用PCR-SSCP快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的突变

目的了解本地区结核分枝杆菌对利福平(RFP)耐药基因的突变情况,探讨利用分子生物学方法直接快速检测结核分枝杆菌耐药基因型的试验方法.方法针对rpoB基因设计一对引物(扩增产物为189bp),采用聚合链酶反应-单链构象多态性银染(PCR-SSCP)方法,以标准结核分枝杆菌H38Rv为对照,检测临床分离的35株结核分枝杆菌rpoB基因突变情况并以药敏试验结果做对照分析.结果以药敏试验结果为对照,35株临床分离株中有9株RFP敏感株的SSCP带与结核分枝杆菌标准株(H37Rv)相同,26株RFP耐药株中有24检测到突变图谱,与药敏试验结果对照阳性率为92.3%,特异性为100%.结论 RpoB基因是一种高度保守序列,结核分枝杆菌耐RFP是由于rpoB基因突变所致.本研究针对其高突变区域设计一对引物,运用PCR-SSCP法具有简便、快速、准确的特点,可以对临床标本中结核分枝杆菌进行检测,以满足临床早期诊治的需要.     

建立结核分枝杆菌耐药基因的检测方法

目的了解耐药结核分枝杆菌基因突变情况,建立结核分枝杆菌耐药基因的检测方法.方法108例临床痰标本分离株均做PCR-SSCP和传统梯度药敏试验.结果耐SM(rpsl)、RFP(rpoB)、INH(katG)基因突变率分别为78.5%,78.2%,70.5%.其中高耐SM、REP、INH分离株突变率分别为86.9%,89.3%,84.3%.低耐分离株突变率分别为28.5%,16.6%,7.1%.结论结核分枝杆菌耐药基因突变与耐药水平联系是密切的,且结核耐药分枝杆菌基因突变绝大多数易发生在高耐药株中,也有少部分在低耐药株发生突变.     

用PCR—SSCP快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的突变

目的：了解本地区结核分枝杆菌对利福平（RFP）耐药基因的突变情况，探讨利用分子生物学方法直接快速检测结核分枝杆菌耐药基因型的试验方法。方法：针对rpoB基因设计一对引物（扩增产物为189bp)，采用聚合链酶反应－单链构象多态性银染（PCR－SSCP）方法，以标准结核分枝杆菌H38Rv为对照，检测临床分离的35株结核分枝杆菌rpoB基因突变情况并以药敏试验结果做对照分析。结果：以药敏试验结果为对照，35株临床分离株中有9株RFP敏感株的SSCP带与结核分枝杆菌标准株（H37Rv)相同，26株RFP耐药株中有24检测到突变图谱，与药敏试验结果对照阳性率为92．3％，特异性为100％，结论：RpoB基因是一种高度保守序列，结核分枝杆菌耐RFP是由于rpoB基因突变所致。本研究针对其高突变区域设计一对引物，运用PCR－SSCP法具有简便，快速、准确的特点，可以对临床标本中结构分枝杆菌进行检测，以满足临床早期诊治的需要。     

耐吡嗪酰胺结核分枝杆菌基因突变研究

目的 研究吡嗪酰胺酶编码基因pncA突变与结核分枝杆菌吡嗪酰胺(pyrazinamide,PZA)耐药的关系.方法 将临床分离的36株结核分枝杆菌进行常规PZA药敏试验和pncA基因序列分析.采用绝对浓度法进行PZA药敏试验;PCR扩增pncA基因及其上游、下游碱基序列,纯化回收PCR产物克隆到T载体并进行全自动测序.结果 36株临床分离株中25株PZA耐药,11株PZA敏感.5株高耐PZA(PZA浓度为250 μg/ml)临床分离株4株pncA基因突变;20株低耐PZA(PZA浓度为50 μg/ml)6株pncA基因突变;25株耐PZA结核分枝杆菌pncA基因突变率为40.0%.3株PZA敏感临床分离株pncA基因出现突变、其中2株为同义突变.11株耐PZA结核分枝杆菌pncA基因上游调控序列突变,其中5株同时有pncA基因突变;2株PZA敏感结核分枝杆菌pncA基因上游序列突变.结论 pncA基因突变可引起结核分枝杆菌对PZA耐药,但pncA基因突变只是结核分枝杆菌耐PZA的一种机制,可能还存在PZA的其他耐药机制.     

