特性的研究

目的　了解人甲型流感病毒H9N2亚型毒株的来源及从分子生物学角度来弄清不同宿主来源的H9N2亚型毒株间相互关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,从收获的尿囊液中提取病毒粒RNA ,通过逆转录合成cDNA。cDNA通过PCR进行扩增 ,接着PCR产物用纯化试剂盒进行纯化。而后 ,RNA序列测定是采用双脱氧链末端终止和克隆法。最后用MegAlign( 1.0 3版 )和Editseq( 3.69版 )软件进行种系发生学分析。结果　从中国所分离出的H9N2亚型毒株。它们的HA1与HA2间裂解部位的氨基酸序列均为R S S R ,除一株鸽病毒其HA蛋白分子上仅含 7个潜在的糖基化位点外 ,而其余的均含 8个。 6株H9N2毒株HA蛋白分子上氨基酸序列有 2 - 16个不同 ,这些不同分布在 2 4个不同的位点上。近来在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2亚型毒株。结论　人甲型流感病毒H9N2亚型毒株可能性最大来自鸡的H9N2毒株 ,而不是来源于鸽的H9N2毒株。但 ,H9N2毒株是否具有人传人能力 ,至今仍不清楚。在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2毒株。     

海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因特性

目的 分析海南省2019—2020年H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化特征与关键氨基酸位点变异情况。 方法 从海南省流感监测网络实验室分离的流感毒株中按照不同时间选取16株H3N2亚型分离株进行一代全基因序列测定,应用DNA Star 7.0.1软件进行神经氨酸酶基因同源性分析,应用MEGA 10.8.1软件构建神经氨酸酶基因系统进化树,并分析耐药性位点与抗原决定位点氨基酸替换情况。 结果 神经氨酸酶基因同源性分析与系统进化分析显示,16株分离株与疫苗株A/Singapore/INFIMH-16-0019/2016（2018—2019）核苷酸与氨基酸相似性分别为98.5%~99.1%、98.3%~98.7%,进化上属于3c.2a1分支。14株分离株发生神经氨酸酶抗原性位点N329S变异,11株分离株发生E344K变异,未发生耐药性位点氨基酸替换。 结论 2019—2020年海南省流行的H3N2亚型流感病毒属于3c.2a1分支,与2018—2019年疫苗株亲缘关系较近;大部分分离株在神经氨酸酶抗原决定位点发生了一定的改变,但变异程度不大,未发生耐药位点变异。今后应持续加强流感病毒病原学监测,密切关注H3N2亚型流感病毒耐药性基因变异,及时跟踪关键氨基酸位点替换情况,为科学防控提供理论依据。     

福州市甲型H1N1流感病毒血凝素基因遗传特性研究

目的探究福州市甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的遗传变异特点及种系进化分布,为研究甲型H1N1流感病毒进化、致病性和流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞培养法和real-time PCR法进行流感病毒分离、鉴定。采用逆转录-聚合酶链反应扩增流感病毒血凝素基因,扩增产物经纯化后,进行血凝素基因HA区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后用DNASTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果福州市甲型H1N1流感病毒与参考株A/California/04/2009相比具有高度同源性,HA蛋白有4个位点氨基酸发生了替换,与猪流感代表株A/swine/Iowa/15/1930(H1N1)存在6个HA抗原决定簇位点变异。福州市甲型H1N1流感病毒株都有8个糖基化位点,其中6个位于HA1区,分离株HA蛋白不具有多碱基裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与美国流感病毒A/California/04/2009(H1N1)株共聚类为一个独立的小分支,进化关系最近,甲型H1N1流感病毒的HA源于古典型猪H1N1流感病毒,与A/swine/Iowa/1/1976(H1...     

鸡流感病毒H9N2亚型毒株RNA4节段基因序列测定及分析

目的 弄清新分离到的鸡H9N2亚型流感病毒毒株RNA4节段核苷酸全序列及它与禽代表株威斯康星火鸡流感病毒(tywis66ha)之间的内在关系。方法 病毒RNA经逆转录合成cDNA,经聚合酶链反应(PCR)扩增,产物纯化,采用双脱氧链末端终止法进行核苷酸序列测定。结果 香港鸡流感病毒(ckHK997)禽代表株威斯康星火鸡流感病毒(tywis66ha)的H9N2亚型RNA4节段长度分别是1951和1683个核苷酸,编码血凝素(HA)蛋白。与禽H9N2代表株的同源性在89.0％。结论 新分离到的鸡H9N2亚型毒株与代表株的同源性差异较大。     

