HLA新等位基因HLA-B*35:155的确认

目的发现和认定一个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因。方法应用多聚酶链式反应—基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)进行HLA常规分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B*35:03:01,51:01:01在112位有一个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对于B*35、B*51的序列特异性SSSP引物测序,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果测序结果表明该等位基因与其同源性最高的等位基因B*35:03:01的差异是在第2外显子112位的C>T,其突变导致密码子CGG>TGG,结果造成B*35:03:01氨基酸序列中14位的精氨酸(R)变为色氨酸(W)。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:155。     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B~*58∶01∶04

目的确认中国人群中的1个新HLA等位基因。方法使用PCR-SSO、PCR-SSP和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-B位点新等位基因与B*58∶01∶01的差异。结果先证者HLA-B位点的2个等位基因为纯合子(均为HLA-B*58∶01∶04),不同于已知的HLA-B等位基因序列,与其同源性最高的B*58∶01∶01相比,在第4外显子处有1个碱基发生了改变,为785位G>A,但编码的氨基酸并未发生变化,仍然为Gln。结论该等位基因于2009年10月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*58∶01∶04。     

HLA新等位基因HLA-B*13:68的序列分析

目的:分析确认中国人群中HLA-B位点的1个新等位基因。方法:应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因采用组序列特异性引物(GSSP)进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者之间的差异。结果:其中1例样本HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的HLA-B*13:01:01序列相比,第2外显子137位碱基TC,导致第22位密码子由苯丙氨酸(TTT,Phe)变为丝氨酸(TCT,Ser)。结论:该基因为HLA-B位点的新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*13:68。     

HLA-B新等位基因B~*4069的确认

目的识别和确认中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSO技术进行HLA分型工作,发现反应格局异常的新等位基因,采用DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析。结果检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序结果显示HLA-B位点的1对等位基因分别为B*5801和1个核苷酸序列与已知HLA等位基因均不同的新等位基因。该基因序列与同源性最高的HLA-B*400101基因序列相比在第2外显子区域中263位碱基发生C>T突变,导致64位编码氨基酸由苏氨酸(Thr)>异亮氨酸(Ile)。结论该等位基因为新的HLA-B位点等位基因,2006年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4069。     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B~*0740

目的确认一个中国人群中的新HLA等位基因。方法应用单倍型特异性分离(haplotype-specific ex-traction,HSE)技术和DNA序列分析技术鉴定HLA-B~*的新等位基因。结果被检标本HLA-B位点有一个等位基因的核苷酸序列与任何已知的HLA等位基因均不同,与同源性最高的B~*0705相比,在exon3区域中的605位碱基由A>T,引起编码178位的氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M)。血清学分型表明新等位基因的免疫学表型仍为HLA-B7。家系分析提示,HLA-B~*0740基因来源于其母亲。结论该等位基因序列为HLA-B位点的一个新等位基因,于2005年2月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*0740。     

HLA新等位基因HLA-B_*67:07测序分析及确认

目的人类白细胞抗原B新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)人库数据进行HLA常规检测,结果显示有1个磁珠反应异常,进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)分型发现1个与HLA-B*67相关的有1个碱基不匹配的等位基因,选择对应的组特异性引物对该等位基因进行2次分离式测序,确认突变的等位基因和突变位点。结果发现1个与HLA-B~*67:01:01序列相近的新等位基因,实验结果表明在HLA-B~*67:0:01第3外显子370位置GA,其突变造成HLA-B~*67:01:01氨基酸序列中100位的氨基端由甘氨酸(Gly)变成丝氨酸(Ser)。结论本次实验确认了1个新的HLA等位基因,2016年3月30日被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*67:07。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。     

DNA测序鉴定HLA新等位基因B~* 35:03:07

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA-B位点一个新等位基因。应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术检测到一个与HLA-B*35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的HLA等位基因的序列差异。结果表明,先证者HLA-B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸。结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHO HLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:03:07。     

新等位基因 HLA-B*40: 162 测序分析及确认简

本研究旨在识别并确认中国人群中HLA-B位点的一个新等位基因.应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因利用组序列特异性引物（GSSP）及单链测序基因分型技术进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者差异.结果发现,有1个样本的HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的B＊40：06：01的差异表现在第2外显子272位碱基由C＞T,导致第67位密码子由丝氨酸变为苯丙氨酸.结论：确认该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已经被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊ 40：162.     