分析结核病耐喹诺酮(gyrA)基因变化的规律

目的研究结核分枝杆菌gyrA基因突变的规律。方法通过聚合酶链反应-单链构象多态性（（PCR-SS-CP）技术鉴定156株临床分离株，确定为结核分枝杆菌的菌种，并进一步分析gyrA基因突变的情况。结果以结核分枝杆菌标准株为对照，147株临床分离株的16S rDNA SSCP电泳图谱均与结核分枝杆菌标准株相同。29株药物敏感株的gyrA基因SSCP图谱泳动均无异常；59株耐喹诺酮类药临床分离株中30株异常，占50．8％。结论结核分枝杆菌耐药与gyrA基因突变有关，且在药敏实验高、低浓度区均可发生。     

应用多重PCR-单链构象多态性分析同时检测耐异烟肼和利福平的结核分枝杆菌

目的 探讨应用多重PCR-单链构象多态性分析(multiplexpulymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,multi-PCR-SSCP)方法快速、特异地同时快速检测结核分枝杆菌对异烟肼和利福平耐药性的效能.方法 根据结核分枝杆菌的inhA序列、katG序列、rpoB序列,分别设计出3对特异性寡聚核苷酸引物.采用multi-PCR-SSCP技术,一次性检出耐异烟肼和利福平的结核分枝杆菌.新方法的有效性通过116株临床分离株(70株耐异烟肼,66株耐利福平)的验证.结果 名 Multi-PCR-SSCP方法检测临床分离株基因突变的有效性,以细菌培养和药敏试验结果为金标准.116株临床分离株和H37Rv标准株中除了4株katG缺失突变,其余菌株3个基因katG、inhA和rpoB在单基因PCR中都扩增成功.与H37Rv标准株相比,46株katG基因突变,14株inhA基因突变,58株rpoB基因突变.38株katG和rpoB,4株inhA和rpoB,4株inhA和katG同时突变,还有2株3个基因都有突变.multi-PCR-SSCP对于耐异烟肼和利福平的结核分枝杆菌检出的敏感度分别为80%、82%,特异度分别为100%和92%.结论 multi-PCR-SSCP方法敏感、特异,能同时快速有效地检测耐多药结核分枝杆菌,有望成为临床指导用药的好方法,为深入研究耐药基凶检测奠定了良好的基础.     

聚合酶链反应-单链构象多态性技术快速筛选结核杆菌的利福平耐药性

目的：探讨利用分子生物学方法直接快速检测结核分枝杆菌利福平（RFP）药物敏感性的可行性。方法：应用聚合酶链反应-单链构象多态性（PCR-SSCP）技术分别检测了40株RFP药物敏感及耐药的结核分枝杆菌临床分离株。先用PCR扩增rpoB基因，随后用SSCP方法鉴定其扩增产物有无突变，并与药敏试验结果作对照分析。结果：所有临床分离株均观察到rpoB基因PCR扩增产物。40株RFP敏感的临床分离株SSCP带谱与结核分枝杆菌H37RV标准株相同，40株RFP耐药株中37株检测到突变图谱。与Bactec结果对照，用PCR-SSCP技术检测结核分枝杆菌RFP耐药性的敏感性为93％，特异性为100％。结论：结核分枝杆菌耐RFP是其rpoB基因突变所致。PCR-SSCP技术可用于结核分枝杆菌RFP药物敏感性的直接快速检测。     