南宁市2007～2009年H3N2亚型流感病毒NA基因变异分析

目的 对2007～2009年度南宁市流行性感冒病毒NA序列分析,阐明NA基因变异和进化特征.方法 提取2007 ～ 2009年30株(每年10株)H3N2亚型病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒NA基因后进行序列测定,利用VectorNTI 9.0对测序结果分析处理,并与WHO推荐疫苗株进行比对,用Mage 4.1构建系统进化树.结果 南宁市2007 ～ 2009年H3N2亚型流感病毒被分为3个分枝,其中疫苗株A/Wisconsin/67/2005独立形成一个分支(类群Ⅰ),A/Brisbane/59/2007与2007年毒株(除339外)形成类群Ⅱ,2008和2009年毒株聚集成类群Ⅲ.NA基因在质尾区域、极性跨膜区、柄部区域有个别毒株个别位点发生了替换.抗原区域328～ 336替换频率较高,2008年毒株抗原位点更活跃.A/nanning/242/2007在酶活性位点发生了D151E替换,可能导致NA对扎纳米韦和奥斯他韦的轻微耐药性;A/nanning/242/2007、A/nanning/561/2008分别在非活性位点N234D,在G286D的替换则可能影响NA介导的病毒粒子的释放从而影响NA蛋白的活性.结论 南宁市2007～2009年毒株NA均发生了较大变异,当年疫苗株均滞后南宁流行株.     

广西医科大学2007年新生H3N2亚型流感病毒抗体调查

目的：调查广西医科大学2007年新生H3N2亚型流感病毒抗体,了解健康青年人群血清中H3N2亚型流感病毒抗体的水平,从而预测广西H3N2流感病毒引起的流感流行的趋势。方法：抽取广西医科大学2007年新生血清168份,通过血凝抑制实验进行抗体检测。结果：以血凝抑制抗体滴度≥1：10为H3N2亚型流感病毒抗体阳性,H3N2亚型流感病毒抗体阳性率为26．19％,抗体滴度≥1：40的占阳性的22．73％。结论：H3N2亚型流感病毒引起的流感在广西有流行,但流行强度不高,抗体滴度水平对人群的保护能力较低。     

重庆市2009～2014年甲型 H1N1流感病毒分离株 HA基因变异分析

目的：对2009～2014年分离得到的甲型H1N1流感病毒进行血凝素（HA）基因测序分析,与世界卫生组织（WHO）推荐疫苗株A／California／07／2009（H1N1）比对,研究其基因变异情况。方法按分离时间及地点不同,选取47株2011～2014年分离得到的甲型H1N1流感病毒进行测序,同时选取既往已有的25株2009年甲型H1N1流感病毒的序列结果,经分子生物学软件进行核苷酸及氨基酸序列分析,并绘制系统进化树。结果2009、2011～2014年的新型甲型 H1N1流感病毒与疫苗株均位于一个大的分枝下,各病毒间的关系均较近。72株分离株的 H A基因总的核苷酸差异在0～2．7％之间,氨基酸差异在0～3．1％之间;与疫苗株A／California／07／2009（H1N1）的核苷酸差异在0．4％～2．4％之间,氨基酸差异在0．9％～3．1％之间。氨基酸变异情况随着年份增加累积得更多,但在氨基酸序列上仍显示为低致病性流感病毒特征;2009年有9株病毒株丢失481位的糖基化位点,2013年有6株病毒株增加位于162位的糖基化位点。结论 WHO推荐的甲型 H1N1疫苗总体上对重庆地区的人群仍有较好的保护作用,但随着时间推移,部分甲型 H1N1流感病毒株可能已发生抗原漂移,需继续对其监测。     

2004-2005年宁夏A(H1N1)亚型流感病毒基因特性研究

目的了解宁夏流行的A(H1N1)亚型流感病毒血凝素基因变异情况。方法对分离的A(H1N1)亚型毒株随机选取5株进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因进化特性分析。结果HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,宁夏2004年分离到的A(H1N1)亚型流感病毒株有以下位点发生变异,35 D>N、152 G>R、182 P>S、221 D>G,其中152、221位氨基酸位于抗原决定簇;2005年分离到的A(H1N1)亚型流感病毒株有以下位点发生变异,82 T>K、94 Y>H、119 K>N、145 R>K、165 V>A、208 R>K、251W>R、266 T>N,其中165位氨基酸位于抗原决定簇。结论宁夏2004-2005年分离的A(H lN1)亚型流感毒株基因特性和抗原性已开始发生变异。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲（A）型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976~2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。     

流感病毒A HA(H3N2)基因真核表达载体的构建及序列分析

目的：获得血凝素基因（HA）基因，将其克隆到真核表达载体，为研究流感DNA疫苗奠定基础。方法：从当年流感病人体内分离病毒（A／Guangdong/448/2001)，鉴定型别（H3N2）后，提取RNA，用特异引物进行RT－PCR,扩增HA，并将其克隆到pMD18-T Vector，进行序列测定和分析；然后将HA基因亚克隆到真核表达载体（pCI-neo)，进行鉴定。结果：获得一个核苷酸长度为1698bp的基因，编码565个氨基酸；与A／Beijing/32/92(Genbank/NCBI:U26830)基因序列有98％同源，有15个碱基和／或10个氨基酸出现变异，且在212缺失一个氨基酸V；酶切和序列测定表明HA基因正确插入pCI-neo载体（HA－pCIN)。结论：成功构建了HA基因真核表达载体，可以进一步研究其免疫功能。