DNA序列分析鉴定HLA-B新等位基因HLA-B~*4816

目的鉴定1个HLA-B位点新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术发现可能的HLA-B位点新等位基因,对PCR产物进行序列分析,确认与最同源的HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*4801在第2外显子区域有1个碱基的差异:第187位碱基由A>T,这一突变使密码子63由GAG>GTG,导致编码的氨基酸由Glu>Val。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,2006年7月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4816。     

新等位基因HLA-B^＊5812的认定

应用流式反向PCR-SSO和PCR-SSP基因分型技术发现可能的HLA新等位基因,对PCR产物进行HLA基因分型、DNA序列分析及克隆测序。发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*5801的差异在于第2外显子区域中的第69位碱基发生了G→T的替换,即"GCA→TCA",结果改变了第24位密码子编码的氨基酸,即"丙氨酸→丝氨酸"。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,已于2006年4月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5812。     

WHO HLA命名委员会命名的新等位基因HLA-A*24:327序列分析及确认

目的 发现一个人类白细胞抗原(HLA)-A新等位基因并对其核苷酸序列进行分析及确认。方法 采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)陕西分库入库数据进行HLA常规检测,针对罕见结果进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)和组序列特异性引物(GSSP)进行确证试验,明确突变位点。结果 SSO分型结果显示为罕见等位基因,经PCR-SBT复核无完全匹配结果,提示疑似新等位基因,经GSSP确证发现该基因与同源基因HLA-B*24:02:01:01相比,在第3外显子544位置发生碱基变异由G>A,该突变造成氨基酸序列158位由丙氨酸(GCC)变成苏氨酸(ACC)。结论 确认了一个新的HLA-A等位基因,2015年12月31日被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-A*24:327。     

HLA新等位基因HLA-B*5145的确认

背景:作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能.目的:发现和认定1个HLA新等位基因.方法:采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列.结果与结论:PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A*02XX,A*33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1*1202,DRB1*1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B*44XX,B*53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂(Dynal,PCR-SSO)分型疗法进行分析,也显示无法判定的结果.等位基因HLA-B*5145是HLA-B*5106的变异体,该基因和B*5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N(天冬酰胺,Asn)→D(天冬氨酸,Asp),346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y(酪氨酸,Tyr)→S(丝氨酸,Ser),362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K(赖氨酸,Lys)的变化.该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B*5145.     

基因测序鉴定新等位基因HLA-A*11:01:37

目的 鉴定1个中国汉族人群中发现的HLA-A新等位基因.方法 应用双链亢接测序分型技术对中华骨髓库志愿捐献者进行常规HLA高分辨分型,发现1份样本HLA-A位点有1个碱基错配,采用单链DNA测序进行新等位基因鉴定.结果 确认1个等位基因序列未曾报道过,与同源性最高的HLA-A*11:01:01相比,该等位基因393位碱基由G变为A,导致107位密码子由GGG变为GGA,编码氨基酸未改变,仍为甘氨酸(Gly).结论 鉴定了1个新的HLA-A等位基因,2012年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*11:01:37,Genbank注册号为JN209962.     