结核分枝杆菌耐乙胺丁醇分离株embB基因突变的研究

目的 了解结核分枝杆菌耐乙胺丁醇（EMB）分离株embB基因突变情况,研究其应用价值。方法 通过聚合酶链反应－单链构象多态性（PCR－SSCP)、CPR－限制性片段长度多态性（RFLP）和PCR－直接测序技术分析102株结核分枝杆菌临床分离株embB基因。结果 以H37Rv标准株为对照,102株结核分枝杆菌临床分离株的162rDNA SSCP电泳图谱均与结核分枝杆菌标准株相同。41株药物敏感株的embB基因SSCP均泳动正常,RFLP和测序分析与对照株相同。61株耐EMB分离株可,23株（37．7％）embB基因SSCP泳动异常;8株RFLP分析异常;测序分析23株均为306位密码子突变,其EMB MICs均≥20μg/ml,其中8株为ATG→ATA或ATT突变,13株为ATG→GTG或CTG突变,后者EMB MICs均≥30μg/ml。结论 部分结核分枝杆菌耐EMB是由于其embB基因突变所致,PCR－SSCP技术可能成为测定部分结核分枝杆菌EMB耐药基因型,简便、快速的方法。     

结核分枝杆菌乙胺丁醇耐药的分子机制及其快速鉴定

目的：了解结核分枝杆菌乙胺丁醇(EMB)耐药的临床分离株embB基因突变的情况，并探索快速检测结核分枝杆菌EMB耐药性的实验方法。方法：应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术和PCR扩增产物测序方法。分析结核分枝杆菌EMB耐药和敏感各30株的embB基因。结果：以结核分枝杆菌H37RV标准株为对照。发现30株EMB耐药株中有11株(36．7％)embB基因扩增产物SSCP泳动异常，部分耐药菌株测序分析证实为306位密码子突变；而30株敏感株的embB基因扩增产物SSCP泳动均无异常。结论：embB基因突变是结核分枝杆菌EMB耐药的重要机制之一；PCR-SSCP技术可能成为一种检测结核分枝杆菌EMB耐药性的准确和快速的实验方法。     

结核分支杆菌喹诺酮耐药基因的研究

[目的]了解结核分支杆菌耐喹诺酮耐药基因突变情况,建立快速分子药敏实验方法。[方法]通过PCR—SSCP和直接测序技术(PCR～DS)分析结核分支杆菌的gyrA基因突变的情况。[结果]以结核分支杆菌标准菌株H37Rv和卡介苗做对照,30株喹诺酮敏感株的gyrA基因的SSCP图谱均泳动正常,测序分析与对照株相同。45株喹诺酮耐药株中,34株(75．6％)gyrA基因SSCP图谱泳动异常;测序证实10株为90位密码子的突变,24株为94位密码子突变,符合率100％。[结论]gyrA基因突变是结核分支杆菌耐喹诺酮的主要分子机制,PCR—SSCP可能成为测定部分结核分支杆菌耐喹诺酮株的简便、快速的方法．并有望直接用于临床标本喹诺酮敏感性试验。     

PCR—SSCP快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因的研究

目的探讨PCR—SSCP技术检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因作为新的分子药敏试验方法的价值。方法应用PCR—SSCP技术检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因核心区的突变，同时对片段长度为215bp的PCR扩增产物进行测序分析。受试菌为23株利福平敏感结核分枝杆菌以72．35株利福平抗性结核分枝杆菌。结果23株利福平敏感结核分枝杆菌分别用PCR—SSCP和PCR扩增片段测序均没有检测到巾0B碱基突变。而在35株利福平抗性菌株中，PCR—SSCP检测到31株与H37Rv标准株不同的带谱，PCR—SSCP检测基因突变的敏感度和特异度分别为88．6％（31／35）和100％（23／23）。对35株利福平抗性菌株PCR扩增产物进行测序分析，在其中32株中检出了基因突变。测序分析检测基因突变的敏感度和特异度分别为91．4％（32／35）和100％（23／23）。卡方检验，PCR—SSCP和PCR扩增片段测序两种方法的敏感度之间没有显著性差异（P〉0．05）。若以DNA测序为标准，则PCR—SSCP检测基因突变的准确度、敏感度和特异度分别为93．1％（54／58），96．9％（31／32）和100％（23／23）。结论PCR—SSCP检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变可用于利福平药物敏感度的快速测定。     

PCR-SSCP法检测结核分枝杆菌L型rpsL耐药基因

目的 探索尘肺结核患者感染的结核分枝杆菌（MT）L型的耐药基因rpsL突变与耐受链霉素（SM）的关系。方法 用PCR—SSCP方法检测rpsL基因,与采用常规SM药敏试验（AST法）的结果进行对比分析。结果 采用AST法检测,52株结核分枝杆菌L型临床分离株中共有26株（50．0％）耐SM;PCR-SSCP法检出rpsL基因突变率为40．4％（21／52）,2种方法检测耐药株的符合率为80．8％。结论 结核杆菌L型对SM的耐药与rpsL基因突变有关。     

痰耐药结核分支杆菌rpsL基因的快速检测及链霉素耐药机制研究

[目的]快速检测痰耐药结核分支杆菌rpsL基因及了解链霉素（SM）耐药的分子机制。[ 方法]用PCR方法直接从耐药肺结核患者痰及临床分离菌株扩增rpsL基因片段,对扩增获得的rpsL基因片段进行序列测定,比较分析全耐、对SM耐药的耐多药、对SM敏感的耐多药、全敏感或标准结核分支杆菌株之间的基因序列差异。[结果]于6h内从耐药肺结核痰中快速检测到rpsL基因。从所有临床分离菌珠均扩增获得267bp片段,序列测定比较发现,全耐菌和对SM耐药的MDR—TB菌株均检测有rpsL基因点突变,突变密码子为CCT突变为CTT,而全敏感株和标准菌株均未检测到基因突变。其中从一株对SM敏感的MDR-TB中也检测到突变。[结果]PCR及序列分析方法可快速、准确检测结核分支杆菌rpsL基因及其突变,结核分支杆菌对EMB的耐药性与rpsL基因点突变有关。     

结核分支杆菌临床分离株耐药性调查与耐多药结核病流行特点探讨

目的调查结核临床分离株的耐药性,探讨多耐药结核病（MDR-TB）流行特点。方法采用匡氏琼脂培养基按比例法测定287株结核菌（56株来自初治病例）对8种抗痨药物的耐药性。结果初治病例菌株和复治病例菌株对异烟肼、利福平、链霉素、吡嗪酰胺高度耐药率分别为1．8％、3．6％、17．9％、0％和74．9％、58．0％、68．4％、32．0％,差异均极显著（P〈0．001）。复治病例MDR株占63．2％,广泛耐药（XDR）株占10％,15．8％的MDR株为XDR株;初治病例无XDR株感染,MDR株占1.8％,极显著低于复治病例MDR株比率（P〈0．001）。结论住院结核病患者MDR株和XDR株感染率高,且主要由获得性耐药产生。DOTS策略仍是我国耐药结核病防治重点。     

结核分枝杆菌对氧氟沙星的耐受程度与gyrA基因突变的相关性分析

目的以氧氟沙星为例,探讨阈值的划分对实验室早期检测出耐氧氟沙星结核分枝杆菌的影响。结合DNA序列分析探讨gyrA基因点突变与结核分枝杆菌对氧氟沙星耐受程度的相关性。方法 （1）在含氧氟沙星改良罗氏培养基上检测101株结核分枝杆菌临床分离株对氧氟沙星的敏感性。（2）测序以检测耐氧氟沙星结核分枝杆菌gyrA基因点突变的特征。结果 （1）52株耐氧氟沙星5.0μg/ml的临床分离株中,17株能在含氧氟沙星10.0μg/ml的改良罗氏培养基上生长（约占32.69%）,49株对氧氟沙星5.0μg/ml敏感的临床分离株中,有2株能在含氧氟沙星2.0μg/ml的改良罗氏培养基上生长（约占4.08%）。（2）基因扩增产物测序发现;耐氧氟沙星结核分枝杆菌gyrA基因点突变主要发生第90、91和94位点上,有10株在不同的gyrA基因位点上发生了碱基缺失或插入的变异,101株被检测的结核分枝杆菌临床分离株中,发生在第95位点的碱基突变率为100%。结论 （1）判定耐药结核分枝杆菌上、下限的阈值对耐药结核菌的早期检出具有重要的作用。（2）发生在耐氧氟沙星结核分枝杆菌gyrA基因上的点突变是多变的,但与结核分枝杆菌对氧氟沙星的耐受程度没有明显的相关性。     