新等位基因HLA-B~* 15∶179∶02的确认和基因序列分析

目的鉴定并确认HLA新等位基因HLA-B~*15∶179∶02,分析其核苷酸序列。方法使用磁珠法抽提标本DNA,采用聚合酶链反应序列-特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)进行HLA高分辨分型常规检测,发现1个与HLA-B~*15∶179相关的异常等位基因,使用DNA测序分型技术(PCR-SBT)及使用组特异性GSSP引物Z74,直接测定其基因序列,分析其相关核苷酸序列差异。结果新等位基因与所有已知的HLA-B序列均不相同,与同源性最高HLA-B~*15∶179∶01基因序列相比在第3外显子486位碱基发生突变(CG)。结论发现1个新的HLA-B等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*15∶179∶02。     

新等位基因HLA-B~* 9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9537     

HLA新等位基因HLA-A~* 33:39的序列分析及鉴定

目的人类白细胞抗原(HLA)新等位基因HLA-A*33∶39的序列分析及鉴定。方法利用多聚酶链反应—基于测序的分型(PCR-SBT)技术鉴定HLA新等位基因。结果发现1个与A*33∶03∶01序列相近的未知等位基因,实验结果表明其在A*33∶03∶01第4外显子649位G>A,其突变造成A*33∶03∶01氨基酸序列中192位的丙氨酸(A)>苏氨酸(T)。结论此为HLA-A位点的1个新等位基因,2010年10月被世界卫生组织HLA命名委员会命名为HLA-A*33∶0339。     

新等位基因HLA-B*4060的认定

应用PCR—SSO基因分型技术发现可能的HLA新等位基因，对PCR产物进行测序及克隆测序，确认与最同源HLA等位基因序列的差异。发现一个样本的HLA—B位点结果异常，其核苷酸序列与已知所有HLA—B位点等位基因序列均不一致，与同源性最高的等位基因B＊400102在第三外显子区域有7个碱基的差异。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因，于2005年7月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊4060。     

克隆测序确认HLA新等位基因B~*3712~(★○)

目的:由于技术原理的限制,目前尚不能对所有的HLA等位基因进行严格的区分,特别是以往没有发现的新基因序列只能通过测序的方法解决,然而,当遇到等位基因杂合时,测序给出的结果仍然无法确认新的序列改变发生在等位基因的哪一侧,这时需要用分子生物学方法分离杂合子然后进行测序才能确定新的基因序列。采用基因克隆方法确认HLA新等位基因。方法:实验于2006-01/05在河南省红十字血液中心HLA实验室,美国海军骨髓库HLA实验室完。成造血干细胞血样由中华骨髓库提供。采用荧光微珠HLA分型方法对中华骨髓库捐献者血样进行HLA分型检测,无法给出确切结果的摸棱两可结果标本用基因克隆(TOPO TA Cloning)、DNA测序的方法确认新的HLA基因序列。结果:通过克隆分离杂台等位基因,再进行测序确认发现新的序列与B~*3709相比,出现4个核苷酸改变:1.355nt C>A,2.363nt C>G,3.412ntG>A,4 477nt C>G,而且均发生在HLA-B基因外显子3(exon 3)。4处改变引起氨基酸编码改变:①编码95 CTC>ATC,氨基酸改变L>I(亮氨酸>异亮氨酸)。②97 AGC>AGG,S>R(丝氨酸>精氨酸)。③114 GAC>AAC D>N(天门冬氨酸>天冬酰胺)。④135 GCC>GCG A=A无氨基酸改变。结论:①新的基因序列已经在GenBnak注册,被WHO的HLA因子命名委员会得到正式命名为HLA-B~*3712基因。②基因克隆是确认HLA新基因的根本方法。     

新等位基因HLA-B~*5413的确认

目的确认1个新的等位基因HLA-B*5413。方法应用PCR-SSP技术作HLA分型检测;PCR-SS0技术作HLA分型复核;DNA测序技术进行新等位基因的核苷酸序列测定,在NCBI和EBI基因数据库上进行基因序列比对分析验证,最后提交。结果新等位基因与所有已知的HLA-B位点的等位基因的序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*5401相比,在第2外显子上有6个核苷酸差异:第229位置上G>A,导致第77位Ser>Asn,第238位置上A>T,导致第80位Asn>Ile,第240、241位置上C>G、T>C导致第81位Leu>Ala,第244位置上G>T,导致第82位Arg>Leu,第246位置上G>C导致第83位Gly>Arg。结论2007年4月世界卫生组织HLA新基因命名委员会正式将这例新基因命名为HLA-B*5413。