浙江省宁波市耐多药结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药特征及与二线抗结核药物耐药关系

目的研究结核分枝杆菌(MTB)对吡嗪酰胺耐药特征及其与二线抗结核药物耐药相关性。方法以2015-2017年浙江省宁波地区结核病耐药监测收集的110例耐多药结核病(MDR-TB)病例作为研究对象,采用1%比例法对其进行5种二线抗结核药物(氧氟沙星、左氧氟沙星、卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素)的耐药检测。同时应用BACTEC MGIT 960系统检测所有MDR-MTB的吡嗪酰胺耐药性,采用PCR DNA直接测序法检测MDR-MTB的pncA基因突变特征。结果110株MDRMTB中吡嗪酰胺耐药率为59.09%(65/110),pncA基因突变率为50.91%(56/110)。吡嗪酰胺耐药株中的基因突变率83.08%(54/65)与吡嗪酰胺敏感株中的基因突变率4.44%(2/45)比较,差异有统计学意义(χ^2=65.787,P<0.001)。pncA基因突变类型为42种,以点突变类型为主92.86%(39/42)。耐链霉素、耐乙胺丁醇、耐氧氟沙星、耐左氧氟沙星及准广泛耐药(PreXDR)与MDR-MTB耐吡嗪酰胺相关。结论本地区MDR-MTB耐吡嗪酰胺形势较为严峻,MDR-MTB耐吡嗪酰胺与二线抗结核药物氧氟沙星、左氧氟沙星及Pre-XDR的耐药相关。     

新疆结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因型的初步研究

目的研究新疆结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型,初步了解其基因型多态性状况及主要流行株。方法在新疆维吾尔自治区胸科医院收集一个连续时间段的结核分枝杆菌临床分离菌株,采用比例法检测进行耐药性检测、间隔寡核苷酸分型(Spoligotyp ing)方法进行分型研究。基因聚类分析采用B ioNum erics 5.0数据库软件,统计学分析采用χ2检验,P0.05为差异有统计学意义。结果共收集到结核分枝杆菌临床分离菌株175株,其中对利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇全敏感115株,耐药60株(包括单耐药31株和耐多药29株)。经Spoligotyp ing分型,这些菌株可分为4个基因群49种基因型,最大的1个基因群为北京家族,占68.57%(120/175)。北京家族中,敏感菌株63.87%(76/119),耐药菌株占36.13%(43/119);非北京家族中,敏感菌株68.52%(37/54),耐药菌株占31.48%(17/54),北京家族与非北京家族的耐药率之间差异无统计学意义(P=0.551)。结论新疆结核分枝杆菌临床菌株存在明显的基因多态性,主要流行菌株为北京基因型。北京基因型与耐药性无明显相关性。     

结核分枝杆菌katG、inhA、ahpC等突变与异烟肼耐药关系的研究

目的：了解结核分枝杆菌katG、inhA、ahpC、fabG1、sodA及sodC基因突变的特征及其与耐异烟肼的关系。方法对127例活动性肺结核患者痰标本进行菌型鉴定及结核分枝杆菌药敏试验,提取结核分枝杆菌菌株DNA,应用PCR扩增katG、inhA及ahpC、fabG1、sodA及sodC基因片段,并进行DNA序列分析。结果结核分枝杆菌药物敏感试验显示127株结核分枝杆菌中,其中47株耐异烟肼,80株对异烟肼敏感,耐异烟肼率为37.01%。47株耐异烟肼中,29株存在katG和（或）inhA基因突变,其中22株（46.81%,22/47）存在katG基因单位点突变,3株（6.38%,3/47）存在inhA基因单位点突变,4株（8.51%,4/47）存在katG及inhA基因联合位点突变。22株katG基因单位点突变中,20株为AGC315ACC、AGC315AAC （42.55%,20/47）突变,2株（2.13%,1/47）分别为CTG378CCG（Leu378Pro）、ACG394ATG（Thr394Met）突变,该突变位点及突变形式尚未见文献报道。18株katG及inhA未突变结核分枝杆菌均未检测到ahpC、fabG1、sodA及sodC基因突变。结论结核分枝杆菌对异烟肼耐药主要与katG和inhA基因突变有关。耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株378和394新突变位点的发现为进一步研究耐药机制以及耐药结核病的快速检测提供了依据。